5v21

Crystal structure of human SETD2 SET-domain in complex with H3K36M peptide and SAM

Method: X-RAY DIFFRACTION D_max: 68.9 Å Quality: GOOD

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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Histone-lysine N-methyltransferase SETD2

Homo sapiens

当前结构中的状态

Assembly	聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与共同组分	实验方法与环境	结构质量
1	蛋白异源复合物异源复合物蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2）与蛋白拷贝数一致	链 A； UniProt 1435–1711	片段：SET domain (UNP residues 1435-1711)	Histone H3K36M peptide × 1 ZN ZINC ION × 3 SAM S-ADENOSYLMETHIONINE × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 6.5；293 K；0.1 M KSCN, 24% (v/v) PEG 2000 MME	分辨率 2.42 Å R-free 0.269

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

其他 PDB	相对当前条目 5V21	Assembly / 聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与非聚合物	实验方法与环境	结构质量
2A7O Solution Structure of the hSet2/HYPB SRI domain 提交 2005-07-05	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 1954–2061（108 aa）片段：Set2 Rpb1-interacting (SRI) domain, HSET2/HYBP SRI domain, residues 1954-2061	未记录	未记录非水小分子	SOLUTION NMR NMR测量条件 pH 7；300 K；离子强度（mmCIF原始值）100 mM KCl；压力 ambient NMR样品组成 U-15N (random labeling) HYPB, 90% H2O, 10% D2O \| 90% H2O/10% D2O NMR样品组成 U-95% 13C, U-98% 15N labeled HYPB, 90% H2O, 10% D2O \| 90% H2O/10% D2O NMR样品组成 Residue selective labeling with 15N-lysine HYPB, 90% H2O, 10% D2O \| 90% H2O/10% D2O NMR样品组成 U-95% 13C, U-98% 15N HYPB, 100% D2O \| 100% D2O NMR样品组成 Unlabeled HYPB,100% D2O \| 100% D2O NMR样品组成 10% 13C (fractional labeling) HYPB,100% D2O \| 100% D2O	分辨率未提供
2MDC Solution structure of the WW domain of HYPB 提交 2013-09-10	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 2385–2430（46 aa）片段：UNP residues 2385- 2430	未记录	未记录非水小分子	SOLUTION NMR NMR测量条件 pH 6；298 K；离子强度（mmCIF原始值）0.08；压力 ambient NMR样品组成 500 mM [U-99% 13C; U-99% 15N] H2O-1, 95% H2O/5% D2O \| 95% H2O/5% D2O	分辨率未提供
2MDI Solution structure of the PP2WW mutant (KPP2WW) of HYPB 提交 2013-09-10	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 2377–2430（54 aa）片段：UNP residues 2377-2430	突变：K11A, P12A, K13A	未记录非水小分子	SOLUTION NMR NMR测量条件 pH 6.5；298 K；离子强度（mmCIF原始值）0.08；压力 ambient NMR样品组成 500 uM [U-99% 13C; U-99% 15N] KPP2WW-1, 20 mM sodium phosphate-2, 50 mM sodium chloride-3, 5%(w/v) sodium azide-4, 95% H2O/5% D2O \| 95% H2O/5% D2O	分辨率未提供
2MDJ Solution structure of WW domain with polyproline stretch (PP2WW) of HYPB 提交 2013-09-11	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 2377–2430（54 aa）片段：UNP residues 2377-2430	未记录	未记录非水小分子	SOLUTION NMR NMR测量条件 pH 6.5；298 K；离子强度（mmCIF原始值）0.08；压力 ambient NMR样品组成 500uM [U-99% 13C; U-99% 15N] PP2WW-1, 20mM sodium phosphate-2, 50mM sodium chloride-3, 0.05%(w/v) sodium azide-4, 95% H2O/5% D2O \| 95% H2O/5% D2O	分辨率未提供
4FMU Crystal structure of Methyltransferase domain of human SET domain-containing protein 2 Compound: Pr-SNF 提交 2012-06-18	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 1434–1711（278 aa）	未记录	ZN ZINC ION × 3 0UM (2S,5S)-2-amino-6-[(2R,3S,4R,5R)-5-(6-amino-9H-purin-9-yl)-3,4-dihydroxytetrahydrofuran-2-yl]-5-(propylamino)hexanoic acid × 1 UNX UNKNOWN LIGAND × 13	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.5；293 K；20% PEG4000, 10% isoprpanol, 0.1M HEPES pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K	分辨率 2.10 Å R-free 0.235
