6qnx

Structure of the SA2/SCC1/CTCF complex

Method: X-RAY DIFFRACTION D_max: 132.8 Å Quality: GOOD

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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Cohesin subunit SA-2

Homo sapiens

当前结构中的状态

Assembly	聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与共同组分	实验方法与环境	结构质量
1	蛋白异源复合物异源复合物蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric（3）与蛋白拷贝数一致	链 A； UniProt 80–1060	未记录	64-kDa C-terminal product × 1 （O60216） Transcriptional repressor CTCF × 1 （P49711）	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；293 K；0.06M Morpheus Divalents mix, 0.1M Morpheus buffer system 1, 48% (v/v) Morpheus EOD_P8K	分辨率 2.70 Å

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

其他 PDB	相对当前条目 6QNX	Assembly / 聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与非聚合物	实验方法与环境	结构质量
4PJU crystal structure of human Stromal Antigen 2 (SA2) in complex with Sister Chromatid Cohesion protein 1 (Scc1) 提交 2014-05-12	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 80–1060（981 aa）片段：UNP residues 80-1060	非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；293 K；0.12 M Morpheus Divalents Mix, 0.1 M Morpheus Buffer System 1, and 27-30% (v/v) Morpheus EOD_P8K (Molecular Dimensions).	分辨率 3.05 Å R-free 0.238
4PJW crystal structure of human Stromal Antigen 2 (SA2) in complex with Sister Chromatid Cohesion protein 1 (Scc1), with bound MES 提交 2014-05-12	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 80–1060（981 aa）片段：UNP residues 80-1060	非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）	MES 2-(N-MORPHOLINO)-ETHANESULFONIC ACID × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；293 K；0.12 M Morpheus Divalents Mix, 0.1 M Morpheus Buffer System 1, and 27-30% (v/v) Morpheus EOD_P8K (Molecular Dimensions).	分辨率 2.85 Å R-free 0.225
4PK7 crystal structure of human Stromal Antigen 2 (SA2) in complex with Sister Chromatid Cohesion protein 1 (Scc1) with bound MES, native proteins 提交 2014-05-13	聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 80–1060（981 aa）	未记录	MES 2-(N-MORPHOLINO)-ETHANESULFONIC ACID × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；293 K；0.12 M Morpheus Divalents Mix, 0.1 M Morpheus Buffer System 1, and 27-30% (v/v) Morpheus EOD_P8K (Molecular Dimensions).	分辨率 2.95 Å R-free 0.251
7ZJS Structural basis of centromeric cohesion protection by SGO1 提交 2022-04-11	构建体不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 A 1–1231（1231 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；293 K；0.06 M Morpheus Divalents mix, 0.1 M Morpheus buffer system 2, 48% (v/v) Morpheus EOD_P8K	分辨率 3.24 Å R-free 0.289
7ZJS Structural basis of centromeric cohesion protection by SGO1 提交 2022-04-11	构建体不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 C 1–1231（1231 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；293 K；0.06 M Morpheus Divalents mix, 0.1 M Morpheus buffer system 2, 48% (v/v) Morpheus EOD_P8K	分辨率 3.24 Å R-free 0.289
8K4D Structure of the SA2/Scc1/CENP_U complex 提交 2023-07-18	构建体不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 A 81–1060（980 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7.5；291 K；0.03 M CaCl2,0.03 M MgCl2, 0.1 M MOPS-HEPES, pH7.5, 10% PEG8000, 20% ethylene glycol	分辨率 3.52 Å R-free 0.269
9EP3 Structure of the SA2/SCC1/WAPL complex 提交 2024-03-16	实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 A 80–1060（981 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；291 K；0.06M Morpheus Divalents mix, 0.1M Morpheus buffer system 1, 48% (v/v) Morpheus EOD_P8K	分辨率 3.08 Å R-free 0.268
9HMS Cryo-EM structure of human separase bound to SCC1 (310-550 aa) and SA2 提交 2024-12-09	构建体不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 A 1–1231（1231 aa）	未记录	ZN ZINC ION × 1	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 8 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.40 Å
9HMV Cryo-EM structure of SA2-SCC1 complex at 2.9 angstrom 提交 2024-12-09	构建体不同聚集状态不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 1–1231（1231 aa）	未记录	未记录非水小分子	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 8 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 2.90 Å

共 8 个其他 PDB 条目、9 个 assembly。打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	STAG2_HUMAN
Isoform	—
PDB实体	1
链与序列区间	作者链 A； PDB构建体 1–981； UniProt 80–1060

64-kDa C-terminal product

Homo sapiens

UniProt O60216

当前结构中的状态

Assembly	聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与共同组分	实验方法与环境	结构质量
1	蛋白异源复合物异源复合物蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric（3）与蛋白拷贝数一致	链 B； UniProt 281–420	未记录	Cohesin subunit SA-2 × 1 （Q8N3U4） Transcriptional repressor CTCF × 1 （P49711）	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；293 K；0.06M Morpheus Divalents mix, 0.1M Morpheus buffer system 1, 48% (v/v) Morpheus EOD_P8K	分辨率 2.70 Å

