6o81

Electron cryo-microscopy of the eukaryotic translation initiation factor 2B bound to translation initiation factor 2 from Homo sapiens

Method: ELECTRON MICROSCOPY Dmax: 218.2 Å Quality: GOOD

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Translation initiation factor eIF-2B subunit epsilon

Homo sapiens

UniProt Q13144

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 蛋白异源复合物 异源复合物 蛋白 × 16 PDB 声明:hexadecameric(16) 与蛋白拷贝数一致 链 A; UniProt 1–721 链 B; UniProt 1–721 未记录 Translation initiation factor eIF-2B subunit beta × 2 (P49770) Translation initiation factor eIF-2B subunit delta × 2 (Q9UI10) Translation initiation factor eIF-2B subunit alpha × 2 (Q14232) Translation initiation factor eIF-2B subunit gamma × 2 (Q9NR50) Eukaryotic translation initiation factor 2 subunit 1 × 2 (P05198) Eukaryotic translation initiation factor 2 subunit 3 × 2 (P41091) Translation initiation factor eiF2 beta-subunit × 2 C7B 2-(4-chloranylphenoxy)-~{N}-[4-[2-(4-chloranylphenoxy)ethanoylamino]cyclohexyl]ethanamide × 1 ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液:pH 7.5 cryo-EM玻璃化条件:冷冻剂 ETHANE 分辨率 3.21 Å

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly, “相对当前条目”直接指出证据层面的不同;没有差异标签表示当前已读取字段一致。

共 25 个其他 PDB 条目、25 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 EI2BE_HUMAN
Isoform
PDB实体 1
链与序列区间 作者链 A; PDB构建体 1–721; UniProt 1–721 作者链 B; PDB构建体 1–721; UniProt 1–721

Translation initiation factor eIF-2B subunit beta

Homo sapiens

UniProt P49770

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 蛋白异源复合物 异源复合物 蛋白 × 16 PDB 声明:hexadecameric(16) 与蛋白拷贝数一致 链 C; UniProt 2–351 链 D; UniProt 2–351 未记录 Translation initiation factor eIF-2B subunit epsilon × 2 (Q13144) Translation initiation factor eIF-2B subunit delta × 2 (Q9UI10) Translation initiation factor eIF-2B subunit alpha × 2 (Q14232) Translation initiation factor eIF-2B subunit gamma × 2 (Q9NR50) Eukaryotic translation initiation factor 2 subunit 1 × 2 (P05198) Eukaryotic translation initiation factor 2 subunit 3 × 2 (P41091) Translation initiation factor eiF2 beta-subunit × 2 C7B 2-(4-chloranylphenoxy)-~{N}-[4-[2-(4-chloranylphenoxy)ethanoylamino]cyclohexyl]ethanamide × 1 ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液:pH 7.5 cryo-EM玻璃化条件:冷冻剂 ETHANE 分辨率 3.21 Å

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly, “相对当前条目”直接指出证据层面的不同;没有差异标签表示当前已读取字段一致。

共 26 个其他 PDB 条目、26 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 EI2BB_HUMAN
Isoform
PDB实体 2
链与序列区间 作者链 C; PDB构建体 19–368; UniProt 2–351 作者链 D; PDB构建体 19–368; UniProt 2–351

Translation initiation factor eIF-2B subunit delta

Homo sapiens

UniProt Q9UI10

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 蛋白异源复合物 异源复合物 蛋白 × 16 PDB 声明:hexadecameric(16) 与蛋白拷贝数一致 链 E; UniProt 1–523 链 F; UniProt 1–523 未记录 Translation initiation factor eIF-2B subunit epsilon × 2 (Q13144) Translation initiation factor eIF-2B subunit beta × 2 (P49770) Translation initiation factor eIF-2B subunit alpha × 2 (Q14232) Translation initiation factor eIF-2B subunit gamma × 2 (Q9NR50) Eukaryotic translation initiation factor 2 subunit 1 × 2 (P05198) Eukaryotic translation initiation factor 2 subunit 3 × 2 (P41091) Translation initiation factor eiF2 beta-subunit × 2 C7B 2-(4-chloranylphenoxy)-~{N}-[4-[2-(4-chloranylphenoxy)ethanoylamino]cyclohexyl]ethanamide × 1 ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液:pH 7.5 cryo-EM玻璃化条件:冷冻剂 ETHANE 分辨率 3.21 Å