4H12 The crystal structure of methyltransferase domain of human SET domain-containing protein 2 in complex with S-adenosyl-L-homocysteine 提交 2012-09-10	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 1434–1711（278 aa）片段：methyltransferase domain (UNP residues 1434-1711)	未记录	ZN ZINC ION × 3 SAH S-ADENOSYL-L-HOMOCYSTEINE × 1 CL CHLORIDE ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；298 K；1 uL protein (1:10 molar ratio of SETD2:AdoMet) + 1 uL reservoir solution (30% PEG2000 MME, 0.1 M potassium thiocyanate), VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K	分辨率 2.06 Å R-free 0.249
5JJY Crystal structure of SETD2 bound to histone H3.3 K36M peptide 提交 2016-04-25	构建体不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 1434–1711（278 aa）片段：catalytic domain, UNP residues 1434-1711	未记录	ZN ZINC ION × 3 SAH S-ADENOSYL-L-HOMOCYSTEINE × 1 SCN THIOCYANATE ION × 5	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8.5；277 K；0.2 M KSCN, 0.1 M Bis-Tris Propane, 20% PEG3350	分辨率 2.05 Å R-free 0.213
5JLB Crystal structure of SETD2 bound to histone H3.3 K36I peptide 提交 2016-04-26	构建体不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 1434–1711（278 aa）片段：catalytic domain, UNP residues 1434-1711	未记录	SAH S-ADENOSYL-L-HOMOCYSTEINE × 1 SCN THIOCYANATE ION × 3 GOL GLYCEROL × 2 ZN ZINC ION × 3	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8.5；277 K；0.2 M KSCN, 0.1 M Bis-Tris Propane, 20% PEG3350	分辨率 1.50 Å R-free 0.190
5JLE Crystal structure of SETD2 bound to SAH 提交 2016-04-27	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 1434–1711（278 aa）片段：catalytic domain, UNP residues 1434-1711	未记录	ZN ZINC ION × 3 SAH S-ADENOSYL-L-HOMOCYSTEINE × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8；291 K；0.1 M KSCN, 30% PEG2000mme	分辨率 2.40 Å R-free 0.250
5LSS Structure of the Epigenetic Oncogene MMSET and inhibition by N-Alkyl Sinefungin Derivatives 提交 2016-09-05	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 1433–1711（279 aa）片段：UNP residues 1433-1711	未记录	ZN ZINC ION × 3 SCN THIOCYANATE ION × 1 76H [(2~{S},5~{R})-1-[(2~{R},3~{S},4~{R},5~{R})-5-(6-aminopurin-9-yl)-3,4-bis(oxidanyl)oxolan-2-yl]-5-azaniumyl-6-oxidanyl-6-oxidanylidene-hexan-2-yl]-propyl-azanium × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7；293 K；0.1M KSCN, 31.0%w/v PEG 3350, 0.1M HEPES/NaOHpH=7	分辨率 1.79 Å R-free 0.226
5LSX Structure of the Epigenetic Oncogene MMSET and inhibition by N-Alkyl Sinefungin Derivatives 提交 2016-09-05	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 1433–1711（279 aa）片段：UNP residues 1433-1711	未记录	ZN ZINC ION × 3 76O [(2~{R},5~{S})-1-[(2~{R},3~{S},4~{R},5~{R})-5-(6-aminopurin-9-yl)-3,4-bis(oxidanyl)oxolan-2-yl]-5-azaniumyl-6-oxidanyl-6-oxidanylidene-hexan-2-yl]-(phenylmethyl)azanium × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；293 K；0.1M Hepes, pH 7.3, 0.1MKSCN, 25-30%MPEG2000	分辨率 2.90 Å R-free 0.280
5LSY Structure of the Epigenetic Oncogene MMSET and inhibition by N-Alkyl Sinefungin Derivatives 提交 2016-09-05	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 1433–1711（279 aa）片段：UNP residues 1433-1711	未记录	ZN ZINC ION × 3 SCN THIOCYANATE ION × 1 76M [(2~{S},5~{R})-1-[(2~{R},3~{S},4~{R},5~{R})-5-(6-aminopurin-9-yl)-3,4-bis(oxidanyl)oxolan-2-yl]-5-azaniumyl-6-oxidanyl-6-oxidanylidene-hexan-2-yl]-(2-methylpropyl)azanium × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION；293 K；0.1M Hepes, PH7.3, 0.1MKSCN, 25-30%MPEG2000	分辨率 1.62 Å R-free 0.215
