6voy

Cryo-EM structure of HTLV-1 instasome

Method: ELECTRON MICROSCOPY D_max: 165.3 Å Quality: GOOD

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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

DNA-binding protein 7d

Human T-cell leukemia virus type I

当前结构中的状态

Assembly	聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与共同组分	实验方法与环境	结构质量
1	信息不足异源复合物蛋白 × 6 DNA 6 PDB 声明：dodecameric（12）与全部聚合物数一致	链 A； UniProt 569–863 链 B； UniProt 569–863 链 C； UniProt 569–863 链 D； UniProt 569–863	突变：W24A	Serine/threonine-protein phosphatase 2A 56 kDa regulatory subunit gamma isoform × 2 （Q13362） ;DNA (5'-D(PAPCPAPCPAPCPTPTPGPAPCPTPAPGPGPGPTPG)-3') ; × 2 DNA (25-MER) × 2 ;DNA (5'-D(PAPCPAPCPAPCPTPTPGPAPCPTPAPGPGPGPTPG)-3') ; × 2 ZN ZINC ION × 4 MG MAGNESIUM ION × 2	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液：pH 7.5 cryo-EM玻璃化条件：冷冻剂 NITROGEN	分辨率 3.70 Å

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

数据库中没有找到同一 UniProt 蛋白的其他 PDB 条目。

查看构建体与数据证据

UniProt名称	A0A1Y1CAW1_9DELA
Isoform	—
PDB实体	1
链与序列区间	作者链 A； PDB构建体 96–390； UniProt 569–863 作者链 B； PDB构建体 96–390； UniProt 569–863 作者链 C； PDB构建体 96–390； UniProt 569–863 作者链 D； PDB构建体 96–390； UniProt 569–863

DNA-binding protein 7d

Human T-cell leukemia virus type I

UniProt P39476

当前结构中的状态

Assembly	聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与共同组分	实验方法与环境	结构质量
1	信息不足异源复合物蛋白 × 6 DNA 6 PDB 声明：dodecameric（12）与全部聚合物数一致	链 A； UniProt 1–64 链 B； UniProt 1–64 链 C； UniProt 1–64 链 D； UniProt 1–64	突变：W24A	Serine/threonine-protein phosphatase 2A 56 kDa regulatory subunit gamma isoform × 2 （Q13362） ;DNA (5'-D(PAPCPAPCPAPCPTPTPGPAPCPTPAPGPGPGPTPG)-3') ; × 2 DNA (25-MER) × 2 ;DNA (5'-D(PAPCPAPCPAPCPTPTPGPAPCPTPAPGPGPGPTPG)-3') ; × 2 ZN ZINC ION × 4 MG MAGNESIUM ION × 2	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液：pH 7.5 cryo-EM玻璃化条件：冷冻剂 NITROGEN	分辨率 3.70 Å

