SAXSdb — 6f0x

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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Pachytene checkpoint protein 2 homolog

Homo sapiens

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 9	MAD2L1-binding protein × 1 （Q15013） Cell division cycle protein 20 homolog × 1 （Q12834） Mitotic spindle assembly checkpoint protein MAD2A × 1 （Q13257） PHOSPHOTHIOPHOSPHORIC ACID-ADENYLATE ESTER × 5	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	PCH2_HUMAN
Isoform	—
PDB实体	1
链与序列区间	作者链 A； PDB构建体 1–432； UniProt 1–432 作者链 B； PDB构建体 1–432； UniProt 1–432 作者链 C； PDB构建体 1–432； UniProt 1–432 作者链 D； PDB构建体 1–432； UniProt 1–432 作者链 E； PDB构建体 1–432； UniProt 1–432 作者链 F； PDB构建体 1–432； UniProt 1–432

MAD2L1-binding protein

Homo sapiens

UniProt Q15013

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 9	Pachytene checkpoint protein 2 homolog × 6 （Q15645） Cell division cycle protein 20 homolog × 1 （Q12834） Mitotic spindle assembly checkpoint protein MAD2A × 1 （Q13257） PHOSPHOTHIOPHOSPHORIC ACID-ADENYLATE ESTER × 5	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	MD2BP_HUMAN
Isoform	—
PDB实体	2
链与序列区间	作者链 P； PDB构建体 1–274； UniProt 1–274

Cell division cycle protein 20 homolog

Homo sapiens

UniProt Q12834

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 9	Pachytene checkpoint protein 2 homolog × 6 （Q15645） MAD2L1-binding protein × 1 （Q15013） Mitotic spindle assembly checkpoint protein MAD2A × 1 （Q13257） PHOSPHOTHIOPHOSPHORIC ACID-ADENYLATE ESTER × 5	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	CDC20_HUMAN
Isoform	—
PDB实体	3
链与序列区间	作者链 Q； PDB构建体 1–499； UniProt 1–499

Mitotic spindle assembly checkpoint protein MAD2A

Homo sapiens

UniProt Q13257

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 9	Pachytene checkpoint protein 2 homolog × 6 （Q15645） MAD2L1-binding protein × 1 （Q15013） Cell division cycle protein 20 homolog × 1 （Q12834） PHOSPHOTHIOPHOSPHORIC ACID-ADENYLATE ESTER × 5	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	MD2L1_HUMAN
Isoform	—
PDB实体	4
链与序列区间	作者链 Z； PDB构建体 1–205； UniProt 1–205

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	6f0x
沉积日期 deposition_date	2017-11-20
结构标题 title	Cryo-EM structure of TRIP13 in complex with ATP gamma S, p31comet, C-Mad2 and Cdc20
关键词 keywords	AAA+ ATPase, remodeller, spindle assembly checkpoint (SAC), mitosis, chromosome segregation, cell cycle; CELL CYCLE
实验方法 method	ELECTRON MICROSCOPY

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3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

页面只读取最新 assembly 计算结果。每一条曲线都对应明确的 PDB、official biological assembly 和 coordinate model。

6f0x__assembly_1__model_1

Assembly 1 · Model 1 · CRYSOL 4.1.3-1-20251215 (887e7ef)

下载该曲线 .dat

6f0x__assembly_1__model_1 | I(q)

100 个绘图点；横轴和纵轴均采用对数尺度。

6f0x__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

P(r) 将按相同 assembly/model 分别计算和展示。

Rg（Guinier）	46.17 Å
Rg（电子密度）	45.78 Å
总 Rg	46.10 Å
原子数	20450
残基数	2589
排除体积	366610 Å³
最大 q	0.500 Å⁻¹

Assembly	Model	结构单元	聚集说明	状态	CRYSOL	操作
1	1	`6f0x__assembly_1__model_1`	nonameric （9）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载

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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (5)

实体 1 Entity 1 polymer

描述 description	Pachytene checkpoint protein 2 homolog
分子量 formula_weight	48606.7 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	6

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A,B,C,D,E,F
原子数 atom_count	20450

MDEAVGDLKQALPCVAESPTVHVEVHQRGSSTAKKEDINLSVRKLLNRHNIVFGDYTWTEFDEPFLTRNVQSVSIIDTELKVKDSQPIDLSACTVALHIFQLNEDGPSSENLEEETENIIAANHWVLPAAEFHGLWDSLVYDVEVKSHLLDYVMTTLLFSDKNVNSNLITWNRVVLLHGPPGTGKTSLCKALAQKLTIRLSSRYRYGQLIEINSHSLFSKWFSESGKLVTKMFQKIQDLIDDKDALVFVLIDQVESLTAARNACRAGTEPSDAIRVVNAVLTQIDQIKRHSNVVILTTSNITEKIDVAFVDRADIKQYIGPPSAAAIFKIYLSCLEELMKCQIIYPRQQLLTLRELEMIGFIENNVSKLSLLLNDISRKSEGLSGRVLRKLPFLAHALYVQAPTVTIEGFLQALSLAVDKQFEERKKLAAYI

