5fpi

Mu2 adaptin subunit of the AP2 adaptor (C-terminal domain) complexed with Integrin alpha4 internalisation peptide QYKSILQE

Method: X-RAY DIFFRACTION D_max: 87.5 Å Quality: REASONABLE

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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

AP-2 COMPLEX SUBUNIT MU

RATTUS NORVEGICUS

当前结构中的状态

Assembly	聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与共同组分	实验方法与环境	结构质量
1	蛋白异源复合物异源复合物蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2）与蛋白拷贝数一致	链 A； UniProt 1–435	片段：INTERNALISATION SIGNAL BINDING DOMAIN	INTEGRIN ALPHA-4 SUBUNIT × 1 （Q8IU71）	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：pH 6.5；2.2M NACL, 0.4M NAKPHOSPHATE, 20% V/V GLYCEROL, 0.1M MES PH6.5, 5MM DTT	分辨率 2.77 Å R-free 0.224

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

其他 PDB	相对当前条目 5FPI	Assembly / 聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与非聚合物	实验方法与环境	结构质量
1BW8 MU2 ADAPTIN SUBUNIT (AP50) OF AP2 ADAPTOR (SECOND DOMAIN), COMPLEXED WITH EGFR INTERNALIZATION PEPTIDE FYRALM 提交 1998-09-30	构建体不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 122–435（314 aa）片段：INTERNALIZATION SIGNAL BINDING DOMAIN	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.1；HANGING DROP, 2.2M NACL, 0.4M NA/K PHOSPHATE, 10MM DTT 0.1M MES PH 7.1, 15% GLYCEROL, 16DEGREES, MOLAR RATIO OF PEPTIDE TO PROTEIN 3:1, vapor diffusion - hanging drop	分辨率 2.65 Å R-free 0.296
1BXX MU2 ADAPTIN SUBUNIT (AP50) OF AP2 ADAPTOR (SECOND DOMAIN), COMPLEXED WITH TGN38 INTERNALIZATION PEPTIDE DYQRLN 提交 1998-10-08	构建体不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 158–435（278 aa）片段：INTERNALIZATION SIGNAL BINDING DOMAIN	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.1；289 K；HANGING DROP, 2.2M NACL, 0.4M NA/K PHOSPHATE, 10MM DTT 0.1M MES PH 7.1, 15% GLYCEROL, 16DEGREES, MOLAR RATIO OF PEPTIDE TO PROTEIN 3:1, vapor diffusion - hanging drop, temperature 289K	分辨率 2.70 Å R-free 0.325
1I31 MU2 ADAPTIN SUBUNIT (AP50) OF AP2 CLATHRIN ADAPTOR, COMPLEXED WITH EGFR INTERNALIZATION PEPTIDE FYRALM AT 2.5 A RESOLUTION 提交 2001-02-12	构建体不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 122–435（314 aa）片段：RESIDUES 122-435	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 4.5；291 K；SODIUM FORMATE, SODIUM ACETATE, pH 4.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 291K	分辨率 2.50 Å R-free 0.255
2BP5 MU2 ADAPTIN SUBUNIT (AP50) OF AP2 ADAPTOR (SECOND DOMAIN), COMPLEXED WITH NON-CANONICAL INTERNALIZATION PEPTIDE VEDYEQGLSG 提交 2005-04-18	构建体不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 M 1–435（435 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 7.1；289 K；2.2M NACL, 0.4M NA/K PHOSPHATE PH 7.1, 10MM DTT, 0.1M MES, 15% GLYCEROL, 16 DEGREES	分辨率 2.80 Å R-free 0.251
2JKR AP2 CLATHRIN ADAPTOR CORE with Dileucine peptide RM(phosphoS)QIKRLLSE 提交 2008-08-29	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 5 PDB 声明：pentameric	链 M 1–435（435 aa）	未记录	SO4 SULFATE ION × 14	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 6.5；1.7-2.2M AMMONIUM SULPHATE, 100MM SODIUM CITRATE PH6 .5 AND 5MM DTT FROM A MIXTURE OF 10MG/ML AP2 CORE AND 7MG/ML PEPTIDE. CRYOPROTECTED WITH 1.8-2.3M AMMONIUM SULPHATE, 100MM SODIUM CITRATE PH 6.5, 17% GLYCEROL AND 7MG/ ML CD4 DILEUCINE PEPTIDE	分辨率 2.98 Å R-free 0.260
2JKR AP2 CLATHRIN ADAPTOR CORE with Dileucine peptide RM(phosphoS)QIKRLLSE 提交 2008-08-29	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 5 PDB 声明：pentameric	链 U 1–435（435 aa）	未记录	SO4 SULFATE ION × 17	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 6.5；1.7-2.2M AMMONIUM SULPHATE, 100MM SODIUM CITRATE PH6 .5 AND 5MM DTT FROM A MIXTURE OF 10MG/ML AP2 CORE AND 7MG/ML PEPTIDE. CRYOPROTECTED WITH 1.8-2.3M AMMONIUM SULPHATE, 100MM SODIUM CITRATE PH 6.5, 17% GLYCEROL AND 7MG/ ML CD4 DILEUCINE PEPTIDE	分辨率 2.98 Å R-free 0.260
