5wrk

Mu2 subunit of the clathrin adaptor complex AP2 in complex with IRS-1 Y608 peptide

Method: X-RAY DIFFRACTION Dmax: 86.4 Å Quality: GOOD

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

AP-2 complex subunit mu

Rattus norvegicus

UniProt P84092

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 蛋白异源复合物 异源复合物 蛋白 × 2 PDB 声明:dimeric(2) 与蛋白拷贝数一致 链 A; UniProt 158–223 链 A; UniProt 261–435 片段:UNP residues 158-223,UNP residues 261-435 Insulin receptor substrate 1 × 1 (P35570) NI NICKEL (II) ION × 2 X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件:VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP;293 K;1.4M Na formate, 0.05M NiCl, 0.1M Na acetate pH 6.0 分辨率 2.62 Å R-free 0.223

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly, “相对当前条目”直接指出证据层面的不同;没有差异标签表示当前已读取字段一致。

共 35 个其他 PDB 条目、47 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 AP2M1_RAT
Isoform
PDB实体 1
链与序列区间 作者链 A; PDB构建体 1–66; UniProt 158–223 作者链 A; PDB构建体 104–278; UniProt 261–435

Insulin receptor substrate 1

物种未注明

UniProt P35570

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 蛋白异源复合物 异源复合物 蛋白 × 2 PDB 声明:dimeric(2) 与蛋白拷贝数一致 链 P; UniProt 607–614 未记录 AP-2 complex subunit mu × 1 (P84092) NI NICKEL (II) ION × 2 X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件:VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP;293 K;1.4M Na formate, 0.05M NiCl, 0.1M Na acetate pH 6.0 分辨率 2.62 Å R-free 0.223

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly, “相对当前条目”直接指出证据层面的不同;没有差异标签表示当前已读取字段一致。

共 2 个其他 PDB 条目、2 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 IRS1_RAT
Isoform
PDB实体 2
链与序列区间 作者链 P; PDB构建体 1–8; UniProt 607–614

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。 链映射与序列区间收在“数据证据”中;数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护,因此不在读者页面展示。

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

SAXS profile for 5wrk

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

P(r) distribution for 5wrk
下载 Download

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id5wrk
沉积日期 deposition_date2016-12-02
结构标题 titleMu2 subunit of the clathrin adaptor complex AP2 in complex with IRS-1 Y608 peptide
关键词 keywordsEndocytosis, clathrin adaptor AP-2 complex subunit, peptide complex; ENDOCYTOSIS
实验方法 methodX-RAY DIFFRACTION

3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier24.19
回转半径 Rg (电子) rg_electron23.72
零角强度 I(0) i013422700.00
分子量 molecular_weight28657.0 kDa
排除体积 excluded_volume36450 ų
包络体积 envelope_volume44822 ų
水化壳体积 shell_volume17482 ų
包络直径 envelope_diameter88.9
壳层 Rg shell_rg28.30
包络 Rg envelope_rg24.04
形状 Rg shape_rg23.70
总 Rg total_rg24.44
总原子数 total_atoms2005
残基数 n_residues251
球谐函数阶数 n_harmonics20
q 范围 q_range— – 0.5000 −1
数据点数 n_points101
壳层类型 shell_typedirectional
溶剂电子密度 solvent_density0.3340 e/ų
壳层衬度 contrast_shell0.0300 e/ų
CRYSOL 版本 crysol_version4.1.3

4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax86.4
Rg (实空间) rg_real24.55
Rg 误差 (实空间) rg_real_error0.88
I(0) (实空间) i0_real1.3420e+07
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error1.9700e+05
Rg (倒空间) rg_reciprocal24.47
I(0) (倒空间) i0_reciprocal13420000.0000
解质量估计 total_estimate0.7668
解质量评级 solution_quality GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks2
主峰位置 r_peak_primary20.2
偏度 Skewness skewness0.614
峰度 Kurtosis kurtosis-0.235
角度范围 angular_range— – 0.3300 −1
当前正则化参数 α current_alpha0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha5346000.0000
实空间数据点数 n_real_points65
GNOM 版本 gnom_version4.1.3
质量判据 quality_criteria AN1: 0.000; Oscil: 0.563; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.406; Smooth: 0.868

5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (3)

7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 2 domains

CATH v4.4 (2 domains)

结构域编号 domain_id5wrkA01
类 Class class2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture60 — Sandwich
拓扑 Topology topology40 — Immunoglobulin-like
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily1170 — Mu homology domain, subdomain B
结构域编号 domain_id5wrkA02
类 Class class2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture60 — Sandwich
拓扑 Topology topology40 — Immunoglobulin-like
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily1170 — Mu homology domain, subdomain B

8. 引用文献 (1)

9. 文件与曲线 (10)