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4CE4
39S large subunit of the porcine mitochondrial ribosome
提交 2013-11-08
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聚集状态不同
配体/离子不同
实验环境不同
结构质量不同
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Assembly 1
蛋白–RNA
异源复合物;蛋白 × 36
PDB 声明:38-meric
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链 T
1–292(292 aa)
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未记录
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ZN ZINC ION × 2
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ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
20 MM HEPES-KOH PH 7.9, 100 MM KCL, 1 MM DTT, 20 MM MGCL2;pH 7.9;20 MM HEPES-KOH PH 7.9, 100 MM KCL, 1 MM DTT, 20 MM MGCL2
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE;MANUAL BLOTTING FOLLOWED BY MANUAL PLUNGING INTO LIQUID ETHANE
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分辨率 4.90 Å
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5AJ4
Structure of the 55S mammalian mitoribosome.
提交 2015-02-20
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聚集状态不同
配体/离子不同
结构质量不同
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Assembly 1
蛋白–RNA
异源复合物;蛋白 × 83
PDB 声明:89-meric
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链 BT
1–292(292 aa)
|
未记录
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MG MAGNESIUM ION × 351
ZN ZINC ION × 6
GDP GUANOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1
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ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
20 MM HEPES-KOH, 50 MM KCL, 40 MM MGCL2, 1 MM DTT;pH 7.4;20 MM HEPES-KOH, 50 MM KCL, 40 MM MGCL2, 1 MM DTT
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE-PROPANE;MIXTURE OF LIQUID ETHANE AND PROPANE
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分辨率 3.80 Å
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6GAW
Unique features of mammalian mitochondrial translation initiation revealed by cryo-EM. This file contains the complete 55S ribosome.
提交 2018-04-13
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构建体不同
聚集状态不同
配体/离子不同
实验环境不同
结构质量不同
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Assembly 1
蛋白–RNA
异源复合物;蛋白 × 90
PDB 声明:95-meric
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链 BT
12–303(292 aa)
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未记录
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MG MAGNESIUM ION × 326
ZN ZINC ION × 6
5GP GUANOSINE-5'-MONOPHOSPHATE × 2
SPM SPERMINE × 3
GSP 5'-GUANOSINE-DIPHOSPHATE-MONOTHIOPHOSPHATE × 1
NA SODIUM ION × 1
FME N-FORMYLMETHIONINE × 1
GTP GUANOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 1
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ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7.6
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
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分辨率 3.20 Å
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6GAZ
Unique features of mammalian mitochondrial translation initiation revealed by cryo-EM. This file contains the 28S ribosomal subunit.
提交 2018-04-13
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构建体不同
聚集状态不同
配体/离子不同
实验环境不同
结构质量不同
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Assembly 1
蛋白–RNA
异源复合物;蛋白 × 33
PDB 声明:36-meric
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链 BT
12–303(292 aa)
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未记录
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GSP 5'-GUANOSINE-DIPHOSPHATE-MONOTHIOPHOSPHATE × 1
MG MAGNESIUM ION × 111
NA SODIUM ION × 1
SPM SPERMINE × 1
ZN ZINC ION × 3
FME N-FORMYLMETHIONINE × 1
GTP GUANOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 1
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ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7.6
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
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分辨率 3.10 Å
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6YDP
55S mammalian mitochondrial ribosome with mtEFG1 and P site fMet-tRNAMet (POST)
提交 2020-03-20
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构建体不同
聚集状态不同
配体/离子不同
实验环境不同
结构质量不同
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Assembly 1
蛋白–RNA
异源复合物;蛋白 × 89
PDB 声明:94-meric
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链 BT
12–303(292 aa)
|
未记录
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MG MAGNESIUM ION × 326
ZN ZINC ION × 6
SPM SPERMINE × 3
FME N-FORMYLMETHIONINE × 1
GTP GUANOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 1
5GP GUANOSINE-5'-MONOPHOSPHATE × 2
GNP PHOSPHOAMINOPHOSPHONIC ACID-GUANYLATE ESTER × 1
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ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7.6
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE-PROPANE
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分辨率 3.00 Å
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6YDW
55S mammalian mitochondrial ribosome with mtEFG1 and two tRNAMet (TI-POST)
提交 2020-03-21
|
构建体不同
聚集状态不同
配体/离子不同
实验环境不同
结构质量不同
|
Assembly 1
蛋白–RNA
异源复合物;蛋白 × 89
PDB 声明:95-meric
|
链 BT
12–303(292 aa)
|
未记录
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MG MAGNESIUM ION × 325
ZN ZINC ION × 6
SPM SPERMINE × 3
FME N-FORMYLMETHIONINE × 1
GTP GUANOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 1
5GP GUANOSINE-5'-MONOPHOSPHATE × 1
GNP PHOSPHOAMINOPHOSPHONIC ACID-GUANYLATE ESTER × 1
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ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7.6
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE-PROPANE
