9au4

Cryo-EM structure of a photosystem I variant containing an unusual plastoquinone derivative in its electron transfer chain

Method: ELECTRON MICROSCOPY

▼

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Photosystem I P700 chlorophyll a apoprotein A1

物种未注明

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 33	Photosystem I P700 chlorophyll a apoprotein A2 × 3 Photosystem I iron-sulfur center × 3 （P32422） Photosystem I reaction center subunit II × 3 （P19569） Photosystem I reaction center subunit IV × 3 （P12975） Photosystem I reaction center subunit III × 3 （P29256） Photosystem I reaction center subunit VIII × 3 （Q55330） Photosystem I reaction center subunit IX × 3 （Q55329） Photosystem I reaction center subunit PsaK 2 × 3 （P74564） Photosystem I reaction center subunit XI × 3 （P37277） Photosystem I reaction center subunit XII × 3 （P72986） CHLOROPHYLL A × 282 2,3-dimethyl-5-[(2E,7R,11R)-3,7,11,15-tetramethylhexadec-2-en-1-yl]cyclohexa-2,5-diene-1,4-dione × 6 IRON/SULFUR CLUSTER × 9 BETA-CAROTENE × 45 1,2-DIPALMITOYL-PHOSPHATIDYL-GLYCEROLE × 12 1,2-DISTEAROYL-MONOGALACTOSYL-DIGLYCERIDE × 9 beta,beta-carotene-4,4'-dione × 3 CHLORIDE ION × 3 beta,beta-caroten-4-one × 6 CALCIUM ION × 6 (3'R)-3'-hydroxy-beta,beta-caroten-4-one × 3 ;(1R,2S)-4-{(1E,3E,5E,7E,9E,11E,13E,15E,17E)-18-[(4S)-4-hydroxy-2,6,6-trimethylcyclohex-1-en-1-yl]-3,7,12,16-tetramethyloctadeca-1,3,5,7,9,11,13,15,17-nonaen-1-yl}-2,5,5-trimethylcyclohex-3-en-1-ol ; × 6 1,2-DI-O-ACYL-3-O-[6-DEOXY-6-SULFO-ALPHA-D-GLUCOPYRANOSYL]-SN-GLYCEROL × 6 DIGALACTOSYL DIACYL GLYCEROL (DGDG) × 3 DODECYL-BETA-D-MALTOSIDE × 3 water × 24	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	PSAA_SYNY3
Isoform	—
PDB实体	1
链与序列区间	作者链 A； PDB构建体 1–751； UniProt 1–751 作者链 G； PDB构建体 1–751； UniProt 1–751 作者链 a； PDB构建体 1–751； UniProt 1–751

Photosystem I iron-sulfur center

物种未注明

UniProt P32422

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 33	Photosystem I P700 chlorophyll a apoprotein A1 × 3 （P29254） Photosystem I P700 chlorophyll a apoprotein A2 × 3 Photosystem I reaction center subunit II × 3 （P19569） Photosystem I reaction center subunit IV × 3 （P12975） Photosystem I reaction center subunit III × 3 （P29256） Photosystem I reaction center subunit VIII × 3 （Q55330） Photosystem I reaction center subunit IX × 3 （Q55329） Photosystem I reaction center subunit PsaK 2 × 3 （P74564） Photosystem I reaction center subunit XI × 3 （P37277） Photosystem I reaction center subunit XII × 3 （P72986） CHLOROPHYLL A × 282 2,3-dimethyl-5-[(2E,7R,11R)-3,7,11,15-tetramethylhexadec-2-en-1-yl]cyclohexa-2,5-diene-1,4-dione × 6 IRON/SULFUR CLUSTER × 9 BETA-CAROTENE × 45 1,2-DIPALMITOYL-PHOSPHATIDYL-GLYCEROLE × 12 1,2-DISTEAROYL-MONOGALACTOSYL-DIGLYCERIDE × 9 beta,beta-carotene-4,4'-dione × 3 CHLORIDE ION × 3 beta,beta-caroten-4-one × 6 CALCIUM ION × 6 (3'R)-3'-hydroxy-beta,beta-caroten-4-one × 3 ;(1R,2S)-4-{(1E,3E,5E,7E,9E,11E,13E,15E,17E)-18-[(4S)-4-hydroxy-2,6,6-trimethylcyclohex-1-en-1-yl]-3,7,12,16-tetramethyloctadeca-1,3,5,7,9,11,13,15,17-nonaen-1-yl}-2,5,5-trimethylcyclohex-3-en-1-ol ; × 6 1,2-DI-O-ACYL-3-O-[6-DEOXY-6-SULFO-ALPHA-D-GLUCOPYRANOSYL]-SN-GLYCEROL × 6 DIGALACTOSYL DIACYL GLYCEROL (DGDG) × 3 DODECYL-BETA-D-MALTOSIDE × 3 water × 24	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	PSAC_SYNY3
Isoform	—
PDB实体	3
链与序列区间	作者链 C； PDB构建体 1–81； UniProt 1–81 作者链 N； PDB构建体 1–81； UniProt 1–81 作者链 c； PDB构建体 1–81； UniProt 1–81