数据库中的同蛋白其他状态

其他 PDB	相对当前条目 6QNX	Assembly / 聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与非聚合物	实验方法与环境	结构质量
4PJU crystal structure of human Stromal Antigen 2 (SA2) in complex with Sister Chromatid Cohesion protein 1 (Scc1) 提交 2014-05-12	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 B 281–420（140 aa）片段：UNP residues 281-420	非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；293 K；0.12 M Morpheus Divalents Mix, 0.1 M Morpheus Buffer System 1, and 27-30% (v/v) Morpheus EOD_P8K (Molecular Dimensions).	分辨率 3.05 Å R-free 0.238
4PJW crystal structure of human Stromal Antigen 2 (SA2) in complex with Sister Chromatid Cohesion protein 1 (Scc1), with bound MES 提交 2014-05-12	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 B 281–420（140 aa）片段：UNP residues 281-420	非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）	MES 2-(N-MORPHOLINO)-ETHANESULFONIC ACID × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；293 K；0.12 M Morpheus Divalents Mix, 0.1 M Morpheus Buffer System 1, and 27-30% (v/v) Morpheus EOD_P8K (Molecular Dimensions).	分辨率 2.85 Å R-free 0.225
4PK7 crystal structure of human Stromal Antigen 2 (SA2) in complex with Sister Chromatid Cohesion protein 1 (Scc1) with bound MES, native proteins 提交 2014-05-13	聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 B 281–420（140 aa）	未记录	MES 2-(N-MORPHOLINO)-ETHANESULFONIC ACID × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；293 K；0.12 M Morpheus Divalents Mix, 0.1 M Morpheus Buffer System 1, and 27-30% (v/v) Morpheus EOD_P8K (Molecular Dimensions).	分辨率 2.95 Å R-free 0.251
6RRC Crystal structure of the N-terminal region of human cohesin subunit STAG1 in complex with RAD21 peptide 提交 2019-05-17	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 B 321–345（25 aa）	未记录	SO4 SULFATE ION × 4	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 6.3；277 K；2.1 M Ammonium Sulfate, 0.1 M MES pH 6.3	分辨率 2.37 Å R-free 0.248
6RRC Crystal structure of the N-terminal region of human cohesin subunit STAG1 in complex with RAD21 peptide 提交 2019-05-17	构建体不同聚集状态不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 D 321–345（25 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 6.3；277 K；2.1 M Ammonium Sulfate, 0.1 M MES pH 6.3	分辨率 2.37 Å R-free 0.248
6RRK Crystal structure of the central region of human cohesin subunit STAG1 in complex with RAD21 peptide 提交 2019-05-20	构建体不同聚集状态不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 D 356–395（40 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；277 K；16 % PEG 3350, 0.2 M DL-Mallic acid	分辨率 3.17 Å R-free 0.278
6RRK Crystal structure of the central region of human cohesin subunit STAG1 in complex with RAD21 peptide 提交 2019-05-20	构建体不同聚集状态不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 C 356–395（40 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；277 K；16 % PEG 3350, 0.2 M DL-Mallic acid	分辨率 3.17 Å R-free 0.278
6WG3 Cryo-EM structure of human Cohesin-NIPBL-DNA complex 提交 2020-04-04	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 5 PDB 声明：heptameric	链 C 1–631（631 aa）	突变：R172A, D279A, R450A	ANP PHOSPHOAMINOPHOSPHONIC ACID-ADENYLATE ESTER × 2	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.5 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 5.30 Å
6WGE Cryo-EM structure of human Cohesin-NIPBL-DNA complex without STAG1 提交 2020-04-05	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：hexameric	链 C 1–631（631 aa）	突变：R172A, D279A, R450A	ANP PHOSPHOAMINOPHOSPHONIC ACID-ADENYLATE ESTER × 2 MG MAGNESIUM ION × 2	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.5 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.90 Å
7W1M Cryo-EM structure of human cohesin-CTCF-DNA complex 提交 2021-11-19	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 6 PDB 声明：octameric	链 C 1–631（631 aa）	突变：R172A, D279A, R450A	ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 2 BEF BERYLLIUM TRIFLUORIDE ION × 2 ZN ZINC ION × 11	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.5 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 6.50 Å
7ZJS Structural basis of centromeric cohesion protection by SGO1 提交 2022-04-11	构建体不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 B 1–631（631 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；293 K；0.06 M Morpheus Divalents mix, 0.1 M Morpheus buffer system 2, 48% (v/v) Morpheus EOD_P8K	分辨率 3.24 Å R-free 0.289
7ZJS Structural basis of centromeric cohesion protection by SGO1 提交 2022-04-11	构建体不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 D 1–631（631 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；293 K；0.06 M Morpheus Divalents mix, 0.1 M Morpheus buffer system 2, 48% (v/v) Morpheus EOD_P8K	分辨率 3.24 Å R-free 0.289
8K4D Structure of the SA2/Scc1/CENP_U complex 提交 2023-07-18	实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 B 281–420（140 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7.5；291 K；0.03 M CaCl2,0.03 M MgCl2, 0.1 M MOPS-HEPES, pH7.5, 10% PEG8000, 20% ethylene glycol	分辨率 3.52 Å R-free 0.269
