9au4

Cryo-EM structure of a photosystem I variant containing an unusual plastoquinone derivative in its electron transfer chain

Method: ELECTRON MICROSCOPY D_max: 185.6 Å Quality: GOOD

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

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1. 结构基本信息 1. Structure Basics

条目编号 entry_id	9au4
沉积日期 deposition_date	2024-02-28
最后修订 last_revision	2024-12-25
结构标题 title	Cryo-EM structure of a photosystem I variant containing an unusual plastoquinone derivative in its electron transfer chain
关键词 keywords	cyanobacteria, photosystem I, MenB, phylloquinone, plastoquinone, benzoquinone, naphthoquinone, redox potential, PHOTOSYNTHESIS; PHOTOSYNTHESIS
实验方法 method	ELECTRON MICROSCOPY

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2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	67.73 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	67.24 Å
零角强度 I(0) i0	21109200000.00
分子量 molecular_weight	950410.0 kDa
排除体积 excluded_volume	990070 Å³
包络体积 envelope_volume	1576300 Å³
水化壳体积 shell_volume	182010 Å³
包络直径 envelope_diameter	206.5 Å
壳层 Rg shell_rg	74.01 Å
包络 Rg envelope_rg	67.25 Å
形状 Rg shape_rg	67.23 Å
总 Rg total_rg	67.34 Å
总原子数 total_atoms	72957
残基数 n_residues	6678
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

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3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	185.6 Å
Rg (实空间) rg_real	67.57 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	0.95 Å
I(0) (实空间) i0_real	2.1110e+10
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	4.2880e+08
Rg (倒空间) rg_reciprocal	68.13 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	21130000000.0000
解质量估计 total_estimate	0.8454
解质量评级 solution_quality	GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks	2
主峰位置 r_peak_primary	72.6 Å
偏度 Skewness skewness	0.134
峰度 Kurtosis kurtosis	-0.727
角度范围 angular_range	— – 0.1150 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha	3411000000.0000
实空间数据点数 n_real_points	24
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.999; Stabil: 0.999; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.989; Smooth: 0.000

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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合体信息 (27)

Entity 1 polymer

描述 description	Photosystem I P700 chlorophyll a apoprotein A1
分子量 formula_weight	83036.4 kDa
EC 编号 ec_number	1.97.1.12
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	3

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	G,a,A
原子数 atom_count	73866

MTISPPEREAKAKVSVDNNPVPTSFEKWGKPGHFDRTLARGPKTTTWIWNLHANAHDFDSQTSDLEDVSRKIFSAHFGHLAVVFVWLSGMYFHGAKFSNYEGWLADPTHIKPSAQVVWPIVGQGILNGDVGGGFHGIQITSGLFYLWRASGFTDSYQLYCTAIGGLVMAALMLFAGWFHYHVKAPKLEWFQNVESMMNHHLAGLLGLGSLGWAGHQIHVSMPINKLLDAGVAPKDIPLPHEFILEPSKMAELYPSFAQGLTPFFTLNWGVYSDFLTFKGGLNPVTGGLWLSDTAHHHLAIAVLFIIAGHMYRTNWGIGHSMKEILEAHKGPFTGEGHKGLYEILTTSWHAQLAINLALLGSLTIIVAQHMYAMPPYPYQAIDYATQLSLFTHHMWIGGFLIVGAGAHGAIFMVRDYDPAKNVNNLLDRMLRHRDAIISHLNWVCIFLGFHSFGLYIHNDTMRALGRPQDMFSDTAIQLQPIFAQWVQHLHTLAPGATAPNALATASYAFGGETIAVAGKVAMMPITLGTADFMVHHIHAFTIHVTALILLKGVLYARSSRLVPDKANLGFRFPCDGPGRGGTCQVSGWDHVFLGLFWMYNSLSIVIFHFSWKMQSDVWGTVSPDGSVTHVTLGNFAQSAITINGWLRDFLWAQAANVINSYGSALSAYGIMFLAGHFVFAFSLMFLFSGRGYWQELIESIVWAHNKLNVAPAIQPRALSIIQGRAVGVAHYLLGGIVTTWAFFLARSLSIG

Entity 2 polymer

描述 description	Photosystem I P700 chlorophyll a apoprotein A2
分子量 formula_weight	81298.5 kDa
EC 编号 ec_number	1.97.1.12
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	3

