6mcu

Crystal structure of the holo retinal-bound domain-swapped dimer Q108K:T51D:A28H mutant of human Cellular Retinol Binding Protein II

Method: X-RAY DIFFRACTION Dmax: 175.9 Å Quality: GOOD

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Retinol-binding protein 2

Homo sapiens

UniProt P50120

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 蛋白同源多聚体 同源多聚体 蛋白 × 2 PDB 声明:dimeric(2) 与蛋白拷贝数一致 链 A; UniProt 2–134 链 D; UniProt 2–134 突变:Q108K, T51D, A28H 无其他共同聚合物 X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件:VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP;298 K;PEG 4000, ammonium sulfate, sodium acetate 分辨率 2.57 Å R-free 0.296
2 蛋白同源多聚体 同源多聚体 蛋白 × 2 PDB 声明:dimeric(2) 与蛋白拷贝数一致 链 B; UniProt 2–134 链 C; UniProt 2–134 突变:Q108K, T51D, A28H 无其他共同聚合物 X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件:VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP;298 K;PEG 4000, ammonium sulfate, sodium acetate 分辨率 2.57 Å R-free 0.296
3 蛋白同源多聚体 同源多聚体 蛋白 × 2 PDB 声明:dimeric(2) 与蛋白拷贝数一致 链 E; UniProt 2–134 链 H; UniProt 2–134 突变:Q108K, T51D, A28H GOL GLYCEROL × 1 RET RETINAL × 1 X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件:VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP;298 K;PEG 4000, ammonium sulfate, sodium acetate 分辨率 2.57 Å R-free 0.296
4 蛋白同源多聚体 同源多聚体 蛋白 × 2 PDB 声明:dimeric(2) 与蛋白拷贝数一致 链 F; UniProt 2–134 链 G; UniProt 2–134 突变:Q108K, T51D, A28H GOL GLYCEROL × 1 RET RETINAL × 2 X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件:VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP;298 K;PEG 4000, ammonium sulfate, sodium acetate 分辨率 2.57 Å R-free 0.296
5 蛋白同源多聚体 同源多聚体 蛋白 × 2 PDB 声明:dimeric(2) 与蛋白拷贝数一致 链 I; UniProt 2–134 链 L; UniProt 2–134 突变:Q108K, T51D, A28H GOL GLYCEROL × 1 X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件:VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP;298 K;PEG 4000, ammonium sulfate, sodium acetate 分辨率 2.57 Å R-free 0.296
6 蛋白同源多聚体 同源多聚体 蛋白 × 2 PDB 声明:dimeric(2) 与蛋白拷贝数一致 链 J; UniProt 2–134 链 K; UniProt 2–134 突变:Q108K, T51D, A28H RET RETINAL × 2 X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件:VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP;298 K;PEG 4000, ammonium sulfate, sodium acetate 分辨率 2.57 Å R-free 0.296

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly, “相对当前条目”直接指出证据层面的不同;没有差异标签表示当前已读取字段一致。

共 101 个其他 PDB 条目、195 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 RET2_HUMAN
Isoform
PDB实体 1
链与序列区间 作者链 A; PDB构建体 1–133; UniProt 2–134 作者链 B; PDB构建体 1–133; UniProt 2–134 作者链 C; PDB构建体 1–133; UniProt 2–134 作者链 D; PDB构建体 1–133; UniProt 2–134 作者链 E; PDB构建体 1–133; UniProt 2–134 作者链 F; PDB构建体 1–133; UniProt 2–134 作者链 G; PDB构建体 1–133; UniProt 2–134 作者链 H; PDB构建体 1–133; UniProt 2–134 作者链 I; PDB构建体 1–133; UniProt 2–134 作者链 J; PDB构建体 1–133; UniProt 2–134 作者链 K; PDB构建体 1–133; UniProt 2–134 作者链 L; PDB构建体 1–133; UniProt 2–134

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。 链映射与序列区间收在“数据证据”中;数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护,因此不在读者页面展示。

