5low

Structure of the Ca2+-bound Rabphilin 3A C2B domain SNAP25 complex (P21 space group)

Method: X-RAY DIFFRACTION D_max: 173.7 Å Quality: GOOD

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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Rabphilin-3A

Rattus norvegicus

当前结构中的状态

Assembly	聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与共同组分	实验方法与环境	结构质量
1	蛋白异源复合物异源复合物蛋白 × 7 PDB 声明：heptameric（7）与蛋白拷贝数一致	链 A； UniProt 536–680 链 B； UniProt 536–680 链 C； UniProt 536–680	未记录	Synaptosomal-associated protein 25 × 2 （P60881） Synaptosomal-associated protein 25 × 2 （P60881） GOL GLYCEROL × 3 CA CALCIUM ION × 6	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8.5；293 K；20% PEG3350 0.35 M Ammonium sulfate 0.1 M Tris (pH 8.5) al's oil	分辨率 2.80 Å R-free 0.269
2	蛋白异源复合物异源复合物蛋白 × 7 PDB 声明：heptameric（7）与蛋白拷贝数一致	链 H； UniProt 536–680 链 I； UniProt 536–680 链 J； UniProt 536–680	未记录	Synaptosomal-associated protein 25 × 2 （P60881） Synaptosomal-associated protein 25 × 2 （P60881） GOL GLYCEROL × 4 CA CALCIUM ION × 6	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8.5；293 K；20% PEG3350 0.35 M Ammonium sulfate 0.1 M Tris (pH 8.5) al's oil	分辨率 2.80 Å R-free 0.269

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

其他 PDB	相对当前条目 5LOW	Assembly / 聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与非聚合物	实验方法与环境	结构质量
1ZBD STRUCTURAL BASIS OF RAB EFFECTOR SPECIFICITY: CRYSTAL STRUCTURE OF THE SMALL G PROTEIN RAB3A COMPLEXED WITH THE EFFECTOR DOMAIN OF RABPHILIN-3A 提交 1998-11-06	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 B 41–170（130 aa）片段：40-170, EFFECTOR DOMAIN	突变：C108S 非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）	MG MAGNESIUM ION × 1 GTP GUANOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 1 ZN ZINC ION × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 8；pH 8.0	分辨率 2.60 Å R-free 0.263
1ZBD STRUCTURAL BASIS OF RAB EFFECTOR SPECIFICITY: CRYSTAL STRUCTURE OF THE SMALL G PROTEIN RAB3A COMPLEXED WITH THE EFFECTOR DOMAIN OF RABPHILIN-3A 提交 1998-11-06	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 B 41–170（130 aa）片段：40-170, EFFECTOR DOMAIN	突变：C108S 非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）	MG MAGNESIUM ION × 2 GTP GUANOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 2 ZN ZINC ION × 4	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 8；pH 8.0	分辨率 2.60 Å R-free 0.263
2CHD Crystal structure of the C2A domain of Rabphilin-3A 提交 2006-03-14	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 371–510（140 aa）片段：C2A DOMAIN, RESIDUES 371-510	未记录	GOL GLYCEROL × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 25% PEG4000, 0.1M AMMONIUM SULPHATE, 0.1M SODIUM ACETATE, PH=4.6	分辨率 1.92 Å R-free 0.269
2CM5 crystal structure of the C2B domain of rabphilin 提交 2006-05-04	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 519–684（166 aa）片段：C2B DOMAIN AND LINKER, RESIDUES 519-684	非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）	CA CALCIUM ION × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 0.1M HEPES PH 8.5,20 % PEG MME 2000 OR 20 % PEG 8000	分辨率 1.28 Å R-free 0.194
2CM6 crystal structure of the C2B domain of rabphilin3A 提交 2006-05-04	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 519–684（166 aa）片段：C2B DOMAIN AND LINKER, RESIDUES 519-684	未记录	CA CALCIUM ION × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 0.1 M HEPES PH 7.6, 25 % PEG 8000, 200 MM CA	分辨率 1.85 Å R-free 0.268
2CM6 crystal structure of the C2B domain of rabphilin3A 提交 2006-05-04	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 B 519–684（166 aa）片段：C2B DOMAIN AND LINKER, RESIDUES 519-684	未记录	CA CALCIUM ION × 2 PO4 PHOSPHATE ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 0.1 M HEPES PH 7.6, 25 % PEG 8000, 200 MM CA	分辨率 1.85 Å R-free 0.268
3RPB THE C2B-DOMAIN OF RABPHILIN: STRUCTURAL VARIATIONS IN A JANUS-FACED DOMAIN 提交 1999-04-19	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 541–680（140 aa）片段：C2B DOMAIN	未记录	未记录非水小分子	SOLUTION NMR NMR测量条件 pH 6.1；304.5 K；离子强度（mmCIF原始值）150 mM NMR样品组成 95% WATER/5% D2O	分辨率未提供
4LT7 Crystal structure of the c2a domain of rabphilin-3a in complex with a calcium 提交 2013-07-23	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 378–510（133 aa）片段：C2 1 domain residues 378-510	未记录	CA CALCIUM ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7.4；293 K；10 mM CaCl2, 150mM NaCl, 25mM HEPES ph 7.4, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 293K	分辨率 2.50 Å R-free 0.289
4NP9 Structure of Rabphilin C2A domain bound to IP3 提交 2013-11-21	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 378–510（133 aa）片段：C2 domain, UNP RESIDUES 378-510	未记录	I3P D-MYO-INOSITOL-1,4,5-TRIPHOSPHATE × 1 SO4 SULFATE ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.4；293 K；25-28% PEG 4K, 10-20mM Ammonium sulfate, 100mM HEPES pH 7.4, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K	分辨率 1.92 Å R-free 0.250
4NS0 The C2A domain of Rabphilin 3A in complex with PI(4,5)P2 提交 2013-11-27	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 378–510（133 aa）片段：C2 domain, UNP RESIDUES 378-510	未记录	PIO [(2R)-2-octanoyloxy-3-[oxidanyl-[(1R,2R,3S,4R,5R,6S)-2,3,6-tris(oxidanyl)-4,5-diphosphonooxy-cyclohexyl]oxy-phosphoryl]oxy-propyl] octanoate × 1 SO4 SULFATE ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7.5；293 K；25mM Hepes, 20mM Ammonuim Sulphate, 25% PEG 4K, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 293K	分辨率 1.80 Å R-free 0.226
5LO8 The C2B domain of Rabphilin 3A in complex with PI(4,5)P2 提交 2016-08-08	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 536–680（145 aa）片段：C2B domain, UNP Residues 536-680	未记录	CA CALCIUM ION × 2 GOL GLYCEROL × 4 SO4 SULFATE ION × 1 PIO [(2R)-2-octanoyloxy-3-[oxidanyl-[(1R,2R,3S,4R,5R,6S)-2,3,6-tris(oxidanyl)-4,5-diphosphonooxy-cyclohexyl]oxy-phosphoryl]oxy-propyl] octanoate × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7.5；293 K；24% PEG3350 0.1M ammonium sulfate 50mM Tris pH 7.5	分辨率 2.50 Å R-free 0.265
5LO8 The C2B domain of Rabphilin 3A in complex with PI(4,5)P2 提交 2016-08-08	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 B 536–680（145 aa）片段：C2B domain, UNP Residues 536-680	未记录	CA CALCIUM ION × 2 GOL GLYCEROL × 3 PIO [(2R)-2-octanoyloxy-3-[oxidanyl-[(1R,2R,3S,4R,5R,6S)-2,3,6-tris(oxidanyl)-4,5-diphosphonooxy-cyclohexyl]oxy-phosphoryl]oxy-propyl] octanoate × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7.5；293 K；24% PEG3350 0.1M ammonium sulfate 50mM Tris pH 7.5	分辨率 2.50 Å R-free 0.265
5LOB Structure of the Ca2+-bound Rabphilin3A C2B- SNAP25 complex (C2 space group) 提交 2016-08-09	配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 7 PDB 声明：heptameric	链 A 536–680（145 aa）链 B 536–680（145 aa）链 C 536–680（145 aa）	未记录	CA CALCIUM ION × 6 SO4 SULFATE ION × 10 GOL GLYCEROL × 9	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.5；293 K；30% PEG3350 0.35 M Ammonium sulfate 0.1 M Tris pH 8.5	分辨率 3.30 Å R-free 0.286