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	H,b,B

MTKFPKFSQDLAQDPTTRRIWYGIATAHDFETHDGMTEENLYQKIFASHFGHIAIIFLWTSGTLFHVAWQGNFEQWIKDPLNIRPIAHAIWDPHFGEGAVNAFTQAGASNPVNIAYSGVYHWFYTIGMTTNQELYSGAVFLLVLASLFLFAGWLHLQPKFRPSLAWFKNAESRLNHHLAGLFGVSSLAWAGHLVHVAIPEARGQHVGWDNFLSTPPHPAGLMPFFTGNWGVYAADPDTAGHIFGTSEGAGTAILTFLGGFHPQTESLWLTDIAHHHLAIAVIFIIAGHMYRTNWGIGHSIKEILNAHKGPLTGAGHTNLYDTINNSLHFQLGLALASLGVITSLVAQHMYSLPSYAFIAQDHTTQAALYTHHQYIAGFLMVGAFAHGAIFFVRDYDPVANKDNVLARMLEHKEALISHLSWVSLFLGFHTLGLYVHNDVVVAFGTPEKQILIEPVFAQWIQATSGKALYGFDVLLSNPDSIASTTGAAWLPGWLDAINSGTNSLFLTIGPGDFLVHHAIALGLHTTALILIKGALDARGSKLMPDKKDFGYSFPCDGPGRGGTCDISAWDAFYLAMFWMLNTLGWLTFYWHWKHLGVWSGNVAQFNENSTYLMGWFRDYLWANSAQLINGYNPYGVNNLSVWAWMFLFGHLVWATGFMFLISWRGYWQELIETIVWAHERTPLANLVRWKDKPVALSIVQARLVGLAHFTVGYVLTYAAFLIASTAGKFG

Entity 3 polymer

描述 description	Photosystem I iron-sulfur center
分子量 formula_weight	8837.3 kDa
EC 编号 ec_number	1.97.1.12
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	3

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	N,c,C

MSHSVKIYDTCIGCTQCVRACPLDVLEMVPWDGCKAAQIASSPRTEDCVGCKRCETACPTDFLSIRVYLGAETTRSMGLAY

Entity 4 polymer

描述 description	Photosystem I reaction center subunit II
分子量 formula_weight	15663.7 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	3

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	O,d,D

MTELSGQPPKFGGSTGGLLSKANREEKYAITWTSASEQVFEMPTGGAAIMNEGENLLYLARKEQCLALGTQLRTKFKPKIQDYKIYRVYPSGEVQYLHPADGVFPEKVNEGREAQGTKTRRIGQNPEPVTIKFSGKAPYEV

Entity 5 polymer

描述 description	Photosystem I reaction center subunit IV
分子量 formula_weight	8154.1 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	3

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	P,e,E

MALNRGDKVRIKRTESYWYGDVGTVASVEKSGILYPVIVRFDRVNYNGFSGSASGVNTNNFAENELELVQAAAK

Entity 6 polymer

描述 description	Photosystem I reaction center subunit III
分子量 formula_weight	18267.1 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	3

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	Q,f,F

MKHLLALLLAFTLWFNFAPSASADDFANLTPCSENPAYLAKSKNFLNTTNDPNSGKIRAERYASALCGPEGYPHLIVDGRFTHAGDFLIPSILFLYIAGWIGWVGRSYLIEIRESKNPEMQEVVINVPLAIKKMLGGFLWPLAAVGEYTSGKLVMKDSEIPTSPR

Entity 7 polymer

描述 description	Photosystem I reaction center subunit VIII
分子量 formula_weight	4414.1 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	3

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	R,i,I

MDGSYAASYLPWILIPMVGWLFPAVTMGLLFIHIESEGEG

Entity 8 polymer

描述 description	Photosystem I reaction center subunit IX
分子量 formula_weight	4535.4 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	3

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	S,j,J

MDGLKSFLSTAPVMIMALLTFTAGILIEFNRFYPDLLFHP

Entity 9 polymer

描述 description	Photosystem I reaction center subunit PsaK 2
分子量 formula_weight	9312.1 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	3

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	T,k,K

MFNTALLLAQASPTTAGWSLSVGIIMCLCNVFAFVIGYFAIQKTGKGKDLALPQLASKKTFGLPELLATMSFGHILGAGMVLGLASSGIL

Entity 10 polymer

描述 description	Photosystem I reaction center subunit XI
分子量 formula_weight	16631.8 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	3

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	U,l,L

MAESNQVVQAYNGDPFVGHLSTPISDSAFTRTFIGNLPAYRKGLSPILRGLEVGMAHGYFLIGPWTLLGPLRDSEYQYIGGLIGALALILVATAALSSYGLVTFQGEQGSGDTLQTADGWSQFAAGFFVGGMGGAFVAYFLLENLSVVDGIFRGLFN

Entity 11 polymer

描述 description	Photosystem I reaction center subunit XII
分子量 formula_weight	3382.1 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	3