Photosystem I reaction center subunit II

物种未注明

UniProt P19569

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 33	Photosystem I P700 chlorophyll a apoprotein A1 × 3 （P29254） Photosystem I P700 chlorophyll a apoprotein A2 × 3 Photosystem I iron-sulfur center × 3 （P32422） Photosystem I reaction center subunit IV × 3 （P12975） Photosystem I reaction center subunit III × 3 （P29256） Photosystem I reaction center subunit VIII × 3 （Q55330） Photosystem I reaction center subunit IX × 3 （Q55329） Photosystem I reaction center subunit PsaK 2 × 3 （P74564） Photosystem I reaction center subunit XI × 3 （P37277） Photosystem I reaction center subunit XII × 3 （P72986） CHLOROPHYLL A × 282 2,3-dimethyl-5-[(2E,7R,11R)-3,7,11,15-tetramethylhexadec-2-en-1-yl]cyclohexa-2,5-diene-1,4-dione × 6 IRON/SULFUR CLUSTER × 9 BETA-CAROTENE × 45 1,2-DIPALMITOYL-PHOSPHATIDYL-GLYCEROLE × 12 1,2-DISTEAROYL-MONOGALACTOSYL-DIGLYCERIDE × 9 beta,beta-carotene-4,4'-dione × 3 CHLORIDE ION × 3 beta,beta-caroten-4-one × 6 CALCIUM ION × 6 (3'R)-3'-hydroxy-beta,beta-caroten-4-one × 3 ;(1R,2S)-4-{(1E,3E,5E,7E,9E,11E,13E,15E,17E)-18-[(4S)-4-hydroxy-2,6,6-trimethylcyclohex-1-en-1-yl]-3,7,12,16-tetramethyloctadeca-1,3,5,7,9,11,13,15,17-nonaen-1-yl}-2,5,5-trimethylcyclohex-3-en-1-ol ; × 6 1,2-DI-O-ACYL-3-O-[6-DEOXY-6-SULFO-ALPHA-D-GLUCOPYRANOSYL]-SN-GLYCEROL × 6 DIGALACTOSYL DIACYL GLYCEROL (DGDG) × 3 DODECYL-BETA-D-MALTOSIDE × 3 water × 24	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	PSAD_SYNY3
Isoform	—
PDB实体	4
链与序列区间	作者链 D； PDB构建体 1–141； UniProt 1–141 作者链 O； PDB构建体 1–141； UniProt 1–141 作者链 d； PDB构建体 1–141； UniProt 1–141

Photosystem I reaction center subunit IV

物种未注明

UniProt P12975

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 33	Photosystem I P700 chlorophyll a apoprotein A1 × 3 （P29254） Photosystem I P700 chlorophyll a apoprotein A2 × 3 Photosystem I iron-sulfur center × 3 （P32422） Photosystem I reaction center subunit II × 3 （P19569） Photosystem I reaction center subunit III × 3 （P29256） Photosystem I reaction center subunit VIII × 3 （Q55330） Photosystem I reaction center subunit IX × 3 （Q55329） Photosystem I reaction center subunit PsaK 2 × 3 （P74564） Photosystem I reaction center subunit XI × 3 （P37277） Photosystem I reaction center subunit XII × 3 （P72986） CHLOROPHYLL A × 282 2,3-dimethyl-5-[(2E,7R,11R)-3,7,11,15-tetramethylhexadec-2-en-1-yl]cyclohexa-2,5-diene-1,4-dione × 6 IRON/SULFUR CLUSTER × 9 BETA-CAROTENE × 45 1,2-DIPALMITOYL-PHOSPHATIDYL-GLYCEROLE × 12 1,2-DISTEAROYL-MONOGALACTOSYL-DIGLYCERIDE × 9 beta,beta-carotene-4,4'-dione × 3 CHLORIDE ION × 3 beta,beta-caroten-4-one × 6 CALCIUM ION × 6 (3'R)-3'-hydroxy-beta,beta-caroten-4-one × 3 ;(1R,2S)-4-{(1E,3E,5E,7E,9E,11E,13E,15E,17E)-18-[(4S)-4-hydroxy-2,6,6-trimethylcyclohex-1-en-1-yl]-3,7,12,16-tetramethyloctadeca-1,3,5,7,9,11,13,15,17-nonaen-1-yl}-2,5,5-trimethylcyclohex-3-en-1-ol ; × 6 1,2-DI-O-ACYL-3-O-[6-DEOXY-6-SULFO-ALPHA-D-GLUCOPYRANOSYL]-SN-GLYCEROL × 6 DIGALACTOSYL DIACYL GLYCEROL (DGDG) × 3 DODECYL-BETA-D-MALTOSIDE × 3 water × 24	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	PSAE_SYNY3
Isoform	—
PDB实体	5
链与序列区间	作者链 E； PDB构建体 1–74； UniProt 1–74 作者链 P； PDB构建体 1–74； UniProt 1–74 作者链 e； PDB构建体 1–74； UniProt 1–74

