5oy0

Structure of synechocystis photosystem I trimer at 2.5A resolution

Method: X-RAY DIFFRACTION

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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Photosystem I P700 chlorophyll a apoprotein A1

物种未注明

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 33	Photosystem I P700 chlorophyll a apoprotein A2 × 2 （P29255） Photosystem I iron-sulfur center × 2 （P32422） Photosystem I reaction center subunit II × 2 （P19569） Photosystem I reaction center subunit IV × 2 （P12975） Photosystem I reaction center subunit III × 3 （P29256） Photosystem I reaction center subunit VIII × 2 （Q55330） Photosystem I reaction center subunit IX × 3 （Q55329） Photosystem I reaction center subunit PsaK 2 × 1 （P74564） Photosystem I reaction center subunit XI × 2 （P37277） Photosystem I reaction center subunit XII × 3 （P72986） Photosystem I P700 chlorophyll a apoprotein A2 × 1 （P29255） Photosystem I iron-sulfur center × 1 （P32422） Photosystem I reaction center subunit IV × 1 （P12975） Photosystem I reaction center subunit PsaK 2 × 1 （P74564） Photosystem I reaction center subunit II × 1 （P19569） Photosystem I reaction center subunit VIII × 1 （Q55330） Photosystem I reaction center subunit PsaK 2 × 1 （P74564） Photosystem I reaction center subunit XI × 1 （P37277） CHLOROPHYLL A × 285 PHYLLOQUINONE × 6 IRON/SULFUR CLUSTER × 9 BETA-CAROTENE × 58 1,2-DIPALMITOYL-PHOSPHATIDYL-GLYCEROLE × 27 1,2-DISTEAROYL-MONOGALACTOSYL-DIGLYCERIDE × 16 ACETATE ION × 4 beta,beta-carotene-4,4'-dione × 2 CHLORIDE ION × 3 beta,beta-caroten-4-one × 7 1,2-DI-O-ACYL-3-O-[6-DEOXY-6-SULFO-ALPHA-D-GLUCOPYRANOSYL]-SN-GLYCEROL × 7 CALCIUM ION × 6 MAGNESIUM ION × 2 ;(1R,2S)-4-{(1E,3E,5E,7E,9E,11E,13E,15E,17E)-18-[(4S)-4-hydroxy-2,6,6-trimethylcyclohex-1-en-1-yl]-3,7,12,16-tetramethyloctadeca-1,3,5,7,9,11,13,15,17-nonaen-1-yl}-2,5,5-trimethylcyclohex-3-en-1-ol ; × 4 DODECYL-BETA-D-MALTOSIDE × 5 (3'R)-3'-hydroxy-beta,beta-caroten-4-one × 1 DIGALACTOSYL DIACYL GLYCEROL (DGDG) × 1 water × 32	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

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UniProt名称	PSAA_SYNY3
Isoform	—
PDB实体	1, 16
链与序列区间	作者链 A； PDB构建体 1–751； UniProt 1–751 作者链 a； PDB构建体 1–751； UniProt 1–751 作者链 1； PDB构建体 1–744； UniProt 8–751

Photosystem I P700 chlorophyll a apoprotein A2

物种未注明

UniProt P29255

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 33	Photosystem I P700 chlorophyll a apoprotein A1 × 2 （P29254） Photosystem I iron-sulfur center × 2 （P32422） Photosystem I reaction center subunit II × 2 （P19569） Photosystem I reaction center subunit IV × 2 （P12975） Photosystem I reaction center subunit III × 3 （P29256） Photosystem I reaction center subunit VIII × 2 （Q55330） Photosystem I reaction center subunit IX × 3 （Q55329） Photosystem I reaction center subunit PsaK 2 × 1 （P74564） Photosystem I reaction center subunit XI × 2 （P37277） Photosystem I reaction center subunit XII × 3 （P72986） Photosystem I iron-sulfur center × 1 （P32422） Photosystem I reaction center subunit IV × 1 （P12975） Photosystem I reaction center subunit PsaK 2 × 1 （P74564） Photosystem I P700 chlorophyll a apoprotein A1 × 1 （P29254） Photosystem I reaction center subunit II × 1 （P19569） Photosystem I reaction center subunit VIII × 1 （Q55330） Photosystem I reaction center subunit PsaK 2 × 1 （P74564） Photosystem I reaction center subunit XI × 1 （P37277） CHLOROPHYLL A × 285 PHYLLOQUINONE × 6 IRON/SULFUR CLUSTER × 9 BETA-CAROTENE × 58 1,2-DIPALMITOYL-PHOSPHATIDYL-GLYCEROLE × 27 1,2-DISTEAROYL-MONOGALACTOSYL-DIGLYCERIDE × 16 ACETATE ION × 4 beta,beta-carotene-4,4'-dione × 2 CHLORIDE ION × 3 beta,beta-caroten-4-one × 7 1,2-DI-O-ACYL-3-O-[6-DEOXY-6-SULFO-ALPHA-D-GLUCOPYRANOSYL]-SN-GLYCEROL × 7 CALCIUM ION × 6 MAGNESIUM ION × 2 ;(1R,2S)-4-{(1E,3E,5E,7E,9E,11E,13E,15E,17E)-18-[(4S)-4-hydroxy-2,6,6-trimethylcyclohex-1-en-1-yl]-3,7,12,16-tetramethyloctadeca-1,3,5,7,9,11,13,15,17-nonaen-1-yl}-2,5,5-trimethylcyclohex-3-en-1-ol ; × 4 DODECYL-BETA-D-MALTOSIDE × 5 (3'R)-3'-hydroxy-beta,beta-caroten-4-one × 1 DIGALACTOSYL DIACYL GLYCEROL (DGDG) × 1 water × 32	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

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UniProt名称	PSAB_SYNY3
Isoform	—
PDB实体	2, 12
链与序列区间	作者链 2； PDB构建体 1–731； UniProt 1–731 作者链 B； PDB构建体 1–731； UniProt 1–731 作者链 b； PDB构建体 1–729； UniProt 3–731

Photosystem I iron-sulfur center

物种未注明

UniProt P32422

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 33	Photosystem I P700 chlorophyll a apoprotein A1 × 2 （P29254） Photosystem I P700 chlorophyll a apoprotein A2 × 2 （P29255） Photosystem I reaction center subunit II × 2 （P19569） Photosystem I reaction center subunit IV × 2 （P12975） Photosystem I reaction center subunit III × 3 （P29256） Photosystem I reaction center subunit VIII × 2 （Q55330） Photosystem I reaction center subunit IX × 3 （Q55329） Photosystem I reaction center subunit PsaK 2 × 1 （P74564） Photosystem I reaction center subunit XI × 2 （P37277） Photosystem I reaction center subunit XII × 3 （P72986） Photosystem I P700 chlorophyll a apoprotein A2 × 1 （P29255） Photosystem I reaction center subunit IV × 1 （P12975） Photosystem I reaction center subunit PsaK 2 × 1 （P74564） Photosystem I P700 chlorophyll a apoprotein A1 × 1 （P29254） Photosystem I reaction center subunit II × 1 （P19569） Photosystem I reaction center subunit VIII × 1 （Q55330） Photosystem I reaction center subunit PsaK 2 × 1 （P74564） Photosystem I reaction center subunit XI × 1 （P37277） CHLOROPHYLL A × 285 PHYLLOQUINONE × 6 IRON/SULFUR CLUSTER × 9 BETA-CAROTENE × 58 1,2-DIPALMITOYL-PHOSPHATIDYL-GLYCEROLE × 27 1,2-DISTEAROYL-MONOGALACTOSYL-DIGLYCERIDE × 16 ACETATE ION × 4 beta,beta-carotene-4,4'-dione × 2 CHLORIDE ION × 3 beta,beta-caroten-4-one × 7 1,2-DI-O-ACYL-3-O-[6-DEOXY-6-SULFO-ALPHA-D-GLUCOPYRANOSYL]-SN-GLYCEROL × 7 CALCIUM ION × 6 MAGNESIUM ION × 2 ;(1R,2S)-4-{(1E,3E,5E,7E,9E,11E,13E,15E,17E)-18-[(4S)-4-hydroxy-2,6,6-trimethylcyclohex-1-en-1-yl]-3,7,12,16-tetramethyloctadeca-1,3,5,7,9,11,13,15,17-nonaen-1-yl}-2,5,5-trimethylcyclohex-3-en-1-ol ; × 4 DODECYL-BETA-D-MALTOSIDE × 5 (3'R)-3'-hydroxy-beta,beta-caroten-4-one × 1 DIGALACTOSYL DIACYL GLYCEROL (DGDG) × 1 water × 32	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