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly, “相对当前条目”直接指出证据层面的不同;没有差异标签表示当前已读取字段一致。

共 26 个其他 PDB 条目、26 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 EI2BD_HUMAN
Isoform
PDB实体 3
链与序列区间 作者链 E; PDB构建体 1–523; UniProt 1–523 作者链 F; PDB构建体 1–523; UniProt 1–523

Translation initiation factor eIF-2B subunit alpha

Homo sapiens

UniProt Q14232

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 蛋白异源复合物 异源复合物 蛋白 × 16 PDB 声明:hexadecameric(16) 与蛋白拷贝数一致 链 G; UniProt 1–305 链 H; UniProt 1–305 未记录 Translation initiation factor eIF-2B subunit epsilon × 2 (Q13144) Translation initiation factor eIF-2B subunit beta × 2 (P49770) Translation initiation factor eIF-2B subunit delta × 2 (Q9UI10) Translation initiation factor eIF-2B subunit gamma × 2 (Q9NR50) Eukaryotic translation initiation factor 2 subunit 1 × 2 (P05198) Eukaryotic translation initiation factor 2 subunit 3 × 2 (P41091) Translation initiation factor eiF2 beta-subunit × 2 C7B 2-(4-chloranylphenoxy)-~{N}-[4-[2-(4-chloranylphenoxy)ethanoylamino]cyclohexyl]ethanamide × 1 ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液:pH 7.5 cryo-EM玻璃化条件:冷冻剂 ETHANE 分辨率 3.21 Å

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly, “相对当前条目”直接指出证据层面的不同;没有差异标签表示当前已读取字段一致。

共 26 个其他 PDB 条目、29 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

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UniProt名称 EI2BA_HUMAN
Isoform
PDB实体 4
链与序列区间 作者链 G; PDB构建体 1–305; UniProt 1–305 作者链 H; PDB构建体 1–305; UniProt 1–305

Translation initiation factor eIF-2B subunit gamma

Homo sapiens

UniProt Q9NR50

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 蛋白异源复合物 异源复合物 蛋白 × 16 PDB 声明:hexadecameric(16) 与蛋白拷贝数一致 链 I; UniProt 1–452 链 J; UniProt 1–452 未记录 Translation initiation factor eIF-2B subunit epsilon × 2 (Q13144) Translation initiation factor eIF-2B subunit beta × 2 (P49770) Translation initiation factor eIF-2B subunit delta × 2 (Q9UI10) Translation initiation factor eIF-2B subunit alpha × 2 (Q14232) Eukaryotic translation initiation factor 2 subunit 1 × 2 (P05198) Eukaryotic translation initiation factor 2 subunit 3 × 2 (P41091) Translation initiation factor eiF2 beta-subunit × 2 C7B 2-(4-chloranylphenoxy)-~{N}-[4-[2-(4-chloranylphenoxy)ethanoylamino]cyclohexyl]ethanamide × 1 ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液:pH 7.5 cryo-EM玻璃化条件:冷冻剂 ETHANE 分辨率 3.21 Å

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly, “相对当前条目”直接指出证据层面的不同;没有差异标签表示当前已读取字段一致。

共 25 个其他 PDB 条目、25 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 EI2BG_HUMAN
Isoform
PDB实体 5
链与序列区间 作者链 I; PDB构建体 1–452; UniProt 1–452 作者链 J; PDB构建体 1–452; UniProt 1–452

