4r7c

Crystal Structure of CNG mimicking NaK-ETPP mutant cocrystallized with DiMethylammonium

Method: X-RAY DIFFRACTION Dmax: 96.6 Å Quality: REASONABLE

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Potassium channel protein

Bacillus cereus ATCC 14579

UniProt Q81HW2

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 蛋白同源多聚体 同源多聚体 蛋白 × 4 PDB 声明:tetrameric(4) 与蛋白拷贝数一致 链 A; UniProt 20–110 链 B; UniProt 20–110 片段:residues 20-110 突变:D66E, G67T, N68P, F69P GLY GLYCINE × 32 MPD (4S)-2-METHYL-2,4-PENTANEDIOL × 14 DMN DIMETHYLAMINE × 32 X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件:pH 6.5;CNG-ETPP(DiMA+) cocrystals grown in 40-44% MPD, 100mM MES pH6.5 and 20-25 mM Glycine, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP 分辨率 2.30 Å R-free 0.248
2 蛋白同源多聚体 同源多聚体 蛋白 × 4 PDB 声明:tetrameric(4) 与蛋白拷贝数一致 链 C; UniProt 20–110 链 D; UniProt 20–110 片段:residues 20-110 突变:D66E, G67T, N68P, F69P GLY GLYCINE × 26 MPD (4S)-2-METHYL-2,4-PENTANEDIOL × 4 DMN DIMETHYLAMINE × 18 X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件:pH 6.5;CNG-ETPP(DiMA+) cocrystals grown in 40-44% MPD, 100mM MES pH6.5 and 20-25 mM Glycine, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP 分辨率 2.30 Å R-free 0.248

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly, “相对当前条目”直接指出证据层面的不同;没有差异标签表示当前已读取字段一致。

共 44 个其他 PDB 条目、81 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 Q81HW2_BACCR
Isoform
PDB实体 1
链与序列区间 作者链 A; PDB构建体 3–92; UniProt 20–110 作者链 B; PDB构建体 3–92; UniProt 20–110 作者链 C; PDB构建体 3–92; UniProt 20–110 作者链 D; PDB构建体 3–92; UniProt 20–110

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。 链映射与序列区间收在“数据证据”中;数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护,因此不在读者页面展示。

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

SAXS profile for 4r7c

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

P(r) distribution for 4r7c
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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id4r7c
沉积日期 deposition_date2014-08-27
结构标题 titleCrystal Structure of CNG mimicking NaK-ETPP mutant cocrystallized with DiMethylammonium
关键词 keywordsALPHA-HELICAL membrane protein, NaK-chimera channel in complex with DiMA+, TRANSPORT PROTEIN; TRANSPORT PROTEIN
实验方法 methodX-RAY DIFFRACTION

3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier25.92
回转半径 Rg (电子) rg_electron25.11
零角强度 I(0) i024127500.00
分子量 molecular_weight41724.0 kDa
排除体积 excluded_volume54178 ų
包络体积 envelope_volume69454 ų
水化壳体积 shell_volume24311 ų
包络直径 envelope_diameter103.0
壳层 Rg shell_rg30.62
包络 Rg envelope_rg25.63
形状 Rg shape_rg25.10
总 Rg total_rg25.90
总原子数 total_atoms2952
残基数 n_residues364
球谐函数阶数 n_harmonics20
q 范围 q_range— – 0.5000 −1
数据点数 n_points101
壳层类型 shell_typedirectional
溶剂电子密度 solvent_density0.3340 e/ų
壳层衬度 contrast_shell0.0300 e/ų
CRYSOL 版本 crysol_version4.1.3

4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax96.6
Rg (实空间) rg_real26.02
Rg 误差 (实空间) rg_real_error1.26
I(0) (实空间) i0_real2.4130e+07
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error4.4100e+05
Rg (倒空间) rg_reciprocal25.99
I(0) (倒空间) i0_reciprocal24130000.0000
解质量估计 total_estimate0.5754
解质量评级 solution_quality REASONABLE a REASONABLE solution
P(r) 峰数 n_peaks2
主峰位置 r_peak_primary30.1
偏度 Skewness skewness0.481
峰度 Kurtosis kurtosis-0.049
角度范围 angular_range— – 0.3050 −1
当前正则化参数 α current_alpha0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha2530000.0000
实空间数据点数 n_real_points62
GNOM 版本 gnom_version4.1.3
质量判据 quality_criteria AN1: 0.000; Oscil: 0.662; Stabil: 1.000; Sysdev: 0.221; Positv: 1.000; Valcen: 0.827; Smooth: 0.000

5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (5)

7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 4 domains

CATH v4.4 (4 domains)

结构域编号 domain_id4r7cA00
类 Class class1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture10 — Orthogonal Bundle
拓扑 Topology topology287 — Helix Hairpins
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily70
结构域编号 domain_id4r7cB00
类 Class class1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture10 — Orthogonal Bundle
拓扑 Topology topology287 — Helix Hairpins
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily70
结构域编号 domain_id4r7cC00
类 Class class1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture10 — Orthogonal Bundle
拓扑 Topology topology287 — Helix Hairpins
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily70
结构域编号 domain_id4r7cD00
类 Class class1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture10 — Orthogonal Bundle
拓扑 Topology topology287 — Helix Hairpins
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily70

8. 引用文献 (1)

9. 文件与曲线 (10)