6hqb

Monomeric cyanobacterial photosystem I

Method: X-RAY DIFFRACTION

▼

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Photosystem I P700 chlorophyll a apoprotein A1

物种未注明

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 11	Photosystem I P700 chlorophyll a apoprotein A2 × 1 （P29255） Photosystem I iron-sulfur center × 1 （P32422） Photosystem I reaction center subunit II × 1 （P19569） Photosystem I reaction center subunit IV × 1 （P12975） Photosystem I reaction center subunit III × 1 （P29256） Photosystem I reaction center subunit VIII × 1 （Q55330） Photosystem I reaction center subunit IX × 1 （Q55329） Photosystem I reaction center subunit PsaK 2 × 1 （P74564） Photosystem I reaction center subunit XI × 1 （P37277） Photosystem I reaction center subunit XII × 1 （P72986） CHLOROPHYLL A × 93 PHYLLOQUINONE × 2 IRON/SULFUR CLUSTER × 3 BETA-CAROTENE × 14 1,2-DIPALMITOYL-PHOSPHATIDYL-GLYCEROLE × 4 beta,beta-carotene-4,4'-dione × 1 CHLORIDE ION × 1 beta,beta-caroten-4-one × 2 1,2-DISTEAROYL-MONOGALACTOSYL-DIGLYCERIDE × 2 1,2-DI-O-ACYL-3-O-[6-DEOXY-6-SULFO-ALPHA-D-GLUCOPYRANOSYL]-SN-GLYCEROL × 2 CALCIUM ION × 2 ;(1~{S})-3,5,5-trimethyl-4-[(1~{E},3~{E},5~{E},7~{E},9~{E},11~{E},13~{E},15~{E},17~{E})-3,7,12,16-tetramethyl-18-[(4~{S})-2,6,6-trimethyl-4-oxidanyl-cyclohexen-1-yl]octadeca-1,3,5,7,9,11,13,15,17-nonaenyl]cyclohex-3-en-1-ol ; × 2 DODECYL-BETA-D-MALTOSIDE × 1 (3'R)-3'-hydroxy-beta,beta-caroten-4-one × 1	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	PSAA_SYNY3
Isoform	—
PDB实体	1
链与序列区间	作者链 A； PDB构建体 1–751； UniProt 1–751

Photosystem I P700 chlorophyll a apoprotein A2

物种未注明

UniProt P29255

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 11	Photosystem I P700 chlorophyll a apoprotein A1 × 1 （P29254） Photosystem I iron-sulfur center × 1 （P32422） Photosystem I reaction center subunit II × 1 （P19569） Photosystem I reaction center subunit IV × 1 （P12975） Photosystem I reaction center subunit III × 1 （P29256） Photosystem I reaction center subunit VIII × 1 （Q55330） Photosystem I reaction center subunit IX × 1 （Q55329） Photosystem I reaction center subunit PsaK 2 × 1 （P74564） Photosystem I reaction center subunit XI × 1 （P37277） Photosystem I reaction center subunit XII × 1 （P72986） CHLOROPHYLL A × 93 PHYLLOQUINONE × 2 IRON/SULFUR CLUSTER × 3 BETA-CAROTENE × 14 1,2-DIPALMITOYL-PHOSPHATIDYL-GLYCEROLE × 4 beta,beta-carotene-4,4'-dione × 1 CHLORIDE ION × 1 beta,beta-caroten-4-one × 2 1,2-DISTEAROYL-MONOGALACTOSYL-DIGLYCERIDE × 2 1,2-DI-O-ACYL-3-O-[6-DEOXY-6-SULFO-ALPHA-D-GLUCOPYRANOSYL]-SN-GLYCEROL × 2 CALCIUM ION × 2 ;(1~{S})-3,5,5-trimethyl-4-[(1~{E},3~{E},5~{E},7~{E},9~{E},11~{E},13~{E},15~{E},17~{E})-3,7,12,16-tetramethyl-18-[(4~{S})-2,6,6-trimethyl-4-oxidanyl-cyclohexen-1-yl]octadeca-1,3,5,7,9,11,13,15,17-nonaenyl]cyclohex-3-en-1-ol ; × 2 DODECYL-BETA-D-MALTOSIDE × 1 (3'R)-3'-hydroxy-beta,beta-caroten-4-one × 1	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

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UniProt名称	PSAB_SYNY3
Isoform	—
PDB实体	2
链与序列区间	作者链 B； PDB构建体 1–731； UniProt 1–731

