6ugm

Structural basis of COMPASS eCM recognition of an unmodified nucleosome

Method: ELECTRON MICROSCOPY

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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Histone H3

Xenopus laevis

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白–DNA	异源复合物	蛋白 16 DNA 2	Histone H4 × 2 （P62799） Histone H2A × 2 （Q6AZJ8） Histone H2B × 1 （A0A1L8FQ56） Histone H2B 1.1 × 1 （P02281） DNA (146-MER) × 1 DNA (146-MER) × 1 Swd3 × 1 （Q6CLY5） Histone-lysine N-methyltransferase, H3 lysine-4 specific × 1 （Q6CIT4） Swd1 × 1 （Q6CXF3） H3 N-terminus × 1 Spp1 × 1 （Q6CRQ4） Bre2 × 1 （Q6CTQ1） Sdc1 × 2 （Q6CPN6） S-ADENOSYLMETHIONINE × 1 ZINC ION × 1	与全部聚合物一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	Q92133_XENLA
Isoform	—
PDB实体	1
链与序列区间	作者链 A； PDB构建体 1–135； UniProt 2–136 作者链 E； PDB构建体 1–135； UniProt 2–136

Histone H4

Xenopus laevis

UniProt P62799

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白–DNA	异源复合物	蛋白 16 DNA 2	Histone H3 × 2 （Q92133） Histone H2A × 2 （Q6AZJ8） Histone H2B × 1 （A0A1L8FQ56） Histone H2B 1.1 × 1 （P02281） DNA (146-MER) × 1 DNA (146-MER) × 1 Swd3 × 1 （Q6CLY5） Histone-lysine N-methyltransferase, H3 lysine-4 specific × 1 （Q6CIT4） Swd1 × 1 （Q6CXF3） H3 N-terminus × 1 Spp1 × 1 （Q6CRQ4） Bre2 × 1 （Q6CTQ1） Sdc1 × 2 （Q6CPN6） S-ADENOSYLMETHIONINE × 1 ZINC ION × 1	与全部聚合物一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	H4_XENLA
Isoform	—
PDB实体	2
链与序列区间	作者链 B； PDB构建体 1–102； UniProt 2–103 作者链 F； PDB构建体 1–102； UniProt 2–103

Histone H2A

Xenopus laevis

UniProt Q6AZJ8

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白–DNA	异源复合物	蛋白 16 DNA 2	Histone H3 × 2 （Q92133） Histone H4 × 2 （P62799） Histone H2B × 1 （A0A1L8FQ56） Histone H2B 1.1 × 1 （P02281） DNA (146-MER) × 1 DNA (146-MER) × 1 Swd3 × 1 （Q6CLY5） Histone-lysine N-methyltransferase, H3 lysine-4 specific × 1 （Q6CIT4） Swd1 × 1 （Q6CXF3） H3 N-terminus × 1 Spp1 × 1 （Q6CRQ4） Bre2 × 1 （Q6CTQ1） Sdc1 × 2 （Q6CPN6） S-ADENOSYLMETHIONINE × 1 ZINC ION × 1	与全部聚合物一致

数据库中的同蛋白其他状态

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UniProt名称	Q6AZJ8_XENLA
Isoform	—
PDB实体	3
链与序列区间	作者链 C； PDB构建体 1–107； UniProt 13–119 作者链 G； PDB构建体 1–107； UniProt 13–119

Histone H2B

Xenopus laevis

UniProt A0A1L8FQ56

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白–DNA	异源复合物	蛋白 16 DNA 2	Histone H3 × 2 （Q92133） Histone H4 × 2 （P62799） Histone H2A × 2 （Q6AZJ8） Histone H2B 1.1 × 1 （P02281） DNA (146-MER) × 1 DNA (146-MER) × 1 Swd3 × 1 （Q6CLY5） Histone-lysine N-methyltransferase, H3 lysine-4 specific × 1 （Q6CIT4） Swd1 × 1 （Q6CXF3） H3 N-terminus × 1 Spp1 × 1 （Q6CRQ4） Bre2 × 1 （Q6CTQ1） Sdc1 × 2 （Q6CPN6） S-ADENOSYLMETHIONINE × 1 ZINC ION × 1	与全部聚合物一致