Photosystem I reaction center subunit III

物种未注明

UniProt P29256

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 33	Photosystem I P700 chlorophyll a apoprotein A1 × 3 （P29254） Photosystem I P700 chlorophyll a apoprotein A2 × 3 Photosystem I iron-sulfur center × 3 （P32422） Photosystem I reaction center subunit II × 3 （P19569） Photosystem I reaction center subunit IV × 3 （P12975） Photosystem I reaction center subunit VIII × 3 （Q55330） Photosystem I reaction center subunit IX × 3 （Q55329） Photosystem I reaction center subunit PsaK 2 × 3 （P74564） Photosystem I reaction center subunit XI × 3 （P37277） Photosystem I reaction center subunit XII × 3 （P72986） CHLOROPHYLL A × 282 2,3-dimethyl-5-[(2E,7R,11R)-3,7,11,15-tetramethylhexadec-2-en-1-yl]cyclohexa-2,5-diene-1,4-dione × 6 IRON/SULFUR CLUSTER × 9 BETA-CAROTENE × 45 1,2-DIPALMITOYL-PHOSPHATIDYL-GLYCEROLE × 12 1,2-DISTEAROYL-MONOGALACTOSYL-DIGLYCERIDE × 9 beta,beta-carotene-4,4'-dione × 3 CHLORIDE ION × 3 beta,beta-caroten-4-one × 6 CALCIUM ION × 6 (3'R)-3'-hydroxy-beta,beta-caroten-4-one × 3 ;(1R,2S)-4-{(1E,3E,5E,7E,9E,11E,13E,15E,17E)-18-[(4S)-4-hydroxy-2,6,6-trimethylcyclohex-1-en-1-yl]-3,7,12,16-tetramethyloctadeca-1,3,5,7,9,11,13,15,17-nonaen-1-yl}-2,5,5-trimethylcyclohex-3-en-1-ol ; × 6 1,2-DI-O-ACYL-3-O-[6-DEOXY-6-SULFO-ALPHA-D-GLUCOPYRANOSYL]-SN-GLYCEROL × 6 DIGALACTOSYL DIACYL GLYCEROL (DGDG) × 3 DODECYL-BETA-D-MALTOSIDE × 3 water × 24	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	PSAF_SYNY3
Isoform	—
PDB实体	6
链与序列区间	作者链 F； PDB构建体 1–165； UniProt 1–165 作者链 Q； PDB构建体 1–165； UniProt 1–165 作者链 f； PDB构建体 1–165； UniProt 1–165

Photosystem I reaction center subunit VIII

物种未注明

UniProt Q55330

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 33	Photosystem I P700 chlorophyll a apoprotein A1 × 3 （P29254） Photosystem I P700 chlorophyll a apoprotein A2 × 3 Photosystem I iron-sulfur center × 3 （P32422） Photosystem I reaction center subunit II × 3 （P19569） Photosystem I reaction center subunit IV × 3 （P12975） Photosystem I reaction center subunit III × 3 （P29256） Photosystem I reaction center subunit IX × 3 （Q55329） Photosystem I reaction center subunit PsaK 2 × 3 （P74564） Photosystem I reaction center subunit XI × 3 （P37277） Photosystem I reaction center subunit XII × 3 （P72986） CHLOROPHYLL A × 282 2,3-dimethyl-5-[(2E,7R,11R)-3,7,11,15-tetramethylhexadec-2-en-1-yl]cyclohexa-2,5-diene-1,4-dione × 6 IRON/SULFUR CLUSTER × 9 BETA-CAROTENE × 45 1,2-DIPALMITOYL-PHOSPHATIDYL-GLYCEROLE × 12 1,2-DISTEAROYL-MONOGALACTOSYL-DIGLYCERIDE × 9 beta,beta-carotene-4,4'-dione × 3 CHLORIDE ION × 3 beta,beta-caroten-4-one × 6 CALCIUM ION × 6 (3'R)-3'-hydroxy-beta,beta-caroten-4-one × 3 ;(1R,2S)-4-{(1E,3E,5E,7E,9E,11E,13E,15E,17E)-18-[(4S)-4-hydroxy-2,6,6-trimethylcyclohex-1-en-1-yl]-3,7,12,16-tetramethyloctadeca-1,3,5,7,9,11,13,15,17-nonaen-1-yl}-2,5,5-trimethylcyclohex-3-en-1-ol ; × 6 1,2-DI-O-ACYL-3-O-[6-DEOXY-6-SULFO-ALPHA-D-GLUCOPYRANOSYL]-SN-GLYCEROL × 6 DIGALACTOSYL DIACYL GLYCEROL (DGDG) × 3 DODECYL-BETA-D-MALTOSIDE × 3 water × 24	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	PSAI_SYNY3
Isoform	—
PDB实体	7
链与序列区间	作者链 I； PDB构建体 1–40； UniProt 1–40 作者链 R； PDB构建体 1–40； UniProt 1–40 作者链 i； PDB构建体 1–40； UniProt 1–40