Photosystem I iron-sulfur center

物种未注明

UniProt P32422

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 11	Photosystem I P700 chlorophyll a apoprotein A1 × 1 （P29254） Photosystem I P700 chlorophyll a apoprotein A2 × 1 （P29255） Photosystem I reaction center subunit II × 1 （P19569） Photosystem I reaction center subunit IV × 1 （P12975） Photosystem I reaction center subunit III × 1 （P29256） Photosystem I reaction center subunit VIII × 1 （Q55330） Photosystem I reaction center subunit IX × 1 （Q55329） Photosystem I reaction center subunit PsaK 2 × 1 （P74564） Photosystem I reaction center subunit XI × 1 （P37277） Photosystem I reaction center subunit XII × 1 （P72986） CHLOROPHYLL A × 93 PHYLLOQUINONE × 2 IRON/SULFUR CLUSTER × 3 BETA-CAROTENE × 14 1,2-DIPALMITOYL-PHOSPHATIDYL-GLYCEROLE × 4 beta,beta-carotene-4,4'-dione × 1 CHLORIDE ION × 1 beta,beta-caroten-4-one × 2 1,2-DISTEAROYL-MONOGALACTOSYL-DIGLYCERIDE × 2 1,2-DI-O-ACYL-3-O-[6-DEOXY-6-SULFO-ALPHA-D-GLUCOPYRANOSYL]-SN-GLYCEROL × 2 CALCIUM ION × 2 ;(1~{S})-3,5,5-trimethyl-4-[(1~{E},3~{E},5~{E},7~{E},9~{E},11~{E},13~{E},15~{E},17~{E})-3,7,12,16-tetramethyl-18-[(4~{S})-2,6,6-trimethyl-4-oxidanyl-cyclohexen-1-yl]octadeca-1,3,5,7,9,11,13,15,17-nonaenyl]cyclohex-3-en-1-ol ; × 2 DODECYL-BETA-D-MALTOSIDE × 1 (3'R)-3'-hydroxy-beta,beta-caroten-4-one × 1	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

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UniProt名称	PSAC_SYNY3
Isoform	—
PDB实体	3
链与序列区间	作者链 C； PDB构建体 1–80； UniProt 2–81

Photosystem I reaction center subunit II

物种未注明

UniProt P19569

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 11	Photosystem I P700 chlorophyll a apoprotein A1 × 1 （P29254） Photosystem I P700 chlorophyll a apoprotein A2 × 1 （P29255） Photosystem I iron-sulfur center × 1 （P32422） Photosystem I reaction center subunit IV × 1 （P12975） Photosystem I reaction center subunit III × 1 （P29256） Photosystem I reaction center subunit VIII × 1 （Q55330） Photosystem I reaction center subunit IX × 1 （Q55329） Photosystem I reaction center subunit PsaK 2 × 1 （P74564） Photosystem I reaction center subunit XI × 1 （P37277） Photosystem I reaction center subunit XII × 1 （P72986） CHLOROPHYLL A × 93 PHYLLOQUINONE × 2 IRON/SULFUR CLUSTER × 3 BETA-CAROTENE × 14 1,2-DIPALMITOYL-PHOSPHATIDYL-GLYCEROLE × 4 beta,beta-carotene-4,4'-dione × 1 CHLORIDE ION × 1 beta,beta-caroten-4-one × 2 1,2-DISTEAROYL-MONOGALACTOSYL-DIGLYCERIDE × 2 1,2-DI-O-ACYL-3-O-[6-DEOXY-6-SULFO-ALPHA-D-GLUCOPYRANOSYL]-SN-GLYCEROL × 2 CALCIUM ION × 2 ;(1~{S})-3,5,5-trimethyl-4-[(1~{E},3~{E},5~{E},7~{E},9~{E},11~{E},13~{E},15~{E},17~{E})-3,7,12,16-tetramethyl-18-[(4~{S})-2,6,6-trimethyl-4-oxidanyl-cyclohexen-1-yl]octadeca-1,3,5,7,9,11,13,15,17-nonaenyl]cyclohex-3-en-1-ol ; × 2 DODECYL-BETA-D-MALTOSIDE × 1 (3'R)-3'-hydroxy-beta,beta-caroten-4-one × 1	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

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UniProt名称	PSAD_SYNY3
Isoform	—
PDB实体	4
链与序列区间	作者链 D； PDB构建体 1–141； UniProt 1–141

