6b2z

Cryo-EM structure of the dimeric FO region of yeast mitochondrial ATP synthase

Method: ELECTRON MICROSCOPY Dmax: 187.4 Å Quality: GOOD

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

ATP synthase subunit c, mitochondrial

物种未注明

UniProt P61829

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 蛋白异源复合物 异源复合物 蛋白 × 38 PDB 声明:38-meric(38) 与蛋白拷贝数一致 链 0; UniProt 1–76 链 1; UniProt 1–76 链 2; UniProt 1–76 链 3; UniProt 1–76 链 4; UniProt 1–76 链 5; UniProt 1–76 链 6; UniProt 1–76 链 7; UniProt 1–76 链 8; UniProt 1–76 链 9; UniProt 1–76 链 B; UniProt 1–76 链 C; UniProt 1–76 链 D; UniProt 1–76 链 E; UniProt 1–76 链 F; UniProt 1–76 链 G; UniProt 1–76 链 H; UniProt 1–76 链 I; UniProt 1–76 链 J; UniProt 1–76 链 K; UniProt 1–76 未记录 ATP synthase protein 8 × 2 (P00856) ATP synthase subunit a × 2 (P00854) ATP synthase subunit b × 2 (P05626) ATP synthase subunit d, mitochondrial × 2 (P30902) ATP synthase subunit e, mitochondrial × 2 ATP synthase subunit f, mitochondrial × 2 (Q06405) ATP synthase subunit g × 2 ATP synthase subunit j, mitochondrial × 2 (P81450) ATP synthase subunit k, mitochondrial × 2 (P81451) ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液:pH 7.4 cryo-EM玻璃化条件:冷冻剂 ETHANE-PROPANE;blot for 26 seconds before plunging 分辨率 3.60 Å

数据库中的同蛋白其他状态

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UniProt名称 ATP9_YEAST
Isoform
PDB实体 1
链与序列区间 作者链 0; PDB构建体 1–76; UniProt 1–76 作者链 1; PDB构建体 1–76; UniProt 1–76 作者链 2; PDB构建体 1–76; UniProt 1–76 作者链 3; PDB构建体 1–76; UniProt 1–76 作者链 4; PDB构建体 1–76; UniProt 1–76 作者链 5; PDB构建体 1–76; UniProt 1–76 作者链 6; PDB构建体 1–76; UniProt 1–76 作者链 7; PDB构建体 1–76; UniProt 1–76 作者链 8; PDB构建体 1–76; UniProt 1–76 作者链 9; PDB构建体 1–76; UniProt 1–76 作者链 B; PDB构建体 1–76; UniProt 1–76 作者链 C; PDB构建体 1–76; UniProt 1–76 作者链 D; PDB构建体 1–76; UniProt 1–76 作者链 E; PDB构建体 1–76; UniProt 1–76 作者链 F; PDB构建体 1–76; UniProt 1–76 作者链 G; PDB构建体 1–76; UniProt 1–76 作者链 H; PDB构建体 1–76; UniProt 1–76 作者链 I; PDB构建体 1–76; UniProt 1–76 作者链 J; PDB构建体 1–76; UniProt 1–76 作者链 K; PDB构建体 1–76; UniProt 1–76

ATP synthase protein 8

物种未注明

UniProt P00856

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 蛋白异源复合物 异源复合物 蛋白 × 38 PDB 声明:38-meric(38) 与蛋白拷贝数一致 链 A; UniProt 1–48 链 L; UniProt 1–48 未记录 ATP synthase subunit c, mitochondrial × 20 (P61829) ATP synthase subunit a × 2 (P00854) ATP synthase subunit b × 2 (P05626) ATP synthase subunit d, mitochondrial × 2 (P30902) ATP synthase subunit e, mitochondrial × 2 ATP synthase subunit f, mitochondrial × 2 (Q06405) ATP synthase subunit g × 2 ATP synthase subunit j, mitochondrial × 2 (P81450) ATP synthase subunit k, mitochondrial × 2 (P81451) ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液:pH 7.4 cryo-EM玻璃化条件:冷冻剂 ETHANE-PROPANE;blot for 26 seconds before plunging 分辨率 3.60 Å

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UniProt名称 ATP8_YEAST
Isoform
PDB实体 2
链与序列区间 作者链 A; PDB构建体 1–48; UniProt 1–48 作者链 L; PDB构建体 1–48; UniProt 1–48