2JKT AP2 CLATHRIN ADAPTOR CORE with CD4 Dileucine peptide RM(phosphoS) EIKRLLSE Q to E mutant 提交 2008-08-29	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 5 PDB 声明：pentameric	链 M 1–435（435 aa）	未记录	SO4 SULFATE ION × 15	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 6.5；1.7-2.2M AMMONIUM SULPHATE, 100MM SODIUM CITRATE PH6 .5 AND 5MM DTT FROM A MIXTURE OF 10MG/ML AP2 CORE AND 7MG/ML PEPTIDE. CRYOPROTECTED WITH 1.8-2.3M AMMONIUM SULPHATE, 100MM SODIUM CITRATE PH 6.5, 17% GLYCEROL AND 7MG/ ML CD4 DILEUCINE PEPTIDE	分辨率 3.40 Å R-free 0.256
2JKT AP2 CLATHRIN ADAPTOR CORE with CD4 Dileucine peptide RM(phosphoS) EIKRLLSE Q to E mutant 提交 2008-08-29	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 5 PDB 声明：pentameric	链 U 1–435（435 aa）	未记录	SO4 SULFATE ION × 16	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 6.5；1.7-2.2M AMMONIUM SULPHATE, 100MM SODIUM CITRATE PH6 .5 AND 5MM DTT FROM A MIXTURE OF 10MG/ML AP2 CORE AND 7MG/ML PEPTIDE. CRYOPROTECTED WITH 1.8-2.3M AMMONIUM SULPHATE, 100MM SODIUM CITRATE PH 6.5, 17% GLYCEROL AND 7MG/ ML CD4 DILEUCINE PEPTIDE	分辨率 3.40 Å R-free 0.256
2PR9 Mu2 adaptin subunit (AP50) of AP2 adaptor (second domain), complexed with GABAA receptor-gamma2 subunit-derived internalization peptide DEEYGYECL 提交 2007-05-04	构建体不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 158–435（278 aa）片段：second domain (residues 158-435)	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 6；291 K；2.0 M sodium formate, 0.1 M Na-acetate, pH 6.0, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 291K	分辨率 2.51 Å R-free 0.240
2VGL AP2 CLATHRIN ADAPTOR CORE 提交 2007-11-14	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 M 1–435（435 aa）	未记录	IHP INOSITOL HEXAKISPHOSPHATE × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 6.2；18% PEG, 10MM NA/K PHOSPHATE PH 6.2, 200MM NACL, 4MM DTT, IP6	分辨率 2.60 Å R-free 0.339
2XA7 AP2 clathrin adaptor core in active complex with cargo peptides 提交 2010-03-29	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 5 PDB 声明：pentameric	链 M 1–236（236 aa）链 M 237–435（199 aa）	未记录	SO4 SULFATE ION × 5	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 6.5；0.6-0.8M LISO4, 0.6-0.7M NH4SO4, 100MM NA CITRATE PH 6.5; CRYOPROTECTANT 20% GLYCEROL	分辨率 3.10 Å R-free 0.285
2XA7 AP2 clathrin adaptor core in active complex with cargo peptides 提交 2010-03-29	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 M 1–236（236 aa）链 M 237–435（199 aa）	未记录	SO4 SULFATE ION × 5	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 6.5；0.6-0.8M LISO4, 0.6-0.7M NH4SO4, 100MM NA CITRATE PH 6.5; CRYOPROTECTANT 20% GLYCEROL	分辨率 3.10 Å R-free 0.285
3H85 Molecular basis for the association of PIPKI gamma-p90 with the clathrin adaptor AP-2 提交 2009-04-28	构建体不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 158–435（278 aa）片段：UNP residues 158-435	未记录	NI NICKEL (II) ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6；291 K；1.4M sodium formate, 50mM NiCl, 0.1M Na-acetate, pH6.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 291.0K	分辨率 2.60 Å R-free 0.263
3ML6 a complex between Dishevelled2 and clathrin adaptor AP-2 提交 2010-04-16	构建体不同聚集状态不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 信息不足单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 170–435（266 aa）片段：PROTEIN Dishevelled2 (UNP RESIDUES 417-510), AP-2 COMPLEX 2 MU SUBUNIT (UNP RESIDUES 170-435)	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 5.5；293 K；0.7 M K/Na tartrate, 0.1 M sodium citrate, pH 5.5, 10 mM DTT, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K	分辨率 3.50 Å R-free 0.335