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	V,m,M

MALSDTQILAALVVALLPAFLAFRLSTELYK

Entity 12 non-polymer

描述 description	CHLOROPHYLL A
分子量 formula_weight	893.5 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	282

Entity 13 non-polymer

描述 description	2,3-dimethyl-5-[(2E,7R,11R)-3,7,11,15-tetramethylhexadec-2-en-1-yl]cyclohexa-2,5-diene-1,4-dione
分子量 formula_weight	414.7 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	6

Entity 14 non-polymer

描述 description	IRON/SULFUR CLUSTER
分子量 formula_weight	351.6 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	9

Entity 15 non-polymer

描述 description	BETA-CAROTENE
分子量 formula_weight	536.9 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	45

Entity 16 non-polymer

描述 description	1,2-DIPALMITOYL-PHOSPHATIDYL-GLYCEROLE
分子量 formula_weight	723.0 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	12

Entity 17 non-polymer

描述 description	1,2-DISTEAROYL-MONOGALACTOSYL-DIGLYCERIDE
分子量 formula_weight	787.2 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	9

Entity 18 non-polymer

描述 description	beta,beta-carotene-4,4'-dione
分子量 formula_weight	564.8 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	3

Entity 19 non-polymer

描述 description	CHLORIDE ION
分子量 formula_weight	35.5 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	3

Entity 20 non-polymer

描述 description	beta,beta-caroten-4-one
分子量 formula_weight	550.9 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	6

Entity 21 non-polymer

描述 description	CALCIUM ION
分子量 formula_weight	40.1 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	6

Entity 22 non-polymer

描述 description	(3'R)-3'-hydroxy-beta,beta-caroten-4-one
分子量 formula_weight	566.9 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	3

Entity 23 non-polymer

描述 description	;(1R,2S)-4-{(1E,3E,5E,7E,9E,11E,13E,15E,17E)-18-[(4S)-4-hydroxy-2,6,6-trimethylcyclohex-1-en-1-yl]-3,7,12,16-tetramethyloctadeca-1,3,5,7,9,11,13,15,17-nonaen-1-yl}-2,5,5-trimethylcyclohex-3-en-1-ol ;
分子量 formula_weight	568.9 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	6

Entity 24 non-polymer

描述 description	1,2-DI-O-ACYL-3-O-[6-DEOXY-6-SULFO-ALPHA-D-GLUCOPYRANOSYL]-SN-GLYCEROL
分子量 formula_weight	795.1 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	6

Entity 25 non-polymer

描述 description	DIGALACTOSYL DIACYL GLYCEROL (DGDG)
分子量 formula_weight	949.3 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	3

Entity 26 non-polymer

描述 description	DODECYL-BETA-D-MALTOSIDE
分子量 formula_weight	510.6 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	3

Entity 27 water

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	909

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7. 引用文献 (1)

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晶胞边长 a length_a	1.000 Å
晶胞边长 b length_b	1.000 Å
晶胞边长 c length_c	1.000 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	—

空间群 space_group	P 1
空间群编号 int_tables_number	1
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	2.03 Å
分辨率测定方法 resolution_method	—
颗粒数 num_particles	375816

fit	/app/data/saxs_computation/au/9au4/9au4.fit
pddf	/app/data/pr_computation/au/9au4/9au4.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/au/9au4/9au4.dat

Cryo-EM structure of a photosystem I variant containing an unusual plastoquinone derivative in its electron transfer chain

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

1. 结构基本信息 1. Structure Basics

2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

冷冻电镜 EM 3D

5. 实体与聚合体信息 (27)

Entity 1 polymer

聚合体 Polymer

Entity 2 polymer

聚合体 Polymer

Entity 3 polymer

聚合体 Polymer

Entity 4 polymer

聚合体 Polymer

Entity 5 polymer

聚合体 Polymer

Entity 6 polymer

聚合体 Polymer

Entity 7 polymer

聚合体 Polymer

Entity 8 polymer

聚合体 Polymer

Entity 9 polymer

聚合体 Polymer

Entity 10 polymer

聚合体 Polymer

Entity 11 polymer

聚合体 Polymer

Entity 12 non-polymer

Entity 13 non-polymer

Entity 14 non-polymer

Entity 15 non-polymer

Entity 16 non-polymer

Entity 17 non-polymer

Entity 18 non-polymer

Entity 19 non-polymer

Entity 20 non-polymer

Entity 21 non-polymer

Entity 22 non-polymer

Entity 23 non-polymer

Entity 24 non-polymer

Entity 25 non-polymer

Entity 26 non-polymer

Entity 27 water

7. 引用文献 (1)

8. 文件与曲线 (10)

Files (7)

Curves (3)