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5mpd

26S proteasome in presence of ATP (s1)

Method: ELECTRON MICROSCOPY Dmax: 253.2 Å Quality: GOOD
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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

26S proteasome regulatory subunit RPN10

物种未注明

UniProt P38886

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 蛋白异源复合物 异源复合物 蛋白 × 13 PDB 声明：tridecameric（13） 与蛋白拷贝数一致 链 W； UniProt 1–268 未记录 Ubiquitin carboxyl-terminal hydrolase RPN11 × 1 （P43588） 26S proteasome regulatory subunit RPN12 × 1 （P32496） 26S proteasome regulatory subunit RPN13 × 1 （O13563） 26S proteasome complex subunit SEM1 × 1 （O94742） 26S proteasome regulatory subunit RPN1 × 1 （P38764） 26S proteasome regulatory subunit RPN2 × 1 （P32565） 26S proteasome regulatory subunit RPN3 × 1 （P40016） 26S proteasome regulatory subunit RPN5 × 1 （Q12250） 26S proteasome regulatory subunit RPN6 × 1 （Q12377） 26S proteasome regulatory subunit RPN7 × 1 （Q06103） 26S proteasome regulatory subunit RPN8 × 1 （Q08723） 26S proteasome regulatory subunit RPN9 × 1 （Q04062） ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液：pH 7.4 cryo-EM玻璃化条件：冷冻剂 ETHANE-PROPANE 分辨率 4.10 Å

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

其他 PDB 相对当前条目 5MPD Assembly / 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与非聚合物 实验方法与环境 结构质量
3JCO Structure of yeast 26S proteasome in M1 state derived from Titan dataset 提交 2016-01-06 聚集状态不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 47 PDB 声明：47-meric
链 W 1–268（268 aa）
未记录 未记录非水小分子 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 50mM Tris pH 7.5, 100mM NaCl, 5mM MgCl2, 2mM ATP；pH 7.5；50mM Tris pH 7.5, 100mM NaCl, 5mM MgCl2, 2mM ATP
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 4.80 Å
3JCP Structure of yeast 26S proteasome in M2 state derived from Titan dataset 提交 2016-01-06 聚集状态不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 47 PDB 声明：47-meric
链 W 1–268（268 aa）
未记录 未记录非水小分子 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 50mM Tris pH 7.5, 100mM NaCl, 5mM MgCl2, 2mM ATP；pH 7.5；50mM Tris pH 7.5, 100mM NaCl, 5mM MgCl2, 2mM ATP
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 4.60 Å
4CR2 Deep classification of a large cryo-EM dataset defines the conformational landscape of the 26S proteasome 提交 2014-02-25 聚集状态不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 33 PDB 声明：33-meric
链 W 1–268（268 aa）
未记录 未记录非水小分子 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.1
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE；VITRIFICATION 1 -- CRYOGEN- ETHANE, INSTRUMENT- HOMEMADE PLUNGER,
分辨率 7.70 Å
4CR3 Deep classification of a large cryo-EM dataset defines the conformational landscape of the 26S proteasome 提交 2014-02-25 聚集状态不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 33 PDB 声明：33-meric
链 W 1–268（268 aa）
未记录 未记录非水小分子 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.1
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE；VITRIFICATION 1 -- CRYOGEN- ETHANE, INSTRUMENT- HOMEMADE PLUNGER,
分辨率 9.30 Å
4CR4 Deep classification of a large cryo-EM dataset defines the conformational landscape of the 26S proteasome 提交 2014-02-25 聚集状态不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 33 PDB 声明：33-meric
链 W 1–268（268 aa）
未记录 未记录非水小分子 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.1
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE；VITRIFICATION 1 -- CRYOGEN- ETHANE, INSTRUMENT- HOMEMADE PLUNGER,
分辨率 8.80 Å
5A5B Structure of the 26S proteasome-Ubp6 complex 提交 2015-06-17 聚集状态不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 35 PDB 声明：35-meric
链 W 1–268（268 aa）
未记录 未记录非水小分子 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE；VITRIFICATION 1 -- CRYOGEN- ETHANE, INSTRUMENT- HOMEMADE PLUNGER,
分辨率 9.50 Å
5LN1 STRUCTURE OF UBIQUITYLATED-RPN10 FROM YEAST; 提交 2016-08-02 构建体不同 聚集状态不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric
链 A 1–191（191 aa） 片段：UNP RESIDUES 1-191
未记录 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 EVAPORATION, RECRYSTALLIZATION；pH 6.5；292 K；12% (W/V) PEG 20000, 0.1M MES PH 6.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, TEMPERATURE 292K
分辨率 3.14 Å R-free 0.248
5MPB 26S proteasome in presence of AMP-PNP (s3) 提交 2016-12-16 聚集状态不同 配体/离子不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 47 PDB 声明：47-meric
链 W 1–268（268 aa）
未记录 ANP PHOSPHOAMINOPHOSPHONIC ACID-ADENYLATE ESTER × 5 MG MAGNESIUM ION × 6 ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.4
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE-PROPANE
分辨率 7.80 Å
5MPC 26S proteasome in presence of BeFx (s4) 提交 2016-12-16 聚集状态不同 配体/离子不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 48 PDB 声明：48-meric
链 W 1–268（268 aa）
未记录 ATP ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 4 MG MAGNESIUM ION × 6 ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 2 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.4
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE-PROPANE
分辨率 7.70 Å
5MPE 26S proteasome in presence of ATP (s2) 提交 2016-12-16 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 13 PDB 声明：tridecameric
链 W 1–268（268 aa）
未记录 未记录非水小分子 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.4
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE-PROPANE
分辨率 4.50 Å
5MPE 26S proteasome in presence of ATP (s2) 提交 2016-12-16 聚集状态不同 结构质量不同 Assembly 2 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 12 PDB 声明：dodecameric
链 W 1–268（268 aa）
未记录 未记录非水小分子 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.4
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE-PROPANE
分辨率 4.50 Å
5WVI The resting state of yeast proteasome 提交 2016-12-25 聚集状态不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 47 PDB 声明：47-meric
链 W 1–268（268 aa）
未记录 未记录非水小分子 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 6.30 Å
5WVK Yeast proteasome-ADP-AlFx 提交 2016-12-25 聚集状态不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 47 PDB 声明：47-meric
链 W 1–268（268 aa）
未记录 未记录非水小分子 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 4.20 Å
6FVT 26S proteasome, s1 state 提交 2018-03-05 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 47 PDB 声明：47-meric
链 W 1–197（197 aa）
未记录 ATP ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 5 MG MAGNESIUM ION × 6 ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.4
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE-PROPANE
分辨率 4.10 Å
6FVU 26S proteasome, s2 state 提交 2018-03-05 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 47 PDB 声明：47-meric
链 W 1–197（197 aa）
未记录 ATP ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 5 MG MAGNESIUM ION × 6 ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.4
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE-PROPANE
分辨率 4.50 Å
6FVV 26S proteasome, s3 state 提交 2018-03-05 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 47 PDB 声明：47-meric
链 W 1–197（197 aa）
未记录 ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 2 MG MAGNESIUM ION × 6 ATP ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 4 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.4
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE-PROPANE
分辨率 5.40 Å
6FVW 26S proteasome, s4 state 提交 2018-03-05 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 47 PDB 声明：47-meric
链 W 1–197（197 aa）
未记录 ATP ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 4 MG MAGNESIUM ION × 6 ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 2 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.4
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE-PROPANE
分辨率 4.50 Å
6FVX 26S proteasome, s5 state 提交 2018-03-05 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 47 PDB 声明：47-meric
链 W 1–197（197 aa）
未记录 ATP ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 5 MG MAGNESIUM ION × 6 ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.4
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE-PROPANE
分辨率 4.90 Å
6FVY 26S proteasome, s6 state 提交 2018-03-05 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 47 PDB 声明：47-meric
链 W 1–197（197 aa）
未记录 ATP ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 4 MG MAGNESIUM ION × 6 ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 2 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.4
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE-PROPANE
分辨率 6.10 Å
6J2C Yeast proteasome in translocation competent state (C3-a) 提交 2019-01-01 聚集状态不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 47 PDB 声明：47-meric
链 W 1–268（268 aa）
未记录 未记录非水小分子 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 7.00 Å
6J2N yeast proteasome in substrate-processing state (C3-b) 提交 2019-01-02 聚集状态不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 47 PDB 声明：47-meric
链 W 1–268（268 aa）
未记录 未记录非水小分子 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 7.50 Å
6J2Q Yeast proteasome in Ub-accepted state (C1-b) 提交 2019-01-02 聚集状态不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 47 PDB 声明：47-meric
链 W 1–268（268 aa）
未记录 未记录非水小分子 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.80 Å
6J2X Yeast proteasome in resting state (C1-a) 提交 2019-01-03 聚集状态不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 47 PDB 声明：47-meric
链 W 1–268（268 aa）
未记录 未记录非水小分子 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.80 Å
6J30 yeast proteasome in Ub-engaged state (C2) 提交 2019-01-03 聚集状态不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 47 PDB 声明：47-meric
链 W 1–268（268 aa）
未记录 未记录非水小分子 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 4.50 Å
7QO3 Structure of the 26S proteasome-Ubp6 complex in the si state (Core Particle and Lid) 提交 2021-12-23 聚集状态不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 41 PDB 声明：41-meric
链 W 1–268（268 aa）
未记录 未记录非水小分子 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.4
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 6.10 Å
7QO5 26S proteasome Rpt1-RK -Ubp6-UbVS complex in the si state 提交 2021-12-23 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 49 PDB 声明：49-meric
链 W 1–268（268 aa）
未记录 ATP ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 5 MG MAGNESIUM ION × 6 ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.4
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 6.00 Å
9CGC Yeast 26S proteasome non-substrate-engaged (S1 state) 提交 2024-06-28 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 39 PDB 声明：39-meric
链 W 1–268（268 aa）
未记录 MG MAGNESIUM ION × 5 ATP ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 5 ZN ZINC ION × 1 ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.4；30 mM HEPES pH7.4, 25 mM NaCl, 25 mM KCl, 3% (v/v) glycerol, 5 mM MgCl2 2 mM ATP and 0.5 mM TCEP, 0.02% NP-40.
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.61 Å
9IWR 26S proteasome trimer 提交 2024-07-25 聚集状态不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 47 PDB 声明：47-meric
链 W 1–268（268 aa）
未记录 未记录非水小分子 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 6.8；YPD buffer
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE-PROPANE
分辨率 9.10 Å

共 27 个其他 PDB 条目、28 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 RPN10_YEAST
Isoform —
PDB实体 1
链与序列区间 作者链 W； PDB构建体 1–268； UniProt 1–268

Ubiquitin carboxyl-terminal hydrolase RPN11

物种未注明

UniProt P43588

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 蛋白异源复合物 异源复合物 蛋白 × 13 PDB 声明：tridecameric（13） 与蛋白拷贝数一致 链 V； UniProt 1–306 未记录 26S proteasome regulatory subunit RPN10 × 1 （P38886） 26S proteasome regulatory subunit RPN12 × 1 （P32496） 26S proteasome regulatory subunit RPN13 × 1 （O13563） 26S proteasome complex subunit SEM1 × 1 （O94742） 26S proteasome regulatory subunit RPN1 × 1 （P38764） 26S proteasome regulatory subunit RPN2 × 1 （P32565） 26S proteasome regulatory subunit RPN3 × 1 （P40016） 26S proteasome regulatory subunit RPN5 × 1 （Q12250） 26S proteasome regulatory subunit RPN6 × 1 （Q12377） 26S proteasome regulatory subunit RPN7 × 1 （Q06103） 26S proteasome regulatory subunit RPN8 × 1 （Q08723） 26S proteasome regulatory subunit RPN9 × 1 （Q04062） ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液：pH 7.4 cryo-EM玻璃化条件：冷冻剂 ETHANE-PROPANE 分辨率 4.10 Å

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

其他 PDB 相对当前条目 5MPD Assembly / 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与非聚合物 实验方法与环境 结构质量
3J47 Formation of an intricate helical bundle dictates the assembly of the 26S proteasome lid 提交 2013-06-27 构建体不同 聚集状态不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 8 PDB 声明：octameric
链 V 230–298（69 aa） 片段：last three C-terminal helices (UNP residues 230-298)
未记录 未记录非水小分子 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.1
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 7.40 Å
3JCK Structure of the yeast 26S proteasome lid sub-complex 提交 2015-12-20 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 9 PDB 声明：nonameric
链 G 1–306（306 aa）
未记录 ZN ZINC ION × 1 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 50 mM HEPES, 100 mM NaCl, 100 mM KCl, 1 mM TCEP；pH 7.5；50 mM HEPES, 100 mM NaCl, 100 mM KCl, 1 mM TCEP
cryo-EM玻璃化条件 4 uL sample was applied to the grid, blotted for 2 seconds, and plunged into liquid ethane.；85 K；冷冻剂 ETHANE；4 uL sample was applied to the grid, blotted for 2 seconds at 4 degrees C, and plunged into liquid ethane using a manual plunger.
分辨率 3.50 Å
3JCO Structure of yeast 26S proteasome in M1 state derived from Titan dataset 提交 2016-01-06 聚集状态不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 47 PDB 声明：47-meric
链 V 1–306（306 aa）
未记录 未记录非水小分子 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 50mM Tris pH 7.5, 100mM NaCl, 5mM MgCl2, 2mM ATP；pH 7.5；50mM Tris pH 7.5, 100mM NaCl, 5mM MgCl2, 2mM ATP
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 4.80 Å
3JCP Structure of yeast 26S proteasome in M2 state derived from Titan dataset 提交 2016-01-06 聚集状态不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 47 PDB 声明：47-meric
链 V 1–306（306 aa）
未记录 未记录非水小分子 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 50mM Tris pH 7.5, 100mM NaCl, 5mM MgCl2, 2mM ATP；pH 7.5；50mM Tris pH 7.5, 100mM NaCl, 5mM MgCl2, 2mM ATP
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 4.60 Å
4CR2 Deep classification of a large cryo-EM dataset defines the conformational landscape of the 26S proteasome 提交 2014-02-25 聚集状态不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 33 PDB 声明：33-meric
链 V 1–306（306 aa）
未记录 未记录非水小分子 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.1
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE；VITRIFICATION 1 -- CRYOGEN- ETHANE, INSTRUMENT- HOMEMADE PLUNGER,
分辨率 7.70 Å
4CR3 Deep classification of a large cryo-EM dataset defines the conformational landscape of the 26S proteasome 提交 2014-02-25 聚集状态不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 33 PDB 声明：33-meric
链 V 1–306（306 aa）
未记录 未记录非水小分子 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.1
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE；VITRIFICATION 1 -- CRYOGEN- ETHANE, INSTRUMENT- HOMEMADE PLUNGER,
分辨率 9.30 Å
4CR4 Deep classification of a large cryo-EM dataset defines the conformational landscape of the 26S proteasome 提交 2014-02-25 聚集状态不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 33 PDB 声明：33-meric
链 V 1–306（306 aa）
未记录 未记录非水小分子 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.1
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE；VITRIFICATION 1 -- CRYOGEN- ETHANE, INSTRUMENT- HOMEMADE PLUNGER,
分辨率 8.80 Å
4O8X Zinc-bound Rpn11 in complex with Rpn8 提交 2013-12-30 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 B 2–239（238 aa） 片段：UNP residues 2-239
未记录 EDO 1,2-ETHANEDIOL × 31 ZN ZINC ION × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.5；15% PEG8000, 12% ethylene glycol and 100 mM HEPES (pH 7.5), VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP
分辨率 1.99 Å R-free 0.195
4O8Y Zinc-free Rpn11 in complex with Rpn8 提交 2013-12-30 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 B 2–239（238 aa）
未记录 EDO 1,2-ETHANEDIOL × 21 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.5；291 K；15% PEG8000, 30% ethylene glycol, and 100 mM HEPES (pH7.5), VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 291K
分辨率 1.95 Å R-free 0.209
4OCL Crystal Structure of the Rpn8-Rpn11 MPN domain heterodimer, crystal form Ia 提交 2014-01-09 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric
链 B 1–220（220 aa） 片段：UNP residues 1-220
未记录 ZN ZINC ION × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROPS；pH 6；291 K；50 mM MES, pH 6.0, 200 mM calcium acetate, 22% PEG3350, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROPS, temperature 291K
分辨率 2.40 Å R-free 0.252
4OCL Crystal Structure of the Rpn8-Rpn11 MPN domain heterodimer, crystal form Ia 提交 2014-01-09 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric
链 E 1–220（220 aa） 片段：UNP residues 1-220
未记录 ZN ZINC ION × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROPS；pH 6；291 K；50 mM MES, pH 6.0, 200 mM calcium acetate, 22% PEG3350, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROPS, temperature 291K
分辨率 2.40 Å R-free 0.252
4OCM Crystal Structure of the Rpn8-Rpn11 MPN domain heterodimer, crystal form Ib 提交 2014-01-09 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric
链 B 1–220（220 aa） 片段：UNP residues 1-220
未记录 ZN ZINC ION × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROPS；pH 6；291 K；50 mM MES, pH 6.0, 200 mM calcium acetate, 22% PEG3350, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROPS, temperature 291K
分辨率 1.99 Å R-free 0.262
4OCM Crystal Structure of the Rpn8-Rpn11 MPN domain heterodimer, crystal form Ib 提交 2014-01-09 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric
链 E 1–220（220 aa） 片段：UNP residues 1-220
未记录 ZN ZINC ION × 1 K POTASSIUM ION × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROPS；pH 6；291 K；50 mM MES, pH 6.0, 200 mM calcium acetate, 22% PEG3350, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROPS, temperature 291K
分辨率 1.99 Å R-free 0.262
4OCN Crystal Structure of the Rpn8-Rpn11 MPN domain heterodimer, crystal form II 提交 2014-01-09 构建体不同 聚集状态不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric
链 B 1–220（220 aa） 片段：UNP residues 1-220
未记录 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROPS；pH 6；291 K；50 mM MES, pH 6.0, 100 mM magnesium chloride, 21% PEG3350, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROPS, temperature 291K
分辨率 2.25 Å R-free 0.281
4OCN Crystal Structure of the Rpn8-Rpn11 MPN domain heterodimer, crystal form II 提交 2014-01-09 构建体不同 聚集状态不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric
链 E 1–220（220 aa） 片段：UNP residues 1-220
未记录 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROPS；pH 6；291 K；50 mM MES, pH 6.0, 100 mM magnesium chloride, 21% PEG3350, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROPS, temperature 291K
分辨率 2.25 Å R-free 0.281
4OWP Crystal structure of rpn11 in a heterodimer complex with rpn8, representing the active portion of the proteasome lid. 提交 2014-02-03 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 B 2–229（228 aa）
未记录 ZN ZINC ION × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7；293 K；10% PEG 5000, 5% Tacsimate, 0.1 M Hepes pH 7.0
分辨率 2.35 Å R-free 0.242
5A5B Structure of the 26S proteasome-Ubp6 complex 提交 2015-06-17 聚集状态不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 35 PDB 声明：35-meric
链 V 1–306（306 aa）
未记录 未记录非水小分子 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE；VITRIFICATION 1 -- CRYOGEN- ETHANE, INSTRUMENT- HOMEMADE PLUNGER,
分辨率 9.50 Å
5MPB 26S proteasome in presence of AMP-PNP (s3) 提交 2016-12-16 聚集状态不同 配体/离子不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 47 PDB 声明：47-meric
链 V 1–306（306 aa）
未记录 ANP PHOSPHOAMINOPHOSPHONIC ACID-ADENYLATE ESTER × 5 MG MAGNESIUM ION × 6 ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.4
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE-PROPANE
分辨率 7.80 Å
5MPC 26S proteasome in presence of BeFx (s4) 提交 2016-12-16 聚集状态不同 配体/离子不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 48 PDB 声明：48-meric
链 V 1–306（306 aa）
未记录 ATP ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 4 MG MAGNESIUM ION × 6 ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 2 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.4
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE-PROPANE
分辨率 7.70 Å
5MPE 26S proteasome in presence of ATP (s2) 提交 2016-12-16 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 13 PDB 声明：tridecameric
链 V 1–306（306 aa）
未记录 未记录非水小分子 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.4
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE-PROPANE
分辨率 4.50 Å
5MPE 26S proteasome in presence of ATP (s2) 提交 2016-12-16 聚集状态不同 结构质量不同 Assembly 2 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 12 PDB 声明：dodecameric
链 V 1–306（306 aa）
未记录 未记录非水小分子 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.4
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE-PROPANE
分辨率 4.50 Å
5U4P Protein-protein complex between 26S proteasome regulatory subunit RPN8, RPN11, and Ubiquitin S31 提交 2016-12-05 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric
链 B 2–219（218 aa）
未记录 ZN ZINC ION × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 6.8；291 K；1.5 M ammonium tartrate
分辨率 2.50 Å R-free 0.234
5U4P Protein-protein complex between 26S proteasome regulatory subunit RPN8, RPN11, and Ubiquitin S31 提交 2016-12-05 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 6 PDB 声明：hexameric
链 B 2–219（218 aa）
未记录 ZN ZINC ION × 2 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 6.8；291 K；1.5 M ammonium tartrate
分辨率 2.50 Å R-free 0.234
5W83 Rpn8/Rpn11 dimer complex 提交 2017-06-21 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 B 1–222（222 aa）
未记录 ZN ZINC ION × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION；291 K；1.5 M ammonium tartrate pH 6.8
分辨率 1.55 Å R-free 0.234
5WVI The resting state of yeast proteasome 提交 2016-12-25 聚集状态不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 47 PDB 声明：47-meric
链 V 1–306（306 aa）
未记录 未记录非水小分子 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 6.30 Å
5WVK Yeast proteasome-ADP-AlFx 提交 2016-12-25 聚集状态不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 47 PDB 声明：47-meric
链 V 1–306（306 aa）
未记录 未记录非水小分子 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 4.20 Å
6EF3 Yeast 26S proteasome bound to ubiquitinated substrate (4D motor state) 提交 2018-08-15 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 24 PDB 声明：24-meric
链 r 1–306（306 aa）
未记录 ATP ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 4 ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 2 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.6
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE；specimens were manually blotted with Whatman #1 filter paper
分辨率 4.17 Å
6FVT 26S proteasome, s1 state 提交 2018-03-05 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 47 PDB 声明：47-meric
链 V 18–306（289 aa）
未记录 ATP ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 5 MG MAGNESIUM ION × 6 ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.4
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE-PROPANE
分辨率 4.10 Å
6FVU 26S proteasome, s2 state 提交 2018-03-05 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 47 PDB 声明：47-meric
链 V 18–306（289 aa）
未记录 ATP ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 5 MG MAGNESIUM ION × 6 ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.4
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE-PROPANE
分辨率 4.50 Å
6FVV 26S proteasome, s3 state 提交 2018-03-05 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 47 PDB 声明：47-meric
链 V 18–306（289 aa）
未记录 ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 2 MG MAGNESIUM ION × 6 ATP ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 4 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.4
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE-PROPANE
分辨率 5.40 Å
6FVW 26S proteasome, s4 state 提交 2018-03-05 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 47 PDB 声明：47-meric
链 V 18–306（289 aa）
未记录 ATP ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 4 MG MAGNESIUM ION × 6 ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 2 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.4
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE-PROPANE
分辨率 4.50 Å
6FVX 26S proteasome, s5 state 提交 2018-03-05 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 47 PDB 声明：47-meric
链 V 18–306（289 aa）
未记录 ATP ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 5 MG MAGNESIUM ION × 6 ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.4
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE-PROPANE
分辨率 4.90 Å
6FVY 26S proteasome, s6 state 提交 2018-03-05 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 47 PDB 声明：47-meric
链 V 18–306（289 aa）
未记录 ATP ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 4 MG MAGNESIUM ION × 6 ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 2 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.4
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE-PROPANE
分辨率 6.10 Å
6J2C Yeast proteasome in translocation competent state (C3-a) 提交 2019-01-01 聚集状态不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 47 PDB 声明：47-meric
链 V 1–306（306 aa）
未记录 未记录非水小分子 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 7.00 Å
6J2N yeast proteasome in substrate-processing state (C3-b) 提交 2019-01-02 聚集状态不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 47 PDB 声明：47-meric
链 V 1–306（306 aa）
未记录 未记录非水小分子 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 7.50 Å
6J2Q Yeast proteasome in Ub-accepted state (C1-b) 提交 2019-01-02 聚集状态不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 47 PDB 声明：47-meric
链 V 1–306（306 aa）
未记录 未记录非水小分子 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.80 Å
6J2X Yeast proteasome in resting state (C1-a) 提交 2019-01-03 聚集状态不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 47 PDB 声明：47-meric
链 V 1–306（306 aa）
未记录 未记录非水小分子 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.80 Å
6J30 yeast proteasome in Ub-engaged state (C2) 提交 2019-01-03 聚集状态不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 47 PDB 声明：47-meric
链 V 1–306（306 aa）
未记录 未记录非水小分子 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 4.50 Å
7QO3 Structure of the 26S proteasome-Ubp6 complex in the si state (Core Particle and Lid) 提交 2021-12-23 聚集状态不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 41 PDB 声明：41-meric
链 V 1–306（306 aa）
未记录 未记录非水小分子 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.4
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 6.10 Å
7QO5 26S proteasome Rpt1-RK -Ubp6-UbVS complex in the si state 提交 2021-12-23 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 49 PDB 声明：49-meric
链 V 1–306（306 aa）
未记录 ATP ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 5 MG MAGNESIUM ION × 6 ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.4
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 6.00 Å
9CGC Yeast 26S proteasome non-substrate-engaged (S1 state) 提交 2024-06-28 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 39 PDB 声明：39-meric
链 V 1–306（306 aa）
未记录 MG MAGNESIUM ION × 5 ATP ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 5 ZN ZINC ION × 1 ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.4；30 mM HEPES pH7.4, 25 mM NaCl, 25 mM KCl, 3% (v/v) glycerol, 5 mM MgCl2 2 mM ATP and 0.5 mM TCEP, 0.02% NP-40.
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.61 Å
9IWR 26S proteasome trimer 提交 2024-07-25 聚集状态不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 47 PDB 声明：47-meric
链 V 1–306（306 aa）
未记录 未记录非水小分子 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 6.8；YPD buffer
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE-PROPANE
分辨率 9.10 Å