Photosystem I reaction center subunit IV

物种未注明

UniProt P12975

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 11	Photosystem I P700 chlorophyll a apoprotein A1 × 1 （P29254） Photosystem I P700 chlorophyll a apoprotein A2 × 1 （P29255） Photosystem I iron-sulfur center × 1 （P32422） Photosystem I reaction center subunit II × 1 （P19569） Photosystem I reaction center subunit III × 1 （P29256） Photosystem I reaction center subunit VIII × 1 （Q55330） Photosystem I reaction center subunit IX × 1 （Q55329） Photosystem I reaction center subunit PsaK 2 × 1 （P74564） Photosystem I reaction center subunit XI × 1 （P37277） Photosystem I reaction center subunit XII × 1 （P72986） CHLOROPHYLL A × 93 PHYLLOQUINONE × 2 IRON/SULFUR CLUSTER × 3 BETA-CAROTENE × 14 1,2-DIPALMITOYL-PHOSPHATIDYL-GLYCEROLE × 4 beta,beta-carotene-4,4'-dione × 1 CHLORIDE ION × 1 beta,beta-caroten-4-one × 2 1,2-DISTEAROYL-MONOGALACTOSYL-DIGLYCERIDE × 2 1,2-DI-O-ACYL-3-O-[6-DEOXY-6-SULFO-ALPHA-D-GLUCOPYRANOSYL]-SN-GLYCEROL × 2 CALCIUM ION × 2 ;(1~{S})-3,5,5-trimethyl-4-[(1~{E},3~{E},5~{E},7~{E},9~{E},11~{E},13~{E},15~{E},17~{E})-3,7,12,16-tetramethyl-18-[(4~{S})-2,6,6-trimethyl-4-oxidanyl-cyclohexen-1-yl]octadeca-1,3,5,7,9,11,13,15,17-nonaenyl]cyclohex-3-en-1-ol ; × 2 DODECYL-BETA-D-MALTOSIDE × 1 (3'R)-3'-hydroxy-beta,beta-caroten-4-one × 1	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

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UniProt名称	PSAE_SYNY3
Isoform	—
PDB实体	5
链与序列区间	作者链 E； PDB构建体 1–69； UniProt 2–70

Photosystem I reaction center subunit III

物种未注明

UniProt P29256

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 11	Photosystem I P700 chlorophyll a apoprotein A1 × 1 （P29254） Photosystem I P700 chlorophyll a apoprotein A2 × 1 （P29255） Photosystem I iron-sulfur center × 1 （P32422） Photosystem I reaction center subunit II × 1 （P19569） Photosystem I reaction center subunit IV × 1 （P12975） Photosystem I reaction center subunit VIII × 1 （Q55330） Photosystem I reaction center subunit IX × 1 （Q55329） Photosystem I reaction center subunit PsaK 2 × 1 （P74564） Photosystem I reaction center subunit XI × 1 （P37277） Photosystem I reaction center subunit XII × 1 （P72986） CHLOROPHYLL A × 93 PHYLLOQUINONE × 2 IRON/SULFUR CLUSTER × 3 BETA-CAROTENE × 14 1,2-DIPALMITOYL-PHOSPHATIDYL-GLYCEROLE × 4 beta,beta-carotene-4,4'-dione × 1 CHLORIDE ION × 1 beta,beta-caroten-4-one × 2 1,2-DISTEAROYL-MONOGALACTOSYL-DIGLYCERIDE × 2 1,2-DI-O-ACYL-3-O-[6-DEOXY-6-SULFO-ALPHA-D-GLUCOPYRANOSYL]-SN-GLYCEROL × 2 CALCIUM ION × 2 ;(1~{S})-3,5,5-trimethyl-4-[(1~{E},3~{E},5~{E},7~{E},9~{E},11~{E},13~{E},15~{E},17~{E})-3,7,12,16-tetramethyl-18-[(4~{S})-2,6,6-trimethyl-4-oxidanyl-cyclohexen-1-yl]octadeca-1,3,5,7,9,11,13,15,17-nonaenyl]cyclohex-3-en-1-ol ; × 2 DODECYL-BETA-D-MALTOSIDE × 1 (3'R)-3'-hydroxy-beta,beta-caroten-4-one × 1	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

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UniProt名称	PSAF_SYNY3
Isoform	—
PDB实体	6
链与序列区间	作者链 F； PDB构建体 1–143； UniProt 23–165

