6sb0

cryo-EM structure of mTORC1 bound to PRAS40-fused active RagA/C GTPases

Method: ELECTRON MICROSCOPY Dmax: 240.2 Å Quality: EXCELLENT

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

mTOR,Serine/threonine-protein kinase mTOR,mTOR,Serine/threonine-protein kinase mTOR

Homo sapiens

UniProt P42345

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 蛋白异源复合物 异源复合物 蛋白 × 12 PDB 声明:dodecameric(12) 与蛋白拷贝数一致 链 A; UniProt 60–355 链 A; UniProt 381–2549 链 B; UniProt 60–355 链 B; UniProt 381–2549 未记录 Target of rapamycin complex subunit LST8 × 2 (Q9BVC4) Ras-related GTP-binding protein A × 2 (Q7L523) Ras-related GTP-binding protein C × 2 (Q9HB90) Regulatory-associated protein of mTOR × 2 (Q8N122) Proline-rich AKT1 substrate 1 × 2 (Q96B36) GTP GUANOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 2 GDP GUANOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 2 ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液:pH 7;50mM HEPES pH 7.0, 100mM NaCl, 2mM MgCl2, 1mM TCEP cryo-EM玻璃化条件:冷冻剂 ETHANE 分辨率 5.50 Å

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly, “相对当前条目”直接指出证据层面的不同;没有差异标签表示当前已读取字段一致。

共 66 个其他 PDB 条目、84 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 MTOR_HUMAN
Isoform
PDB实体 1
链与序列区间 作者链 A; PDB构建体 60–355; UniProt 60–355 作者链 A; PDB构建体 381–2549; UniProt 381–2549 作者链 B; PDB构建体 60–355; UniProt 60–355 作者链 B; PDB构建体 381–2549; UniProt 381–2549

Target of rapamycin complex subunit LST8

Homo sapiens

UniProt Q9BVC4

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 蛋白异源复合物 异源复合物 蛋白 × 12 PDB 声明:dodecameric(12) 与蛋白拷贝数一致 链 E; UniProt 1–326 链 H; UniProt 1–326 未记录 mTOR,Serine/threonine-protein kinase mTOR,mTOR,Serine/threonine-protein kinase mTOR × 2 (P42345) Ras-related GTP-binding protein A × 2 (Q7L523) Ras-related GTP-binding protein C × 2 (Q9HB90) Regulatory-associated protein of mTOR × 2 (Q8N122) Proline-rich AKT1 substrate 1 × 2 (Q96B36) GTP GUANOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 2 GDP GUANOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 2 ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液:pH 7;50mM HEPES pH 7.0, 100mM NaCl, 2mM MgCl2, 1mM TCEP cryo-EM玻璃化条件:冷冻剂 ETHANE 分辨率 5.50 Å

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly, “相对当前条目”直接指出证据层面的不同;没有差异标签表示当前已读取字段一致。

共 44 个其他 PDB 条目、52 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

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UniProt名称 LST8_HUMAN
Isoform
PDB实体 2
链与序列区间 作者链 E; PDB构建体 1–326; UniProt 1–326 作者链 H; PDB构建体 1–326; UniProt 1–326

Ras-related GTP-binding protein A

Homo sapiens

UniProt Q7L523

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 蛋白异源复合物 异源复合物 蛋白 × 12 PDB 声明:dodecameric(12) 与蛋白拷贝数一致 链 C; UniProt 1–313 链 I; UniProt 1–313 突变:Q66L mTOR,Serine/threonine-protein kinase mTOR,mTOR,Serine/threonine-protein kinase mTOR × 2 (P42345) Target of rapamycin complex subunit LST8 × 2 (Q9BVC4) Ras-related GTP-binding protein C × 2 (Q9HB90) Regulatory-associated protein of mTOR × 2 (Q8N122) Proline-rich AKT1 substrate 1 × 2 (Q96B36) GTP GUANOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 2 GDP GUANOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 2 ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液:pH 7;50mM HEPES pH 7.0, 100mM NaCl, 2mM MgCl2, 1mM TCEP cryo-EM玻璃化条件:冷冻剂 ETHANE 分辨率 5.50 Å

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly, “相对当前条目”直接指出证据层面的不同;没有差异标签表示当前已读取字段一致。

共 20 个其他 PDB 条目、22 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

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UniProt名称 RRAGA_HUMAN
Isoform
PDB实体 3
链与序列区间 作者链 C; PDB构建体 1–313; UniProt 1–313 作者链 I; PDB构建体 1–313; UniProt 1–313

Ras-related GTP-binding protein C

Homo sapiens

UniProt Q9HB90

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 蛋白异源复合物 异源复合物 蛋白 × 12 PDB 声明:dodecameric(12) 与蛋白拷贝数一致 链 D; UniProt 1–399 链 J; UniProt 1–399 突变:T90N mTOR,Serine/threonine-protein kinase mTOR,mTOR,Serine/threonine-protein kinase mTOR × 2 (P42345) Target of rapamycin complex subunit LST8 × 2 (Q9BVC4) Ras-related GTP-binding protein A × 2 (Q7L523) Regulatory-associated protein of mTOR × 2 (Q8N122) Proline-rich AKT1 substrate 1 × 2 (Q96B36) GTP GUANOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 2 GDP GUANOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 2 ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液:pH 7;50mM HEPES pH 7.0, 100mM NaCl, 2mM MgCl2, 1mM TCEP cryo-EM玻璃化条件:冷冻剂 ETHANE 分辨率 5.50 Å