3ML6 a complex between Dishevelled2 and clathrin adaptor AP-2 提交 2010-04-16	构建体不同聚集状态不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 信息不足单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 B 170–435（266 aa）片段：PROTEIN Dishevelled2 (UNP RESIDUES 417-510), AP-2 COMPLEX 2 MU SUBUNIT (UNP RESIDUES 170-435)	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 5.5；293 K；0.7 M K/Na tartrate, 0.1 M sodium citrate, pH 5.5, 10 mM DTT, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K	分辨率 3.50 Å R-free 0.335
3ML6 a complex between Dishevelled2 and clathrin adaptor AP-2 提交 2010-04-16	构建体不同聚集状态不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 3 信息不足单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 C 170–435（266 aa）片段：PROTEIN Dishevelled2 (UNP RESIDUES 417-510), AP-2 COMPLEX 2 MU SUBUNIT (UNP RESIDUES 170-435)	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 5.5；293 K；0.7 M K/Na tartrate, 0.1 M sodium citrate, pH 5.5, 10 mM DTT, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K	分辨率 3.50 Å R-free 0.335
3ML6 a complex between Dishevelled2 and clathrin adaptor AP-2 提交 2010-04-16	构建体不同聚集状态不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 4 信息不足单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 D 170–435（266 aa）片段：PROTEIN Dishevelled2 (UNP RESIDUES 417-510), AP-2 COMPLEX 2 MU SUBUNIT (UNP RESIDUES 170-435)	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 5.5；293 K；0.7 M K/Na tartrate, 0.1 M sodium citrate, pH 5.5, 10 mM DTT, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K	分辨率 3.50 Å R-free 0.335
3ML6 a complex between Dishevelled2 and clathrin adaptor AP-2 提交 2010-04-16	构建体不同聚集状态不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 5 信息不足单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 E 170–435（266 aa）片段：PROTEIN Dishevelled2 (UNP RESIDUES 417-510), AP-2 COMPLEX 2 MU SUBUNIT (UNP RESIDUES 170-435)	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 5.5；293 K；0.7 M K/Na tartrate, 0.1 M sodium citrate, pH 5.5, 10 mM DTT, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K	分辨率 3.50 Å R-free 0.335
3ML6 a complex between Dishevelled2 and clathrin adaptor AP-2 提交 2010-04-16	构建体不同聚集状态不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 6 信息不足单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 F 170–435（266 aa）片段：PROTEIN Dishevelled2 (UNP RESIDUES 417-510), AP-2 COMPLEX 2 MU SUBUNIT (UNP RESIDUES 170-435)	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 5.5；293 K；0.7 M K/Na tartrate, 0.1 M sodium citrate, pH 5.5, 10 mM DTT, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K	分辨率 3.50 Å R-free 0.335
4UQI AP2 controls clathrin polymerization with a membrane-activated switch 提交 2014-06-23	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 M 1–435（435 aa）	未记录	CL CHLORIDE ION × 1 IHP INOSITOL HEXAKISPHOSPHATE × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 6.2；18% PEG1000, 10MM NA/K PHOSPHATE PH 6.2, 200MM NACL, 4MM DTT, IP6	分辨率 2.79 Å R-free 0.259
5C7Z AP2 Mu2 adaptin C-terminal domain complexed with integrin alpha-4 peptide 提交 2015-06-25	构建体不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 159–435（277 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.1；293 K；2.2M NaCl, 0.4M Na/K phosphate, 10MM DTT 0.1M MES pH 7.1, 15% glycerol, molar ratio of peptide to protein 3:1	分辨率 2.77 Å R-free 0.224
