6eg2

Crystal structure of human BRM in complex with compound 16

Method: X-RAY DIFFRACTION Dmax: 95.5 Å Quality: EXCELLENT

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Maltose/maltodextrin-binding periplasmic protein,Probable global transcription activator SNF2L2

Homo sapiens

UniProt P0AEY0

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 信息不足 同源多聚体 蛋白 × 2 PDB 声明:dimeric(2) 与蛋白拷贝数一致 链 A; UniProt 27–392 未记录 J7J N-(5-amino-2-chloropyridin-4-yl)-N'-(4-bromo-3-{[3-(hydroxymethyl)phenyl]ethynyl}-1,2-thiazol-5-yl)urea × 2 IPA ISOPROPYL ALCOHOL × 4 X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件:VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP;pH 7.5;277 K;100mM Hepes pH7.5, 200mM sodium chloride, 8% isopropanol 分辨率 2.98 Å R-free 0.304

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly, “相对当前条目”直接指出证据层面的不同;没有差异标签表示当前已读取字段一致。

共 109 个其他 PDB 条目、148 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 MALE_ECO57
Isoform
PDB实体 1
链与序列区间 作者链 A; PDB构建体 1–366; UniProt 27–392

Maltose/maltodextrin-binding periplasmic protein,Probable global transcription activator SNF2L2

Homo sapiens

UniProt P51531

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 信息不足 同源多聚体 蛋白 × 2 PDB 声明:dimeric(2) 与蛋白拷贝数一致 链 A; UniProt 705–955 未记录 J7J N-(5-amino-2-chloropyridin-4-yl)-N'-(4-bromo-3-{[3-(hydroxymethyl)phenyl]ethynyl}-1,2-thiazol-5-yl)urea × 2 IPA ISOPROPYL ALCOHOL × 4 X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件:VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP;pH 7.5;277 K;100mM Hepes pH7.5, 200mM sodium chloride, 8% isopropanol 分辨率 2.98 Å R-free 0.304

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly, “相对当前条目”直接指出证据层面的不同;没有差异标签表示当前已读取字段一致。

共 28 个其他 PDB 条目、62 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 SMCA2_HUMAN
Isoform
PDB实体 1
链与序列区间 作者链 A; PDB构建体 371–621; UniProt 705–955

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。 链映射与序列区间收在“数据证据”中;数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护,因此不在读者页面展示。

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

SAXS profile for 6eg2

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

P(r) distribution for 6eg2
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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id6eg2
沉积日期 deposition_date2018-08-17
结构标题 titleCrystal structure of human BRM in complex with compound 16
关键词 keywordsHelicase, ATPase, Chromatin remodeling, inhibitor, MBP fusion, Hydrolase-Hydrolase Inhibitor complex; Hydrolase/Hydrolase Inhibitor
实验方法 methodX-RAY DIFFRACTION

3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier30.32
回转半径 Rg (电子) rg_electron29.45
零角强度 I(0) i073161100.00
分子量 molecular_weight69877.0 kDa
排除体积 excluded_volume88730 ų
包络体积 envelope_volume114490 ų
水化壳体积 shell_volume32684 ų
包络直径 envelope_diameter100.0
壳层 Rg shell_rg36.27
包络 Rg envelope_rg29.16
形状 Rg shape_rg29.39
总 Rg total_rg30.34
总原子数 total_atoms4930
残基数 n_residues619
球谐函数阶数 n_harmonics20
q 范围 q_range— – 0.5000 −1
数据点数 n_points101
壳层类型 shell_typedirectional
溶剂电子密度 solvent_density0.3340 e/ų
壳层衬度 contrast_shell0.0300 e/ų
CRYSOL 版本 crysol_version4.1.3

4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax95.5
Rg (实空间) rg_real30.27
Rg 误差 (实空间) rg_real_error0.59
I(0) (实空间) i0_real7.3160e+07
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error9.6290e+05
Rg (倒空间) rg_reciprocal30.29
I(0) (倒空间) i0_reciprocal73160000.0000
解质量估计 total_estimate0.9069
解质量评级 solution_quality EXCELLENT a EXCELLENT solution
P(r) 峰数 n_peaks2
主峰位置 r_peak_primary33.0
偏度 Skewness skewness0.211
峰度 Kurtosis kurtosis-0.634
角度范围 angular_range— – 0.2600 −1
当前正则化参数 α current_alpha0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha15590000.0000
实空间数据点数 n_real_points53
GNOM 版本 gnom_version4.1.3
质量判据 quality_criteria AN1: 0.000; Oscil: 0.954; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.991; Smooth: 0.933

5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (4)

7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 1 domains

CATH v4.4 (1 domains)

结构域编号 domain_id6eg2A01
类 Class class3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology50 — Rossmann fold
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10810 — Tandem AAA-ATPase domain

8. 引用文献 (1)

9. 文件与曲线 (10)