共 37 个其他 PDB 条目、42 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 RPN11_YEAST
Isoform —
PDB实体 2
链与序列区间 作者链 V； PDB构建体 1–306； UniProt 1–306

26S proteasome regulatory subunit RPN12

物种未注明

UniProt P32496

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 蛋白异源复合物 异源复合物 蛋白 × 13 PDB 声明：tridecameric（13） 与蛋白拷贝数一致 链 T； UniProt 1–274 未记录 26S proteasome regulatory subunit RPN10 × 1 （P38886） Ubiquitin carboxyl-terminal hydrolase RPN11 × 1 （P43588） 26S proteasome regulatory subunit RPN13 × 1 （O13563） 26S proteasome complex subunit SEM1 × 1 （O94742） 26S proteasome regulatory subunit RPN1 × 1 （P38764） 26S proteasome regulatory subunit RPN2 × 1 （P32565） 26S proteasome regulatory subunit RPN3 × 1 （P40016） 26S proteasome regulatory subunit RPN5 × 1 （Q12250） 26S proteasome regulatory subunit RPN6 × 1 （Q12377） 26S proteasome regulatory subunit RPN7 × 1 （Q06103） 26S proteasome regulatory subunit RPN8 × 1 （Q08723） 26S proteasome regulatory subunit RPN9 × 1 （Q04062） ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液：pH 7.4 cryo-EM玻璃化条件：冷冻剂 ETHANE-PROPANE 分辨率 4.10 Å

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

其他 PDB 相对当前条目 5MPD Assembly / 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与非聚合物 实验方法与环境 结构质量
3J47 Formation of an intricate helical bundle dictates the assembly of the 26S proteasome lid 提交 2013-06-27 构建体不同 聚集状态不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 8 PDB 声明：octameric
链 T 256–272（17 aa） 片段：C-terminal helix (UNP residues 256-272)
未记录 未记录非水小分子 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.1
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 7.40 Å
3JCK Structure of the yeast 26S proteasome lid sub-complex 提交 2015-12-20 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 9 PDB 声明：nonameric
链 H 1–274（274 aa）
未记录 ZN ZINC ION × 1 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 50 mM HEPES, 100 mM NaCl, 100 mM KCl, 1 mM TCEP；pH 7.5；50 mM HEPES, 100 mM NaCl, 100 mM KCl, 1 mM TCEP
cryo-EM玻璃化条件 4 uL sample was applied to the grid, blotted for 2 seconds, and plunged into liquid ethane.；85 K；冷冻剂 ETHANE；4 uL sample was applied to the grid, blotted for 2 seconds at 4 degrees C, and plunged into liquid ethane using a manual plunger.
分辨率 3.50 Å
3JCO Structure of yeast 26S proteasome in M1 state derived from Titan dataset 提交 2016-01-06 聚集状态不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 47 PDB 声明：47-meric
链 T 1–274（274 aa）
未记录 未记录非水小分子 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 50mM Tris pH 7.5, 100mM NaCl, 5mM MgCl2, 2mM ATP；pH 7.5；50mM Tris pH 7.5, 100mM NaCl, 5mM MgCl2, 2mM ATP
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 4.80 Å
3JCP Structure of yeast 26S proteasome in M2 state derived from Titan dataset 提交 2016-01-06 聚集状态不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 47 PDB 声明：47-meric
链 T 1–274（274 aa）
未记录 未记录非水小分子 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 50mM Tris pH 7.5, 100mM NaCl, 5mM MgCl2, 2mM ATP；pH 7.5；50mM Tris pH 7.5, 100mM NaCl, 5mM MgCl2, 2mM ATP
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 4.60 Å
4CR2 Deep classification of a large cryo-EM dataset defines the conformational landscape of the 26S proteasome 提交 2014-02-25 聚集状态不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 33 PDB 声明：33-meric
链 T 1–274（274 aa）
未记录 未记录非水小分子 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.1
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE；VITRIFICATION 1 -- CRYOGEN- ETHANE, INSTRUMENT- HOMEMADE PLUNGER,
分辨率 7.70 Å
4CR3 Deep classification of a large cryo-EM dataset defines the conformational landscape of the 26S proteasome 提交 2014-02-25 聚集状态不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 33 PDB 声明：33-meric
链 T 1–274（274 aa）
未记录 未记录非水小分子 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.1
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE；VITRIFICATION 1 -- CRYOGEN- ETHANE, INSTRUMENT- HOMEMADE PLUNGER,
分辨率 9.30 Å
4CR4 Deep classification of a large cryo-EM dataset defines the conformational landscape of the 26S proteasome 提交 2014-02-25 聚集状态不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 33 PDB 声明：33-meric
链 T 1–274（274 aa）
未记录 未记录非水小分子 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.1
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE；VITRIFICATION 1 -- CRYOGEN- ETHANE, INSTRUMENT- HOMEMADE PLUNGER,
分辨率 8.80 Å
5A5B Structure of the 26S proteasome-Ubp6 complex 提交 2015-06-17 聚集状态不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 35 PDB 声明：35-meric
链 T 1–274（274 aa）
未记录 未记录非水小分子 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE；VITRIFICATION 1 -- CRYOGEN- ETHANE, INSTRUMENT- HOMEMADE PLUNGER,
分辨率 9.50 Å
5MPB 26S proteasome in presence of AMP-PNP (s3) 提交 2016-12-16 聚集状态不同 配体/离子不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 47 PDB 声明：47-meric
链 T 1–274（274 aa）
未记录 ANP PHOSPHOAMINOPHOSPHONIC ACID-ADENYLATE ESTER × 5 MG MAGNESIUM ION × 6 ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.4
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE-PROPANE
分辨率 7.80 Å
5MPC 26S proteasome in presence of BeFx (s4) 提交 2016-12-16 聚集状态不同 配体/离子不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 48 PDB 声明：48-meric
链 T 1–274（274 aa）
未记录 ATP ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 4 MG MAGNESIUM ION × 6 ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 2 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.4
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE-PROPANE
分辨率 7.70 Å
5MPE 26S proteasome in presence of ATP (s2) 提交 2016-12-16 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 13 PDB 声明：tridecameric
链 T 1–274（274 aa）
未记录 未记录非水小分子 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.4
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE-PROPANE
分辨率 4.50 Å
5MPE 26S proteasome in presence of ATP (s2) 提交 2016-12-16 聚集状态不同 结构质量不同 Assembly 2 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 12 PDB 声明：dodecameric
链 T 1–274（274 aa）
未记录 未记录非水小分子 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.4
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE-PROPANE
分辨率 4.50 Å
5WVI The resting state of yeast proteasome 提交 2016-12-25 聚集状态不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 47 PDB 声明：47-meric
链 T 1–274（274 aa）
未记录 未记录非水小分子 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 6.30 Å
5WVK Yeast proteasome-ADP-AlFx 提交 2016-12-25 聚集状态不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 47 PDB 声明：47-meric
链 T 1–274（274 aa）
未记录 未记录非水小分子 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 4.20 Å
6FVT 26S proteasome, s1 state 提交 2018-03-05 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 47 PDB 声明：47-meric
链 T 7–272（266 aa）
未记录 ATP ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 5 MG MAGNESIUM ION × 6 ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.4
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE-PROPANE
分辨率 4.10 Å
6FVU 26S proteasome, s2 state 提交 2018-03-05 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 47 PDB 声明：47-meric
链 T 7–272（266 aa）
未记录 ATP ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 5 MG MAGNESIUM ION × 6 ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.4
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE-PROPANE
分辨率 4.50 Å
6FVV 26S proteasome, s3 state 提交 2018-03-05 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 47 PDB 声明：47-meric
链 T 7–272（266 aa）
未记录 ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 2 MG MAGNESIUM ION × 6 ATP ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 4 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.4
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE-PROPANE
分辨率 5.40 Å
6FVW 26S proteasome, s4 state 提交 2018-03-05 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 47 PDB 声明：47-meric
链 T 7–272（266 aa）
未记录 ATP ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 4 MG MAGNESIUM ION × 6 ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 2 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.4
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE-PROPANE
分辨率 4.50 Å
6FVX 26S proteasome, s5 state 提交 2018-03-05 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 47 PDB 声明：47-meric
链 T 7–272（266 aa）
未记录 ATP ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 5 MG MAGNESIUM ION × 6 ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.4
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE-PROPANE
分辨率 4.90 Å
6FVY 26S proteasome, s6 state 提交 2018-03-05 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 47 PDB 声明：47-meric
链 T 7–272（266 aa）
未记录 ATP ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 4 MG MAGNESIUM ION × 6 ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 2 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.4
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE-PROPANE
分辨率 6.10 Å
6J2C Yeast proteasome in translocation competent state (C3-a) 提交 2019-01-01 聚集状态不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 47 PDB 声明：47-meric
链 T 1–274（274 aa）
未记录 未记录非水小分子 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 7.00 Å
6J2N yeast proteasome in substrate-processing state (C3-b) 提交 2019-01-02 聚集状态不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 47 PDB 声明：47-meric
链 T 1–274（274 aa）
未记录 未记录非水小分子 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 7.50 Å
6J2Q Yeast proteasome in Ub-accepted state (C1-b) 提交 2019-01-02 聚集状态不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 47 PDB 声明：47-meric
链 T 1–274（274 aa）
未记录 未记录非水小分子 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.80 Å
6J2X Yeast proteasome in resting state (C1-a) 提交 2019-01-03 聚集状态不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 47 PDB 声明：47-meric
链 T 1–274（274 aa）
未记录 未记录非水小分子 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.80 Å
6J30 yeast proteasome in Ub-engaged state (C2) 提交 2019-01-03 聚集状态不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 47 PDB 声明：47-meric
链 T 1–274（274 aa）
未记录 未记录非水小分子 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 4.50 Å
7QO3 Structure of the 26S proteasome-Ubp6 complex in the si state (Core Particle and Lid) 提交 2021-12-23 聚集状态不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 41 PDB 声明：41-meric
链 T 1–274（274 aa）
未记录 未记录非水小分子 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.4
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 6.10 Å
7QO5 26S proteasome Rpt1-RK -Ubp6-UbVS complex in the si state 提交 2021-12-23 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 49 PDB 声明：49-meric
链 T 1–274（274 aa）
未记录 ATP ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 5 MG MAGNESIUM ION × 6 ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.4
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 6.00 Å
9CGC Yeast 26S proteasome non-substrate-engaged (S1 state) 提交 2024-06-28 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 39 PDB 声明：39-meric
链 T 1–274（274 aa）
未记录 MG MAGNESIUM ION × 5 ATP ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 5 ZN ZINC ION × 1 ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.4；30 mM HEPES pH7.4, 25 mM NaCl, 25 mM KCl, 3% (v/v) glycerol, 5 mM MgCl2 2 mM ATP and 0.5 mM TCEP, 0.02% NP-40.
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.61 Å
9IWR 26S proteasome trimer 提交 2024-07-25 聚集状态不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 47 PDB 声明：47-meric
链 T 1–274（274 aa）
未记录 未记录非水小分子 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 6.8；YPD buffer
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE-PROPANE
分辨率 9.10 Å

共 28 个其他 PDB 条目、29 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 RPN12_YEAST
Isoform —
PDB实体 3
链与序列区间 作者链 T； PDB构建体 1–274； UniProt 1–274

26S proteasome regulatory subunit RPN13

物种未注明

UniProt O13563

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 蛋白异源复合物 异源复合物 蛋白 × 13 PDB 声明：tridecameric（13） 与蛋白拷贝数一致 链 X； UniProt 1–156 未记录 26S proteasome regulatory subunit RPN10 × 1 （P38886） Ubiquitin carboxyl-terminal hydrolase RPN11 × 1 （P43588） 26S proteasome regulatory subunit RPN12 × 1 （P32496） 26S proteasome complex subunit SEM1 × 1 （O94742） 26S proteasome regulatory subunit RPN1 × 1 （P38764） 26S proteasome regulatory subunit RPN2 × 1 （P32565） 26S proteasome regulatory subunit RPN3 × 1 （P40016） 26S proteasome regulatory subunit RPN5 × 1 （Q12250） 26S proteasome regulatory subunit RPN6 × 1 （Q12377） 26S proteasome regulatory subunit RPN7 × 1 （Q06103） 26S proteasome regulatory subunit RPN8 × 1 （Q08723） 26S proteasome regulatory subunit RPN9 × 1 （Q04062） ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液：pH 7.4 cryo-EM玻璃化条件：冷冻剂 ETHANE-PROPANE 分辨率 4.10 Å