数据库中的同蛋白其他状态

其他 PDB	相对当前条目 6VOY	Assembly / 聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与非聚合物	实验方法与环境	结构质量
1BBX NON-SPECIFIC PROTEIN-DNA INTERACTIONS IN THE SSO7D-DNA COMPLEX, NMR, 1 STRUCTURE 提交 1998-04-24	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–DNA 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：tetrameric	链 C 1–63（63 aa）链 D 1–63（63 aa）	未记录	未记录非水小分子	SOLUTION NMR NMR测量条件 pH 5；323 K；离子强度（mmCIF原始值）60 mM；压力 1 NMR样品组成 H2O:D2O 9:1	分辨率未提供
1C8C CRYSTAL STRUCTURES OF THE CHROMOSOMAL PROTEINS SSO7D/SAC7D BOUND TO DNA CONTAINING T-G MISMATCHED BASE PAIRS 提交 2000-05-04	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–DNA 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：trimeric	链 A 1–64（64 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.5；PROTEIN WAS CRYSTALLIZED FROM 1.3MM SSO7D, 1.3MM DUPLEX DNA, 2.5 MM TRIS (PH 6.5), 2.5% PEG 400, EQUILIBRATED AGAINST 15% PEG 400 at pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP	分辨率 1.45 Å R-free 0.287
1JIC SOLUTION NMR STRUCTURE OF RECOMBINANT SSO7D WITH RNASE ACTIVITY, MINIMIZED AVERAGE STRUCTURE 提交 1998-07-20	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 1–62（62 aa）	未记录	未记录非水小分子	SOLUTION NMR NMR测量条件 pH 4.5；300 K NMR样品组成 H2O	分辨率未提供
5B02 Structure of the prenyltransferase MoeN5 with a fusion protein tag of Sso7d 提交 2015-10-27	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 信息不足同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 1–64（64 aa）链 B 1–64（64 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 8.1；298 K；0.2M Li3-citrate, 0.3M NaCl, 25% PEG 3350	分辨率 2.21 Å R-free 0.218
5B02 Structure of the prenyltransferase MoeN5 with a fusion protein tag of Sso7d 提交 2015-10-27	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 信息不足同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 C 1–64（64 aa）链 D 1–64（64 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 8.1；298 K；0.2M Li3-citrate, 0.3M NaCl, 25% PEG 3350	分辨率 2.21 Å R-free 0.218
5B03 Structure of MoeN5-Sso7d fusion protein in complex with geranyl pyrophosphate 提交 2015-10-27	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 信息不足同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 1–64（64 aa）链 B 1–64（64 aa）	未记录	GPP GERANYL DIPHOSPHATE × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 8.1；298 K；0.2M Li3-citrate, 0.3M NaCl, 25% PEG 3350, 5mM GPP, 0.3M Li3-citrate, 0.4M NaCl, 27% PEG 3350, 5% glycerol	分辨率 2.60 Å R-free 0.239
5B03 Structure of MoeN5-Sso7d fusion protein in complex with geranyl pyrophosphate 提交 2015-10-27	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 信息不足同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 C 1–64（64 aa）链 D 1–64（64 aa）	未记录	GPP GERANYL DIPHOSPHATE × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 8.1；298 K；0.2M Li3-citrate, 0.3M NaCl, 25% PEG 3350, 5mM GPP, 0.3M Li3-citrate, 0.4M NaCl, 27% PEG 3350, 5% glycerol	分辨率 2.60 Å R-free 0.239
5B0I Structure of MoeN5-Sso7d fusion protein in complex with beta-octyl glucoside 提交 2015-10-30	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 信息不足同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 1–64（64 aa）链 B 1–64（64 aa）	未记录	BOG octyl beta-D-glucopyranoside × 3	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 8.1；298 K；0.2M Li3-citrate, 0.3M NaCl, 25% PEG 3350, 5% Glycerol, 1% beta-octyl glucoside	分辨率 2.26 Å R-free 0.229
5B0I Structure of MoeN5-Sso7d fusion protein in complex with beta-octyl glucoside 提交 2015-10-30	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 信息不足同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 C 1–64（64 aa）链 D 1–64（64 aa）	未记录	BOG octyl beta-D-glucopyranoside × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 8.1；298 K；0.2M Li3-citrate, 0.3M NaCl, 25% PEG 3350, 5% Glycerol, 1% beta-octyl glucoside	分辨率 2.26 Å R-free 0.229
5B0J Structure of MoeN5-Sso7d fusion protein in complex with beta-undecyl maltoside 提交 2015-10-30	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 信息不足同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 1–64（64 aa）链 B 1–64（64 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 8.1；298 K；0.2M Li3-citrate, 0.3M NaCl, 25% PEG 3350, 1% undecylmaltoside	分辨率 2.50 Å R-free 0.238
5B0J Structure of MoeN5-Sso7d fusion protein in complex with beta-undecyl maltoside 提交 2015-10-30	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 信息不足同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 C 1–64（64 aa）链 D 1–64（64 aa）	未记录	UMQ UNDECYL-MALTOSIDE × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 8.1；298 K；0.2M Li3-citrate, 0.3M NaCl, 25% PEG 3350, 1% undecylmaltoside	分辨率 2.50 Å R-free 0.238
5B0K Structure of MoeN5-Sso7d fusion protein in complex with beta-decyl maltoside 提交 2015-10-30	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 信息不足同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 1–64（64 aa）链 B 1–64（64 aa）	未记录	DMU DECYL-BETA-D-MALTOPYRANOSIDE × 4	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 8.1；298 K；0.2M Li3-citrate, 0.3M NaCl, 25% PEG 3350, 5% glycerol, 1% beta-decyl-D-maltoside	分辨率 2.75 Å R-free 0.248