共 10 个其他 PDB 条目、13 个 assembly。打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	RP3A_RAT
Isoform	—
PDB实体	1
链与序列区间	作者链 A； PDB构建体 18–162； UniProt 536–680 作者链 B； PDB构建体 18–162； UniProt 536–680 作者链 C； PDB构建体 18–162； UniProt 536–680 作者链 H； PDB构建体 18–162； UniProt 536–680 作者链 I； PDB构建体 18–162； UniProt 536–680 作者链 J； PDB构建体 18–162； UniProt 536–680

Synaptosomal-associated protein 25

Rattus norvegicus

UniProt P60881

当前结构中的状态

Assembly	聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与共同组分	实验方法与环境	结构质量
1	蛋白异源复合物异源复合物蛋白 × 7 PDB 声明：heptameric（7）与蛋白拷贝数一致	链 D； UniProt 7–82 链 E； UniProt 141–203 链 F； UniProt 7–82 链 G； UniProt 141–203	未记录	Rabphilin-3A × 3 （P47709） GOL GLYCEROL × 3 CA CALCIUM ION × 6	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8.5；293 K；20% PEG3350 0.35 M Ammonium sulfate 0.1 M Tris (pH 8.5) al's oil	分辨率 2.80 Å R-free 0.269
2	蛋白异源复合物异源复合物蛋白 × 7 PDB 声明：heptameric（7）与蛋白拷贝数一致	链 K； UniProt 7–82 链 L； UniProt 141–203 链 M； UniProt 7–82 链 N； UniProt 141–203	未记录	Rabphilin-3A × 3 （P47709） GOL GLYCEROL × 4 CA CALCIUM ION × 6	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8.5；293 K；20% PEG3350 0.35 M Ammonium sulfate 0.1 M Tris (pH 8.5) al's oil	分辨率 2.80 Å R-free 0.269

