6mw9

CryoEM structure of chimeric Eastern Equine Encephalitis Virus with Fab of EEEV-3 antibody

Method: ELECTRON MICROSCOPY Dmax: 235.3 Å Quality: GOOD

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

E1

Eastern equine encephalitis virus

UniProt E9KXM2

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 蛋白异源复合物 异源复合物 蛋白 × 960 PDB 声明:960-meric(960) 与蛋白拷贝数一致 链 A; UniProt 802–1242 链 E; UniProt 802–1242 链 I; UniProt 802–1242 链 M; UniProt 802–1242 片段:ectodomain (UNP residues 802-1242) E2 × 240 (E9KXL2) EEEV-3 antibody heavy chain × 240 EEEV-3 antibody light chain × 240 (G0YP42) ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液:pH 7.5 cryo-EM玻璃化条件:冷冻剂 HELIUM 分辨率 7.30 Å
2 蛋白异源复合物 异源复合物 蛋白 × 16 PDB 声明:hexadecameric(16) 与蛋白拷贝数一致 链 A; UniProt 802–1242 链 E; UniProt 802–1242 链 I; UniProt 802–1242 链 M; UniProt 802–1242 片段:ectodomain (UNP residues 802-1242) E2 × 4 (E9KXL2) EEEV-3 antibody heavy chain × 4 EEEV-3 antibody light chain × 4 (G0YP42) ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液:pH 7.5 cryo-EM玻璃化条件:冷冻剂 HELIUM 分辨率 7.30 Å
3 蛋白异源复合物 异源复合物 蛋白 × 80 PDB 声明:80-meric(80) 与蛋白拷贝数一致 链 A; UniProt 802–1242 链 E; UniProt 802–1242 链 I; UniProt 802–1242 链 M; UniProt 802–1242 片段:ectodomain (UNP residues 802-1242) E2 × 20 (E9KXL2) EEEV-3 antibody heavy chain × 20 EEEV-3 antibody light chain × 20 (G0YP42) ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液:pH 7.5 cryo-EM玻璃化条件:冷冻剂 HELIUM 分辨率 7.30 Å
4 蛋白异源复合物 异源复合物 蛋白 × 96 PDB 声明:96-meric(96) 与蛋白拷贝数一致 链 A; UniProt 802–1242 链 E; UniProt 802–1242 链 I; UniProt 802–1242 链 M; UniProt 802–1242 片段:ectodomain (UNP residues 802-1242) E2 × 24 (E9KXL2) EEEV-3 antibody heavy chain × 24 EEEV-3 antibody light chain × 24 (G0YP42) ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液:pH 7.5 cryo-EM玻璃化条件:冷冻剂 HELIUM 分辨率 7.30 Å
5 蛋白异源复合物 异源复合物 蛋白 × 16 PDB 声明:hexadecameric(16) 与蛋白拷贝数一致 链 A; UniProt 802–1242 链 E; UniProt 802–1242 链 I; UniProt 802–1242 链 M; UniProt 802–1242 片段:ectodomain (UNP residues 802-1242) E2 × 4 (E9KXL2) EEEV-3 antibody heavy chain × 4 EEEV-3 antibody light chain × 4 (G0YP42) ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液:pH 7.5 cryo-EM玻璃化条件:冷冻剂 HELIUM 分辨率 7.30 Å

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly, “相对当前条目”直接指出证据层面的不同;没有差异标签表示当前已读取字段一致。

共 9 个其他 PDB 条目、33 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 E9KXM2_EEEV
Isoform
PDB实体 1
链与序列区间 作者链 A; PDB构建体 1–441; UniProt 802–1242 作者链 E; PDB构建体 1–441; UniProt 802–1242 作者链 I; PDB构建体 1–441; UniProt 802–1242 作者链 M; PDB构建体 1–441; UniProt 802–1242