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

其他 PDB 相对当前条目 5MPD Assembly / 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与非聚合物 实验方法与环境 结构质量
2Z4D NMR Structures of Yeast Proteasome Component Rpn13 提交 2007-06-15 构建体不同 聚集状态不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 A 6–101（96 aa） 片段：residues 6-101
未记录 未记录非水小分子 SOLUTION NMR
NMR测量条件 pH 6.5；298 K；离子强度（mmCIF原始值）20mM phosphate, 50mM NaCl；压力 ambient
NMR样品组成 0.4mM Rpn13 U-15N, 13C; U-70% 2H; 20mM phosphate buffer; 50mM NaCl; 4mM DTT; 90% H2O, 10% D2O | 90% H2O/10% D2O
NMR样品组成 0.5mM Rpn13 U-15N; U-50% 2H; 20mM phosphate buffer; 50mM NaCl; 4mM DTT; 90% H2O, 10% D2O | 90% H2O/10% D2O
NMR样品组成 0.5mM Rpn13 U-13C; 20mM phosphate buffer; 50mM NaCl; 4mM DTT; 100% D2O | 100% D2O
分辨率未提供
3JCO Structure of yeast 26S proteasome in M1 state derived from Titan dataset 提交 2016-01-06 聚集状态不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 47 PDB 声明：47-meric
链 X 1–156（156 aa）
未记录 未记录非水小分子 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 50mM Tris pH 7.5, 100mM NaCl, 5mM MgCl2, 2mM ATP；pH 7.5；50mM Tris pH 7.5, 100mM NaCl, 5mM MgCl2, 2mM ATP
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 4.80 Å
3JCP Structure of yeast 26S proteasome in M2 state derived from Titan dataset 提交 2016-01-06 聚集状态不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 47 PDB 声明：47-meric
链 X 1–156（156 aa）
未记录 未记录非水小分子 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 50mM Tris pH 7.5, 100mM NaCl, 5mM MgCl2, 2mM ATP；pH 7.5；50mM Tris pH 7.5, 100mM NaCl, 5mM MgCl2, 2mM ATP
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 4.60 Å
4CR2 Deep classification of a large cryo-EM dataset defines the conformational landscape of the 26S proteasome 提交 2014-02-25 聚集状态不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 33 PDB 声明：33-meric
链 X 1–156（156 aa）
未记录 未记录非水小分子 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.1
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE；VITRIFICATION 1 -- CRYOGEN- ETHANE, INSTRUMENT- HOMEMADE PLUNGER,
分辨率 7.70 Å
4CR3 Deep classification of a large cryo-EM dataset defines the conformational landscape of the 26S proteasome 提交 2014-02-25 聚集状态不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 33 PDB 声明：33-meric
链 X 1–156（156 aa）
未记录 未记录非水小分子 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.1
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE；VITRIFICATION 1 -- CRYOGEN- ETHANE, INSTRUMENT- HOMEMADE PLUNGER,
分辨率 9.30 Å
4CR4 Deep classification of a large cryo-EM dataset defines the conformational landscape of the 26S proteasome 提交 2014-02-25 聚集状态不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 33 PDB 声明：33-meric
链 X 1–156（156 aa）
未记录 未记录非水小分子 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.1
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE；VITRIFICATION 1 -- CRYOGEN- ETHANE, INSTRUMENT- HOMEMADE PLUNGER,
分辨率 8.80 Å
5A5B Structure of the 26S proteasome-Ubp6 complex 提交 2015-06-17 聚集状态不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 35 PDB 声明：35-meric
链 X 1–156（156 aa）
未记录 未记录非水小分子 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE；VITRIFICATION 1 -- CRYOGEN- ETHANE, INSTRUMENT- HOMEMADE PLUNGER,
分辨率 9.50 Å
5MPB 26S proteasome in presence of AMP-PNP (s3) 提交 2016-12-16 聚集状态不同 配体/离子不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 47 PDB 声明：47-meric
链 X 1–156（156 aa）
未记录 ANP PHOSPHOAMINOPHOSPHONIC ACID-ADENYLATE ESTER × 5 MG MAGNESIUM ION × 6 ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.4
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE-PROPANE
分辨率 7.80 Å
5MPC 26S proteasome in presence of BeFx (s4) 提交 2016-12-16 聚集状态不同 配体/离子不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 48 PDB 声明：48-meric
链 X 1–156（156 aa）
未记录 ATP ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 4 MG MAGNESIUM ION × 6 ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 2 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.4
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE-PROPANE
分辨率 7.70 Å
5MPE 26S proteasome in presence of ATP (s2) 提交 2016-12-16 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 13 PDB 声明：tridecameric
链 X 1–156（156 aa）
未记录 未记录非水小分子 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.4
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE-PROPANE
分辨率 4.50 Å
5WVI The resting state of yeast proteasome 提交 2016-12-25 聚集状态不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 47 PDB 声明：47-meric
链 X 1–156（156 aa）
未记录 未记录非水小分子 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 6.30 Å
5WVK Yeast proteasome-ADP-AlFx 提交 2016-12-25 聚集状态不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 47 PDB 声明：47-meric
链 X 1–156（156 aa）
未记录 未记录非水小分子 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 4.20 Å
6FVT 26S proteasome, s1 state 提交 2018-03-05 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 47 PDB 声明：47-meric
链 X 5–131（127 aa）
未记录 ATP ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 5 MG MAGNESIUM ION × 6 ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.4
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE-PROPANE
分辨率 4.10 Å
6FVU 26S proteasome, s2 state 提交 2018-03-05 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 47 PDB 声明：47-meric
链 X 5–131（127 aa）
未记录 ATP ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 5 MG MAGNESIUM ION × 6 ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.4
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE-PROPANE
分辨率 4.50 Å
6FVV 26S proteasome, s3 state 提交 2018-03-05 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 47 PDB 声明：47-meric
链 X 5–131（127 aa）
未记录 ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 2 MG MAGNESIUM ION × 6 ATP ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 4 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.4
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE-PROPANE
分辨率 5.40 Å
6FVW 26S proteasome, s4 state 提交 2018-03-05 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 47 PDB 声明：47-meric
链 X 5–131（127 aa）
未记录 ATP ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 4 MG MAGNESIUM ION × 6 ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 2 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.4
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE-PROPANE
分辨率 4.50 Å
6FVX 26S proteasome, s5 state 提交 2018-03-05 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 47 PDB 声明：47-meric
链 X 5–131（127 aa）
未记录 ATP ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 5 MG MAGNESIUM ION × 6 ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.4
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE-PROPANE
分辨率 4.90 Å
6FVY 26S proteasome, s6 state 提交 2018-03-05 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 47 PDB 声明：47-meric
链 X 5–131（127 aa）
未记录 ATP ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 4 MG MAGNESIUM ION × 6 ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 2 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.4
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE-PROPANE
分辨率 6.10 Å
6J2C Yeast proteasome in translocation competent state (C3-a) 提交 2019-01-01 聚集状态不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 47 PDB 声明：47-meric
链 X 1–156（156 aa）
未记录 未记录非水小分子 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 7.00 Å
6J2N yeast proteasome in substrate-processing state (C3-b) 提交 2019-01-02 聚集状态不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 47 PDB 声明：47-meric
链 X 1–156（156 aa）
未记录 未记录非水小分子 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 7.50 Å
6J2Q Yeast proteasome in Ub-accepted state (C1-b) 提交 2019-01-02 聚集状态不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 47 PDB 声明：47-meric
链 X 1–156（156 aa）
未记录 未记录非水小分子 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.80 Å
6J2X Yeast proteasome in resting state (C1-a) 提交 2019-01-03 聚集状态不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 47 PDB 声明：47-meric
链 X 1–156（156 aa）
未记录 未记录非水小分子 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.80 Å
6J30 yeast proteasome in Ub-engaged state (C2) 提交 2019-01-03 聚集状态不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 47 PDB 声明：47-meric
链 X 1–156（156 aa）
未记录 未记录非水小分子 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 4.50 Å
7QO3 Structure of the 26S proteasome-Ubp6 complex in the si state (Core Particle and Lid) 提交 2021-12-23 聚集状态不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 41 PDB 声明：41-meric
链 X 1–156（156 aa）
未记录 未记录非水小分子 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.4
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 6.10 Å
7QO5 26S proteasome Rpt1-RK -Ubp6-UbVS complex in the si state 提交 2021-12-23 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 49 PDB 声明：49-meric
链 X 1–156（156 aa）
未记录 ATP ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 5 MG MAGNESIUM ION × 6 ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.4
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 6.00 Å
9IWR 26S proteasome trimer 提交 2024-07-25 聚集状态不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 47 PDB 声明：47-meric
链 X 1–156（156 aa）
未记录 未记录非水小分子 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 6.8；YPD buffer
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE-PROPANE
分辨率 9.10 Å

共 26 个其他 PDB 条目、26 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 RPN13_YEAST
Isoform —
PDB实体 4
链与序列区间 作者链 X； PDB构建体 1–156； UniProt 1–156

26S proteasome complex subunit SEM1

物种未注明

UniProt O94742

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 蛋白异源复合物 异源复合物 蛋白 × 13 PDB 声明：tridecameric（13） 与蛋白拷贝数一致 链 Y； UniProt 1–89 未记录 26S proteasome regulatory subunit RPN10 × 1 （P38886） Ubiquitin carboxyl-terminal hydrolase RPN11 × 1 （P43588） 26S proteasome regulatory subunit RPN12 × 1 （P32496） 26S proteasome regulatory subunit RPN13 × 1 （O13563） 26S proteasome regulatory subunit RPN1 × 1 （P38764） 26S proteasome regulatory subunit RPN2 × 1 （P32565） 26S proteasome regulatory subunit RPN3 × 1 （P40016） 26S proteasome regulatory subunit RPN5 × 1 （Q12250） 26S proteasome regulatory subunit RPN6 × 1 （Q12377） 26S proteasome regulatory subunit RPN7 × 1 （Q06103） 26S proteasome regulatory subunit RPN8 × 1 （Q08723） 26S proteasome regulatory subunit RPN9 × 1 （Q04062） ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液：pH 7.4 cryo-EM玻璃化条件：冷冻剂 ETHANE-PROPANE 分辨率 4.10 Å

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

其他 PDB 相对当前条目 5MPD Assembly / 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与非聚合物 实验方法与环境 结构质量
3JCK Structure of the yeast 26S proteasome lid sub-complex 提交 2015-12-20 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 9 PDB 声明：nonameric
链 I 1–89（89 aa）
未记录 ZN ZINC ION × 1 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 50 mM HEPES, 100 mM NaCl, 100 mM KCl, 1 mM TCEP；pH 7.5；50 mM HEPES, 100 mM NaCl, 100 mM KCl, 1 mM TCEP
cryo-EM玻璃化条件 4 uL sample was applied to the grid, blotted for 2 seconds, and plunged into liquid ethane.；85 K；冷冻剂 ETHANE；4 uL sample was applied to the grid, blotted for 2 seconds at 4 degrees C, and plunged into liquid ethane using a manual plunger.
分辨率 3.50 Å
3JCO Structure of yeast 26S proteasome in M1 state derived from Titan dataset 提交 2016-01-06 聚集状态不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 47 PDB 声明：47-meric
链 Y 1–89（89 aa）
未记录 未记录非水小分子 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 50mM Tris pH 7.5, 100mM NaCl, 5mM MgCl2, 2mM ATP；pH 7.5；50mM Tris pH 7.5, 100mM NaCl, 5mM MgCl2, 2mM ATP
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 4.80 Å
3JCP Structure of yeast 26S proteasome in M2 state derived from Titan dataset 提交 2016-01-06 聚集状态不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 47 PDB 声明：47-meric
链 Y 1–89（89 aa）
未记录 未记录非水小分子 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 50mM Tris pH 7.5, 100mM NaCl, 5mM MgCl2, 2mM ATP；pH 7.5；50mM Tris pH 7.5, 100mM NaCl, 5mM MgCl2, 2mM ATP
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 4.60 Å
3T5V Sac3:Thp1:Sem1 complex 提交 2011-07-28 聚集状态不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric
链 C 1–89（89 aa）
未记录 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 5.2；292 K；see publication, pH 5.2, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 292K
分辨率 2.90 Å R-free 0.231
3T5V Sac3:Thp1:Sem1 complex 提交 2011-07-28 聚集状态不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric
链 F 1–89（89 aa）
未记录 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 5.2；292 K；see publication, pH 5.2, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 292K
分辨率 2.90 Å R-free 0.231
4CR2 Deep classification of a large cryo-EM dataset defines the conformational landscape of the 26S proteasome 提交 2014-02-25 构建体不同 聚集状态不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 33 PDB 声明：33-meric
链 Y 1–89（89 aa） 片段：SEM1
未记录 未记录非水小分子 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.1
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE；VITRIFICATION 1 -- CRYOGEN- ETHANE, INSTRUMENT- HOMEMADE PLUNGER,
分辨率 7.70 Å
4CR3 Deep classification of a large cryo-EM dataset defines the conformational landscape of the 26S proteasome 提交 2014-02-25 构建体不同 聚集状态不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 33 PDB 声明：33-meric
链 Y 1–89（89 aa） 片段：SEM1
未记录 未记录非水小分子 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.1
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE；VITRIFICATION 1 -- CRYOGEN- ETHANE, INSTRUMENT- HOMEMADE PLUNGER,
分辨率 9.30 Å
4CR4 Deep classification of a large cryo-EM dataset defines the conformational landscape of the 26S proteasome 提交 2014-02-25 构建体不同 聚集状态不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 33 PDB 声明：33-meric
链 Y 1–89（89 aa） 片段：SEM1
未记录 未记录非水小分子 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.1
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE；VITRIFICATION 1 -- CRYOGEN- ETHANE, INSTRUMENT- HOMEMADE PLUNGER,
分辨率 8.80 Å
4TRQ Crystal structure of Sac3/Thp1/Sem1 提交 2014-06-17 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 6 PDB 声明：Hexameric
链 C 30–89（60 aa）
链 F 30–89（60 aa）
未记录 SO4 SULFATE ION × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；292 K；0.5M Li2SO4, 10% PEG-8.000
分辨率 3.10 Å R-free 0.238
5A5B Structure of the 26S proteasome-Ubp6 complex 提交 2015-06-17 构建体不同 聚集状态不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 35 PDB 声明：35-meric
链 Y 1–89（89 aa） 片段：SEM1
未记录 未记录非水小分子 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE；VITRIFICATION 1 -- CRYOGEN- ETHANE, INSTRUMENT- HOMEMADE PLUNGER,
分辨率 9.50 Å
5G5P Structure of the Saccharomyces cerevisiae TREX-2 complex 提交 2016-05-26 聚集状态不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 6 PDB 声明：hexameric
链 C 1–89（89 aa）
未记录 未记录非水小分子 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 20 MM HEPES, 300 MM NACL, 5 MM DTT；pH 8；20 mM HEPES, 300 mM NaCl, 5 mM DTT
cryo-EM玻璃化条件 85 K；冷冻剂 ETHANE；LIQUID ETHANE
分辨率 5.30 Å
5L3T Structure of the Saccharomyces cerevisiae TREX-2 complex 提交 2016-05-24 聚集状态不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 6 PDB 声明：hexameric
链 C 1–89（89 aa）
未记录 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；293 K；Precipitant: 20% PEG 3350, 0.2 M Mg formate; protein 16.5 mg/ml in 0.3 M NaCl, 50 mM HEPES, pH 8, 5 mM DTT.
分辨率 4.93 Å R-free 0.370
5MPB 26S proteasome in presence of AMP-PNP (s3) 提交 2016-12-16 聚集状态不同 配体/离子不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 47 PDB 声明：47-meric
链 Y 1–89（89 aa）
未记录 ANP PHOSPHOAMINOPHOSPHONIC ACID-ADENYLATE ESTER × 5 MG MAGNESIUM ION × 6 ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.4
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE-PROPANE
分辨率 7.80 Å
5MPC 26S proteasome in presence of BeFx (s4) 提交 2016-12-16 聚集状态不同 配体/离子不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 48 PDB 声明：48-meric
链 Y 1–89（89 aa）
未记录 ATP ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 4 MG MAGNESIUM ION × 6 ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 2 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.4
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE-PROPANE
分辨率 7.70 Å
5MPE 26S proteasome in presence of ATP (s2) 提交 2016-12-16 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 13 PDB 声明：tridecameric
链 Y 1–89（89 aa）
未记录 未记录非水小分子 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.4
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE-PROPANE
分辨率 4.50 Å
5MPE 26S proteasome in presence of ATP (s2) 提交 2016-12-16 聚集状态不同 结构质量不同 Assembly 2 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 12 PDB 声明：dodecameric
链 Y 1–89（89 aa）
未记录 未记录非水小分子 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.4
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE-PROPANE
分辨率 4.50 Å
5UBP TREX2 M-region 提交 2016-12-21 聚集状态不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric
链 C 1–89（89 aa）
未记录 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；291 K；20 % PEG3350, 0.17 M MgFormate
分辨率 2.30 Å R-free 0.217
5WVI The resting state of yeast proteasome 提交 2016-12-25 聚集状态不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 47 PDB 声明：47-meric
链 Y 1–89（89 aa）
未记录 未记录非水小分子 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 6.30 Å
5WVK Yeast proteasome-ADP-AlFx 提交 2016-12-25 聚集状态不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 47 PDB 声明：47-meric
链 Y 1–89（89 aa）
未记录 未记录非水小分子 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 4.20 Å
6FVT 26S proteasome, s1 state 提交 2018-03-05 聚集状态不同 配体/离子不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 47 PDB 声明：47-meric
链 Y 1–89（89 aa）
未记录 ATP ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 5 MG MAGNESIUM ION × 6 ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.4
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE-PROPANE
分辨率 4.10 Å
6FVU 26S proteasome, s2 state 提交 2018-03-05 聚集状态不同 配体/离子不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 47 PDB 声明：47-meric
链 Y 1–89（89 aa）
未记录 ATP ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 5 MG MAGNESIUM ION × 6 ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.4
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE-PROPANE
分辨率 4.50 Å
6FVV 26S proteasome, s3 state 提交 2018-03-05 聚集状态不同 配体/离子不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 47 PDB 声明：47-meric
链 Y 1–89（89 aa）
未记录 ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 2 MG MAGNESIUM ION × 6 ATP ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 4 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.4
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE-PROPANE
分辨率 5.40 Å
6FVW 26S proteasome, s4 state 提交 2018-03-05 聚集状态不同 配体/离子不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 47 PDB 声明：47-meric
链 Y 1–89（89 aa）
未记录 ATP ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 4 MG MAGNESIUM ION × 6 ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 2 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.4
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE-PROPANE
分辨率 4.50 Å
6FVX 26S proteasome, s5 state 提交 2018-03-05 聚集状态不同 配体/离子不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 47 PDB 声明：47-meric
链 Y 1–89（89 aa）
未记录 ATP ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 5 MG MAGNESIUM ION × 6 ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.4
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE-PROPANE
分辨率 4.90 Å
6FVY 26S proteasome, s6 state 提交 2018-03-05 聚集状态不同 配体/离子不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 47 PDB 声明：47-meric
链 Y 1–89（89 aa）
未记录 ATP ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 4 MG MAGNESIUM ION × 6 ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 2 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.4
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE-PROPANE
分辨率 6.10 Å
6J2C Yeast proteasome in translocation competent state (C3-a) 提交 2019-01-01 聚集状态不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 47 PDB 声明：47-meric
链 Y 1–89（89 aa）
未记录 未记录非水小分子 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 7.00 Å
6J2N yeast proteasome in substrate-processing state (C3-b) 提交 2019-01-02 聚集状态不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 47 PDB 声明：47-meric
链 Y 1–89（89 aa）
未记录 未记录非水小分子 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 7.50 Å
6J2Q Yeast proteasome in Ub-accepted state (C1-b) 提交 2019-01-02 聚集状态不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 47 PDB 声明：47-meric
链 Y 1–89（89 aa）
未记录 未记录非水小分子 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.80 Å
6J2X Yeast proteasome in resting state (C1-a) 提交 2019-01-03 构建体不同 聚集状态不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 47 PDB 声明：47-meric
链 Y 1–89（89 aa） 片段：SEM1
未记录 未记录非水小分子 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.80 Å
6J30 yeast proteasome in Ub-engaged state (C2) 提交 2019-01-03 构建体不同 聚集状态不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 47 PDB 声明：47-meric
链 Y 1–89（89 aa） 片段：SEM1
未记录 未记录非水小分子 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 4.50 Å
7EWF Selenomethionine-substituted structure of S. cerevisiae Csn12 in complex with Thp3 and Sem1 提交 2021-05-25 突变/修饰不同 聚集状态不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric
链 C 1–89（89 aa）
非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；289 K；12% PEG3350, 100 mM Sodium malonate buffer (pH 5.0) and 3% Methanol
分辨率 2.85 Å R-free 0.257
7EWM Native crystal structure of S. cerevisiae Csn12 in complex with Thp3 and Sem1 提交 2021-05-25 聚集状态不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric
链 C 1–89（89 aa）
未记录 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；289 K；12% PEG3350, 100 mM Sodium malonate buffer (pH 5.0) and 3% Methanol
分辨率 2.90 Å R-free 0.251
7QO3 Structure of the 26S proteasome-Ubp6 complex in the si state (Core Particle and Lid) 提交 2021-12-23 聚集状态不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 41 PDB 声明：41-meric
链 Y 1–89（89 aa）
未记录 未记录非水小分子 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.4
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 6.10 Å
7QO5 26S proteasome Rpt1-RK -Ubp6-UbVS complex in the si state 提交 2021-12-23 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 49 PDB 声明：49-meric
链 Y 1–89（89 aa）
未记录 ATP ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 5 MG MAGNESIUM ION × 6 ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.4
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 6.00 Å
7QO6 26S proteasome Rpt1-RK -Ubp6-UbVS complex in the s2 state 提交 2021-12-23 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 49 PDB 声明：49-meric
链 Y 1–89（89 aa）
未记录 ATP ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 5 MG MAGNESIUM ION × 6 ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.4
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 6.30 Å
8U8C Crystal structure of the TREX-2 complex in complex with the N-terminal motif of Sub2 提交 2023-09-17 聚集状态不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric
链 C 1–89（89 aa）
未记录 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；293 K；0.1 M MES, pH 6.5, and 20% PEG3350
分辨率 2.40 Å R-free 0.231
9IWR 26S proteasome trimer 提交 2024-07-25 聚集状态不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 47 PDB 声明：47-meric
链 Y 1–89（89 aa）
未记录 未记录非水小分子 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 6.8；YPD buffer
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE-PROPANE
分辨率 9.10 Å

共 35 个其他 PDB 条目、37 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 SEM1_YEAST
Isoform —
PDB实体 5
链与序列区间 作者链 Y； PDB构建体 1–89； UniProt 1–89

26S proteasome regulatory subunit RPN1

物种未注明

UniProt P38764

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 蛋白异源复合物 异源复合物 蛋白 × 13 PDB 声明：tridecameric（13） 与蛋白拷贝数一致 链 Z； UniProt 1–993 未记录 26S proteasome regulatory subunit RPN10 × 1 （P38886） Ubiquitin carboxyl-terminal hydrolase RPN11 × 1 （P43588） 26S proteasome regulatory subunit RPN12 × 1 （P32496） 26S proteasome regulatory subunit RPN13 × 1 （O13563） 26S proteasome complex subunit SEM1 × 1 （O94742） 26S proteasome regulatory subunit RPN2 × 1 （P32565） 26S proteasome regulatory subunit RPN3 × 1 （P40016） 26S proteasome regulatory subunit RPN5 × 1 （Q12250） 26S proteasome regulatory subunit RPN6 × 1 （Q12377） 26S proteasome regulatory subunit RPN7 × 1 （Q06103） 26S proteasome regulatory subunit RPN8 × 1 （Q08723） 26S proteasome regulatory subunit RPN9 × 1 （Q04062） ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液：pH 7.4 cryo-EM玻璃化条件：冷冻剂 ETHANE-PROPANE 分辨率 4.10 Å