5B0K Structure of MoeN5-Sso7d fusion protein in complex with beta-decyl maltoside 提交 2015-10-30	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 信息不足同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 C 1–64（64 aa）链 D 1–64（64 aa）	未记录	DMU DECYL-BETA-D-MALTOPYRANOSIDE × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 8.1；298 K；0.2M Li3-citrate, 0.3M NaCl, 25% PEG 3350, 5% glycerol, 1% beta-decyl-D-maltoside	分辨率 2.75 Å R-free 0.248
5B0L Structure of MoeN5-Sso7d fusion protein in complex with beta-nonyl glucoside 提交 2015-11-02	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 信息不足同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 1–64（64 aa）链 B 1–64（64 aa）	未记录	BNG nonyl beta-D-glucopyranoside × 4	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 8.1；298 K；0.2M Li3-citrate, 0.3M NaCl, 25% PEG 3350, 1% beta-nonyl-D-glucoside	分辨率 2.80 Å R-free 0.232
5B0L Structure of MoeN5-Sso7d fusion protein in complex with beta-nonyl glucoside 提交 2015-11-02	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 信息不足同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 C 1–64（64 aa）链 D 1–64（64 aa）	未记录	BNG nonyl beta-D-glucopyranoside × 4	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 8.1；298 K；0.2M Li3-citrate, 0.3M NaCl, 25% PEG 3350, 1% beta-nonyl-D-glucoside	分辨率 2.80 Å R-free 0.232
5B0L Structure of MoeN5-Sso7d fusion protein in complex with beta-nonyl glucoside 提交 2015-11-02	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 3 信息不足同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 E 1–64（64 aa）链 F 1–64（64 aa）	未记录	BNG nonyl beta-D-glucopyranoside × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 8.1；298 K；0.2M Li3-citrate, 0.3M NaCl, 25% PEG 3350, 1% beta-nonyl-D-glucoside	分辨率 2.80 Å R-free 0.232
5B0L Structure of MoeN5-Sso7d fusion protein in complex with beta-nonyl glucoside 提交 2015-11-02	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 4 信息不足同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 G 1–64（64 aa）链 H 1–64（64 aa）	未记录	BNG nonyl beta-D-glucopyranoside × 3	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 8.1；298 K；0.2M Li3-citrate, 0.3M NaCl, 25% PEG 3350, 1% beta-nonyl-D-glucoside	分辨率 2.80 Å R-free 0.232
5B0M Structure of MoeN5-Sso7d fusion protein in complex with beta-dodecyl maltoside 提交 2015-11-02	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 信息不足同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 1–64（64 aa）链 B 1–64（64 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 8.1；298 K；0.2M Li3-citrate, 0.3M NaCl, 25% PEG 3350, 1% beta-dodecyl-D-maltoside	分辨率 3.05 Å R-free 0.249
5B0M Structure of MoeN5-Sso7d fusion protein in complex with beta-dodecyl maltoside 提交 2015-11-02	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 信息不足同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 C 1–64（64 aa）链 D 1–64（64 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 8.1；298 K；0.2M Li3-citrate, 0.3M NaCl, 25% PEG 3350, 1% beta-dodecyl-D-maltoside	分辨率 3.05 Å R-free 0.249
5B0M Structure of MoeN5-Sso7d fusion protein in complex with beta-dodecyl maltoside 提交 2015-11-02	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 3 信息不足同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 E 1–64（64 aa）链 F 1–64（64 aa）	未记录	LMT DODECYL-BETA-D-MALTOSIDE × 3	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 8.1；298 K；0.2M Li3-citrate, 0.3M NaCl, 25% PEG 3350, 1% beta-dodecyl-D-maltoside	分辨率 3.05 Å R-free 0.249
5B0M Structure of MoeN5-Sso7d fusion protein in complex with beta-dodecyl maltoside 提交 2015-11-02	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 4 信息不足同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 G 1–64（64 aa）链 H 1–64（64 aa）	未记录	LMT DODECYL-BETA-D-MALTOSIDE × 5	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 8.1；298 K；0.2M Li3-citrate, 0.3M NaCl, 25% PEG 3350, 1% beta-dodecyl-D-maltoside	分辨率 3.05 Å R-free 0.249
5GWV Structure of MoeN5-Sso7d fusion protein in complex with a substrate analogue 提交 2016-09-14	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 信息不足同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 1–64（64 aa）链 B 1–64（64 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 8.1；298 K；Protein: 10mg/mL in 10mM DTT, 1mM MgCl2 Reservoir: 0.2M Li3-citrate, 0.3M NaCl, 25% w/v PEG 3350 Cryoprotectant: 5mM substrate analogue in 0.3M Li3-citrate, 0.4M NaCl, 27% w/v PEG 3350, 5% glycerol	分辨率 2.40 Å R-free 0.216
5GWV Structure of MoeN5-Sso7d fusion protein in complex with a substrate analogue 提交 2016-09-14	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 信息不足同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 C 1–64（64 aa）链 D 1–64（64 aa）	未记录	78S (2R)-3-dimethoxyphosphoryloxy-2-[(2Z,6E)-3,7,11-trimethyldodeca-2,6,10-trienoxy]propanoic acid × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 8.1；298 K；Protein: 10mg/mL in 10mM DTT, 1mM MgCl2 Reservoir: 0.2M Li3-citrate, 0.3M NaCl, 25% w/v PEG 3350 Cryoprotectant: 5mM substrate analogue in 0.3M Li3-citrate, 0.4M NaCl, 27% w/v PEG 3350, 5% glycerol	分辨率 2.40 Å R-free 0.216
5GWW Structure of MoeN5-Sso7d fusion protein in complex with a permethylated substrate analogue 提交 2016-09-14	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 信息不足同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 1–64（64 aa）链 B 1–64（64 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 8.1；298 K；protein: 10 mg/mL in 10 mM DTT, 1 mM MgCl2 reservoir: 0.2 M Li3 citrate, 0.3 M NaCl, 25% w/v PEG 3350 cryoprotectant: 5 mM permethylated analogue, 0.3 M Li3 citrate, 0.4 M NaCl, 27% w/v PEG 3350, 5% glycerol	分辨率 2.30 Å R-free 0.221