5LSZ Structure of the Epigenetic Oncogene MMSET and inhibition by N-Alkyl Sinefungin Derivatives 提交 2016-09-05	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 1433–1711（279 aa）片段：UNP residues 1433-1711	未记录	ZN ZINC ION × 3 SCN THIOCYANATE ION × 2 76K [(2~{S},5~{R})-1-[(2~{R},3~{S},4~{R},5~{R})-5-(6-aminopurin-9-yl)-3,4-bis(oxidanyl)oxolan-2-yl]-5-azaniumyl-6-oxidanyl-6-oxidanylidene-hexan-2-yl]-(3-oxidanylpropyl)azanium × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；293 K；0.1M Hepes pH7.3, 0.1MKSCN, 25-30%MPEG2000	分辨率 1.62 Å R-free 0.201
5LT6 Structure of the Epigenetic Oncogene MMSET and inhibition by N-Alkyl Sinefungin Derivatives 提交 2016-09-06	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 1433–1711（279 aa）片段：UNP residues 1433-1711	未记录	ZN ZINC ION × 3 SCN THIOCYANATE ION × 1 76J [(2~{S},5~{S})-1-[(2~{R},3~{S},4~{R},5~{R})-5-(6-aminopurin-9-yl)-3,4-bis(oxidanyl)oxolan-2-yl]-5-azaniumyl-6-oxidanyl-6-oxidanylidene-hexan-2-yl]-pentyl-azanium × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；293 K；0.1MHepes,pH7.3, 0.1MKSCN, 25-30%MPEG2000.	分辨率 2.05 Å R-free 0.231
5LT6 Structure of the Epigenetic Oncogene MMSET and inhibition by N-Alkyl Sinefungin Derivatives 提交 2016-09-06	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 B 1433–1711（279 aa）片段：UNP residues 1433-1711	未记录	ZN ZINC ION × 3 SCN THIOCYANATE ION × 1 76J [(2~{S},5~{S})-1-[(2~{R},3~{S},4~{R},5~{R})-5-(6-aminopurin-9-yl)-3,4-bis(oxidanyl)oxolan-2-yl]-5-azaniumyl-6-oxidanyl-6-oxidanylidene-hexan-2-yl]-pentyl-azanium × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；293 K；0.1MHepes,pH7.3, 0.1MKSCN, 25-30%MPEG2000.	分辨率 2.05 Å R-free 0.231
5LT7 Structure of the Epigenetic Oncogene MMSET and inhibition by N-Alkyl Sinefungin Derivatives 提交 2016-09-06	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 1433–1711（279 aa）	未记录	ZN ZINC ION × 3 SCN THIOCYANATE ION × 2 76L [(2~{S},5~{R})-1-[(2~{R},3~{S},4~{R},5~{R})-5-(6-aminopurin-9-yl)-3,4-bis(oxidanyl)oxolan-2-yl]-5-azaniumyl-6-oxidanyl-6-oxidanylidene-hexan-2-yl]-[(2~{R})-2-oxidanylpropyl]azanium × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；293 K；0.1M Hepes, PH7.3, 0.1MKSCN, 25-30%MPEG2000	分辨率 1.51 Å R-free 0.192
5LT8 Structure of the Epigenetic Oncogene MMSET and inhibition by N-Alkyl Sinefungin Derivatives 提交 2016-09-06	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 1433–1711（279 aa）	未记录	ZN ZINC ION × 3 SFG SINEFUNGIN × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；293 K；0.1M HEPES, PH7.3, 0.1MKSCN, 25-30%MPEG2000	分辨率 1.57 Å R-free 0.216
5V22 Crystal structure of human SETD2 SET-domain in complex with H3K36M peptide and SAH 提交 2017-03-02	配体/离子不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 1435–1711（277 aa）片段：SET domain (UNP residues 1435-1711)	未记录	ZN ZINC ION × 3 SAH S-ADENOSYL-L-HOMOCYSTEINE × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 6.5；293 K；0.1 M KSCN, 24% (v/v) PEG 2000 MME	分辨率 2.40 Å R-free 0.257
