9od2

Cryo-EM structure of modified Zika virus E protein dimer complexed with a neutralizing antibody SMZAb2 Fab

Method: ELECTRON MICROSCOPY D_max: 161.5 Å Quality: GOOD

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

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1. 结构基本信息 1. Structure Basics

条目编号 entry_id	9od2
沉积日期 deposition_date	2025-04-25
结构标题 title	Cryo-EM structure of modified Zika virus E protein dimer complexed with a neutralizing antibody SMZAb2 Fab
关键词 keywords	neutralizing antibody, VIRAL PROTEIN, VIRAL PROTEIN-Immune System complex; VIRAL PROTEIN/IMMUNE SYSTEM
实验方法 method	ELECTRON MICROSCOPY

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2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	45.94 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	46.56 Å
零角强度 I(0) i0	270934000.00
分子量 molecular_weight	132580.0 kDa
排除体积 excluded_volume	164750 Å³
包络体积 envelope_volume	246230 Å³
水化壳体积 shell_volume	47078 Å³
包络直径 envelope_diameter	156.0 Å
壳层 Rg shell_rg	47.06 Å
包络 Rg envelope_rg	45.61 Å
形状 Rg shape_rg	46.53 Å
总 Rg total_rg	46.69 Å
总原子数 total_atoms	9304
残基数 n_residues	1222
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

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3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	161.5 Å
Rg (实空间) rg_real	46.41 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	1.76 Å
I(0) (实空间) i0_real	2.7090e+08
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	5.0390e+06
Rg (倒空间) rg_reciprocal	45.94 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	270800000.0000
解质量估计 total_estimate	0.7544
解质量评级 solution_quality	GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks	1
主峰位置 r_peak_primary	38.0 Å
偏度 Skewness skewness	0.459
峰度 Kurtosis kurtosis	-0.615
角度范围 angular_range	— – 0.1700 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0001
最高正则化参数 α highest_alpha	20670000.0000
实空间数据点数 n_real_points	35
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.668; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.800; Smooth: 0.000

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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合体信息 (3)

Entity 1 polymer

描述 description	SMZAb2 Heavy chain
分子量 formula_weight	13567.0 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	2

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	C,H
原子数 atom_count	9304

EVQLVQSGAEVKKPGSSVKVSCKAPGGTFSSYAMSWVRQAPGQGPEWVGGIVPVYGTSRYAQKFQGRGTITADESTSTVYLELSSLRSEDTALYYCARVRYYGSGTYYGGDAFDFWGQGTMVTVSS

来源 Source

来源生物 organism	Homo sapiens
通用名 common_name	human
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9606
宿主生物 host_organism	Homo sapiens

Entity 2 polymer

描述 description	SMZAb2 Light chain
分子量 formula_weight	11588.9 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	2

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	D,L

QTVVTQEPSFSVSPGGTVTLTCGLTSDSVSIHLYPSWYQQTPGQAPRALIYNTNTRSSGVPDRFSGSILGNKAALTITGAQADDESVYFCVVYMGSGIWVFGGGTKLTVL

来源 Source

来源生物 organism	Homo sapiens
通用名 common_name	human
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9606
宿主生物 host_organism	Homo sapiens

Entity 3 polymer

描述 description	Envelope protein E
分子量 formula_weight	47297.3 kDa
突变 mutation	G5C, G102C
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	2

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A,B

RSGSGEQKLISEEDLGGGGSIRCICVSNRDFVEGMSGGTWVDVVLEHGGCVTVMAQDKPTVDIELVTTTVSNMAEVRSYCYEASISDMASDSRCPTQGEAYLDKQSDTQYVCKRTLVDRGWCNGCGLFGKGSLVTCAKFACSKKMTGKSIQPENLEYRIMLSVHGSQHSGMIVNDTGHETDENRAKVEITPNSPRAEATLGGFGSLGLDCEPRTGLDFSDLYYLTMNNKHWLVHKEWFHDIPLPWHAGADTGTPHWNNKEALVEFKDAHAKRQTVVVLGSQEGAVHTALAGALEAEMDGAKGRLSSGHLKCRLKMDKLRLKGVSYSLCTAAFTFTKIPAETLHGTVTVEVQYAGTDGPCKVPAQMAVDMQTLTPVGRLITANPVITESTENSKMMLELDPPFGDSYIVIGVGEKKITHHWHRSGSGTGHHHHHH

来源 Source

来源生物 organism	Zika virus
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	64320
宿主生物 host_organism	Drosophila melanogaster

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7. 引用文献 (1)

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晶胞边长 a length_a	1.000 Å
晶胞边长 b length_b	1.000 Å
晶胞边长 c length_c	1.000 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	—

空间群 space_group	P 1
空间群编号 int_tables_number	1
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	4.09 Å
分辨率测定方法 resolution_method	—
颗粒数 num_particles	141948

fit	/app/data/saxs_computation/od/9od2/9od2.fit
pddf	/app/data/pr_computation/od/9od2/9od2.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/od/9od2/9od2.dat

Cryo-EM structure of modified Zika virus E protein dimer complexed with a neutralizing antibody SMZAb2 Fab

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

1. 结构基本信息 1. Structure Basics

2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

冷冻电镜 EM 3D

5. 实体与聚合体信息 (3)

Entity 1 polymer

聚合体 Polymer

来源 Source

Entity 2 polymer

聚合体 Polymer

来源 Source

Entity 3 polymer

聚合体 Polymer

来源 Source

7. 引用文献 (1)

8. 文件与曲线 (10)

Files (7)

Curves (3)