5GWW Structure of MoeN5-Sso7d fusion protein in complex with a permethylated substrate analogue 提交 2016-09-14	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 信息不足同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 C 1–64（64 aa）链 D 1–64（64 aa）	未记录	7B5 methyl (2R)-3-dimethoxyphosphoryloxy-2-[(2Z,6E)-3,7,11-trimethyldodeca-2,6,10-trienoxy]propanoate × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 8.1；298 K；protein: 10 mg/mL in 10 mM DTT, 1 mM MgCl2 reservoir: 0.2 M Li3 citrate, 0.3 M NaCl, 25% w/v PEG 3350 cryoprotectant: 5 mM permethylated analogue, 0.3 M Li3 citrate, 0.4 M NaCl, 27% w/v PEG 3350, 5% glycerol	分辨率 2.30 Å R-free 0.221
6J8V Structure of MOEN5-SSO7D fusion protein in complex with ligand 2 提交 2019-01-21	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 信息不足同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 1–64（64 aa）链 B 1–64（64 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 8.1；298 K；0.2M LI3-CITRATE, 0.3M NACL, 25% W/V PEG 3350	分辨率 2.23 Å R-free 0.225
6J8V Structure of MOEN5-SSO7D fusion protein in complex with ligand 2 提交 2019-01-21	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 信息不足同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 C 1–64（64 aa）链 D 1–64（64 aa）	未记录	FAR FARNESYL × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 8.1；298 K；0.2M LI3-CITRATE, 0.3M NACL, 25% W/V PEG 3350	分辨率 2.23 Å R-free 0.225
6J8W Structure of MOEN5-SSO7D fusion protein in complex with lig 1 提交 2019-01-21	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 信息不足同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 1–64（64 aa）链 B 1–64（64 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 8.1；298 K；0.2M LI3-CITRATE, 0.3M NACL, 25% W/V PEG 3350	分辨率 2.35 Å R-free 0.225
6J8W Structure of MOEN5-SSO7D fusion protein in complex with lig 1 提交 2019-01-21	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 信息不足同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 C 1–64（64 aa）链 D 1–64（64 aa）	未记录	C0X (2S)-3-dimethoxyphosphoryloxy-2-[(2E,6E)-3,7,11-trimethyldodeca-2,6,10-trienoxy]propanoic acid × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 8.1；298 K；0.2M LI3-CITRATE, 0.3M NACL, 25% W/V PEG 3350	分辨率 2.35 Å R-free 0.225
6PUT Structure of HIV cleaved synaptic complex (CSC) intasome bound with calcium 提交 2019-07-18	突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 信息不足同源多聚体；蛋白 × 8 PDB 声明：dodecameric	链 A 1–64（64 aa）链 B 1–64（64 aa）链 C 1–64（64 aa）链 D 1–64（64 aa）	未记录	CA CALCIUM ION × 4 ZN ZINC ION × 4	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 6.2 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 2.90 Å R-free 0.536
6PUT Structure of HIV cleaved synaptic complex (CSC) intasome bound with calcium 提交 2019-07-18	突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 信息不足同源多聚体；蛋白 × 4 PDB 声明：hexameric	链 A 1–64（64 aa）链 B 1–64（64 aa）链 C 1–64（64 aa）链 D 1–64（64 aa）	未记录	CA CALCIUM ION × 2 ZN ZINC ION × 2	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 6.2 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 2.90 Å R-free 0.536
6PUT Structure of HIV cleaved synaptic complex (CSC) intasome bound with calcium 提交 2019-07-18	突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 3 信息不足同源多聚体；蛋白 × 4 PDB 声明：hexameric	链 A 1–64（64 aa）链 B 1–64（64 aa）链 C 1–64（64 aa）链 D 1–64（64 aa）	未记录	CA CALCIUM ION × 2 ZN ZINC ION × 2	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 6.2 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 2.90 Å R-free 0.536
6PUW Structure of HIV cleaved synaptic complex (CSC) intasome bound with magnesium and Bictegravir (BIC) 提交 2019-07-18	突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 信息不足同源多聚体；蛋白 × 8 PDB 声明：dodecameric	链 A 1–64（64 aa）链 B 1–64（64 aa）链 C 1–64（64 aa）链 D 1–64（64 aa）	未记录	MG MAGNESIUM ION × 4 ZN ZINC ION × 4 KLQ Bictegravir × 2	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 6.2 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 2.90 Å R-free 0.534
6PUW Structure of HIV cleaved synaptic complex (CSC) intasome bound with magnesium and Bictegravir (BIC) 提交 2019-07-18	突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 信息不足同源多聚体；蛋白 × 4 PDB 声明：hexameric	链 A 1–64（64 aa）链 B 1–64（64 aa）链 C 1–64（64 aa）链 D 1–64（64 aa）	未记录	MG MAGNESIUM ION × 2 ZN ZINC ION × 2 KLQ Bictegravir × 1	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 6.2 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 2.90 Å R-free 0.534
6PUW Structure of HIV cleaved synaptic complex (CSC) intasome bound with magnesium and Bictegravir (BIC) 提交 2019-07-18	突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 3 信息不足同源多聚体；蛋白 × 4 PDB 声明：hexameric	链 A 1–64（64 aa）链 B 1–64（64 aa）链 C 1–64（64 aa）链 D 1–64（64 aa）	未记录	MG MAGNESIUM ION × 2 ZN ZINC ION × 2 KLQ Bictegravir × 1	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 6.2 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 2.90 Å R-free 0.534