6J9J crystal structure of SESTD2 in complex with H3.3S31phK36M peptide 提交 2019-01-23	构建体不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 1447–1703（257 aa）	未记录	ZN ZINC ION × 3 SAH S-ADENOSYL-L-HOMOCYSTEINE × 1 SCN THIOCYANATE ION × 4	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 8.5；277 K；0.2M potassium thiocyanate, 0.1M Bis-Tris propane,20% PEG 3350	分辨率 1.78 Å R-free 0.206
6VDB SETD2 in complex with a H3-variant super-substrate peptide 提交 2019-12-24	构建体不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 1433–1711（279 aa）	未记录	SAH S-ADENOSYL-L-HOMOCYSTEINE × 1 UNX UNKNOWN LIGAND × 20 ZN ZINC ION × 3 SCN THIOCYANATE ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；291 K；0.2 M KSCN, 0.1 M Tris-HCl pH 8.5, and 26% PEG 3350	分辨率 2.30 Å R-free 0.263
7EA8 Human SETD2 bound to a nucleosome containing oncohistone mutations 提交 2021-03-06	构建体不同聚集状态不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 9 PDB 声明：undecameric	链 L 1452–1696（245 aa）	未记录	ZN ZINC ION × 3 SAM S-ADENOSYLMETHIONINE × 1	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.5 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.10 Å
7EVR Crystal structure of hnRNP L RRM2 in complex with SETD2 提交 2021-05-22	构建体不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 B 2167–2192（26 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；293 K；0.8M Potassium/Sodium phosphate, pH 7.5	分辨率 1.80 Å R-free 0.198
7EVR Crystal structure of hnRNP L RRM2 in complex with SETD2 提交 2021-05-22	构建体不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 D 2167–2192（26 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；293 K；0.8M Potassium/Sodium phosphate, pH 7.5	分辨率 1.80 Å R-free 0.198
7EVS Crystal structure of hnRNP LL RRM2 in complex with SETD2 提交 2021-05-22	构建体不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 C 2180–2192（13 aa）	未记录	SO4 SULFATE ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；293 K；0.3M Ammonium Sulfate, 20% PEG 4000	分辨率 1.60 Å R-free 0.204
7EVS Crystal structure of hnRNP LL RRM2 in complex with SETD2 提交 2021-05-22	构建体不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 D 2180–2192（13 aa）	未记录	SO4 SULFATE ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；293 K；0.3M Ammonium Sulfate, 20% PEG 4000	分辨率 1.60 Å R-free 0.204
7LZB Crystal Structure of SETD2 bound to Compound 2 提交 2021-03-09	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 1434–1711（278 aa）	未记录	ZN ZINC ION × 3 SAM S-ADENOSYLMETHIONINE × 1 YJ1 N-[(1r,4r)-4-(beta-alanylamino)cyclohexyl]-7-methyl-1H-indole-2-carboxamide × 1 BME BETA-MERCAPTOETHANOL × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；293 K；0.1 M Potassium thiocyanate, 0.1M Tris pH 7.8, 25% w/v PEG 2000 MME	分辨率 2.28 Å R-free 0.264
7LZD Crystal Structure of SETD2 bound to Compound 35 提交 2021-03-09	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 1434–1711（278 aa）	未记录	ZN ZINC ION × 3 SAM S-ADENOSYLMETHIONINE × 1 YHY N-{3-[4-(dimethylamino)piperidin-1-yl]phenyl}-4-fluoro-7-methyl-1H-indole-2-carboxamide × 1 EDO 1,2-ETHANEDIOL × 9 DMS DIMETHYL SULFOXIDE × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；293 K；0.1 M Potassium thiocyanate, 0.1 M HEPES pH 7.5, 24% w/v PEG 2000 MME	分辨率 1.80 Å R-free 0.218
