4tt3

The Pathway of Binding of the Intrinsically Disordered Mitochondrial Inhibitor Protein to F1-ATPase

Method: X-RAY DIFFRACTION Dmax: 129.4 Å Quality: GOOD

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

ATP synthase subunit alpha, mitochondrial

物种未注明

UniProt P19483

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 蛋白异源复合物 异源复合物 蛋白 × 10 PDB 声明:Decameric(10) 与蛋白拷贝数一致 链 A; UniProt 44–553 链 B; UniProt 44–553 链 C; UniProt 44–553 未记录 ATP synthase subunit beta, mitochondrial × 3 (P00829) ATP synthase subunit gamma, mitochondrial × 1 (P05631) ATPase inhibitor, mitochondrial × 3 (P01096) ATP ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 3 MG MAGNESIUM ION × 5 GOL GLYCEROL × 2 ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 2 X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件:MICROBATCH;pH 8.2;295 K;PEG 4000, Tris-HCl, magnesium chloride, EDTA, ATP, NaCl, spermidine 分辨率 3.21 Å R-free 0.283

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly, “相对当前条目”直接指出证据层面的不同;没有差异标签表示当前已读取字段一致。

共 58 个其他 PDB 条目、62 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 ATPA_BOVIN
Isoform
PDB实体 1
链与序列区间 作者链 A; PDB构建体 1–510; UniProt 44–553 作者链 B; PDB构建体 1–510; UniProt 44–553 作者链 C; PDB构建体 1–510; UniProt 44–553

ATP synthase subunit beta, mitochondrial

物种未注明

UniProt P00829

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 蛋白异源复合物 异源复合物 蛋白 × 10 PDB 声明:Decameric(10) 与蛋白拷贝数一致 链 D; UniProt 49–528 链 E; UniProt 49–528 链 F; UniProt 49–528 未记录 ATP synthase subunit alpha, mitochondrial × 3 (P19483) ATP synthase subunit gamma, mitochondrial × 1 (P05631) ATPase inhibitor, mitochondrial × 3 (P01096) ATP ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 3 MG MAGNESIUM ION × 5 GOL GLYCEROL × 2 ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 2 X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件:MICROBATCH;pH 8.2;295 K;PEG 4000, Tris-HCl, magnesium chloride, EDTA, ATP, NaCl, spermidine 分辨率 3.21 Å R-free 0.283

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly, “相对当前条目”直接指出证据层面的不同;没有差异标签表示当前已读取字段一致。

共 55 个其他 PDB 条目、59 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

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UniProt名称 ATPB_BOVIN
Isoform
PDB实体 2
链与序列区间 作者链 D; PDB构建体 1–480; UniProt 49–528 作者链 E; PDB构建体 1–480; UniProt 49–528 作者链 F; PDB构建体 1–480; UniProt 49–528

ATP synthase subunit gamma, mitochondrial

物种未注明

UniProt P05631

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 蛋白异源复合物 异源复合物 蛋白 × 10 PDB 声明:Decameric(10) 与蛋白拷贝数一致 链 G; UniProt 26–298 未记录 ATP synthase subunit alpha, mitochondrial × 3 (P19483) ATP synthase subunit beta, mitochondrial × 3 (P00829) ATPase inhibitor, mitochondrial × 3 (P01096) ATP ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 3 MG MAGNESIUM ION × 5 GOL GLYCEROL × 2 ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 2 X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件:MICROBATCH;pH 8.2;295 K;PEG 4000, Tris-HCl, magnesium chloride, EDTA, ATP, NaCl, spermidine 分辨率 3.21 Å R-free 0.283

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly, “相对当前条目”直接指出证据层面的不同;没有差异标签表示当前已读取字段一致。

共 58 个其他 PDB 条目、62 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

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UniProt名称 ATPG_BOVIN
Isoform
PDB实体 3
链与序列区间 作者链 G; PDB构建体 1–273; UniProt 26–298