Photosystem I reaction center subunit IX

物种未注明

UniProt Q55329

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 33	Photosystem I P700 chlorophyll a apoprotein A1 × 3 （P29254） Photosystem I P700 chlorophyll a apoprotein A2 × 3 Photosystem I iron-sulfur center × 3 （P32422） Photosystem I reaction center subunit II × 3 （P19569） Photosystem I reaction center subunit IV × 3 （P12975） Photosystem I reaction center subunit III × 3 （P29256） Photosystem I reaction center subunit VIII × 3 （Q55330） Photosystem I reaction center subunit PsaK 2 × 3 （P74564） Photosystem I reaction center subunit XI × 3 （P37277） Photosystem I reaction center subunit XII × 3 （P72986） CHLOROPHYLL A × 282 2,3-dimethyl-5-[(2E,7R,11R)-3,7,11,15-tetramethylhexadec-2-en-1-yl]cyclohexa-2,5-diene-1,4-dione × 6 IRON/SULFUR CLUSTER × 9 BETA-CAROTENE × 45 1,2-DIPALMITOYL-PHOSPHATIDYL-GLYCEROLE × 12 1,2-DISTEAROYL-MONOGALACTOSYL-DIGLYCERIDE × 9 beta,beta-carotene-4,4'-dione × 3 CHLORIDE ION × 3 beta,beta-caroten-4-one × 6 CALCIUM ION × 6 (3'R)-3'-hydroxy-beta,beta-caroten-4-one × 3 ;(1R,2S)-4-{(1E,3E,5E,7E,9E,11E,13E,15E,17E)-18-[(4S)-4-hydroxy-2,6,6-trimethylcyclohex-1-en-1-yl]-3,7,12,16-tetramethyloctadeca-1,3,5,7,9,11,13,15,17-nonaen-1-yl}-2,5,5-trimethylcyclohex-3-en-1-ol ; × 6 1,2-DI-O-ACYL-3-O-[6-DEOXY-6-SULFO-ALPHA-D-GLUCOPYRANOSYL]-SN-GLYCEROL × 6 DIGALACTOSYL DIACYL GLYCEROL (DGDG) × 3 DODECYL-BETA-D-MALTOSIDE × 3 water × 24	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	PSAJ_SYNY3
Isoform	—
PDB实体	8
链与序列区间	作者链 J； PDB构建体 1–40； UniProt 1–40 作者链 S； PDB构建体 1–40； UniProt 1–40 作者链 j； PDB构建体 1–40； UniProt 1–40