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

其他 PDB 相对当前条目 5MPD Assembly / 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与非聚合物 实验方法与环境 结构质量
2N3T Solution structure of the Rpn1 substrate receptor site toroid 1 (T1) 提交 2015-06-10 构建体不同 聚集状态不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 A 482–612（131 aa） 片段：UNP residues 482-612
未记录 未记录非水小分子 SOLUTION NMR
NMR测量条件 pH 6.7；298 K；离子强度（mmCIF原始值）50；压力 ambient
NMR样品组成 0.7 mM [U-100% 13C; U-100% 15N; U-80% 2H] protein, 50 mM HEPES, 50 mM sodium chloride, 2 mM DTT, 1 mM EDTA, 0.1 % sodium azide, 95% H2O/5% D2O | 95% H2O/5% D2O
NMR样品组成 0.7 mM [U-100% 15N] protein, 50 mM HEPES, 50 mM sodium chloride, 2 mM DTT, 1 mM EDTA, 0.1 % sodium azide, 95% H2O/5% D2O | 95% H2O/5% D2O
NMR样品组成 0.7 mM [U-100% 13C] protein, 50 mM HEPES, 50 mM sodium chloride, 2 mM DTT, 1 mM EDTA, 0.1 % sodium azide, 100% D2O | 100% D2O
分辨率未提供
2N3U Solution structure of the Rpn1 T1 site engaging two monoubiquitin molecules 提交 2015-06-10 构建体不同 聚集状态不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric
链 A 482–612（131 aa） 片段：UNP residues 482-612
未记录 未记录非水小分子 SOLUTION NMR
NMR测量条件 pH 6.7；298 K；离子强度（mmCIF原始值）50；压力 ambient
NMR样品组成 0.6 mM [U-100% 15N] protein_1, 0.6 mM protein_2, 50 mM HEPES, 50 mM sodium chloride, 2 mM DTT, 1 mM EDTA, 0.1 % sodium azide, 95% H2O/5% D2O | 95% H2O/5% D2O
NMR样品组成 0.5 mM protein_1, 0.5 mM [U-100% 15N] protein_2, 50 mM HEPES, 50 mM sodium chloride, 2 mM DTT, 1 mM EDTA, 0.1 % sodium azide, 95% H2O/5% D2O | 95% H2O/5% D2O
NMR样品组成 0.6 mM [U-13C] protein_1, 0.6 mM protein_2, 50 mM HEPES, 50 mM sodium chloride, 2 mM DTT, 1 mM EDTA, 0.1 % sodium azide, 100% D2O | 100% D2O
NMR样品组成 0.6 mM protein_1, 0.6 mM [U-13C] protein_2, 50 mM HEPES, 50 mM sodium chloride, 2 mM DTT, 1 mM EDTA, 0.1 % sodium azide, 100% D2O | 100% D2O
分辨率未提供
2N3V Solution structure of the Rpn1 T1 site with K48-linked diubiquitin in the extended binding mode 提交 2015-06-10 构建体不同 聚集状态不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric
链 A 482–612（131 aa） 片段：UNP residues 482-612
未记录 未记录非水小分子 SOLUTION NMR
NMR测量条件 pH 6.7；298 K；离子强度（mmCIF原始值）50；压力 AMBIENT
NMR样品组成 0.3 MM [U-100% 15N] PROTEIN_1, 0.04-1.2 MM PROTEIN_2, 50 MM HEPES, 50 MM SODIUM CHLORIDE, 1 MM EDTA, 2 MM DTT, 0.1 % SODIUM AZIDE, 95% H2O/5% D2O
NMR样品组成 0.08-0.3 MM PROTEIN_1, 0.3 MM [U-100% 15N] PROTEIN_2, 50 MM HEPES, 50 MM SODIUM CHLORIDE, 1 MM EDTA, 2 MM DTT, 0.1 % SODIUM AZIDE, 95% H2O/ 5% D2O
NMR样品组成 0.06-0.5 MM PROTEIN_1, 0.5 MM [U-13C] PROTEIN_2, 50 MM HEPES, 50 MM SODIUM CHLORIDE, 1 MM EDTA, 2 MM DTT, 0.1 % SODIUM AZIDE, 100% D2O
NMR样品组成 0.6 MM [U-13C] PROTEIN_1, 0.6 MM PROTEIN_2, 50 MM HEPES, 50 MM SODIUM CHLORIDE, 1 MM EDTA, 2 MM DTT, 0.1 % SODIUM AZIDE, 100% D2O
NMR样品组成 0.5 MM PROTEIN_ 1, 0.5 MM [U-13C] PROTEIN_2, 50 MM HEPES, 50 MM SODIUM CHLORIDE, 1 MM EDTA, 2 MM DTT, 0.1 % SODIUM AZIDE, 100% D2O
NMR样品组成 0.6 MM [U-13C] PROTEIN_1, 0.12-0.6 MM PROTEIN_2, 50 MM HEPES, 50 MM SODIUM CHLORIDE, 1 MM EDTA, 2 MM DTT, 0.1 % SODIUM AZIDE, 100% D2O
分辨率未提供
2N3W Solution structure of the Rpn1 T1 site with K48-linked diubiquitin in the contracted binding mode 提交 2015-06-10 构建体不同 聚集状态不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric
链 A 482–612（131 aa） 片段：UNP residues 482-612
未记录 未记录非水小分子 SOLUTION NMR
NMR测量条件 pH 6.7；298 K；离子强度（mmCIF原始值）50；压力 ambient
NMR样品组成 0.3 mM [U-100% 15N] protein_1, 0.04-1.2 mM protein_2, 50 mM HEPES, 50 mM sodium chloride, 2 mM DTT, 1 mM EDTA, 0.1 % sodium azide, 95% H2O/5% D2O | 95% H2O/5% D2O
NMR样品组成 0.08-0.3 mM protein_1, 0.3 mM [U-100% 15N] protein_2, 50 mM HEPES, 50 mM sodium chloride, 2 mM DTT, 1 mM EDTA, 0.1 % sodium azide, 95% H2O/5% D2O | 95% H2O/5% D2O
NMR样品组成 0.06-0.5 mM protein_1, 0.5 mM [U-13C] protein_2, 50 mM HEPES, 50 mM sodium chloride, 2 mM DTT, 1 mM EDTA, 0.1 % sodium azide, 100% D2O | 100% D2O
NMR样品组成 0.6 mM [U-13C] protein_1, 0.6 mM protein_2, 50 mM HEPES, 50 mM sodium chloride, 2 mM DTT, 1 mM EDTA, 0.1 % sodium azide, 100% D2O | 100% D2O
NMR样品组成 0.5 mM protein_1, 0.5 mM [U-13C] protein_2, 50 mM HEPES, 50 mM sodium chloride, 2 mM DTT, 1 mM EDTA, 0.1 % sodium azide, 100% D2O | 100% D2O
NMR样品组成 0.6 mM [U-13C] protein_1, 0.12-0.6 mM protein_2, 50 mM HEPES, 50 mM sodium chloride, 2 mM DTT, 1 mM EDTA, 0.1 % sodium azide, 100% D2O | 100% D2O
分辨率未提供
2NBW Solution structure of the Rpn1 T1 site with the Rad23 UBL domain 提交 2016-03-14 构建体不同 聚集状态不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 A 482–612（131 aa） 片段：residues 482-612
未记录 未记录非水小分子 SOLUTION NMR
NMR测量条件 pH 6.7；298 K；离子强度（mmCIF原始值）50；压力 ambient
NMR样品组成 0.3 mM [U-100% 15N] protein_1, 0.04-1.2 mM protein_2, 50 mM HEPES, 50 mM sodium chloride, 1 mM EDTA, 2 mM DTT, 0.1 % sodium azide, 95% H2O/5% D2O | 95% H2O/5% D2O
NMR样品组成 0.04-0.6 mM protein_1, 0.3 mM [U-100% 15N] protein_2, 50 mM HEPES, 50 mM sodium chloride, 1 mM EDTA, 2 mM DTT, 0.1 % sodium azide, 95% H2O/5% D2O | 95% H2O/5% D2O
NMR样品组成 0.6 mM [U-13C] protein_1, 0.6 mM protein_2, 50 mM HEPES, 50 mM sodium chloride, 1 mM EDTA, 2 mM DTT, 0.1 % sodium azide, 100% D2O | 100% D2O
NMR样品组成 0.6 mM protein_1, 0.6 mM [U-13C] protein_2, 50 mM HEPES, 50 mM sodium chloride, 1 mM EDTA, 2 mM DTT, 0.1 % sodium azide, 100% D2O | 100% D2O
分辨率未提供
3JCO Structure of yeast 26S proteasome in M1 state derived from Titan dataset 提交 2016-01-06 聚集状态不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 47 PDB 声明：47-meric
链 Z 1–993（993 aa）
未记录 未记录非水小分子 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 50mM Tris pH 7.5, 100mM NaCl, 5mM MgCl2, 2mM ATP；pH 7.5；50mM Tris pH 7.5, 100mM NaCl, 5mM MgCl2, 2mM ATP
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 4.80 Å
3JCP Structure of yeast 26S proteasome in M2 state derived from Titan dataset 提交 2016-01-06 聚集状态不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 47 PDB 声明：47-meric
链 Z 1–993（993 aa）
未记录 未记录非水小分子 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 50mM Tris pH 7.5, 100mM NaCl, 5mM MgCl2, 2mM ATP；pH 7.5；50mM Tris pH 7.5, 100mM NaCl, 5mM MgCl2, 2mM ATP
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 4.60 Å
4CR2 Deep classification of a large cryo-EM dataset defines the conformational landscape of the 26S proteasome 提交 2014-02-25 聚集状态不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 33 PDB 声明：33-meric
链 Z 1–993（993 aa）
未记录 未记录非水小分子 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.1
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE；VITRIFICATION 1 -- CRYOGEN- ETHANE, INSTRUMENT- HOMEMADE PLUNGER,
分辨率 7.70 Å
4CR3 Deep classification of a large cryo-EM dataset defines the conformational landscape of the 26S proteasome 提交 2014-02-25 聚集状态不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 33 PDB 声明：33-meric
链 Z 1–993（993 aa）
未记录 未记录非水小分子 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.1
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE；VITRIFICATION 1 -- CRYOGEN- ETHANE, INSTRUMENT- HOMEMADE PLUNGER,
分辨率 9.30 Å
4CR4 Deep classification of a large cryo-EM dataset defines the conformational landscape of the 26S proteasome 提交 2014-02-25 聚集状态不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 33 PDB 声明：33-meric
链 Z 1–993（993 aa）
未记录 未记录非水小分子 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.1
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE；VITRIFICATION 1 -- CRYOGEN- ETHANE, INSTRUMENT- HOMEMADE PLUNGER,
分辨率 8.80 Å
5A5B Structure of the 26S proteasome-Ubp6 complex 提交 2015-06-17 聚集状态不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 35 PDB 声明：35-meric
链 Z 1–993（993 aa）
未记录 未记录非水小分子 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE；VITRIFICATION 1 -- CRYOGEN- ETHANE, INSTRUMENT- HOMEMADE PLUNGER,
分辨率 9.50 Å
5MPB 26S proteasome in presence of AMP-PNP (s3) 提交 2016-12-16 聚集状态不同 配体/离子不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 47 PDB 声明：47-meric
链 Z 1–993（993 aa）
未记录 ANP PHOSPHOAMINOPHOSPHONIC ACID-ADENYLATE ESTER × 5 MG MAGNESIUM ION × 6 ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.4
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE-PROPANE
分辨率 7.80 Å
5MPC 26S proteasome in presence of BeFx (s4) 提交 2016-12-16 聚集状态不同 配体/离子不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 48 PDB 声明：48-meric
链 Z 1–993（993 aa）
未记录 ATP ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 4 MG MAGNESIUM ION × 6 ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 2 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.4
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE-PROPANE
分辨率 7.70 Å
5MPE 26S proteasome in presence of ATP (s2) 提交 2016-12-16 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 13 PDB 声明：tridecameric
链 Z 1–993（993 aa）
未记录 未记录非水小分子 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.4
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE-PROPANE
分辨率 4.50 Å
5MPE 26S proteasome in presence of ATP (s2) 提交 2016-12-16 聚集状态不同 结构质量不同 Assembly 2 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 12 PDB 声明：dodecameric
链 Z 1–993（993 aa）
未记录 未记录非水小分子 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.4
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE-PROPANE
分辨率 4.50 Å
5WVI The resting state of yeast proteasome 提交 2016-12-25 聚集状态不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 47 PDB 声明：47-meric
链 Z 1–993（993 aa）
未记录 未记录非水小分子 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 6.30 Å
5WVK Yeast proteasome-ADP-AlFx 提交 2016-12-25 聚集状态不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 47 PDB 声明：47-meric
链 Z 1–993（993 aa）
未记录 未记录非水小分子 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 4.20 Å
6FVT 26S proteasome, s1 state 提交 2018-03-05 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 47 PDB 声明：47-meric
链 Z 1–970（970 aa）
未记录 ATP ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 5 MG MAGNESIUM ION × 6 ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.4
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE-PROPANE
分辨率 4.10 Å
6FVU 26S proteasome, s2 state 提交 2018-03-05 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 47 PDB 声明：47-meric
链 Z 1–970（970 aa）
未记录 ATP ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 5 MG MAGNESIUM ION × 6 ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.4
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE-PROPANE
分辨率 4.50 Å
6FVV 26S proteasome, s3 state 提交 2018-03-05 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 47 PDB 声明：47-meric
链 Z 1–970（970 aa）
未记录 ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 2 MG MAGNESIUM ION × 6 ATP ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 4 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.4
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE-PROPANE
分辨率 5.40 Å
6FVW 26S proteasome, s4 state 提交 2018-03-05 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 47 PDB 声明：47-meric
链 Z 1–970（970 aa）
未记录 ATP ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 4 MG MAGNESIUM ION × 6 ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 2 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.4
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE-PROPANE
分辨率 4.50 Å
6FVX 26S proteasome, s5 state 提交 2018-03-05 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 47 PDB 声明：47-meric
链 Z 1–970（970 aa）
未记录 ATP ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 5 MG MAGNESIUM ION × 6 ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.4
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE-PROPANE
分辨率 4.90 Å
6FVY 26S proteasome, s6 state 提交 2018-03-05 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 47 PDB 声明：47-meric
链 Z 1–970（970 aa）
未记录 ATP ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 4 MG MAGNESIUM ION × 6 ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 2 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.4
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE-PROPANE
分辨率 6.10 Å
6J2C Yeast proteasome in translocation competent state (C3-a) 提交 2019-01-01 聚集状态不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 47 PDB 声明：47-meric
链 Z 1–993（993 aa）
未记录 未记录非水小分子 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 7.00 Å
6J2N yeast proteasome in substrate-processing state (C3-b) 提交 2019-01-02 聚集状态不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 47 PDB 声明：47-meric
链 Z 1–993（993 aa）
未记录 未记录非水小分子 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 7.50 Å
6J2Q Yeast proteasome in Ub-accepted state (C1-b) 提交 2019-01-02 聚集状态不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 47 PDB 声明：47-meric
链 Z 1–993（993 aa）
未记录 未记录非水小分子 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.80 Å
6J2X Yeast proteasome in resting state (C1-a) 提交 2019-01-03 聚集状态不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 47 PDB 声明：47-meric
链 Z 1–993（993 aa）
未记录 未记录非水小分子 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.80 Å
6J30 yeast proteasome in Ub-engaged state (C2) 提交 2019-01-03 聚集状态不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 47 PDB 声明：47-meric
链 Z 1–993（993 aa）
未记录 未记录非水小分子 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 4.50 Å
7QO3 Structure of the 26S proteasome-Ubp6 complex in the si state (Core Particle and Lid) 提交 2021-12-23 聚集状态不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 41 PDB 声明：41-meric
链 Z 1–993（993 aa）
未记录 未记录非水小分子 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.4
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 6.10 Å
7QO4 26S proteasome WT-Ubp6-UbVS complex in the si state (ATPases, Rpn1, Ubp6, and UbVS) 提交 2021-12-23 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 9 PDB 声明：nonameric
链 Z 1–993（993 aa）
未记录 ATP ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 5 MG MAGNESIUM ION × 6 ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.4
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 7.00 Å
7QO5 26S proteasome Rpt1-RK -Ubp6-UbVS complex in the si state 提交 2021-12-23 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 49 PDB 声明：49-meric
链 Z 1–993（993 aa）
未记录 ATP ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 5 MG MAGNESIUM ION × 6 ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.4
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 6.00 Å
7QO6 26S proteasome Rpt1-RK -Ubp6-UbVS complex in the s2 state 提交 2021-12-23 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 49 PDB 声明：49-meric
链 Z 1–993（993 aa）
未记录 ATP ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 5 MG MAGNESIUM ION × 6 ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.4
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 6.30 Å
9CGC Yeast 26S proteasome non-substrate-engaged (S1 state) 提交 2024-06-28 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 39 PDB 声明：39-meric
链 o 1–993（993 aa）
未记录 MG MAGNESIUM ION × 5 ATP ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 5 ZN ZINC ION × 1 ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.4；30 mM HEPES pH7.4, 25 mM NaCl, 25 mM KCl, 3% (v/v) glycerol, 5 mM MgCl2 2 mM ATP and 0.5 mM TCEP, 0.02% NP-40.
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.61 Å
9IWR 26S proteasome trimer 提交 2024-07-25 聚集状态不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 47 PDB 声明：47-meric
链 Z 1–993（993 aa）
未记录 未记录非水小分子 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 6.8；YPD buffer
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE-PROPANE
分辨率 9.10 Å

共 33 个其他 PDB 条目、34 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 RPN1_YEAST
Isoform —
PDB实体 6
链与序列区间 作者链 Z； PDB构建体 1–993； UniProt 1–993

26S proteasome regulatory subunit RPN2

物种未注明

UniProt P32565

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 蛋白异源复合物 异源复合物 蛋白 × 13 PDB 声明：tridecameric（13） 与蛋白拷贝数一致 链 N； UniProt 1–945 未记录 26S proteasome regulatory subunit RPN10 × 1 （P38886） Ubiquitin carboxyl-terminal hydrolase RPN11 × 1 （P43588） 26S proteasome regulatory subunit RPN12 × 1 （P32496） 26S proteasome regulatory subunit RPN13 × 1 （O13563） 26S proteasome complex subunit SEM1 × 1 （O94742） 26S proteasome regulatory subunit RPN1 × 1 （P38764） 26S proteasome regulatory subunit RPN3 × 1 （P40016） 26S proteasome regulatory subunit RPN5 × 1 （Q12250） 26S proteasome regulatory subunit RPN6 × 1 （Q12377） 26S proteasome regulatory subunit RPN7 × 1 （Q06103） 26S proteasome regulatory subunit RPN8 × 1 （Q08723） 26S proteasome regulatory subunit RPN9 × 1 （Q04062） ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液：pH 7.4 cryo-EM玻璃化条件：冷冻剂 ETHANE-PROPANE 分辨率 4.10 Å