Photosystem I reaction center subunit VIII

物种未注明

UniProt Q55330

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 11	Photosystem I P700 chlorophyll a apoprotein A1 × 1 （P29254） Photosystem I P700 chlorophyll a apoprotein A2 × 1 （P29255） Photosystem I iron-sulfur center × 1 （P32422） Photosystem I reaction center subunit II × 1 （P19569） Photosystem I reaction center subunit IV × 1 （P12975） Photosystem I reaction center subunit III × 1 （P29256） Photosystem I reaction center subunit IX × 1 （Q55329） Photosystem I reaction center subunit PsaK 2 × 1 （P74564） Photosystem I reaction center subunit XI × 1 （P37277） Photosystem I reaction center subunit XII × 1 （P72986） CHLOROPHYLL A × 93 PHYLLOQUINONE × 2 IRON/SULFUR CLUSTER × 3 BETA-CAROTENE × 14 1,2-DIPALMITOYL-PHOSPHATIDYL-GLYCEROLE × 4 beta,beta-carotene-4,4'-dione × 1 CHLORIDE ION × 1 beta,beta-caroten-4-one × 2 1,2-DISTEAROYL-MONOGALACTOSYL-DIGLYCERIDE × 2 1,2-DI-O-ACYL-3-O-[6-DEOXY-6-SULFO-ALPHA-D-GLUCOPYRANOSYL]-SN-GLYCEROL × 2 CALCIUM ION × 2 ;(1~{S})-3,5,5-trimethyl-4-[(1~{E},3~{E},5~{E},7~{E},9~{E},11~{E},13~{E},15~{E},17~{E})-3,7,12,16-tetramethyl-18-[(4~{S})-2,6,6-trimethyl-4-oxidanyl-cyclohexen-1-yl]octadeca-1,3,5,7,9,11,13,15,17-nonaenyl]cyclohex-3-en-1-ol ; × 2 DODECYL-BETA-D-MALTOSIDE × 1 (3'R)-3'-hydroxy-beta,beta-caroten-4-one × 1	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

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UniProt名称	PSAI_SYNY3
Isoform	—
PDB实体	7
链与序列区间	作者链 I； PDB构建体 1–40； UniProt 1–40

Photosystem I reaction center subunit IX

物种未注明

UniProt Q55329

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 11	Photosystem I P700 chlorophyll a apoprotein A1 × 1 （P29254） Photosystem I P700 chlorophyll a apoprotein A2 × 1 （P29255） Photosystem I iron-sulfur center × 1 （P32422） Photosystem I reaction center subunit II × 1 （P19569） Photosystem I reaction center subunit IV × 1 （P12975） Photosystem I reaction center subunit III × 1 （P29256） Photosystem I reaction center subunit VIII × 1 （Q55330） Photosystem I reaction center subunit PsaK 2 × 1 （P74564） Photosystem I reaction center subunit XI × 1 （P37277） Photosystem I reaction center subunit XII × 1 （P72986） CHLOROPHYLL A × 93 PHYLLOQUINONE × 2 IRON/SULFUR CLUSTER × 3 BETA-CAROTENE × 14 1,2-DIPALMITOYL-PHOSPHATIDYL-GLYCEROLE × 4 beta,beta-carotene-4,4'-dione × 1 CHLORIDE ION × 1 beta,beta-caroten-4-one × 2 1,2-DISTEAROYL-MONOGALACTOSYL-DIGLYCERIDE × 2 1,2-DI-O-ACYL-3-O-[6-DEOXY-6-SULFO-ALPHA-D-GLUCOPYRANOSYL]-SN-GLYCEROL × 2 CALCIUM ION × 2 ;(1~{S})-3,5,5-trimethyl-4-[(1~{E},3~{E},5~{E},7~{E},9~{E},11~{E},13~{E},15~{E},17~{E})-3,7,12,16-tetramethyl-18-[(4~{S})-2,6,6-trimethyl-4-oxidanyl-cyclohexen-1-yl]octadeca-1,3,5,7,9,11,13,15,17-nonaenyl]cyclohex-3-en-1-ol ; × 2 DODECYL-BETA-D-MALTOSIDE × 1 (3'R)-3'-hydroxy-beta,beta-caroten-4-one × 1	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

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UniProt名称	PSAJ_SYNY3
Isoform	—
PDB实体	8
链与序列区间	作者链 J； PDB构建体 1–40； UniProt 1–40

Photosystem I reaction center subunit PsaK 2

物种未注明

UniProt P74564

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 11	Photosystem I P700 chlorophyll a apoprotein A1 × 1 （P29254） Photosystem I P700 chlorophyll a apoprotein A2 × 1 （P29255） Photosystem I iron-sulfur center × 1 （P32422） Photosystem I reaction center subunit II × 1 （P19569） Photosystem I reaction center subunit IV × 1 （P12975） Photosystem I reaction center subunit III × 1 （P29256） Photosystem I reaction center subunit VIII × 1 （Q55330） Photosystem I reaction center subunit IX × 1 （Q55329） Photosystem I reaction center subunit XI × 1 （P37277） Photosystem I reaction center subunit XII × 1 （P72986） CHLOROPHYLL A × 93 PHYLLOQUINONE × 2 IRON/SULFUR CLUSTER × 3 BETA-CAROTENE × 14 1,2-DIPALMITOYL-PHOSPHATIDYL-GLYCEROLE × 4 beta,beta-carotene-4,4'-dione × 1 CHLORIDE ION × 1 beta,beta-caroten-4-one × 2 1,2-DISTEAROYL-MONOGALACTOSYL-DIGLYCERIDE × 2 1,2-DI-O-ACYL-3-O-[6-DEOXY-6-SULFO-ALPHA-D-GLUCOPYRANOSYL]-SN-GLYCEROL × 2 CALCIUM ION × 2 ;(1~{S})-3,5,5-trimethyl-4-[(1~{E},3~{E},5~{E},7~{E},9~{E},11~{E},13~{E},15~{E},17~{E})-3,7,12,16-tetramethyl-18-[(4~{S})-2,6,6-trimethyl-4-oxidanyl-cyclohexen-1-yl]octadeca-1,3,5,7,9,11,13,15,17-nonaenyl]cyclohex-3-en-1-ol ; × 2 DODECYL-BETA-D-MALTOSIDE × 1 (3'R)-3'-hydroxy-beta,beta-caroten-4-one × 1	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

