5uyx

Structure of Human T-complex protein 1 subunit epsilon (CCT5)

Method: X-RAY DIFFRACTION Dmax: 160.5 Å Quality: REASONABLE

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

T-complex protein 1 subunit epsilon

Homo sapiens

UniProt P48643

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 蛋白同源多聚体 同源多聚体 蛋白 × 16 PDB 声明:hexadecameric(16) 与蛋白拷贝数一致 链 A; UniProt 1–541 链 B; UniProt 1–541 链 C; UniProt 1–541 链 D; UniProt 1–541 未记录 ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 16 X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件:VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP;pH 6.4;298 K;0.1 M Sodium acetate, 0.04 Mcitric acid, 0.06 MBis-tris propane pH 6.4, 25 %PEG400 分辨率 3.50 Å R-free 0.318

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly, “相对当前条目”直接指出证据层面的不同;没有差异标签表示当前已读取字段一致。

共 68 个其他 PDB 条目、68 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 TCPE_HUMAN
Isoform
PDB实体 1
链与序列区间 作者链 A; PDB构建体 1–541; UniProt 1–541 作者链 B; PDB构建体 1–541; UniProt 1–541 作者链 C; PDB构建体 1–541; UniProt 1–541 作者链 D; PDB构建体 1–541; UniProt 1–541

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。 链映射与序列区间收在“数据证据”中;数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护,因此不在读者页面展示。

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

SAXS profile for 5uyx

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

P(r) distribution for 5uyx
下载 Download

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id5uyx
沉积日期 deposition_date2017-02-24
结构标题 titleStructure of Human T-complex protein 1 subunit epsilon (CCT5)
关键词 keywordschaperonin Hexadecameric complex ATP-dependent CCT5 gene, CHAPERONE; CHAPERONE
实验方法 methodX-RAY DIFFRACTION

3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier49.81
回转半径 Rg (电子) rg_electron50.88
零角强度 I(0) i0664156000.00
分子量 molecular_weight211180.0 kDa
排除体积 excluded_volume264250 ų
包络体积 envelope_volume419960 ų
水化壳体积 shell_volume70700 ų
包络直径 envelope_diameter170.4
壳层 Rg shell_rg51.23
包络 Rg envelope_rg50.70
形状 Rg shape_rg50.97
总 Rg total_rg50.59
总原子数 total_atoms14749
残基数 n_residues1901
球谐函数阶数 n_harmonics20
q 范围 q_range— – 0.5000 −1
数据点数 n_points101
壳层类型 shell_typedirectional
溶剂电子密度 solvent_density0.3340 e/ų
壳层衬度 contrast_shell0.0300 e/ų
CRYSOL 版本 crysol_version4.1.3

4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax160.5
Rg (实空间) rg_real50.34
Rg 误差 (实空间) rg_real_error1.58
I(0) (实空间) i0_real6.6420e+08
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error1.3370e+07
Rg (倒空间) rg_reciprocal49.82
I(0) (倒空间) i0_reciprocal663700000.0000
解质量估计 total_estimate0.6108
解质量评级 solution_quality REASONABLE a REASONABLE solution
P(r) 峰数 n_peaks1
主峰位置 r_peak_primary55.2
偏度 Skewness skewness0.541
峰度 Kurtosis kurtosis-0.220
角度范围 angular_range— – 0.1600 −1
当前正则化参数 α current_alpha0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha30130000.0000
实空间数据点数 n_real_points33
GNOM 版本 gnom_version4.1.3
质量判据 quality_criteria AN1: 0.000; Oscil: 0.887; Stabil: 0.999; Sysdev: 0.087; Positv: 1.000; Valcen: 0.967; Smooth: 0.047

5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (2)

7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 5 domains

CATH v4.4 (5 domains)

结构域编号 domain_id5uyxA01
类 Class class1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture10 — Orthogonal Bundle
拓扑 Topology topology560 — GROEL; domain 1
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10 — GroEL-like equatorial domain
结构域编号 domain_id5uyxB01
类 Class class1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture10 — Orthogonal Bundle
拓扑 Topology topology560 — GROEL; domain 1
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10 — GroEL-like equatorial domain
结构域编号 domain_id5uyxB02
类 Class class3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture30 — 2-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology260 — GROEL; domain 2
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10 — TCP-1-like chaperonin intermediate domain
结构域编号 domain_id5uyxC01
类 Class class1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture10 — Orthogonal Bundle
拓扑 Topology topology560 — GROEL; domain 1
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10 — GroEL-like equatorial domain
结构域编号 domain_id5uyxD01
类 Class class1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture10 — Orthogonal Bundle
拓扑 Topology topology560 — GROEL; domain 1
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10 — GroEL-like equatorial domain

8. 引用文献 (1)

9. 文件与曲线 (10)