4pgb

MHC Class I in complex with modified Sendai virus nucleoprotein peptide FAPGNWPAL

Method: X-RAY DIFFRACTION Dmax: 104.2 Å Quality: EXCELLENT

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

H-2 class I histocompatibility antigen, K-B alpha chain

Mus musculus

UniProt P01901

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 蛋白异源复合物 异源复合物 蛋白 × 3 PDB 声明:trimeric(3) 与蛋白拷贝数一致 链 A; UniProt 22–299 片段:heavy chain, UNP residues 22-299 Beta-2-microglobulin × 1 (P01887) Sendai virus nucleoprotein × 1 X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件:VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP;pH 6.5;277 K;sodium/potassium phosphate buffer 1.9M, MPD 1%, glycerol (cryoprotection) 分辨率 2.80 Å R-free 0.281
2 蛋白异源复合物 异源复合物 蛋白 × 3 PDB 声明:trimeric(3) 与蛋白拷贝数一致 链 D; UniProt 22–299 片段:heavy chain, UNP residues 22-299 Beta-2-microglobulin × 1 (P01887) Sendai virus nucleoprotein × 1 X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件:VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP;pH 6.5;277 K;sodium/potassium phosphate buffer 1.9M, MPD 1%, glycerol (cryoprotection) 分辨率 2.80 Å R-free 0.281

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly, “相对当前条目”直接指出证据层面的不同;没有差异标签表示当前已读取字段一致。

共 83 个其他 PDB 条目、139 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 HA1B_MOUSE
Isoform
PDB实体 1
链与序列区间 作者链 A; PDB构建体 27–304; UniProt 22–299 作者链 D; PDB构建体 27–304; UniProt 22–299

Beta-2-microglobulin

Mus musculus

UniProt P01887

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 蛋白异源复合物 异源复合物 蛋白 × 3 PDB 声明:trimeric(3) 与蛋白拷贝数一致 链 B; UniProt 21–119 片段:UNP residues 21-119 H-2 class I histocompatibility antigen, K-B alpha chain × 1 (P01901) Sendai virus nucleoprotein × 1 X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件:VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP;pH 6.5;277 K;sodium/potassium phosphate buffer 1.9M, MPD 1%, glycerol (cryoprotection) 分辨率 2.80 Å R-free 0.281
2 蛋白异源复合物 异源复合物 蛋白 × 3 PDB 声明:trimeric(3) 与蛋白拷贝数一致 链 E; UniProt 21–119 片段:UNP residues 21-119 H-2 class I histocompatibility antigen, K-B alpha chain × 1 (P01901) Sendai virus nucleoprotein × 1 X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件:VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP;pH 6.5;277 K;sodium/potassium phosphate buffer 1.9M, MPD 1%, glycerol (cryoprotection) 分辨率 2.80 Å R-free 0.281

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly, “相对当前条目”直接指出证据层面的不同;没有差异标签表示当前已读取字段一致。

共 290 个其他 PDB 条目、482 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 B2MG_MOUSE
Isoform
PDB实体 2
链与序列区间 作者链 B; PDB构建体 2–100; UniProt 21–119 作者链 E; PDB构建体 2–100; UniProt 21–119

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。 链映射与序列区间收在“数据证据”中;数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护,因此不在读者页面展示。

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

SAXS profile for 4pgb

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

P(r) distribution for 4pgb
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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id4pgb
沉积日期 deposition_date2014-05-01
结构标题 titleMHC Class I in complex with modified Sendai virus nucleoprotein peptide FAPGNWPAL
关键词 keywordsIMMUNE SYSTEM, IMMUNOGLOBULIN DOMAIN, IMMUNE RESPONSE, IMMUNE SYSTEM-PEPTIDE complex; IMMUNE SYSTEM/PEPTIDE
实验方法 methodX-RAY DIFFRACTION

3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier32.78
回转半径 Rg (电子) rg_electron32.00
零角强度 I(0) i0129959000.00
分子量 molecular_weight89359.0 kDa
排除体积 excluded_volume111050 ų
包络体积 envelope_volume148140 ų
水化壳体积 shell_volume38289 ų
包络直径 envelope_diameter107.4
壳层 Rg shell_rg39.47
包络 Rg envelope_rg31.45
形状 Rg shape_rg31.97
总 Rg total_rg32.71
总原子数 total_atoms6306
残基数 n_residues772
球谐函数阶数 n_harmonics20
q 范围 q_range— – 0.5000 −1
数据点数 n_points101
壳层类型 shell_typedirectional
溶剂电子密度 solvent_density0.3340 e/ų
壳层衬度 contrast_shell0.0300 e/ų
CRYSOL 版本 crysol_version4.1.3

4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax104.2
Rg (实空间) rg_real32.67
Rg 误差 (实空间) rg_real_error0.69
I(0) (实空间) i0_real1.3000e+08
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error2.0910e+06
Rg (倒空间) rg_reciprocal32.72
I(0) (倒空间) i0_reciprocal130000000.0000
解质量估计 total_estimate0.9087
解质量评级 solution_quality EXCELLENT a EXCELLENT solution
P(r) 峰数 n_peaks1
主峰位置 r_peak_primary41.2
偏度 Skewness skewness0.169
峰度 Kurtosis kurtosis-0.604
角度范围 angular_range— – 0.2400 −1
当前正则化参数 α current_alpha0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha17150000.0000
实空间数据点数 n_real_points49
GNOM 版本 gnom_version4.1.3
质量判据 quality_criteria AN1: 0.000; Oscil: 0.952; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.998; Smooth: 0.955

5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (3)

7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 6 domains

CATH v4.4 (6 domains)

结构域编号 domain_id4pgbA01
类 Class class3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture30 — 2-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology500 — Murine Class I Major Histocompatibility Complex, H2-DB; Chain A, domain 1
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10 — MHC class I-like antigen recognition-like
结构域编号 domain_id4pgbA02
类 Class class2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture60 — Sandwich
拓扑 Topology topology40 — Immunoglobulin-like
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10 — Immunoglobulins
结构域编号 domain_id4pgbB00
类 Class class2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture60 — Sandwich
拓扑 Topology topology40 — Immunoglobulin-like
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10 — Immunoglobulins
结构域编号 domain_id4pgbD01
类 Class class3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture30 — 2-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology500 — Murine Class I Major Histocompatibility Complex, H2-DB; Chain A, domain 1
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10 — MHC class I-like antigen recognition-like
结构域编号 domain_id4pgbD02
类 Class class2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture60 — Sandwich
拓扑 Topology topology40 — Immunoglobulin-like
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10 — Immunoglobulins
结构域编号 domain_id4pgbE00
类 Class class2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture60 — Sandwich
拓扑 Topology topology40 — Immunoglobulin-like
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10 — Immunoglobulins

8. 引用文献 (1)

9. 文件与曲线 (10)