6mda

Non-receptor Protein Tyrosine Phosphatase SHP2 in Complex with Allosteric Inhibitor Pyrazolo-pyridine 4

Method: X-RAY DIFFRACTION Dmax: 126.2 Å Quality: GOOD

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Tyrosine-protein phosphatase non-receptor type 11

Homo sapiens

UniProt Q06124

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 蛋白单体 单体 蛋白 × 1 PDB 声明:monomeric(1) 与蛋白拷贝数一致 链 A; UniProt 1–525 未记录 JED 3-(4-bromophenyl)-6-(4-methylphenyl)-1H-pyrazolo[3,4-b]pyridine-4-carboxylic acid × 1 PO4 PHOSPHATE ION × 1 X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件:VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP;277 K;17% PEG3350, 200MM AMMONIUM PHOSPHATE 分辨率 2.21 Å R-free 0.251
2 蛋白单体 单体 蛋白 × 1 PDB 声明:monomeric(1) 与蛋白拷贝数一致 链 B; UniProt 1–525 未记录 JED 3-(4-bromophenyl)-6-(4-methylphenyl)-1H-pyrazolo[3,4-b]pyridine-4-carboxylic acid × 1 PO4 PHOSPHATE ION × 1 X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件:VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP;277 K;17% PEG3350, 200MM AMMONIUM PHOSPHATE 分辨率 2.21 Å R-free 0.251

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly, “相对当前条目”直接指出证据层面的不同;没有差异标签表示当前已读取字段一致。

共 114 个其他 PDB 条目、187 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 PTN11_HUMAN
Isoform Q06124-2
PDB实体 1
链与序列区间 作者链 A; PDB构建体 2–526; UniProt 1–525 作者链 B; PDB构建体 2–526; UniProt 1–525

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。 链映射与序列区间收在“数据证据”中;数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护,因此不在读者页面展示。

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

SAXS profile for 6mda

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

P(r) distribution for 6mda
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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id6mda
沉积日期 deposition_date2018-09-04
结构标题 titleNon-receptor Protein Tyrosine Phosphatase SHP2 in Complex with Allosteric Inhibitor Pyrazolo-pyridine 4
关键词 keywordsSHP2, PTPN11, PROTEIN TYROSINE PHOSPHATASE, PHOSPHATASE, ALLOSTERIC INHIBITOR, HYDROLASE-HYDROLASE INHIBITOR COMPLEX, HYDROLASE; HYDROLASE/HYDROLASE INHIBITOR
实验方法 methodX-RAY DIFFRACTION

3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier36.82
回转半径 Rg (电子) rg_electron36.73
零角强度 I(0) i0187493000.00
分子量 molecular_weight109160.0 kDa
排除体积 excluded_volume136030 ų
包络体积 envelope_volume176780 ų
水化壳体积 shell_volume41431 ų
包络直径 envelope_diameter134.8
壳层 Rg shell_rg40.91
包络 Rg envelope_rg36.95
形状 Rg shape_rg36.69
总 Rg total_rg37.14
总原子数 total_atoms7678
残基数 n_residues938
球谐函数阶数 n_harmonics20
q 范围 q_range— – 0.5000 −1
数据点数 n_points101
壳层类型 shell_typedirectional
溶剂电子密度 solvent_density0.3340 e/ų
壳层衬度 contrast_shell0.0300 e/ų
CRYSOL 版本 crysol_version4.1.3

4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax126.2
Rg (实空间) rg_real37.07
Rg 误差 (实空间) rg_real_error1.09
I(0) (实空间) i0_real1.8750e+08
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error3.0370e+06
Rg (倒空间) rg_reciprocal36.92
I(0) (倒空间) i0_reciprocal187500000.0000
解质量估计 total_estimate0.8450
解质量评级 solution_quality GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks1
主峰位置 r_peak_primary38.2
偏度 Skewness skewness0.505
峰度 Kurtosis kurtosis-0.239
角度范围 angular_range— – 0.2150 −1
当前正则化参数 α current_alpha0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha32260000.0000
实空间数据点数 n_real_points44
GNOM 版本 gnom_version4.1.3
质量判据 quality_criteria AN1: 0.000; Oscil: 0.824; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.821; Smooth: 0.689

5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (4)

7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 12 domains

SCOP 2.08 (6 domains)

结构域编号 domain_idd6mdaa1
类 Class classd — Alpha and beta proteins (a+b)
折叠类型 Fold foldd.93 — SH2-like
超家族 Superfamily superfamilyd.93.1 — SH2 domain
家族 Family familyd.93.1.0 — automated matches
结构域编号 domain_idd6mdaa2
类 Class classd — Alpha and beta proteins (a+b)
折叠类型 Fold foldd.93 — SH2-like
超家族 Superfamily superfamilyd.93.1 — SH2 domain
家族 Family familyd.93.1.0 — automated matches
结构域编号 domain_idd6mdaa3
类 Class classc — Alpha and beta proteins (a/b)
折叠类型 Fold foldc.45 — (Phosphotyrosine protein) phosphatases II
超家族 Superfamily superfamilyc.45.1 — (Phosphotyrosine protein) phosphatases II
家族 Family familyc.45.1.2 — Higher-molecular-weight phosphotyrosine protein phosphatases
结构域编号 domain_idd6mdab1
类 Class classd — Alpha and beta proteins (a+b)
折叠类型 Fold foldd.93 — SH2-like
超家族 Superfamily superfamilyd.93.1 — SH2 domain
家族 Family familyd.93.1.0 — automated matches
结构域编号 domain_idd6mdab2
类 Class classd — Alpha and beta proteins (a+b)
折叠类型 Fold foldd.93 — SH2-like
超家族 Superfamily superfamilyd.93.1 — SH2 domain
家族 Family familyd.93.1.0 — automated matches
结构域编号 domain_idd6mdab3
类 Class classc — Alpha and beta proteins (a/b)
折叠类型 Fold foldc.45 — (Phosphotyrosine protein) phosphatases II
超家族 Superfamily superfamilyc.45.1 — (Phosphotyrosine protein) phosphatases II
家族 Family familyc.45.1.2 — Higher-molecular-weight phosphotyrosine protein phosphatases

CATH v4.4 (6 domains)

结构域编号 domain_id6mdaA01
类 Class class3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture30 — 2-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology505 — SHC Adaptor Protein
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10 — SH2 domain
结构域编号 domain_id6mdaA02
类 Class class3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture30 — 2-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology505 — SHC Adaptor Protein
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10 — SH2 domain
结构域编号 domain_id6mdaA03
类 Class class3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture90 — Alpha-Beta Complex
拓扑 Topology topology190 — Protein-Tyrosine Phosphatase; Chain A
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10 — Protein tyrosine phosphatase superfamily
结构域编号 domain_id6mdaB01
类 Class class3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture30 — 2-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology505 — SHC Adaptor Protein
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10 — SH2 domain
结构域编号 domain_id6mdaB02
类 Class class3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture30 — 2-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology505 — SHC Adaptor Protein
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10 — SH2 domain
结构域编号 domain_id6mdaB03
类 Class class3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture90 — Alpha-Beta Complex
拓扑 Topology topology190 — Protein-Tyrosine Phosphatase; Chain A
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10 — Protein tyrosine phosphatase superfamily

8. 引用文献 (1)

9. 文件与曲线 (10)