ATPase inhibitor, mitochondrial

Bos taurus

UniProt P01096

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 蛋白异源复合物 异源复合物 蛋白 × 10 PDB 声明:Decameric(10) 与蛋白拷贝数一致 链 H; UniProt 26–85 链 I; UniProt 26–85 链 J; UniProt 26–85 片段:UNP residues 36-85 突变:K39A ATP synthase subunit alpha, mitochondrial × 3 (P19483) ATP synthase subunit beta, mitochondrial × 3 (P00829) ATP synthase subunit gamma, mitochondrial × 1 (P05631) ATP ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 3 MG MAGNESIUM ION × 5 GOL GLYCEROL × 2 ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 2 X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件:MICROBATCH;pH 8.2;295 K;PEG 4000, Tris-HCl, magnesium chloride, EDTA, ATP, NaCl, spermidine 分辨率 3.21 Å R-free 0.283

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly, “相对当前条目”直接指出证据层面的不同;没有差异标签表示当前已读取字段一致。

共 23 个其他 PDB 条目、24 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

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UniProt名称 ATIF1_BOVIN
Isoform
PDB实体 4
链与序列区间 作者链 H; PDB构建体 1–60; UniProt 26–85 作者链 I; PDB构建体 1–60; UniProt 26–85 作者链 J; PDB构建体 1–60; UniProt 26–85

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。 链映射与序列区间收在“数据证据”中;数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护,因此不在读者页面展示。

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

SAXS profile for 4tt3

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

P(r) distribution for 4tt3
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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id4tt3
沉积日期 deposition_date2014-06-19
结构标题 titleThe Pathway of Binding of the Intrinsically Disordered Mitochondrial Inhibitor Protein to F1-ATPase
关键词 keywordsHydrolase, inhibitor protein; HYDROLASE
实验方法 methodX-RAY DIFFRACTION

3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier42.78
回转半径 Rg (电子) rg_electron41.91
零角强度 I(0) i01694050000.00
分子量 molecular_weight342710.0 kDa
排除体积 excluded_volume430180 ų
包络体积 envelope_volume562840 ų
水化壳体积 shell_volume102500 ų
包络直径 envelope_diameter146.9
壳层 Rg shell_rg53.42
包络 Rg envelope_rg41.68
形状 Rg shape_rg41.93
总 Rg total_rg42.31
总原子数 total_atoms24082
残基数 n_residues3134
球谐函数阶数 n_harmonics20
q 范围 q_range— – 0.5000 −1
数据点数 n_points101
壳层类型 shell_typedirectional
溶剂电子密度 solvent_density0.3340 e/ų
壳层衬度 contrast_shell0.0300 e/ų
CRYSOL 版本 crysol_version4.1.3

4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax129.4
Rg (实空间) rg_real42.44
Rg 误差 (实空间) rg_real_error0.69
I(0) (实空间) i0_real1.6940e+09
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error2.3580e+07
Rg (倒空间) rg_reciprocal42.77
I(0) (倒空间) i0_reciprocal1695000000.0000
解质量估计 total_estimate0.8929
解质量评级 solution_quality GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks2
主峰位置 r_peak_primary55.9
偏度 Skewness skewness0.023
峰度 Kurtosis kurtosis-0.543
角度范围 angular_range— – 0.1850 −1
当前正则化参数 α current_alpha0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha475500000.0000
实空间数据点数 n_real_points38
GNOM 版本 gnom_version4.1.3
质量判据 quality_criteria AN1: 0.000; Oscil: 0.905; Stabil: 0.999; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.944; Smooth: 0.947

5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (9)

7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 21 domains

CATH v4.4 (21 domains)

