5iz7

Cryo-EM structure of thermally stable Zika virus strain H/PF/2013

Method: ELECTRON MICROSCOPY

▼

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

structural protein E

物种未注明

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 360	structural protein M × 180 （A0A0U4DG08） 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 180	与蛋白数一致
2	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 6	structural protein M × 3 （A0A0U4DG08） 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 3	与蛋白数一致
3	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 30	structural protein M × 15 （A0A0U4DG08） 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 15	与蛋白数一致
4	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 36	structural protein M × 18 （A0A0U4DG08） 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 18	与蛋白数一致
5	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 6	structural protein M × 3 （A0A0U4DG08） 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 3	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	A0A024B7W1_ZIKV
Isoform	—
PDB实体	1
链与序列区间	作者链 A； PDB构建体 1–504； UniProt 291–794 作者链 B； PDB构建体 1–504； UniProt 291–794 作者链 C； PDB构建体 1–504； UniProt 291–794

structural protein M

物种未注明

UniProt A0A0U4DG08

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 360	structural protein E × 180 （A0A024B7W1） 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 180	与蛋白数一致
2	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 6	structural protein E × 3 （A0A024B7W1） 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 3	与蛋白数一致
3	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 30	structural protein E × 15 （A0A024B7W1） 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 15	与蛋白数一致
4	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 36	structural protein E × 18 （A0A024B7W1） 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 18	与蛋白数一致
5	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 6	structural protein E × 3 （A0A024B7W1） 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 3	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	A0A0U4DG08_ZIKV
Isoform	—
PDB实体	2
链与序列区间	作者链 D； PDB构建体 1–75； UniProt 216–290 作者链 E； PDB构建体 1–75； UniProt 216–290 作者链 F； PDB构建体 1–75； UniProt 216–290

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

▼

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	5iz7
沉积日期 deposition_date	2016-03-25
结构标题 title	Cryo-EM structure of thermally stable Zika virus strain H/PF/2013
关键词 keywords	viral protein, flavivirus, glycoprotein, zika virus, VIRUS; VIRUS
实验方法 method	ELECTRON MICROSCOPY

▼

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

页面只读取最新 assembly 计算结果。每一条曲线都对应明确的 PDB、official biological assembly 和 coordinate model。

5iz7__assembly_1__model_1

Assembly 1 · Model 1 · CRYSOL 4.1.3-1-20251215 (887e7ef)

下载该曲线 .dat

5iz7__assembly_1__model_1 | I(q)

100 个绘图点；横轴和纵轴均采用对数尺度。

5iz7__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

P(r) 将按相同 assembly/model 分别计算和展示。

Rg（Guinier）	0.00 Å
Rg（电子密度）	206.60 Å
总 Rg	206.70 Å
原子数	796080
残基数	104220
排除体积	14191000 Å³
最大 q	0.500 Å⁻¹

Assembly	Model	结构单元	聚集说明	状态	CRYSOL	操作
1	1	`5iz7__assembly_1__model_1`	360-meric （360）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载
2	1	`5iz7__assembly_2__model_1`	hexameric （6）	排除	—	—
	排除原因：辅助对称表示，不是完整或代表性的 biological assembly。
3	1	`5iz7__assembly_3__model_1`	30-meric （30）	排除	—	—
	排除原因：辅助对称表示，不是完整或代表性的 biological assembly。
4	1	`5iz7__assembly_4__model_1`	36-meric （36）	排除	—	—
	排除原因：辅助对称表示，不是完整或代表性的 biological assembly。
5	1	`5iz7__assembly_5__model_1`	hexameric （6）	排除	—	—
	排除原因：辅助对称表示，不是完整或代表性的 biological assembly。

▶

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

▶

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (3)

实体 1 Entity 1 polymer

描述 description	structural protein E
分子量 formula_weight	54444.1 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	3

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A,C,B
原子数 atom_count	13268

IRCIGVSNRDFVEGMSGGTWVDVVLEHGGCVTVMAQDKPTVDIELVTTTVSNMAEVRSYCYEASISDMASDSRCPTQGEAYLDKQSDTQYVCKRTLVDRGWGNGCGLFGKGSLVTCAKFACSKKMTGKSIQPENLEYRIMLSVHGSQHSGMIVNDTGHETDENRAKVEITPNSPRAEATLGGFGSLGLDCEPRTGLDFSDLYYLTMNNKHWLVHKEWFHDIPLPWHAGADTGTPHWNNKEALVEFKDAHAKRQTVVVLGSQEGAVHTALAGALEAEMDGAKGRLSSGHLKCRLKMDKLRLKGVSYSLCTAAFTFTKIPAETLHGTVTVEVQYAGTDGPCKVPAQMAVDMQTLTPVGRLITANPVITESTENSKMMLELDPPFGDSYIVIGVGEKKITHHWHRSGSTIGKAFEATVRGAKRMAVLGDTAWDFGSVGGALNSLGKGIHQIFGAAFKSLFGGMSWFSQILIGTLLMWLGLNTKNGSISLMCLALGGVLIFLSTAVSA

实体 2 Entity 2 polymer

描述 description	structural protein M
分子量 formula_weight	8496.9 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	3