来源 Source

来源生物 organism	Homo sapiens
通用名 common_name	Human
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9606
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

实体 2 Entity 2 polymer

描述 description	MAD2L1-binding protein
分子量 formula_weight	31086.6 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	P

MAAPEAEVLSSAAVPDLEWYEKSEETHASQIELLETSSTQEPLNASEAFCPRDCMVPVVFPGPVSQEGCCQFTCELLKHIMYQRQQLPLPYEQLKHFYRKPSPQAEEMLKKKPRATTEVSSRKCQQALAELESVLSHLEDFFARTLVPRVLILLGGNALSPKEFYELDLSLLAPYSVDQSLSTAACLRRLFRAIFMADAFSELQAPPLMGTVVMAQGHRNCGEDWFRPKLNYRVPSRGHKLTVTLSCGRPSIRTTAWEDYIWFQAPVTFKGFRE

来源 Source

来源生物 organism	Homo sapiens
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9606
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

实体 3 Entity 3 polymer

描述 description	Cell division cycle protein 20 homolog
分子量 formula_weight	54796.5 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	Q

MAQFAFESDLHSLLQLDAPIPNAPPARWQRKAKEAAGPAPSPMRAANRSHSAGRTPGRTPGKSSSKVQTTPSKPGGDRYIPHRSAAQMEVASFLLSKENQPENSQTPTKKEHQKAWALNLNGFDVEEAKILRLSGKPQNAPEGYQNRLKVLYSQKATPGSSRKTCRYIPSLPDRILDAPEIRNDYYLNLVDWSSGNVLAVALDNSVYLWSASSGDILQLLQMEQPGEYISSVAWIKEGNYLAVGTSSAEVQLWDVQQQKRLRNMTSHSARVGSLSWNSYILSSGSRSGHIHHHDVRVAEHHVATLSGHSQEVCGLRWAPDGRHLASGGNDNLVNVWPSAPGEGGWVPLQTFTQHQGAVKAVAWCPWQSNVLATGGGTSDRHIRIWNVCSGACLSAVDAHSQVCSILWSPHYKELISGHGFAQNQLVIWKYPTMAKVAELKGHTSRVLSLTMSPDGATVASAAADETLRLWRCFELDPARRREREKASAAKSSLIHQGIR

来源 Source

来源生物 organism	Homo sapiens
通用名 common_name	Human
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9606
宿主生物 host_organism	Trichoplusia ni

实体 4 Entity 4 polymer

描述 description	Mitotic spindle assembly checkpoint protein MAD2A
分子量 formula_weight	23533.9 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	Z

MALQLSREQGITLRGSAEIVAEFFSFGINSILYQRGIYPSETFTRVQKYGLTLLVTTDLELIKYLNNVVEQLKDWLYKCSVQKLVVVISNIESGEVLERWQFDIECDKTAKDDSAPREKSQKAIQDEIRSVIRQITATVTFLPLLEVSCSFDLLIYTDKDLVVPEKWEESGPQFITNSEEVRLRSFTTTIHKVNSMVAYKIPVND

来源 Source

来源生物 organism	Homo sapiens
通用名 common_name	Human
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9606
宿主生物 host_organism	Trichoplusia ni

实体 5 Entity 5 non-polymer

描述 description	PHOSPHOTHIOPHOSPHORIC ACID-ADENYLATE ESTER
分子量 formula_weight	523.2 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	5

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晶胞边长 a length_a	1.000 Å
晶胞边长 b length_b	1.000 Å
晶胞边长 c length_c	1.000 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	—

空间群 space_group	P 1
空间群编号 int_tables_number	1
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	4.60 Å
分辨率测定方法 resolution_method	—
颗粒数 num_particles	354157

Cryo-EM structure of TRIP13 in complex with ATP gamma S, p31comet, C-Mad2 and Cdc20

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Pachytene checkpoint protein 2 homolog

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

MAD2L1-binding protein

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

Cell division cycle protein 20 homolog

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

Mitotic spindle assembly checkpoint protein MAD2A

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

6f0x__assembly_1__model_1

6f0x__assembly_1__model_1 | I(q)

6f0x__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

冷冻电镜 EM 3D

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (5)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 3 Entity 3 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 4 Entity 4 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 5 Entity 5 non-polymer

7. 引用文献 (1)

Cryo-EM structure of TRIP13 in complex with ATP gamma S, p31comet, C-Mad2 and Cdc20

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Pachytene checkpoint protein 2 homolog

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

MAD2L1-binding protein

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

Cell division cycle protein 20 homolog

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

Mitotic spindle assembly checkpoint protein MAD2A

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

6f0x__assembly_1__model_1

6f0x__assembly_1__model_1 | I(q)

6f0x__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

冷冻电镜 EM 3D

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (5)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 3 Entity 3 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 4 Entity 4 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 5 Entity 5 non-polymer

7. 引用文献 (1)