8P0A Human Cohesin ATPase module 提交 2023-05-10	构建体不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 C 558–629（72 aa）	未记录	ATP ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 2 MG MAGNESIUM ION × 2	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 8.2 cryo-EM缓冲液 pH 8.2 cryo-EM缓冲液 pH 8.2 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.67 Å
8PQ5 Human Cohesin ATPase module with an open DNA exit gate 提交 2023-07-10	构建体不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 C 558–629（72 aa）	未记录	ATP ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 2	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 8.2 cryo-EM缓冲液 pH 8.2 cryo-EM缓冲液 pH 8.2 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 4.40 Å
8RO6 Human cohesin SMC1A-HD(longCC)/RAD21-C complex - Apo closed P-loop conformation 提交 2024-01-11	构建体不同聚集状态不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 B 558–629（72 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；293 K；0.1 M Hepes pH 7.0; 10% w/v PEG 6000	分辨率 2.20 Å R-free 0.244
8RO7 Human cohesin SMC1A-HD(longCC)/RAD21-C complex - Open/closed P-loop conformation 提交 2024-01-11	构建体不同聚集状态不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 B 558–629（72 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；293 K；0.1 M Hepes pH 7.0; 10% w/v PEG 6000	分辨率 2.09 Å R-free 0.223
8RO8 Human cohesin SMC1A-HD(longCC-EQ)/RAD21-C complex - Apo closed P-loop conformation 提交 2024-01-11	构建体不同聚集状态不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 B 558–629（72 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；293 K；0.2 M sodium malonate dibasic monohydrate; 0.1 M Bis-Tris propane pH 6.5; 20% w/v PEG 3350	分辨率 1.90 Å R-free 0.231
8RO9 Human cohesin SMC1A-HD(longCC-EQ)/RAD21-C complex - Open/closed P-loop conformation 提交 2024-01-11	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 B 558–629（72 aa）	未记录	B3P 2-[3-(2-HYDROXY-1,1-DIHYDROXYMETHYL-ETHYLAMINO)-PROPYLAMINO]-2-HYDROXYMETHYL-PROPANE-1,3-DIOL × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；293 K；0.2 M sodium bromide; 0.1 M Bis-Tris propane pH 6.5; 20% w/v PEG 3350	分辨率 1.77 Å R-free 0.218
8RO9 Human cohesin SMC1A-HD(longCC-EQ)/RAD21-C complex - Open/closed P-loop conformation 提交 2024-01-11	构建体不同聚集状态不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 D 558–629（72 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；293 K；0.2 M sodium bromide; 0.1 M Bis-Tris propane pH 6.5; 20% w/v PEG 3350	分辨率 1.77 Å R-free 0.218
8ROA Human cohesin SMC1A-HD(longCC-EQ)/RAD21-C complex - ADP-bound conformation 提交 2024-01-11	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 B 558–629（72 aa）	未记录	ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；293 K；0.2 M ammonium formate; 20% w/v PEG 3350	分辨率 2.44 Å R-free 0.250
8ROA Human cohesin SMC1A-HD(longCC-EQ)/RAD21-C complex - ADP-bound conformation 提交 2024-01-11	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 D 558–629（72 aa）	未记录	ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；293 K；0.2 M ammonium formate; 20% w/v PEG 3350	分辨率 2.44 Å R-free 0.250
8ROB Human cohesin SMC1A-HD(longCC-EQ)/RAD21-C complex - ATPgS-Mg-bound conformation 提交 2024-01-11	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 B 558–629（72 aa）	未记录	MG MAGNESIUM ION × 1 AGS PHOSPHOTHIOPHOSPHORIC ACID-ADENYLATE ESTER × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；293 K；0.1 M MMT pH 7.0; 25% w/v PEG 1500	分辨率 2.50 Å R-free 0.299
8ROC Human cohesin SMC1A-HD(shortCC-EQ)/RAD21-C complex - Apo closed P-loop conformation 提交 2024-01-11	构建体不同聚集状态不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 B 558–629（72 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；293 K；0.2 M ammonium nitrate pH 6.3; 20% w/v PEG 3350	分辨率 1.85 Å R-free 0.222
8ROD Human cohesin SMC1A-HD(shortCC-EQ)/RAD21-C complex - Open/closed P-loop conformation 提交 2024-01-11	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 B 558–629（72 aa）	未记录	SO4 SULFATE ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；293 K；0.2 M sodium sulfate; 20 % w/v PEG 3350	分辨率 1.50 Å R-free 0.232
8ROE Human cohesin SMC1A-HD(shortCC-EQ)/RAD21-C complex - ADP-bound conformation 提交 2024-01-11	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 B 558–629（72 aa）	未记录	ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；293 K；0.2 M sodium malonate; 0.1 M Bis Tris propane pH 6.5; 20 % w/v PEG 3350	分辨率 1.36 Å R-free 0.219
8ROF Human cohesin SMC1A-HD(shortCC-EQ)/RAD21-C complex - ADP-Mg-bound conformation 提交 2024-01-11	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 B 558–629（72 aa）	未记录	MG MAGNESIUM ION × 1 ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；293 K；0.2 M magnesium chloride; 0.1 M MES pH 6.0; 20 % w/v PEG 6000	分辨率 1.65 Å R-free 0.228