数据库中的同蛋白其他状态

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UniProt名称	A0A1L8FQ56_XENLA
Isoform	—
PDB实体	4
链与序列区间	作者链 D； PDB构建体 1–125； UniProt 2–126

Histone H2B 1.1

Xenopus laevis

UniProt P02281

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白–DNA	异源复合物	蛋白 16 DNA 2	Histone H3 × 2 （Q92133） Histone H4 × 2 （P62799） Histone H2A × 2 （Q6AZJ8） Histone H2B × 1 （A0A1L8FQ56） DNA (146-MER) × 1 DNA (146-MER) × 1 Swd3 × 1 （Q6CLY5） Histone-lysine N-methyltransferase, H3 lysine-4 specific × 1 （Q6CIT4） Swd1 × 1 （Q6CXF3） H3 N-terminus × 1 Spp1 × 1 （Q6CRQ4） Bre2 × 1 （Q6CTQ1） Sdc1 × 2 （Q6CPN6） S-ADENOSYLMETHIONINE × 1 ZINC ION × 1	与全部聚合物一致

数据库中的同蛋白其他状态

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UniProt名称	H2B11_XENLA
Isoform	—
PDB实体	5
链与序列区间	作者链 H； PDB构建体 1–125； UniProt 2–126

Swd3

Kluyveromyces lactis (strain ATCC 8585 / CBS 2359 / DSM 70799 / NBRC 1267 / NRRL Y-1140 / WM37)

UniProt Q6CLY5

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白–DNA	异源复合物	蛋白 16 DNA 2	Histone H3 × 2 （Q92133） Histone H4 × 2 （P62799） Histone H2A × 2 （Q6AZJ8） Histone H2B × 1 （A0A1L8FQ56） Histone H2B 1.1 × 1 （P02281） DNA (146-MER) × 1 DNA (146-MER) × 1 Histone-lysine N-methyltransferase, H3 lysine-4 specific × 1 （Q6CIT4） Swd1 × 1 （Q6CXF3） H3 N-terminus × 1 Spp1 × 1 （Q6CRQ4） Bre2 × 1 （Q6CTQ1） Sdc1 × 2 （Q6CPN6） S-ADENOSYLMETHIONINE × 1 ZINC ION × 1	与全部聚合物一致

数据库中的同蛋白其他状态

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UniProt名称	Q6CLY5_KLULA
Isoform	—
PDB实体	8
链与序列区间	作者链 K； PDB构建体 1–327； UniProt 1–327

Histone-lysine N-methyltransferase, H3 lysine-4 specific

Kluyveromyces lactis (strain ATCC 8585 / CBS 2359 / DSM 70799 / NBRC 1267 / NRRL Y-1140 / WM37)

UniProt Q6CIT4

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白–DNA	异源复合物	蛋白 16 DNA 2	Histone H3 × 2 （Q92133） Histone H4 × 2 （P62799） Histone H2A × 2 （Q6AZJ8） Histone H2B × 1 （A0A1L8FQ56） Histone H2B 1.1 × 1 （P02281） DNA (146-MER) × 1 DNA (146-MER) × 1 Swd3 × 1 （Q6CLY5） Swd1 × 1 （Q6CXF3） H3 N-terminus × 1 Spp1 × 1 （Q6CRQ4） Bre2 × 1 （Q6CTQ1） Sdc1 × 2 （Q6CPN6） S-ADENOSYLMETHIONINE × 1 ZINC ION × 1	与全部聚合物一致

数据库中的同蛋白其他状态

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UniProt名称	SET1_KLULA
Isoform	—
PDB实体	9
链与序列区间	作者链 M； PDB构建体 1–275； UniProt 726–1000

