4tt3

The Pathway of Binding of the Intrinsically Disordered Mitochondrial Inhibitor Protein to F1-ATPase

Method: X-RAY DIFFRACTION

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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

ATP synthase subunit alpha, mitochondrial

物种未注明

UniProt P19483

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 10	ATP synthase subunit beta, mitochondrial × 3 （P00829） ATP synthase subunit gamma, mitochondrial × 1 （P05631） ATPase inhibitor, mitochondrial × 3 （P01096） ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 3 MAGNESIUM ION × 5 GLYCEROL × 2 ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 2 water × 6	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	ATPA_BOVIN
Isoform	—
PDB实体	1
链与序列区间	作者链 A； PDB构建体 1–510； UniProt 44–553 作者链 B； PDB构建体 1–510； UniProt 44–553 作者链 C； PDB构建体 1–510； UniProt 44–553

ATP synthase subunit beta, mitochondrial

物种未注明

UniProt P00829

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 10	ATP synthase subunit alpha, mitochondrial × 3 （P19483） ATP synthase subunit gamma, mitochondrial × 1 （P05631） ATPase inhibitor, mitochondrial × 3 （P01096） ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 3 MAGNESIUM ION × 5 GLYCEROL × 2 ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 2 water × 6	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	ATPB_BOVIN
Isoform	—
PDB实体	2
链与序列区间	作者链 D； PDB构建体 1–480； UniProt 49–528 作者链 E； PDB构建体 1–480； UniProt 49–528 作者链 F； PDB构建体 1–480； UniProt 49–528

ATP synthase subunit gamma, mitochondrial

物种未注明

UniProt P05631

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 10	ATP synthase subunit alpha, mitochondrial × 3 （P19483） ATP synthase subunit beta, mitochondrial × 3 （P00829） ATPase inhibitor, mitochondrial × 3 （P01096） ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 3 MAGNESIUM ION × 5 GLYCEROL × 2 ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 2 water × 6	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	ATPG_BOVIN
Isoform	—
PDB实体	3
链与序列区间	作者链 G； PDB构建体 1–273； UniProt 26–298

ATPase inhibitor, mitochondrial

Bos taurus

UniProt P01096

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 10	ATP synthase subunit alpha, mitochondrial × 3 （P19483） ATP synthase subunit beta, mitochondrial × 3 （P00829） ATP synthase subunit gamma, mitochondrial × 1 （P05631） ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 3 MAGNESIUM ION × 5 GLYCEROL × 2 ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 2 water × 6	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	ATIF1_BOVIN
Isoform	—
PDB实体	4
链与序列区间	作者链 H； PDB构建体 1–60； UniProt 26–85 作者链 I； PDB构建体 1–60； UniProt 26–85 作者链 J； PDB构建体 1–60； UniProt 26–85

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	4tt3
沉积日期 deposition_date	2014-06-19
结构标题 title	The Pathway of Binding of the Intrinsically Disordered Mitochondrial Inhibitor Protein to F1-ATPase
关键词 keywords	Hydrolase, inhibitor protein; HYDROLASE
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

页面只读取最新 assembly 计算结果。每一条曲线都对应明确的 PDB、official biological assembly 和 coordinate model。

4tt3__assembly_1__model_1

Assembly 1 · Model 1 · CRYSOL 4.1.3-1-20251215 (887e7ef)

下载该曲线 .dat

4tt3__assembly_1__model_1 | I(q)

100 个绘图点；横轴和纵轴均采用对数尺度。

4tt3__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

P(r) 将按相同 assembly/model 分别计算和展示。

Rg（Guinier）	42.78 Å
Rg（电子密度）	41.91 Å
总 Rg	42.31 Å
原子数	24082
残基数	3134
排除体积	430180 Å³
最大 q	0.500 Å⁻¹

Assembly	Model	结构单元	聚集说明	状态	CRYSOL	操作
1	1	`4tt3__assembly_1__model_1`	Decameric （10）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载

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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (9)

实体 1 Entity 1 polymer

描述 description	ATP synthase subunit alpha, mitochondrial
分子量 formula_weight	55301.2 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	3