数据库中的同蛋白其他状态

其他 PDB	相对当前条目 5LOW	Assembly / 聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与非聚合物	实验方法与环境	结构质量
1JTH Crystal structure and biophysical properties of a complex between the N-terminal region of SNAP25 and the SNARE region of syntaxin 1a 提交 2001-08-21	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 A 1–82（82 aa）片段：N-terminal SNARE motif 链 C 1–82（82 aa）片段：N-terminal SNARE motif	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION；pH 6.5；294 K；ammonium sulfate, MES, pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, temperature 294K	分辨率 2.00 Å R-free 0.289
1N7S High Resolution Structure of a Truncated Neuronal SNARE Complex 提交 2002-11-16	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 C 7–83（77 aa）片段：SN1b 链 D 141–204（64 aa）片段：SN2c	未记录	CA CALCIUM ION × 3 MPD (4S)-2-METHYL-2,4-PENTANEDIOL × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 5.5；277 K；MPD, CaCl2, MES, pH 5.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 4.0K	分辨率 1.45 Å R-free 0.224
1SFC NEURONAL SYNAPTIC FUSION COMPLEX 提交 1998-08-24	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 C 1–83（83 aa）片段：PROTEOLYTICALLY PROTECTED FRAGMENT 链 D 120–206（87 aa）片段：PROTEOLYTICALLY PROTECTED FRAGMENT	未记录	SR STRONTIUM ION × 6 MPD (4S)-2-METHYL-2,4-PENTANEDIOL × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 7；35% MPD, 5% PEG350(MME), 25MM TRIS PH 7.0,. 70MM SRCL2, 250MM UREA, 7MM SARKOSYL	分辨率 2.40 Å R-free 0.303
1SFC NEURONAL SYNAPTIC FUSION COMPLEX 提交 1998-08-24	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 G 1–83（83 aa）片段：PROTEOLYTICALLY PROTECTED FRAGMENT 链 H 120–206（87 aa）片段：PROTEOLYTICALLY PROTECTED FRAGMENT	未记录	SR STRONTIUM ION × 5 MPD (4S)-2-METHYL-2,4-PENTANEDIOL × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 7；35% MPD, 5% PEG350(MME), 25MM TRIS PH 7.0,. 70MM SRCL2, 250MM UREA, 7MM SARKOSYL	分辨率 2.40 Å R-free 0.303
1SFC NEURONAL SYNAPTIC FUSION COMPLEX 提交 1998-08-24	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 3 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 K 1–83（83 aa）片段：PROTEOLYTICALLY PROTECTED FRAGMENT 链 L 120–206（87 aa）片段：PROTEOLYTICALLY PROTECTED FRAGMENT	未记录	SR STRONTIUM ION × 2 MPD (4S)-2-METHYL-2,4-PENTANEDIOL × 3	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 7；35% MPD, 5% PEG350(MME), 25MM TRIS PH 7.0,. 70MM SRCL2, 250MM UREA, 7MM SARKOSYL	分辨率 2.40 Å R-free 0.303
3HD7 HELICAL EXTENSION OF THE NEURONAL SNARE COMPLEX INTO THE MEMBRANE, spacegroup C 1 2 1 提交 2009-05-07	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 C 7–83（77 aa）片段：N-terminal fragment, UNP residues 7-83 链 D 141–204（64 aa）片段：C-terminal fragment, UNP residues 141-204	未记录	GGG glycylglycylglycine × 2 SO4 SULFATE ION × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7.3；293 K；29% PEG 400, 0.1M HEPES, 0.2M lithium sulfate, 0.1M sodium chloride, 0.03M glycylglycylglycine, pH 7.3, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 293K	分辨率 3.40 Å R-free 0.271
3HD7 HELICAL EXTENSION OF THE NEURONAL SNARE COMPLEX INTO THE MEMBRANE, spacegroup C 1 2 1 提交 2009-05-07	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 G 7–83（77 aa）片段：N-terminal fragment, UNP residues 7-83 链 H 141–204（64 aa）片段：C-terminal fragment, UNP residues 141-204	未记录	GGG glycylglycylglycine × 1 SO4 SULFATE ION × 6	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7.3；293 K；29% PEG 400, 0.1M HEPES, 0.2M lithium sulfate, 0.1M sodium chloride, 0.03M glycylglycylglycine, pH 7.3, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 293K	分辨率 3.40 Å R-free 0.271
3IPD Helical extension of the neuronal SNARE complex into the membrane, spacegroup I 21 21 21 提交 2009-08-17	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 C 7–83（77 aa）片段：N-terminal fragment, UNP Residues 7-83 链 D 141–204（64 aa）片段：C-terminal fragment, UNP Residues 141-204	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 8.8；293 K；16% MPD, 0.1M TRIS, 0.05M MAGNESIUM CHLORIDE, 3% SORBITOL, pH 8.8, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 293K	分辨率 4.80 Å R-free 0.332
3IPD Helical extension of the neuronal SNARE complex into the membrane, spacegroup I 21 21 21 提交 2009-08-17	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 G 7–83（77 aa）片段：N-terminal fragment, UNP Residues 7-83 链 H 141–204（64 aa）片段：C-terminal fragment, UNP Residues 141-204	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 8.8；293 K；16% MPD, 0.1M TRIS, 0.05M MAGNESIUM CHLORIDE, 3% SORBITOL, pH 8.8, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 293K	分辨率 4.80 Å R-free 0.332
5CCG Structure of the Ca2+-bound synaptotagmin-1 SNARE complex (long unit cell form) 提交 2015-07-02	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 7 PDB 声明：heptameric	链 C 7–83（77 aa）片段：UNP residues 7-83 链 D 141–204（64 aa）片段：UNP residues 141-204	未记录	CA CALCIUM ION × 18	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.4；293 K；0.25% v/v PEG8000, 25 mM HEPES-Na, 75 mM NaCl, 25 mM MgCl2, 0.25 mM CaCl2	分辨率 3.50 Å R-free 0.352
5CCG Structure of the Ca2+-bound synaptotagmin-1 SNARE complex (long unit cell form) 提交 2015-07-02	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 5 PDB 声明：pentameric	链 I 7–83（77 aa）片段：UNP residues 7-83 链 J 141–204（64 aa）片段：UNP residues 141-204	未记录	CA CALCIUM ION × 5	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.4；293 K；0.25% v/v PEG8000, 25 mM HEPES-Na, 75 mM NaCl, 25 mM MgCl2, 0.25 mM CaCl2	分辨率 3.50 Å R-free 0.352
5CCH Structure of the Ca2+-bound synaptotagmin-1 SNARE complex (short unit cell form) 提交 2015-07-02	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 7 PDB 声明：heptameric	链 C 7–83（77 aa）片段：UNP residues 7-83 链 D 141–204（64 aa）片段：UNP residues 141-204	未记录	CA CALCIUM ION × 11	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.4；293 K；0.25% v/v PEG8000, 25 mM HEPES-Na, 75 mM NaCl, 25 mM MgCl2, 0.25 mM CaCl2	分辨率 3.60 Å R-free 0.289
5CCI Structure of the Mg2+-bound synaptotagmin-1 SNARE complex (short unit cell form) 提交 2015-07-02	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 7 PDB 声明：heptameric	链 C 7–83（77 aa）片段：UNP residues 7-83 链 D 141–204（64 aa）片段：UNP residues 141-204	未记录	MG MAGNESIUM ION × 6	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.4；293 K；0.75% v/v PEG3350, 25 mM HEPES-Na, 75 mM NaCl, 25 mM MgCl2	分辨率 4.10 Å R-free 0.323
5KJ7 Structure of the Ca2+-bound synaptotagmin-1 SNARE complex (long unit cell form) - from XFEL diffraction 提交 2016-06-17	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 5 PDB 声明：pentameric	链 C 9–83（75 aa）片段：UNP residues 9-83 链 D 141–204（64 aa）片段：UNP residues 141- 204	未记录	CA CALCIUM ION × 10	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.4；293 K；0.25% v/v PEG8000, 25 mM HEPES-Na, 75 mM NaCl, 25 mM MgCl2, 0.25 mM CaCl2	分辨率 3.50 Å R-free 0.329
5KJ7 Structure of the Ca2+-bound synaptotagmin-1 SNARE complex (long unit cell form) - from XFEL diffraction 提交 2016-06-17	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 3 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 5 PDB 声明：pentameric	链 I 9–83（75 aa）片段：UNP residues 9-83 链 J 141–204（64 aa）片段：UNP residues 141- 204	未记录	CA CALCIUM ION × 5	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.4；293 K；0.25% v/v PEG8000, 25 mM HEPES-Na, 75 mM NaCl, 25 mM MgCl2, 0.25 mM CaCl2	分辨率 3.50 Å R-free 0.329