5WRK Mu2 subunit of the clathrin adaptor complex AP2 in complex with IRS-1 Y608 peptide 提交 2016-12-02	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 158–223（66 aa）片段：UNP residues 158-223,UNP residues 261-435 链 A 261–435（175 aa）片段：UNP residues 158-223,UNP residues 261-435	未记录	NI NICKEL (II) ION × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；293 K；1.4M Na formate, 0.05M NiCl, 0.1M Na acetate pH 6.0	分辨率 2.62 Å R-free 0.223
5WRL Mu2 subunit of the clathrin adaptor complex AP2 in complex with IRS-1 Y628 peptide 提交 2016-12-02	构建体不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 158–435（278 aa）片段：UNP residues 158-435	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.5；291 K；2.2M NaCl, 0.4M Na/K Phosphate, 0.01M DTT, 15% Glycerol, 0.1M MES pH 6.5	分辨率 3.10 Å R-free 0.251
5WRM Mu2 subunit of the clathrin adaptor complex AP2 in complex with IRS-1 Y658 peptide 提交 2016-12-02	构建体不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 158–435（278 aa）片段：UNP residues 158-435	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；291 K；2.3M NaCl, 0.4M Na/K Phosphate, 0.01M DTT, 15% Glycerol, 0.1M MES pH 6.5	分辨率 2.60 Å R-free 0.227
6QH5 AP2 clathrin adaptor mu2T156-phosphorylated core in closed conformation 提交 2019-01-15	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 5 PDB 声明：pentameric	链 M 1–435（435 aa）链 N 1–435（435 aa）	非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）	IHP INOSITOL HEXAKISPHOSPHATE × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.2；289 K；20% PEG 1000; 100 mM Na+/K+ phosphate buffer (pH 7.2), 200 mM NaCl, and 10 mM DTT	分辨率 2.56 Å R-free 0.257
6QH6 AP2 clathrin adaptor core with two cargo peptides in open+ conformation 提交 2019-01-15	构建体不同聚集状态不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 7 PDB 声明：heptameric	链 N 1–435（435 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.4；289 K；7.5% PVA, 9% 1-propanol, 90 mM Hepes pH 7.4, 100 mM guanidine hydrochloride	分辨率 5.00 Å R-free 0.285
6RH6 Solution structure and 1H, 13C and 15N chemical shift assignments for the complex of NECAP1 PHear domain with phosphorylated AP2 mu2 148-163 提交 2019-04-18	构建体不同突变/修饰不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 B 149–163（15 aa）	非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）	未记录非水小分子	SOLUTION NMR NMR测量条件 pH 7；298 K；离子强度（mmCIF原始值）70；压力 1 NMR样品组成 0.5 mM [U-98% 13C; U-98% 15N] NECAP1 1-133, 0.5 mM AP2 mu2 148-163, 70 mM [U-2H] sodium acetate, 95% H2O/5% D2O \| 95% H2O/5% D2O NMR样品组成 0.5 mM [U-98% 13C; U-98% 15N] NECAP1, 0.5 mM [U-98% 13C; U-98% 15N] AP2 mu2 148-163, 70 mM [U-2H] sodium acetate, 100% D2O \| 100% D2O	分辨率未提供
6YAE AP2 core in physiological buffer 提交 2020-03-12	构建体不同聚集状态不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 M 1–435（435 aa）	未记录	未记录非水小分子	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.2 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.90 Å
6YAF AP2 on a membrane containing tyrosine-based cargo peptide 提交 2020-03-12	构建体不同聚集状态不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 5 PDB 声明：pentameric	链 M 1–435（435 aa）	未记录	未记录非水小分子	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.2 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE；The sample was supplemented with 10 nm nanogold fiducials, and 3 ul of the mixture was backside blotted for 3 seconds.	分辨率 9.10 Å
6YAH AP2 in clathrin coats assembled on a membrane containing dileucine- and tyrosine-based cargo peptides 提交 2020-03-12	构建体不同聚集状态不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 M 1–435（435 aa）	未记录	未记录非水小分子	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.2 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE；The sample was supplemented with 10 nm nanogold fiducials, and 3 ul of the mixture was backside blotted for 3 seconds.	分辨率 10.20 Å