结构域编号 domain_id4tt3A01
类 Class class2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture40 — Beta Barrel
拓扑 Topology topology30 — Elongation Factor Tu (Ef-tu); domain 3
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily20
结构域编号 domain_id4tt3A02
类 Class class3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology50 — Rossmann fold
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily300 — P-loop containing nucleotide triphosphate hydrolases
结构域编号 domain_id4tt3A03
类 Class class1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture20 — Up-down Bundle
拓扑 Topology topology150 — Lysin
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily20 — ATP synthase alpha/beta chain, C-terminal domain
结构域编号 domain_id4tt3B01
类 Class class2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture40 — Beta Barrel
拓扑 Topology topology30 — Elongation Factor Tu (Ef-tu); domain 3
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily20
结构域编号 domain_id4tt3B02
类 Class class3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology50 — Rossmann fold
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily300 — P-loop containing nucleotide triphosphate hydrolases
结构域编号 domain_id4tt3B03
类 Class class1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture20 — Up-down Bundle
拓扑 Topology topology150 — Lysin
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily20 — ATP synthase alpha/beta chain, C-terminal domain
结构域编号 domain_id4tt3C01
类 Class class2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture40 — Beta Barrel
拓扑 Topology topology30 — Elongation Factor Tu (Ef-tu); domain 3
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily20
结构域编号 domain_id4tt3C02
类 Class class3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology50 — Rossmann fold
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily300 — P-loop containing nucleotide triphosphate hydrolases
结构域编号 domain_id4tt3C03
类 Class class1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture20 — Up-down Bundle
拓扑 Topology topology150 — Lysin
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily20 — ATP synthase alpha/beta chain, C-terminal domain
结构域编号 domain_id4tt3D01
类 Class class2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture40 — Beta Barrel
拓扑 Topology topology10 — Thrombin, subunit H
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily170
结构域编号 domain_id4tt3D02
类 Class class3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology50 — Rossmann fold
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily300 — P-loop containing nucleotide triphosphate hydrolases
结构域编号 domain_id4tt3D03
类 Class class1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture10 — Orthogonal Bundle
拓扑 Topology topology1140 — Bovine Mitochondrial F1-ATPase, ATP Synthase Beta Chain; Chain D, domain3
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10 — Bovine Mitochondrial F1-atpase; Atp Synthase Beta Chain; Chain D, domain 3
结构域编号 domain_id4tt3E01
类 Class class2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture40 — Beta Barrel
拓扑 Topology topology10 — Thrombin, subunit H
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily170
结构域编号 domain_id4tt3E02
类 Class class3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology50 — Rossmann fold
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily300 — P-loop containing nucleotide triphosphate hydrolases
结构域编号 domain_id4tt3E03
类 Class class1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture10 — Orthogonal Bundle
拓扑 Topology topology1140 — Bovine Mitochondrial F1-ATPase, ATP Synthase Beta Chain; Chain D, domain3
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10 — Bovine Mitochondrial F1-atpase; Atp Synthase Beta Chain; Chain D, domain 3
结构域编号 domain_id4tt3F01
类 Class class2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture40 — Beta Barrel
拓扑 Topology topology10 — Thrombin, subunit H
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily170
结构域编号 domain_id4tt3F02
类 Class class3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology50 — Rossmann fold
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily300 — P-loop containing nucleotide triphosphate hydrolases
结构域编号 domain_id4tt3F03
类 Class class1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture10 — Orthogonal Bundle
拓扑 Topology topology1140 — Bovine Mitochondrial F1-ATPase, ATP Synthase Beta Chain; Chain D, domain3
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10 — Bovine Mitochondrial F1-atpase; Atp Synthase Beta Chain; Chain D, domain 3
结构域编号 domain_id4tt3G01
类 Class class1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture10 — Orthogonal Bundle
拓扑 Topology topology287 — Helix Hairpins
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily80 — ATP synthase, gamma subunit, helix hairpin domain
结构域编号 domain_id4tt3G02
类 Class class3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology1380 — Pyruvate Kinase; Chain: A, domain 1
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10 — ATP synthase, F1 complex, gamma subunit
结构域编号 domain_id4tt3H00
类 Class class1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture20 — Up-down Bundle
拓扑 Topology topology5 — Single alpha-helices involved in coiled-coils or other helix-helix interfaces
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily500 — Single helix bin

8. 引用文献 (1)

9. 文件与曲线 (10)