5KJ8 Structure of the Ca2+-bound synaptotagmin-1 SNARE complex (long unit cell form) - from synchrotron diffraction 提交 2016-06-17	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 5 PDB 声明：pentameric	链 C 9–83（75 aa）片段：UNP residues 9-83 链 D 141–204（64 aa）片段：UNP residues 141-204	未记录	CA CALCIUM ION × 6	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.4；293 K；0.25% v/v PEG8000, 25 mM HEPES-Na, 75 mM NaCl, 25 mM MgCl2, 0.25 mM CaCl2	分辨率 4.10 Å R-free 0.297
5KJ8 Structure of the Ca2+-bound synaptotagmin-1 SNARE complex (long unit cell form) - from synchrotron diffraction 提交 2016-06-17	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 3 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 5 PDB 声明：pentameric	链 I 9–83（75 aa）片段：UNP residues 9-83 链 J 141–204（64 aa）片段：UNP residues 141-204	未记录	CA CALCIUM ION × 4	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.4；293 K；0.25% v/v PEG8000, 25 mM HEPES-Na, 75 mM NaCl, 25 mM MgCl2, 0.25 mM CaCl2	分辨率 4.10 Å R-free 0.297
5LOB Structure of the Ca2+-bound Rabphilin3A C2B- SNAP25 complex (C2 space group) 提交 2016-08-09	构建体不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 7 PDB 声明：heptameric	链 D 7–82（76 aa）片段：N-terminal helix 链 E 141–203（63 aa）片段：C-terminal helix 链 F 7–82（76 aa）片段：N-terminal helix 链 G 141–203（63 aa）片段：C-terminal helix	未记录	CA CALCIUM ION × 6 SO4 SULFATE ION × 10 GOL GLYCEROL × 9	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.5；293 K；30% PEG3350 0.35 M Ammonium sulfate 0.1 M Tris pH 8.5	分辨率 3.30 Å R-free 0.286
5W5C Crystal structure of the primed SNARE-Complexin-Synaptotagmin-1 C2AB complex 提交 2017-06-14	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 12 PDB 声明：dodecameric	链 C 7–83（77 aa）片段：UNP residues 7-83 链 D 141–204（64 aa）片段：UNP residues 141-204	未记录	MG MAGNESIUM ION × 2 GOL GLYCEROL × 10	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.4；293 K；100 mM HEPES, pH7.4, 15-20% PEG3350, 200 mM ammonium formate	分辨率 1.85 Å R-free 0.232
5W5D Crystal structure of the primed SNARE-Complexin-Synaptotagmin-1 C2B complex 提交 2017-06-14	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 12 PDB 声明：dodecameric	链 C 7–83（77 aa）片段：UNP residues 7-83 链 D 141–204（64 aa）片段：UNP residues 141-204	未记录	MG MAGNESIUM ION × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7；293 K；100 mM HEPES, pH7.0, 15-17% PEG3350, 240 mM sodium malonate	分辨率 2.50 Å R-free 0.231
6IP1 alpha-SNAP-SNARE subcomplex in the whole 20S complex 提交 2018-11-01	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 8 PDB 声明：octameric	链 C 1–100（100 aa）片段：UNP residues 1-100 链 D 126–206（81 aa）片段：UNP residues 126-206	未记录	未记录非水小分子	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.4 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.90 Å
6MDM The 20S supercomplex engaging the SNAP-25 N-terminus (class 1) 提交 2018-09-04	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 11 PDB 声明：undecameric	链 H 1–204（204 aa）	未记录	ATP ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 9 ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 2	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 8 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE；Blot for 3.5 seconds before plunging.	分辨率 4.40 Å
6MDN The 20S supercomplex engaging the SNAP-25 N-terminus (class 2) 提交 2018-09-04	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 11 PDB 声明：undecameric	链 H 1–204（204 aa）	未记录	ATP ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 9 ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 2	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 8 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE；Blot for 3.5 seconds before plunging.	分辨率 4.40 Å
6MDO The D1 and D2 domain rings of NSF engaging the SNAP-25 N-terminus within the 20S supercomplex (focused refinement on D1/D2 rings, class 1) 提交 2018-09-04	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 7 PDB 声明：heptameric	链 H 1–204（204 aa）	未记录	ATP ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 9 ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 2	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 8 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE；Blot for 3.5 seconds before plunging.	分辨率 3.90 Å
6MDP The D1 and D2 domain rings of NSF engaging the SNAP-25 N-terminus within the 20S supercomplex (focused refinement on D1/D2 rings, class 2) 提交 2018-09-04	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 7 PDB 声明：heptameric	链 H 1–204（204 aa）	未记录	ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 2 ATP ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 9	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 8 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE；Blot for 3.5 seconds before plunging.	分辨率 3.80 Å
6MTI Synaptotagmin-1 C2A, C2B domains and SNARE-pin proteins (5CCI) individually docked into Cryo-EM map of C2AB-SNARE complexes helically organized on lipid nanotube surface in presence of Mg2+ 提交 2018-10-19	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 30 PDB 声明：30-meric	链 C 7–83（77 aa）片段：residues 7-83 链 D 141–204（64 aa）片段：residues 141-204 链 G 7–83（77 aa）片段：residues 7-83 链 H 141–204（64 aa）片段：residues 141-204 链 K 7–83（77 aa）片段：residues 7-83 链 L 141–204（64 aa）片段：residues 141-204 链 O 7–83（77 aa）片段：residues 7-83 链 P 141–204（64 aa）片段：residues 141-204 链 S 7–83（77 aa）片段：residues 7-83 链 T 141–204（64 aa）片段：residues 141-204 链 W 7–83（77 aa）片段：residues 7-83 链 X 141–204（64 aa）片段：residues 141-204	未记录	MG MAGNESIUM ION × 10	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.4 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 10.40 Å
6WVW Crystal structure of the R59P-SNAP25 containing SNARE complex 提交 2020-05-07	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 C 10–83（74 aa）链 D 141–204（64 aa）	突变：R59P	CA CALCIUM ION × 2 MPD (4S)-2-METHYL-2,4-PENTANEDIOL × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.4；293 K；100 mM MES (pH 6.0), 100 mM CaCl2, 20-25% (v/v)	分辨率 2.11 Å R-free 0.244
6WVW Crystal structure of the R59P-SNAP25 containing SNARE complex 提交 2020-05-07	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 G 10–83（74 aa）链 H 141–204（64 aa）	突变：R59P	CA CALCIUM ION × 2 MPD (4S)-2-METHYL-2,4-PENTANEDIOL × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.4；293 K；100 mM MES (pH 6.0), 100 mM CaCl2, 20-25% (v/v)	分辨率 2.11 Å R-free 0.244
9OJR 21bin20S complex (NSF-alphaSNAP-2:1 syntaxin-1a:SNAP-25), non-hydrolyzing, class 3 提交 2025-05-08	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 7 PDB 声明：heptameric	链 H 1–83（83 aa）	未记录	ATP ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 11 ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 8 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 2.95 Å
9OJU 21bin20S complex (NSF-alphaSNAP-2:1 syntaxin-1a:SNAP-25), non-hydrolyzing, class 4 提交 2025-05-08	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 7 PDB 声明：heptameric	链 H 1–83（83 aa）	未记录	ATP ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 10 ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 8 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 2.97 Å