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

其他 PDB 相对当前条目 5MPD Assembly / 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与非聚合物 实验方法与环境 结构质量
3JCO Structure of yeast 26S proteasome in M1 state derived from Titan dataset 提交 2016-01-06 聚集状态不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 47 PDB 声明：47-meric
链 N 1–945（945 aa）
未记录 未记录非水小分子 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 50mM Tris pH 7.5, 100mM NaCl, 5mM MgCl2, 2mM ATP；pH 7.5；50mM Tris pH 7.5, 100mM NaCl, 5mM MgCl2, 2mM ATP
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 4.80 Å
3JCP Structure of yeast 26S proteasome in M2 state derived from Titan dataset 提交 2016-01-06 聚集状态不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 47 PDB 声明：47-meric
链 N 1–945（945 aa）
未记录 未记录非水小分子 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 50mM Tris pH 7.5, 100mM NaCl, 5mM MgCl2, 2mM ATP；pH 7.5；50mM Tris pH 7.5, 100mM NaCl, 5mM MgCl2, 2mM ATP
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 4.60 Å
4ADY Crystal structure of 26S proteasome subunit Rpn2 提交 2012-01-04 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 A 2–945（944 aa）
非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7；291 K；CRYSTALS WERE GROWN BY VAPOUR DIFFUSION IN HANGING DROPS AT 18 C. PROTEIN AT A CONCENTRATION OF 18 MG/ML WAS MIXED WITH AN EQUAL VOLUME OF RESERVOIR SOLUTION CONTAINING 100 MM BIS-TRIS PROPANE PH 7.0, 200 MM POTASSIUM SODIUM TARTRATE AND 16-18% (W/V) PEG 3350.
分辨率 2.70 Å R-free 0.240
4ADY Crystal structure of 26S proteasome subunit Rpn2 提交 2012-01-04 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 B 2–945（944 aa）
非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7；291 K；CRYSTALS WERE GROWN BY VAPOUR DIFFUSION IN HANGING DROPS AT 18 C. PROTEIN AT A CONCENTRATION OF 18 MG/ML WAS MIXED WITH AN EQUAL VOLUME OF RESERVOIR SOLUTION CONTAINING 100 MM BIS-TRIS PROPANE PH 7.0, 200 MM POTASSIUM SODIUM TARTRATE AND 16-18% (W/V) PEG 3350.
分辨率 2.70 Å R-free 0.240
4CR2 Deep classification of a large cryo-EM dataset defines the conformational landscape of the 26S proteasome 提交 2014-02-25 聚集状态不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 33 PDB 声明：33-meric
链 N 1–945（945 aa）
未记录 未记录非水小分子 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.1
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE；VITRIFICATION 1 -- CRYOGEN- ETHANE, INSTRUMENT- HOMEMADE PLUNGER,
分辨率 7.70 Å
4CR3 Deep classification of a large cryo-EM dataset defines the conformational landscape of the 26S proteasome 提交 2014-02-25 聚集状态不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 33 PDB 声明：33-meric
链 N 1–945（945 aa）
未记录 未记录非水小分子 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.1
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE；VITRIFICATION 1 -- CRYOGEN- ETHANE, INSTRUMENT- HOMEMADE PLUNGER,
分辨率 9.30 Å
4CR4 Deep classification of a large cryo-EM dataset defines the conformational landscape of the 26S proteasome 提交 2014-02-25 聚集状态不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 33 PDB 声明：33-meric
链 N 1–945（945 aa）
未记录 未记录非水小分子 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.1
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE；VITRIFICATION 1 -- CRYOGEN- ETHANE, INSTRUMENT- HOMEMADE PLUNGER,
分辨率 8.80 Å
5A5B Structure of the 26S proteasome-Ubp6 complex 提交 2015-06-17 聚集状态不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 35 PDB 声明：35-meric
链 N 1–945（945 aa）
未记录 未记录非水小分子 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE；VITRIFICATION 1 -- CRYOGEN- ETHANE, INSTRUMENT- HOMEMADE PLUNGER,
分辨率 9.50 Å
5MPB 26S proteasome in presence of AMP-PNP (s3) 提交 2016-12-16 聚集状态不同 配体/离子不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 47 PDB 声明：47-meric
链 N 1–945（945 aa）
未记录 ANP PHOSPHOAMINOPHOSPHONIC ACID-ADENYLATE ESTER × 5 MG MAGNESIUM ION × 6 ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.4
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE-PROPANE
分辨率 7.80 Å
5MPC 26S proteasome in presence of BeFx (s4) 提交 2016-12-16 聚集状态不同 配体/离子不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 48 PDB 声明：48-meric
链 N 1–945（945 aa）
未记录 ATP ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 4 MG MAGNESIUM ION × 6 ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 2 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.4
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE-PROPANE
分辨率 7.70 Å
5MPE 26S proteasome in presence of ATP (s2) 提交 2016-12-16 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 13 PDB 声明：tridecameric
链 N 1–945（945 aa）
未记录 未记录非水小分子 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.4
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE-PROPANE
分辨率 4.50 Å
5MPE 26S proteasome in presence of ATP (s2) 提交 2016-12-16 聚集状态不同 结构质量不同 Assembly 2 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 12 PDB 声明：dodecameric
链 N 1–945（945 aa）
未记录 未记录非水小分子 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.4
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE-PROPANE
分辨率 4.50 Å
5WVI The resting state of yeast proteasome 提交 2016-12-25 聚集状态不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 47 PDB 声明：47-meric
链 N 1–945（945 aa）
未记录 未记录非水小分子 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 6.30 Å
5WVK Yeast proteasome-ADP-AlFx 提交 2016-12-25 聚集状态不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 47 PDB 声明：47-meric
链 N 1–945（945 aa）
未记录 未记录非水小分子 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 4.20 Å
6FVT 26S proteasome, s1 state 提交 2018-03-05 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 47 PDB 声明：47-meric
链 N 4–925（922 aa）
未记录 ATP ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 5 MG MAGNESIUM ION × 6 ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.4
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE-PROPANE
分辨率 4.10 Å
6FVU 26S proteasome, s2 state 提交 2018-03-05 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 47 PDB 声明：47-meric
链 N 4–925（922 aa）
未记录 ATP ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 5 MG MAGNESIUM ION × 6 ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.4
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE-PROPANE
分辨率 4.50 Å
6FVV 26S proteasome, s3 state 提交 2018-03-05 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 47 PDB 声明：47-meric
链 N 4–925（922 aa）
未记录 ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 2 MG MAGNESIUM ION × 6 ATP ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 4 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.4
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE-PROPANE
分辨率 5.40 Å
6FVW 26S proteasome, s4 state 提交 2018-03-05 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 47 PDB 声明：47-meric
链 N 4–925（922 aa）
未记录 ATP ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 4 MG MAGNESIUM ION × 6 ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 2 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.4
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE-PROPANE
分辨率 4.50 Å
6FVX 26S proteasome, s5 state 提交 2018-03-05 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 47 PDB 声明：47-meric
链 N 4–925（922 aa）
未记录 ATP ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 5 MG MAGNESIUM ION × 6 ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.4
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE-PROPANE
分辨率 4.90 Å
6FVY 26S proteasome, s6 state 提交 2018-03-05 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 47 PDB 声明：47-meric
链 N 4–925（922 aa）
未记录 ATP ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 4 MG MAGNESIUM ION × 6 ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 2 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.4
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE-PROPANE
分辨率 6.10 Å
6J2C Yeast proteasome in translocation competent state (C3-a) 提交 2019-01-01 聚集状态不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 47 PDB 声明：47-meric
链 N 1–945（945 aa）
未记录 未记录非水小分子 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 7.00 Å
6J2N yeast proteasome in substrate-processing state (C3-b) 提交 2019-01-02 聚集状态不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 47 PDB 声明：47-meric
链 N 1–945（945 aa）
未记录 未记录非水小分子 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 7.50 Å
6J2Q Yeast proteasome in Ub-accepted state (C1-b) 提交 2019-01-02 聚集状态不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 47 PDB 声明：47-meric
链 N 1–945（945 aa）
未记录 未记录非水小分子 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.80 Å
6J2X Yeast proteasome in resting state (C1-a) 提交 2019-01-03 聚集状态不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 47 PDB 声明：47-meric
链 N 1–945（945 aa）
未记录 未记录非水小分子 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.80 Å
6J30 yeast proteasome in Ub-engaged state (C2) 提交 2019-01-03 聚集状态不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 47 PDB 声明：47-meric
链 N 1–945（945 aa）
未记录 未记录非水小分子 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 4.50 Å
7QO3 Structure of the 26S proteasome-Ubp6 complex in the si state (Core Particle and Lid) 提交 2021-12-23 聚集状态不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 41 PDB 声明：41-meric
链 N 1–945（945 aa）
未记录 未记录非水小分子 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.4
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 6.10 Å
7QO5 26S proteasome Rpt1-RK -Ubp6-UbVS complex in the si state 提交 2021-12-23 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 49 PDB 声明：49-meric
链 N 1–945（945 aa）
未记录 ATP ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 5 MG MAGNESIUM ION × 6 ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.4
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 6.00 Å
7QO6 26S proteasome Rpt1-RK -Ubp6-UbVS complex in the s2 state 提交 2021-12-23 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 49 PDB 声明：49-meric
链 N 1–945（945 aa）
未记录 ATP ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 5 MG MAGNESIUM ION × 6 ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.4
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 6.30 Å
9CGC Yeast 26S proteasome non-substrate-engaged (S1 state) 提交 2024-06-28 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 39 PDB 声明：39-meric
链 N 1–945（945 aa）
未记录 MG MAGNESIUM ION × 5 ATP ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 5 ZN ZINC ION × 1 ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.4；30 mM HEPES pH7.4, 25 mM NaCl, 25 mM KCl, 3% (v/v) glycerol, 5 mM MgCl2 2 mM ATP and 0.5 mM TCEP, 0.02% NP-40.
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.61 Å
9IWR 26S proteasome trimer 提交 2024-07-25 聚集状态不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 47 PDB 声明：47-meric
链 N 1–945（945 aa）
未记录 未记录非水小分子 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 6.8；YPD buffer
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE-PROPANE
分辨率 9.10 Å

共 28 个其他 PDB 条目、30 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 RPN2_YEAST
Isoform —
PDB实体 7
链与序列区间 作者链 N； PDB构建体 1–945； UniProt 1–945

26S proteasome regulatory subunit RPN3

物种未注明

UniProt P40016

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 蛋白异源复合物 异源复合物 蛋白 × 13 PDB 声明：tridecameric（13） 与蛋白拷贝数一致 链 S； UniProt 1–523 未记录 26S proteasome regulatory subunit RPN10 × 1 （P38886） Ubiquitin carboxyl-terminal hydrolase RPN11 × 1 （P43588） 26S proteasome regulatory subunit RPN12 × 1 （P32496） 26S proteasome regulatory subunit RPN13 × 1 （O13563） 26S proteasome complex subunit SEM1 × 1 （O94742） 26S proteasome regulatory subunit RPN1 × 1 （P38764） 26S proteasome regulatory subunit RPN2 × 1 （P32565） 26S proteasome regulatory subunit RPN5 × 1 （Q12250） 26S proteasome regulatory subunit RPN6 × 1 （Q12377） 26S proteasome regulatory subunit RPN7 × 1 （Q06103） 26S proteasome regulatory subunit RPN8 × 1 （Q08723） 26S proteasome regulatory subunit RPN9 × 1 （Q04062） ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液：pH 7.4 cryo-EM玻璃化条件：冷冻剂 ETHANE-PROPANE 分辨率 4.10 Å

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

其他 PDB 相对当前条目 5MPD Assembly / 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与非聚合物 实验方法与环境 结构质量
3J47 Formation of an intricate helical bundle dictates the assembly of the 26S proteasome lid 提交 2013-06-27 构建体不同 聚集状态不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 8 PDB 声明：octameric
链 S 455–478（24 aa） 片段：C-terminal helix (UNP residues 455-478)
未记录 未记录非水小分子 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.1
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 7.40 Å
3JCK Structure of the yeast 26S proteasome lid sub-complex 提交 2015-12-20 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 9 PDB 声明：nonameric
链 A 131–523（393 aa）
未记录 ZN ZINC ION × 1 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 50 mM HEPES, 100 mM NaCl, 100 mM KCl, 1 mM TCEP；pH 7.5；50 mM HEPES, 100 mM NaCl, 100 mM KCl, 1 mM TCEP
cryo-EM玻璃化条件 4 uL sample was applied to the grid, blotted for 2 seconds, and plunged into liquid ethane.；85 K；冷冻剂 ETHANE；4 uL sample was applied to the grid, blotted for 2 seconds at 4 degrees C, and plunged into liquid ethane using a manual plunger.
分辨率 3.50 Å
3JCO Structure of yeast 26S proteasome in M1 state derived from Titan dataset 提交 2016-01-06 聚集状态不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 47 PDB 声明：47-meric
链 S 1–523（523 aa）
未记录 未记录非水小分子 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 50mM Tris pH 7.5, 100mM NaCl, 5mM MgCl2, 2mM ATP；pH 7.5；50mM Tris pH 7.5, 100mM NaCl, 5mM MgCl2, 2mM ATP
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 4.80 Å
3JCP Structure of yeast 26S proteasome in M2 state derived from Titan dataset 提交 2016-01-06 聚集状态不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 47 PDB 声明：47-meric
链 S 1–523（523 aa）
未记录 未记录非水小分子 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 50mM Tris pH 7.5, 100mM NaCl, 5mM MgCl2, 2mM ATP；pH 7.5；50mM Tris pH 7.5, 100mM NaCl, 5mM MgCl2, 2mM ATP
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 4.60 Å
4CR2 Deep classification of a large cryo-EM dataset defines the conformational landscape of the 26S proteasome 提交 2014-02-25 聚集状态不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 33 PDB 声明：33-meric
链 S 1–523（523 aa）
未记录 未记录非水小分子 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.1
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE；VITRIFICATION 1 -- CRYOGEN- ETHANE, INSTRUMENT- HOMEMADE PLUNGER,
分辨率 7.70 Å
4CR3 Deep classification of a large cryo-EM dataset defines the conformational landscape of the 26S proteasome 提交 2014-02-25 聚集状态不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 33 PDB 声明：33-meric
链 S 1–523（523 aa）
未记录 未记录非水小分子 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.1
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE；VITRIFICATION 1 -- CRYOGEN- ETHANE, INSTRUMENT- HOMEMADE PLUNGER,
分辨率 9.30 Å
4CR4 Deep classification of a large cryo-EM dataset defines the conformational landscape of the 26S proteasome 提交 2014-02-25 聚集状态不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 33 PDB 声明：33-meric
链 S 1–523（523 aa）
未记录 未记录非水小分子 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.1
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE；VITRIFICATION 1 -- CRYOGEN- ETHANE, INSTRUMENT- HOMEMADE PLUNGER,
分辨率 8.80 Å
5A5B Structure of the 26S proteasome-Ubp6 complex 提交 2015-06-17 聚集状态不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 35 PDB 声明：35-meric
链 S 1–523（523 aa）
未记录 未记录非水小分子 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE；VITRIFICATION 1 -- CRYOGEN- ETHANE, INSTRUMENT- HOMEMADE PLUNGER,
分辨率 9.50 Å
5MPB 26S proteasome in presence of AMP-PNP (s3) 提交 2016-12-16 聚集状态不同 配体/离子不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 47 PDB 声明：47-meric
链 S 1–523（523 aa）
未记录 ANP PHOSPHOAMINOPHOSPHONIC ACID-ADENYLATE ESTER × 5 MG MAGNESIUM ION × 6 ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.4
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE-PROPANE
分辨率 7.80 Å
5MPC 26S proteasome in presence of BeFx (s4) 提交 2016-12-16 聚集状态不同 配体/离子不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 48 PDB 声明：48-meric
链 S 1–523（523 aa）
未记录 ATP ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 4 MG MAGNESIUM ION × 6 ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 2 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.4
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE-PROPANE
分辨率 7.70 Å
5MPE 26S proteasome in presence of ATP (s2) 提交 2016-12-16 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 13 PDB 声明：tridecameric
链 S 1–523（523 aa）
未记录 未记录非水小分子 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.4
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE-PROPANE
分辨率 4.50 Å
5MPE 26S proteasome in presence of ATP (s2) 提交 2016-12-16 聚集状态不同 结构质量不同 Assembly 2 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 12 PDB 声明：dodecameric
链 S 1–523（523 aa）
未记录 未记录非水小分子 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.4
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE-PROPANE
分辨率 4.50 Å
5WVI The resting state of yeast proteasome 提交 2016-12-25 聚集状态不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 47 PDB 声明：47-meric
链 S 1–523（523 aa）
未记录 未记录非水小分子 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 6.30 Å
5WVK Yeast proteasome-ADP-AlFx 提交 2016-12-25 聚集状态不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 47 PDB 声明：47-meric
链 S 1–523（523 aa）
未记录 未记录非水小分子 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 4.20 Å
6FVT 26S proteasome, s1 state 提交 2018-03-05 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 47 PDB 声明：47-meric
链 S 18–492（475 aa）
未记录 ATP ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 5 MG MAGNESIUM ION × 6 ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.4
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE-PROPANE
分辨率 4.10 Å
6FVU 26S proteasome, s2 state 提交 2018-03-05 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 47 PDB 声明：47-meric
链 S 18–492（475 aa）
未记录 ATP ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 5 MG MAGNESIUM ION × 6 ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.4
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE-PROPANE
分辨率 4.50 Å
6FVV 26S proteasome, s3 state 提交 2018-03-05 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 47 PDB 声明：47-meric
链 S 18–492（475 aa）
未记录 ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 2 MG MAGNESIUM ION × 6 ATP ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 4 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.4
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE-PROPANE
分辨率 5.40 Å
6FVW 26S proteasome, s4 state 提交 2018-03-05 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 47 PDB 声明：47-meric
链 S 18–492（475 aa）
未记录 ATP ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 4 MG MAGNESIUM ION × 6 ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 2 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.4
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE-PROPANE
分辨率 4.50 Å
6FVX 26S proteasome, s5 state 提交 2018-03-05 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 47 PDB 声明：47-meric
链 S 18–492（475 aa）
未记录 ATP ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 5 MG MAGNESIUM ION × 6 ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.4
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE-PROPANE
分辨率 4.90 Å
6FVY 26S proteasome, s6 state 提交 2018-03-05 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 47 PDB 声明：47-meric
链 S 18–492（475 aa）
未记录 ATP ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 4 MG MAGNESIUM ION × 6 ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 2 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.4
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE-PROPANE
分辨率 6.10 Å
6J2C Yeast proteasome in translocation competent state (C3-a) 提交 2019-01-01 聚集状态不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 47 PDB 声明：47-meric
链 S 1–523（523 aa）
未记录 未记录非水小分子 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 7.00 Å
6J2N yeast proteasome in substrate-processing state (C3-b) 提交 2019-01-02 聚集状态不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 47 PDB 声明：47-meric
链 S 1–523（523 aa）
未记录 未记录非水小分子 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 7.50 Å
6J2Q Yeast proteasome in Ub-accepted state (C1-b) 提交 2019-01-02 聚集状态不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 47 PDB 声明：47-meric
链 S 1–523（523 aa）
未记录 未记录非水小分子 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.80 Å
6J2X Yeast proteasome in resting state (C1-a) 提交 2019-01-03 聚集状态不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 47 PDB 声明：47-meric
链 S 1–523（523 aa）
未记录 未记录非水小分子 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.80 Å
6J30 yeast proteasome in Ub-engaged state (C2) 提交 2019-01-03 聚集状态不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 47 PDB 声明：47-meric
链 S 1–523（523 aa）
未记录 未记录非水小分子 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 4.50 Å
7QO3 Structure of the 26S proteasome-Ubp6 complex in the si state (Core Particle and Lid) 提交 2021-12-23 聚集状态不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 41 PDB 声明：41-meric
链 S 1–523（523 aa）
未记录 未记录非水小分子 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.4
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 6.10 Å
7QO5 26S proteasome Rpt1-RK -Ubp6-UbVS complex in the si state 提交 2021-12-23 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 49 PDB 声明：49-meric
链 S 1–523（523 aa）
未记录 ATP ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 5 MG MAGNESIUM ION × 6 ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.4
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 6.00 Å
9CGC Yeast 26S proteasome non-substrate-engaged (S1 state) 提交 2024-06-28 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 39 PDB 声明：39-meric
链 S 1–523（523 aa）
未记录 MG MAGNESIUM ION × 5 ATP ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 5 ZN ZINC ION × 1 ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.4；30 mM HEPES pH7.4, 25 mM NaCl, 25 mM KCl, 3% (v/v) glycerol, 5 mM MgCl2 2 mM ATP and 0.5 mM TCEP, 0.02% NP-40.
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.61 Å
9IWR 26S proteasome trimer 提交 2024-07-25 聚集状态不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 47 PDB 声明：47-meric
链 S 1–523（523 aa）
未记录 未记录非水小分子 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 6.8；YPD buffer
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE-PROPANE
分辨率 9.10 Å

共 28 个其他 PDB 条目、29 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 RPN3_YEAST
Isoform —
PDB实体 8
链与序列区间 作者链 S； PDB构建体 1–523； UniProt 1–523

26S proteasome regulatory subunit RPN5

物种未注明

UniProt Q12250

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 蛋白异源复合物 异源复合物 蛋白 × 13 PDB 声明：tridecameric（13） 与蛋白拷贝数一致 链 P； UniProt 1–445 未记录 26S proteasome regulatory subunit RPN10 × 1 （P38886） Ubiquitin carboxyl-terminal hydrolase RPN11 × 1 （P43588） 26S proteasome regulatory subunit RPN12 × 1 （P32496） 26S proteasome regulatory subunit RPN13 × 1 （O13563） 26S proteasome complex subunit SEM1 × 1 （O94742） 26S proteasome regulatory subunit RPN1 × 1 （P38764） 26S proteasome regulatory subunit RPN2 × 1 （P32565） 26S proteasome regulatory subunit RPN3 × 1 （P40016） 26S proteasome regulatory subunit RPN6 × 1 （Q12377） 26S proteasome regulatory subunit RPN7 × 1 （Q06103） 26S proteasome regulatory subunit RPN8 × 1 （Q08723） 26S proteasome regulatory subunit RPN9 × 1 （Q04062） ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液：pH 7.4 cryo-EM玻璃化条件：冷冻剂 ETHANE-PROPANE 分辨率 4.10 Å