6PUY Structure of HIV cleaved synaptic complex (CSC) intasome bound with magnesium and INSTI XZ426 (compound 4d) 提交 2019-07-18	突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 信息不足同源多聚体；蛋白 × 8 PDB 声明：dodecameric	链 A 1–64（64 aa）链 B 1–64（64 aa）链 C 1–64（64 aa）链 D 1–64（64 aa）	未记录	MG MAGNESIUM ION × 4 ZN ZINC ION × 4 OZ1 4-amino-N-[(2,4-difluorophenyl)methyl]-1-hydroxy-6-(6-hydroxyhexyl)-2-oxo-1,2-dihydro-1,8-naphthyridine-3-carboxamide × 2	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 6.2 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 2.80 Å R-free 0.516
6PUY Structure of HIV cleaved synaptic complex (CSC) intasome bound with magnesium and INSTI XZ426 (compound 4d) 提交 2019-07-18	突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 信息不足同源多聚体；蛋白 × 4 PDB 声明：hexameric	链 A 1–64（64 aa）链 B 1–64（64 aa）链 C 1–64（64 aa）链 D 1–64（64 aa）	未记录	MG MAGNESIUM ION × 2 ZN ZINC ION × 2 OZ1 4-amino-N-[(2,4-difluorophenyl)methyl]-1-hydroxy-6-(6-hydroxyhexyl)-2-oxo-1,2-dihydro-1,8-naphthyridine-3-carboxamide × 1	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 6.2 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 2.80 Å R-free 0.516
6PUY Structure of HIV cleaved synaptic complex (CSC) intasome bound with magnesium and INSTI XZ426 (compound 4d) 提交 2019-07-18	突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 3 信息不足同源多聚体；蛋白 × 4 PDB 声明：hexameric	链 A 1–64（64 aa）链 B 1–64（64 aa）链 C 1–64（64 aa）链 D 1–64（64 aa）	未记录	MG MAGNESIUM ION × 2 ZN ZINC ION × 2 OZ1 4-amino-N-[(2,4-difluorophenyl)methyl]-1-hydroxy-6-(6-hydroxyhexyl)-2-oxo-1,2-dihydro-1,8-naphthyridine-3-carboxamide × 1	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 6.2 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 2.80 Å R-free 0.516
6PUZ Structure of HIV cleaved synaptic complex (CSC) intasome bound with magnesium and INSTI XZ446 (compound 4f) 提交 2019-07-18	突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 信息不足同源多聚体；蛋白 × 8 PDB 声明：dodecameric	链 A 1–64（64 aa）链 B 1–64（64 aa）链 C 1–64（64 aa）链 D 1–64（64 aa）	未记录	MG MAGNESIUM ION × 4 ZN ZINC ION × 4 XXJ 4-azanyl-N-[[2,4-bis(fluoranyl)phenyl]methyl]-1-oxidanyl-2-oxidanylidene-6-[2-(phenylsulfonyl)ethyl]-1,8-naphthyridine-3-carboxamide × 2	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 6.2 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 2.80 Å R-free 0.535
6PUZ Structure of HIV cleaved synaptic complex (CSC) intasome bound with magnesium and INSTI XZ446 (compound 4f) 提交 2019-07-18	突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 信息不足同源多聚体；蛋白 × 4 PDB 声明：hexameric	链 A 1–64（64 aa）链 B 1–64（64 aa）链 C 1–64（64 aa）链 D 1–64（64 aa）	未记录	MG MAGNESIUM ION × 2 ZN ZINC ION × 2 XXJ 4-azanyl-N-[[2,4-bis(fluoranyl)phenyl]methyl]-1-oxidanyl-2-oxidanylidene-6-[2-(phenylsulfonyl)ethyl]-1,8-naphthyridine-3-carboxamide × 1	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 6.2 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 2.80 Å R-free 0.535
6PUZ Structure of HIV cleaved synaptic complex (CSC) intasome bound with magnesium and INSTI XZ446 (compound 4f) 提交 2019-07-18	突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 3 信息不足同源多聚体；蛋白 × 4 PDB 声明：hexameric	链 A 1–64（64 aa）链 B 1–64（64 aa）链 C 1–64（64 aa）链 D 1–64（64 aa）	未记录	MG MAGNESIUM ION × 2 ZN ZINC ION × 2 XXJ 4-azanyl-N-[[2,4-bis(fluoranyl)phenyl]methyl]-1-oxidanyl-2-oxidanylidene-6-[2-(phenylsulfonyl)ethyl]-1,8-naphthyridine-3-carboxamide × 1	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 6.2 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 2.80 Å R-free 0.535
6V3K Structure of HIV cleaved synaptic complex (CSC) intasome bound with magnesium and INSTI XZ419 (compound 4c) 提交 2019-11-25	突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 信息不足同源多聚体；蛋白 × 8 PDB 声明：dodecameric	链 A 1–64（64 aa）链 B 1–64（64 aa）链 C 1–64（64 aa）链 D 1–64（64 aa）	未记录	MG MAGNESIUM ION × 4 ZN ZINC ION × 4 QUW 4-azanyl-N-[[2,4-bis(fluoranyl)phenyl]methyl]-1-oxidanyl-2-oxidanylidene-6-(5-oxidanylpentyl)-1,8-naphthyridine-3-carboxamide × 2	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 6.2 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.40 Å R-free 0.555
6V3K Structure of HIV cleaved synaptic complex (CSC) intasome bound with magnesium and INSTI XZ419 (compound 4c) 提交 2019-11-25	突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 信息不足同源多聚体；蛋白 × 4 PDB 声明：hexameric	链 A 1–64（64 aa）链 B 1–64（64 aa）链 C 1–64（64 aa）链 D 1–64（64 aa）	未记录	MG MAGNESIUM ION × 2 ZN ZINC ION × 2 QUW 4-azanyl-N-[[2,4-bis(fluoranyl)phenyl]methyl]-1-oxidanyl-2-oxidanylidene-6-(5-oxidanylpentyl)-1,8-naphthyridine-3-carboxamide × 1	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 6.2 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.40 Å R-free 0.555
6V3K Structure of HIV cleaved synaptic complex (CSC) intasome bound with magnesium and INSTI XZ419 (compound 4c) 提交 2019-11-25	突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 3 信息不足同源多聚体；蛋白 × 4 PDB 声明：hexameric	链 A 1–64（64 aa）链 B 1–64（64 aa）链 C 1–64（64 aa）链 D 1–64（64 aa）	未记录	MG MAGNESIUM ION × 2 ZN ZINC ION × 2 QUW 4-azanyl-N-[[2,4-bis(fluoranyl)phenyl]methyl]-1-oxidanyl-2-oxidanylidene-6-(5-oxidanylpentyl)-1,8-naphthyridine-3-carboxamide × 1	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 6.2 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.40 Å R-free 0.555