9OJZ 21bin20S complex (NSF-alphaSNAP-2:1 syntaxin-1a:SNAP-25), non-hydrolyzing, class 5 提交 2025-05-08	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 12 PDB 声明：dodecameric	链 I 1–206（206 aa）	未记录	ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1 ATP ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 11	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 8 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.39 Å
9OK3 21bin20S complex (NSF-alphaSNAP-2:1 syntaxin-1a:SNAP-25), 3:2:1 alphaSNAP-syntaxin-1a-SNAP-25 subcomplex local refinement, non-hydrolyzing, class 13 提交 2025-05-08	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 6 PDB 声明：hexameric	链 C 1–206（206 aa）	未记录	未记录非水小分子	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 8 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.74 Å
9OLO 22bin20S complex (NSF-alphaSNAP-2:2 syntaxin-1a:SNAP-25), hydrolyzing, class 19 提交 2025-05-12	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 14 PDB 声明：tetradecameric	链 I 1–206（206 aa）链 J 1–206（206 aa）	未记录	ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 5 ATP ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 7 MG MAGNESIUM ION × 10 PO4 PHOSPHATE ION × 3	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 8 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.56 Å
9OM6 22bin20S complex (NSF-alphaSNAP-2:2 syntaxin-1a:SNAP-25), 4:2:2 alphaSNAP-syntaxin-1a-SNAP-25 subcomplex local refinement, hydrolyzing, class 23 提交 2025-05-13	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 8 PDB 声明：octameric	链 C 1–206（206 aa）链 D 1–206（206 aa）	未记录	未记录非水小分子	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 8 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 4.14 Å
9PAF 21bin20S complex (NSF-alphaSNAP-2:1 syntaxin-1a:SNAP-25), non-hydrolyzing, class 6 提交 2025-06-25	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 12 PDB 声明：dodecameric	链 I 1–206（206 aa）	未记录	ATP ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 10 ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 8 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.82 Å
9PAG 21bin20S complex (NSF-alphaSNAP-2:1 syntaxin-1a:SNAP-25), non-hydrolyzing, class 7 提交 2025-06-25	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 12 PDB 声明：dodecameric	链 I 1–206（206 aa）	未记录	ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1 ATP ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 11	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 8 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.62 Å
9PB9 21bin20S complex (NSF-alphaSNAP-2:1 syntaxin-1a:SNAP-25), non-hydrolyzing, class 8 提交 2025-06-26	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 12 PDB 声明：dodecameric	链 I 1–206（206 aa）	未记录	ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1 ATP ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 11	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 8 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.45 Å
9PBA 21bin20S complex (NSF-alphaSNAP-2:1 syntaxin-1a:SNAP-25), non-hydrolyzing, class 9 提交 2025-06-26	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 12 PDB 声明：dodecameric	链 I 1–206（206 aa）	未记录	ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1 ATP ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 11	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 8 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.47 Å
9PBF 21bin20S complex (NSF-alphaSNAP-2:1 syntaxin-1a:SNAP-25), non-hydrolyzing, class 10 提交 2025-06-26	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 12 PDB 声明：dodecameric	链 H 1–206（206 aa）	未记录	ATP ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 10 ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 8 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 4.01 Å
9PBV 21bin20S complex (NSF-alphaSNAP-2:1 syntaxin-1a:SNAP-25), non-hydrolyzing, class 11 提交 2025-06-26	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 12 PDB 声明：dodecameric	链 H 1–206（206 aa）	未记录	ATP ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 10 ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 8 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.91 Å
9PC3 21bin20S complex (NSF-alphaSNAP-2:1 syntaxin-1a:SNAP-25), non-hydrolyzing, class 12 提交 2025-06-26	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 12 PDB 声明：dodecameric	链 I 1–206（206 aa）	未记录	ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1 ATP ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 11	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 8 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.69 Å
9PCX 22bin20S complex (NSF-alphaSNAP-2:2 syntaxin-1a:SNAP-25), hydrolyzing, class 14 提交 2025-06-29	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 14 PDB 声明：tetradecameric	链 I 1–206（206 aa）链 J 1–206（206 aa）链 K 1–206（206 aa）链 L 1–206（206 aa）链 M 1–206（206 aa）链 N 1–206（206 aa）	未记录	ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 5 ATP ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 7 PO4 PHOSPHATE ION × 1	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 8 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 4.03 Å
9PCZ 22bin20S complex (NSF-alphaSNAP-2:2 syntaxin-1a:SNAP-25), hydrolyzing, class 15 提交 2025-06-29	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 14 PDB 声明：tetradecameric	链 K 1–206（206 aa）链 L 1–206（206 aa）	未记录	ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 5 ATP ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 7 MG MAGNESIUM ION × 10 PO4 PHOSPHATE ION × 2	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 8 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.65 Å
9PD1 22bin20S complex (NSF-alphaSNAP-2:2 syntaxin-1a:SNAP-25), hydrolyzing, class 20 提交 2025-06-29	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 14 PDB 声明：tetradecameric	链 I 1–206（206 aa）链 J 1–206（206 aa）	未记录	ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 5 ATP ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 7	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 8 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 4.50 Å
9PD8 22bin20S complex (NSF-alphaSNAP-2:2 syntaxin-1a:SNAP-25), hydrolyzing, class 21 提交 2025-06-30	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 15 PDB 声明：pentadecameric	链 I 1–206（206 aa）链 J 1–206（206 aa）	未记录	ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 5 ATP ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 7	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 8 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 4.23 Å
9PFF Min22bin20S complex (NSF-alphaSNAP-2:2 syntaxin-1a H3:SNAP-25 SN1), non-hydrolyzing, class 27 提交 2025-07-04	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 14 PDB 声明：tetradecameric	链 G 1–83（83 aa）链 I 1–83（83 aa）	未记录	ATP ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 10 ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 8 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.09 Å
9PFG Min22bin20S complex (NSF-alphaSNAP-2:2 syntaxin-1a H3:SNAP-25 SN1), 4:2:2 alphaSNAP-syntaxin-1a H3-SNAP-25 SN1 subcomplex local refinement, non-hydrolyzing, class 28 提交 2025-07-04	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 10 PDB 声明：decameric	链 A 1–83（83 aa）链 C 1–83（83 aa）	未记录	未记录非水小分子	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 8 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.58 Å