Swd1

Kluyveromyces lactis (strain ATCC 8585 / CBS 2359 / DSM 70799 / NBRC 1267 / NRRL Y-1140 / WM37)

UniProt Q6CXF3

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白–DNA	异源复合物	蛋白 16 DNA 2	Histone H3 × 2 （Q92133） Histone H4 × 2 （P62799） Histone H2A × 2 （Q6AZJ8） Histone H2B × 1 （A0A1L8FQ56） Histone H2B 1.1 × 1 （P02281） DNA (146-MER) × 1 DNA (146-MER) × 1 Swd3 × 1 （Q6CLY5） Histone-lysine N-methyltransferase, H3 lysine-4 specific × 1 （Q6CIT4） H3 N-terminus × 1 Spp1 × 1 （Q6CRQ4） Bre2 × 1 （Q6CTQ1） Sdc1 × 2 （Q6CPN6） S-ADENOSYLMETHIONINE × 1 ZINC ION × 1	与全部聚合物一致

数据库中的同蛋白其他状态

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UniProt名称	Q6CXF3_KLULA
Isoform	—
PDB实体	10
链与序列区间	作者链 N； PDB构建体 1–439； UniProt 1–439

Spp1

Kluyveromyces lactis (strain ATCC 8585 / CBS 2359 / DSM 70799 / NBRC 1267 / NRRL Y-1140 / WM37)

UniProt Q6CRQ4

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白–DNA	异源复合物	蛋白 16 DNA 2	Histone H3 × 2 （Q92133） Histone H4 × 2 （P62799） Histone H2A × 2 （Q6AZJ8） Histone H2B × 1 （A0A1L8FQ56） Histone H2B 1.1 × 1 （P02281） DNA (146-MER) × 1 DNA (146-MER) × 1 Swd3 × 1 （Q6CLY5） Histone-lysine N-methyltransferase, H3 lysine-4 specific × 1 （Q6CIT4） Swd1 × 1 （Q6CXF3） H3 N-terminus × 1 Bre2 × 1 （Q6CTQ1） Sdc1 × 2 （Q6CPN6） S-ADENOSYLMETHIONINE × 1 ZINC ION × 1	与全部聚合物一致

数据库中的同蛋白其他状态

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UniProt名称	Q6CRQ4_KLULA
Isoform	—
PDB实体	12
链与序列区间	作者链 X； PDB构建体 1–342； UniProt 1–342

Bre2

Kluyveromyces lactis (strain ATCC 8585 / CBS 2359 / DSM 70799 / NBRC 1267 / NRRL Y-1140 / WM37)

UniProt Q6CTQ1

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白–DNA	异源复合物	蛋白 16 DNA 2	Histone H3 × 2 （Q92133） Histone H4 × 2 （P62799） Histone H2A × 2 （Q6AZJ8） Histone H2B × 1 （A0A1L8FQ56） Histone H2B 1.1 × 1 （P02281） DNA (146-MER) × 1 DNA (146-MER) × 1 Swd3 × 1 （Q6CLY5） Histone-lysine N-methyltransferase, H3 lysine-4 specific × 1 （Q6CIT4） Swd1 × 1 （Q6CXF3） H3 N-terminus × 1 Spp1 × 1 （Q6CRQ4） Sdc1 × 2 （Q6CPN6） S-ADENOSYLMETHIONINE × 1 ZINC ION × 1	与全部聚合物一致

数据库中的同蛋白其他状态

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UniProt名称	Q6CTQ1_KLULA
Isoform	—
PDB实体	13
链与序列区间	作者链 L； PDB构建体 1–405； UniProt 1–405

Sdc1

Kluyveromyces lactis (strain ATCC 8585 / CBS 2359 / DSM 70799 / NBRC 1267 / NRRL Y-1140 / WM37)