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

SAXS profile for 6mcu

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

P(r) distribution for 6mcu
下载 Download

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id6mcu
沉积日期 deposition_date2018-09-02
结构标题 titleCrystal structure of the holo retinal-bound domain-swapped dimer Q108K:T51D:A28H mutant of human Cellular Retinol Binding Protein II
关键词 keywordsiLBP, Protein Switch, LIPID BINDING PROTEIN; LIPID BINDING PROTEIN
实验方法 methodX-RAY DIFFRACTION

3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier50.46
回转半径 Rg (电子) rg_electron50.89
零角强度 I(0) i0543435000.00
分子量 molecular_weight189100.0 kDa
排除体积 excluded_volume235290 ų
包络体积 envelope_volume349510 ų
水化壳体积 shell_volume63115 ų
包络直径 envelope_diameter188.7
壳层 Rg shell_rg48.12
包络 Rg envelope_rg50.01
形状 Rg shape_rg50.89
总 Rg total_rg50.75
总原子数 total_atoms13320
残基数 n_residues1596
球谐函数阶数 n_harmonics20
q 范围 q_range— – 0.5000 −1
数据点数 n_points101
壳层类型 shell_typedirectional
溶剂电子密度 solvent_density0.3340 e/ų
壳层衬度 contrast_shell0.0300 e/ų
CRYSOL 版本 crysol_version4.1.3

4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax175.9
Rg (实空间) rg_real50.83
Rg 误差 (实空间) rg_real_error2.32
I(0) (实空间) i0_real5.4340e+08
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error1.1960e+07
Rg (倒空间) rg_reciprocal50.16
I(0) (倒空间) i0_reciprocal542900000.0000
解质量估计 total_estimate0.8127
解质量评级 solution_quality GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks3
主峰位置 r_peak_primary51.1
偏度 Skewness skewness0.621
峰度 Kurtosis kurtosis0.093
角度范围 angular_range— – 0.1550 −1
当前正则化参数 α current_alpha0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha26200000.0000
实空间数据点数 n_real_points32
GNOM 版本 gnom_version4.1.3
质量判据 quality_criteria AN1: 0.000; Oscil: 0.765; Stabil: 0.999; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.884; Smooth: 0.384

5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (4)

7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 24 domains

SCOP 2.08 (12 domains)

结构域编号 domain_idd6mcua_
类 Class classb — All beta proteins
折叠类型 Fold foldb.60 — Lipocalins
超家族 Superfamily superfamilyb.60.1 — Lipocalins
家族 Family familyb.60.1.2 — Fatty acid binding protein-like
结构域编号 domain_idd6mcub_
类 Class classb — All beta proteins
折叠类型 Fold foldb.60 — Lipocalins
超家族 Superfamily superfamilyb.60.1 — Lipocalins
家族 Family familyb.60.1.2 — Fatty acid binding protein-like
结构域编号 domain_idd6mcuc_
类 Class classb — All beta proteins
折叠类型 Fold foldb.60 — Lipocalins
超家族 Superfamily superfamilyb.60.1 — Lipocalins
家族 Family familyb.60.1.2 — Fatty acid binding protein-like
结构域编号 domain_idd6mcud_
类 Class classb — All beta proteins
折叠类型 Fold foldb.60 — Lipocalins
超家族 Superfamily superfamilyb.60.1 — Lipocalins
家族 Family familyb.60.1.2 — Fatty acid binding protein-like
结构域编号 domain_idd6mcue_
类 Class classb — All beta proteins
折叠类型 Fold foldb.60 — Lipocalins
超家族 Superfamily superfamilyb.60.1 — Lipocalins
家族 Family familyb.60.1.2 — Fatty acid binding protein-like
结构域编号 domain_idd6mcuf_
类 Class classb — All beta proteins
折叠类型 Fold foldb.60 — Lipocalins
超家族 Superfamily superfamilyb.60.1 — Lipocalins
家族 Family familyb.60.1.2 — Fatty acid binding protein-like
结构域编号 domain_idd6mcug_
类 Class classb — All beta proteins
折叠类型 Fold foldb.60 — Lipocalins
超家族 Superfamily superfamilyb.60.1 — Lipocalins
家族 Family familyb.60.1.2 — Fatty acid binding protein-like
结构域编号 domain_idd6mcuh_
类 Class classb — All beta proteins
折叠类型 Fold foldb.60 — Lipocalins
超家族 Superfamily superfamilyb.60.1 — Lipocalins
家族 Family familyb.60.1.2 — Fatty acid binding protein-like
结构域编号 domain_idd6mcui_
类 Class classb — All beta proteins
折叠类型 Fold foldb.60 — Lipocalins
超家族 Superfamily superfamilyb.60.1 — Lipocalins
家族 Family familyb.60.1.2 — Fatty acid binding protein-like
结构域编号 domain_idd6mcuj_
类 Class classb — All beta proteins
折叠类型 Fold foldb.60 — Lipocalins
超家族 Superfamily superfamilyb.60.1 — Lipocalins
家族 Family familyb.60.1.2 — Fatty acid binding protein-like
结构域编号 domain_idd6mcuk_
类 Class classb — All beta proteins
折叠类型 Fold foldb.60 — Lipocalins
超家族 Superfamily superfamilyb.60.1 — Lipocalins
家族 Family familyb.60.1.2 — Fatty acid binding protein-like
结构域编号 domain_idd6mcul_
类 Class classb — All beta proteins
折叠类型 Fold foldb.60 — Lipocalins
超家族 Superfamily superfamilyb.60.1 — Lipocalins
家族 Family familyb.60.1.2 — Fatty acid binding protein-like