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A,B,C
原子数 atom_count	24110

QKTGTAEVSSILEERILGADTSVDLEETGRVLSIGDGIARVHGLRNVQAEEMVEFSSGLKGMSLNLEPDNVGVVVFGNDKLIKEGDIVKRTGAIVDVPVGEELLGRVVDALGNAIDGKGPIGSKARRRVGLKAPGIIPRISVREPMQTGIKAVDSLVPIGRGQRELIIGDRQTGKTSIAIDTIINQKRFNDGTDEKKKLYCIYVAIGQKRSTVAQLVKRLTDADAMKYTIVVSATASDAAPLQYLAPYSGCSMGEYFRDNGKHALIIYDDLSKQAVAYRQMSLLLRRPPGREAYPGDVFYLHSRLLERAAKMNDAFGGGSLTALPVIETQAGDVSAYIPTNVISITDGQIFLETELFYKGIRPAINVGLSVSRVGSAAQTRAMKQVAGTMKLELAQYREVAAFAQFGSDLDAATQQLLSRGVRLTELLKQGQYSPMAIEEQVAVIYAGVRGYLDKLEPSKITKFENAFLSHVISQHQALLGKIRTDGKISEESDAKLKEIVTNFLAGFEA

实体 2 Entity 2 polymer

描述 description	ATP synthase subunit beta, mitochondrial
分子量 formula_weight	51615.7 kDa
EC 编号 ec_number	3.6.3.14
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	3

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	D,E,F

QASPSPKAGATTGRIVAVIGAVVDVQFDEGLPPILNALEVQGRETRLVLEVAQHLGESTVRTIAMDGTEGLVRGQKVLDSGAPIRIPVGPETLGRIMNVIGEPIDERGPIKTKQFAAIHAEAPEFVEMSVEQEILVTGIKVVDLLAPYAKGGKIGLFGGAGVGKTVLIMELINNVAKAHGGYSVFAGVGERTREGNDLYHEMIESGVINLKDATSKVALVYGQMNEPPGARARVALTGLTVAEYFRDQEGQDVLLFIDNIFRFTQAGSEVSALLGRIPSAVGYQPTLATDMGTMQERITTTKKGSITSVQAIYVPADDLTDPAPATTFAHLDATTVLSRAIAELGIYPAVDPLDSTSRIMDPNIVGSEHYDVARGVQKILQDYKSLQDIIAILGMDELSEEDKLTVSRARKIQRFLSQPFQVAEVFTGHLGKLVPLKETIKGFQQILAGEYDHLPEQAFYMVGPIEEAVAKADKLAEEHS

实体 3 Entity 3 polymer

描述 description	ATP synthase subunit gamma, mitochondrial
分子量 formula_weight	30300.8 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	G

ATLKDITRRLKSIKNIQKITKSMKMVAAAKYARAERELKPARVYGVGSLALYEKADIKTPEDKKKHLIIGVSSDRGLCGAIHSSVAKQMKSEAANLAAAGKEVKIIGVGDKIRSILHRTHSDQFLVTFKEVGRRPPTFGDASVIALELLNSGYEFDEGSIIFNRFRSVISYKTEEKPIFSLDTISSAESMSIYDDIDADVLRNYQEYSLANIIYYSLKESTTSEQSARMTAMDNASKNASEMIDKLTLTFNRTRQAVITKELIEIISGAAALD

实体 4 Entity 4 polymer

描述 description	ATPase inhibitor, mitochondrial
分子量 formula_weight	7404.0 kDa
突变 mutation	K39A
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	3

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	H,I,J

GSESGDNVRSSAGAVRDAGGAFGKREQAEEERYFRARAAEQLAALKKHHENEISHHAKEIHHHHHH

来源 Source

来源生物 organism	Bos taurus
通用名 common_name	Bovine
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9913
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

实体 5 Entity 5 non-polymer

描述 description	ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE
分子量 formula_weight	507.2 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	3

实体 6 Entity 6 non-polymer

描述 description	MAGNESIUM ION
分子量 formula_weight	24.3 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	5

实体 7 Entity 7 non-polymer

描述 description	GLYCEROL
分子量 formula_weight	92.1 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	2

实体 8 Entity 8 non-polymer

描述 description	ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE
分子量 formula_weight	427.2 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	2

实体 9 Entity 9 water

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	28

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6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 21 domains

CATH v4.4 (21 domains)

结构域编号 domain_id	4tt3A01
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	40 — Beta Barrel
拓扑 Topology topology	30 — Elongation Factor Tu (Ef-tu); domain 3
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	20 —

结构域编号 domain_id	4tt3A02
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology	50 — Rossmann fold
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	300 — P-loop containing nucleotide triphosphate hydrolases

结构域编号 domain_id	4tt3A03
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	20 — Up-down Bundle
拓扑 Topology topology	150 — Lysin
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	20 — ATP synthase alpha/beta chain, C-terminal domain

结构域编号 domain_id	4tt3B01
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	40 — Beta Barrel
拓扑 Topology topology	30 — Elongation Factor Tu (Ef-tu); domain 3
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	20 —

结构域编号 domain_id	4tt3B02
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology	50 — Rossmann fold
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	300 — P-loop containing nucleotide triphosphate hydrolases