|
分辨率 4.20 Å
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7NQH
55S mammalian mitochondrial ribosome with mtRF1a and P-site tRNAMet
提交 2021-03-01
|
构建体不同
聚集状态不同
配体/离子不同
实验环境不同
结构质量不同
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Assembly 1
蛋白–RNA
异源复合物;蛋白 × 88
PDB 声明:93-meric
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链 BT
12–303(292 aa)
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未记录
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MG MAGNESIUM ION × 323
ZN ZINC ION × 6
SPM SPERMINE × 3
GTP GUANOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 1
5GP GUANOSINE-5'-MONOPHOSPHATE × 2
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ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7.6
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE-PROPANE
|
分辨率 3.50 Å
|
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7NQL
55S mammalian mitochondrial ribosome with ICT1 and P site tRNAMet
提交 2021-03-01
|
构建体不同
聚集状态不同
配体/离子不同
实验环境不同
|
Assembly 1
蛋白–RNA
异源复合物;蛋白 × 88
PDB 声明:93-meric
|
链 BT
12–303(292 aa)
|
未记录
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ZN ZINC ION × 6
MG MAGNESIUM ION × 335
5GP GUANOSINE-5'-MONOPHOSPHATE × 2
SPM SPERMINE × 3
GTP GUANOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 1
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ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7.6
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE-PROPANE
|
分辨率 3.40 Å
|
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7NSH
39S mammalian mitochondrial large ribosomal subunit with mtRRF (post) and mtEFG2
提交 2021-03-07
|
构建体不同
聚集状态不同
配体/离子不同
实验环境不同
结构质量不同
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Assembly 1
蛋白–RNA
异源复合物;蛋白 × 59
PDB 声明:61-meric
|
链 BT
12–303(292 aa)
|
未记录
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MG MAGNESIUM ION × 221
ZN ZINC ION × 3
5GP GUANOSINE-5'-MONOPHOSPHATE × 2
SPM SPERMINE × 2
GNP PHOSPHOAMINOPHOSPHONIC ACID-GUANYLATE ESTER × 1
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ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7.6
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE-PROPANE
|
分辨率 3.20 Å
|
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7NSI
55S mammalian mitochondrial ribosome with mtRRF (pre) and tRNA(P/E)
提交 2021-03-07
|
构建体不同
聚集状态不同
配体/离子不同
实验环境不同
结构质量不同
|
Assembly 1
蛋白–RNA
异源复合物;蛋白 × 88
PDB 声明:93-meric
|
链 BT
12–303(292 aa)
|
未记录
|
MG MAGNESIUM ION × 327
ZN ZINC ION × 6
SPM SPERMINE × 3
5GP GUANOSINE-5'-MONOPHOSPHATE × 1
GTP GUANOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 1
|
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7.6
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE-PROPANE
|
分辨率 4.60 Å
|
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7NSJ
55S mammalian mitochondrial ribosome with tRNA(P/P) and tRNA(E*)
提交 2021-03-07
|
构建体不同
聚集状态不同
配体/离子不同
实验环境不同
结构质量不同
|
Assembly 1
蛋白–RNA
异源复合物;蛋白 × 87
PDB 声明:93-meric
|
链 BT
12–303(292 aa)
|
未记录
|
MG MAGNESIUM ION × 324
ZN ZINC ION × 6
SPM SPERMINE × 3
5GP GUANOSINE-5'-MONOPHOSPHATE × 1
GTP GUANOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 1
|
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7.6
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE-PROPANE
|
分辨率 3.90 Å
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8OIN
55S mammalian mitochondrial ribosome with mtRF1 and P-site tRNA
提交 2023-03-23
|
构建体不同
聚集状态不同
配体/离子不同
实验环境不同
结构质量不同
|
Assembly 1
蛋白–RNA
异源复合物;蛋白 × 88
PDB 声明:94-meric
|
链 BX
1–303(303 aa)
|
未记录
|
MG MAGNESIUM ION × 332
K POTASSIUM ION × 41
PHE PHENYLALANINE × 1
ZN ZINC ION × 3
FES FE2/S2 (INORGANIC) CLUSTER × 3
SPM SPERMINE × 1
SPD SPERMIDINE × 1
FME N-FORMYLMETHIONINE × 1
ATP ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 1
GDP GUANOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1
|
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7.5;20mM HEPES-KOH pH=7.5, 100mM KCl, 20mM MgCl2, ~1% sucrose (from mtRF1 storage buffer)
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE-PROPANE
|
分辨率 3.60 Å
|
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8OIP
28S mammalian mitochondrial small ribosomal subunit with mtRF1 and P-site tRNA
提交 2023-03-23
|
构建体不同
聚集状态不同
配体/离子不同
实验环境不同
结构质量不同
|
Assembly 1
蛋白–RNA
异源复合物;蛋白 × 33
PDB 声明:36-meric
|
链 BX
1–303(303 aa)
|
未记录
|
MG MAGNESIUM ION × 127
SPM SPERMINE × 1
SPD SPERMIDINE × 1
K POTASSIUM ION × 11
ZN ZINC ION × 1
FS2 FE-S-O HYBRID CLUSTER × 2
ATP ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 1
GDP GUANOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1
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ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7.5;20mM HEPES-KOH pH=7.5, 100mM KCl, 20mM MgCl2, ~1% sucrose (from mtRF1 storage buffer)
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE-PROPANE
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分辨率 3.60 Å
|
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8OIQ
39S mammalian mitochondrial large ribosomal subunit with mtRF1 and P-site tRNA
提交 2023-03-23
|
构建体不同
聚集状态不同
配体/离子不同
实验环境不同
结构质量不同
|
Assembly 1
蛋白–RNA
异源复合物;蛋白 × 58
PDB 声明:62-meric
|
链 BX
1–303(303 aa)
|
未记录
|
MG MAGNESIUM ION × 205
K POTASSIUM ION × 30
PHE PHENYLALANINE × 1
ZN ZINC ION × 2
FES FE2/S2 (INORGANIC) CLUSTER × 1
FME N-FORMYLMETHIONINE × 1
|
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7.5;20mM HEPES-KOH pH=7.5, 100mM KCl, 20mM MgCl2, ~1% sucrose (from mtRF1 storage buffer)
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE-PROPANE
|
分辨率 3.50 Å
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