8ROG Human cohesin SMC1A-HD(shortCC-EQ)/RAD21-C complex - ATPgS-Mg-bound conformation 提交 2024-01-11	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 B 558–629（72 aa）	未记录	MG MAGNESIUM ION × 1 AGS PHOSPHOTHIOPHOSPHORIC ACID-ADENYLATE ESTER × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；293 K；0.2 M sodium formate; 0.1 M Bis Tris propane pH 6.5; 20 % w/v PEG 3350	分辨率 1.94 Å R-free 0.253
8ROH Human cohesin SMC3-HD(EQ)/RAD21-N complex - Apo conformation 提交 2024-01-11	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 B 1–102（102 aa）	未记录	SO4 SULFATE ION × 3 GOL GLYCEROL × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；293 K；0.21M NaSO4 ; 0.1M Bis-tris propane pH 7; 16% w/v PEG3350	分辨率 2.60 Å R-free 0.255
8ROI Human cohesin SMC3-HD(EQ)/RAD21-N complex - ADP-bound conformation 提交 2024-01-11	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 B 1–102（102 aa）	未记录	ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；293 K；0.1 M Na/K phosphate pH 7.5; 0.1 M HEPES pH 7.5; 15% v/v PEG Smear High; 10% v/v ethylene glycol	分辨率 2.45 Å R-free 0.239
8ROJ Human cohesin SMC3-HD/RAD21-N complex - ADP-Mg-bound conformation 提交 2024-01-11	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 B 1–102（102 aa）	未记录	MG MAGNESIUM ION × 1 ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；293 K；0.075 M magnesium chloride; 0.075 M Sodium citrate tribasic dehydrate; 0.1 M Bis-Tris pH 6.0; 18% v/v PEG Smear Broad	分辨率 3.00 Å R-free 0.264
8ROK Human cohesin SMC3-HD(EQ)/RAD21-N complex - ATP-Mg-bound conformation - Form 1 提交 2024-01-11	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 B 1–102（102 aa）	未记录	AGS PHOSPHOTHIOPHOSPHORIC ACID-ADENYLATE ESTER × 1 MG MAGNESIUM ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；293 K；0.3 M NaCl; 0.05 M L-Arginine; 0.1 M Tris pH7.5; 22.5 % v/v PEG Smear Broad; 0.05 M L-Glutamic acid monosodium salt hydrate	分辨率 2.25 Å R-free 0.253
8ROK Human cohesin SMC3-HD(EQ)/RAD21-N complex - ATP-Mg-bound conformation - Form 1 提交 2024-01-11	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 D 1–102（102 aa）	未记录	AGS PHOSPHOTHIOPHOSPHORIC ACID-ADENYLATE ESTER × 1 MG MAGNESIUM ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；293 K；0.3 M NaCl; 0.05 M L-Arginine; 0.1 M Tris pH7.5; 22.5 % v/v PEG Smear Broad; 0.05 M L-Glutamic acid monosodium salt hydrate	分辨率 2.25 Å R-free 0.253
8ROL Human cohesin SMC3-HD(EQ)/RAD21-N complex - ATP-Mg-bound conformation - Form 2 提交 2024-01-11	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 B 1–102（102 aa）	未记录	MG MAGNESIUM ION × 1 AGS PHOSPHOTHIOPHOSPHORIC ACID-ADENYLATE ESTER × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；293 K；0.1 M Sodium chloride; 0.1 M Bicine pH 9.0; 20% w/v PEG 550 MME	分辨率 3.11 Å R-free 0.238
9EP3 Structure of the SA2/SCC1/WAPL complex 提交 2024-03-16	实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 B 281–420（140 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；291 K；0.06M Morpheus Divalents mix, 0.1M Morpheus buffer system 1, 48% (v/v) Morpheus EOD_P8K	分辨率 3.08 Å R-free 0.268
9HMS Cryo-EM structure of human separase bound to SCC1 (310-550 aa) and SA2 提交 2024-12-09	构建体不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 B 310–550（241 aa）	未记录	ZN ZINC ION × 1	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 8 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.40 Å
9HMV Cryo-EM structure of SA2-SCC1 complex at 2.9 angstrom 提交 2024-12-09	构建体不同聚集状态不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 B 310–550（241 aa）	未记录	未记录非水小分子	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 8 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 2.90 Å
9HN0 Cryo-EM structure of human separase bound to SCC1 (310-550 aa) 提交 2024-12-10	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 310–550（241 aa）	未记录	ZN ZINC ION × 1	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 8 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 2.80 Å
9HN4 Cryo-EM structure of human separase bound to phosphorylated SCC1 (310-550 aa) 提交 2024-12-10	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 310–550（241 aa）	非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）	ZN ZINC ION × 1	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 8 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 2.93 Å
9HN5 Cryo-EM structure of human separase bound to phosphorylated SCC1 (100-320 aa) 提交 2024-12-10	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 B 100–320（221 aa）	非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）	ZN ZINC ION × 1	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 8 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 2.96 Å
9HVY Cryo-EM structure of human separase-SCC1 (1-631) fusion protein 提交 2025-01-02	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 信息不足单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 1–631（631 aa）	未记录	ZN ZINC ION × 1	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 8 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.50 Å