7OFP Apo Structure of Mu2 Adaptin Subunit (Ap50) Of AP2 Clathrin Adaptor 提交 2021-05-05	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 158–435（278 aa）	未记录	GOL GLYCEROL × 6 CIT CITRIC ACID × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7；289 K；Protein (10 mg/ml) and peptide (DVDEEGYSIKPETNQNDTKENHFYSS) (2mg/ml) were equilibrated against 1.5M Ammonium Sulphate 0.1M Hepes pH 7.0. Crystals were cryo-protected by soaking in mother liquor supplemented with 20% glycerol and peptide (peptide did not crystallise).	分辨率 1.92 Å R-free 0.210
7OFP Apo Structure of Mu2 Adaptin Subunit (Ap50) Of AP2 Clathrin Adaptor 提交 2021-05-05	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 B 158–435（278 aa）	未记录	GOL GLYCEROL × 3	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7；289 K；Protein (10 mg/ml) and peptide (DVDEEGYSIKPETNQNDTKENHFYSS) (2mg/ml) were equilibrated against 1.5M Ammonium Sulphate 0.1M Hepes pH 7.0. Crystals were cryo-protected by soaking in mother liquor supplemented with 20% glycerol and peptide (peptide did not crystallise).	分辨率 1.92 Å R-free 0.210
7OG1 AP2 clathrin adaptor core in complex with cargo peptide and FCHO2 提交 2021-05-05	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 8 PDB 声明：octameric	链 CCC 1–435（435 aa）链 MMM 1–435（435 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；289 K；Crystals of AP-2 in complex with FCHO2 linker and TGN38 peptide, supplemented with 10mM K Na Tartrate, grew in sitting drops with reservoir 0.1M Mg formate dehydrate, 10% to 15% PEG 3350. The crystals were cryo-protected with 0.1M Mg formate dehydrate, 13% PEG 3350, 18-24% Glycerol and 1mg/ml of peptide.	分辨率 3.25 Å R-free 0.306
7OHO Crystal structure of AP2 FCHO2 chimera 提交 2021-05-11	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 信息不足异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 MMM 1–435（435 aa）	未记录	IHP INOSITOL HEXAKISPHOSPHATE × 1 GOL GLYCEROL × 4	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.2；289 K；18% PEG 12000 0.1M Na/K phosphate pH 6.2 0.2M NaCl 4mM DTT in the presence of 3-fold molar excess of IP6.	分辨率 2.88 Å R-free 0.273
7OHZ Crystal structure of AP2 Mu2 - FCHO2 chimera (His6-tagged) 提交 2021-05-11	构建体不同聚集状态不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 信息不足单体；蛋白 × 1 PDB 声明：trimeric	链 B 158–435（278 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7；289 K；20% w/v PEG 3,350 0.2 M DL-Malic acid pH 7.0. The crystals were cryo-protected by soaking in mother liquor supplemented with 30-32% glycerol.	分辨率 2.27 Å R-free 0.314
7OHZ Crystal structure of AP2 Mu2 - FCHO2 chimera (His6-tagged) 提交 2021-05-11	构建体不同聚集状态不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 信息不足单体；蛋白 × 1 PDB 声明：trimeric	链 A 158–435（278 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7；289 K；20% w/v PEG 3,350 0.2 M DL-Malic acid pH 7.0. The crystals were cryo-protected by soaking in mother liquor supplemented with 30-32% glycerol.	分辨率 2.27 Å R-free 0.314
7OI5 Crystal structure of AP2 Mu2 - FCHO2 chimera (GST cleaved) 提交 2021-05-11	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 信息不足单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 B 158–435（278 aa）	未记录	GOL GLYCEROL × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 9.1；289 K；20% w/v PEG 3350, 0.2 M Sodium phosphate dibasic dehydrate pH 9.1. The crystal was cryo-protected by soaking in mother liquor supplemented with 25% glycerol.	分辨率 2.61 Å R-free 0.297
7OI5 Crystal structure of AP2 Mu2 - FCHO2 chimera (GST cleaved) 提交 2021-05-11	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 信息不足单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 D 158–435（278 aa）	未记录	GOL GLYCEROL × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 9.1；289 K；20% w/v PEG 3350, 0.2 M Sodium phosphate dibasic dehydrate pH 9.1. The crystal was cryo-protected by soaking in mother liquor supplemented with 25% glycerol.	分辨率 2.61 Å R-free 0.297