7LZF Crystal Structure of SETD2 bound to Compound 57 提交 2021-03-09	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 1434–1711（278 aa）	未记录	ZN ZINC ION × 3 SAM S-ADENOSYLMETHIONINE × 1 YHV 4-fluoro-N-[(1R,3S)-3-{(3S)-3-[(methanesulfonyl)(methyl)amino]pyrrolidin-1-yl}cyclohexyl]-7-methyl-1H-indole-2-carboxamide × 1 EDO 1,2-ETHANEDIOL × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；293 K；0.1 M Potassium thiocyanate, 0.1 M Tris pH 7.5, 18% w/v PEG 2000 MME	分辨率 2.47 Å R-free 0.263
7TY2 Crystal Structure of SETD2 Bound to an Indole-based Inhibitor 提交 2022-02-11	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 1434–1711（278 aa）	未记录	ZN ZINC ION × 3 SAM S-ADENOSYLMETHIONINE × 1 KS6 N-[(1R,3S)-3-(4-acetylpiperazin-1-yl)cyclohexyl]-4-fluoro-7-methyl-1H-indole-2-carboxamide × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；293 K；0.1 M Potassium thiocyanate, 0.1 M HEPES 7.5, 18% w/v PEG 2000 MME	分辨率 2.44 Å R-free 0.270
7TY3 Crystal Structure of SETD2 Bound to an Indole-based Inhibitor 提交 2022-02-11	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 1434–1711（278 aa）	未记录	ZN ZINC ION × 3 SAM S-ADENOSYLMETHIONINE × 1 KRF N-[(1R,3R)-3-(4-acetylpiperazin-1-yl)cyclohexyl]-4-fluoro-7-methyl-1H-indole-2-carboxamide × 1 EDO 1,2-ETHANEDIOL × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；293 K；0.1 M Potassium thiocyanate, 0.1 M Tris pH 7.5, 18% w/v PEG 2000 MME	分辨率 2.30 Å R-free 0.270
8Q5P Structure of the lysine methyltransferase SETD2 in complex with a peptide derived from human tyrosine kinase ACK1 提交 2023-08-09	构建体不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 1433–1711（279 aa）片段：UNP residues 1433-1711	未记录	ZN ZINC ION × 3 SAM S-ADENOSYLMETHIONINE × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION；293 K；0.1M TRIS pH 8.5, 16%w/v PEG 10000	分辨率 1.81 Å R-free 0.246
8RZU Structure of human SETD2 L1609P mutant in complex with SAM and H3K36M peptide 提交 2024-02-13	构建体不同突变/修饰不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 1433–1711（279 aa）	突变：L1609P	ZN ZINC ION × 3 SAM S-ADENOSYLMETHIONINE × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION；293 K；32% w/v PEG 4K, 100mM Tris, 800mM LiCl, pH 8.5	分辨率 2.19 Å R-free 0.264
9EGZ RNA polymerase II-DSIF-SPT6-PAF1c-TFIIS-IWS1-SETD2-nucleosome, bp +27 提交 2024-11-21	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 其他组合异源复合物；蛋白 × 32 PDB 声明：35-meric	链 l 1435–2564（1130 aa）	未记录	ZN ZINC ION × 12 MG MAGNESIUM ION × 1	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.4 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 2.90 Å
9EH0 RNA polymerase II-DSIF-SPT6-PAF1c-TFIIS-IWS1-SETD2-nucleosome, 30 bp upstream 提交 2024-11-21	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 其他组合异源复合物；蛋白 × 32 PDB 声明：35-meric	链 l 1435–2564（1130 aa）	未记录	ZN ZINC ION × 9 MG MAGNESIUM ION × 1	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.4 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.60 Å
9EH1 RNA polymerase II-DSIF-SPT6-PAF1c-TFIIS-IWS1-SETD2-nucleosome, 20 bp upstream 提交 2024-11-21	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 其他组合异源复合物；蛋白 × 32 PDB 声明：35-meric	链 l 1452–2040（589 aa）	未记录	ZN ZINC ION × 9 MG MAGNESIUM ION × 1	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.4 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.10 Å