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UniProt名称	RAD21_HUMAN
Isoform	—
PDB实体	2
链与序列区间	作者链 B； PDB构建体 1–140； UniProt 281–420

Transcriptional repressor CTCF

物种未注明

UniProt P49711

当前结构中的状态

Assembly	聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与共同组分	实验方法与环境	结构质量
1	蛋白异源复合物异源复合物蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric（3）与蛋白拷贝数一致	链 C； UniProt 222–231	未记录	Cohesin subunit SA-2 × 1 （Q8N3U4） 64-kDa C-terminal product × 1 （O60216）	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；293 K；0.06M Morpheus Divalents mix, 0.1M Morpheus buffer system 1, 48% (v/v) Morpheus EOD_P8K	分辨率 2.70 Å

数据库中的同蛋白其他状态

其他 PDB	相对当前条目 6QNX	Assembly / 聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与非聚合物	实验方法与环境	结构质量
1X6H Solution structures of the C2H2 type zinc finger domain of human Transcriptional repressor CTCF 提交 2005-05-17	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 515–587（73 aa）片段：C2H2 type zinc finger domain	未记录	ZN ZINC ION × 2	SOLUTION NMR NMR测量条件 pH 7；298 K；离子强度（mmCIF原始值）120mM；压力 ambient NMR样品组成 1.5mM C2H2 type zinc finger domain U-15N,13C; 20mM d-Tris HCl; 100mM NaCl; 5mM d-DTT; 0.02% NaN3; 10uM ZnCl2; 10% D2O \| 90% H2O/10% D2O	分辨率未提供
2CT1 Solution Structure of the zinc finger domain of Transcriptional repressor CTCF protein 提交 2005-05-23	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 399–462（64 aa）片段：zinc finger domain	未记录	ZN ZINC ION × 2	SOLUTION NMR NMR测量条件 pH 7；298 K；离子强度（mmCIF原始值）120；压力 ambient NMR样品组成 2.46mM zinc finger domain U-13C, 15N; 20mM d-Tris-HCl(pH7.0); 100mM NaCl; 1mM d-DTT; 0.02% NaN3; 0.05mM ZnCl2; 90% H2O, 10% D2O \| 90% H2O/10% D2O	分辨率未提供
5K5H Homo sapiens CCCTC-binding factor (CTCF) ZnF4-7 and DNA complex structure 提交 2016-05-23	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–DNA 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：trimeric	链 A 348–464（117 aa）片段：unp residues 348-464	未记录	ZN ZINC ION × 4	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 5.5；289 K；25% (w/v) polyethylene glycol 3350, 0.2 M ammonium acetate, 0.1 M bis-tris HCl, pH 5.5	分辨率 3.11 Å R-free 0.264
5K5I Homo sapiens CCCTC-binding factor (CTCF) ZnF5-8 and DNA complex structure in space group P65 提交 2016-05-23	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–DNA 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：trimeric	链 A 378–489（112 aa）片段：unp residues 378-489	未记录	ZN ZINC ION × 5 SO4 SULFATE ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 6.5；289 K；20% (w/v) polyethylene glycol 3350, 0.2 M ammonium sulfate, 0.1 M sodium cacodylate pH 6.5	分辨率 2.19 Å R-free 0.245
5K5J Homo sapiens CCCTC-binding factor (CTCF) ZnF5-8 and DNA complex structure in space group P41212 提交 2016-05-23	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–DNA 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：trimeric	链 A 378–489（112 aa）片段：unp residues 378-489	未记录	ZN ZINC ION × 4 SO4 SULFATE ION × 1 ACT ACETATE ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 5.5；289 K；25% (w/v) polyethylene glycol 3350, 0.2 M ammonium sulfate, and 0.1 M bis-tris HCl, pH 5.5	分辨率 2.29 Å R-free 0.254
5K5L Homo sapiens CCCTC-binding factor (CTCF) ZnF6-8 and H19 sequence DNA complex structure 提交 2016-05-23	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–DNA 同源多聚体；蛋白 × 3 PDB 声明：heptameric	链 E 405–492（88 aa）片段：unp residues 405-492 链 F 405–492（88 aa）片段：unp residues 405-492 链 G 405–492（88 aa）片段：unp residues 405-492	未记录	ZN ZINC ION × 7	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 9.5；289 K；20% (w/v) polyethylene glycol 8,000 0.1 M CHES-NaOH pH 9.5	分辨率 3.12 Å R-free 0.270
5KKQ Homo sapiens CCCTC-binding factor (CTCF) ZnF3-7 and DNA complex structure 提交 2016-06-22	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–DNA 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：trimeric	链 A 321–465（145 aa）	未记录	ZN ZINC ION × 5	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 6.5；289 K；25% (w/v) PEG 3350, 0.2 M NaCl, 0.1 M Bis-tris, pH 6.5	分辨率 1.74 Å R-free 0.199
5KKQ Homo sapiens CCCTC-binding factor (CTCF) ZnF3-7 and DNA complex structure 提交 2016-06-22	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白–DNA 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：trimeric	链 D 321–465（145 aa）	未记录	ZN ZINC ION × 5	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 6.5；289 K；25% (w/v) PEG 3350, 0.2 M NaCl, 0.1 M Bis-tris, pH 6.5	分辨率 1.74 Å R-free 0.199
5T00 Human CTCF ZnF3-7 and methylated DNA complex 提交 2016-08-15	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–DNA 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：trimeric	链 A 321–465（145 aa）片段：UNP residues 321-465	未记录	ZN ZINC ION × 5	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7.5；289 K；25% (w/v) PEG 3350, 0.2 M NaCl, 0.1 M HEPES-NaOH, pH 7.5	分辨率 2.19 Å R-free 0.243
5T00 Human CTCF ZnF3-7 and methylated DNA complex 提交 2016-08-15	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白–DNA 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：trimeric	链 D 321–465（145 aa）片段：UNP residues 321-465	未记录	ZN ZINC ION × 5	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7.5；289 K；25% (w/v) PEG 3350, 0.2 M NaCl, 0.1 M HEPES-NaOH, pH 7.5	分辨率 2.19 Å R-free 0.243