UniProt Q6CPN6

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白–DNA	异源复合物	蛋白 16 DNA 2	Histone H3 × 2 （Q92133） Histone H4 × 2 （P62799） Histone H2A × 2 （Q6AZJ8） Histone H2B × 1 （A0A1L8FQ56） Histone H2B 1.1 × 1 （P02281） DNA (146-MER) × 1 DNA (146-MER) × 1 Swd3 × 1 （Q6CLY5） Histone-lysine N-methyltransferase, H3 lysine-4 specific × 1 （Q6CIT4） Swd1 × 1 （Q6CXF3） H3 N-terminus × 1 Spp1 × 1 （Q6CRQ4） Bre2 × 1 （Q6CTQ1） S-ADENOSYLMETHIONINE × 1 ZINC ION × 1	与全部聚合物一致

数据库中的同蛋白其他状态

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UniProt名称	Q6CPN6_KLULA
Isoform	—
PDB实体	14
链与序列区间	作者链 O； PDB构建体 1–134； UniProt 1–134 作者链 P； PDB构建体 1–134； UniProt 1–134

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	6ugm
沉积日期 deposition_date	2019-09-26
结构标题 title	Structural basis of COMPASS eCM recognition of an unmodified nucleosome
关键词 keywords	Complex, methyltransferase, epigenetics, chromatin, nucleosome, TRANSFERASE-STRUCTURAL PROTEIN-DNA complex; TRANSFERASE/STRUCTURAL PROTEIN/DNA
实验方法 method	ELECTRON MICROSCOPY

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3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

页面只读取最新 assembly 计算结果。每一条曲线都对应明确的 PDB、official biological assembly 和 coordinate model。

6ugm__assembly_1__model_1

Assembly 1 · Model 1 · CRYSOL 4.1.3-1-20251215 (887e7ef)

下载该曲线 .dat

6ugm__assembly_1__model_1 | I(q)

100 个绘图点；横轴和纵轴均采用对数尺度。

6ugm__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

P(r) 将按相同 assembly/model 分别计算和展示。

Rg（Guinier）	50.73 Å
Rg（电子密度）	50.17 Å
总 Rg	50.44 Å
原子数	23609
残基数	2497
排除体积	401580 Å³
最大 q	0.500 Å⁻¹

Assembly	Model	结构单元	聚集说明	状态	CRYSOL	操作
1	1	`6ugm__assembly_1__model_1`	octadecameric （18）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载

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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (16)

实体 1 Entity 1 polymer

描述 description	Histone H3
分子量 formula_weight	15275.9 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	2

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A,E
原子数 atom_count	23609

ARTKQTARKSTGGKAPRKQLATKAARKSAPATGGVKKPHRYRPGTVALREIRRYQKSTELLIRKLPFQRLVREIAQDFKTDLRFQSSAVMALQEASEAYLVGLFEDTNLCGIHAKRVTIMPKDIQLARRIRGERA

来源 Source

来源生物 organism	Xenopus laevis
通用名 common_name	African clawed frog
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	8355
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

实体 2 Entity 2 polymer

描述 description	Histone H4
分子量 formula_weight	11263.2 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	2

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	B,F

SGRGKGGKGLGKGGAKRHRKVLRDNIQGITKPAIRRLARRGGVKRISGLIYEETRGVLKVFLENVIRDAVTYTEHAKRKTVTAMDVVYALKRQGRTLYGFGG

来源 Source

来源生物 organism	Xenopus laevis
通用名 common_name	African clawed frog
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	8355
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

实体 3 Entity 3 polymer

描述 description	Histone H2A
分子量 formula_weight	11694.6 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	2

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	C,G

AKAKTRSSRAGLQFPVGRVHRLLRKGNYAERVGAGAPVYLAAVLEYLTAEILELAGNAARDNKKTRIIPRHLQLAVRNDEELNKLLGRVTIAQGGVLPNIQSVLLPK

来源 Source

来源生物 organism	Xenopus laevis
通用名 common_name	African clawed frog
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	8355
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