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly, “相对当前条目”直接指出证据层面的不同;没有差异标签表示当前已读取字段一致。

共 20 个其他 PDB 条目、22 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 RRAGC_HUMAN
Isoform
PDB实体 4
链与序列区间 作者链 D; PDB构建体 1–399; UniProt 1–399 作者链 J; PDB构建体 1–399; UniProt 1–399

Regulatory-associated protein of mTOR

Homo sapiens

UniProt Q8N122

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 蛋白异源复合物 异源复合物 蛋白 × 12 PDB 声明:dodecameric(12) 与蛋白拷贝数一致 链 N; UniProt 1–1335 链 Y; UniProt 1–1335 未记录 mTOR,Serine/threonine-protein kinase mTOR,mTOR,Serine/threonine-protein kinase mTOR × 2 (P42345) Target of rapamycin complex subunit LST8 × 2 (Q9BVC4) Ras-related GTP-binding protein A × 2 (Q7L523) Ras-related GTP-binding protein C × 2 (Q9HB90) Proline-rich AKT1 substrate 1 × 2 (Q96B36) GTP GUANOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 2 GDP GUANOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 2 ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液:pH 7;50mM HEPES pH 7.0, 100mM NaCl, 2mM MgCl2, 1mM TCEP cryo-EM玻璃化条件:冷冻剂 ETHANE 分辨率 5.50 Å

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly, “相对当前条目”直接指出证据层面的不同;没有差异标签表示当前已读取字段一致。

共 21 个其他 PDB 条目、21 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 RPTOR_HUMAN
Isoform
PDB实体 5
链与序列区间 作者链 N; PDB构建体 1–1335; UniProt 1–1335 作者链 Y; PDB构建体 1–1335; UniProt 1–1335

Proline-rich AKT1 substrate 1

Homo sapiens

UniProt Q96B36

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 蛋白异源复合物 异源复合物 蛋白 × 12 PDB 声明:dodecameric(12) 与蛋白拷贝数一致 链 O; UniProt 21–276 链 T; UniProt 21–276 未记录 mTOR,Serine/threonine-protein kinase mTOR,mTOR,Serine/threonine-protein kinase mTOR × 2 (P42345) Target of rapamycin complex subunit LST8 × 2 (Q9BVC4) Ras-related GTP-binding protein A × 2 (Q7L523) Ras-related GTP-binding protein C × 2 (Q9HB90) Regulatory-associated protein of mTOR × 2 (Q8N122) GTP GUANOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 2 GDP GUANOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 2 ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液:pH 7;50mM HEPES pH 7.0, 100mM NaCl, 2mM MgCl2, 1mM TCEP cryo-EM玻璃化条件:冷冻剂 ETHANE 分辨率 5.50 Å

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly, “相对当前条目”直接指出证据层面的不同;没有差异标签表示当前已读取字段一致。

共 3 个其他 PDB 条目、5 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

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UniProt名称 AKTS1_HUMAN
Isoform Q96B36-3
PDB实体 6
链与序列区间 作者链 O; PDB构建体 1–256; UniProt 21–276 作者链 T; PDB构建体 1–256; UniProt 21–276

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。 链映射与序列区间收在“数据证据”中;数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护,因此不在读者页面展示。

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

SAXS profile for 6sb0

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

P(r) distribution for 6sb0
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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id6sb0
沉积日期 deposition_date2019-07-18
结构标题 titlecryo-EM structure of mTORC1 bound to PRAS40-fused active RagA/C GTPases
关键词 keywordssmall GTPases, mTORC1 activator, roadblock domain, GTPase domain, SIGNALING PROTEIN; SIGNALING PROTEIN
实验方法 methodELECTRON MICROSCOPY

3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier88.13
回转半径 Rg (电子) rg_electron88.79
零角强度 I(0) i06949200000.00
分子量 molecular_weight577960.0 kDa
排除体积 excluded_volume665430 ų
包络体积 envelope_volume1725300 ų
水化壳体积 shell_volume175280 ų
包络直径 envelope_diameter336.7
壳层 Rg shell_rg78.78
包络 Rg envelope_rg84.85
形状 Rg shape_rg88.78
总 Rg total_rg88.69
总原子数 total_atoms41284
残基数 n_residues8305
球谐函数阶数 n_harmonics20
q 范围 q_range— – 0.5000 −1
数据点数 n_points101
壳层类型 shell_typedirectional
溶剂电子密度 solvent_density0.3340 e/ų
壳层衬度 contrast_shell0.0300 e/ų
CRYSOL 版本 crysol_version4.1.3

4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax240.2
Rg (实空间) rg_real82.66
Rg 误差 (实空间) rg_real_error1.06
I(0) (实空间) i0_real6.6380e+09
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error1.2080e+08
Rg (倒空间) rg_reciprocal86.07
I(0) (倒空间) i0_reciprocal6906000000.0000
解质量估计 total_estimate0.9189
解质量评级 solution_quality EXCELLENT a EXCELLENT solution
P(r) 峰数 n_peaks1
主峰位置 r_peak_primary106.8
偏度 Skewness skewness0.203
峰度 Kurtosis kurtosis-0.517
角度范围 angular_range— – 0.0900 −1
当前正则化参数 α current_alpha0.6271
最高正则化参数 α highest_alpha340500000.0000
实空间数据点数 n_real_points19
GNOM 版本 gnom_version4.1.3
质量判据 quality_criteria AN1: 0.001; Oscil: 0.998; Stabil: 0.985; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.997; Smooth: 0.001

5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (8)

8. 引用文献 (1)

9. 文件与曲线 (10)