5u5p

Crystal Structure and X-ray Diffraction Data Collection of Importin-alpha from Mus Musculus Complexed with a MLH1 NLS Peptide

Method: X-RAY DIFFRACTION Dmax: 98.5 Å Quality: REASONABLE

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

DNA mismatch repair protein Mlh1

物种未注明

UniProt P40692

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 蛋白异源复合物 异源复合物 蛋白 × 3 PDB 声明:trimeric(3) 与蛋白拷贝数一致 链 B; UniProt 467–476 链 C; UniProt 467–476 未记录 Importin subunit alpha-1 × 1 (P52293) DTT 2,3-DIHYDROXY-1,4-DITHIOBUTANE × 1 X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件:VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP;291 K;0.600-0.625 M sodium citrate (pH 6) 10 mM DTT 分辨率 2.17 Å R-free 0.211

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly, “相对当前条目”直接指出证据层面的不同;没有差异标签表示当前已读取字段一致。

共 6 个其他 PDB 条目、6 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 MLH1_HUMAN
Isoform
PDB实体 1
链与序列区间 作者链 B; PDB构建体 1–10; UniProt 467–476 作者链 C; PDB构建体 1–10; UniProt 467–476

Importin subunit alpha-1

Mus musculus

UniProt P52293

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 蛋白异源复合物 异源复合物 蛋白 × 3 PDB 声明:trimeric(3) 与蛋白拷贝数一致 链 A; UniProt 70–529 片段:residues 70-529 DNA mismatch repair protein Mlh1 × 2 (P40692) DTT 2,3-DIHYDROXY-1,4-DITHIOBUTANE × 1 X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件:VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP;291 K;0.600-0.625 M sodium citrate (pH 6) 10 mM DTT 分辨率 2.17 Å R-free 0.211

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly, “相对当前条目”直接指出证据层面的不同;没有差异标签表示当前已读取字段一致。

共 150 个其他 PDB 条目、151 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 IMA1_MOUSE
Isoform
PDB实体 2
链与序列区间 作者链 A; PDB构建体 51–510; UniProt 70–529

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。 链映射与序列区间收在“数据证据”中;数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护,因此不在读者页面展示。

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

SAXS profile for 5u5p

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

P(r) distribution for 5u5p
下载 Download

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id5u5p
沉积日期 deposition_date2016-12-07
结构标题 titleCrystal Structure and X-ray Diffraction Data Collection of Importin-alpha from Mus Musculus Complexed with a MLH1 NLS Peptide
关键词 keywordsNuclear transport, Importin-alpha, MLH1, NLS, TRANSPORT PROTEIN; TRANSPORT PROTEIN
实验方法 methodX-RAY DIFFRACTION

3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier27.73
回转半径 Rg (电子) rg_electron27.56
零角强度 I(0) i037116100.00
分子量 molecular_weight48553.0 kDa
排除体积 excluded_volume61255 ų
包络体积 envelope_volume72206 ų
水化壳体积 shell_volume23387 ų
包络直径 envelope_diameter102.2
壳层 Rg shell_rg32.74
包络 Rg envelope_rg27.78
形状 Rg shape_rg27.59
总 Rg total_rg27.99
总原子数 total_atoms3410
残基数 n_residues444
球谐函数阶数 n_harmonics20
q 范围 q_range— – 0.5000 −1
数据点数 n_points101
壳层类型 shell_typedirectional
溶剂电子密度 solvent_density0.3340 e/ų
壳层衬度 contrast_shell0.0300 e/ų
CRYSOL 版本 crysol_version4.1.3

4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax98.5
Rg (实空间) rg_real28.08
Rg 误差 (实空间) rg_real_error0.86
I(0) (实空间) i0_real3.7120e+07
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error5.6970e+05
Rg (倒空间) rg_reciprocal27.97
I(0) (倒空间) i0_reciprocal37110000.0000
解质量估计 total_estimate0.5696
解质量评级 solution_quality REASONABLE a REASONABLE solution
P(r) 峰数 n_peaks2
主峰位置 r_peak_primary22.5
偏度 Skewness skewness0.556
峰度 Kurtosis kurtosis-0.356
角度范围 angular_range— – 0.2850 −1
当前正则化参数 α current_alpha0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha15920000.0000
实空间数据点数 n_real_points58
GNOM 版本 gnom_version4.1.3
质量判据 quality_criteria AN1: 0.000; Oscil: 0.591; Stabil: 1.000; Sysdev: 0.075; Positv: 1.000; Valcen: 0.518; Smooth: 0.883

5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (4)

7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 1 domains

CATH v4.4 (1 domains)

结构域编号 domain_id5u5pA00
类 Class class1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture25 — Alpha Horseshoe
拓扑 Topology topology10 — Leucine-rich Repeat Variant
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10 — Leucine-rich Repeat Variant

8. 引用文献 (1)

9. 文件与曲线 (10)