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UniProt名称	PSAK2_SYNY3
Isoform	—
PDB实体	9
链与序列区间	作者链 K； PDB构建体 1–70； UniProt 18–87

Photosystem I reaction center subunit XI

物种未注明

UniProt P37277

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 11	Photosystem I P700 chlorophyll a apoprotein A1 × 1 （P29254） Photosystem I P700 chlorophyll a apoprotein A2 × 1 （P29255） Photosystem I iron-sulfur center × 1 （P32422） Photosystem I reaction center subunit II × 1 （P19569） Photosystem I reaction center subunit IV × 1 （P12975） Photosystem I reaction center subunit III × 1 （P29256） Photosystem I reaction center subunit VIII × 1 （Q55330） Photosystem I reaction center subunit IX × 1 （Q55329） Photosystem I reaction center subunit PsaK 2 × 1 （P74564） Photosystem I reaction center subunit XII × 1 （P72986） CHLOROPHYLL A × 93 PHYLLOQUINONE × 2 IRON/SULFUR CLUSTER × 3 BETA-CAROTENE × 14 1,2-DIPALMITOYL-PHOSPHATIDYL-GLYCEROLE × 4 beta,beta-carotene-4,4'-dione × 1 CHLORIDE ION × 1 beta,beta-caroten-4-one × 2 1,2-DISTEAROYL-MONOGALACTOSYL-DIGLYCERIDE × 2 1,2-DI-O-ACYL-3-O-[6-DEOXY-6-SULFO-ALPHA-D-GLUCOPYRANOSYL]-SN-GLYCEROL × 2 CALCIUM ION × 2 ;(1~{S})-3,5,5-trimethyl-4-[(1~{E},3~{E},5~{E},7~{E},9~{E},11~{E},13~{E},15~{E},17~{E})-3,7,12,16-tetramethyl-18-[(4~{S})-2,6,6-trimethyl-4-oxidanyl-cyclohexen-1-yl]octadeca-1,3,5,7,9,11,13,15,17-nonaenyl]cyclohex-3-en-1-ol ; × 2 DODECYL-BETA-D-MALTOSIDE × 1 (3'R)-3'-hydroxy-beta,beta-caroten-4-one × 1	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

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UniProt名称	PSAL_SYNY3
Isoform	—
PDB实体	10
链与序列区间	作者链 L； PDB构建体 1–136； UniProt 22–157

Photosystem I reaction center subunit XII

物种未注明

UniProt P72986

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 11	Photosystem I P700 chlorophyll a apoprotein A1 × 1 （P29254） Photosystem I P700 chlorophyll a apoprotein A2 × 1 （P29255） Photosystem I iron-sulfur center × 1 （P32422） Photosystem I reaction center subunit II × 1 （P19569） Photosystem I reaction center subunit IV × 1 （P12975） Photosystem I reaction center subunit III × 1 （P29256） Photosystem I reaction center subunit VIII × 1 （Q55330） Photosystem I reaction center subunit IX × 1 （Q55329） Photosystem I reaction center subunit PsaK 2 × 1 （P74564） Photosystem I reaction center subunit XI × 1 （P37277） CHLOROPHYLL A × 93 PHYLLOQUINONE × 2 IRON/SULFUR CLUSTER × 3 BETA-CAROTENE × 14 1,2-DIPALMITOYL-PHOSPHATIDYL-GLYCEROLE × 4 beta,beta-carotene-4,4'-dione × 1 CHLORIDE ION × 1 beta,beta-caroten-4-one × 2 1,2-DISTEAROYL-MONOGALACTOSYL-DIGLYCERIDE × 2 1,2-DI-O-ACYL-3-O-[6-DEOXY-6-SULFO-ALPHA-D-GLUCOPYRANOSYL]-SN-GLYCEROL × 2 CALCIUM ION × 2 ;(1~{S})-3,5,5-trimethyl-4-[(1~{E},3~{E},5~{E},7~{E},9~{E},11~{E},13~{E},15~{E},17~{E})-3,7,12,16-tetramethyl-18-[(4~{S})-2,6,6-trimethyl-4-oxidanyl-cyclohexen-1-yl]octadeca-1,3,5,7,9,11,13,15,17-nonaenyl]cyclohex-3-en-1-ol ; × 2 DODECYL-BETA-D-MALTOSIDE × 1 (3'R)-3'-hydroxy-beta,beta-caroten-4-one × 1	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