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UniProt名称	PSAC_SYNY3
Isoform	—
PDB实体	3, 13
链与序列区间	作者链 3； PDB构建体 1–80； UniProt 2–81 作者链 C； PDB构建体 1–80； UniProt 2–81 作者链 c； PDB构建体 1–81； UniProt 1–81

Photosystem I reaction center subunit II

物种未注明

UniProt P19569

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 33	Photosystem I P700 chlorophyll a apoprotein A1 × 2 （P29254） Photosystem I P700 chlorophyll a apoprotein A2 × 2 （P29255） Photosystem I iron-sulfur center × 2 （P32422） Photosystem I reaction center subunit IV × 2 （P12975） Photosystem I reaction center subunit III × 3 （P29256） Photosystem I reaction center subunit VIII × 2 （Q55330） Photosystem I reaction center subunit IX × 3 （Q55329） Photosystem I reaction center subunit PsaK 2 × 1 （P74564） Photosystem I reaction center subunit XI × 2 （P37277） Photosystem I reaction center subunit XII × 3 （P72986） Photosystem I P700 chlorophyll a apoprotein A2 × 1 （P29255） Photosystem I iron-sulfur center × 1 （P32422） Photosystem I reaction center subunit IV × 1 （P12975） Photosystem I reaction center subunit PsaK 2 × 1 （P74564） Photosystem I P700 chlorophyll a apoprotein A1 × 1 （P29254） Photosystem I reaction center subunit VIII × 1 （Q55330） Photosystem I reaction center subunit PsaK 2 × 1 （P74564） Photosystem I reaction center subunit XI × 1 （P37277） CHLOROPHYLL A × 285 PHYLLOQUINONE × 6 IRON/SULFUR CLUSTER × 9 BETA-CAROTENE × 58 1,2-DIPALMITOYL-PHOSPHATIDYL-GLYCEROLE × 27 1,2-DISTEAROYL-MONOGALACTOSYL-DIGLYCERIDE × 16 ACETATE ION × 4 beta,beta-carotene-4,4'-dione × 2 CHLORIDE ION × 3 beta,beta-caroten-4-one × 7 1,2-DI-O-ACYL-3-O-[6-DEOXY-6-SULFO-ALPHA-D-GLUCOPYRANOSYL]-SN-GLYCEROL × 7 CALCIUM ION × 6 MAGNESIUM ION × 2 ;(1R,2S)-4-{(1E,3E,5E,7E,9E,11E,13E,15E,17E)-18-[(4S)-4-hydroxy-2,6,6-trimethylcyclohex-1-en-1-yl]-3,7,12,16-tetramethyloctadeca-1,3,5,7,9,11,13,15,17-nonaen-1-yl}-2,5,5-trimethylcyclohex-3-en-1-ol ; × 4 DODECYL-BETA-D-MALTOSIDE × 5 (3'R)-3'-hydroxy-beta,beta-caroten-4-one × 1 DIGALACTOSYL DIACYL GLYCEROL (DGDG) × 1 water × 32	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

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UniProt名称	PSAD_SYNY3
Isoform	—
PDB实体	4, 17
链与序列区间	作者链 D； PDB构建体 1–141； UniProt 1–141 作者链 d； PDB构建体 1–141； UniProt 1–141 作者链 4； PDB构建体 1–140； UniProt 2–141

Photosystem I reaction center subunit IV

物种未注明

UniProt P12975

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 33	Photosystem I P700 chlorophyll a apoprotein A1 × 2 （P29254） Photosystem I P700 chlorophyll a apoprotein A2 × 2 （P29255） Photosystem I iron-sulfur center × 2 （P32422） Photosystem I reaction center subunit II × 2 （P19569） Photosystem I reaction center subunit III × 3 （P29256） Photosystem I reaction center subunit VIII × 2 （Q55330） Photosystem I reaction center subunit IX × 3 （Q55329） Photosystem I reaction center subunit PsaK 2 × 1 （P74564） Photosystem I reaction center subunit XI × 2 （P37277） Photosystem I reaction center subunit XII × 3 （P72986） Photosystem I P700 chlorophyll a apoprotein A2 × 1 （P29255） Photosystem I iron-sulfur center × 1 （P32422） Photosystem I reaction center subunit PsaK 2 × 1 （P74564） Photosystem I P700 chlorophyll a apoprotein A1 × 1 （P29254） Photosystem I reaction center subunit II × 1 （P19569） Photosystem I reaction center subunit VIII × 1 （Q55330） Photosystem I reaction center subunit PsaK 2 × 1 （P74564） Photosystem I reaction center subunit XI × 1 （P37277） CHLOROPHYLL A × 285 PHYLLOQUINONE × 6 IRON/SULFUR CLUSTER × 9 BETA-CAROTENE × 58 1,2-DIPALMITOYL-PHOSPHATIDYL-GLYCEROLE × 27 1,2-DISTEAROYL-MONOGALACTOSYL-DIGLYCERIDE × 16 ACETATE ION × 4 beta,beta-carotene-4,4'-dione × 2 CHLORIDE ION × 3 beta,beta-caroten-4-one × 7 1,2-DI-O-ACYL-3-O-[6-DEOXY-6-SULFO-ALPHA-D-GLUCOPYRANOSYL]-SN-GLYCEROL × 7 CALCIUM ION × 6 MAGNESIUM ION × 2 ;(1R,2S)-4-{(1E,3E,5E,7E,9E,11E,13E,15E,17E)-18-[(4S)-4-hydroxy-2,6,6-trimethylcyclohex-1-en-1-yl]-3,7,12,16-tetramethyloctadeca-1,3,5,7,9,11,13,15,17-nonaen-1-yl}-2,5,5-trimethylcyclohex-3-en-1-ol ; × 4 DODECYL-BETA-D-MALTOSIDE × 5 (3'R)-3'-hydroxy-beta,beta-caroten-4-one × 1 DIGALACTOSYL DIACYL GLYCEROL (DGDG) × 1 water × 32	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

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UniProt名称	PSAE_SYNY3
Isoform	—
PDB实体	5, 14
链与序列区间	作者链 5； PDB构建体 1–69； UniProt 2–70 作者链 E； PDB构建体 1–69； UniProt 2–70 作者链 e； PDB构建体 1–68； UniProt 2–69