实体 4 Entity 4 polymer

描述 description	Histone H2B
分子量 formula_weight	13848.1 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	D

PEPAKSAPAPKKGSKKAVTKTQKKDGKKRRKTRKESYAIYVYKVLKQVHPDTGISSKAMSIMNSFVNDVFERIAGEASRLAHYNKRSTITSREIQTAVRLLLPGELAKHAVSEGTKAVTKYTSAK

来源 Source

来源生物 organism	Xenopus laevis
通用名 common_name	African clawed frog
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	8355
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

实体 5 Entity 5 polymer

描述 description	Histone H2B 1.1
分子量 formula_weight	13834.1 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	H

PEPAKSAPAPKKGSKKAVTKTQKKDGKKRRKSRKESYAIYVYKVLKQVHPDTGISSKAMSIMNSFVNDVFERIAGEASRLAHYNKRSTITSREIQTAVRLLLPGELAKHAVSEGTKAVTKYTSAK

来源 Source

来源生物 organism	Xenopus laevis
通用名 common_name	African clawed frog
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	8355
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

实体 6 Entity 6 polymer

描述 description	DNA (146-MER)
分子量 formula_weight	45114.7 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polydeoxyribonucleotide
链编号 strand_id	I

CTCGAGAATCCCGGTGCCGAGGCCGCTCAATTGGTCGTAGACAGCTCTAGCACCGCTTAAACGCACGTACGCGCTGTCCCCCGCGTTTTAACCGCCAAGGGGATTACTCCCTAGTCTCCAGGCACGTGTCAGATATATACATCCGAT

实体 7 Entity 7 polymer

描述 description	DNA (146-MER)
分子量 formula_weight	45305.9 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polydeoxyribonucleotide
链编号 strand_id	J

ATCGGATGTATATATCTGACACGTGCCTGGAGACTAGGGAGTAATCCCCTTGGCGGTTAAAACGCGGGGGACAGCGCGTACGTGCGTTTAAGCGGTGCTAGAGCTGTCTACGACCAATTGAGCGGCCTCGGCACCGGGATTCTCGA

实体 8 Entity 8 polymer

描述 description	Swd3
分子量 formula_weight	36458.9 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	K

MCDLDSVSDLTLTLRMLQFDKQVLPASGKISTSCQISPDGELIAICQNTDMLVYEISSSKMMKLTTTHKECINCLCWSPDSKCIASGSEDFTVEITHIIYGRIRRLMGHTAPVISICYNNKGNILCSSSMDESIKEWHVLSGTALKTMSAHSDAVVSIDIPKFDSSILSSGSYDGLIRIFDTESGHCLKTLTYDKDWIAEDGVVPISTVKFSRNGKFLLVKSLDNVVKLWEYTRGTVVRTFLWPHQETKAKLKYNCGLELIYPQGKDPLVISGNDSGSMCVWNVYSKNLVQKIDEKHRNSPLISISASYDKVATLSLNGECNLFRVH

来源 Source

来源生物 organism	Kluyveromyces lactis (strain ATCC 8585 / CBS 2359 / DSM 70799 / NBRC 1267 / NRRL Y-1140 / WM37)
通用名 common_name	Yeast
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	284590
宿主生物 host_organism	Trichoplusia ni

实体 9 Entity 9 polymer

描述 description	Histone-lysine N-methyltransferase, H3 lysine-4 specific
分子量 formula_weight	31448.5 kDa
EC 编号 ec_number	2.1.1.43
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	M

YQQIEQNGIIRDNQIALNEKEFDSTLASTTGSFIAEGFKKIPDKLKSSYLLHHRRLAQPLNTVHNHQEQNFMALNGTESTNQEADLEQDNHNASSRLNRVFQRRFQQDIEAQRAAIGFESDLLSLNQLTKRKKPVTFARSAIHNWGLYALEPIAAKEMIIEYVGESIRQPVAEMREKRYIKSGIGSSYLFRIDENTVIDATKRGGIARFINHCCEPSCTAKIIKVDGRKRIVIYALRDIGTNEELTYDYKFERETDEGERLPCLCGAPSCKGFLN