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

其他 PDB 相对当前条目 5MPD Assembly / 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与非聚合物 实验方法与环境 结构质量
3J47 Formation of an intricate helical bundle dictates the assembly of the 26S proteasome lid 提交 2013-06-27 构建体不同 聚集状态不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 8 PDB 声明：octameric
链 P 409–442（34 aa） 片段：C-terminal helix (UNP residues 409-442)
未记录 未记录非水小分子 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.1
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 7.40 Å
3JCK Structure of the yeast 26S proteasome lid sub-complex 提交 2015-12-20 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 9 PDB 声明：nonameric
链 B 1–445（445 aa）
未记录 ZN ZINC ION × 1 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 50 mM HEPES, 100 mM NaCl, 100 mM KCl, 1 mM TCEP；pH 7.5；50 mM HEPES, 100 mM NaCl, 100 mM KCl, 1 mM TCEP
cryo-EM玻璃化条件 4 uL sample was applied to the grid, blotted for 2 seconds, and plunged into liquid ethane.；85 K；冷冻剂 ETHANE；4 uL sample was applied to the grid, blotted for 2 seconds at 4 degrees C, and plunged into liquid ethane using a manual plunger.
分辨率 3.50 Å
3JCO Structure of yeast 26S proteasome in M1 state derived from Titan dataset 提交 2016-01-06 聚集状态不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 47 PDB 声明：47-meric
链 P 1–445（445 aa）
未记录 未记录非水小分子 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 50mM Tris pH 7.5, 100mM NaCl, 5mM MgCl2, 2mM ATP；pH 7.5；50mM Tris pH 7.5, 100mM NaCl, 5mM MgCl2, 2mM ATP
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 4.80 Å
3JCP Structure of yeast 26S proteasome in M2 state derived from Titan dataset 提交 2016-01-06 聚集状态不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 47 PDB 声明：47-meric
链 P 1–445（445 aa）
未记录 未记录非水小分子 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 50mM Tris pH 7.5, 100mM NaCl, 5mM MgCl2, 2mM ATP；pH 7.5；50mM Tris pH 7.5, 100mM NaCl, 5mM MgCl2, 2mM ATP
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 4.60 Å
4CR2 Deep classification of a large cryo-EM dataset defines the conformational landscape of the 26S proteasome 提交 2014-02-25 聚集状态不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 33 PDB 声明：33-meric
链 P 1–445（445 aa）
未记录 未记录非水小分子 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.1
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE；VITRIFICATION 1 -- CRYOGEN- ETHANE, INSTRUMENT- HOMEMADE PLUNGER,
分辨率 7.70 Å
4CR3 Deep classification of a large cryo-EM dataset defines the conformational landscape of the 26S proteasome 提交 2014-02-25 聚集状态不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 33 PDB 声明：33-meric
链 P 1–445（445 aa）
未记录 未记录非水小分子 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.1
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE；VITRIFICATION 1 -- CRYOGEN- ETHANE, INSTRUMENT- HOMEMADE PLUNGER,
分辨率 9.30 Å
4CR4 Deep classification of a large cryo-EM dataset defines the conformational landscape of the 26S proteasome 提交 2014-02-25 聚集状态不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 33 PDB 声明：33-meric
链 P 1–445（445 aa）
未记录 未记录非水小分子 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.1
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE；VITRIFICATION 1 -- CRYOGEN- ETHANE, INSTRUMENT- HOMEMADE PLUNGER,
分辨率 8.80 Å
5A5B Structure of the 26S proteasome-Ubp6 complex 提交 2015-06-17 聚集状态不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 35 PDB 声明：35-meric
链 P 1–445（445 aa）
未记录 未记录非水小分子 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE；VITRIFICATION 1 -- CRYOGEN- ETHANE, INSTRUMENT- HOMEMADE PLUNGER,
分辨率 9.50 Å
5MPB 26S proteasome in presence of AMP-PNP (s3) 提交 2016-12-16 聚集状态不同 配体/离子不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 47 PDB 声明：47-meric
链 P 1–445（445 aa）
未记录 ANP PHOSPHOAMINOPHOSPHONIC ACID-ADENYLATE ESTER × 5 MG MAGNESIUM ION × 6 ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.4
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE-PROPANE
分辨率 7.80 Å
5MPC 26S proteasome in presence of BeFx (s4) 提交 2016-12-16 聚集状态不同 配体/离子不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 48 PDB 声明：48-meric
链 P 1–445（445 aa）
未记录 ATP ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 4 MG MAGNESIUM ION × 6 ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 2 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.4
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE-PROPANE
分辨率 7.70 Å
5MPE 26S proteasome in presence of ATP (s2) 提交 2016-12-16 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 13 PDB 声明：tridecameric
链 P 1–445（445 aa）
未记录 未记录非水小分子 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.4
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE-PROPANE
分辨率 4.50 Å
5MPE 26S proteasome in presence of ATP (s2) 提交 2016-12-16 聚集状态不同 结构质量不同 Assembly 2 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 12 PDB 声明：dodecameric
链 P 1–445（445 aa）
未记录 未记录非水小分子 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.4
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE-PROPANE
分辨率 4.50 Å
5WVI The resting state of yeast proteasome 提交 2016-12-25 聚集状态不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 47 PDB 声明：47-meric
链 P 1–445（445 aa）
未记录 未记录非水小分子 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 6.30 Å
5WVK Yeast proteasome-ADP-AlFx 提交 2016-12-25 聚集状态不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 47 PDB 声明：47-meric
链 P 1–445（445 aa）
未记录 未记录非水小分子 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 4.20 Å
5ZMR Solution Structure of the N-terminal Domain of the Yeast Rpn5 提交 2018-04-05 构建体不同 聚集状态不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 A 1–136（136 aa） 片段：N terminal domain, residues 1-136
未记录 未记录非水小分子 SOLUTION NMR
NMR测量条件 pH 6；298 K；离子强度（mmCIF原始值）50 mM sodium phosphate buffer, 50 mM Na2SO4；压力 ambient
NMR样品组成 0.3 mM [U-95% 13C; U-95% 15N] 26S proteasome regulatory subunit Rpn5, 10 % v/v [U-99% 2H] D2O, 0.1 mg/mL DSS, 1 mM DTT, 50 mM sodium phosphate, 50 mM sodium sulfate, 2 % v/v trifluoroethanol, 5 % w/v sucrose, 90% H2O/10% D2O | 90% H2O/10% D2O
分辨率未提供
6FVT 26S proteasome, s1 state 提交 2018-03-05 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 47 PDB 声明：47-meric
链 P 1–440（440 aa）
未记录 ATP ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 5 MG MAGNESIUM ION × 6 ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.4
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE-PROPANE
分辨率 4.10 Å
6FVU 26S proteasome, s2 state 提交 2018-03-05 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 47 PDB 声明：47-meric
链 P 1–440（440 aa）
未记录 ATP ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 5 MG MAGNESIUM ION × 6 ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.4
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE-PROPANE
分辨率 4.50 Å
6FVV 26S proteasome, s3 state 提交 2018-03-05 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 47 PDB 声明：47-meric
链 P 1–440（440 aa）
未记录 ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 2 MG MAGNESIUM ION × 6 ATP ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 4 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.4
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE-PROPANE
分辨率 5.40 Å
6FVW 26S proteasome, s4 state 提交 2018-03-05 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 47 PDB 声明：47-meric
链 P 1–440（440 aa）
未记录 ATP ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 4 MG MAGNESIUM ION × 6 ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 2 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.4
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE-PROPANE
分辨率 4.50 Å
6FVX 26S proteasome, s5 state 提交 2018-03-05 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 47 PDB 声明：47-meric
链 P 1–440（440 aa）
未记录 ATP ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 5 MG MAGNESIUM ION × 6 ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.4
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE-PROPANE
分辨率 4.90 Å
6FVY 26S proteasome, s6 state 提交 2018-03-05 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 47 PDB 声明：47-meric
链 P 1–440（440 aa）
未记录 ATP ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 4 MG MAGNESIUM ION × 6 ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 2 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.4
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE-PROPANE
分辨率 6.10 Å
6J2C Yeast proteasome in translocation competent state (C3-a) 提交 2019-01-01 聚集状态不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 47 PDB 声明：47-meric
链 P 1–445（445 aa）
未记录 未记录非水小分子 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 7.00 Å
6J2N yeast proteasome in substrate-processing state (C3-b) 提交 2019-01-02 聚集状态不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 47 PDB 声明：47-meric
链 P 1–445（445 aa）
未记录 未记录非水小分子 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 7.50 Å
6J2Q Yeast proteasome in Ub-accepted state (C1-b) 提交 2019-01-02 聚集状态不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 47 PDB 声明：47-meric
链 P 1–445（445 aa）
未记录 未记录非水小分子 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.80 Å
6J2X Yeast proteasome in resting state (C1-a) 提交 2019-01-03 聚集状态不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 47 PDB 声明：47-meric
链 P 1–445（445 aa）
未记录 未记录非水小分子 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.80 Å
6J30 yeast proteasome in Ub-engaged state (C2) 提交 2019-01-03 聚集状态不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 47 PDB 声明：47-meric
链 P 1–445（445 aa）
未记录 未记录非水小分子 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 4.50 Å
7QO3 Structure of the 26S proteasome-Ubp6 complex in the si state (Core Particle and Lid) 提交 2021-12-23 聚集状态不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 41 PDB 声明：41-meric
链 P 1–445（445 aa）
未记录 未记录非水小分子 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.4
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 6.10 Å
7QO5 26S proteasome Rpt1-RK -Ubp6-UbVS complex in the si state 提交 2021-12-23 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 49 PDB 声明：49-meric
链 P 1–445（445 aa）
未记录 ATP ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 5 MG MAGNESIUM ION × 6 ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.4
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 6.00 Å
9CGC Yeast 26S proteasome non-substrate-engaged (S1 state) 提交 2024-06-28 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 39 PDB 声明：39-meric
链 P 1–445（445 aa）
未记录 MG MAGNESIUM ION × 5 ATP ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 5 ZN ZINC ION × 1 ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.4；30 mM HEPES pH7.4, 25 mM NaCl, 25 mM KCl, 3% (v/v) glycerol, 5 mM MgCl2 2 mM ATP and 0.5 mM TCEP, 0.02% NP-40.
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.61 Å
9IWR 26S proteasome trimer 提交 2024-07-25 聚集状态不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 47 PDB 声明：47-meric
链 P 1–445（445 aa）
未记录 未记录非水小分子 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 6.8；YPD buffer
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE-PROPANE
分辨率 9.10 Å

共 29 个其他 PDB 条目、30 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 RPN5_YEAST
Isoform —
PDB实体 9
链与序列区间 作者链 P； PDB构建体 1–445； UniProt 1–445

26S proteasome regulatory subunit RPN6

物种未注明

UniProt Q12377

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 蛋白异源复合物 异源复合物 蛋白 × 13 PDB 声明：tridecameric（13） 与蛋白拷贝数一致 链 Q； UniProt 1–434 未记录 26S proteasome regulatory subunit RPN10 × 1 （P38886） Ubiquitin carboxyl-terminal hydrolase RPN11 × 1 （P43588） 26S proteasome regulatory subunit RPN12 × 1 （P32496） 26S proteasome regulatory subunit RPN13 × 1 （O13563） 26S proteasome complex subunit SEM1 × 1 （O94742） 26S proteasome regulatory subunit RPN1 × 1 （P38764） 26S proteasome regulatory subunit RPN2 × 1 （P32565） 26S proteasome regulatory subunit RPN3 × 1 （P40016） 26S proteasome regulatory subunit RPN5 × 1 （Q12250） 26S proteasome regulatory subunit RPN7 × 1 （Q06103） 26S proteasome regulatory subunit RPN8 × 1 （Q08723） 26S proteasome regulatory subunit RPN9 × 1 （Q04062） ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液：pH 7.4 cryo-EM玻璃化条件：冷冻剂 ETHANE-PROPANE 分辨率 4.10 Å

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

其他 PDB 相对当前条目 5MPD Assembly / 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与非聚合物 实验方法与环境 结构质量
3J47 Formation of an intricate helical bundle dictates the assembly of the 26S proteasome lid 提交 2013-06-27 构建体不同 聚集状态不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 8 PDB 声明：octameric
链 Q 407–431（25 aa） 片段：C-terminal helix (UNP residues 407-431)
未记录 未记录非水小分子 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.1
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 7.40 Å
3JCK Structure of the yeast 26S proteasome lid sub-complex 提交 2015-12-20 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 9 PDB 声明：nonameric
链 C 1–434（434 aa）
未记录 ZN ZINC ION × 1 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 50 mM HEPES, 100 mM NaCl, 100 mM KCl, 1 mM TCEP；pH 7.5；50 mM HEPES, 100 mM NaCl, 100 mM KCl, 1 mM TCEP
cryo-EM玻璃化条件 4 uL sample was applied to the grid, blotted for 2 seconds, and plunged into liquid ethane.；85 K；冷冻剂 ETHANE；4 uL sample was applied to the grid, blotted for 2 seconds at 4 degrees C, and plunged into liquid ethane using a manual plunger.
分辨率 3.50 Å
3JCO Structure of yeast 26S proteasome in M1 state derived from Titan dataset 提交 2016-01-06 聚集状态不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 47 PDB 声明：47-meric
链 Q 1–434（434 aa）
未记录 未记录非水小分子 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 50mM Tris pH 7.5, 100mM NaCl, 5mM MgCl2, 2mM ATP；pH 7.5；50mM Tris pH 7.5, 100mM NaCl, 5mM MgCl2, 2mM ATP
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 4.80 Å
3JCP Structure of yeast 26S proteasome in M2 state derived from Titan dataset 提交 2016-01-06 聚集状态不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 47 PDB 声明：47-meric
链 Q 1–434（434 aa）
未记录 未记录非水小分子 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 50mM Tris pH 7.5, 100mM NaCl, 5mM MgCl2, 2mM ATP；pH 7.5；50mM Tris pH 7.5, 100mM NaCl, 5mM MgCl2, 2mM ATP
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 4.60 Å
4CR2 Deep classification of a large cryo-EM dataset defines the conformational landscape of the 26S proteasome 提交 2014-02-25 聚集状态不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 33 PDB 声明：33-meric
链 Q 1–434（434 aa）
未记录 未记录非水小分子 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.1
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE；VITRIFICATION 1 -- CRYOGEN- ETHANE, INSTRUMENT- HOMEMADE PLUNGER,
分辨率 7.70 Å
4CR3 Deep classification of a large cryo-EM dataset defines the conformational landscape of the 26S proteasome 提交 2014-02-25 聚集状态不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 33 PDB 声明：33-meric
链 Q 1–434（434 aa）
未记录 未记录非水小分子 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.1
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE；VITRIFICATION 1 -- CRYOGEN- ETHANE, INSTRUMENT- HOMEMADE PLUNGER,
分辨率 9.30 Å
4CR4 Deep classification of a large cryo-EM dataset defines the conformational landscape of the 26S proteasome 提交 2014-02-25 聚集状态不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 33 PDB 声明：33-meric
链 Q 1–434（434 aa）
未记录 未记录非水小分子 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.1
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE；VITRIFICATION 1 -- CRYOGEN- ETHANE, INSTRUMENT- HOMEMADE PLUNGER,
分辨率 8.80 Å
5A5B Structure of the 26S proteasome-Ubp6 complex 提交 2015-06-17 聚集状态不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 35 PDB 声明：35-meric
链 Q 1–434（434 aa）
未记录 未记录非水小分子 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE；VITRIFICATION 1 -- CRYOGEN- ETHANE, INSTRUMENT- HOMEMADE PLUNGER,
分辨率 9.50 Å
5MPB 26S proteasome in presence of AMP-PNP (s3) 提交 2016-12-16 聚集状态不同 配体/离子不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 47 PDB 声明：47-meric
链 Q 1–434（434 aa）
未记录 ANP PHOSPHOAMINOPHOSPHONIC ACID-ADENYLATE ESTER × 5 MG MAGNESIUM ION × 6 ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.4
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE-PROPANE
分辨率 7.80 Å
5MPC 26S proteasome in presence of BeFx (s4) 提交 2016-12-16 聚集状态不同 配体/离子不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 48 PDB 声明：48-meric
链 Q 1–434（434 aa）
未记录 ATP ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 4 MG MAGNESIUM ION × 6 ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 2 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.4
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE-PROPANE
分辨率 7.70 Å
5MPE 26S proteasome in presence of ATP (s2) 提交 2016-12-16 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 13 PDB 声明：tridecameric
链 Q 1–434（434 aa）
未记录 未记录非水小分子 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.4
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE-PROPANE
分辨率 4.50 Å
5MPE 26S proteasome in presence of ATP (s2) 提交 2016-12-16 聚集状态不同 结构质量不同 Assembly 2 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 12 PDB 声明：dodecameric
链 Q 1–434（434 aa）
未记录 未记录非水小分子 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.4
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE-PROPANE
分辨率 4.50 Å
5WVI The resting state of yeast proteasome 提交 2016-12-25 聚集状态不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 47 PDB 声明：47-meric
链 Q 1–434（434 aa）
未记录 未记录非水小分子 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 6.30 Å
5WVK Yeast proteasome-ADP-AlFx 提交 2016-12-25 聚集状态不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 47 PDB 声明：47-meric
链 Q 1–434（434 aa）
未记录 未记录非水小分子 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 4.20 Å
6FVT 26S proteasome, s1 state 提交 2018-03-05 聚集状态不同 配体/离子不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 47 PDB 声明：47-meric
链 Q 1–434（434 aa）
未记录 ATP ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 5 MG MAGNESIUM ION × 6 ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.4
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE-PROPANE
分辨率 4.10 Å
6FVU 26S proteasome, s2 state 提交 2018-03-05 聚集状态不同 配体/离子不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 47 PDB 声明：47-meric
链 Q 1–434（434 aa）
未记录 ATP ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 5 MG MAGNESIUM ION × 6 ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.4
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE-PROPANE
分辨率 4.50 Å
6FVV 26S proteasome, s3 state 提交 2018-03-05 聚集状态不同 配体/离子不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 47 PDB 声明：47-meric
链 Q 1–434（434 aa）
未记录 ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 2 MG MAGNESIUM ION × 6 ATP ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 4 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.4
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE-PROPANE
分辨率 5.40 Å
6FVW 26S proteasome, s4 state 提交 2018-03-05 聚集状态不同 配体/离子不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 47 PDB 声明：47-meric
链 Q 1–434（434 aa）
未记录 ATP ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 4 MG MAGNESIUM ION × 6 ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 2 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.4
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE-PROPANE
分辨率 4.50 Å
6FVX 26S proteasome, s5 state 提交 2018-03-05 聚集状态不同 配体/离子不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 47 PDB 声明：47-meric
链 Q 1–434（434 aa）
未记录 ATP ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 5 MG MAGNESIUM ION × 6 ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.4
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE-PROPANE
分辨率 4.90 Å
6FVY 26S proteasome, s6 state 提交 2018-03-05 聚集状态不同 配体/离子不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 47 PDB 声明：47-meric
链 Q 1–434（434 aa）
未记录 ATP ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 4 MG MAGNESIUM ION × 6 ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 2 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.4
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE-PROPANE
分辨率 6.10 Å
6J2C Yeast proteasome in translocation competent state (C3-a) 提交 2019-01-01 聚集状态不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 47 PDB 声明：47-meric
链 Q 1–434（434 aa）
未记录 未记录非水小分子 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 7.00 Å
6J2N yeast proteasome in substrate-processing state (C3-b) 提交 2019-01-02 聚集状态不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 47 PDB 声明：47-meric
链 Q 1–434（434 aa）
未记录 未记录非水小分子 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 7.50 Å
6J2Q Yeast proteasome in Ub-accepted state (C1-b) 提交 2019-01-02 聚集状态不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 47 PDB 声明：47-meric
链 Q 1–434（434 aa）
未记录 未记录非水小分子 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.80 Å
6J2X Yeast proteasome in resting state (C1-a) 提交 2019-01-03 聚集状态不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 47 PDB 声明：47-meric
链 Q 1–434（434 aa）
未记录 未记录非水小分子 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.80 Å
6J30 yeast proteasome in Ub-engaged state (C2) 提交 2019-01-03 聚集状态不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 47 PDB 声明：47-meric
链 Q 1–434（434 aa）
未记录 未记录非水小分子 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 4.50 Å
7QO3 Structure of the 26S proteasome-Ubp6 complex in the si state (Core Particle and Lid) 提交 2021-12-23 聚集状态不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 41 PDB 声明：41-meric
链 Q 1–434（434 aa）
未记录 未记录非水小分子 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.4
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 6.10 Å
7QO5 26S proteasome Rpt1-RK -Ubp6-UbVS complex in the si state 提交 2021-12-23 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 49 PDB 声明：49-meric
链 Q 1–434（434 aa）
未记录 ATP ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 5 MG MAGNESIUM ION × 6 ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.4
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 6.00 Å
9CGC Yeast 26S proteasome non-substrate-engaged (S1 state) 提交 2024-06-28 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 39 PDB 声明：39-meric
链 Q 1–434（434 aa）
未记录 MG MAGNESIUM ION × 5 ATP ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 5 ZN ZINC ION × 1 ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.4；30 mM HEPES pH7.4, 25 mM NaCl, 25 mM KCl, 3% (v/v) glycerol, 5 mM MgCl2 2 mM ATP and 0.5 mM TCEP, 0.02% NP-40.
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.61 Å
9IWR 26S proteasome trimer 提交 2024-07-25 聚集状态不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 47 PDB 声明：47-meric
链 Q 1–434（434 aa）
未记录 未记录非水小分子 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 6.8；YPD buffer
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE-PROPANE
分辨率 9.10 Å

共 28 个其他 PDB 条目、29 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 RPN6_YEAST
Isoform —
PDB实体 10
链与序列区间 作者链 Q； PDB构建体 1–434； UniProt 1–434