Photosystem I reaction center subunit III

物种未注明

UniProt P29256

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 33	Photosystem I P700 chlorophyll a apoprotein A1 × 2 （P29254） Photosystem I P700 chlorophyll a apoprotein A2 × 2 （P29255） Photosystem I iron-sulfur center × 2 （P32422） Photosystem I reaction center subunit II × 2 （P19569） Photosystem I reaction center subunit IV × 2 （P12975） Photosystem I reaction center subunit VIII × 2 （Q55330） Photosystem I reaction center subunit IX × 3 （Q55329） Photosystem I reaction center subunit PsaK 2 × 1 （P74564） Photosystem I reaction center subunit XI × 2 （P37277） Photosystem I reaction center subunit XII × 3 （P72986） Photosystem I P700 chlorophyll a apoprotein A2 × 1 （P29255） Photosystem I iron-sulfur center × 1 （P32422） Photosystem I reaction center subunit IV × 1 （P12975） Photosystem I reaction center subunit PsaK 2 × 1 （P74564） Photosystem I P700 chlorophyll a apoprotein A1 × 1 （P29254） Photosystem I reaction center subunit II × 1 （P19569） Photosystem I reaction center subunit VIII × 1 （Q55330） Photosystem I reaction center subunit PsaK 2 × 1 （P74564） Photosystem I reaction center subunit XI × 1 （P37277） CHLOROPHYLL A × 285 PHYLLOQUINONE × 6 IRON/SULFUR CLUSTER × 9 BETA-CAROTENE × 58 1,2-DIPALMITOYL-PHOSPHATIDYL-GLYCEROLE × 27 1,2-DISTEAROYL-MONOGALACTOSYL-DIGLYCERIDE × 16 ACETATE ION × 4 beta,beta-carotene-4,4'-dione × 2 CHLORIDE ION × 3 beta,beta-caroten-4-one × 7 1,2-DI-O-ACYL-3-O-[6-DEOXY-6-SULFO-ALPHA-D-GLUCOPYRANOSYL]-SN-GLYCEROL × 7 CALCIUM ION × 6 MAGNESIUM ION × 2 ;(1R,2S)-4-{(1E,3E,5E,7E,9E,11E,13E,15E,17E)-18-[(4S)-4-hydroxy-2,6,6-trimethylcyclohex-1-en-1-yl]-3,7,12,16-tetramethyloctadeca-1,3,5,7,9,11,13,15,17-nonaen-1-yl}-2,5,5-trimethylcyclohex-3-en-1-ol ; × 4 DODECYL-BETA-D-MALTOSIDE × 5 (3'R)-3'-hydroxy-beta,beta-caroten-4-one × 1 DIGALACTOSYL DIACYL GLYCEROL (DGDG) × 1 water × 32	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

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UniProt名称	PSAF_SYNY3
Isoform	—
PDB实体	6
链与序列区间	作者链 6； PDB构建体 1–143； UniProt 23–165 作者链 F； PDB构建体 1–143； UniProt 23–165 作者链 f； PDB构建体 1–143； UniProt 23–165

Photosystem I reaction center subunit VIII

物种未注明

UniProt Q55330

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 33	Photosystem I P700 chlorophyll a apoprotein A1 × 2 （P29254） Photosystem I P700 chlorophyll a apoprotein A2 × 2 （P29255） Photosystem I iron-sulfur center × 2 （P32422） Photosystem I reaction center subunit II × 2 （P19569） Photosystem I reaction center subunit IV × 2 （P12975） Photosystem I reaction center subunit III × 3 （P29256） Photosystem I reaction center subunit IX × 3 （Q55329） Photosystem I reaction center subunit PsaK 2 × 1 （P74564） Photosystem I reaction center subunit XI × 2 （P37277） Photosystem I reaction center subunit XII × 3 （P72986） Photosystem I P700 chlorophyll a apoprotein A2 × 1 （P29255） Photosystem I iron-sulfur center × 1 （P32422） Photosystem I reaction center subunit IV × 1 （P12975） Photosystem I reaction center subunit PsaK 2 × 1 （P74564） Photosystem I P700 chlorophyll a apoprotein A1 × 1 （P29254） Photosystem I reaction center subunit II × 1 （P19569） Photosystem I reaction center subunit PsaK 2 × 1 （P74564） Photosystem I reaction center subunit XI × 1 （P37277） CHLOROPHYLL A × 285 PHYLLOQUINONE × 6 IRON/SULFUR CLUSTER × 9 BETA-CAROTENE × 58 1,2-DIPALMITOYL-PHOSPHATIDYL-GLYCEROLE × 27 1,2-DISTEAROYL-MONOGALACTOSYL-DIGLYCERIDE × 16 ACETATE ION × 4 beta,beta-carotene-4,4'-dione × 2 CHLORIDE ION × 3 beta,beta-caroten-4-one × 7 1,2-DI-O-ACYL-3-O-[6-DEOXY-6-SULFO-ALPHA-D-GLUCOPYRANOSYL]-SN-GLYCEROL × 7 CALCIUM ION × 6 MAGNESIUM ION × 2 ;(1R,2S)-4-{(1E,3E,5E,7E,9E,11E,13E,15E,17E)-18-[(4S)-4-hydroxy-2,6,6-trimethylcyclohex-1-en-1-yl]-3,7,12,16-tetramethyloctadeca-1,3,5,7,9,11,13,15,17-nonaen-1-yl}-2,5,5-trimethylcyclohex-3-en-1-ol ; × 4 DODECYL-BETA-D-MALTOSIDE × 5 (3'R)-3'-hydroxy-beta,beta-caroten-4-one × 1 DIGALACTOSYL DIACYL GLYCEROL (DGDG) × 1 water × 32	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

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UniProt名称	PSAI_SYNY3
Isoform	—
PDB实体	7, 18
链与序列区间	作者链 I； PDB构建体 1–40； UniProt 1–40 作者链 i； PDB构建体 1–40； UniProt 1–40 作者链 h； PDB构建体 1–38； UniProt 1–38

Photosystem I reaction center subunit IX

物种未注明

UniProt Q55329

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 33	Photosystem I P700 chlorophyll a apoprotein A1 × 2 （P29254） Photosystem I P700 chlorophyll a apoprotein A2 × 2 （P29255） Photosystem I iron-sulfur center × 2 （P32422） Photosystem I reaction center subunit II × 2 （P19569） Photosystem I reaction center subunit IV × 2 （P12975） Photosystem I reaction center subunit III × 3 （P29256） Photosystem I reaction center subunit VIII × 2 （Q55330） Photosystem I reaction center subunit PsaK 2 × 1 （P74564） Photosystem I reaction center subunit XI × 2 （P37277） Photosystem I reaction center subunit XII × 3 （P72986） Photosystem I P700 chlorophyll a apoprotein A2 × 1 （P29255） Photosystem I iron-sulfur center × 1 （P32422） Photosystem I reaction center subunit IV × 1 （P12975） Photosystem I reaction center subunit PsaK 2 × 1 （P74564） Photosystem I P700 chlorophyll a apoprotein A1 × 1 （P29254） Photosystem I reaction center subunit II × 1 （P19569） Photosystem I reaction center subunit VIII × 1 （Q55330） Photosystem I reaction center subunit PsaK 2 × 1 （P74564） Photosystem I reaction center subunit XI × 1 （P37277） CHLOROPHYLL A × 285 PHYLLOQUINONE × 6 IRON/SULFUR CLUSTER × 9 BETA-CAROTENE × 58 1,2-DIPALMITOYL-PHOSPHATIDYL-GLYCEROLE × 27 1,2-DISTEAROYL-MONOGALACTOSYL-DIGLYCERIDE × 16 ACETATE ION × 4 beta,beta-carotene-4,4'-dione × 2 CHLORIDE ION × 3 beta,beta-caroten-4-one × 7 1,2-DI-O-ACYL-3-O-[6-DEOXY-6-SULFO-ALPHA-D-GLUCOPYRANOSYL]-SN-GLYCEROL × 7 CALCIUM ION × 6 MAGNESIUM ION × 2 ;(1R,2S)-4-{(1E,3E,5E,7E,9E,11E,13E,15E,17E)-18-[(4S)-4-hydroxy-2,6,6-trimethylcyclohex-1-en-1-yl]-3,7,12,16-tetramethyloctadeca-1,3,5,7,9,11,13,15,17-nonaen-1-yl}-2,5,5-trimethylcyclohex-3-en-1-ol ; × 4 DODECYL-BETA-D-MALTOSIDE × 5 (3'R)-3'-hydroxy-beta,beta-caroten-4-one × 1 DIGALACTOSYL DIACYL GLYCEROL (DGDG) × 1 water × 32	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	PSAJ_SYNY3
Isoform	—
PDB实体	8
链与序列区间	作者链 7； PDB构建体 1–40； UniProt 1–40 作者链 J； PDB构建体 1–40； UniProt 1–40 作者链 j； PDB构建体 1–40； UniProt 1–40