7OIQ Crystal structure of AP2 Mu2 in complex with FCHO2 WxxPhi motif (C2 crystal form) 提交 2021-05-12	构建体不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 AAA 158–435（278 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7.5；289 K；30mM Magnesium chloride hexahydrate, 30mM Calcium chloride dihydrate, 100mM Sodium HEPES MOPS (acid) pH 7.5, 20% v/v Ethylene glycol; 10 % w/v PEG 8000	分辨率 1.85 Å R-free 0.209
7OIQ Crystal structure of AP2 Mu2 in complex with FCHO2 WxxPhi motif (C2 crystal form) 提交 2021-05-12	构建体不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 BBB 158–435（278 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7.5；289 K；30mM Magnesium chloride hexahydrate, 30mM Calcium chloride dihydrate, 100mM Sodium HEPES MOPS (acid) pH 7.5, 20% v/v Ethylene glycol; 10 % w/v PEG 8000	分辨率 1.85 Å R-free 0.209
7Z5C Chimera of AP2 with FCHO2 linker domain as a fusion on Cmu2 subunit 提交 2022-03-09	构建体不同聚集状态不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 M 1–435（435 aa）	未记录	未记录非水小分子	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.6；50% HKT buffer (10mM Hepes, 10mM Tris 120mM potassium acetate pH 7.2) and 50% Core buffer (10mM Tris, 250mM NaCl, pH 8) cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 4.16 Å
9FIW MU2 ADAPTIN SUBUNIT (AP50) OF AP2 ADAPTOR (SECOND DOMAIN), COMPLEXED WITH LRP6 INTERNALIZATION PEPTIDE SYRHFA 提交 2024-05-29	构建体不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 M 158–435（278 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；298 K；2.0-2.2 M NaCl 0.4M Na/K phosphate 0.1M MES PH 7.1 15-20% glycerol	分辨率 2.82 Å R-free 0.246
9FIX MU2 ADAPTIN SUBUNIT (AP50) OF AP2 ADAPTOR (SECOND DOMAIN), COMPLEXED WITH LRP6 INTERNALIZATION PEPTIDE SYRPYSYRHFA 提交 2024-05-29	构建体不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 M 158–435（278 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；298 K；2.0-2.2 M NaCl 0.4M Na/K phosphate 0.1M MES PH 7.1 15-20% glycerol	分辨率 2.78 Å R-free 0.233
9FIY MU2 ADAPTIN SUBUNIT (AP50) OF AP2 ADAPTOR (SECOND DOMAIN), COMPLEXED WITH LRP6 INTERNALIZATION PEPTIDE SYRHFA 提交 2024-05-29	构建体不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 M 158–435（278 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；298 K；2.0-2.2 M NaCl 0.4M Na/K phosphate 0.1M MES PH 7.1 15-20% glycerol	分辨率 2.88 Å R-free 0.242
9UUJ Crystal structure of the mu2 subunit of the clathrin-adaptor protein 2 (AP2) bound to HPV16 E7(residues 22-39) 提交 2025-05-07	构建体不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 158–435（278 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；291 K；2.0 M sodium formate and 100 mM sodium acetate trihydrate (pH 4.6)	分辨率 3.70 Å R-free 0.234
9UUK Crystal structure of the mu2 subunit of the clathrin-adaptor protein 2 (AP2) bound to HPV16 E7(residues 22-32; S31E and S32E) 提交 2025-05-07	构建体不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 158–435（278 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；291 K；2.5 M sodium chloride and 100 mM potassium phosphate monobasic/sodium phosphate dibasic (pH 6.2)	分辨率 3.20 Å R-free 0.244
9UUL Crystal structure of the mu2 subunit of the clathrin-adaptor protein 2 (AP2) bound to HPV16 E7(residues 22-39; S31E and S32E) 提交 2025-05-07	构建体不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 158–435（278 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；291 K；3.5 M ammonium chloride and 100 mM sodium acetate trihydrate (pH 4.5)	分辨率 3.30 Å R-free 0.225