9EH2 RNA polymerase II-DSIF-SPT6-PAF1c-TFIIS-IWS1-SETD2-FACT nucleosome upstream 提交 2024-11-21	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 其他组合异源复合物；蛋白 × 32 PDB 声明：35-meric	链 l 1435–2564（1130 aa）	未记录	ZN ZINC ION × 9 MG MAGNESIUM ION × 1	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.4 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.10 Å
9G4A Structure of human SETD2 T1663M mutant in complex with SAM and H3K36M peptide 提交 2024-07-15	构建体不同突变/修饰不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 1433–1711（279 aa）	突变：T1663M	ZN ZINC ION × 3 SAM S-ADENOSYLMETHIONINE × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION；pH 8.5；293 K；32% w/v PEG 4K, 100mM Tris, 800mM LiCl	分辨率 1.65 Å R-free 0.241
9GW2 State 2 MAP 1 SETD2 bound to proximal H3 of upstream nucleosome 提交 2024-09-26	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 10 PDB 声明：12-meric	链 O 1435–2564（1130 aa）	未记录	未记录非水小分子	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.4 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 4.84 Å
9HGG SETD2 peptide bound to SPOP MATH domain 提交 2024-11-19	构建体不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 B 1363–1379（17 aa）	未记录	MG MAGNESIUM ION × 5	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；291 K；10% w/v PEG 20 000, 20% v/v PEG MME 550, 0.03 M sodium fluoride, 0.03 M sodium bromide, 0.1 M MES/imidazole pH 6.5	分辨率 1.90 Å R-free 0.256
9RTN State 2 MAP 2 SPT6 with SETD2 提交 2025-07-03	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 5 PDB 声明：pentameric	链 O 1435–2564（1130 aa）	未记录	未记录非水小分子	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.4 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.82 Å
9RZC State 3 MAP 1 SETD2 bound to distal H3 of upstream nucleosome 提交 2025-07-15	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 10 PDB 声明：12-meric	链 O 1435–2564（1130 aa）	未记录	未记录非水小分子	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.4 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.66 Å
9RZD State 3 MAP 2 SPT6 with SETD2 提交 2025-07-15	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 5 PDB 声明：pentameric	链 O 1435–2564（1130 aa）	未记录	未记录非水小分子	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.4 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.69 Å
9RZE State 2 MAP 3 RNA Pol II activated elongation complex with SETD2 bound to proximal upstream H3 提交 2025-07-15	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 其他组合异源复合物；蛋白 × 31 PDB 声明：34-meric	链 O 1435–2564（1130 aa）	未记录	ZN ZINC ION × 9 MG MAGNESIUM ION × 1	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.4 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 8.53 Å
9S0U State 3 MAP 3 RNA Pol II activated elongation complex with SETD2 bound to distal upstream H3 提交 2025-07-17	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 其他组合异源复合物；蛋白 × 32 PDB 声明：35-meric	链 O 1435–2564（1130 aa）	未记录	ZN ZINC ION × 9 MG MAGNESIUM ION × 1	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.4 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 6.72 Å
9S3G State 1 MAP3 RNA Pol II activated elongation complex with SETD2 and upstream hexasome 提交 2025-07-24	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 其他组合异源复合物；蛋白 × 31 PDB 声明：34-meric	链 O 1435–2564（1130 aa）	未记录	ZN ZINC ION × 9 MG MAGNESIUM ION × 1	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.4 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 6.40 Å