E2

Eastern equine encephalitis virus

UniProt E9KXL2

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 蛋白异源复合物 异源复合物 蛋白 × 960 PDB 声明:960-meric(960) 与蛋白拷贝数一致 链 B; UniProt 325–744 链 F; UniProt 325–744 链 J; UniProt 325–744 链 N; UniProt 325–744 片段:ectodomain (UNP residues 325-744) E1 × 240 (E9KXM2) EEEV-3 antibody heavy chain × 240 EEEV-3 antibody light chain × 240 (G0YP42) ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液:pH 7.5 cryo-EM玻璃化条件:冷冻剂 HELIUM 分辨率 7.30 Å
2 蛋白异源复合物 异源复合物 蛋白 × 16 PDB 声明:hexadecameric(16) 与蛋白拷贝数一致 链 B; UniProt 325–744 链 F; UniProt 325–744 链 J; UniProt 325–744 链 N; UniProt 325–744 片段:ectodomain (UNP residues 325-744) E1 × 4 (E9KXM2) EEEV-3 antibody heavy chain × 4 EEEV-3 antibody light chain × 4 (G0YP42) ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液:pH 7.5 cryo-EM玻璃化条件:冷冻剂 HELIUM 分辨率 7.30 Å
3 蛋白异源复合物 异源复合物 蛋白 × 80 PDB 声明:80-meric(80) 与蛋白拷贝数一致 链 B; UniProt 325–744 链 F; UniProt 325–744 链 J; UniProt 325–744 链 N; UniProt 325–744 片段:ectodomain (UNP residues 325-744) E1 × 20 (E9KXM2) EEEV-3 antibody heavy chain × 20 EEEV-3 antibody light chain × 20 (G0YP42) ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液:pH 7.5 cryo-EM玻璃化条件:冷冻剂 HELIUM 分辨率 7.30 Å
4 蛋白异源复合物 异源复合物 蛋白 × 96 PDB 声明:96-meric(96) 与蛋白拷贝数一致 链 B; UniProt 325–744 链 F; UniProt 325–744 链 J; UniProt 325–744 链 N; UniProt 325–744 片段:ectodomain (UNP residues 325-744) E1 × 24 (E9KXM2) EEEV-3 antibody heavy chain × 24 EEEV-3 antibody light chain × 24 (G0YP42) ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液:pH 7.5 cryo-EM玻璃化条件:冷冻剂 HELIUM 分辨率 7.30 Å
5 蛋白异源复合物 异源复合物 蛋白 × 16 PDB 声明:hexadecameric(16) 与蛋白拷贝数一致 链 B; UniProt 325–744 链 F; UniProt 325–744 链 J; UniProt 325–744 链 N; UniProt 325–744 片段:ectodomain (UNP residues 325-744) E1 × 4 (E9KXM2) EEEV-3 antibody heavy chain × 4 EEEV-3 antibody light chain × 4 (G0YP42) ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液:pH 7.5 cryo-EM玻璃化条件:冷冻剂 HELIUM 分辨率 7.30 Å

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly, “相对当前条目”直接指出证据层面的不同;没有差异标签表示当前已读取字段一致。

共 10 个其他 PDB 条目、34 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 E9KXL2_EEEV
Isoform
PDB实体 2
链与序列区间 作者链 B; PDB构建体 1–420; UniProt 325–744 作者链 F; PDB构建体 1–420; UniProt 325–744 作者链 J; PDB构建体 1–420; UniProt 325–744 作者链 N; PDB构建体 1–420; UniProt 325–744