Eukaryotic translation initiation factor 2 subunit 1

Homo sapiens

UniProt P05198

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 蛋白异源复合物 异源复合物 蛋白 × 16 PDB 声明:hexadecameric(16) 与蛋白拷贝数一致 链 L; UniProt 1–315 链 M; UniProt 1–315 未记录 Translation initiation factor eIF-2B subunit epsilon × 2 (Q13144) Translation initiation factor eIF-2B subunit beta × 2 (P49770) Translation initiation factor eIF-2B subunit delta × 2 (Q9UI10) Translation initiation factor eIF-2B subunit alpha × 2 (Q14232) Translation initiation factor eIF-2B subunit gamma × 2 (Q9NR50) Eukaryotic translation initiation factor 2 subunit 3 × 2 (P41091) Translation initiation factor eiF2 beta-subunit × 2 C7B 2-(4-chloranylphenoxy)-~{N}-[4-[2-(4-chloranylphenoxy)ethanoylamino]cyclohexyl]ethanamide × 1 ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液:pH 7.5 cryo-EM玻璃化条件:冷冻剂 ETHANE 分辨率 3.21 Å

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly, “相对当前条目”直接指出证据层面的不同;没有差异标签表示当前已读取字段一致。

共 36 个其他 PDB 条目、38 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

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UniProt名称 IF2A_HUMAN
Isoform
PDB实体 6
链与序列区间 作者链 L; PDB构建体 1–315; UniProt 1–315 作者链 M; PDB构建体 1–315; UniProt 1–315

Eukaryotic translation initiation factor 2 subunit 3

Homo sapiens

UniProt P41091

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 蛋白异源复合物 异源复合物 蛋白 × 16 PDB 声明:hexadecameric(16) 与蛋白拷贝数一致 链 S; UniProt 1–472 链 T; UniProt 1–472 未记录 Translation initiation factor eIF-2B subunit epsilon × 2 (Q13144) Translation initiation factor eIF-2B subunit beta × 2 (P49770) Translation initiation factor eIF-2B subunit delta × 2 (Q9UI10) Translation initiation factor eIF-2B subunit alpha × 2 (Q14232) Translation initiation factor eIF-2B subunit gamma × 2 (Q9NR50) Eukaryotic translation initiation factor 2 subunit 1 × 2 (P05198) Translation initiation factor eiF2 beta-subunit × 2 C7B 2-(4-chloranylphenoxy)-~{N}-[4-[2-(4-chloranylphenoxy)ethanoylamino]cyclohexyl]ethanamide × 1 ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液:pH 7.5 cryo-EM玻璃化条件:冷冻剂 ETHANE 分辨率 3.21 Å

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly, “相对当前条目”直接指出证据层面的不同;没有差异标签表示当前已读取字段一致。

共 28 个其他 PDB 条目、30 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

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UniProt名称 IF2G_HUMAN
Isoform
PDB实体 7
链与序列区间 作者链 S; PDB构建体 1–472; UniProt 1–472 作者链 T; PDB构建体 1–472; UniProt 1–472

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。 链映射与序列区间收在“数据证据”中;数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护,因此不在读者页面展示。

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

SAXS profile for 6o81

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

P(r) distribution for 6o81
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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id6o81
沉积日期 deposition_date2019-03-08
结构标题 titleElectron cryo-microscopy of the eukaryotic translation initiation factor 2B bound to translation initiation factor 2 from Homo sapiens
关键词 keywordsTranslation initiation, TRANSLATION; TRANSLATION
实验方法 methodELECTRON MICROSCOPY

3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier64.09
回转半径 Rg (电子) rg_electron62.67
零角强度 I(0) i03435170000.00
分子量 molecular_weight476070.0 kDa
排除体积 excluded_volume587820 ų
包络体积 envelope_volume994740 ų
水化壳体积 shell_volume130740 ų
包络直径 envelope_diameter276.4
壳层 Rg shell_rg62.84
包络 Rg envelope_rg65.92
形状 Rg shape_rg62.99
总 Rg total_rg61.63
总原子数 total_atoms33663
残基数 n_residues4977
球谐函数阶数 n_harmonics20
q 范围 q_range— – 0.5000 −1
数据点数 n_points101
壳层类型 shell_typedirectional
溶剂电子密度 solvent_density0.3340 e/ų
壳层衬度 contrast_shell0.0300 e/ų
CRYSOL 版本 crysol_version4.1.3