Photosystem I reaction center subunit PsaK 2

物种未注明

UniProt P74564

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 33	Photosystem I P700 chlorophyll a apoprotein A1 × 2 （P29254） Photosystem I P700 chlorophyll a apoprotein A2 × 2 （P29255） Photosystem I iron-sulfur center × 2 （P32422） Photosystem I reaction center subunit II × 2 （P19569） Photosystem I reaction center subunit IV × 2 （P12975） Photosystem I reaction center subunit III × 3 （P29256） Photosystem I reaction center subunit VIII × 2 （Q55330） Photosystem I reaction center subunit IX × 3 （Q55329） Photosystem I reaction center subunit XI × 2 （P37277） Photosystem I reaction center subunit XII × 3 （P72986） Photosystem I P700 chlorophyll a apoprotein A2 × 1 （P29255） Photosystem I iron-sulfur center × 1 （P32422） Photosystem I reaction center subunit IV × 1 （P12975） Photosystem I P700 chlorophyll a apoprotein A1 × 1 （P29254） Photosystem I reaction center subunit II × 1 （P19569） Photosystem I reaction center subunit VIII × 1 （Q55330） Photosystem I reaction center subunit XI × 1 （P37277） CHLOROPHYLL A × 285 PHYLLOQUINONE × 6 IRON/SULFUR CLUSTER × 9 BETA-CAROTENE × 58 1,2-DIPALMITOYL-PHOSPHATIDYL-GLYCEROLE × 27 1,2-DISTEAROYL-MONOGALACTOSYL-DIGLYCERIDE × 16 ACETATE ION × 4 beta,beta-carotene-4,4'-dione × 2 CHLORIDE ION × 3 beta,beta-caroten-4-one × 7 1,2-DI-O-ACYL-3-O-[6-DEOXY-6-SULFO-ALPHA-D-GLUCOPYRANOSYL]-SN-GLYCEROL × 7 CALCIUM ION × 6 MAGNESIUM ION × 2 ;(1R,2S)-4-{(1E,3E,5E,7E,9E,11E,13E,15E,17E)-18-[(4S)-4-hydroxy-2,6,6-trimethylcyclohex-1-en-1-yl]-3,7,12,16-tetramethyloctadeca-1,3,5,7,9,11,13,15,17-nonaen-1-yl}-2,5,5-trimethylcyclohex-3-en-1-ol ; × 4 DODECYL-BETA-D-MALTOSIDE × 5 (3'R)-3'-hydroxy-beta,beta-caroten-4-one × 1 DIGALACTOSYL DIACYL GLYCEROL (DGDG) × 1 water × 32	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

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UniProt名称	PSAK2_SYNY3
Isoform	—
PDB实体	9, 15, 19
链与序列区间	作者链 K； PDB构建体 1–80； UniProt 8–87 作者链 k； PDB构建体 1–78； UniProt 9–86 作者链 8； PDB构建体 1–79； UniProt 9–87

Photosystem I reaction center subunit XI

物种未注明

UniProt P37277

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 33	Photosystem I P700 chlorophyll a apoprotein A1 × 2 （P29254） Photosystem I P700 chlorophyll a apoprotein A2 × 2 （P29255） Photosystem I iron-sulfur center × 2 （P32422） Photosystem I reaction center subunit II × 2 （P19569） Photosystem I reaction center subunit IV × 2 （P12975） Photosystem I reaction center subunit III × 3 （P29256） Photosystem I reaction center subunit VIII × 2 （Q55330） Photosystem I reaction center subunit IX × 3 （Q55329） Photosystem I reaction center subunit PsaK 2 × 1 （P74564） Photosystem I reaction center subunit XII × 3 （P72986） Photosystem I P700 chlorophyll a apoprotein A2 × 1 （P29255） Photosystem I iron-sulfur center × 1 （P32422） Photosystem I reaction center subunit IV × 1 （P12975） Photosystem I reaction center subunit PsaK 2 × 1 （P74564） Photosystem I P700 chlorophyll a apoprotein A1 × 1 （P29254） Photosystem I reaction center subunit II × 1 （P19569） Photosystem I reaction center subunit VIII × 1 （Q55330） Photosystem I reaction center subunit PsaK 2 × 1 （P74564） CHLOROPHYLL A × 285 PHYLLOQUINONE × 6 IRON/SULFUR CLUSTER × 9 BETA-CAROTENE × 58 1,2-DIPALMITOYL-PHOSPHATIDYL-GLYCEROLE × 27 1,2-DISTEAROYL-MONOGALACTOSYL-DIGLYCERIDE × 16 ACETATE ION × 4 beta,beta-carotene-4,4'-dione × 2 CHLORIDE ION × 3 beta,beta-caroten-4-one × 7 1,2-DI-O-ACYL-3-O-[6-DEOXY-6-SULFO-ALPHA-D-GLUCOPYRANOSYL]-SN-GLYCEROL × 7 CALCIUM ION × 6 MAGNESIUM ION × 2 ;(1R,2S)-4-{(1E,3E,5E,7E,9E,11E,13E,15E,17E)-18-[(4S)-4-hydroxy-2,6,6-trimethylcyclohex-1-en-1-yl]-3,7,12,16-tetramethyloctadeca-1,3,5,7,9,11,13,15,17-nonaen-1-yl}-2,5,5-trimethylcyclohex-3-en-1-ol ; × 4 DODECYL-BETA-D-MALTOSIDE × 5 (3'R)-3'-hydroxy-beta,beta-caroten-4-one × 1 DIGALACTOSYL DIACYL GLYCEROL (DGDG) × 1 water × 32	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

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UniProt名称	PSAL_SYNY3
Isoform	—
PDB实体	10, 20
链与序列区间	作者链 L； PDB构建体 1–157； UniProt 1–157 作者链 l； PDB构建体 1–157； UniProt 1–157 作者链 0； PDB构建体 1–154； UniProt 4–157

Photosystem I reaction center subunit XII

物种未注明

UniProt P72986

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 33	Photosystem I P700 chlorophyll a apoprotein A1 × 2 （P29254） Photosystem I P700 chlorophyll a apoprotein A2 × 2 （P29255） Photosystem I iron-sulfur center × 2 （P32422） Photosystem I reaction center subunit II × 2 （P19569） Photosystem I reaction center subunit IV × 2 （P12975） Photosystem I reaction center subunit III × 3 （P29256） Photosystem I reaction center subunit VIII × 2 （Q55330） Photosystem I reaction center subunit IX × 3 （Q55329） Photosystem I reaction center subunit PsaK 2 × 1 （P74564） Photosystem I reaction center subunit XI × 2 （P37277） Photosystem I P700 chlorophyll a apoprotein A2 × 1 （P29255） Photosystem I iron-sulfur center × 1 （P32422） Photosystem I reaction center subunit IV × 1 （P12975） Photosystem I reaction center subunit PsaK 2 × 1 （P74564） Photosystem I P700 chlorophyll a apoprotein A1 × 1 （P29254） Photosystem I reaction center subunit II × 1 （P19569） Photosystem I reaction center subunit VIII × 1 （Q55330） Photosystem I reaction center subunit PsaK 2 × 1 （P74564） Photosystem I reaction center subunit XI × 1 （P37277） CHLOROPHYLL A × 285 PHYLLOQUINONE × 6 IRON/SULFUR CLUSTER × 9 BETA-CAROTENE × 58 1,2-DIPALMITOYL-PHOSPHATIDYL-GLYCEROLE × 27 1,2-DISTEAROYL-MONOGALACTOSYL-DIGLYCERIDE × 16 ACETATE ION × 4 beta,beta-carotene-4,4'-dione × 2 CHLORIDE ION × 3 beta,beta-caroten-4-one × 7 1,2-DI-O-ACYL-3-O-[6-DEOXY-6-SULFO-ALPHA-D-GLUCOPYRANOSYL]-SN-GLYCEROL × 7 CALCIUM ION × 6 MAGNESIUM ION × 2 ;(1R,2S)-4-{(1E,3E,5E,7E,9E,11E,13E,15E,17E)-18-[(4S)-4-hydroxy-2,6,6-trimethylcyclohex-1-en-1-yl]-3,7,12,16-tetramethyloctadeca-1,3,5,7,9,11,13,15,17-nonaen-1-yl}-2,5,5-trimethylcyclohex-3-en-1-ol ; × 4 DODECYL-BETA-D-MALTOSIDE × 5 (3'R)-3'-hydroxy-beta,beta-caroten-4-one × 1 DIGALACTOSYL DIACYL GLYCEROL (DGDG) × 1 water × 32	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	PSAM_SYNY3
Isoform	—
PDB实体	11
链与序列区间	作者链 9； PDB构建体 1–31； UniProt 1–31 作者链 M； PDB构建体 1–31； UniProt 1–31 作者链 m； PDB构建体 1–31； UniProt 1–31