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	D,E,F

AVTLPSHSTRKLQTRSQTWLESREYTKHLIRVENWIFRNPGFALAAAAIAWLLGSSTSQKVIYLVMILLIAPAYS

实体 3 Entity 3 non-polymer

描述 description	2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose
分子量 formula_weight	221.2 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	3

▼

6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 18 domains

CATH v4.4 (18 domains)

结构域编号 domain_id	5iz7A01
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	60 — Sandwich
拓扑 Topology topology	98 — Tick-borne Encephalitis virus Glycoprotein; domain 1
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Tick-borne Encephalitis virus Glycoprotein, domain 1

结构域编号 domain_id	5iz7A02
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	30 — 2-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology	67 — Viral Envelope Glycoprotein; domain 2
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Viral Envelope Glycoprotein, domain 2

结构域编号 domain_id	5iz7A03
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	30 — 2-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology	387 — Viral Envelope Glycoprotein; domain 3
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Viral Envelope Glycoprotein, domain 3

结构域编号 domain_id	5iz7A04
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	60 — Sandwich
拓扑 Topology topology	40 — Immunoglobulin-like
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	350 —

结构域编号 domain_id	5iz7A05
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	20 — Up-down Bundle
拓扑 Topology topology	1280 — Monooxygenase
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	260 —

结构域编号 domain_id	5iz7B01
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	60 — Sandwich
拓扑 Topology topology	98 — Tick-borne Encephalitis virus Glycoprotein; domain 1
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Tick-borne Encephalitis virus Glycoprotein, domain 1

结构域编号 domain_id	5iz7B02
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	30 — 2-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology	67 — Viral Envelope Glycoprotein; domain 2
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Viral Envelope Glycoprotein, domain 2

结构域编号 domain_id	5iz7B03
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	30 — 2-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology	387 — Viral Envelope Glycoprotein; domain 3
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Viral Envelope Glycoprotein, domain 3

结构域编号 domain_id	5iz7B04
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	60 — Sandwich
拓扑 Topology topology	40 — Immunoglobulin-like
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	350 —

结构域编号 domain_id	5iz7B05
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	20 — Up-down Bundle
拓扑 Topology topology	1280 — Monooxygenase
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	260 —

结构域编号 domain_id	5iz7C01
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	60 — Sandwich
拓扑 Topology topology	98 — Tick-borne Encephalitis virus Glycoprotein; domain 1
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Tick-borne Encephalitis virus Glycoprotein, domain 1

结构域编号 domain_id	5iz7C02
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	30 — 2-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology	67 — Viral Envelope Glycoprotein; domain 2
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Viral Envelope Glycoprotein, domain 2

结构域编号 domain_id	5iz7C03
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	30 — 2-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology	387 — Viral Envelope Glycoprotein; domain 3
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Viral Envelope Glycoprotein, domain 3

结构域编号 domain_id	5iz7C04
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	60 — Sandwich
拓扑 Topology topology	40 — Immunoglobulin-like
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	350 —

结构域编号 domain_id	5iz7C05
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	20 — Up-down Bundle
拓扑 Topology topology	1280 — Monooxygenase
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	260 —

结构域编号 domain_id	5iz7D00
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	10 — Orthogonal Bundle
拓扑 Topology topology	8 — Helicase, Ruva Protein; domain 3
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	970 — Flavivirus envelope glycoprotein M-like

结构域编号 domain_id	5iz7E00
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	10 — Orthogonal Bundle
拓扑 Topology topology	8 — Helicase, Ruva Protein; domain 3
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	970 — Flavivirus envelope glycoprotein M-like

结构域编号 domain_id	5iz7F00
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	10 — Orthogonal Bundle
拓扑 Topology topology	8 — Helicase, Ruva Protein; domain 3
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	970 — Flavivirus envelope glycoprotein M-like

▶

晶胞边长 a length_a	1.000 Å
晶胞边长 b length_b	1.000 Å
晶胞边长 c length_c	1.000 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	1

空间群 space_group	P 1
空间群编号 int_tables_number	1
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	3.70 Å
分辨率测定方法 resolution_method	—
颗粒数 num_particles	7180

Cryo-EM structure of thermally stable Zika virus strain H/PF/2013

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

structural protein E

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

structural protein M

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

5iz7__assembly_1__model_1

5iz7__assembly_1__model_1 | I(q)

5iz7__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

冷冻电镜 EM 3D

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (3)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

实体 2 Entity 2 polymer

聚合物 Polymer

实体 3 Entity 3 non-polymer

6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 18 domains

CATH v4.4 (18 domains)

7. 引用文献 (1)

Cryo-EM structure of thermally stable Zika virus strain H/PF/2013

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

structural protein E

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

structural protein M

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

5iz7__assembly_1__model_1

5iz7__assembly_1__model_1 | I(q)

5iz7__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

冷冻电镜 EM 3D

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (3)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

实体 2 Entity 2 polymer

聚合物 Polymer

实体 3 Entity 3 non-polymer

6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 18 domains

CATH v4.4 (18 domains)

7. 引用文献 (1)