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UniProt名称	PSAM_SYNY3
Isoform	—
PDB实体	11
链与序列区间	作者链 M； PDB构建体 1–31； UniProt 1–31

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	6hqb
沉积日期 deposition_date	2018-09-24
结构标题 title	Monomeric cyanobacterial photosystem I
关键词 keywords	Crystal structure; Cyanobacteria; Membrane complexes; Photosynthesis; Photosystem I; Synechocystis, PHOTOSYNTHESIS; PHOTOSYNTHESIS
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

页面只读取最新 assembly 计算结果。每一条曲线都对应明确的 PDB、official biological assembly 和 coordinate model。

6hqb__assembly_1__model_1

Assembly 1 · Model 1 · CRYSOL 4.1.3-1-20251215 (887e7ef)

下载该曲线 .dat

6hqb__assembly_1__model_1 | I(q)

100 个绘图点；横轴和纵轴均采用对数尺度。

6hqb__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

P(r) 将按相同 assembly/model 分别计算和展示。

Rg（Guinier）	42.54 Å
Rg（电子密度）	41.58 Å
总 Rg	42.11 Å
原子数	23566
残基数	2233
排除体积	435410 Å³
最大 q	0.500 Å⁻¹

Assembly	Model	结构单元	聚集说明	状态	CRYSOL	操作
1	1	`6hqb__assembly_1__model_1`	undecameric （11）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载

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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (25)

实体 1 Entity 1 polymer

描述 description	Photosystem I P700 chlorophyll a apoprotein A1
分子量 formula_weight	83036.4 kDa
EC 编号 ec_number	1.97.1.12
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A
原子数 atom_count	23566

MTISPPEREAKAKVSVDNNPVPTSFEKWGKPGHFDRTLARGPKTTTWIWNLHANAHDFDSQTSDLEDVSRKIFSAHFGHLAVVFVWLSGMYFHGAKFSNYEGWLADPTHIKPSAQVVWPIVGQGILNGDVGGGFHGIQITSGLFYLWRASGFTDSYQLYCTAIGGLVMAALMLFAGWFHYHVKAPKLEWFQNVESMMNHHLAGLLGLGSLGWAGHQIHVSMPINKLLDAGVAPKDIPLPHEFILEPSKMAELYPSFAQGLTPFFTLNWGVYSDFLTFKGGLNPVTGGLWLSDTAHHHLAIAVLFIIAGHMYRTNWGIGHSMKEILEAHKGPFTGEGHKGLYEILTTSWHAQLAINLALLGSLTIIVAQHMYAMPPYPYQAIDYATQLSLFTHHMWIGGFLIVGAGAHGAIFMVRDYDPAKNVNNLLDRMLRHRDAIISHLNWVCIFLGFHSFGLYIHNDTMRALGRPQDMFSDTAIQLQPIFAQWVQHLHTLAPGATAPNALATASYAFGGETIAVAGKVAMMPITLGTADFMVHHIHAFTIHVTALILLKGVLYARSSRLVPDKANLGFRFPCDGPGRGGTCQVSGWDHVFLGLFWMYNSLSIVIFHFSWKMQSDVWGTVSPDGSVTHVTLGNFAQSAITINGWLRDFLWAQAANVINSYGSALSAYGIMFLAGHFVFAFSLMFLFSGRGYWQELIESIVWAHNKLNVAPAIQPRALSIIQGRAVGVAHYLLGGIVTTWAFFLARSLSIG

实体 2 Entity 2 polymer

描述 description	Photosystem I P700 chlorophyll a apoprotein A2
分子量 formula_weight	81369.5 kDa
EC 编号 ec_number	1.97.1.12
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	B