5T0U CTCF ZnF2-7 and DNA complex structure 提交 2016-08-16	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–DNA 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：trimeric	链 A 294–465（172 aa）片段：UNP residues 294-465	未记录	ZN ZINC ION × 6	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；289 K；15% PEG 4000, 0.2 M ammonium acetate, 0.2 M Na-Citrate pH 5.6	分辨率 3.20 Å R-free 0.266
5T0U CTCF ZnF2-7 and DNA complex structure 提交 2016-08-16	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白–DNA 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：trimeric	链 D 294–465（172 aa）片段：UNP residues 294-465	未记录	ZN ZINC ION × 6	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；289 K；15% PEG 4000, 0.2 M ammonium acetate, 0.2 M Na-Citrate pH 5.6	分辨率 3.20 Å R-free 0.266
5UND Crystal Structure of CTCF(ZnF 4-10) With 28-mer DNA 提交 2017-01-30	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–DNA 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：trimeric	链 A 348–547（200 aa）	未记录	ZN ZINC ION × 7 EDO 1,2-ETHANEDIOL × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 6.5；289 K；28% PEG 2000 MME 100mM Bis-Tris, pH 6.5	分辨率 2.55 Å R-free 0.237
5UND Crystal Structure of CTCF(ZnF 4-10) With 28-mer DNA 提交 2017-01-30	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白–DNA 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：trimeric	链 B 348–547（200 aa）	未记录	ZN ZINC ION × 5 EDO 1,2-ETHANEDIOL × 4 GOL GLYCEROL × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 6.5；289 K；28% PEG 2000 MME 100mM Bis-Tris, pH 6.5	分辨率 2.55 Å R-free 0.237
5YEF Crystal structure of CTCF ZFs2-8-Hs5-1aE 提交 2017-09-17	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–DNA 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：trimeric	链 A 292–490（199 aa）片段：UNP residues 292-490	未记录	ZN ZINC ION × 6	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 EVAPORATION；289 K；0.1 M Bis-tris pH 5.6-6.0, 0.2 M Sodium chloride and 17-24% PEG 3350	分辨率 2.81 Å R-free 0.254
5YEF Crystal structure of CTCF ZFs2-8-Hs5-1aE 提交 2017-09-17	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白–DNA 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：trimeric	链 B 292–490（199 aa）片段：UNP residues 292-490	未记录	ZN ZINC ION × 6	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 EVAPORATION；289 K；0.1 M Bis-tris pH 5.6-6.0, 0.2 M Sodium chloride and 17-24% PEG 3350	分辨率 2.81 Å R-free 0.254
5YEF Crystal structure of CTCF ZFs2-8-Hs5-1aE 提交 2017-09-17	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 3 蛋白–DNA 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：trimeric	链 G 292–490（199 aa）片段：UNP residues 292-490	未记录	ZN ZINC ION × 6	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 EVAPORATION；289 K；0.1 M Bis-tris pH 5.6-6.0, 0.2 M Sodium chloride and 17-24% PEG 3350	分辨率 2.81 Å R-free 0.254
5YEF Crystal structure of CTCF ZFs2-8-Hs5-1aE 提交 2017-09-17	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 4 蛋白–DNA 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：trimeric	链 J 292–490（199 aa）片段：UNP residues 292-490	未记录	ZN ZINC ION × 6	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 EVAPORATION；289 K；0.1 M Bis-tris pH 5.6-6.0, 0.2 M Sodium chloride and 17-24% PEG 3350	分辨率 2.81 Å R-free 0.254
5YEG Crystal structure of CTCF ZFs4-8-Hs5-1a complex 提交 2017-09-17	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–DNA 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：trimeric	链 A 349–490（142 aa）片段：UNP residues 349-490	未记录	ZN ZINC ION × 5	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 EVAPORATION；289.15 K；0.1M Bis-tris pH 5.6-6.0, 0.2M Sodium chloride, 17-24% PEG3350	分辨率 2.00 Å R-free 0.204
5YEG Crystal structure of CTCF ZFs4-8-Hs5-1a complex 提交 2017-09-17	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白–DNA 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：trimeric	链 B 349–489（141 aa）片段：UNP residues 349-489	未记录	ZN ZINC ION × 5	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 EVAPORATION；289.15 K；0.1M Bis-tris pH 5.6-6.0, 0.2M Sodium chloride, 17-24% PEG3350	分辨率 2.00 Å R-free 0.204
5YEH Crystal structure of CTCF ZFs4-8-eCBS 提交 2017-09-17	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–DNA 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：trimeric	链 A 349–490（142 aa）片段：UNP residues 349-490	未记录	ZN ZINC ION × 5	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 EVAPORATION；289 K；0.1 M Bis-tris pH 5.6-6.0, 0.2 M Sodium chloride and 17-24% PEG 3350	分辨率 2.33 Å R-free 0.270
5YEH Crystal structure of CTCF ZFs4-8-eCBS 提交 2017-09-17	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白–DNA 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：trimeric	链 B 349–490（142 aa）片段：UNP residues 349-490	未记录	ZN ZINC ION × 5	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 EVAPORATION；289 K；0.1 M Bis-tris pH 5.6-6.0, 0.2 M Sodium chloride and 17-24% PEG 3350	分辨率 2.33 Å R-free 0.270