ATP synthase subunit a

物种未注明

UniProt P00854

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 蛋白异源复合物 异源复合物 蛋白 × 38 PDB 声明:38-meric(38) 与蛋白拷贝数一致 链 M; UniProt 11–259 链 a; UniProt 11–259 未记录 ATP synthase subunit c, mitochondrial × 20 (P61829) ATP synthase protein 8 × 2 (P00856) ATP synthase subunit b × 2 (P05626) ATP synthase subunit d, mitochondrial × 2 (P30902) ATP synthase subunit e, mitochondrial × 2 ATP synthase subunit f, mitochondrial × 2 (Q06405) ATP synthase subunit g × 2 ATP synthase subunit j, mitochondrial × 2 (P81450) ATP synthase subunit k, mitochondrial × 2 (P81451) ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液:pH 7.4 cryo-EM玻璃化条件:冷冻剂 ETHANE-PROPANE;blot for 26 seconds before plunging 分辨率 3.60 Å

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UniProt名称 ATP6_YEAST
Isoform
PDB实体 3
链与序列区间 作者链 M; PDB构建体 1–249; UniProt 11–259 作者链 a; PDB构建体 1–249; UniProt 11–259

ATP synthase subunit b

物种未注明

UniProt P05626

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 蛋白异源复合物 异源复合物 蛋白 × 38 PDB 声明:38-meric(38) 与蛋白拷贝数一致 链 N; UniProt 36–244 链 b; UniProt 36–244 未记录 ATP synthase subunit c, mitochondrial × 20 (P61829) ATP synthase protein 8 × 2 (P00856) ATP synthase subunit a × 2 (P00854) ATP synthase subunit d, mitochondrial × 2 (P30902) ATP synthase subunit e, mitochondrial × 2 ATP synthase subunit f, mitochondrial × 2 (Q06405) ATP synthase subunit g × 2 ATP synthase subunit j, mitochondrial × 2 (P81450) ATP synthase subunit k, mitochondrial × 2 (P81451) ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液:pH 7.4 cryo-EM玻璃化条件:冷冻剂 ETHANE-PROPANE;blot for 26 seconds before plunging 分辨率 3.60 Å

数据库中的同蛋白其他状态

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UniProt名称 ATPF_YEAST
Isoform
PDB实体 4
链与序列区间 作者链 N; PDB构建体 1–209; UniProt 36–244 作者链 b; PDB构建体 1–209; UniProt 36–244

ATP synthase subunit d, mitochondrial

物种未注明

UniProt P30902

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 蛋白异源复合物 异源复合物 蛋白 × 38 PDB 声明:38-meric(38) 与蛋白拷贝数一致 链 O; UniProt 2–174 链 d; UniProt 2–174 未记录 ATP synthase subunit c, mitochondrial × 20 (P61829) ATP synthase protein 8 × 2 (P00856) ATP synthase subunit a × 2 (P00854) ATP synthase subunit b × 2 (P05626) ATP synthase subunit e, mitochondrial × 2 ATP synthase subunit f, mitochondrial × 2 (Q06405) ATP synthase subunit g × 2 ATP synthase subunit j, mitochondrial × 2 (P81450) ATP synthase subunit k, mitochondrial × 2 (P81451) ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液:pH 7.4 cryo-EM玻璃化条件:冷冻剂 ETHANE-PROPANE;blot for 26 seconds before plunging 分辨率 3.60 Å

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UniProt名称 ATP7_YEAST
Isoform
PDB实体 5
链与序列区间 作者链 O; PDB构建体 1–173; UniProt 2–174 作者链 d; PDB构建体 1–173; UniProt 2–174

ATP synthase subunit f, mitochondrial

物种未注明

UniProt Q06405

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 蛋白异源复合物 异源复合物 蛋白 × 38 PDB 声明:38-meric(38) 与蛋白拷贝数一致 链 Q; UniProt 7–101 链 f; UniProt 7–101 未记录 ATP synthase subunit c, mitochondrial × 20 (P61829) ATP synthase protein 8 × 2 (P00856) ATP synthase subunit a × 2 (P00854) ATP synthase subunit b × 2 (P05626) ATP synthase subunit d, mitochondrial × 2 (P30902) ATP synthase subunit e, mitochondrial × 2 ATP synthase subunit g × 2 ATP synthase subunit j, mitochondrial × 2 (P81450) ATP synthase subunit k, mitochondrial × 2 (P81451) ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液:pH 7.4 cryo-EM玻璃化条件:冷冻剂 ETHANE-PROPANE;blot for 26 seconds before plunging 分辨率 3.60 Å