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	5oy0
沉积日期 deposition_date	2017-09-07
结构标题 title	Structure of synechocystis photosystem I trimer at 2.5A resolution
关键词 keywords	photosystem I, reaction center, photosynthesis, cyanobacteria, electron transfer chain, synechocystis; PHOTOSYNTHESIS
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

页面只读取最新 assembly 计算结果。每一条曲线都对应明确的 PDB、official biological assembly 和 coordinate model。

5oy0__assembly_1__model_1

Assembly 1 · Model 1 · CRYSOL 4.1.3-1-20251215 (887e7ef)

下载该曲线 .dat

5oy0__assembly_1__model_1 | I(q)

100 个绘图点；横轴和纵轴均采用对数尺度。

5oy0__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

P(r) 将按相同 assembly/model 分别计算和展示。

Rg（Guinier）	68.49 Å
Rg（电子密度）	68.16 Å
总 Rg	68.17 Å
原子数	76222
残基数	6771
排除体积	1440300 Å³
最大 q	0.500 Å⁻¹

Assembly	Model	结构单元	聚集说明	状态	CRYSOL	操作
1	1	`5oy0__assembly_1__model_1`	33-meric （33）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载

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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (38)

实体 1 Entity 1 polymer

描述 description	Photosystem I P700 chlorophyll a apoprotein A1
分子量 formula_weight	83036.4 kDa
EC 编号 ec_number	1.97.1.12
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	2

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A,a
原子数 atom_count	77117

MTISPPEREAKAKVSVDNNPVPTSFEKWGKPGHFDRTLARGPKTTTWIWNLHANAHDFDSQTSDLEDVSRKIFSAHFGHLAVVFVWLSGMYFHGAKFSNYEGWLADPTHIKPSAQVVWPIVGQGILNGDVGGGFHGIQITSGLFYLWRASGFTDSYQLYCTAIGGLVMAALMLFAGWFHYHVKAPKLEWFQNVESMMNHHLAGLLGLGSLGWAGHQIHVSMPINKLLDAGVAPKDIPLPHEFILEPSKMAELYPSFAQGLTPFFTLNWGVYSDFLTFKGGLNPVTGGLWLSDTAHHHLAIAVLFIIAGHMYRTNWGIGHSMKEILEAHKGPFTGEGHKGLYEILTTSWHAQLAINLALLGSLTIIVAQHMYAMPPYPYQAIDYATQLSLFTHHMWIGGFLIVGAGAHGAIFMVRDYDPAKNVNNLLDRMLRHRDAIISHLNWVCIFLGFHSFGLYIHNDTMRALGRPQDMFSDTAIQLQPIFAQWVQHLHTLAPGATAPNALATASYAFGGETIAVAGKVAMMPITLGTADFMVHHIHAFTIHVTALILLKGVLYARSSRLVPDKANLGFRFPCDGPGRGGTCQVSGWDHVFLGLFWMYNSLSIVIFHFSWKMQSDVWGTVSPDGSVTHVTLGNFAQSAITINGWLRDFLWAQAANVINSYGSALSAYGIMFLAGHFVFAFSLMFLFSGRGYWQELIESIVWAHNKLNVAPAIQPRALSIIQGRAVGVAHYLLGGIVTTWAFFLARSLSIG

实体 2 Entity 2 polymer

描述 description	Photosystem I P700 chlorophyll a apoprotein A2
分子量 formula_weight	81369.5 kDa
EC 编号 ec_number	1.97.1.12
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	2

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	B,2

MATKFPKFSQDLAQDPTTRRIWYGIATAHDFETHDGMTEENLYQKIFASHFGHIAIIFLWTSGTLFHVAWQGNFEQWIKDPLNIRPIAHAIWDPHFGEGAVNAFTQAGASNPVNIAYSGVYHWFYTIGMTTNQELYSGAVFLLVLASLFLFAGWLHLQPKFRPSLAWFKNAESRLNHHLAGLFGVSSLAWAGHLVHVAIPEARGQHVGWDNFLSTPPHPAGLMPFFTGNWGVYAADPDTAGHIFGTSEGAGTAILTFLGGFHPQTESLWLTDIAHHHLAIAVIFIIAGHMYRTNWGIGHSIKEILNAHKGPLTGAGHTNLYDTINNSLHFQLGLALASLGVITSLVAQHMYSLPSYAFIAQDHTTQAALYTHHQYIAGFLMVGAFAHGAIFFVRDYDPVANKDNVLARMLEHKEALISHLSWVSLFLGFHTLGLYVHNDVVVAFGTPEKQILIEPVFAQWIQATSGKALYGFDVLLSNPDSIASTTGAAWLPGWLDAINSGTNSLFLTIGPGDFLVHHAIALGLHTTALILIKGALDARGSKLMPDKKDFGYSFPCDGPGRGGTCDISAWDAFYLAMFWMLNTLGWLTFYWHWKHLGVWSGNVAQFNENSTYLMGWFRDYLWANSAQLINGYNPYGVNNLSVWAWMFLFGHLVWATGFMFLISWRGYWQELIETIVWAHERTPLANLVRWKDKPVALSIVQARLVGLAHFTVGYVLTYAAFLIASTAGKFG

实体 3 Entity 3 polymer

描述 description	Photosystem I iron-sulfur center
分子量 formula_weight	8706.1 kDa
EC 编号 ec_number	1.97.1.12
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	2

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	C,3

SHSVKIYDTCIGCTQCVRACPLDVLEMVPWDGCKAAQIASSPRTEDCVGCKRCETACPTDFLSIRVYLGAETTRSMGLAY

实体 4 Entity 4 polymer

描述 description	Photosystem I reaction center subunit II
分子量 formula_weight	15663.7 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	2

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	D,d

MTELSGQPPKFGGSTGGLLSKANREEKYAITWTSASEQVFEMPTGGAAIMNEGENLLYLARKEQCLALGTQLRTKFKPKIQDYKIYRVYPSGEVQYLHPADGVFPEKVNEGREAQGTKTRRIGQNPEPVTIKFSGKAPYEV

实体 5 Entity 5 polymer

描述 description	Photosystem I reaction center subunit IV
分子量 formula_weight	7680.5 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	2

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	E,5

ALNRGDKVRIKRTESYWYGDVGTVASVEKSGILYPVIVRFDRVNYNGFSGSASGVNTNNFAENELELVQ

实体 6 Entity 6 polymer

描述 description	Photosystem I reaction center subunit III
分子量 formula_weight	15791.1 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	3

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	F,f,6

ADDFANLTPCSENPAYLAKSKNFLNTTNDPNSGKIRAERYASALCGPEGYPHLIVDGRFTHAGDFLIPSILFLYIAGWIGWVGRSYLIEIRESKNPEMQEVVINVPLAIKKMLGGFLWPLAAVGEYTSGKLVMKDSEIPTSPR

实体 7 Entity 7 polymer

描述 description	Photosystem I reaction center subunit VIII
分子量 formula_weight	4414.1 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	2