MATKFPKFSQDLAQDPTTRRIWYGIATAHDFETHDGMTEENLYQKIFASHFGHIAIIFLWTSGTLFHVAWQGNFEQWIKDPLNIRPIAHAIWDPHFGEGAVNAFTQAGASNPVNIAYSGVYHWFYTIGMTTNQELYSGAVFLLVLASLFLFAGWLHLQPKFRPSLAWFKNAESRLNHHLAGLFGVSSLAWAGHLVHVAIPEARGQHVGWDNFLSTPPHPAGLMPFFTGNWGVYAADPDTAGHIFGTSEGAGTAILTFLGGFHPQTESLWLTDIAHHHLAIAVIFIIAGHMYRTNWGIGHSIKEILNAHKGPLTGAGHTNLYDTINNSLHFQLGLALASLGVITSLVAQHMYSLPSYAFIAQDHTTQAALYTHHQYIAGFLMVGAFAHGAIFFVRDYDPVANKDNVLARMLEHKEALISHLSWVSLFLGFHTLGLYVHNDVVVAFGTPEKQILIEPVFAQWIQATSGKALYGFDVLLSNPDSIASTTGAAWLPGWLDAINSGTNSLFLTIGPGDFLVHHAIALGLHTTALILIKGALDARGSKLMPDKKDFGYSFPCDGPGRGGTCDISAWDAFYLAMFWMLNTLGWLTFYWHWKHLGVWSGNVAQFNENSTYLMGWFRDYLWANSAQLINGYNPYGVNNLSVWAWMFLFGHLVWATGFMFLISWRGYWQELIETIVWAHERTPLANLVRWKDKPVALSIVQARLVGLAHFTVGYVLTYAAFLIASTAGKFG

实体 3 Entity 3 polymer

描述 description	Photosystem I iron-sulfur center
分子量 formula_weight	8706.1 kDa
EC 编号 ec_number	1.97.1.12
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	C

SHSVKIYDTCIGCTQCVRACPLDVLEMVPWDGCKAAQIASSPRTEDCVGCKRCETACPTDFLSIRVYLGAETTRSMGLAY

实体 4 Entity 4 polymer

描述 description	Photosystem I reaction center subunit II
分子量 formula_weight	15663.7 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	D

MTELSGQPPKFGGSTGGLLSKANREEKYAITWTSASEQVFEMPTGGAAIMNEGENLLYLARKEQCLALGTQLRTKFKPKIQDYKIYRVYPSGEVQYLHPADGVFPEKVNEGREAQGTKTRRIGQNPEPVTIKFSGKAPYEV

实体 5 Entity 5 polymer

描述 description	Photosystem I reaction center subunit IV
分子量 formula_weight	7680.5 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	E

ALNRGDKVRIKRTESYWYGDVGTVASVEKSGILYPVIVRFDRVNYNGFSGSASGVNTNNFAENELELVQ

实体 6 Entity 6 polymer

描述 description	Photosystem I reaction center subunit III
分子量 formula_weight	15791.1 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	F

ADDFANLTPCSENPAYLAKSKNFLNTTNDPNSGKIRAERYASALCGPEGYPHLIVDGRFTHAGDFLIPSILFLYIAGWIGWVGRSYLIEIRESKNPEMQEVVINVPLAIKKMLGGFLWPLAAVGEYTSGKLVMKDSEIPTSPR

实体 7 Entity 7 polymer

描述 description	Photosystem I reaction center subunit VIII
分子量 formula_weight	4414.1 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	I

MDGSYAASYLPWILIPMVGWLFPAVTMGLLFIHIESEGEG

实体 8 Entity 8 polymer

描述 description	Photosystem I reaction center subunit IX
分子量 formula_weight	4535.4 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	J

MDGLKSFLSTAPVMIMALLTFTAGILIEFNRFYPDLLFHP

实体 9 Entity 9 polymer

描述 description	Photosystem I reaction center subunit PsaK 2
分子量 formula_weight	7339.8 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	K

WSLSVGIIMCLCNVFAFVIGYFAIQKTGKGKDLALPQLASKKTFGLPELLATMSFGHILGAGMVLGLASS

实体 10 Entity 10 polymer

描述 description	Photosystem I reaction center subunit XI
分子量 formula_weight	14523.5 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	L

TPISDSAFTRTFIGNLPAYRKGLSPILRGLEVGMAHGYFLIGPWTLLGPLRDSEYQYIGGLIGALALILVATAALSSYGLVTFQGEQGSGDTLQTADGWSQFAAGFFVGGMGGAFVAYFLLENLSVVDGIFRGLFNH

实体 11 Entity 11 polymer

描述 description	Photosystem I reaction center subunit XII
分子量 formula_weight	3382.1 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	M

MALSDTQILAALVVALLPAFLAFRLSTELYK

实体 12 Entity 12 non-polymer

描述 description	CHLOROPHYLL A
分子量 formula_weight	893.5 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	93

实体 13 Entity 13 non-polymer

描述 description	PHYLLOQUINONE
分子量 formula_weight	450.7 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	2

实体 14 Entity 14 non-polymer

描述 description	IRON/SULFUR CLUSTER
分子量 formula_weight	351.6 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	3

实体 15 Entity 15 non-polymer

描述 description	BETA-CAROTENE
分子量 formula_weight	536.9 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	14