CATH v4.4 (12 domains)

结构域编号 domain_id6mcuA00
类 Class class2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture40 — Beta Barrel
拓扑 Topology topology128 — Lipocalin
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily20 — Calycin beta-barrel core domain
结构域编号 domain_id6mcuB00
类 Class class2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture40 — Beta Barrel
拓扑 Topology topology128 — Lipocalin
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily20 — Calycin beta-barrel core domain
结构域编号 domain_id6mcuC00
类 Class class2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture40 — Beta Barrel
拓扑 Topology topology128 — Lipocalin
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily20 — Calycin beta-barrel core domain
结构域编号 domain_id6mcuD00
类 Class class2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture40 — Beta Barrel
拓扑 Topology topology128 — Lipocalin
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily20 — Calycin beta-barrel core domain
结构域编号 domain_id6mcuE00
类 Class class2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture40 — Beta Barrel
拓扑 Topology topology128 — Lipocalin
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily20 — Calycin beta-barrel core domain
结构域编号 domain_id6mcuF00
类 Class class2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture40 — Beta Barrel
拓扑 Topology topology128 — Lipocalin
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily20 — Calycin beta-barrel core domain
结构域编号 domain_id6mcuG00
类 Class class2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture40 — Beta Barrel
拓扑 Topology topology128 — Lipocalin
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily20 — Calycin beta-barrel core domain
结构域编号 domain_id6mcuH00
类 Class class2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture40 — Beta Barrel
拓扑 Topology topology128 — Lipocalin
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily20 — Calycin beta-barrel core domain
结构域编号 domain_id6mcuI00
类 Class class2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture40 — Beta Barrel
拓扑 Topology topology128 — Lipocalin
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily20 — Calycin beta-barrel core domain
结构域编号 domain_id6mcuJ00
类 Class class2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture40 — Beta Barrel
拓扑 Topology topology128 — Lipocalin
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily20 — Calycin beta-barrel core domain
结构域编号 domain_id6mcuK00
类 Class class2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture40 — Beta Barrel
拓扑 Topology topology128 — Lipocalin
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily20 — Calycin beta-barrel core domain
结构域编号 domain_id6mcuL00
类 Class class2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture40 — Beta Barrel
拓扑 Topology topology128 — Lipocalin
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily20 — Calycin beta-barrel core domain

8. 引用文献 (1)

9. 文件与曲线 (10)