EEEV-3 antibody light chain

物种未注明

UniProt G0YP42

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 蛋白异源复合物 异源复合物 蛋白 × 960 PDB 声明:960-meric(960) 与蛋白拷贝数一致 链 D; UniProt 117–233 链 H; UniProt 117–233 链 L; UniProt 117–233 链 P; UniProt 117–233 片段:Fab E1 × 240 (E9KXM2) E2 × 240 (E9KXL2) EEEV-3 antibody heavy chain × 240 ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液:pH 7.5 cryo-EM玻璃化条件:冷冻剂 HELIUM 分辨率 7.30 Å
2 蛋白异源复合物 异源复合物 蛋白 × 16 PDB 声明:hexadecameric(16) 与蛋白拷贝数一致 链 D; UniProt 117–233 链 H; UniProt 117–233 链 L; UniProt 117–233 链 P; UniProt 117–233 片段:Fab E1 × 4 (E9KXM2) E2 × 4 (E9KXL2) EEEV-3 antibody heavy chain × 4 ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液:pH 7.5 cryo-EM玻璃化条件:冷冻剂 HELIUM 分辨率 7.30 Å
3 蛋白异源复合物 异源复合物 蛋白 × 80 PDB 声明:80-meric(80) 与蛋白拷贝数一致 链 D; UniProt 117–233 链 H; UniProt 117–233 链 L; UniProt 117–233 链 P; UniProt 117–233 片段:Fab E1 × 20 (E9KXM2) E2 × 20 (E9KXL2) EEEV-3 antibody heavy chain × 20 ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液:pH 7.5 cryo-EM玻璃化条件:冷冻剂 HELIUM 分辨率 7.30 Å
4 蛋白异源复合物 异源复合物 蛋白 × 96 PDB 声明:96-meric(96) 与蛋白拷贝数一致 链 D; UniProt 117–233 链 H; UniProt 117–233 链 L; UniProt 117–233 链 P; UniProt 117–233 片段:Fab E1 × 24 (E9KXM2) E2 × 24 (E9KXL2) EEEV-3 antibody heavy chain × 24 ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液:pH 7.5 cryo-EM玻璃化条件:冷冻剂 HELIUM 分辨率 7.30 Å
5 蛋白异源复合物 异源复合物 蛋白 × 16 PDB 声明:hexadecameric(16) 与蛋白拷贝数一致 链 D; UniProt 117–233 链 H; UniProt 117–233 链 L; UniProt 117–233 链 P; UniProt 117–233 片段:Fab E1 × 4 (E9KXM2) E2 × 4 (E9KXL2) EEEV-3 antibody heavy chain × 4 ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液:pH 7.5 cryo-EM玻璃化条件:冷冻剂 HELIUM 分辨率 7.30 Å

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly, “相对当前条目”直接指出证据层面的不同;没有差异标签表示当前已读取字段一致。

共 5 个其他 PDB 条目、21 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 G0YP42_MOUSE
Isoform
PDB实体 4
链与序列区间 作者链 D; PDB构建体 98–214; UniProt 117–233 作者链 H; PDB构建体 98–214; UniProt 117–233 作者链 L; PDB构建体 98–214; UniProt 117–233 作者链 P; PDB构建体 98–214; UniProt 117–233

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。 链映射与序列区间收在“数据证据”中;数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护,因此不在读者页面展示。

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

SAXS profile for 6mw9

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

P(r) distribution for 6mw9
下载 Download

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id6mw9
沉积日期 deposition_date2018-10-29
结构标题 titleCryoEM structure of chimeric Eastern Equine Encephalitis Virus with Fab of EEEV-3 antibody
关键词 keywordsAlphavirus, EEEV, Eastern Equine Encephalitis Virus, Sindbis, Fab, VIRUS-IMMUNE SYSTEM complex; VIRUS/IMMUNE SYSTEM
实验方法 methodELECTRON MICROSCOPY

3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier69.54
回转半径 Rg (电子) rg_electron69.71
零角强度 I(0) i03673450000.00
分子量 molecular_weight504980.0 kDa
排除体积 excluded_volume628830 ų
包络体积 envelope_volume1024800 ų
水化壳体积 shell_volume127160 ų
包络直径 envelope_diameter252.1
壳层 Rg shell_rg65.63
包络 Rg envelope_rg68.16
形状 Rg shape_rg69.68
总 Rg total_rg69.72
总原子数 total_atoms35528
残基数 n_residues4616
球谐函数阶数 n_harmonics20
q 范围 q_range— – 0.5000 −1
数据点数 n_points101
壳层类型 shell_typedirectional
溶剂电子密度 solvent_density0.3340 e/ų
壳层衬度 contrast_shell0.0300 e/ų
CRYSOL 版本 crysol_version4.1.3

4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax235.3
Rg (实空间) rg_real69.55
Rg 误差 (实空间) rg_real_error2.35
I(0) (实空间) i0_real3.6730e+09
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error8.0550e+07
Rg (倒空间) rg_reciprocal69.41
I(0) (倒空间) i0_reciprocal3672000000.0000
解质量估计 total_estimate0.8542
解质量评级 solution_quality GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks2
主峰位置 r_peak_primary81.8
偏度 Skewness skewness0.316
峰度 Kurtosis kurtosis-0.305
角度范围 angular_range— – 0.1150 −1
当前正则化参数 α current_alpha0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha109500000.0000
实空间数据点数 n_real_points24
GNOM 版本 gnom_version4.1.3
质量判据 quality_criteria AN1: 0.000; Oscil: 0.830; Stabil: 0.999; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.997; Smooth: 0.615

5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (4)

8. 引用文献 (1)

9. 文件与曲线 (10)