Photosystem I reaction center subunit PsaK 2

物种未注明

UniProt P74564

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 33	Photosystem I P700 chlorophyll a apoprotein A1 × 3 （P29254） Photosystem I P700 chlorophyll a apoprotein A2 × 3 Photosystem I iron-sulfur center × 3 （P32422） Photosystem I reaction center subunit II × 3 （P19569） Photosystem I reaction center subunit IV × 3 （P12975） Photosystem I reaction center subunit III × 3 （P29256） Photosystem I reaction center subunit VIII × 3 （Q55330） Photosystem I reaction center subunit IX × 3 （Q55329） Photosystem I reaction center subunit XI × 3 （P37277） Photosystem I reaction center subunit XII × 3 （P72986） CHLOROPHYLL A × 282 2,3-dimethyl-5-[(2E,7R,11R)-3,7,11,15-tetramethylhexadec-2-en-1-yl]cyclohexa-2,5-diene-1,4-dione × 6 IRON/SULFUR CLUSTER × 9 BETA-CAROTENE × 45 1,2-DIPALMITOYL-PHOSPHATIDYL-GLYCEROLE × 12 1,2-DISTEAROYL-MONOGALACTOSYL-DIGLYCERIDE × 9 beta,beta-carotene-4,4'-dione × 3 CHLORIDE ION × 3 beta,beta-caroten-4-one × 6 CALCIUM ION × 6 (3'R)-3'-hydroxy-beta,beta-caroten-4-one × 3 ;(1R,2S)-4-{(1E,3E,5E,7E,9E,11E,13E,15E,17E)-18-[(4S)-4-hydroxy-2,6,6-trimethylcyclohex-1-en-1-yl]-3,7,12,16-tetramethyloctadeca-1,3,5,7,9,11,13,15,17-nonaen-1-yl}-2,5,5-trimethylcyclohex-3-en-1-ol ; × 6 1,2-DI-O-ACYL-3-O-[6-DEOXY-6-SULFO-ALPHA-D-GLUCOPYRANOSYL]-SN-GLYCEROL × 6 DIGALACTOSYL DIACYL GLYCEROL (DGDG) × 3 DODECYL-BETA-D-MALTOSIDE × 3 water × 24	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	PSAK2_SYNY3
Isoform	—
PDB实体	9
链与序列区间	作者链 K； PDB构建体 1–90； UniProt 1–90 作者链 T； PDB构建体 1–90； UniProt 1–90 作者链 k； PDB构建体 1–90； UniProt 1–90

Photosystem I reaction center subunit XI

物种未注明

UniProt P37277

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 33	Photosystem I P700 chlorophyll a apoprotein A1 × 3 （P29254） Photosystem I P700 chlorophyll a apoprotein A2 × 3 Photosystem I iron-sulfur center × 3 （P32422） Photosystem I reaction center subunit II × 3 （P19569） Photosystem I reaction center subunit IV × 3 （P12975） Photosystem I reaction center subunit III × 3 （P29256） Photosystem I reaction center subunit VIII × 3 （Q55330） Photosystem I reaction center subunit IX × 3 （Q55329） Photosystem I reaction center subunit PsaK 2 × 3 （P74564） Photosystem I reaction center subunit XII × 3 （P72986） CHLOROPHYLL A × 282 2,3-dimethyl-5-[(2E,7R,11R)-3,7,11,15-tetramethylhexadec-2-en-1-yl]cyclohexa-2,5-diene-1,4-dione × 6 IRON/SULFUR CLUSTER × 9 BETA-CAROTENE × 45 1,2-DIPALMITOYL-PHOSPHATIDYL-GLYCEROLE × 12 1,2-DISTEAROYL-MONOGALACTOSYL-DIGLYCERIDE × 9 beta,beta-carotene-4,4'-dione × 3 CHLORIDE ION × 3 beta,beta-caroten-4-one × 6 CALCIUM ION × 6 (3'R)-3'-hydroxy-beta,beta-caroten-4-one × 3 ;(1R,2S)-4-{(1E,3E,5E,7E,9E,11E,13E,15E,17E)-18-[(4S)-4-hydroxy-2,6,6-trimethylcyclohex-1-en-1-yl]-3,7,12,16-tetramethyloctadeca-1,3,5,7,9,11,13,15,17-nonaen-1-yl}-2,5,5-trimethylcyclohex-3-en-1-ol ; × 6 1,2-DI-O-ACYL-3-O-[6-DEOXY-6-SULFO-ALPHA-D-GLUCOPYRANOSYL]-SN-GLYCEROL × 6 DIGALACTOSYL DIACYL GLYCEROL (DGDG) × 3 DODECYL-BETA-D-MALTOSIDE × 3 water × 24	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	PSAL_SYNY3
Isoform	—
PDB实体	10
链与序列区间	作者链 L； PDB构建体 1–157； UniProt 1–157 作者链 U； PDB构建体 1–157； UniProt 1–157 作者链 l； PDB构建体 1–157； UniProt 1–157