数据库中的同蛋白其他状态

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UniProt名称 ATPK_YEAST
Isoform
PDB实体 7
链与序列区间 作者链 Q; PDB构建体 1–95; UniProt 7–101 作者链 f; PDB构建体 1–95; UniProt 7–101

ATP synthase subunit j, mitochondrial

物种未注明

UniProt P81450

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 蛋白异源复合物 异源复合物 蛋白 × 38 PDB 声明:38-meric(38) 与蛋白拷贝数一致 链 S; UniProt 1–59 链 i; UniProt 1–59 未记录 ATP synthase subunit c, mitochondrial × 20 (P61829) ATP synthase protein 8 × 2 (P00856) ATP synthase subunit a × 2 (P00854) ATP synthase subunit b × 2 (P05626) ATP synthase subunit d, mitochondrial × 2 (P30902) ATP synthase subunit e, mitochondrial × 2 ATP synthase subunit f, mitochondrial × 2 (Q06405) ATP synthase subunit g × 2 ATP synthase subunit k, mitochondrial × 2 (P81451) ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液:pH 7.4 cryo-EM玻璃化条件:冷冻剂 ETHANE-PROPANE;blot for 26 seconds before plunging 分辨率 3.60 Å

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UniProt名称 ATP18_YEAST
Isoform
PDB实体 9
链与序列区间 作者链 S; PDB构建体 1–59; UniProt 1–59 作者链 i; PDB构建体 1–59; UniProt 1–59

ATP synthase subunit k, mitochondrial

物种未注明

UniProt P81451

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 蛋白异源复合物 异源复合物 蛋白 × 38 PDB 声明:38-meric(38) 与蛋白拷贝数一致 链 T; UniProt 1–68 链 k; UniProt 1–68 未记录 ATP synthase subunit c, mitochondrial × 20 (P61829) ATP synthase protein 8 × 2 (P00856) ATP synthase subunit a × 2 (P00854) ATP synthase subunit b × 2 (P05626) ATP synthase subunit d, mitochondrial × 2 (P30902) ATP synthase subunit e, mitochondrial × 2 ATP synthase subunit f, mitochondrial × 2 (Q06405) ATP synthase subunit g × 2 ATP synthase subunit j, mitochondrial × 2 (P81450) ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液:pH 7.4 cryo-EM玻璃化条件:冷冻剂 ETHANE-PROPANE;blot for 26 seconds before plunging 分辨率 3.60 Å

数据库中的同蛋白其他状态

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UniProt名称 ATP19_YEAST
Isoform
PDB实体 10
链与序列区间 作者链 T; PDB构建体 1–68; UniProt 1–68 作者链 k; PDB构建体 1–68; UniProt 1–68

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。 链映射与序列区间收在“数据证据”中;数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护,因此不在读者页面展示。

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

SAXS profile for 6b2z

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

P(r) distribution for 6b2z
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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id6b2z
沉积日期 deposition_date2017-09-20
结构标题 titleCryo-EM structure of the dimeric FO region of yeast mitochondrial ATP synthase
关键词 keywordsComplex, Dimer, Mitochondrial inner membrane, Proton translocation, MEMBRANE PROTEIN; MEMBRANE PROTEIN
实验方法 methodELECTRON MICROSCOPY

3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier54.66
回转半径 Rg (电子) rg_electron54.49
零角强度 I(0) i01062920000.00
分子量 molecular_weight303720.0 kDa
排除体积 excluded_volume392970 ų
包络体积 envelope_volume596090 ų
水化壳体积 shell_volume92548 ų
包络直径 envelope_diameter183.4
壳层 Rg shell_rg57.22
包络 Rg envelope_rg51.97
形状 Rg shape_rg54.45
总 Rg total_rg54.74
总原子数 total_atoms21436
残基数 n_residues2996
球谐函数阶数 n_harmonics20
q 范围 q_range— – 0.5000 −1
数据点数 n_points101
壳层类型 shell_typedirectional
溶剂电子密度 solvent_density0.3340 e/ų
壳层衬度 contrast_shell0.0300 e/ų
CRYSOL 版本 crysol_version4.1.3

4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax187.4
Rg (实空间) rg_real54.73
Rg 误差 (实空间) rg_real_error2.11
I(0) (实空间) i0_real1.0630e+09
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error2.3640e+07
Rg (倒空间) rg_reciprocal54.58
I(0) (倒空间) i0_reciprocal1063000000.0000
解质量估计 total_estimate0.8808
解质量评级 solution_quality GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks1
主峰位置 r_peak_primary58.2
偏度 Skewness skewness0.306
峰度 Kurtosis kurtosis-0.585
角度范围 angular_range— – 0.1450 −1
当前正则化参数 α current_alpha0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha170500000.0000
实空间数据点数 n_real_points30
GNOM 版本 gnom_version4.1.3
质量判据 quality_criteria AN1: 0.000; Oscil: 0.866; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.995; Smooth: 0.853