共 19 个其他 PDB 条目、44 个 assembly。打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	DN7D_SACS2
Isoform	—
PDB实体	1
链与序列区间	作者链 A； PDB构建体 21–84； UniProt 1–64 作者链 B； PDB构建体 21–84； UniProt 1–64 作者链 C； PDB构建体 21–84； UniProt 1–64 作者链 D； PDB构建体 21–84； UniProt 1–64

Serine/threonine-protein phosphatase 2A 56 kDa regulatory subunit gamma isoform

Homo sapiens

UniProt Q13362

当前结构中的状态

Assembly	聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与共同组分	实验方法与环境	结构质量
1	信息不足异源复合物蛋白 × 6 DNA 6 PDB 声明：dodecameric（12）与全部聚合物数一致	链 E； UniProt 30–372 链 F； UniProt 30–372	未记录	DNA-binding protein 7d × 4 （P39476,A0A1Y1CAW1） ;DNA (5'-D(PAPCPAPCPAPCPTPTPGPAPCPTPAPGPGPGPTPG)-3') ; × 2 DNA (25-MER) × 2 ;DNA (5'-D(PAPCPAPCPAPCPTPTPGPAPCPTPAPGPGPGPTPG)-3') ; × 2 ZN ZINC ION × 4 MG MAGNESIUM ION × 2	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液：pH 7.5 cryo-EM玻璃化条件：冷冻剂 NITROGEN	分辨率 3.70 Å