Photosystem I reaction center subunit XII

物种未注明

UniProt P72986

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 33	Photosystem I P700 chlorophyll a apoprotein A1 × 3 （P29254） Photosystem I P700 chlorophyll a apoprotein A2 × 3 Photosystem I iron-sulfur center × 3 （P32422） Photosystem I reaction center subunit II × 3 （P19569） Photosystem I reaction center subunit IV × 3 （P12975） Photosystem I reaction center subunit III × 3 （P29256） Photosystem I reaction center subunit VIII × 3 （Q55330） Photosystem I reaction center subunit IX × 3 （Q55329） Photosystem I reaction center subunit PsaK 2 × 3 （P74564） Photosystem I reaction center subunit XI × 3 （P37277） CHLOROPHYLL A × 282 2,3-dimethyl-5-[(2E,7R,11R)-3,7,11,15-tetramethylhexadec-2-en-1-yl]cyclohexa-2,5-diene-1,4-dione × 6 IRON/SULFUR CLUSTER × 9 BETA-CAROTENE × 45 1,2-DIPALMITOYL-PHOSPHATIDYL-GLYCEROLE × 12 1,2-DISTEAROYL-MONOGALACTOSYL-DIGLYCERIDE × 9 beta,beta-carotene-4,4'-dione × 3 CHLORIDE ION × 3 beta,beta-caroten-4-one × 6 CALCIUM ION × 6 (3'R)-3'-hydroxy-beta,beta-caroten-4-one × 3 ;(1R,2S)-4-{(1E,3E,5E,7E,9E,11E,13E,15E,17E)-18-[(4S)-4-hydroxy-2,6,6-trimethylcyclohex-1-en-1-yl]-3,7,12,16-tetramethyloctadeca-1,3,5,7,9,11,13,15,17-nonaen-1-yl}-2,5,5-trimethylcyclohex-3-en-1-ol ; × 6 1,2-DI-O-ACYL-3-O-[6-DEOXY-6-SULFO-ALPHA-D-GLUCOPYRANOSYL]-SN-GLYCEROL × 6 DIGALACTOSYL DIACYL GLYCEROL (DGDG) × 3 DODECYL-BETA-D-MALTOSIDE × 3 water × 24	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	PSAM_SYNY3
Isoform	—
PDB实体	11
链与序列区间	作者链 M； PDB构建体 1–31； UniProt 1–31 作者链 V； PDB构建体 1–31； UniProt 1–31 作者链 m； PDB构建体 1–31； UniProt 1–31

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

▼

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	9au4
沉积日期 deposition_date	2024-02-28
最后修订 last_revision	2024-12-25
结构标题 title	Cryo-EM structure of a photosystem I variant containing an unusual plastoquinone derivative in its electron transfer chain
关键词 keywords	cyanobacteria, photosystem I, MenB, phylloquinone, plastoquinone, benzoquinone, naphthoquinone, redox potential, PHOTOSYNTHESIS; PHOTOSYNTHESIS
实验方法 method	ELECTRON MICROSCOPY

▼

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

页面只读取最新 assembly 计算结果。每一条曲线都对应明确的 PDB、official biological assembly 和 coordinate model。

9au4__assembly_1__model_1

Assembly 1 · Model 1 · CRYSOL 4.1.3-1-20251215 (887e7ef)

下载该曲线 .dat

9au4__assembly_1__model_1 | I(q)

100 个绘图点；横轴和纵轴均采用对数尺度。

9au4__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

P(r) 将按相同 assembly/model 分别计算和展示。

Rg（Guinier）	68.05 Å
Rg（电子密度）	67.20 Å
总 Rg	67.15 Å
原子数	72957
残基数	6678
排除体积	1364800 Å³
最大 q	0.500 Å⁻¹

Assembly	Model	结构单元	聚集说明	状态	CRYSOL	操作
1	1	`9au4__assembly_1__model_1`	33-meric （33）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载

▶

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

▶

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (27)

实体 1 Entity 1 polymer

描述 description	Photosystem I P700 chlorophyll a apoprotein A1
分子量 formula_weight	83036.4 kDa
EC 编号 ec_number	1.97.1.12
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	3

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	G,a,A
原子数 atom_count	73866

MTISPPEREAKAKVSVDNNPVPTSFEKWGKPGHFDRTLARGPKTTTWIWNLHANAHDFDSQTSDLEDVSRKIFSAHFGHLAVVFVWLSGMYFHGAKFSNYEGWLADPTHIKPSAQVVWPIVGQGILNGDVGGGFHGIQITSGLFYLWRASGFTDSYQLYCTAIGGLVMAALMLFAGWFHYHVKAPKLEWFQNVESMMNHHLAGLLGLGSLGWAGHQIHVSMPINKLLDAGVAPKDIPLPHEFILEPSKMAELYPSFAQGLTPFFTLNWGVYSDFLTFKGGLNPVTGGLWLSDTAHHHLAIAVLFIIAGHMYRTNWGIGHSMKEILEAHKGPFTGEGHKGLYEILTTSWHAQLAINLALLGSLTIIVAQHMYAMPPYPYQAIDYATQLSLFTHHMWIGGFLIVGAGAHGAIFMVRDYDPAKNVNNLLDRMLRHRDAIISHLNWVCIFLGFHSFGLYIHNDTMRALGRPQDMFSDTAIQLQPIFAQWVQHLHTLAPGATAPNALATASYAFGGETIAVAGKVAMMPITLGTADFMVHHIHAFTIHVTALILLKGVLYARSSRLVPDKANLGFRFPCDGPGRGGTCQVSGWDHVFLGLFWMYNSLSIVIFHFSWKMQSDVWGTVSPDGSVTHVTLGNFAQSAITINGWLRDFLWAQAANVINSYGSALSAYGIMFLAGHFVFAFSLMFLFSGRGYWQELIESIVWAHNKLNVAPAIQPRALSIIQGRAVGVAHYLLGGIVTTWAFFLARSLSIG

