6bb4

Fab/epitope complex of mouse monoclonal antibody C5.2 targeting a phospho-tau epitope.

Method: X-RAY DIFFRACTION Dmax: 136.2 Å Quality: GOOD

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Microtubule-associated protein tau

物种未注明

UniProt P10636

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 蛋白异源复合物 异源复合物 蛋白 × 3 PDB 声明:trimeric(3) 与蛋白拷贝数一致 链 P; UniProt 703–725 非标准单体:是(mmCIF未提供具体位点) Mouse monoclonal antibody C5.2 Fab light chain × 1 Mouse monoclonal antibody C5.2 Fab heavy chain × 1 PO4 PHOSPHATE ION × 1 X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件:VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP;277 K;25.5% polyethylene glycol 4000, 0.17 M ammonium sulfate, 15% glycerol 分辨率 2.10 Å R-free 0.270
2 蛋白异源复合物 异源复合物 蛋白 × 3 PDB 声明:trimeric(3) 与蛋白拷贝数一致 链 Q; UniProt 703–725 非标准单体:是(mmCIF未提供具体位点) Mouse monoclonal antibody C5.2 Fab light chain × 1 Mouse monoclonal antibody C5.2 Fab heavy chain × 1 PO4 PHOSPHATE ION × 1 X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件:VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP;277 K;25.5% polyethylene glycol 4000, 0.17 M ammonium sulfate, 15% glycerol 分辨率 2.10 Å R-free 0.270
3 蛋白异源复合物 异源复合物 蛋白 × 3 PDB 声明:trimeric(3) 与蛋白拷贝数一致 链 R; UniProt 703–725 非标准单体:是(mmCIF未提供具体位点) Mouse monoclonal antibody C5.2 Fab light chain × 1 Mouse monoclonal antibody C5.2 Fab heavy chain × 1 PO4 PHOSPHATE ION × 1 X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件:VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP;277 K;25.5% polyethylene glycol 4000, 0.17 M ammonium sulfate, 15% glycerol 分辨率 2.10 Å R-free 0.270

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly, “相对当前条目”直接指出证据层面的不同;没有差异标签表示当前已读取字段一致。

共 248 个其他 PDB 条目、268 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 TAU_HUMAN
Isoform
PDB实体 3
链与序列区间 作者链 P; PDB构建体 1–23; UniProt 703–725 作者链 Q; PDB构建体 1–23; UniProt 703–725 作者链 R; PDB构建体 1–23; UniProt 703–725

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SAXS 散射曲线 SAXS Profile

SAXS profile for 6bb4

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

P(r) distribution for 6bb4
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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id6bb4
沉积日期 deposition_date2017-10-16
结构标题 titleFab/epitope complex of mouse monoclonal antibody C5.2 targeting a phospho-tau epitope.
关键词 keywordsmonoclonal antibody, fab, tau, phosphorylation state -specific antibody, IMMUNE SYSTEM; IMMUNE SYSTEM
实验方法 methodX-RAY DIFFRACTION

3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier45.03
回转半径 Rg (电子) rg_electron44.66
零角强度 I(0) i0314085000.00
分子量 molecular_weight142660.0 kDa
排除体积 excluded_volume177080 ų
包络体积 envelope_volume264240 ų
水化壳体积 shell_volume49527 ų
包络直径 envelope_diameter143.3
壳层 Rg shell_rg49.58
包络 Rg envelope_rg43.16
形状 Rg shape_rg44.65
总 Rg total_rg44.92
总原子数 total_atoms10020
残基数 n_residues1287
球谐函数阶数 n_harmonics20
q 范围 q_range— – 0.5000 −1
数据点数 n_points101
壳层类型 shell_typedirectional
溶剂电子密度 solvent_density0.3340 e/ų
壳层衬度 contrast_shell0.0300 e/ų
CRYSOL 版本 crysol_version4.1.3

4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax136.2
Rg (实空间) rg_real45.00
Rg 误差 (实空间) rg_real_error1.01
I(0) (实空间) i0_real3.1410e+08
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error5.0510e+06
Rg (倒空间) rg_reciprocal45.03
I(0) (倒空间) i0_reciprocal314100000.0000
解质量估计 total_estimate0.8539
解质量评级 solution_quality GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks1
主峰位置 r_peak_primary66.1
偏度 Skewness skewness0.124
峰度 Kurtosis kurtosis-0.800
角度范围 angular_range— – 0.1750 −1
当前正则化参数 α current_alpha0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha17010000.0000
实空间数据点数 n_real_points36
GNOM 版本 gnom_version4.1.3
质量判据 quality_criteria AN1: 0.000; Oscil: 0.986; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.969; Smooth: 0.168

5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (5)

7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 9 domains

CATH v4.4 (9 domains)

结构域编号 domain_id6bb4H02
类 Class class2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture60 — Sandwich
拓扑 Topology topology40 — Immunoglobulin-like
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10 — Immunoglobulins
结构域编号 domain_id6bb4I02
类 Class class2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture60 — Sandwich
拓扑 Topology topology40 — Immunoglobulin-like
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10 — Immunoglobulins
结构域编号 domain_id6bb4J02
类 Class class2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture60 — Sandwich
拓扑 Topology topology40 — Immunoglobulin-like
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10 — Immunoglobulins
结构域编号 domain_id6bb4L01
类 Class class2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture60 — Sandwich
拓扑 Topology topology40 — Immunoglobulin-like
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10 — Immunoglobulins
结构域编号 domain_id6bb4L02
类 Class class2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture60 — Sandwich
拓扑 Topology topology40 — Immunoglobulin-like
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10 — Immunoglobulins
结构域编号 domain_id6bb4M01
类 Class class2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture60 — Sandwich
拓扑 Topology topology40 — Immunoglobulin-like
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10 — Immunoglobulins
结构域编号 domain_id6bb4M02
类 Class class2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture60 — Sandwich
拓扑 Topology topology40 — Immunoglobulin-like
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10 — Immunoglobulins
结构域编号 domain_id6bb4N01
类 Class class2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture60 — Sandwich
拓扑 Topology topology40 — Immunoglobulin-like
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10 — Immunoglobulins
结构域编号 domain_id6bb4N02
类 Class class2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture60 — Sandwich
拓扑 Topology topology40 — Immunoglobulin-like
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10 — Immunoglobulins

8. 引用文献 (1)

9. 文件与曲线 (10)