实体 16 Entity 16 non-polymer

描述 description	1,2-DIPALMITOYL-PHOSPHATIDYL-GLYCEROLE
分子量 formula_weight	723.0 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	4

实体 17 Entity 17 non-polymer

描述 description	beta,beta-carotene-4,4'-dione
分子量 formula_weight	564.8 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

实体 18 Entity 18 non-polymer

描述 description	CHLORIDE ION
分子量 formula_weight	35.5 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

实体 19 Entity 19 non-polymer

描述 description	beta,beta-caroten-4-one
分子量 formula_weight	550.9 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	2

实体 20 Entity 20 non-polymer

描述 description	1,2-DISTEAROYL-MONOGALACTOSYL-DIGLYCERIDE
分子量 formula_weight	787.2 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	2

实体 21 Entity 21 non-polymer

描述 description	1,2-DI-O-ACYL-3-O-[6-DEOXY-6-SULFO-ALPHA-D-GLUCOPYRANOSYL]-SN-GLYCEROL
分子量 formula_weight	795.1 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	2

实体 22 Entity 22 non-polymer

描述 description	CALCIUM ION
分子量 formula_weight	40.1 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	2

实体 23 Entity 23 non-polymer

描述 description	;(1~{S})-3,5,5-trimethyl-4-[(1~{E},3~{E},5~{E},7~{E},9~{E},11~{E},13~{E},15~{E},17~{E})-3,7,12,16-tetramethyl-18-[(4~{S})-2,6,6-trimethyl-4-oxidanyl-cyclohexen-1-yl]octadeca-1,3,5,7,9,11,13,15,17-nonaenyl]cyclohex-3-en-1-ol ;
分子量 formula_weight	568.9 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	2

实体 24 Entity 24 non-polymer

描述 description	DODECYL-BETA-D-MALTOSIDE
分子量 formula_weight	510.6 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

实体 25 Entity 25 non-polymer

描述 description	(3'R)-3'-hydroxy-beta,beta-caroten-4-one
分子量 formula_weight	566.9 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

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6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 8 domains

CATH v4.4 (8 domains)

结构域编号 domain_id	6hqbA00
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	20 — Up-down Bundle
拓扑 Topology topology	1130 — Photosystem I p700 chlorophyll A apoprotein A1
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Photosystem I PsaA/PsaB

结构域编号 domain_id	6hqbB00
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	20 — Up-down Bundle
拓扑 Topology topology	1130 — Photosystem I p700 chlorophyll A apoprotein A1
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Photosystem I PsaA/PsaB

结构域编号 domain_id	6hqbC00
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	30 — 2-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology	70 — Alpha-Beta Plaits
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	20 —

结构域编号 domain_id	6hqbD00
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	30 — 2-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology	1470 — Photosystem 1 Reaction Centre Subunit Ii; Chain: D;
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Photosystem I PsaD, reaction center subunit II

结构域编号 domain_id	6hqbE00
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	30 — Roll
拓扑 Topology topology	30 — SH3 type barrels.
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	50 —

结构域编号 domain_id	6hqbF00
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	10 — Orthogonal Bundle
拓扑 Topology topology	8 — Helicase, Ruva Protein; domain 3
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	110 — Photosystem I, reaction centre, subunit PsaF

结构域编号 domain_id	6hqbJ00
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	20 — Up-down Bundle
拓扑 Topology topology	5 — Single alpha-helices involved in coiled-coils or other helix-helix interfaces
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	510 — Single helix bin

结构域编号 domain_id	6hqbL01
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	20 — Up-down Bundle
拓扑 Topology topology	1240 — Photosystem 1 Reaction Centre Subunit Xi; Chain: L;
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Photosystem I PsaL, reaction centre subunit XI

▶

晶胞边长 a length_a	124.322 Å
晶胞边长 b length_b	178.658 Å
晶胞边长 c length_c	181.446 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	4

空间群 space_group	P 21 21 21
空间群编号 int_tables_number	19
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	4.000 Å
最低分辨率 resolution_low	49.289 Å
R 因子 r_factor	0.2560
R_work r_work	0.2552
R_free r_free	0.2950

Monomeric cyanobacterial photosystem I

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Photosystem I P700 chlorophyll a apoprotein A1

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

Photosystem I P700 chlorophyll a apoprotein A2

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

Photosystem I iron-sulfur center

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

Photosystem I reaction center subunit II

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

Photosystem I reaction center subunit IV

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

Photosystem I reaction center subunit III

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

Photosystem I reaction center subunit VIII

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

Photosystem I reaction center subunit IX

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

Photosystem I reaction center subunit PsaK 2

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

Photosystem I reaction center subunit XI

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体