来源 Source

来源生物 organism	Kluyveromyces lactis (strain ATCC 8585 / CBS 2359 / DSM 70799 / NBRC 1267 / NRRL Y-1140 / WM37)
通用名 common_name	Yeast
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	284590
宿主生物 host_organism	Trichoplusia ni

实体 10 Entity 10 polymer

描述 description	Swd1
分子量 formula_weight	49894.7 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	N

MANLLLQDPFGVLKEYPEKLTHTLEVPVAAVCVKFSPRGDYLAVGCSNGAIIIYDMDSLKPIAMLGTHSGAHTRSVQSVCWSNDGRYLWSSGRDWYAKLWDMTQPTKCFQQYKFDGPLWSCHVVRWNVCIVTVVEEPTAYVLTLTDRQNAFHCFPLLEQDQDISGHGYTLVACPHPTIESIIITGTSKGWINAFQLDLESGFEDKIRCCYEEKIANANIKQIIISPSGTRIAINGSDRTIRQYQLIVEDNESEGGSSHSVSIELEHKYQDIINRLQWNTIFFSNHSGEYLVASAHGSSAHDLYLWETSSGSLVRVLEGADEELLDIDWNFYSMRIASNGFESGWVYMWSIVIPPKWSALAPDFEEVEENIDYQEKENEFDIMDDDNNLQAMTEAEEIAIDLCTPEKYDVRGNDISMPSFVIPIDYEGVIIQQHWAHQEQ

来源 Source

来源生物 organism	Kluyveromyces lactis (strain ATCC 8585 / CBS 2359 / DSM 70799 / NBRC 1267 / NRRL Y-1140 / WM37)
通用名 common_name	Yeast
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	284590
宿主生物 host_organism	Trichoplusia ni

实体 11 Entity 11 polymer

描述 description	H3 N-terminus
分子量 formula_weight	378.4 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	R

TMQ

来源 Source

来源生物 organism	Xenopus laevis
通用名 common_name	African clawed frog
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	8355
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

实体 12 Entity 12 polymer

描述 description	Spp1
分子量 formula_weight	39297.9 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	X

MSLPSWCPRYDSRKHDPKTGEEVYCICKKPDTGELMVGCDGCDDWFHFSCLKIPEKYRDLVFSFYCSYCSAGITGPALINGGKLPKTLWKRKCRLPECYTECDANSRSKYCSKKHAVQYVQSIVDKLNLPGVDKIALLRQLLNETTSLEEFKTLGRDKLPEVTSPLSKDQYSKLLENDQHLNKLINEHDELVSVKLSKLNEEDAVIEKYVNWIGEVNERLSPHFNQPTGRKKSKSASKVTICGYHNEFTIPRSVEEFLDKLLQLKEDENSNITSVDGVCVKTKCAKHQDWITLSQNDLSEQKDSLENVKRRLDLLISVRTNQLRISFFEQEMSNRVLPGVKT

来源 Source

来源生物 organism	Kluyveromyces lactis (strain ATCC 8585 / CBS 2359 / DSM 70799 / NBRC 1267 / NRRL Y-1140 / WM37)
通用名 common_name	Yeast
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	284590
宿主生物 host_organism	Trichoplusia ni

实体 13 Entity 13 polymer

描述 description	Bre2
分子量 formula_weight	47287.0 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	L

