5tc1

In situ structures of the genome and genome-delivery apparatus in ssRNA bacteriophage MS2

Method: ELECTRON MICROSCOPY Dmax: 285.6 Å Quality: GOOD

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Capsid protein

物种未注明

UniProt P03612

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 蛋白–RNA 异源复合物 蛋白 × 9 RNA 1 PDB 声明:decameric(10) 与全部聚合物数一致 链 A; UniProt 1–130 链 B; UniProt 1–130 链 C; UniProt 1–130 链 D; UniProt 1–130 链 E; UniProt 1–130 链 F; UniProt 1–130 链 G; UniProt 1–130 链 H; UniProt 1–130 未记录 Maturation protein × 1 (P03610) phage MS2 genome × 1 ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液:pH 7.4;pH7.4 PBS cryo-EM玻璃化条件:冷冻剂 ETHANE 分辨率 3.60 Å

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly, “相对当前条目”直接指出证据层面的不同;没有差异标签表示当前已读取字段一致。

共 43 个其他 PDB 条目、208 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 CAPSD_BPMS2
Isoform
PDB实体 1
链与序列区间 作者链 A; PDB构建体 1–130; UniProt 1–130 作者链 B; PDB构建体 1–130; UniProt 1–130 作者链 C; PDB构建体 1–130; UniProt 1–130 作者链 D; PDB构建体 1–130; UniProt 1–130 作者链 E; PDB构建体 1–130; UniProt 1–130 作者链 F; PDB构建体 1–130; UniProt 1–130 作者链 G; PDB构建体 1–130; UniProt 1–130 作者链 H; PDB构建体 1–130; UniProt 1–130

Maturation protein

物种未注明

UniProt P03610

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 蛋白–RNA 异源复合物 蛋白 × 9 RNA 1 PDB 声明:decameric(10) 与全部聚合物数一致 链 M; UniProt 1–393 未记录 Capsid protein × 8 (P03612) phage MS2 genome × 1 ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液:pH 7.4;pH7.4 PBS cryo-EM玻璃化条件:冷冻剂 ETHANE 分辨率 3.60 Å

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly, “相对当前条目”直接指出证据层面的不同;没有差异标签表示当前已读取字段一致。

共 1 个其他 PDB 条目、1 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 MAT_BPMS2
Isoform
PDB实体 2
链与序列区间 作者链 M; PDB构建体 1–393; UniProt 1–393

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。 链映射与序列区间收在“数据证据”中;数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护,因此不在读者页面展示。

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

SAXS profile for 5tc1

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

P(r) distribution for 5tc1
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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id5tc1
沉积日期 deposition_date2016-09-13
结构标题 titleIn situ structures of the genome and genome-delivery apparatus in ssRNA bacteriophage MS2
关键词 keywords;asymmetric cryoEM reconstruction, ssRNA genome structure, genome-delivery apparatus, genome-capsid interactions, viral protein-rna complex ;; viral protein/rna
实验方法 methodELECTRON MICROSCOPY

3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier86.47
回转半径 Rg (电子) rg_electron80.12
零角强度 I(0) i01129820000.00
分子量 molecular_weight223760.0 kDa
排除体积 excluded_volume255550 ų
包络体积 envelope_volume758920 ų
水化壳体积 shell_volume83331 ų
包络直径 envelope_diameter253.8
壳层 Rg shell_rg70.94
包络 Rg envelope_rg85.83
形状 Rg shape_rg79.68
总 Rg total_rg81.07
总原子数 total_atoms15393
残基数 n_residues1594
球谐函数阶数 n_harmonics20
q 范围 q_range— – 0.5000 −1
数据点数 n_points101
壳层类型 shell_typedirectional
溶剂电子密度 solvent_density0.3340 e/ų
壳层衬度 contrast_shell0.0300 e/ų
CRYSOL 版本 crysol_version4.1.3

4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax285.6
Rg (实空间) rg_real90.33
Rg 误差 (实空间) rg_real_error1.63
I(0) (实空间) i0_real1.1300e+09
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error2.3100e+07
Rg (倒空间) rg_reciprocal83.75
I(0) (倒空间) i0_reciprocal1121000000.0000
解质量估计 total_estimate0.8573
解质量评级 solution_quality GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks1
主峰位置 r_peak_primary63.5
偏度 Skewness skewness0.320
峰度 Kurtosis kurtosis-0.779
角度范围 angular_range— – 0.0900 −1
当前正则化参数 α current_alpha1.6050
最高正则化参数 α highest_alpha46600000.0000
实空间数据点数 n_real_points19
GNOM 版本 gnom_version4.1.3
质量判据 quality_criteria AN1: 0.000; Oscil: 0.865; Stabil: 0.900; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.877; Smooth: 0.000

5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (3)

7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 8 domains

CATH v4.4 (8 domains)

结构域编号 domain_id5tc1A00
类 Class class3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture30 — 2-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology380 — MS2 Viral Coat Protein
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10 — MS2 Viral Coat Protein
结构域编号 domain_id5tc1B00
类 Class class3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture30 — 2-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology380 — MS2 Viral Coat Protein
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10 — MS2 Viral Coat Protein
结构域编号 domain_id5tc1C00
类 Class class3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture30 — 2-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology380 — MS2 Viral Coat Protein
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10 — MS2 Viral Coat Protein
结构域编号 domain_id5tc1D00
类 Class class3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture30 — 2-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology380 — MS2 Viral Coat Protein
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10 — MS2 Viral Coat Protein
结构域编号 domain_id5tc1E00
类 Class class3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture30 — 2-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology380 — MS2 Viral Coat Protein
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10 — MS2 Viral Coat Protein
结构域编号 domain_id5tc1F00
类 Class class3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture30 — 2-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology380 — MS2 Viral Coat Protein
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10 — MS2 Viral Coat Protein
结构域编号 domain_id5tc1G00
类 Class class3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture30 — 2-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology380 — MS2 Viral Coat Protein
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10 — MS2 Viral Coat Protein
结构域编号 domain_id5tc1H00
类 Class class3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture30 — 2-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology380 — MS2 Viral Coat Protein
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10 — MS2 Viral Coat Protein

8. 引用文献 (1)

9. 文件与曲线 (10)