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UniProt名称	SNP25_RAT
Isoform	P60881-2
PDB实体	2, 3
链与序列区间	作者链 D； PDB构建体 20–95； UniProt 7–82 作者链 F； PDB构建体 20–95； UniProt 7–82 作者链 K； PDB构建体 20–95； UniProt 7–82 作者链 M； PDB构建体 20–95； UniProt 7–82 作者链 E； PDB构建体 20–82； UniProt 141–203 作者链 G； PDB构建体 20–82； UniProt 141–203 作者链 L； PDB构建体 20–82； UniProt 141–203 作者链 N； PDB构建体 20–82； UniProt 141–203

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SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	5low
沉积日期 deposition_date	2016-08-10
结构标题 title	Structure of the Ca2+-bound Rabphilin 3A C2B domain SNAP25 complex (P21 space group)
关键词 keywords	membrane fusion, calcium, C2 domain, exocytosis; EXOCYTOSIS
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	45.44 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	46.16 Å
零角强度 I(0) i0	412267000.00
分子量 molecular_weight	160210.0 kDa
排除体积 excluded_volume	198270 Å³
包络体积 envelope_volume	296840 Å³
水化壳体积 shell_volume	57680 Å³
包络直径 envelope_diameter	189.1 Å
壳层 Rg shell_rg	46.36 Å
包络 Rg envelope_rg	45.82 Å
形状 Rg shape_rg	46.17 Å
总 Rg total_rg	46.15 Å
总原子数 total_atoms	11191
残基数 n_residues	1373
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