5YEL Crystal structure of CTCF ZFs6-11-gb7CSE 提交 2017-09-18	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–DNA 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：trimeric	链 B 405–580（176 aa）片段：UNP residues 405-580	突变：C504S	ZN ZINC ION × 6	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 EVAPORATION；289 K；0.1M Bis-tris pH 5.6-6.0, 0.1M Sodium chloride, 17-20% PEG3350	分辨率 2.96 Å R-free 0.286
5YEL Crystal structure of CTCF ZFs6-11-gb7CSE 提交 2017-09-18	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白–DNA 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：trimeric	链 A 405–580（176 aa）片段：UNP residues 405-580	突变：C504S	ZN ZINC ION × 6	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 EVAPORATION；289 K；0.1M Bis-tris pH 5.6-6.0, 0.1M Sodium chloride, 17-20% PEG3350	分辨率 2.96 Å R-free 0.286
7W1M Cryo-EM structure of human cohesin-CTCF-DNA complex 提交 2021-11-19	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 6 PDB 声明：octameric	链 H 1–727（727 aa）	未记录	ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 2 BEF BERYLLIUM TRIFLUORIDE ION × 2 ZN ZINC ION × 11	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.5 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 6.50 Å
8SSQ ZnFs 3-11 of CCCTC-binding factor (CTCF) Complexed with 35mer DNA 35-4 提交 2023-05-08	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–DNA 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：trimeric	链 A 319–606（288 aa）片段：Zinc finger domains 3-11	未记录	ZN ZINC ION × 9 NA SODIUM ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；292 K；0.2 M Sodium malonate pH 5.0, 15-22% w/v PEG 3,350	分辨率 3.12 Å R-free 0.271
8SSQ ZnFs 3-11 of CCCTC-binding factor (CTCF) Complexed with 35mer DNA 35-4 提交 2023-05-08	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白–DNA 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：trimeric	链 D 319–606（288 aa）片段：Zinc finger domains 3-11	未记录	ZN ZINC ION × 8 NA SODIUM ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；292 K；0.2 M Sodium malonate pH 5.0, 15-22% w/v PEG 3,350	分辨率 3.12 Å R-free 0.271
8SSR ZnFs 3-11 of CCCTC-binding factor (CTCF) Complexed with 35mer DNA 35-20 提交 2023-05-08	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–DNA 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：trimeric	链 A 319–606（288 aa）片段：Zinc finger domains 3-11	未记录	ZN ZINC ION × 9 NA SODIUM ION × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；292 K；20-25%% w/v PEG 3,350, 0.1 M BIS-TRIS pH 5.0-6.5, 0.05-0.20M NaCl	分辨率 3.14 Å R-free 0.284
8SSR ZnFs 3-11 of CCCTC-binding factor (CTCF) Complexed with 35mer DNA 35-20 提交 2023-05-08	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白–DNA 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：trimeric	链 D 319–606（288 aa）片段：Zinc finger domains 3-11	未记录	ZN ZINC ION × 8	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；292 K；20-25%% w/v PEG 3,350, 0.1 M BIS-TRIS pH 5.0-6.5, 0.05-0.20M NaCl	分辨率 3.14 Å R-free 0.284
8SSS ZnFs 1-7 of CCCTC-binding factor (CTCF) Complexed with 23mer 提交 2023-05-08	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–DNA 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：trimeric	链 A 263–465（203 aa）片段：Zinc finger domains 1-7	未记录	ZN ZINC ION × 7 NA SODIUM ION × 1 EDO 1,2-ETHANEDIOL × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；292 K；26.5% PEG3350, 0.26M DL-Malic acid 7.0	分辨率 2.30 Å R-free 0.231
8SSS ZnFs 1-7 of CCCTC-binding factor (CTCF) Complexed with 23mer 提交 2023-05-08	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白–DNA 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：trimeric	链 D 263–465（203 aa）片段：Zinc finger domains 1-7	未记录	ZN ZINC ION × 7	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；292 K；26.5% PEG3350, 0.26M DL-Malic acid 7.0	分辨率 2.30 Å R-free 0.231
8SST ZnFs 1-7 of CCCTC-binding factor (CTCF) K365T Mutant Complexed with 23mer 提交 2023-05-08	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–DNA 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：trimeric	链 A 263–465（203 aa）片段：Zinc finger domains 1-7	突变：K365T	ZN ZINC ION × 7 EDO 1,2-ETHANEDIOL × 3	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；292 K；0.2 M Ammonium acetate, 0.1 M BIS-TRIS pH 5.5, 25% w/v Polyethylene glycol 3,350	分辨率 2.19 Å R-free 0.243
8SST ZnFs 1-7 of CCCTC-binding factor (CTCF) K365T Mutant Complexed with 23mer 提交 2023-05-08	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白–DNA 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：trimeric	链 D 263–465（203 aa）片段：Zinc finger domains 1-7	突变：K365T	ZN ZINC ION × 7 EDO 1,2-ETHANEDIOL × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；292 K；0.2 M Ammonium acetate, 0.1 M BIS-TRIS pH 5.5, 25% w/v Polyethylene glycol 3,350	分辨率 2.19 Å R-free 0.243
8SSU ZnFs 3-11 of CCCTC-binding factor (CTCF) Complexed with 19mer DNA 提交 2023-05-08	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 信息不足单体；蛋白 × 1 PDB 声明：trimeric	链 A 320–582（263 aa）片段：Zinc finger domains 3-11 of CTCF, Residues 195-258 of LDB1	未记录	EDO 1,2-ETHANEDIOL × 2 ZN ZINC ION × 8	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；292 K；0.04 M Citric acid, 0.06 M BIS-TRIS propane/pH 6.4, 20% w/v Polyethylene glycol 3,350	分辨率 2.89 Å R-free 0.240