共 35 个其他 PDB 条目、47 个 assembly。打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	AP2M1_BOVIN
Isoform	—
PDB实体	1
链与序列区间	作者链 A； PDB构建体 1–446； UniProt 1–435

INTEGRIN ALPHA-4 SUBUNIT

物种未注明

UniProt Q8IU71

当前结构中的状态

Assembly	聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与共同组分	实验方法与环境	结构质量
1	蛋白异源复合物异源复合物蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2）与蛋白拷贝数一致	链 B； UniProt 150–157	片段：INTERNALISATION SIGNAL PEPTIDE, RESIDUES 150-157	AP-2 COMPLEX SUBUNIT MU × 1 （P84092）	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：pH 6.5；2.2M NACL, 0.4M NAKPHOSPHATE, 20% V/V GLYCEROL, 0.1M MES PH6.5, 5MM DTT	分辨率 2.77 Å R-free 0.224

数据库中的同蛋白其他状态

数据库中没有找到同一 UniProt 蛋白的其他 PDB 条目。

查看构建体与数据证据

UniProt名称	Q8IU71_HUMAN
Isoform	—
PDB实体	2
链与序列区间	作者链 B； PDB构建体 1–8； UniProt 150–157

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

下载 Download SAXS (.dat) P(r) (.pr.out) CIF

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	5fpi
沉积日期 deposition_date	2015-11-30
结构标题 title	Mu2 adaptin subunit of the AP2 adaptor (C-terminal domain) complexed with Integrin alpha4 internalisation peptide QYKSILQE
关键词 keywords	ENDOCYTOSIS, CLATHRIN ADAPTOR; ENDOCYTOSIS
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	24.29 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	23.80 Å
零角强度 I(0) i0	14902300.00
分子量 molecular_weight	30347.0 kDa
排除体积 excluded_volume	38650 Å³
包络体积 envelope_volume	48074 Å³
水化壳体积 shell_volume	18389 Å³
包络直径 envelope_diameter	89.2 Å
壳层 Rg shell_rg	28.63 Å
包络 Rg envelope_rg	24.28 Å
形状 Rg shape_rg	23.79 Å
总 Rg total_rg	24.51 Å
总原子数 total_atoms	2130
残基数 n_residues	264
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