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	I,i

MDGSYAASYLPWILIPMVGWLFPAVTMGLLFIHIESEGEG

实体 8 Entity 8 polymer

描述 description	Photosystem I reaction center subunit IX
分子量 formula_weight	4535.4 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	3

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	J,j,7

MDGLKSFLSTAPVMIMALLTFTAGILIEFNRFYPDLLFHP

实体 9 Entity 9 polymer

描述 description	Photosystem I reaction center subunit PsaK 2
分子量 formula_weight	8237.8 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	K

LAQASPTTAGWSLSVGIIMCLCNVFAFVIGYFAIQKTGKGKDLALPQLASKKTFGLPELLATMSFGHILGAGMVLGLASS

实体 10 Entity 10 polymer

描述 description	Photosystem I reaction center subunit XI
分子量 formula_weight	16631.8 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	2

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	L,l

MAESNQVVQAYNGDPFVGHLSTPISDSAFTRTFIGNLPAYRKGLSPILRGLEVGMAHGYFLIGPWTLLGPLRDSEYQYIGGLIGALALILVATAALSSYGLVTFQGEQGSGDTLQTADGWSQFAAGFFVGGMGGAFVAYFLLENLSVVDGIFRGLFN

实体 11 Entity 11 polymer

描述 description	Photosystem I reaction center subunit XII
分子量 formula_weight	3382.1 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	3

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	M,m,9

MALSDTQILAALVVALLPAFLAFRLSTELYK

实体 12 Entity 12 polymer

描述 description	Photosystem I P700 chlorophyll a apoprotein A2
分子量 formula_weight	81167.3 kDa
EC 编号 ec_number	1.97.1.12
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	b

TKFPKFSQDLAQDPTTRRIWYGIATAHDFETHDGMTEENLYQKIFASHFGHIAIIFLWTSGTLFHVAWQGNFEQWIKDPLNIRPIAHAIWDPHFGEGAVNAFTQAGASNPVNIAYSGVYHWFYTIGMTTNQELYSGAVFLLVLASLFLFAGWLHLQPKFRPSLAWFKNAESRLNHHLAGLFGVSSLAWAGHLVHVAIPEARGQHVGWDNFLSTPPHPAGLMPFFTGNWGVYAADPDTAGHIFGTSEGAGTAILTFLGGFHPQTESLWLTDIAHHHLAIAVIFIIAGHMYRTNWGIGHSIKEILNAHKGPLTGAGHTNLYDTINNSLHFQLGLALASLGVITSLVAQHMYSLPSYAFIAQDHTTQAALYTHHQYIAGFLMVGAFAHGAIFFVRDYDPVANKDNVLARMLEHKEALISHLSWVSLFLGFHTLGLYVHNDVVVAFGTPEKQILIEPVFAQWIQATSGKALYGFDVLLSNPDSIASTTGAAWLPGWLDAINSGTNSLFLTIGPGDFLVHHAIALGLHTTALILIKGALDARGSKLMPDKKDFGYSFPCDGPGRGGTCDISAWDAFYLAMFWMLNTLGWLTFYWHWKHLGVWSGNVAQFNENSTYLMGWFRDYLWANSAQLINGYNPYGVNNLSVWAWMFLFGHLVWATGFMFLISWRGYWQELIETIVWAHERTPLANLVRWKDKPVALSIVQARLVGLAHFTVGYVLTYAAFLIASTAGKFG

实体 13 Entity 13 polymer

描述 description	Photosystem I iron-sulfur center
分子量 formula_weight	8837.3 kDa
EC 编号 ec_number	1.97.1.12
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	c

MSHSVKIYDTCIGCTQCVRACPLDVLEMVPWDGCKAAQIASSPRTEDCVGCKRCETACPTDFLSIRVYLGAETTRSMGLAY

实体 14 Entity 14 polymer

描述 description	Photosystem I reaction center subunit IV
分子量 formula_weight	7552.4 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	e

ALNRGDKVRIKRTESYWYGDVGTVASVEKSGILYPVIVRFDRVNYNGFSGSASGVNTNNFAENELELV

实体 15 Entity 15 polymer

描述 description	Photosystem I reaction center subunit PsaK 2
分子量 formula_weight	8037.5 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	k

AQASPTTAGWSLSVGIIMCLCNVFAFVIGYFAIQKTGKGKDLALPQLASKKTFGLPELLATMSFGHILGAGMVLGLAS

实体 16 Entity 16 polymer

描述 description	Photosystem I P700 chlorophyll a apoprotein A1
分子量 formula_weight	82280.5 kDa
EC 编号 ec_number	1.97.1.12
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	1

REAKAKVSVDNNPVPTSFEKWGKPGHFDRTLARGPKTTTWIWNLHANAHDFDSQTSDLEDVSRKIFSAHFGHLAVVFVWLSGMYFHGAKFSNYEGWLADPTHIKPSAQVVWPIVGQGILNGDVGGGFHGIQITSGLFYLWRASGFTDSYQLYCTAIGGLVMAALMLFAGWFHYHVKAPKLEWFQNVESMMNHHLAGLLGLGSLGWAGHQIHVSMPINKLLDAGVAPKDIPLPHEFILEPSKMAELYPSFAQGLTPFFTLNWGVYSDFLTFKGGLNPVTGGLWLSDTAHHHLAIAVLFIIAGHMYRTNWGIGHSMKEILEAHKGPFTGEGHKGLYEILTTSWHAQLAINLALLGSLTIIVAQHMYAMPPYPYQAIDYATQLSLFTHHMWIGGFLIVGAGAHGAIFMVRDYDPAKNVNNLLDRMLRHRDAIISHLNWVCIFLGFHSFGLYIHNDTMRALGRPQDMFSDTAIQLQPIFAQWVQHLHTLAPGATAPNALATASYAFGGETIAVAGKVAMMPITLGTADFMVHHIHAFTIHVTALILLKGVLYARSSRLVPDKANLGFRFPCDGPGRGGTCQVSGWDHVFLGLFWMYNSLSIVIFHFSWKMQSDVWGTVSPDGSVTHVTLGNFAQSAITINGWLRDFLWAQAANVINSYGSALSAYGIMFLAGHFVFAFSLMFLFSGRGYWQELIESIVWAHNKLNVAPAIQPRALSIIQGRAVGVAHYLLGGIVTTWAFFLARSLSIG

实体 17 Entity 17 polymer

描述 description	Photosystem I reaction center subunit II
分子量 formula_weight	15532.6 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	4

TELSGQPPKFGGSTGGLLSKANREEKYAITWTSASEQVFEMPTGGAAIMNEGENLLYLARKEQCLALGTQLRTKFKPKIQDYKIYRVYPSGEVQYLHPADGVFPEKVNEGREAQGTKTRRIGQNPEPVTIKFSGKAPYEV

实体 18 Entity 18 polymer

描述 description	Photosystem I reaction center subunit VIII
分子量 formula_weight	4228.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	h

MDGSYAASYLPWILIPMVGWLFPAVTMGLLFIHIESEG

实体 19 Entity 19 polymer

描述 description	Photosystem I reaction center subunit PsaK 2
分子量 formula_weight	8124.6 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	8

AQASPTTAGWSLSVGIIMCLCNVFAFVIGYFAIQKTGKGKDLALPQLASKKTFGLPELLATMSFGHILGAGMVLGLASS

实体 20 Entity 20 polymer

描述 description	Photosystem I reaction center subunit XI
分子量 formula_weight	16300.4 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	0

SNQVVQAYNGDPFVGHLSTPISDSAFTRTFIGNLPAYRKGLSPILRGLEVGMAHGYFLIGPWTLLGPLRDSEYQYIGGLIGALALILVATAALSSYGLVTFQGEQGSGDTLQTADGWSQFAAGFFVGGMGGAFVAYFLLENLSVVDGIFRGLFN

实体 21 Entity 21 non-polymer

描述 description	CHLOROPHYLL A
分子量 formula_weight	893.5 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	285

实体 22 Entity 22 non-polymer

描述 description	PHYLLOQUINONE
分子量 formula_weight	450.7 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	6