数据库中的同蛋白其他状态

其他 PDB	相对当前条目 6VOY	Assembly / 聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与非聚合物	实验方法与环境	结构质量
2IAE Crystal structure of a protein phosphatase 2A (PP2A) holoenzyme. 提交 2006-09-07	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 B 30–436（407 aa）片段：B56gamma1 subunit, residues 30-436	未记录	MN MANGANESE (II) ION × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7；298 K；0.1M MES, pH 7.0, 50mM NaCl, 1.4M ammonium sulfate, 0.2M LiCl, 2% 1,6-diaminohexane, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K	分辨率 3.50 Å R-free 0.316
2IAE Crystal structure of a protein phosphatase 2A (PP2A) holoenzyme. 提交 2006-09-07	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 E 30–436（407 aa）片段：B56gamma1 subunit, residues 30-436	未记录	MN MANGANESE (II) ION × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7；298 K；0.1M MES, pH 7.0, 50mM NaCl, 1.4M ammonium sulfate, 0.2M LiCl, 2% 1,6-diaminohexane, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K	分辨率 3.50 Å R-free 0.316
2JAK Human PP2A regulatory subunit B56g 提交 2006-11-29	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 11–380（370 aa）片段：RESIDUES 11-380	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 29% MPD 0.1M TRIS, PH 8.0 20MM L-PROLINE	分辨率 2.60 Å R-free 0.260
2NPP Structure of the Protein Phosphatase 2A Holoenzyme 提交 2006-10-28	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 E 1–439（439 aa）	未记录	MN MANGANESE (II) ION × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8.5；277.5 K；15% PEG 8000, 0.1 M Tris-Cl pH 8.5, and 0.2 M magnesium sulfate, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 277.5K	分辨率 3.30 Å R-free 0.299
2NPP Structure of the Protein Phosphatase 2A Holoenzyme 提交 2006-10-28	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 B 1–439（439 aa）	未记录	MN MANGANESE (II) ION × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8.5；277.5 K；15% PEG 8000, 0.1 M Tris-Cl pH 8.5, and 0.2 M magnesium sulfate, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 277.5K	分辨率 3.30 Å R-free 0.299
2NYL Crystal structure of Protein Phosphatase 2A (PP2A) holoenzyme with the catalytic subunit carboxyl terminus truncated 提交 2006-11-20	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 B 38–425（388 aa）	非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）	MN MANGANESE (II) ION × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8.5；277 K；10-15% PEG8000, 0.1 M Tris-Cl, 0.2 M magnesium sulfate, pH 8.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 277K	分辨率 3.80 Å R-free 0.335
2NYL Crystal structure of Protein Phosphatase 2A (PP2A) holoenzyme with the catalytic subunit carboxyl terminus truncated 提交 2006-11-20	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 E 38–425（388 aa）	非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）	MN MANGANESE (II) ION × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8.5；277 K；10-15% PEG8000, 0.1 M Tris-Cl, 0.2 M magnesium sulfate, pH 8.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 277K	分辨率 3.80 Å R-free 0.335
2NYM Crystal Structure of Protein Phosphatase 2A (PP2A) with C-terminus truncated catalytic subunit 提交 2006-11-21	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 B 38–425（388 aa）	非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）	MN MANGANESE (II) ION × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8.5；277 K；10-15% PEG8000, 0.1 M Tris-Cl, 0.2 M magnesium sulfate, pH 8.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 277K	分辨率 3.60 Å R-free 0.331
2NYM Crystal Structure of Protein Phosphatase 2A (PP2A) with C-terminus truncated catalytic subunit 提交 2006-11-21	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 E 38–425（388 aa）	非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）	MN MANGANESE (II) ION × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8.5；277 K；10-15% PEG8000, 0.1 M Tris-Cl, 0.2 M magnesium sulfate, pH 8.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 277K	分辨率 3.60 Å R-free 0.331
3FGA Structural Basis of PP2A and Sgo interaction 提交 2008-12-05	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 5 PDB 声明：pentameric	链 B 34–436（403 aa）片段：sequence database residues 34-436	未记录	MN MANGANESE (II) ION × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 EVAPORATION；pH 7；295 K；0.2 M SCTD, 20% w/v Polyethylene glycol 3,350, pH 7, EVAPORATION, temperature 295K	分辨率 2.70 Å R-free 0.277
5JJA Crystal structure of a PP2A B56gamma/BubR1 complex 提交 2016-04-22	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 30–380（351 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；277 K；0.1 M HEPES pH 7.5 and 20% PEG 3350	分辨率 2.35 Å R-free 0.204
5JJA Crystal structure of a PP2A B56gamma/BubR1 complex 提交 2016-04-22	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 B 30–380（351 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；277 K；0.1 M HEPES pH 7.5 and 20% PEG 3350	分辨率 2.35 Å R-free 0.204
5K6S The structure of the PP2A B56 subunit BubR1 complex 提交 2016-05-25	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 62–411（350 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.75；298 K；8% PEG 6K, 0.8 M HEPES, 0.8 M LiCl	分辨率 2.79 Å R-free 0.227
5SW9 The structure of the PP2A B56 subunit RepoMan complex 提交 2016-08-08	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 62–411（350 aa）片段：UNP residues 62-411	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.75；298 K；8% PEG 8K, 0.8 M HEPES, 0.8 M LiCl	分辨率 2.85 Å R-free 0.227
5SWF The structure of the PP2A B56 subunit double phosphorylated BubR1 complex 提交 2016-08-08	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 62–411（350 aa）片段：UNP residues 62-411	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.75；298 K；8% PEG 8k, 0.8 M HEPES, 0.8 M LiCl	分辨率 2.82 Å R-free 0.231
6OYL The structure of the PP2A B56 subunit KIF4A complex 提交 2019-05-14	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 62–411（350 aa）片段：UNP residues 62-411	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7.75；298 K；0.1 M HEPES, pH 7.75, 0.8 M lithium chloride, 8% PEG8000	分辨率 3.15 Å R-free 0.231
6TOQ Crystal structure of a PP2A B56y/HTLV-1 integrase complex 提交 2019-12-11	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 AAA 11–380（370 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.2；293.15 K；0.1 M Na/KPO4 pH 6.2, 20-% 1,2-propanediol, 10% glycerol	分辨率 3.16 Å R-free 0.294
6VRO The structure of the PP2A B56 subunit AIM1 complex 提交 2020-02-08	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 62–411（350 aa）片段：UNP residues 62-411	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；289 K；0.1 M Tris, pH 8.0, 9% PEG8000, 0.9 M lithium chloride	分辨率 2.45 Å R-free 0.235
7OUF Structure of the STLV intasome:B56 complex bound to the strand-transfer inhibitor XZ450 提交 2021-06-11	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 信息不足异源复合物；蛋白 × 6 PDB 声明：decameric	链 C 11–380（370 aa）链 F 11–380（370 aa）	未记录	ZN ZINC ION × 4 MG MAGNESIUM ION × 4 1L0 4-azanyl-~{N}-[[2,4-bis(fluoranyl)phenyl]methyl]-6-[3-(dimethylamino)-3-oxidanylidene-propyl]-1-oxidanyl-2-oxidanylidene-1,8-naphthyridine-3-carboxamide × 2	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 6 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.00 Å
7OUG STLV-1 intasome:B56 in complex with the strand-transfer inhibitor raltegravir 提交 2021-06-11	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 信息不足异源复合物；蛋白 × 6 PDB 声明：decameric	链 C 11–380（370 aa）链 F 11–380（370 aa）	未记录	ZN ZINC ION × 4 MG MAGNESIUM ION × 4 RLT N-(4-fluorobenzyl)-5-hydroxy-1-methyl-2-(1-methyl-1-{[(5-methyl-1,3,4-oxadiazol-2-yl)carbonyl]amino}ethyl)-6-oxo-1,6-di hydropyrimidine-4-carboxamide × 2	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 6 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.10 Å
7PEL CryoEM structure of simian T-cell lymphotropic virus intasome in complex with PP2A regulatory subunit B56 gamma 提交 2021-08-10	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 信息不足异源复合物；蛋白 × 6 PDB 声明：decameric	链 C 11–380（370 aa）链 F 11–380（370 aa）	未记录	ZN ZINC ION × 4	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 6 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.34 Å
7SOY The structure of the PP2A-B56gamma1 holoenzyme-PME-1 complex 提交 2021-11-01	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 B 1–449（449 aa）	未记录	未记录非水小分子	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 8 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.40 Å
9GNJ Crystal structure of a PP2A B56gamma double phosphorylated BRCA2 complex 提交 2024-09-03	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 30–380（351 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；293 K；18% de PEG3350, 100mM Bis-Tris propane, 200 mM de Sodium Citrate	分辨率 2.85 Å R-free 0.229
9MF5 CryoEM structure of the Protein Phosphatase 2A (Abeta-B56gamma-Calpha) holoenzyme complex 提交 2024-12-09	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 B 1–524（524 aa）	未记录	MN MANGANESE (II) ION × 2	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.4 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.20 Å
9MIP CryoEM structure of the Protein Phasphatase 2A (Aalpha-B56gamma-Calpha) holoenzyme complex 提交 2024-12-13	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 B 1–524（524 aa）	未记录	MN MANGANESE (II) ION × 2	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.4 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.40 Å