共 42 个其他 PDB 条目、45 个 assembly。打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	SETD2_HUMAN
Isoform	—
PDB实体	1
链与序列区间	作者链 A； PDB构建体 21–297； UniProt 1435–1711

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

下载 Download SAXS (.dat) P(r) (.pr.out) CIF

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	5v21
沉积日期 deposition_date	2017-03-02
结构标题 title	Crystal structure of human SETD2 SET-domain in complex with H3K36M peptide and SAM
关键词 keywords	Methyltransferase, TRANSFERASE; TRANSFERASE
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	20.20 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	19.16 Å
零角强度 I(0) i0	18516700.00
分子量 molecular_weight	30388.0 kDa
排除体积 excluded_volume	37105 Å³
包络体积 envelope_volume	44037 Å³
水化壳体积 shell_volume	19471 Å³
包络直径 envelope_diameter	70.2 Å
壳层 Rg shell_rg	25.46 Å
包络 Rg envelope_rg	19.61 Å
形状 Rg shape_rg	19.11 Å
总 Rg total_rg	20.16 Å
总原子数 total_atoms	2111
残基数 n_residues	260
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

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4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	68.9 Å
Rg (实空间) rg_real	20.16 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	0.45 Å
I(0) (实空间) i0_real	1.8520e+07
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	2.3500e+05
Rg (倒空间) rg_reciprocal	20.17 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	18520000.0000
解质量估计 total_estimate	0.8765
解质量评级 solution_quality	GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks	2
主峰位置 r_peak_primary	24.6 Å
偏度 Skewness skewness	0.296
峰度 Kurtosis kurtosis	-0.253
角度范围 angular_range	— – 0.3950 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha	3020000.0000
实空间数据点数 n_real_points	71
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.811; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.994; Smooth: 0.962

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5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

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6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (5)

实体 1 Entity 1 polymer

描述 description	Histone-lysine N-methyltransferase SETD2
分子量 formula_weight	34368.2 kDa
EC 编号 ec_number	2.1.1.43
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A
原子数 atom_count	2147

MHHHHHHSSGRENLYFQGHMETSVPPGSALVGPSCVMDDFRDPQRWKECAKQGKMPCYFDLIEENVYLTERKKNKSHRDIKRMQCECTPLSKDERAQGEIACGEDCLNRLLMIECSSRCPNGDYCSNRRFQRKQHADVEVILTEKKGWGLRAAKDLPSNTFVLEYCGEVLDHKEFKARVKEYARNKNIHYYFMALKNDEIIDATQKGNCSRFMNHSCEPNCETQKWTVNGQLRVGFFTTKLVPSGSELTFDYQFQRYGKEAQKCFCGSANCRGYLGGENRVSIRAAGGKMKKERSRK

来源 Source

来源生物 organism	Homo sapiens
通用名 common_name	Human
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9606
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

实体 2 Entity 2 polymer

描述 description	Histone H3K36M peptide
分子量 formula_weight	1641.9 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	B

APATGGVMKPHRYRP

实体 3 Entity 3 non-polymer

描述 description	ZINC ION
分子量 formula_weight	65.4 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	3

实体 4 Entity 4 non-polymer

描述 description	S-ADENOSYLMETHIONINE
分子量 formula_weight	398.4 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

实体 5 Entity 5 water

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	36

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8. 引用文献 (1)

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晶胞边长 a length_a	58.493 Å
晶胞边长 b length_b	76.316 Å
晶胞边长 c length_c	77.179 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	4

空间群 space_group	P 21 21 21
空间群编号 int_tables_number	19
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	2.415 Å
最低分辨率 resolution_low	29.528 Å
R 因子 r_factor	0.2073
R_work r_work	0.2040
R_free r_free	0.2693

fit	/app/data/saxs_computation/v2/5v21/5v21.fit
pddf	/app/data/pr_computation/v2/5v21/5v21.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/v2/5v21/5v21.dat

Crystal structure of human SETD2 SET-domain in complex with H3K36M peptide and SAM

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Histone-lysine N-methyltransferase SETD2

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (5)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 polymer

聚合物 Polymer

实体 3 Entity 3 non-polymer

实体 4 Entity 4 non-polymer

实体 5 Entity 5 water

8. 引用文献 (1)

9. 文件与曲线 (10)

Files (7)

Curves (3)