实体 23 Entity 23 non-polymer

描述 description	IRON/SULFUR CLUSTER
分子量 formula_weight	351.6 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	9

实体 24 Entity 24 non-polymer

描述 description	BETA-CAROTENE
分子量 formula_weight	536.9 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	58

实体 25 Entity 25 non-polymer

描述 description	1,2-DIPALMITOYL-PHOSPHATIDYL-GLYCEROLE
分子量 formula_weight	723.0 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	27

实体 26 Entity 26 non-polymer

描述 description	1,2-DISTEAROYL-MONOGALACTOSYL-DIGLYCERIDE
分子量 formula_weight	787.2 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	16

实体 27 Entity 27 non-polymer

描述 description	ACETATE ION
分子量 formula_weight	59.0 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	4

实体 28 Entity 28 non-polymer

描述 description	beta,beta-carotene-4,4'-dione
分子量 formula_weight	564.8 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	2

实体 29 Entity 29 non-polymer

描述 description	CHLORIDE ION
分子量 formula_weight	35.5 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	3

实体 30 Entity 30 non-polymer

描述 description	beta,beta-caroten-4-one
分子量 formula_weight	550.9 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	7

实体 31 Entity 31 non-polymer

描述 description	1,2-DI-O-ACYL-3-O-[6-DEOXY-6-SULFO-ALPHA-D-GLUCOPYRANOSYL]-SN-GLYCEROL
分子量 formula_weight	795.1 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	7

实体 32 Entity 32 non-polymer

描述 description	CALCIUM ION
分子量 formula_weight	40.1 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	6

实体 33 Entity 33 non-polymer

描述 description	MAGNESIUM ION
分子量 formula_weight	24.3 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	2

实体 34 Entity 34 non-polymer

描述 description	;(1R,2S)-4-{(1E,3E,5E,7E,9E,11E,13E,15E,17E)-18-[(4S)-4-hydroxy-2,6,6-trimethylcyclohex-1-en-1-yl]-3,7,12,16-tetramethyloctadeca-1,3,5,7,9,11,13,15,17-nonaen-1-yl}-2,5,5-trimethylcyclohex-3-en-1-ol ;
分子量 formula_weight	568.9 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	4

实体 35 Entity 35 non-polymer

描述 description	DODECYL-BETA-D-MALTOSIDE
分子量 formula_weight	510.6 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	5

实体 36 Entity 36 non-polymer

描述 description	(3'R)-3'-hydroxy-beta,beta-caroten-4-one
分子量 formula_weight	566.9 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

实体 37 Entity 37 non-polymer

描述 description	DIGALACTOSYL DIACYL GLYCEROL (DGDG)
分子量 formula_weight	949.3 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

实体 38 Entity 38 water

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	889

▼

6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 44 domains

SCOP 2.08 (20 domains)

结构域编号 domain_id	d5oy00_
类 Class class	f — Membrane and cell surface proteins and peptides
折叠类型 Fold fold	f.31 — Photosystem I reaction center subunit XI, PsaL
超家族 Superfamily superfamily	f.31.1 — Photosystem I reaction center subunit XI, PsaL
家族 Family family	f.31.1.1 — Photosystem I reaction center subunit XI, PsaL

结构域编号 domain_id	d5oy01_
类 Class class	f — Membrane and cell surface proteins and peptides
折叠类型 Fold fold	f.29 — Photosystem I subunits PsaA/PsaB
超家族 Superfamily superfamily	f.29.1 — Photosystem I subunits PsaA/PsaB
家族 Family family	f.29.1.1 — Photosystem I subunits PsaA/PsaB

结构域编号 domain_id	d5oy02_
类 Class class	f — Membrane and cell surface proteins and peptides
折叠类型 Fold fold	f.29 — Photosystem I subunits PsaA/PsaB
超家族 Superfamily superfamily	f.29.1 — Photosystem I subunits PsaA/PsaB
家族 Family family	f.29.1.1 — Photosystem I subunits PsaA/PsaB

结构域编号 domain_id	d5oy03_
类 Class class	d — Alpha and beta proteins (a+b)
折叠类型 Fold fold	d.58 — Ferredoxin-like
超家族 Superfamily superfamily	d.58.1 — 4Fe-4S ferredoxins
家族 Family family	d.58.1.2 — 7-Fe ferredoxin

结构域编号 domain_id	d5oy04_
类 Class class	d — Alpha and beta proteins (a+b)
折叠类型 Fold fold	d.187 — Photosystem I subunit PsaD
超家族 Superfamily superfamily	d.187.1 — Photosystem I subunit PsaD
家族 Family family	d.187.1.1 — Photosystem I subunit PsaD

结构域编号 domain_id	d5oy05_
类 Class class	b — All beta proteins
折叠类型 Fold fold	b.34 — SH3-like barrel
超家族 Superfamily superfamily	b.34.4 — Electron transport accessory proteins
家族 Family family	b.34.4.2 — Photosystem I accessory protein E (PsaE)

结构域编号 domain_id	d5oy06_
类 Class class	f — Membrane and cell surface proteins and peptides
折叠类型 Fold fold	f.23 — Single transmembrane helix
超家族 Superfamily superfamily	f.23.16 — Subunit III of photosystem I reaction centre, PsaF
家族 Family family	f.23.16.1 — Subunit III of photosystem I reaction centre, PsaF

结构域编号 domain_id	d5oy07_
类 Class class	f — Membrane and cell surface proteins and peptides
折叠类型 Fold fold	f.23 — Single transmembrane helix
超家族 Superfamily superfamily	f.23.18 — Subunit IX of photosystem I reaction centre, PsaJ
家族 Family family	f.23.18.1 — Subunit IX of photosystem I reaction centre, PsaJ

结构域编号 domain_id	d5oy08_
类 Class class	f — Membrane and cell surface proteins and peptides
折叠类型 Fold fold	f.30 — Photosystem I reaction center subunit X, PsaK
超家族 Superfamily superfamily	f.30.1 — Photosystem I reaction center subunit X, PsaK
家族 Family family	f.30.1.0 — automated matches

结构域编号 domain_id	d5oy0a_
类 Class class	f — Membrane and cell surface proteins and peptides
折叠类型 Fold fold	f.29 — Photosystem I subunits PsaA/PsaB
超家族 Superfamily superfamily	f.29.1 — Photosystem I subunits PsaA/PsaB
家族 Family family	f.29.1.1 — Photosystem I subunits PsaA/PsaB

结构域编号 domain_id	d5oy0b_
类 Class class	f — Membrane and cell surface proteins and peptides
折叠类型 Fold fold	f.29 — Photosystem I subunits PsaA/PsaB
超家族 Superfamily superfamily	f.29.1 — Photosystem I subunits PsaA/PsaB
家族 Family family	f.29.1.1 — Photosystem I subunits PsaA/PsaB

结构域编号 domain_id	d5oy0c_
类 Class class	d — Alpha and beta proteins (a+b)
折叠类型 Fold fold	d.58 — Ferredoxin-like
超家族 Superfamily superfamily	d.58.1 — 4Fe-4S ferredoxins
家族 Family family	d.58.1.2 — 7-Fe ferredoxin

结构域编号 domain_id	d5oy0d_
类 Class class	d — Alpha and beta proteins (a+b)
折叠类型 Fold fold	d.187 — Photosystem I subunit PsaD
超家族 Superfamily superfamily	d.187.1 — Photosystem I subunit PsaD
家族 Family family	d.187.1.1 — Photosystem I subunit PsaD

结构域编号 domain_id	d5oy0e_
类 Class class	b — All beta proteins
折叠类型 Fold fold	b.34 — SH3-like barrel
超家族 Superfamily superfamily	b.34.4 — Electron transport accessory proteins
家族 Family family	b.34.4.2 — Photosystem I accessory protein E (PsaE)