共 20 个其他 PDB 条目、25 个 assembly。打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	2A5G_HUMAN
Isoform	—
PDB实体	2
链与序列区间	作者链 E； PDB构建体 1–343； UniProt 30–372 作者链 F； PDB构建体 1–343； UniProt 30–372

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

下载 Download SAXS (.dat) P(r) (.pr.out) CIF

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	6voy
沉积日期 deposition_date	2020-02-01
结构标题 title	Cryo-EM structure of HTLV-1 instasome
关键词 keywords	Integrase, Intasome, DNA BINDING PROTEIN-DNA complex; DNA BINDING PROTEIN/DNA
实验方法 method	ELECTRON MICROSCOPY

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3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	48.76 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	49.35 Å
零角强度 I(0) i0	1172770000.00
分子量 molecular_weight	252150.0 kDa
排除体积 excluded_volume	301940 Å³
包络体积 envelope_volume	480700 Å³
水化壳体积 shell_volume	82412 Å³
包络直径 envelope_diameter	165.1 Å
壳层 Rg shell_rg	51.44 Å
包络 Rg envelope_rg	49.00 Å
形状 Rg shape_rg	49.34 Å
总 Rg total_rg	49.46 Å
总原子数 total_atoms	17556
残基数 n_residues	1904
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

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4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	165.3 Å
Rg (实空间) rg_real	48.78 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	1.40 Å
I(0) (实空间) i0_real	1.1730e+09
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	1.9300e+07
Rg (倒空间) rg_reciprocal	48.76 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	1173000000.0000
解质量估计 total_estimate	0.8764
解质量评级 solution_quality	GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks	1
主峰位置 r_peak_primary	51.6 Å
偏度 Skewness skewness	0.348
峰度 Kurtosis kurtosis	-0.397
角度范围 angular_range	— – 0.1600 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha	99210000.0000
实空间数据点数 n_real_points	33
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.841; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 1.000; Smooth: 0.868

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5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

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6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (7)

实体 1 Entity 1 polymer

描述 description	DNA-binding protein 7d
分子量 formula_weight	43652.7 kDa
突变 mutation	W24A
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	4

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A,B,C,D
原子数 atom_count	17556

MGSSHHHHHHSSGLVPRGSHMATVKFKYKGEEKEVDISKIKKVARVGKMISFTYDEGGGKTGEGAVSEKDAPKELLQMLEKQKKGGSLEVLFQGPSPAELHSFTHCGQTALTLQGATTTEASNILRSCHACRKNNPQHQMPRGHIRRGLLPNHIWQGDITHFKYKNTLYRLHVWVDTFSGAISATQKRKETSSEAISSLLQAIAYLGKPSYINTDNGPAYISQDFLNMCTSLAIRHTTHVPYNPTSSGLVQRSNGILKTLLYKYFTDKPDLPMDNALSIALWTINHLNVLTNCHKTRWQLHHSPRLQPIPETRSLSNKQTHWYYFKLPGLNSRQWKGPQEALQEAAGAALIPVSASSAQWIPWRLLKRAACPRPVGGPADPKEKDHQHHG

来源 Source

来源生物 organism	Human T-cell leukemia virus type I
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	11908
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

实体 2 Entity 2 polymer

描述 description	Serine/threonine-protein phosphatase 2A 56 kDa regulatory subunit gamma isoform
分子量 formula_weight	40357.8 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	2

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	E,F

IRDVPPADQEKLFIQKLRQCCVLFDFVSDPLSDLKWKEVKRAALSEMVEYITHNRNVITEPIYPEVVHMFAVNMFRTLPPSSNPTGAEFDPEEDEPTLEAAWPHLQLVYEFFLRFLESPDFQPNIAKKYIDQKFVLQLLELFDSEDPRERDFLKTTLHRIYGKFLGLRAYIRKQINNIFYRFIYETEHHNGIAELLEILGSIINGFALPLKEEHKIFLLKVLLPLHKVKSLSVYHPQLAYCVVQFLEKDSTLTEPVVMALLKYWPKTHSPKEVMFLNELEEILDVIEPSEFVKIMEPLFRQLAKCVSSPHFQVAERALYYWNNEYIMSLISDNAAKILPIMFP

来源 Source

来源生物 organism	Homo sapiens
通用名 common_name	Human
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9606
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

实体 3 Entity 3 polymer

描述 description	;DNA (5'-D(PAPCPAPCPAPCPTPTPGPAPCPTPAPGPGPGPTPG)-3') ;
分子量 formula_weight	15074.7 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	2

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polydeoxyribonucleotide
链编号 strand_id	I,L

CCAGGAGAGAAATTTAGTACACAGATATCCACCCTAGTCAAGTGTGTCC

实体 4 Entity 4 polymer

描述 description	DNA (25-MER)
分子量 formula_weight	7614.9 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	2

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polydeoxyribonucleotide
链编号 strand_id	J,M

ACTGTGTACTAAATTTCTCTCCTGG

实体 5 Entity 5 polymer

描述 description	;DNA (5'-D(PAPCPAPCPAPCPTPTPGPAPCPTPAPGPGPGPTPG)-3') ;
分子量 formula_weight	6199.0 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	2

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polydeoxyribonucleotide
链编号 strand_id	K,N

GGACACACTTGACTAGGGTG

实体 6 Entity 6 non-polymer

描述 description	ZINC ION
分子量 formula_weight	65.4 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	4

实体 7 Entity 7 non-polymer

描述 description	MAGNESIUM ION
分子量 formula_weight	24.3 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	2

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7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 2 domains

CATH v4.4 (2 domains)

结构域编号 domain_id	6voyE00
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	25 — Alpha Horseshoe
拓扑 Topology topology	10 — Leucine-rich Repeat Variant
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Leucine-rich Repeat Variant

结构域编号 domain_id	6voyF00
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	25 — Alpha Horseshoe
拓扑 Topology topology	10 — Leucine-rich Repeat Variant
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Leucine-rich Repeat Variant

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8. 引用文献 (1)

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晶胞边长 a length_a	1.000 Å
晶胞边长 b length_b	1.000 Å
晶胞边长 c length_c	1.000 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	—

空间群 space_group	P 1
空间群编号 int_tables_number	1
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	3.70 Å
分辨率测定方法 resolution_method	—
颗粒数 num_particles	30434

fit	/app/data/saxs_computation/vo/6voy/6voy.fit
pddf	/app/data/pr_computation/vo/6voy/6voy.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/vo/6voy/6voy.dat

Cryo-EM structure of HTLV-1 instasome

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

DNA-binding protein 7d

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

DNA-binding protein 7d

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

Serine/threonine-protein phosphatase 2A 56 kDa regulatory subunit gamma isoform

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

冷冻电镜 EM 3D

6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (7)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 3 Entity 3 polymer

聚合物 Polymer

实体 4 Entity 4 polymer

聚合物 Polymer

实体 5 Entity 5 polymer

聚合物 Polymer

实体 6 Entity 6 non-polymer

实体 7 Entity 7 non-polymer

7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 2 domains

CATH v4.4 (2 domains)

8. 引用文献 (1)

9. 文件与曲线 (10)

Files (7)

Curves (3)