结构域编号 domain_id	4tt3B03
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	20 — Up-down Bundle
拓扑 Topology topology	150 — Lysin
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	20 — ATP synthase alpha/beta chain, C-terminal domain

结构域编号 domain_id	4tt3C01
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	40 — Beta Barrel
拓扑 Topology topology	30 — Elongation Factor Tu (Ef-tu); domain 3
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	20 —

结构域编号 domain_id	4tt3C02
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology	50 — Rossmann fold
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	300 — P-loop containing nucleotide triphosphate hydrolases

结构域编号 domain_id	4tt3C03
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	20 — Up-down Bundle
拓扑 Topology topology	150 — Lysin
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	20 — ATP synthase alpha/beta chain, C-terminal domain

结构域编号 domain_id	4tt3D01
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	40 — Beta Barrel
拓扑 Topology topology	10 — Thrombin, subunit H
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	170 —

结构域编号 domain_id	4tt3D02
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology	50 — Rossmann fold
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	300 — P-loop containing nucleotide triphosphate hydrolases

结构域编号 domain_id	4tt3D03
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	10 — Orthogonal Bundle
拓扑 Topology topology	1140 — Bovine Mitochondrial F1-ATPase, ATP Synthase Beta Chain; Chain D, domain3
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Bovine Mitochondrial F1-atpase; Atp Synthase Beta Chain; Chain D, domain 3

结构域编号 domain_id	4tt3E01
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	40 — Beta Barrel
拓扑 Topology topology	10 — Thrombin, subunit H
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	170 —

结构域编号 domain_id	4tt3E02
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology	50 — Rossmann fold
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	300 — P-loop containing nucleotide triphosphate hydrolases

结构域编号 domain_id	4tt3E03
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	10 — Orthogonal Bundle
拓扑 Topology topology	1140 — Bovine Mitochondrial F1-ATPase, ATP Synthase Beta Chain; Chain D, domain3
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Bovine Mitochondrial F1-atpase; Atp Synthase Beta Chain; Chain D, domain 3

结构域编号 domain_id	4tt3F01
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	40 — Beta Barrel
拓扑 Topology topology	10 — Thrombin, subunit H
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	170 —

结构域编号 domain_id	4tt3F02
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology	50 — Rossmann fold
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	300 — P-loop containing nucleotide triphosphate hydrolases

结构域编号 domain_id	4tt3F03
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	10 — Orthogonal Bundle
拓扑 Topology topology	1140 — Bovine Mitochondrial F1-ATPase, ATP Synthase Beta Chain; Chain D, domain3
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Bovine Mitochondrial F1-atpase; Atp Synthase Beta Chain; Chain D, domain 3

结构域编号 domain_id	4tt3G01
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	10 — Orthogonal Bundle
拓扑 Topology topology	287 — Helix Hairpins
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	80 — ATP synthase, gamma subunit, helix hairpin domain

结构域编号 domain_id	4tt3G02
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology	1380 — Pyruvate Kinase; Chain: A, domain 1
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — ATP synthase, F1 complex, gamma subunit

结构域编号 domain_id	4tt3H00
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	20 — Up-down Bundle
拓扑 Topology topology	5 — Single alpha-helices involved in coiled-coils or other helix-helix interfaces
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	500 — Single helix bin

▶

晶胞边长 a length_a	108.385 Å
晶胞边长 b length_b	154.545 Å
晶胞边长 c length_c	272.040 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	12

空间群 space_group	P 21 21 21
空间群编号 int_tables_number	19
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	3.210 Å
最低分辨率 resolution_low	136.020 Å
R 因子 r_factor	0.2443
R_work r_work	0.2422
R_free r_free	0.2834

The Pathway of Binding of the Intrinsically Disordered Mitochondrial Inhibitor Protein to F1-ATPase

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

ATP synthase subunit alpha, mitochondrial

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

ATP synthase subunit beta, mitochondrial

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

ATP synthase subunit gamma, mitochondrial

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

ATPase inhibitor, mitochondrial

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

4tt3__assembly_1__model_1

4tt3__assembly_1__model_1 | I(q)

4tt3__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (9)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

实体 2 Entity 2 polymer

聚合物 Polymer

实体 3 Entity 3 polymer

聚合物 Polymer

实体 4 Entity 4 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 5 Entity 5 non-polymer

实体 6 Entity 6 non-polymer

实体 7 Entity 7 non-polymer

实体 8 Entity 8 non-polymer

实体 9 Entity 9 water

6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 21 domains

CATH v4.4 (21 domains)

7. 引用文献 (1)