结构域编号 domain_id	d5oy0f_
类 Class class	f — Membrane and cell surface proteins and peptides
折叠类型 Fold fold	f.23 — Single transmembrane helix
超家族 Superfamily superfamily	f.23.16 — Subunit III of photosystem I reaction centre, PsaF
家族 Family family	f.23.16.1 — Subunit III of photosystem I reaction centre, PsaF

结构域编号 domain_id	d5oy0h_
类 Class class	f — Membrane and cell surface proteins and peptides
折叠类型 Fold fold	f.23 — Single transmembrane helix
超家族 Superfamily superfamily	f.23.17 — Subunit VIII of photosystem I reaction centre, PsaI
家族 Family family	f.23.17.1 — Subunit VIII of photosystem I reaction centre, PsaI

结构域编号 domain_id	d5oy0i_
类 Class class	f — Membrane and cell surface proteins and peptides
折叠类型 Fold fold	f.23 — Single transmembrane helix
超家族 Superfamily superfamily	f.23.17 — Subunit VIII of photosystem I reaction centre, PsaI
家族 Family family	f.23.17.1 — Subunit VIII of photosystem I reaction centre, PsaI

结构域编号 domain_id	d5oy0j_
类 Class class	f — Membrane and cell surface proteins and peptides
折叠类型 Fold fold	f.23 — Single transmembrane helix
超家族 Superfamily superfamily	f.23.18 — Subunit IX of photosystem I reaction centre, PsaJ
家族 Family family	f.23.18.1 — Subunit IX of photosystem I reaction centre, PsaJ

结构域编号 domain_id	d5oy0k_
类 Class class	f — Membrane and cell surface proteins and peptides
折叠类型 Fold fold	f.30 — Photosystem I reaction center subunit X, PsaK
超家族 Superfamily superfamily	f.30.1 — Photosystem I reaction center subunit X, PsaK
家族 Family family	f.30.1.0 — automated matches

结构域编号 domain_id	d5oy0l_
类 Class class	f — Membrane and cell surface proteins and peptides
折叠类型 Fold fold	f.31 — Photosystem I reaction center subunit XI, PsaL
超家族 Superfamily superfamily	f.31.1 — Photosystem I reaction center subunit XI, PsaL
家族 Family family	f.31.1.1 — Photosystem I reaction center subunit XI, PsaL

CATH v4.4 (24 domains)

结构域编号 domain_id	5oy0000
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	20 — Up-down Bundle
拓扑 Topology topology	1240 — Photosystem 1 Reaction Centre Subunit Xi; Chain: L;
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Photosystem I PsaL, reaction centre subunit XI

结构域编号 domain_id	5oy0100
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	20 — Up-down Bundle
拓扑 Topology topology	1130 — Photosystem I p700 chlorophyll A apoprotein A1
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Photosystem I PsaA/PsaB

结构域编号 domain_id	5oy0200
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	20 — Up-down Bundle
拓扑 Topology topology	1130 — Photosystem I p700 chlorophyll A apoprotein A1
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Photosystem I PsaA/PsaB

结构域编号 domain_id	5oy0300
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	30 — 2-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology	70 — Alpha-Beta Plaits
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	20 —

结构域编号 domain_id	5oy0400
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	30 — 2-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology	1470 — Photosystem 1 Reaction Centre Subunit Ii; Chain: D;
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Photosystem I PsaD, reaction center subunit II

结构域编号 domain_id	5oy0500
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	30 — Roll
拓扑 Topology topology	30 — SH3 type barrels.
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	50 —

结构域编号 domain_id	5oy0600
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	10 — Orthogonal Bundle
拓扑 Topology topology	8 — Helicase, Ruva Protein; domain 3
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	110 — Photosystem I, reaction centre, subunit PsaF

结构域编号 domain_id	5oy0700
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	20 — Up-down Bundle
拓扑 Topology topology	5 — Single alpha-helices involved in coiled-coils or other helix-helix interfaces
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	510 — Single helix bin

结构域编号 domain_id	5oy0A00
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	20 — Up-down Bundle
拓扑 Topology topology	1130 — Photosystem I p700 chlorophyll A apoprotein A1
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Photosystem I PsaA/PsaB

结构域编号 domain_id	5oy0B00
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	20 — Up-down Bundle
拓扑 Topology topology	1130 — Photosystem I p700 chlorophyll A apoprotein A1
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Photosystem I PsaA/PsaB

结构域编号 domain_id	5oy0C00
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	30 — 2-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology	70 — Alpha-Beta Plaits
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	20 —

结构域编号 domain_id	5oy0D00
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	30 — 2-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology	1470 — Photosystem 1 Reaction Centre Subunit Ii; Chain: D;
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Photosystem I PsaD, reaction center subunit II

结构域编号 domain_id	5oy0E00
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	30 — Roll
拓扑 Topology topology	30 — SH3 type barrels.
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	50 —

结构域编号 domain_id	5oy0F00
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	10 — Orthogonal Bundle
拓扑 Topology topology	8 — Helicase, Ruva Protein; domain 3
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	110 — Photosystem I, reaction centre, subunit PsaF

结构域编号 domain_id	5oy0J00
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	20 — Up-down Bundle
拓扑 Topology topology	5 — Single alpha-helices involved in coiled-coils or other helix-helix interfaces
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	510 — Single helix bin

结构域编号 domain_id	5oy0L00
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	20 — Up-down Bundle
拓扑 Topology topology	1240 — Photosystem 1 Reaction Centre Subunit Xi; Chain: L;
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Photosystem I PsaL, reaction centre subunit XI

结构域编号 domain_id	5oy0a00
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	20 — Up-down Bundle
拓扑 Topology topology	1130 — Photosystem I p700 chlorophyll A apoprotein A1
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Photosystem I PsaA/PsaB

结构域编号 domain_id	5oy0b00
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	20 — Up-down Bundle
拓扑 Topology topology	1130 — Photosystem I p700 chlorophyll A apoprotein A1
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Photosystem I PsaA/PsaB

结构域编号 domain_id	5oy0c00
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	30 — 2-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology	70 — Alpha-Beta Plaits
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	20 —

结构域编号 domain_id	5oy0d00
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	30 — 2-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology	1470 — Photosystem 1 Reaction Centre Subunit Ii; Chain: D;
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Photosystem I PsaD, reaction center subunit II

结构域编号 domain_id	5oy0e00
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	30 — Roll
拓扑 Topology topology	30 — SH3 type barrels.
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	50 —

结构域编号 domain_id	5oy0f00
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	10 — Orthogonal Bundle
拓扑 Topology topology	8 — Helicase, Ruva Protein; domain 3
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	110 — Photosystem I, reaction centre, subunit PsaF

结构域编号 domain_id	5oy0j00
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	20 — Up-down Bundle
拓扑 Topology topology	5 — Single alpha-helices involved in coiled-coils or other helix-helix interfaces
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	510 — Single helix bin

结构域编号 domain_id	5oy0l00
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	20 — Up-down Bundle
拓扑 Topology topology	1240 — Photosystem 1 Reaction Centre Subunit Xi; Chain: L;
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Photosystem I PsaL, reaction centre subunit XI

▶

晶胞边长 a length_a	212.170 Å
晶胞边长 b length_b	137.622 Å
晶胞边长 c length_c	225.095 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	116.74 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	6

空间群 space_group	P 1 21 1
空间群编号 int_tables_number	4
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	2.501 Å
最低分辨率 resolution_low	49.481 Å
R 因子 r_factor	0.2283
R_work r_work	0.2276
R_free r_free	0.2644

Structure of synechocystis photosystem I trimer at 2.5A resolution

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Photosystem I P700 chlorophyll a apoprotein A1

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

Photosystem I P700 chlorophyll a apoprotein A2

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

Photosystem I iron-sulfur center

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

Photosystem I reaction center subunit II

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

Photosystem I reaction center subunit IV

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

Photosystem I reaction center subunit III

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

Photosystem I reaction center subunit VIII

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

Photosystem I reaction center subunit IX

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

Photosystem I reaction center subunit PsaK 2

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

Photosystem I reaction center subunit XI

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体