4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax218.2
Rg (实空间) rg_real64.29
Rg 误差 (实空间) rg_real_error1.75
I(0) (实空间) i0_real3.4270e+09
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error7.2990e+07
Rg (倒空间) rg_reciprocal63.48
I(0) (倒空间) i0_reciprocal3427000000.0000
解质量估计 total_estimate0.8383
解质量评级 solution_quality GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks2
主峰位置 r_peak_primary63.6
偏度 Skewness skewness0.617
峰度 Kurtosis kurtosis0.105
角度范围 angular_range— – 0.1200 −1
当前正则化参数 α current_alpha0.0118
最高正则化参数 α highest_alpha298000000.0000
实空间数据点数 n_real_points25
GNOM 版本 gnom_version4.1.3
质量判据 quality_criteria AN1: 0.000; Oscil: 0.778; Stabil: 0.999; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.999; Smooth: 0.559

5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (9)

7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 12 domains

CATH v4.4 (12 domains)

结构域编号 domain_id6o81A01
类 Class class3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture90 — Alpha-Beta Complex
拓扑 Topology topology550 — Spore Coat Polysaccharide Biosynthesis Protein SpsA; Chain A
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10 — Spore Coat Polysaccharide Biosynthesis Protein SpsA; Chain A
结构域编号 domain_id6o81B01
类 Class class3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture90 — Alpha-Beta Complex
拓扑 Topology topology550 — Spore Coat Polysaccharide Biosynthesis Protein SpsA; Chain A
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10 — Spore Coat Polysaccharide Biosynthesis Protein SpsA; Chain A
结构域编号 domain_id6o81G01
类 Class class1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture20 — Up-down Bundle
拓扑 Topology topology120 — Four Helix Bundle (Hemerythrin (Met), subunit A)
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily1070 — Translation initiation factor eIF-2B, N-terminal domain
结构域编号 domain_id6o81G02
类 Class class3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology50 — Rossmann fold
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10470 — Translation initiation factor eif-2b; domain 2
结构域编号 domain_id6o81H01
类 Class class1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture20 — Up-down Bundle
拓扑 Topology topology120 — Four Helix Bundle (Hemerythrin (Met), subunit A)
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily1070 — Translation initiation factor eIF-2B, N-terminal domain
结构域编号 domain_id6o81H02
类 Class class3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology50 — Rossmann fold
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10470 — Translation initiation factor eif-2b; domain 2
结构域编号 domain_id6o81L01
类 Class class2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture40 — Beta Barrel
拓扑 Topology topology50 — OB fold (Dihydrolipoamide Acetyltransferase, E2P)
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily140 — Nucleic acid-binding proteins
结构域编号 domain_id6o81L02
类 Class class1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture10 — Orthogonal Bundle
拓扑 Topology topology150 — DNA polymerase; domain 1
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily190 — Translation initiation factor 2; subunit 1; domain 2
结构域编号 domain_id6o81L03
类 Class class3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture30 — 2-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology70 — Alpha-Beta Plaits
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily1130 — EIF_2_alpha
结构域编号 domain_id6o81M01
类 Class class2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture40 — Beta Barrel
拓扑 Topology topology50 — OB fold (Dihydrolipoamide Acetyltransferase, E2P)
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily140 — Nucleic acid-binding proteins
结构域编号 domain_id6o81M02
类 Class class1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture10 — Orthogonal Bundle
拓扑 Topology topology150 — DNA polymerase; domain 1
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily190 — Translation initiation factor 2; subunit 1; domain 2
结构域编号 domain_id6o81M03
类 Class class3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture30 — 2-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology70 — Alpha-Beta Plaits
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily1130 — EIF_2_alpha

8. 引用文献 (1)

9. 文件与曲线 (10)