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4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	87.5 Å
Rg (实空间) rg_real	24.63 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	0.87 Å
I(0) (实空间) i0_real	1.4900e+07
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	2.2380e+05
Rg (倒空间) rg_reciprocal	24.55 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	14900000.0000
解质量估计 total_estimate	0.5959
解质量评级 solution_quality	REASONABLE a REASONABLE solution
P(r) 峰数 n_peaks	2
主峰位置 r_peak_primary	20.8 Å
偏度 Skewness skewness	0.610
峰度 Kurtosis kurtosis	-0.215
角度范围 angular_range	— – 0.3250 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha	5612000.0000
实空间数据点数 n_real_points	64
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.564; Stabil: 1.000; Sysdev: 0.264; Positv: 1.000; Valcen: 0.392; Smooth: 0.866

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5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

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6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (3)

实体 1 Entity 1 polymer

描述 description	AP-2 COMPLEX SUBUNIT MU
分子量 formula_weight	51044.1 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A
原子数 atom_count	2175

MIGGLFIYNHKGEVLISRVYRDDIGRNAVDAFRVNVIHARQQVRSPVTNIARTSFFHVKRSNIWLAAVTKQNVNAAMVFEFLYKMCDVMAAYFGKISEENIKNNFVLIYELLDEILDFGYPQNSETGALKTFITQQGIKSQHQTKEEQSQITSQVTGQIGWRREGIKYRRNELFLDVLESVNLLMSPQGQVLSAHVSGRVVMKSYLSGMPECKFGMNDKIVIEKQGKGTADETSKSMEQKLISEEDLGKQSIAIDDCTFHQCVRLSKFDSERSISFIPPDGEFELMRYRTTKDIILPFRVIPLVREVGRTKLEVKVVIKSNFKPSLLAQKIEVRIPTPLNTSGVQVICMKGKAKYKASENAIVWKIKRMAGMKESQISAEIELLPTNDKKKWARPPISMNFEVPFAPSGLKVRYLKVFEPKLNYSDHDVIKWVRYIGRSGIYETRC

来源 Source

来源生物 organism	RATTUS NORVEGICUS
通用名 common_name	NORWAY RAT
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	10116
宿主生物 host_organism	ESCHERICHIA COLI

实体 2 Entity 2 polymer

描述 description	INTEGRIN ALPHA-4 SUBUNIT
分子量 formula_weight	1009.1 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	B

QYKSILQE

实体 3 Entity 3 water

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	45

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7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 2 domains

CATH v4.4 (2 domains)

结构域编号 domain_id	5fpiA01
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	60 — Sandwich
拓扑 Topology topology	40 — Immunoglobulin-like
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	1170 — Mu homology domain, subdomain B

结构域编号 domain_id	5fpiA02
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	60 — Sandwich
拓扑 Topology topology	40 — Immunoglobulin-like
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	1170 — Mu homology domain, subdomain B

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8. 引用文献 (1)

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晶胞边长 a length_a	125.650 Å
晶胞边长 b length_b	125.650 Å
晶胞边长 c length_c	74.410 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	120.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	6

空间群 space_group	P 64
空间群编号 int_tables_number	172
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	2.770 Å
最低分辨率 resolution_low	108.820 Å
R 因子 r_factor	0.1770
R_work r_work	0.1744
R_free r_free	0.2242

fit	/app/data/saxs_computation/fp/5fpi/5fpi.fit
pddf	/app/data/pr_computation/fp/5fpi/5fpi.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/fp/5fpi/5fpi.dat

Mu2 adaptin subunit of the AP2 adaptor (C-terminal domain) complexed with Integrin alpha4 internalisation peptide QYKSILQE

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

AP-2 COMPLEX SUBUNIT MU

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

INTEGRIN ALPHA-4 SUBUNIT

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (3)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 polymer

聚合物 Polymer

实体 3 Entity 3 water

7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 2 domains

CATH v4.4 (2 domains)

8. 引用文献 (1)

9. 文件与曲线 (10)

Files (7)

Curves (3)