▼

4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	173.7 Å
Rg (实空间) rg_real	45.77 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	1.86 Å
I(0) (实空间) i0_real	4.1230e+08
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	7.5440e+06
Rg (倒空间) rg_reciprocal	45.45 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	412100000.0000
解质量估计 total_estimate	0.8178
解质量评级 solution_quality	GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks	2
主峰位置 r_peak_primary	49.6 Å
偏度 Skewness skewness	0.600
峰度 Kurtosis kurtosis	0.397
角度范围 angular_range	— – 0.1750 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha	25220000.0000
实空间数据点数 n_real_points	36
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.634; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.823; Smooth: 0.903

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5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

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6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (6)

实体 1 Entity 1 polymer

描述 description	Rabphilin-3A
分子量 formula_weight	18579.3 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	6

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A,B,C,H,I,J
原子数 atom_count	11297

HMASMTGGQQMGRGSDFGDIEERGKILVSLMYSTQQGGLIVGIIRCVHLAAMDANGYSDPFVKLWLKPDMGKKAKHKTQIKKKTLNPEFNEEFFYDIKHSDLAKKSLDISVWDYDIGKSNDYIGGCQLGISAKGERLKHWYECLKNKDKKIERWHQLQNENH

来源 Source

来源生物 organism	Rattus norvegicus
通用名 common_name	Norway Rat
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	10116
宿主生物 host_organism	Escherichia coli BL21

实体 2 Entity 2 polymer

描述 description	Synaptosomal-associated protein 25
分子量 formula_weight	10841.1 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	4

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	D,F,K,M

GSHMASMTGGQQMGRGSEFMRNELEEMQRRADQLADESLESTRRMLQLVEESKDAGIRTLVMLDEQGEQLDRVEEGMNHINQDMKEAEKNLKDLG

来源 Source

来源生物 organism	Rattus norvegicus
通用名 common_name	Norway Rat
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	10116
宿主生物 host_organism	Escherichia coli BL21

实体 3 Entity 3 polymer

描述 description	Synaptosomal-associated protein 25
分子量 formula_weight	9223.3 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	4

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	E,G,L,N

GSHMASMTGGQQMGRGSEFARENEMDENLEQVSGIIGNLRHMALDMGNEIDTQNRQIDRIMEKADSNKTRIDEANQRATKML

来源 Source

来源生物 organism	Rattus norvegicus
通用名 common_name	Norway Rat
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	10116
宿主生物 host_organism	Escherichia coli BL21

实体 4 Entity 4 non-polymer

描述 description	GLYCEROL
分子量 formula_weight	92.1 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	7

实体 5 Entity 5 non-polymer

描述 description	CALCIUM ION
分子量 formula_weight	40.1 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	12

实体 6 Entity 6 water

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	94

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7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 29 domains

SCOP 2.08 (18 domains)

结构域编号 domain_id	d5lowa_
类 Class class	b — All beta proteins
折叠类型 Fold fold	b.7 — C2 domain-like
超家族 Superfamily superfamily	b.7.1 — C2 domain (Calcium/lipid-binding domain, CaLB)
家族 Family family	b.7.1.2 — Synaptotagmin-like (S variant)

结构域编号 domain_id	d5lowb_
类 Class class	b — All beta proteins
折叠类型 Fold fold	b.7 — C2 domain-like
超家族 Superfamily superfamily	b.7.1 — C2 domain (Calcium/lipid-binding domain, CaLB)
家族 Family family	b.7.1.2 — Synaptotagmin-like (S variant)

结构域编号 domain_id	d5lowc_
类 Class class	b — All beta proteins
折叠类型 Fold fold	b.7 — C2 domain-like
超家族 Superfamily superfamily	b.7.1 — C2 domain (Calcium/lipid-binding domain, CaLB)
家族 Family family	b.7.1.2 — Synaptotagmin-like (S variant)

结构域编号 domain_id	d5lowd1
类 Class class	h — Coiled coil proteins
折叠类型 Fold fold	h.1 — Parallel coiled-coil
超家族 Superfamily superfamily	h.1.15 — SNARE fusion complex
家族 Family family	h.1.15.1 — SNARE fusion complex

结构域编号 domain_id	d5lowd2
类 Class class	l — Artifacts
折叠类型 Fold fold	l.1 — Tags
超家族 Superfamily superfamily	l.1.1 — Tags
家族 Family family	l.1.1.1 — Tags

结构域编号 domain_id	d5lowe_
类 Class class	h — Coiled coil proteins
折叠类型 Fold fold	h.1 — Parallel coiled-coil
超家族 Superfamily superfamily	h.1.15 — SNARE fusion complex
家族 Family family	h.1.15.1 — SNARE fusion complex

结构域编号 domain_id	d5lowf_
类 Class class	h — Coiled coil proteins
折叠类型 Fold fold	h.1 — Parallel coiled-coil
超家族 Superfamily superfamily	h.1.15 — SNARE fusion complex
家族 Family family	h.1.15.1 — SNARE fusion complex

结构域编号 domain_id	d5lowg1
类 Class class	h — Coiled coil proteins
折叠类型 Fold fold	h.1 — Parallel coiled-coil
超家族 Superfamily superfamily	h.1.15 — SNARE fusion complex
家族 Family family	h.1.15.1 — SNARE fusion complex

结构域编号 domain_id	d5lowg2
类 Class class	l — Artifacts
折叠类型 Fold fold	l.1 — Tags
超家族 Superfamily superfamily	l.1.1 — Tags
家族 Family family	l.1.1.1 — Tags