5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (10)

7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 20 domains

CATH v4.4 (20 domains)

结构域编号 domain_id6b2z000
类 Class class1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture20 — Up-down Bundle
拓扑 Topology topology20 — F1FO ATP Synthase
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10 — F1F0 ATP synthase subunit C
结构域编号 domain_id6b2z100
类 Class class1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture20 — Up-down Bundle
拓扑 Topology topology20 — F1FO ATP Synthase
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10 — F1F0 ATP synthase subunit C
结构域编号 domain_id6b2z200
类 Class class1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture20 — Up-down Bundle
拓扑 Topology topology20 — F1FO ATP Synthase
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10 — F1F0 ATP synthase subunit C
结构域编号 domain_id6b2z300
类 Class class1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture20 — Up-down Bundle
拓扑 Topology topology20 — F1FO ATP Synthase
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10 — F1F0 ATP synthase subunit C
结构域编号 domain_id6b2z400
类 Class class1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture20 — Up-down Bundle
拓扑 Topology topology20 — F1FO ATP Synthase
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10 — F1F0 ATP synthase subunit C
结构域编号 domain_id6b2z500
类 Class class1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture20 — Up-down Bundle
拓扑 Topology topology20 — F1FO ATP Synthase
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10 — F1F0 ATP synthase subunit C
结构域编号 domain_id6b2z600
类 Class class1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture20 — Up-down Bundle
拓扑 Topology topology20 — F1FO ATP Synthase
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10 — F1F0 ATP synthase subunit C
结构域编号 domain_id6b2z700
类 Class class1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture20 — Up-down Bundle
拓扑 Topology topology20 — F1FO ATP Synthase
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10 — F1F0 ATP synthase subunit C
结构域编号 domain_id6b2z800
类 Class class1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture20 — Up-down Bundle
拓扑 Topology topology20 — F1FO ATP Synthase
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10 — F1F0 ATP synthase subunit C
结构域编号 domain_id6b2z900
类 Class class1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture20 — Up-down Bundle
拓扑 Topology topology20 — F1FO ATP Synthase
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10 — F1F0 ATP synthase subunit C
结构域编号 domain_id6b2zB00
类 Class class1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture20 — Up-down Bundle
拓扑 Topology topology20 — F1FO ATP Synthase
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10 — F1F0 ATP synthase subunit C
结构域编号 domain_id6b2zC00
类 Class class1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture20 — Up-down Bundle
拓扑 Topology topology20 — F1FO ATP Synthase
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10 — F1F0 ATP synthase subunit C
结构域编号 domain_id6b2zD00
类 Class class1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture20 — Up-down Bundle
拓扑 Topology topology20 — F1FO ATP Synthase
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10 — F1F0 ATP synthase subunit C
结构域编号 domain_id6b2zE00
类 Class class1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture20 — Up-down Bundle
拓扑 Topology topology20 — F1FO ATP Synthase
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10 — F1F0 ATP synthase subunit C
结构域编号 domain_id6b2zF00
类 Class class1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture20 — Up-down Bundle
拓扑 Topology topology20 — F1FO ATP Synthase
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10 — F1F0 ATP synthase subunit C
结构域编号 domain_id6b2zG00
类 Class class1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture20 — Up-down Bundle
拓扑 Topology topology20 — F1FO ATP Synthase
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10 — F1F0 ATP synthase subunit C
结构域编号 domain_id6b2zH00
类 Class class1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture20 — Up-down Bundle
拓扑 Topology topology20 — F1FO ATP Synthase
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10 — F1F0 ATP synthase subunit C
结构域编号 domain_id6b2zI00
类 Class class1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture20 — Up-down Bundle
拓扑 Topology topology20 — F1FO ATP Synthase
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10 — F1F0 ATP synthase subunit C
结构域编号 domain_id6b2zJ00
类 Class class1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture20 — Up-down Bundle
拓扑 Topology topology20 — F1FO ATP Synthase
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10 — F1F0 ATP synthase subunit C
结构域编号 domain_id6b2zK00
类 Class class1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture20 — Up-down Bundle
拓扑 Topology topology20 — F1FO ATP Synthase
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10 — F1F0 ATP synthase subunit C

8. 引用文献 (1)

9. 文件与曲线 (10)