共 20 个其他 PDB 条目、34 个 assembly。打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	CTCF_HUMAN
Isoform	—
PDB实体	3
链与序列区间	作者链 C； PDB构建体 1–10； UniProt 222–231

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

下载 Download SAXS (.dat) P(r) (.pr.out) CIF

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	6qnx
沉积日期 deposition_date	2019-02-12
结构标题 title	Structure of the SA2/SCC1/CTCF complex
关键词 keywords	Cohesin, CTCF, TAD, Chromatin folding, genome regulation, SA2, GENE REGULATION; GENE REGULATION
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	39.78 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	39.17 Å
零角强度 I(0) i0	201092000.00
分子量 molecular_weight	117170.0 kDa
排除体积 excluded_volume	147550 Å³
包络体积 envelope_volume	206950 Å³
水化壳体积 shell_volume	44372 Å³
包络直径 envelope_diameter	137.5 Å
壳层 Rg shell_rg	44.70 Å
包络 Rg envelope_rg	38.44 Å
形状 Rg shape_rg	39.17 Å
总 Rg total_rg	39.52 Å
总原子数 total_atoms	16463
残基数 n_residues	1011
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

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4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	132.8 Å
Rg (实空间) rg_real	39.83 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	1.05 Å
I(0) (实空间) i0_real	2.0110e+08
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	3.4620e+06
Rg (倒空间) rg_reciprocal	39.81 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	201100000.0000
解质量估计 total_estimate	0.8835
解质量评级 solution_quality	GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks	1
主峰位置 r_peak_primary	49.8 Å
偏度 Skewness skewness	0.250
峰度 Kurtosis kurtosis	-0.580
角度范围 angular_range	— – 0.2000 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha	21970000.0000
实空间数据点数 n_real_points	41
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.902; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.931; Smooth: 0.842

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5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

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6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (4)

实体 1 Entity 1 polymer

描述 description	Cohesin subunit SA-2
分子量 formula_weight	113610.0 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A
原子数 atom_count	16469

ENMMLFEVVKMGKSAMQSVVDDWIESYKHDRDIALLDLINFFIQCSGCKGVVTAEMFRHMQNSEIIRKMTEEFDEDSGDYPLTMAGPQWKKFKSSFCEFIGVLVRQCQYSIIYDEYMMDTVISLLTGLSDSQVRAFRHTSTLAAMKLMTALVNVALNLSINMDNTQRQYEAERNKMIGKRANERLELLLQKRKELQENQDEIENMMNAIFKGVFVHRYRDAIAEIRAICIEEIGIWMKMYSDAFLNDSYLKYVGWTMHDKQGEVRLKCLTALQGLYYNKELNSKLELFTSRFKDRIVSMTLDKEYDVAVQAIKLLTLVLQSSEEVLTAEDCENVYHLVYSAHRPVAVAAGEFLYKKLFSRRDPEEDGMMKRRGRQGPNANLVKTLVFFFLESELHEHAAYLVDSMWDCATELLKDWECMNSLLLEEPLSGEEALTDRQESALIEIMLCTIRQAAECHPPVGRGTGKRVLTAKEKKTQLDDRTKITELFAVALPQLLAKYSVDAEKVTNLLQLPQYFDLEIYTTGRLEKHLDALLRQIRNIVEKHTDTDVLEACSKTYHALCNEEFTIFNRVDISRSQLIDELADKFNRLLEDFLQEGEEPDEDDAYQVLSTLKRITAFHNAHDLSKWDLFACNYKLLKTGIENGDMPEQIVIHALQCTHYVILWQLAKITESSSTKEDLLRLKKQMRVFCQICQHYLTNVNTTVKEQAFTILCDILMIFSHQIMSGGRDMLEPLVYTPDSSLQSELLSFILDHVFIEQDDDNNSADGQQEDEASKIEALHKRRNLLAAFCKLIVYTVVEMNTAADIFKQYMKYYNDYGDIIKETMSKTRQIDKIQCAKTLILSLQQLFNEMIQENGYNFDRSSSTFSGIKELARRFALTFGLDQLKTREAIAMLHKDGIEFAFKEPNPQGESHPPLNLAFLDILSEFSSKLLRQDKRTVYVYLEKFMTFQMSLRREDVWLPLMSYRNSLLAGGDDDTMSVI

来源 Source

来源生物 organism	Homo sapiens
通用名 common_name	human
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9606
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

实体 2 Entity 2 polymer

描述 description	64-kDa C-terminal product
分子量 formula_weight	16049.6 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	B

VDPVEPMPTMTDQTTLVPNEEEAFALEPIDITVKETKAKRKRKLIVDSVKELDSKTIRAQLSDYSDIVTTLDLAPPTKKLMMWKETGGVEKLFSLPAQPLWNNRLLKLFTRCLTPLVPEDLRKRRKGGEADNLDEFLKEF

来源 Source

来源生物 organism	Homo sapiens
通用名 common_name	human
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9606
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

实体 3 Entity 3 polymer

描述 description	Transcriptional repressor CTCF
分子量 formula_weight	1231.2 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	C

DVSVYDFEEE

实体 4 Entity 4 water

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	6

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8. 引用文献 (1)

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晶胞边长 a length_a	79.029 Å
晶胞边长 b length_b	107.255 Å
晶胞边长 c length_c	176.490 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	4

空间群 space_group	P 21 21 21
空间群编号 int_tables_number	19
晶系 crystal_system	orthorhombic

分辨率 resolution	2.700 Å
最低分辨率 resolution_low	45.800 Å
R 因子 r_factor	—
R_work r_work	—
R_free r_free	—

fit	/app/data/saxs_computation/qn/6qnx/6qnx.fit
pddf	/app/data/pr_computation/qn/6qnx/6qnx.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/qn/6qnx/6qnx.dat

Structure of the SA2/SCC1/CTCF complex

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Cohesin subunit SA-2

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

64-kDa C-terminal product

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

Transcriptional repressor CTCF

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (4)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 3 Entity 3 polymer

聚合物 Polymer

实体 4 Entity 4 water

8. 引用文献 (1)

9. 文件与曲线 (10)

Files (7)

Curves (3)