5bt1

histone chaperone Hif1 playing with histone H2A-H2B dimer

Method: X-RAY DIFFRACTION Dmax: 105.0 Å Quality: GOOD

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

HAT1-interacting factor 1

Saccharomyces cerevisiae (strain ATCC 204508 / S288c)

UniProt Q12373

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 蛋白异源复合物 异源复合物 蛋白 × 4 PDB 声明:tetrameric(4) 与蛋白拷贝数一致 链 A; UniProt 1–385 链 B; UniProt 1–385 未记录 Histone H2A.1 × 1 (P04911) Histone H2B.1 × 1 (P02293) X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件:VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP;287 K;0.1M Magnesium formate dihydrate, 15% PEG3350 分辨率 2.62 Å R-free 0.262

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly, “相对当前条目”直接指出证据层面的不同;没有差异标签表示当前已读取字段一致。

共 1 个其他 PDB 条目、1 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 HIF1_YEAST
Isoform
PDB实体 1
链与序列区间 作者链 A; PDB构建体 1–385; UniProt 1–385 作者链 B; PDB构建体 1–385; UniProt 1–385

Histone H2A.1

Saccharomyces cerevisiae (strain ATCC 204508 / S288c)

UniProt P04911

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 蛋白异源复合物 异源复合物 蛋白 × 4 PDB 声明:tetrameric(4) 与蛋白拷贝数一致 链 C; UniProt 1–132 未记录 HAT1-interacting factor 1 × 2 (Q12373) Histone H2B.1 × 1 (P02293) X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件:VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP;287 K;0.1M Magnesium formate dihydrate, 15% PEG3350 分辨率 2.62 Å R-free 0.262

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly, “相对当前条目”直接指出证据层面的不同;没有差异标签表示当前已读取字段一致。

共 20 个其他 PDB 条目、25 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 H2A1_YEAST
Isoform
PDB实体 2
链与序列区间 作者链 C; PDB构建体 12–143; UniProt 1–132

Histone H2B.1

Saccharomyces cerevisiae (strain ATCC 204508 / S288c)

UniProt P02293

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 蛋白异源复合物 异源复合物 蛋白 × 4 PDB 声明:tetrameric(4) 与蛋白拷贝数一致 链 D; UniProt 1–131 未记录 HAT1-interacting factor 1 × 2 (Q12373) Histone H2A.1 × 1 (P04911) X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件:VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP;287 K;0.1M Magnesium formate dihydrate, 15% PEG3350 分辨率 2.62 Å R-free 0.262

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly, “相对当前条目”直接指出证据层面的不同;没有差异标签表示当前已读取字段一致。

共 23 个其他 PDB 条目、28 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 H2B1_YEAST
Isoform
PDB实体 3
链与序列区间 作者链 D; PDB构建体 12–142; UniProt 1–131

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。 链映射与序列区间收在“数据证据”中;数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护,因此不在读者页面展示。

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

SAXS profile for 5bt1

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

P(r) distribution for 5bt1
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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id5bt1
沉积日期 deposition_date2015-06-02
结构标题 titlehistone chaperone Hif1 playing with histone H2A-H2B dimer
关键词 keywordsHistone chaperone complex, TPR, NASP homolog, assembly, CHAPERONE; CHAPERONE
实验方法 methodX-RAY DIFFRACTION

3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier31.32
回转半径 Rg (电子) rg_electron30.68
零角强度 I(0) i089911200.00
分子量 molecular_weight74817.0 kDa
排除体积 excluded_volume93698 ų
包络体积 envelope_volume122130 ų
水化壳体积 shell_volume34001 ų
包络直径 envelope_diameter110.1
壳层 Rg shell_rg37.02
包络 Rg envelope_rg30.73
形状 Rg shape_rg30.65
总 Rg total_rg31.32
总原子数 total_atoms5270
残基数 n_residues668
球谐函数阶数 n_harmonics20
q 范围 q_range— – 0.5000 −1
数据点数 n_points101
壳层类型 shell_typedirectional
溶剂电子密度 solvent_density0.3340 e/ų
壳层衬度 contrast_shell0.0300 e/ų
CRYSOL 版本 crysol_version4.1.3

4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax105.0
Rg (实空间) rg_real31.40
Rg 误差 (实空间) rg_real_error0.76
I(0) (实空间) i0_real8.9910e+07
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error1.4170e+06
Rg (倒空间) rg_reciprocal31.37
I(0) (倒空间) i0_reciprocal89910000.0000
解质量估计 total_estimate0.8849
解质量评级 solution_quality GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks0
主峰位置 r_peak_primary
偏度 Skewness skewness0.380
峰度 Kurtosis kurtosis-0.422
角度范围 angular_range— – 0.2550 −1
当前正则化参数 α current_alpha0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha15640000.0000
实空间数据点数 n_real_points52
GNOM 版本 gnom_version4.1.3
质量判据 quality_criteria AN1: 0.000; Oscil: 0.874; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.918; Smooth: 0.958

5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (4)

7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 6 domains

SCOP 2.08 (2 domains)

结构域编号 domain_idd5bt1c_
类 Class classa — All alpha proteins
折叠类型 Fold folda.22 — Histone-fold
超家族 Superfamily superfamilya.22.1 — Histone-fold
家族 Family familya.22.1.1 — Nucleosome core histones
结构域编号 domain_idd5bt1d_
类 Class classa — All alpha proteins
折叠类型 Fold folda.22 — Histone-fold
超家族 Superfamily superfamilya.22.1 — Histone-fold
家族 Family familya.22.1.1 — Nucleosome core histones

CATH v4.4 (4 domains)

结构域编号 domain_id5bt1A00
类 Class class1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture25 — Alpha Horseshoe
拓扑 Topology topology40 — Serine Threonine Protein Phosphatase 5, Tetratricopeptide repeat
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10 — Tetratricopeptide repeat domain
结构域编号 domain_id5bt1B00
类 Class class1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture25 — Alpha Horseshoe
拓扑 Topology topology40 — Serine Threonine Protein Phosphatase 5, Tetratricopeptide repeat
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10 — Tetratricopeptide repeat domain
结构域编号 domain_id5bt1C00
类 Class class1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture10 — Orthogonal Bundle
拓扑 Topology topology20 — Histone, subunit A
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10 — Histone, subunit A
结构域编号 domain_id5bt1D00
类 Class class1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture10 — Orthogonal Bundle
拓扑 Topology topology20 — Histone, subunit A
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10 — Histone, subunit A

8. 引用文献 (1)

9. 文件与曲线 (10)