5mku

Crystal structure of the Retinoid X Receptor alpha in complex with synthetic honokiol derivative 4 and a fragment of the TIF2 co-activator.

Method: X-RAY DIFFRACTION Dmax: 57.3 Å Quality: GOOD

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Retinoic acid receptor RXR-alpha

Homo sapiens

UniProt P19793

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 蛋白异源复合物 异源复合物 蛋白 × 4 PDB 声明:tetrameric(4) 与蛋白拷贝数一致 链 A; UniProt 229–456 未记录 HIS-LYS-ILE-LEU-HIS-ARG-LEU-LEU-GLN-ASP-SER × 2 J57 (~{E})-3-[4-oxidanyl-3-(3-propan-2-ylphenyl)phenyl]prop-2-enoic acid × 2 X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件:VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP;pH 7;277 K;0.1M PIPES, pH 7.0, 0.1M NaCl, 22% PEG 2K MME 分辨率 1.78 Å R-free 0.177

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly, “相对当前条目”直接指出证据层面的不同;没有差异标签表示当前已读取字段一致。

共 107 个其他 PDB 条目、138 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 RXRA_HUMAN
Isoform
PDB实体 1
链与序列区间 作者链 A; PDB构建体 1–228; UniProt 229–456

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。 链映射与序列区间收在“数据证据”中;数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护,因此不在读者页面展示。

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

SAXS profile for 5mku

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

P(r) distribution for 5mku
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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id5mku
沉积日期 deposition_date2016-12-05
结构标题 titleCrystal structure of the Retinoid X Receptor alpha in complex with synthetic honokiol derivative 4 and a fragment of the TIF2 co-activator.
关键词 keywordsRXR TIF2 honokiol, transcription; TRANSCRIPTION
实验方法 methodX-RAY DIFFRACTION

3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier18.35
回转半径 Rg (电子) rg_electron17.09
零角强度 I(0) i010437600.00
分子量 molecular_weight25012.0 kDa
排除体积 excluded_volume31800 ų
包络体积 envelope_volume35436 ų
水化壳体积 shell_volume17279 ų
包络直径 envelope_diameter56.9
壳层 Rg shell_rg23.19
包络 Rg envelope_rg17.31
形状 Rg shape_rg17.10
总 Rg total_rg18.04
总原子数 total_atoms1778
残基数 n_residues219
球谐函数阶数 n_harmonics20
q 范围 q_range— – 0.5000 −1
数据点数 n_points101
壳层类型 shell_typedirectional
溶剂电子密度 solvent_density0.3340 e/ų
壳层衬度 contrast_shell0.0300 e/ų
CRYSOL 版本 crysol_version4.1.3

4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax57.3
Rg (实空间) rg_real18.25
Rg 误差 (实空间) rg_real_error0.32
I(0) (实空间) i0_real1.0440e+07
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error1.3740e+05
Rg (倒空间) rg_reciprocal18.27
I(0) (倒空间) i0_reciprocal10440000.0000
解质量估计 total_estimate0.8995
解质量评级 solution_quality GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks2
主峰位置 r_peak_primary23.2
偏度 Skewness skewness0.141
峰度 Kurtosis kurtosis-0.471
角度范围 angular_range— – 0.4350 −1
当前正则化参数 α current_alpha0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha2299000.0000
实空间数据点数 n_real_points75
GNOM 版本 gnom_version4.1.3
质量判据 quality_criteria AN1: 0.000; Oscil: 0.902; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.990; Smooth: 0.994

5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (4)

7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 1 domains

CATH v4.4 (1 domains)

结构域编号 domain_id5mkuA00
类 Class class1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture10 — Orthogonal Bundle
拓扑 Topology topology565 — Retinoid X Receptor
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10 — Retinoid X Receptor

8. 引用文献 (1)

9. 文件与曲线 (10)