实体 2 Entity 2 polymer

描述 description	Photosystem I P700 chlorophyll a apoprotein A2
分子量 formula_weight	81298.5 kDa
EC 编号 ec_number	1.97.1.12
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	3

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	H,b,B

MTKFPKFSQDLAQDPTTRRIWYGIATAHDFETHDGMTEENLYQKIFASHFGHIAIIFLWTSGTLFHVAWQGNFEQWIKDPLNIRPIAHAIWDPHFGEGAVNAFTQAGASNPVNIAYSGVYHWFYTIGMTTNQELYSGAVFLLVLASLFLFAGWLHLQPKFRPSLAWFKNAESRLNHHLAGLFGVSSLAWAGHLVHVAIPEARGQHVGWDNFLSTPPHPAGLMPFFTGNWGVYAADPDTAGHIFGTSEGAGTAILTFLGGFHPQTESLWLTDIAHHHLAIAVIFIIAGHMYRTNWGIGHSIKEILNAHKGPLTGAGHTNLYDTINNSLHFQLGLALASLGVITSLVAQHMYSLPSYAFIAQDHTTQAALYTHHQYIAGFLMVGAFAHGAIFFVRDYDPVANKDNVLARMLEHKEALISHLSWVSLFLGFHTLGLYVHNDVVVAFGTPEKQILIEPVFAQWIQATSGKALYGFDVLLSNPDSIASTTGAAWLPGWLDAINSGTNSLFLTIGPGDFLVHHAIALGLHTTALILIKGALDARGSKLMPDKKDFGYSFPCDGPGRGGTCDISAWDAFYLAMFWMLNTLGWLTFYWHWKHLGVWSGNVAQFNENSTYLMGWFRDYLWANSAQLINGYNPYGVNNLSVWAWMFLFGHLVWATGFMFLISWRGYWQELIETIVWAHERTPLANLVRWKDKPVALSIVQARLVGLAHFTVGYVLTYAAFLIASTAGKFG

实体 3 Entity 3 polymer

描述 description	Photosystem I iron-sulfur center
分子量 formula_weight	8837.3 kDa
EC 编号 ec_number	1.97.1.12
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	3

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	N,c,C

MSHSVKIYDTCIGCTQCVRACPLDVLEMVPWDGCKAAQIASSPRTEDCVGCKRCETACPTDFLSIRVYLGAETTRSMGLAY

实体 4 Entity 4 polymer

描述 description	Photosystem I reaction center subunit II
分子量 formula_weight	15663.7 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	3

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	O,d,D

MTELSGQPPKFGGSTGGLLSKANREEKYAITWTSASEQVFEMPTGGAAIMNEGENLLYLARKEQCLALGTQLRTKFKPKIQDYKIYRVYPSGEVQYLHPADGVFPEKVNEGREAQGTKTRRIGQNPEPVTIKFSGKAPYEV

实体 5 Entity 5 polymer

描述 description	Photosystem I reaction center subunit IV
分子量 formula_weight	8154.1 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	3

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	P,e,E

MALNRGDKVRIKRTESYWYGDVGTVASVEKSGILYPVIVRFDRVNYNGFSGSASGVNTNNFAENELELVQAAAK

实体 6 Entity 6 polymer

描述 description	Photosystem I reaction center subunit III
分子量 formula_weight	18267.1 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	3

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	Q,f,F

MKHLLALLLAFTLWFNFAPSASADDFANLTPCSENPAYLAKSKNFLNTTNDPNSGKIRAERYASALCGPEGYPHLIVDGRFTHAGDFLIPSILFLYIAGWIGWVGRSYLIEIRESKNPEMQEVVINVPLAIKKMLGGFLWPLAAVGEYTSGKLVMKDSEIPTSPR

实体 7 Entity 7 polymer

描述 description	Photosystem I reaction center subunit VIII
分子量 formula_weight	4414.1 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	3

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	R,i,I

MDGSYAASYLPWILIPMVGWLFPAVTMGLLFIHIESEGEG

实体 8 Entity 8 polymer

描述 description	Photosystem I reaction center subunit IX
分子量 formula_weight	4535.4 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	3

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	S,j,J

MDGLKSFLSTAPVMIMALLTFTAGILIEFNRFYPDLLFHP

实体 9 Entity 9 polymer

描述 description	Photosystem I reaction center subunit PsaK 2
分子量 formula_weight	9312.1 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	3