26S proteasome regulatory subunit RPN7

物种未注明

UniProt Q06103

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 蛋白异源复合物 异源复合物 蛋白 × 13 PDB 声明：tridecameric（13） 与蛋白拷贝数一致 链 R； UniProt 1–429 未记录 26S proteasome regulatory subunit RPN10 × 1 （P38886） Ubiquitin carboxyl-terminal hydrolase RPN11 × 1 （P43588） 26S proteasome regulatory subunit RPN12 × 1 （P32496） 26S proteasome regulatory subunit RPN13 × 1 （O13563） 26S proteasome complex subunit SEM1 × 1 （O94742） 26S proteasome regulatory subunit RPN1 × 1 （P38764） 26S proteasome regulatory subunit RPN2 × 1 （P32565） 26S proteasome regulatory subunit RPN3 × 1 （P40016） 26S proteasome regulatory subunit RPN5 × 1 （Q12250） 26S proteasome regulatory subunit RPN6 × 1 （Q12377） 26S proteasome regulatory subunit RPN8 × 1 （Q08723） 26S proteasome regulatory subunit RPN9 × 1 （Q04062） ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液：pH 7.4 cryo-EM玻璃化条件：冷冻剂 ETHANE-PROPANE 分辨率 4.10 Å

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

其他 PDB 相对当前条目 5MPD Assembly / 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与非聚合物 实验方法与环境 结构质量
3J47 Formation of an intricate helical bundle dictates the assembly of the 26S proteasome lid 提交 2013-06-27 构建体不同 聚集状态不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 8 PDB 声明：octameric
链 R 397–422（26 aa） 片段：C-terminal helix (UNP residues 397-422)
未记录 未记录非水小分子 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.1
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 7.40 Å
3JCK Structure of the yeast 26S proteasome lid sub-complex 提交 2015-12-20 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 9 PDB 声明：nonameric
链 D 1–429（429 aa）
未记录 ZN ZINC ION × 1 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 50 mM HEPES, 100 mM NaCl, 100 mM KCl, 1 mM TCEP；pH 7.5；50 mM HEPES, 100 mM NaCl, 100 mM KCl, 1 mM TCEP
cryo-EM玻璃化条件 4 uL sample was applied to the grid, blotted for 2 seconds, and plunged into liquid ethane.；85 K；冷冻剂 ETHANE；4 uL sample was applied to the grid, blotted for 2 seconds at 4 degrees C, and plunged into liquid ethane using a manual plunger.
分辨率 3.50 Å
3JCO Structure of yeast 26S proteasome in M1 state derived from Titan dataset 提交 2016-01-06 聚集状态不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 47 PDB 声明：47-meric
链 R 1–429（429 aa）
未记录 未记录非水小分子 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 50mM Tris pH 7.5, 100mM NaCl, 5mM MgCl2, 2mM ATP；pH 7.5；50mM Tris pH 7.5, 100mM NaCl, 5mM MgCl2, 2mM ATP
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 4.80 Å
3JCP Structure of yeast 26S proteasome in M2 state derived from Titan dataset 提交 2016-01-06 聚集状态不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 47 PDB 声明：47-meric
链 R 1–429（429 aa）
未记录 未记录非水小分子 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 50mM Tris pH 7.5, 100mM NaCl, 5mM MgCl2, 2mM ATP；pH 7.5；50mM Tris pH 7.5, 100mM NaCl, 5mM MgCl2, 2mM ATP
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 4.60 Å
4CR2 Deep classification of a large cryo-EM dataset defines the conformational landscape of the 26S proteasome 提交 2014-02-25 聚集状态不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 33 PDB 声明：33-meric
链 R 1–429（429 aa）
未记录 未记录非水小分子 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.1
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE；VITRIFICATION 1 -- CRYOGEN- ETHANE, INSTRUMENT- HOMEMADE PLUNGER,
分辨率 7.70 Å
4CR3 Deep classification of a large cryo-EM dataset defines the conformational landscape of the 26S proteasome 提交 2014-02-25 聚集状态不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 33 PDB 声明：33-meric
链 R 1–429（429 aa）
未记录 未记录非水小分子 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.1
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE；VITRIFICATION 1 -- CRYOGEN- ETHANE, INSTRUMENT- HOMEMADE PLUNGER,
分辨率 9.30 Å
4CR4 Deep classification of a large cryo-EM dataset defines the conformational landscape of the 26S proteasome 提交 2014-02-25 聚集状态不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 33 PDB 声明：33-meric
链 R 1–429（429 aa）
未记录 未记录非水小分子 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.1
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE；VITRIFICATION 1 -- CRYOGEN- ETHANE, INSTRUMENT- HOMEMADE PLUNGER,
分辨率 8.80 Å
5A5B Structure of the 26S proteasome-Ubp6 complex 提交 2015-06-17 聚集状态不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 35 PDB 声明：35-meric
链 R 1–429（429 aa）
未记录 未记录非水小分子 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE；VITRIFICATION 1 -- CRYOGEN- ETHANE, INSTRUMENT- HOMEMADE PLUNGER,
分辨率 9.50 Å
5MPB 26S proteasome in presence of AMP-PNP (s3) 提交 2016-12-16 聚集状态不同 配体/离子不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 47 PDB 声明：47-meric
链 R 1–429（429 aa）
未记录 ANP PHOSPHOAMINOPHOSPHONIC ACID-ADENYLATE ESTER × 5 MG MAGNESIUM ION × 6 ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.4
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE-PROPANE
分辨率 7.80 Å
5MPC 26S proteasome in presence of BeFx (s4) 提交 2016-12-16 聚集状态不同 配体/离子不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 48 PDB 声明：48-meric
链 R 1–429（429 aa）
未记录 ATP ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 4 MG MAGNESIUM ION × 6 ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 2 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.4
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE-PROPANE
分辨率 7.70 Å
5MPE 26S proteasome in presence of ATP (s2) 提交 2016-12-16 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 13 PDB 声明：tridecameric
链 R 1–429（429 aa）
未记录 未记录非水小分子 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.4
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE-PROPANE
分辨率 4.50 Å
5MPE 26S proteasome in presence of ATP (s2) 提交 2016-12-16 聚集状态不同 结构质量不同 Assembly 2 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 12 PDB 声明：dodecameric
链 R 1–429（429 aa）
未记录 未记录非水小分子 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.4
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE-PROPANE
分辨率 4.50 Å
5WVI The resting state of yeast proteasome 提交 2016-12-25 聚集状态不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 47 PDB 声明：47-meric
链 R 1–429（429 aa）
未记录 未记录非水小分子 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 6.30 Å
5WVK Yeast proteasome-ADP-AlFx 提交 2016-12-25 聚集状态不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 47 PDB 声明：47-meric
链 R 1–429（429 aa）
未记录 未记录非水小分子 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 4.20 Å
6FVT 26S proteasome, s1 state 提交 2018-03-05 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 47 PDB 声明：47-meric
链 R 20–424（405 aa）
未记录 ATP ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 5 MG MAGNESIUM ION × 6 ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.4
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE-PROPANE
分辨率 4.10 Å
6FVU 26S proteasome, s2 state 提交 2018-03-05 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 47 PDB 声明：47-meric
链 R 20–424（405 aa）
未记录 ATP ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 5 MG MAGNESIUM ION × 6 ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.4
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE-PROPANE
分辨率 4.50 Å
6FVV 26S proteasome, s3 state 提交 2018-03-05 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 47 PDB 声明：47-meric
链 R 20–424（405 aa）
未记录 ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 2 MG MAGNESIUM ION × 6 ATP ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 4 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.4
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE-PROPANE
分辨率 5.40 Å
6FVW 26S proteasome, s4 state 提交 2018-03-05 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 47 PDB 声明：47-meric
链 R 20–424（405 aa）
未记录 ATP ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 4 MG MAGNESIUM ION × 6 ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 2 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.4
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE-PROPANE
分辨率 4.50 Å
6FVX 26S proteasome, s5 state 提交 2018-03-05 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 47 PDB 声明：47-meric
链 R 20–424（405 aa）
未记录 ATP ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 5 MG MAGNESIUM ION × 6 ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.4
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE-PROPANE
分辨率 4.90 Å
6FVY 26S proteasome, s6 state 提交 2018-03-05 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 47 PDB 声明：47-meric
链 R 20–424（405 aa）
未记录 ATP ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 4 MG MAGNESIUM ION × 6 ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 2 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.4
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE-PROPANE
分辨率 6.10 Å
6J2C Yeast proteasome in translocation competent state (C3-a) 提交 2019-01-01 聚集状态不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 47 PDB 声明：47-meric
链 R 1–429（429 aa）
未记录 未记录非水小分子 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 7.00 Å
6J2N yeast proteasome in substrate-processing state (C3-b) 提交 2019-01-02 聚集状态不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 47 PDB 声明：47-meric
链 R 1–429（429 aa）
未记录 未记录非水小分子 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 7.50 Å
6J2Q Yeast proteasome in Ub-accepted state (C1-b) 提交 2019-01-02 聚集状态不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 47 PDB 声明：47-meric
链 R 1–429（429 aa）
未记录 未记录非水小分子 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.80 Å
6J2X Yeast proteasome in resting state (C1-a) 提交 2019-01-03 聚集状态不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 47 PDB 声明：47-meric
链 R 1–429（429 aa）
未记录 未记录非水小分子 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.80 Å
6J30 yeast proteasome in Ub-engaged state (C2) 提交 2019-01-03 聚集状态不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 47 PDB 声明：47-meric
链 R 1–429（429 aa）
未记录 未记录非水小分子 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 4.50 Å
7QO3 Structure of the 26S proteasome-Ubp6 complex in the si state (Core Particle and Lid) 提交 2021-12-23 聚集状态不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 41 PDB 声明：41-meric
链 R 1–429（429 aa）
未记录 未记录非水小分子 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.4
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 6.10 Å
7QO5 26S proteasome Rpt1-RK -Ubp6-UbVS complex in the si state 提交 2021-12-23 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 49 PDB 声明：49-meric
链 R 1–429（429 aa）
未记录 ATP ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 5 MG MAGNESIUM ION × 6 ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.4
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 6.00 Å
9CGC Yeast 26S proteasome non-substrate-engaged (S1 state) 提交 2024-06-28 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 39 PDB 声明：39-meric
链 R 1–429（429 aa）
未记录 MG MAGNESIUM ION × 5 ATP ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 5 ZN ZINC ION × 1 ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.4；30 mM HEPES pH7.4, 25 mM NaCl, 25 mM KCl, 3% (v/v) glycerol, 5 mM MgCl2 2 mM ATP and 0.5 mM TCEP, 0.02% NP-40.
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.61 Å
9IWR 26S proteasome trimer 提交 2024-07-25 聚集状态不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 47 PDB 声明：47-meric
链 R 1–429（429 aa）
未记录 未记录非水小分子 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 6.8；YPD buffer
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE-PROPANE
分辨率 9.10 Å

共 28 个其他 PDB 条目、29 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 RPN7_YEAST
Isoform —
PDB实体 11
链与序列区间 作者链 R； PDB构建体 1–429； UniProt 1–429

26S proteasome regulatory subunit RPN8

物种未注明

UniProt Q08723

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 蛋白异源复合物 异源复合物 蛋白 × 13 PDB 声明：tridecameric（13） 与蛋白拷贝数一致 链 U； UniProt 1–338 未记录 26S proteasome regulatory subunit RPN10 × 1 （P38886） Ubiquitin carboxyl-terminal hydrolase RPN11 × 1 （P43588） 26S proteasome regulatory subunit RPN12 × 1 （P32496） 26S proteasome regulatory subunit RPN13 × 1 （O13563） 26S proteasome complex subunit SEM1 × 1 （O94742） 26S proteasome regulatory subunit RPN1 × 1 （P38764） 26S proteasome regulatory subunit RPN2 × 1 （P32565） 26S proteasome regulatory subunit RPN3 × 1 （P40016） 26S proteasome regulatory subunit RPN5 × 1 （Q12250） 26S proteasome regulatory subunit RPN6 × 1 （Q12377） 26S proteasome regulatory subunit RPN7 × 1 （Q06103） 26S proteasome regulatory subunit RPN9 × 1 （Q04062） ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液：pH 7.4 cryo-EM玻璃化条件：冷冻剂 ETHANE-PROPANE 分辨率 4.10 Å

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

其他 PDB 相对当前条目 5MPD Assembly / 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与非聚合物 实验方法与环境 结构质量
3J47 Formation of an intricate helical bundle dictates the assembly of the 26S proteasome lid 提交 2013-06-27 构建体不同 聚集状态不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 8 PDB 声明：octameric
链 U 188–308（121 aa） 片段：last three C-terminal helices (UNP residues 188-308)
未记录 未记录非水小分子 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.1
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 7.40 Å
3JCK Structure of the yeast 26S proteasome lid sub-complex 提交 2015-12-20 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 9 PDB 声明：nonameric
链 E 1–338（338 aa）
未记录 ZN ZINC ION × 1 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 50 mM HEPES, 100 mM NaCl, 100 mM KCl, 1 mM TCEP；pH 7.5；50 mM HEPES, 100 mM NaCl, 100 mM KCl, 1 mM TCEP
cryo-EM玻璃化条件 4 uL sample was applied to the grid, blotted for 2 seconds, and plunged into liquid ethane.；85 K；冷冻剂 ETHANE；4 uL sample was applied to the grid, blotted for 2 seconds at 4 degrees C, and plunged into liquid ethane using a manual plunger.
分辨率 3.50 Å
3JCO Structure of yeast 26S proteasome in M1 state derived from Titan dataset 提交 2016-01-06 聚集状态不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 47 PDB 声明：47-meric
链 U 1–338（338 aa）
未记录 未记录非水小分子 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 50mM Tris pH 7.5, 100mM NaCl, 5mM MgCl2, 2mM ATP；pH 7.5；50mM Tris pH 7.5, 100mM NaCl, 5mM MgCl2, 2mM ATP
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 4.80 Å
3JCP Structure of yeast 26S proteasome in M2 state derived from Titan dataset 提交 2016-01-06 聚集状态不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 47 PDB 声明：47-meric
链 U 1–338（338 aa）
未记录 未记录非水小分子 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 50mM Tris pH 7.5, 100mM NaCl, 5mM MgCl2, 2mM ATP；pH 7.5；50mM Tris pH 7.5, 100mM NaCl, 5mM MgCl2, 2mM ATP
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 4.60 Å
4CR2 Deep classification of a large cryo-EM dataset defines the conformational landscape of the 26S proteasome 提交 2014-02-25 聚集状态不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 33 PDB 声明：33-meric
链 U 1–338（338 aa）
未记录 未记录非水小分子 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.1
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE；VITRIFICATION 1 -- CRYOGEN- ETHANE, INSTRUMENT- HOMEMADE PLUNGER,
分辨率 7.70 Å
4CR3 Deep classification of a large cryo-EM dataset defines the conformational landscape of the 26S proteasome 提交 2014-02-25 聚集状态不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 33 PDB 声明：33-meric
链 U 1–338（338 aa）
未记录 未记录非水小分子 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.1
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE；VITRIFICATION 1 -- CRYOGEN- ETHANE, INSTRUMENT- HOMEMADE PLUNGER,
分辨率 9.30 Å
4CR4 Deep classification of a large cryo-EM dataset defines the conformational landscape of the 26S proteasome 提交 2014-02-25 聚集状态不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 33 PDB 声明：33-meric
链 U 1–338（338 aa）
未记录 未记录非水小分子 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.1
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE；VITRIFICATION 1 -- CRYOGEN- ETHANE, INSTRUMENT- HOMEMADE PLUNGER,
分辨率 8.80 Å
4O8X Zinc-bound Rpn11 in complex with Rpn8 提交 2013-12-30 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 A 2–178（177 aa） 片段：UNP residues 2-178
未记录 EDO 1,2-ETHANEDIOL × 31 ZN ZINC ION × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.5；15% PEG8000, 12% ethylene glycol and 100 mM HEPES (pH 7.5), VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP
分辨率 1.99 Å R-free 0.195
4O8Y Zinc-free Rpn11 in complex with Rpn8 提交 2013-12-30 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 A 2–178（177 aa）
未记录 EDO 1,2-ETHANEDIOL × 21 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.5；291 K；15% PEG8000, 30% ethylene glycol, and 100 mM HEPES (pH7.5), VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 291K
分辨率 1.95 Å R-free 0.209
4OCL Crystal Structure of the Rpn8-Rpn11 MPN domain heterodimer, crystal form Ia 提交 2014-01-09 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric
链 A 1–176（176 aa） 片段：UNP residues 1-176
未记录 ZN ZINC ION × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROPS；pH 6；291 K；50 mM MES, pH 6.0, 200 mM calcium acetate, 22% PEG3350, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROPS, temperature 291K
分辨率 2.40 Å R-free 0.252
4OCL Crystal Structure of the Rpn8-Rpn11 MPN domain heterodimer, crystal form Ia 提交 2014-01-09 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric
链 D 1–176（176 aa） 片段：UNP residues 1-176
未记录 ZN ZINC ION × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROPS；pH 6；291 K；50 mM MES, pH 6.0, 200 mM calcium acetate, 22% PEG3350, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROPS, temperature 291K
分辨率 2.40 Å R-free 0.252
4OCM Crystal Structure of the Rpn8-Rpn11 MPN domain heterodimer, crystal form Ib 提交 2014-01-09 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric
链 A 1–176（176 aa） 片段：UNP residues 1-176
未记录 ZN ZINC ION × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROPS；pH 6；291 K；50 mM MES, pH 6.0, 200 mM calcium acetate, 22% PEG3350, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROPS, temperature 291K
分辨率 1.99 Å R-free 0.262
4OCM Crystal Structure of the Rpn8-Rpn11 MPN domain heterodimer, crystal form Ib 提交 2014-01-09 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric
链 D 1–176（176 aa） 片段：UNP residues 1-176
未记录 ZN ZINC ION × 1 K POTASSIUM ION × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROPS；pH 6；291 K；50 mM MES, pH 6.0, 200 mM calcium acetate, 22% PEG3350, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROPS, temperature 291K
分辨率 1.99 Å R-free 0.262
4OCN Crystal Structure of the Rpn8-Rpn11 MPN domain heterodimer, crystal form II 提交 2014-01-09 构建体不同 聚集状态不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric
链 A 1–176（176 aa） 片段：UNP residues 1-176
未记录 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROPS；pH 6；291 K；50 mM MES, pH 6.0, 100 mM magnesium chloride, 21% PEG3350, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROPS, temperature 291K
分辨率 2.25 Å R-free 0.281
4OCN Crystal Structure of the Rpn8-Rpn11 MPN domain heterodimer, crystal form II 提交 2014-01-09 构建体不同 聚集状态不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric
链 D 1–176（176 aa） 片段：UNP residues 1-176
未记录 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROPS；pH 6；291 K；50 mM MES, pH 6.0, 100 mM magnesium chloride, 21% PEG3350, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROPS, temperature 291K
分辨率 2.25 Å R-free 0.281
4OWP Crystal structure of rpn11 in a heterodimer complex with rpn8, representing the active portion of the proteasome lid. 提交 2014-02-03 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 A 1–186（186 aa）
未记录 ZN ZINC ION × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7；293 K；10% PEG 5000, 5% Tacsimate, 0.1 M Hepes pH 7.0
分辨率 2.35 Å R-free 0.242
5A5B Structure of the 26S proteasome-Ubp6 complex 提交 2015-06-17 聚集状态不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 35 PDB 声明：35-meric
链 U 1–338（338 aa）
未记录 未记录非水小分子 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE；VITRIFICATION 1 -- CRYOGEN- ETHANE, INSTRUMENT- HOMEMADE PLUNGER,
分辨率 9.50 Å
5MPB 26S proteasome in presence of AMP-PNP (s3) 提交 2016-12-16 聚集状态不同 配体/离子不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 47 PDB 声明：47-meric
链 U 1–338（338 aa）
未记录 ANP PHOSPHOAMINOPHOSPHONIC ACID-ADENYLATE ESTER × 5 MG MAGNESIUM ION × 6 ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.4
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE-PROPANE
分辨率 7.80 Å
5MPC 26S proteasome in presence of BeFx (s4) 提交 2016-12-16 聚集状态不同 配体/离子不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 48 PDB 声明：48-meric
链 U 1–338（338 aa）
未记录 ATP ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 4 MG MAGNESIUM ION × 6 ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 2 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.4
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE-PROPANE
分辨率 7.70 Å
5MPE 26S proteasome in presence of ATP (s2) 提交 2016-12-16 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 13 PDB 声明：tridecameric
链 U 1–338（338 aa）
未记录 未记录非水小分子 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.4
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE-PROPANE
分辨率 4.50 Å
5MPE 26S proteasome in presence of ATP (s2) 提交 2016-12-16 聚集状态不同 结构质量不同 Assembly 2 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 12 PDB 声明：dodecameric
链 U 1–338（338 aa）
未记录 未记录非水小分子 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.4
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE-PROPANE
分辨率 4.50 Å
5U4P Protein-protein complex between 26S proteasome regulatory subunit RPN8, RPN11, and Ubiquitin S31 提交 2016-12-05 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric
链 A 1–177（177 aa）
未记录 ZN ZINC ION × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 6.8；291 K；1.5 M ammonium tartrate
分辨率 2.50 Å R-free 0.234
5U4P Protein-protein complex between 26S proteasome regulatory subunit RPN8, RPN11, and Ubiquitin S31 提交 2016-12-05 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 6 PDB 声明：hexameric
链 A 1–177（177 aa）
未记录 ZN ZINC ION × 2 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 6.8；291 K；1.5 M ammonium tartrate
分辨率 2.50 Å R-free 0.234
5W83 Rpn8/Rpn11 dimer complex 提交 2017-06-21 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 A 1–338（338 aa）
未记录 ZN ZINC ION × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION；291 K；1.5 M ammonium tartrate pH 6.8
分辨率 1.55 Å R-free 0.234
5WVI The resting state of yeast proteasome 提交 2016-12-25 聚集状态不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 47 PDB 声明：47-meric
链 U 1–338（338 aa）
未记录 未记录非水小分子 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 6.30 Å
5WVK Yeast proteasome-ADP-AlFx 提交 2016-12-25 聚集状态不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 47 PDB 声明：47-meric
链 U 1–338（338 aa）
未记录 未记录非水小分子 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 4.20 Å
6FVT 26S proteasome, s1 state 提交 2018-03-05 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 47 PDB 声明：47-meric
链 U 1–304（304 aa）
未记录 ATP ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 5 MG MAGNESIUM ION × 6 ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.4
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE-PROPANE
分辨率 4.10 Å
6FVU 26S proteasome, s2 state 提交 2018-03-05 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 47 PDB 声明：47-meric
链 U 1–304（304 aa）
未记录 ATP ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 5 MG MAGNESIUM ION × 6 ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.4
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE-PROPANE
分辨率 4.50 Å
6FVV 26S proteasome, s3 state 提交 2018-03-05 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 47 PDB 声明：47-meric
链 U 1–304（304 aa）
未记录 ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 2 MG MAGNESIUM ION × 6 ATP ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 4 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.4
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE-PROPANE
分辨率 5.40 Å
6FVW 26S proteasome, s4 state 提交 2018-03-05 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 47 PDB 声明：47-meric
链 U 1–304（304 aa）
未记录 ATP ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 4 MG MAGNESIUM ION × 6 ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 2 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.4
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE-PROPANE
分辨率 4.50 Å
6FVX 26S proteasome, s5 state 提交 2018-03-05 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 47 PDB 声明：47-meric
链 U 1–304（304 aa）
未记录 ATP ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 5 MG MAGNESIUM ION × 6 ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.4
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE-PROPANE
分辨率 4.90 Å
6FVY 26S proteasome, s6 state 提交 2018-03-05 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 47 PDB 声明：47-meric
链 U 1–304（304 aa）
未记录 ATP ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 4 MG MAGNESIUM ION × 6 ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 2 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.4
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE-PROPANE
分辨率 6.10 Å
6J2C Yeast proteasome in translocation competent state (C3-a) 提交 2019-01-01 聚集状态不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 47 PDB 声明：47-meric
链 U 1–338（338 aa）
未记录 未记录非水小分子 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 7.00 Å
6J2N yeast proteasome in substrate-processing state (C3-b) 提交 2019-01-02 聚集状态不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 47 PDB 声明：47-meric
链 U 1–338（338 aa）
未记录 未记录非水小分子 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 7.50 Å
6J2Q Yeast proteasome in Ub-accepted state (C1-b) 提交 2019-01-02 聚集状态不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 47 PDB 声明：47-meric
链 U 1–338（338 aa）
未记录 未记录非水小分子 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.80 Å
6J2X Yeast proteasome in resting state (C1-a) 提交 2019-01-03 聚集状态不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 47 PDB 声明：47-meric
链 U 1–338（338 aa）
未记录 未记录非水小分子 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.80 Å
6J30 yeast proteasome in Ub-engaged state (C2) 提交 2019-01-03 聚集状态不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 47 PDB 声明：47-meric
链 U 1–338（338 aa）
未记录 未记录非水小分子 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 4.50 Å
7QO3 Structure of the 26S proteasome-Ubp6 complex in the si state (Core Particle and Lid) 提交 2021-12-23 聚集状态不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 41 PDB 声明：41-meric
链 U 1–338（338 aa）
未记录 未记录非水小分子 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.4
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 6.10 Å
7QO5 26S proteasome Rpt1-RK -Ubp6-UbVS complex in the si state 提交 2021-12-23 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 49 PDB 声明：49-meric
链 U 1–338（338 aa）
未记录 ATP ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 5 MG MAGNESIUM ION × 6 ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.4
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 6.00 Å
7QO6 26S proteasome Rpt1-RK -Ubp6-UbVS complex in the s2 state 提交 2021-12-23 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 49 PDB 声明：49-meric
链 U 1–338（338 aa）
未记录 ATP ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 5 MG MAGNESIUM ION × 6 ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.4
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 6.30 Å
9CGC Yeast 26S proteasome non-substrate-engaged (S1 state) 提交 2024-06-28 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 39 PDB 声明：39-meric
链 U 1–338（338 aa）
未记录 MG MAGNESIUM ION × 5 ATP ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 5 ZN ZINC ION × 1 ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.4；30 mM HEPES pH7.4, 25 mM NaCl, 25 mM KCl, 3% (v/v) glycerol, 5 mM MgCl2 2 mM ATP and 0.5 mM TCEP, 0.02% NP-40.
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.61 Å
9IWR 26S proteasome trimer 提交 2024-07-25 聚集状态不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 47 PDB 声明：47-meric
链 U 1–338（338 aa）
未记录 未记录非水小分子 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 6.8；YPD buffer
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE-PROPANE
分辨率 9.10 Å