结构域编号 domain_id	d5lowh_
类 Class class	b — All beta proteins
折叠类型 Fold fold	b.7 — C2 domain-like
超家族 Superfamily superfamily	b.7.1 — C2 domain (Calcium/lipid-binding domain, CaLB)
家族 Family family	b.7.1.2 — Synaptotagmin-like (S variant)

结构域编号 domain_id	d5lowi_
类 Class class	b — All beta proteins
折叠类型 Fold fold	b.7 — C2 domain-like
超家族 Superfamily superfamily	b.7.1 — C2 domain (Calcium/lipid-binding domain, CaLB)
家族 Family family	b.7.1.2 — Synaptotagmin-like (S variant)

结构域编号 domain_id	d5lowj_
类 Class class	b — All beta proteins
折叠类型 Fold fold	b.7 — C2 domain-like
超家族 Superfamily superfamily	b.7.1 — C2 domain (Calcium/lipid-binding domain, CaLB)
家族 Family family	b.7.1.2 — Synaptotagmin-like (S variant)

结构域编号 domain_id	d5lowk1
类 Class class	h — Coiled coil proteins
折叠类型 Fold fold	h.1 — Parallel coiled-coil
超家族 Superfamily superfamily	h.1.15 — SNARE fusion complex
家族 Family family	h.1.15.1 — SNARE fusion complex

结构域编号 domain_id	d5lowk2
类 Class class	l — Artifacts
折叠类型 Fold fold	l.1 — Tags
超家族 Superfamily superfamily	l.1.1 — Tags
家族 Family family	l.1.1.1 — Tags

结构域编号 domain_id	d5lowl_
类 Class class	h — Coiled coil proteins
折叠类型 Fold fold	h.1 — Parallel coiled-coil
超家族 Superfamily superfamily	h.1.15 — SNARE fusion complex
家族 Family family	h.1.15.1 — SNARE fusion complex

结构域编号 domain_id	d5lowm_
类 Class class	h — Coiled coil proteins
折叠类型 Fold fold	h.1 — Parallel coiled-coil
超家族 Superfamily superfamily	h.1.15 — SNARE fusion complex
家族 Family family	h.1.15.1 — SNARE fusion complex

结构域编号 domain_id	d5lown1
类 Class class	h — Coiled coil proteins
折叠类型 Fold fold	h.1 — Parallel coiled-coil
超家族 Superfamily superfamily	h.1.15 — SNARE fusion complex
家族 Family family	h.1.15.1 — SNARE fusion complex

结构域编号 domain_id	d5lown2
类 Class class	l — Artifacts
折叠类型 Fold fold	l.1 — Tags
超家族 Superfamily superfamily	l.1.1 — Tags
家族 Family family	l.1.1.1 — Tags

CATH v4.4 (11 domains)

结构域编号 domain_id	5lowA00
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	60 — Sandwich
拓扑 Topology topology	40 — Immunoglobulin-like
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	150 — C2 domain

结构域编号 domain_id	5lowB00
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	60 — Sandwich
拓扑 Topology topology	40 — Immunoglobulin-like
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	150 — C2 domain

结构域编号 domain_id	5lowC00
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	60 — Sandwich
拓扑 Topology topology	40 — Immunoglobulin-like
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	150 — C2 domain

结构域编号 domain_id	5lowE00
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	20 — Up-down Bundle
拓扑 Topology topology	5 — Single alpha-helices involved in coiled-coils or other helix-helix interfaces
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	110 —

结构域编号 domain_id	5lowF00
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	20 — Up-down Bundle
拓扑 Topology topology	5 — Single alpha-helices involved in coiled-coils or other helix-helix interfaces
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	110 —

结构域编号 domain_id	5lowG00
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	20 — Up-down Bundle
拓扑 Topology topology	5 — Single alpha-helices involved in coiled-coils or other helix-helix interfaces
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	110 —

结构域编号 domain_id	5lowH00
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	60 — Sandwich
拓扑 Topology topology	40 — Immunoglobulin-like
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	150 — C2 domain

结构域编号 domain_id	5lowI00
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	60 — Sandwich
拓扑 Topology topology	40 — Immunoglobulin-like
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	150 — C2 domain

结构域编号 domain_id	5lowJ00
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	60 — Sandwich
拓扑 Topology topology	40 — Immunoglobulin-like
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	150 — C2 domain

结构域编号 domain_id	5lowL00
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	20 — Up-down Bundle
拓扑 Topology topology	5 — Single alpha-helices involved in coiled-coils or other helix-helix interfaces
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	110 —

结构域编号 domain_id	5lowN00
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	20 — Up-down Bundle
拓扑 Topology topology	5 — Single alpha-helices involved in coiled-coils or other helix-helix interfaces
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	110 —

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8. 引用文献 (1)

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晶胞边长 a length_a	60.080 Å
晶胞边长 b length_b	239.496 Å
晶胞边长 c length_c	71.487 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	114.92 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	12

空间群 space_group	P 1 21 1
空间群编号 int_tables_number	4
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	2.800 Å
最低分辨率 resolution_low	45.030 Å
R 因子 r_factor	0.2394
R_work r_work	0.2379
R_free r_free	0.2686

Structure of the Ca2+-bound Rabphilin 3A C2B domain SNAP25 complex (P21 space group)

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Rabphilin-3A

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

Synaptosomal-associated protein 25

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (6)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 3 Entity 3 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 4 Entity 4 non-polymer

实体 5 Entity 5 non-polymer

实体 6 Entity 6 water

7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 29 domains

SCOP 2.08 (18 domains)

CATH v4.4 (11 domains)

8. 引用文献 (1)

9. 文件与曲线 (10)

Files (7)

Curves (3)

fit	/app/data/saxs_computation/lo/5low/5low.fit
pddf	/app/data/pr_computation/lo/5low/5low.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/lo/5low/5low.dat