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	T,k,K

MFNTALLLAQASPTTAGWSLSVGIIMCLCNVFAFVIGYFAIQKTGKGKDLALPQLASKKTFGLPELLATMSFGHILGAGMVLGLASSGIL

实体 10 Entity 10 polymer

描述 description	Photosystem I reaction center subunit XI
分子量 formula_weight	16631.8 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	3

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	U,l,L

MAESNQVVQAYNGDPFVGHLSTPISDSAFTRTFIGNLPAYRKGLSPILRGLEVGMAHGYFLIGPWTLLGPLRDSEYQYIGGLIGALALILVATAALSSYGLVTFQGEQGSGDTLQTADGWSQFAAGFFVGGMGGAFVAYFLLENLSVVDGIFRGLFN

实体 11 Entity 11 polymer

描述 description	Photosystem I reaction center subunit XII
分子量 formula_weight	3382.1 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	3

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	V,m,M

MALSDTQILAALVVALLPAFLAFRLSTELYK

实体 12 Entity 12 non-polymer

描述 description	CHLOROPHYLL A
分子量 formula_weight	893.5 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	282

实体 13 Entity 13 non-polymer

描述 description	2,3-dimethyl-5-[(2E,7R,11R)-3,7,11,15-tetramethylhexadec-2-en-1-yl]cyclohexa-2,5-diene-1,4-dione
分子量 formula_weight	414.7 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	6

实体 14 Entity 14 non-polymer

描述 description	IRON/SULFUR CLUSTER
分子量 formula_weight	351.6 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	9

实体 15 Entity 15 non-polymer

描述 description	BETA-CAROTENE
分子量 formula_weight	536.9 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	45

实体 16 Entity 16 non-polymer

描述 description	1,2-DIPALMITOYL-PHOSPHATIDYL-GLYCEROLE
分子量 formula_weight	723.0 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	12

实体 17 Entity 17 non-polymer

描述 description	1,2-DISTEAROYL-MONOGALACTOSYL-DIGLYCERIDE
分子量 formula_weight	787.2 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	9

实体 18 Entity 18 non-polymer

描述 description	beta,beta-carotene-4,4'-dione
分子量 formula_weight	564.8 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	3

实体 19 Entity 19 non-polymer

描述 description	CHLORIDE ION
分子量 formula_weight	35.5 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	3

实体 20 Entity 20 non-polymer

描述 description	beta,beta-caroten-4-one
分子量 formula_weight	550.9 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	6

实体 21 Entity 21 non-polymer

描述 description	CALCIUM ION
分子量 formula_weight	40.1 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	6

实体 22 Entity 22 non-polymer

描述 description	(3'R)-3'-hydroxy-beta,beta-caroten-4-one
分子量 formula_weight	566.9 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	3

实体 23 Entity 23 non-polymer

描述 description	;(1R,2S)-4-{(1E,3E,5E,7E,9E,11E,13E,15E,17E)-18-[(4S)-4-hydroxy-2,6,6-trimethylcyclohex-1-en-1-yl]-3,7,12,16-tetramethyloctadeca-1,3,5,7,9,11,13,15,17-nonaen-1-yl}-2,5,5-trimethylcyclohex-3-en-1-ol ;
分子量 formula_weight	568.9 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	6

实体 24 Entity 24 non-polymer

描述 description	1,2-DI-O-ACYL-3-O-[6-DEOXY-6-SULFO-ALPHA-D-GLUCOPYRANOSYL]-SN-GLYCEROL
分子量 formula_weight	795.1 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	6

实体 25 Entity 25 non-polymer

描述 description	DIGALACTOSYL DIACYL GLYCEROL (DGDG)
分子量 formula_weight	949.3 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	3

实体 26 Entity 26 non-polymer

描述 description	DODECYL-BETA-D-MALTOSIDE
分子量 formula_weight	510.6 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	3

实体 27 Entity 27 water

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	909

▶

晶胞边长 a length_a	1.000 Å
晶胞边长 b length_b	1.000 Å
晶胞边长 c length_c	1.000 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	—

空间群 space_group	P 1
空间群编号 int_tables_number	1
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	2.03 Å
分辨率测定方法 resolution_method	—
颗粒数 num_particles	375816

Cryo-EM structure of a photosystem I variant containing an unusual plastoquinone derivative in its electron transfer chain

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Photosystem I P700 chlorophyll a apoprotein A1

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

Photosystem I iron-sulfur center

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

Photosystem I reaction center subunit II

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

Photosystem I reaction center subunit IV

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

Photosystem I reaction center subunit III

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

Photosystem I reaction center subunit VIII

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

Photosystem I reaction center subunit IX

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

Photosystem I reaction center subunit PsaK 2

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

Photosystem I reaction center subunit XI

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

Photosystem I reaction center subunit XII

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体