共 37 个其他 PDB 条目、42 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 RPN8_YEAST
Isoform —
PDB实体 12
链与序列区间 作者链 U； PDB构建体 1–338； UniProt 1–338

26S proteasome regulatory subunit RPN9

物种未注明

UniProt Q04062

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 蛋白异源复合物 异源复合物 蛋白 × 13 PDB 声明：tridecameric（13） 与蛋白拷贝数一致 链 O； UniProt 1–393 未记录 26S proteasome regulatory subunit RPN10 × 1 （P38886） Ubiquitin carboxyl-terminal hydrolase RPN11 × 1 （P43588） 26S proteasome regulatory subunit RPN12 × 1 （P32496） 26S proteasome regulatory subunit RPN13 × 1 （O13563） 26S proteasome complex subunit SEM1 × 1 （O94742） 26S proteasome regulatory subunit RPN1 × 1 （P38764） 26S proteasome regulatory subunit RPN2 × 1 （P32565） 26S proteasome regulatory subunit RPN3 × 1 （P40016） 26S proteasome regulatory subunit RPN5 × 1 （Q12250） 26S proteasome regulatory subunit RPN6 × 1 （Q12377） 26S proteasome regulatory subunit RPN7 × 1 （Q06103） 26S proteasome regulatory subunit RPN8 × 1 （Q08723） ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液：pH 7.4 cryo-EM玻璃化条件：冷冻剂 ETHANE-PROPANE 分辨率 4.10 Å

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

其他 PDB 相对当前条目 5MPD Assembly / 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与非聚合物 实验方法与环境 结构质量
2MQW Solution structure of a proteasome related subunit N terminal domain 提交 2014-06-30 构建体不同 聚集状态不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 A 1–160（160 aa） 片段：N terminal domain, UNP RESIDUES 1-160
未记录 未记录非水小分子 SOLUTION NMR
NMR测量条件 pH 7；298 K；离子强度（mmCIF原始值）210；压力 AMBIENT
NMR样品组成 0.5 mM [U-100% 13C; U-100% 15N] Protein-1, 50 mM sodium phosphate-2, 100 mM sodium chloride-3, 90% H2O/10% D2O | 90% H2O/10% D2O
NMR样品组成 0.5 mM [U-100% 15N] Protein-4, 50 mM sodium phosphate-5, 100 mM sodium chloride-6, 90% H2O/10% D2O | 90% H2O/10% D2O
分辨率未提供
2MR3 A subunit of 26S proteasome lid complex 提交 2014-06-30 构建体不同 聚集状态不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 A 1–393（393 aa） 片段：UNP RESIDUES 1-393
未记录 未记录非水小分子 SOLUTION NMR
NMR测量条件 pH 7；303 K；离子强度（mmCIF原始值）0.21；压力 ambient
NMR样品组成 0.5 mM [U-100% 13C; U-100% 15N] Protein-1, 100 mM sodium chloride-2, 50 mM sodium phosphate-3, 90% H2O/10% D2O | 90% H2O/10% D2O
NMR样品组成 0.5 mM [U-13C; U-15N; U-2H] Protein-4, 100 mM sodium chloride-5, 50 mM sodium phosphate-6, 90% H2O/10% D2O | 90% H2O/10% D2O
分辨率未提供
2MRI Solution structure of a proteasome related subunit C terminal domain 提交 2014-07-06 构建体不同 聚集状态不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 A 181–356（176 aa） 片段：UNP RESIDUES 181-356
未记录 未记录非水小分子 SOLUTION NMR
NMR测量条件 pH 7.5；298 K；离子强度（mmCIF原始值）0.07；压力 ambient
NMR样品组成 0.5mM [U-100% 13C, U-100% 15N] Protein-1, 20mM TRIS-2, 50mM sodium chloride-3, 90% H2O/10% D2O | 90% H2O/10% D2O
分辨率未提供
3J47 Formation of an intricate helical bundle dictates the assembly of the 26S proteasome lid 提交 2013-06-27 构建体不同 聚集状态不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 8 PDB 声明：octameric
链 O 360–387（28 aa） 片段：C-terminal helix (UNP residues 360-387)
未记录 未记录非水小分子 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.1
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 7.40 Å
3JCK Structure of the yeast 26S proteasome lid sub-complex 提交 2015-12-20 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 9 PDB 声明：nonameric
链 F 1–393（393 aa）
未记录 ZN ZINC ION × 1 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 50 mM HEPES, 100 mM NaCl, 100 mM KCl, 1 mM TCEP；pH 7.5；50 mM HEPES, 100 mM NaCl, 100 mM KCl, 1 mM TCEP
cryo-EM玻璃化条件 4 uL sample was applied to the grid, blotted for 2 seconds, and plunged into liquid ethane.；85 K；冷冻剂 ETHANE；4 uL sample was applied to the grid, blotted for 2 seconds at 4 degrees C, and plunged into liquid ethane using a manual plunger.
分辨率 3.50 Å
3JCO Structure of yeast 26S proteasome in M1 state derived from Titan dataset 提交 2016-01-06 聚集状态不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 47 PDB 声明：47-meric
链 O 1–393（393 aa）
未记录 未记录非水小分子 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 50mM Tris pH 7.5, 100mM NaCl, 5mM MgCl2, 2mM ATP；pH 7.5；50mM Tris pH 7.5, 100mM NaCl, 5mM MgCl2, 2mM ATP
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 4.80 Å
3JCP Structure of yeast 26S proteasome in M2 state derived from Titan dataset 提交 2016-01-06 聚集状态不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 47 PDB 声明：47-meric
链 O 1–393（393 aa）
未记录 未记录非水小分子 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 50mM Tris pH 7.5, 100mM NaCl, 5mM MgCl2, 2mM ATP；pH 7.5；50mM Tris pH 7.5, 100mM NaCl, 5mM MgCl2, 2mM ATP
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 4.60 Å
4CR2 Deep classification of a large cryo-EM dataset defines the conformational landscape of the 26S proteasome 提交 2014-02-25 聚集状态不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 33 PDB 声明：33-meric
链 O 1–393（393 aa）
未记录 未记录非水小分子 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.1
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE；VITRIFICATION 1 -- CRYOGEN- ETHANE, INSTRUMENT- HOMEMADE PLUNGER,
分辨率 7.70 Å
4CR3 Deep classification of a large cryo-EM dataset defines the conformational landscape of the 26S proteasome 提交 2014-02-25 聚集状态不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 33 PDB 声明：33-meric
链 O 1–393（393 aa）
未记录 未记录非水小分子 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.1
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE；VITRIFICATION 1 -- CRYOGEN- ETHANE, INSTRUMENT- HOMEMADE PLUNGER,
分辨率 9.30 Å
4CR4 Deep classification of a large cryo-EM dataset defines the conformational landscape of the 26S proteasome 提交 2014-02-25 聚集状态不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 33 PDB 声明：33-meric
链 O 1–393（393 aa）
未记录 未记录非水小分子 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.1
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE；VITRIFICATION 1 -- CRYOGEN- ETHANE, INSTRUMENT- HOMEMADE PLUNGER,
分辨率 8.80 Å
5A5B Structure of the 26S proteasome-Ubp6 complex 提交 2015-06-17 聚集状态不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 35 PDB 声明：35-meric
链 O 1–393（393 aa）
未记录 未记录非水小分子 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE；VITRIFICATION 1 -- CRYOGEN- ETHANE, INSTRUMENT- HOMEMADE PLUNGER,
分辨率 9.50 Å
5MPB 26S proteasome in presence of AMP-PNP (s3) 提交 2016-12-16 聚集状态不同 配体/离子不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 47 PDB 声明：47-meric
链 O 1–393（393 aa）
未记录 ANP PHOSPHOAMINOPHOSPHONIC ACID-ADENYLATE ESTER × 5 MG MAGNESIUM ION × 6 ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.4
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE-PROPANE
分辨率 7.80 Å
5MPC 26S proteasome in presence of BeFx (s4) 提交 2016-12-16 聚集状态不同 配体/离子不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 48 PDB 声明：48-meric
链 O 1–393（393 aa）
未记录 ATP ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 4 MG MAGNESIUM ION × 6 ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 2 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.4
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE-PROPANE
分辨率 7.70 Å
5MPE 26S proteasome in presence of ATP (s2) 提交 2016-12-16 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 13 PDB 声明：tridecameric
链 O 1–393（393 aa）
未记录 未记录非水小分子 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.4
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE-PROPANE
分辨率 4.50 Å
5MPE 26S proteasome in presence of ATP (s2) 提交 2016-12-16 聚集状态不同 结构质量不同 Assembly 2 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 12 PDB 声明：dodecameric
链 O 1–393（393 aa）
未记录 未记录非水小分子 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.4
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE-PROPANE
分辨率 4.50 Å
5WVI The resting state of yeast proteasome 提交 2016-12-25 聚集状态不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 47 PDB 声明：47-meric
链 O 1–393（393 aa）
未记录 未记录非水小分子 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 6.30 Å
5WVK Yeast proteasome-ADP-AlFx 提交 2016-12-25 聚集状态不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 47 PDB 声明：47-meric
链 O 1–393（393 aa）
未记录 未记录非水小分子 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 4.20 Å
6FVT 26S proteasome, s1 state 提交 2018-03-05 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 47 PDB 声明：47-meric
链 O 6–393（388 aa）
未记录 ATP ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 5 MG MAGNESIUM ION × 6 ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.4
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE-PROPANE
分辨率 4.10 Å
6FVU 26S proteasome, s2 state 提交 2018-03-05 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 47 PDB 声明：47-meric
链 O 6–393（388 aa）
未记录 ATP ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 5 MG MAGNESIUM ION × 6 ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.4
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE-PROPANE
分辨率 4.50 Å
6FVV 26S proteasome, s3 state 提交 2018-03-05 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 47 PDB 声明：47-meric
链 O 6–393（388 aa）
未记录 ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 2 MG MAGNESIUM ION × 6 ATP ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 4 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.4
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE-PROPANE
分辨率 5.40 Å
6FVW 26S proteasome, s4 state 提交 2018-03-05 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 47 PDB 声明：47-meric
链 O 6–393（388 aa）
未记录 ATP ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 4 MG MAGNESIUM ION × 6 ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 2 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.4
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE-PROPANE
分辨率 4.50 Å
6FVX 26S proteasome, s5 state 提交 2018-03-05 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 47 PDB 声明：47-meric
链 O 6–393（388 aa）
未记录 ATP ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 5 MG MAGNESIUM ION × 6 ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.4
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE-PROPANE
分辨率 4.90 Å
6FVY 26S proteasome, s6 state 提交 2018-03-05 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 47 PDB 声明：47-meric
链 O 6–393（388 aa）
未记录 ATP ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 4 MG MAGNESIUM ION × 6 ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 2 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.4
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE-PROPANE
分辨率 6.10 Å
6J2C Yeast proteasome in translocation competent state (C3-a) 提交 2019-01-01 聚集状态不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 47 PDB 声明：47-meric
链 O 1–393（393 aa）
未记录 未记录非水小分子 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 7.00 Å
6J2N yeast proteasome in substrate-processing state (C3-b) 提交 2019-01-02 聚集状态不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 47 PDB 声明：47-meric
链 O 1–393（393 aa）
未记录 未记录非水小分子 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 7.50 Å
6J2Q Yeast proteasome in Ub-accepted state (C1-b) 提交 2019-01-02 聚集状态不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 47 PDB 声明：47-meric
链 O 1–393（393 aa）
未记录 未记录非水小分子 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.80 Å
6J2X Yeast proteasome in resting state (C1-a) 提交 2019-01-03 聚集状态不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 47 PDB 声明：47-meric
链 O 1–393（393 aa）
未记录 未记录非水小分子 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.80 Å
6J30 yeast proteasome in Ub-engaged state (C2) 提交 2019-01-03 聚集状态不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 47 PDB 声明：47-meric
链 O 1–393（393 aa）
未记录 未记录非水小分子 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 4.50 Å
7QO3 Structure of the 26S proteasome-Ubp6 complex in the si state (Core Particle and Lid) 提交 2021-12-23 聚集状态不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 41 PDB 声明：41-meric
链 O 1–393（393 aa）
未记录 未记录非水小分子 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.4
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 6.10 Å
7QO5 26S proteasome Rpt1-RK -Ubp6-UbVS complex in the si state 提交 2021-12-23 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 49 PDB 声明：49-meric
链 O 1–393（393 aa）
未记录 ATP ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 5 MG MAGNESIUM ION × 6 ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.4
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 6.00 Å
7QO6 26S proteasome Rpt1-RK -Ubp6-UbVS complex in the s2 state 提交 2021-12-23 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 49 PDB 声明：49-meric
链 O 1–393（393 aa）
未记录 ATP ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 5 MG MAGNESIUM ION × 6 ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.4
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 6.30 Å
9CGC Yeast 26S proteasome non-substrate-engaged (S1 state) 提交 2024-06-28 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 39 PDB 声明：39-meric
链 O 1–393（393 aa）
未记录 MG MAGNESIUM ION × 5 ATP ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 5 ZN ZINC ION × 1 ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.4；30 mM HEPES pH7.4, 25 mM NaCl, 25 mM KCl, 3% (v/v) glycerol, 5 mM MgCl2 2 mM ATP and 0.5 mM TCEP, 0.02% NP-40.
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.61 Å
9IWR 26S proteasome trimer 提交 2024-07-25 聚集状态不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 47 PDB 声明：47-meric
链 O 1–393（393 aa）
未记录 未记录非水小分子 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 6.8；YPD buffer
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE-PROPANE
分辨率 9.10 Å

共 32 个其他 PDB 条目、33 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 RPN9_YEAST
Isoform —
PDB实体 13
链与序列区间 作者链 O； PDB构建体 1–393； UniProt 1–393

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。 链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

SAXS profile for 5mpd

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

P(r) distribution for 5mpd
下载 Download
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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id5mpd
沉积日期 deposition_date2016-12-16
结构标题 title26S proteasome in presence of ATP (s1)
关键词 keywordsMacromolecular complex, 26S proteasome, Protease, hydrolase; HYDROLASE
实验方法 methodELECTRON MICROSCOPY
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3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier73.85 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron73.63 Å
零角强度 I(0) i04551390000.00
分子量 molecular_weight582110.0 kDa
排除体积 excluded_volume733170 ų
包络体积 envelope_volume1331300 ų
水化壳体积 shell_volume152970 ų
包络直径 envelope_diameter237.3 Å
壳层 Rg shell_rg74.17 Å
包络 Rg envelope_rg69.41 Å
形状 Rg shape_rg73.64 Å
总 Rg total_rg73.62 Å
总原子数 total_atoms40974
残基数 n_residues5142
球谐函数阶数 n_harmonics20
q 范围 q_range— – 0.5000 Å−1
数据点数 n_points101
壳层类型 shell_typedirectional
溶剂电子密度 solvent_density0.3340 e/ų
壳层衬度 contrast_shell0.0300 e/ų
CRYSOL 版本 crysol_version4.1.3
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4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax253.2 Å
Rg (实空间) rg_real73.97 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error2.09 Å
I(0) (实空间) i0_real4.5540e+09
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error1.0320e+08
Rg (倒空间) rg_reciprocal74.48 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal4559000000.0000
解质量估计 total_estimate0.8837
解质量评级 solution_quality GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks2
主峰位置 r_peak_primary96.5 Å
偏度 Skewness skewness0.090
峰度 Kurtosis kurtosis-0.527
角度范围 angular_range— – 0.1050 Å−1
当前正则化参数 α current_alpha0.0808
最高正则化参数 α highest_alpha206600000.0000
实空间数据点数 n_real_points22
GNOM 版本 gnom_version4.1.3
质量判据 quality_criteria AN1: 0.000; Oscil: 0.865; Stabil: 0.999; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.968; Smooth: 0.921
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5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

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6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (13)

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8. 引用文献 (1)

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9. 文件与曲线 (10)