MSVPVIPYLDYDIVDLGSDIKKPDFPQLSESHRINEQQYYITEDTPLNKRNFMYQPCAANLMLDKLKYCGTDYFDKSSINLMDRSDKLAFSLDDHSVSVSENCGWRSVRSDVCMKEGKIYWEVEVKNVSDTSHIRCGISRREASTETPVGCDFYGYSIRDKGLQVIHEGRLHTVLKPHEMQAGDRIGFLLTLPSLQSQSEQAMDYSLKRIQELNNDDSRTNKRNKKFNKEFYKFLLRSCEPTNVVRDQIAIRYKNQLFYESTDYVKTTKPEYYDNRDDMQKFYELENSSFEVFVNGVSHGIAFEGLTPFLPPFSELQYNEKFYLHHWNKRNVTKGIEIRNKYVNNNRLGYYATLSSFQGGTASIITEAMELKFLPKDVDIKTLNDIYNEQIASDIVWDLIDEIDT

来源 Source

来源生物 organism	Kluyveromyces lactis (strain ATCC 8585 / CBS 2359 / DSM 70799 / NBRC 1267 / NRRL Y-1140 / WM37)
通用名 common_name	Yeast
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	284590
宿主生物 host_organism	Trichoplusia ni

实体 14 Entity 14 polymer

描述 description	Sdc1
分子量 formula_weight	14722.6 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	2

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	O,P

MSEPVMENMAPEDVVKLEKEEHIVPDIGVSSISTTEPLSPSGIPRESSGTVTSATAATTEREVSPKKELQIDHDRVDPVAMIGGSTTRRYLNEHVTKHLLEGMKLIAREKPEDPLRVLGQFLIDASEMNQKPSS

来源 Source

来源生物 organism	Kluyveromyces lactis (strain ATCC 8585 / CBS 2359 / DSM 70799 / NBRC 1267 / NRRL Y-1140 / WM37)
通用名 common_name	Yeast
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	284590
宿主生物 host_organism	Trichoplusia ni

实体 15 Entity 15 non-polymer

描述 description	S-ADENOSYLMETHIONINE
分子量 formula_weight	398.4 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

实体 16 Entity 16 non-polymer

描述 description	ZINC ION
分子量 formula_weight	65.4 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

▼

6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 8 domains

CATH v4.4 (8 domains)

结构域编号 domain_id	6ugmA00
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	10 — Orthogonal Bundle
拓扑 Topology topology	20 — Histone, subunit A
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Histone, subunit A

结构域编号 domain_id	6ugmB00
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	10 — Orthogonal Bundle
拓扑 Topology topology	20 — Histone, subunit A
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Histone, subunit A

结构域编号 domain_id	6ugmC00
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	10 — Orthogonal Bundle
拓扑 Topology topology	20 — Histone, subunit A
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Histone, subunit A

结构域编号 domain_id	6ugmD00
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	10 — Orthogonal Bundle
拓扑 Topology topology	20 — Histone, subunit A
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Histone, subunit A

结构域编号 domain_id	6ugmE00
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	10 — Orthogonal Bundle
拓扑 Topology topology	20 — Histone, subunit A
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Histone, subunit A

结构域编号 domain_id	6ugmF00
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	10 — Orthogonal Bundle
拓扑 Topology topology	20 — Histone, subunit A
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Histone, subunit A

结构域编号 domain_id	6ugmG00
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	10 — Orthogonal Bundle
拓扑 Topology topology	20 — Histone, subunit A
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Histone, subunit A

结构域编号 domain_id	6ugmH00
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	10 — Orthogonal Bundle
拓扑 Topology topology	20 — Histone, subunit A
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Histone, subunit A

▶

晶胞边长 a length_a	1.000 Å
晶胞边长 b length_b	1.000 Å
晶胞边长 c length_c	1.000 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	—

空间群 space_group	P 1
空间群编号 int_tables_number	1
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	3.70 Å
分辨率测定方法 resolution_method	—
颗粒数 num_particles	100905

Structural basis of COMPASS eCM recognition of an unmodified nucleosome

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Histone H3

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

Histone H4

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

Histone H2A

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

Histone H2B

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

Histone H2B 1.1

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

Swd3

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

Histone-lysine N-methyltransferase, H3 lysine-4 specific

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

Swd1

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

Spp1

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

Bre2

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体