6wpk

SARM1 Autoinhibited Conformation

Method: ELECTRON MICROSCOPY Dmax: 204.1 Å Quality: GOOD

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

NAD(+) hydrolase SARM1

Homo sapiens

UniProt Q6SZW1

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 蛋白同源多聚体 同源多聚体 蛋白 × 8 PDB 声明:octameric(8) 与蛋白拷贝数一致 链 A; UniProt 49–724 链 B; UniProt 49–724 链 C; UniProt 49–724 链 D; UniProt 49–724 链 E; UniProt 49–724 链 F; UniProt 49–724 链 G; UniProt 49–724 链 H; UniProt 49–724 未记录 无其他共同聚合物 ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液:pH 7.4 cryo-EM玻璃化条件:冷冻剂 ETHANE 分辨率 3.30 Å

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly, “相对当前条目”直接指出证据层面的不同;没有差异标签表示当前已读取字段一致。

共 54 个其他 PDB 条目、68 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 SARM1_HUMAN
Isoform
PDB实体 1
链与序列区间 作者链 A; PDB构建体 2–677; UniProt 49–724 作者链 B; PDB构建体 2–677; UniProt 49–724 作者链 C; PDB构建体 2–677; UniProt 49–724 作者链 D; PDB构建体 2–677; UniProt 49–724 作者链 E; PDB构建体 2–677; UniProt 49–724 作者链 F; PDB构建体 2–677; UniProt 49–724 作者链 G; PDB构建体 2–677; UniProt 49–724 作者链 H; PDB构建体 2–677; UniProt 49–724

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。 链映射与序列区间收在“数据证据”中;数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护,因此不在读者页面展示。

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

SAXS profile for 6wpk

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

P(r) distribution for 6wpk
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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id6wpk
沉积日期 deposition_date2020-04-27
结构标题 titleSARM1 Autoinhibited Conformation
关键词 keywordsNADase, ARM, SAM, TIR, HYDROLASE; HYDROLASE
实验方法 methodELECTRON MICROSCOPY

3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier63.84
回转半径 Rg (电子) rg_electron63.80
零角强度 I(0) i03152450000.00
分子量 molecular_weight472230.0 kDa
排除体积 excluded_volume591270 ų
包络体积 envelope_volume988290 ų
水化壳体积 shell_volume122540 ų
包络直径 envelope_diameter193.6
壳层 Rg shell_rg69.87
包络 Rg envelope_rg62.49
形状 Rg shape_rg63.83
总 Rg total_rg63.82
总原子数 total_atoms33229
残基数 n_residues4376
球谐函数阶数 n_harmonics20
q 范围 q_range— – 0.5000 −1
数据点数 n_points101
壳层类型 shell_typedirectional
溶剂电子密度 solvent_density0.3340 e/ų
壳层衬度 contrast_shell0.0300 e/ų
CRYSOL 版本 crysol_version4.1.3

4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax204.1
Rg (实空间) rg_real63.67
Rg 误差 (实空间) rg_real_error1.51
I(0) (实空间) i0_real3.1530e+09
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error6.0260e+07
Rg (倒空间) rg_reciprocal63.93
I(0) (倒空间) i0_reciprocal3154000000.0000
解质量估计 total_estimate0.8628
解质量评级 solution_quality GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks3
主峰位置 r_peak_primary65.3
偏度 Skewness skewness0.133
峰度 Kurtosis kurtosis-0.767
角度范围 angular_range— – 0.1250 −1
当前正则化参数 α current_alpha0.0003
最高正则化参数 α highest_alpha668500000.0000
实空间数据点数 n_real_points26
GNOM 版本 gnom_version4.1.3
质量判据 quality_criteria AN1: 0.000; Oscil: 0.937; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.992; Smooth: 0.409

5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (1)

7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 16 domains

CATH v4.4 (16 domains)

结构域编号 domain_id6wpkA01
类 Class class1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture10 — Orthogonal Bundle
拓扑 Topology topology150 — DNA polymerase; domain 1
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily50 — Transcription Factor, Ets-1
结构域编号 domain_id6wpkA02
类 Class class1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture10 — Orthogonal Bundle
拓扑 Topology topology150 — DNA polymerase; domain 1
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily50 — Transcription Factor, Ets-1
结构域编号 domain_id6wpkB01
类 Class class1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture10 — Orthogonal Bundle
拓扑 Topology topology150 — DNA polymerase; domain 1
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily50 — Transcription Factor, Ets-1
结构域编号 domain_id6wpkB02
类 Class class1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture10 — Orthogonal Bundle
拓扑 Topology topology150 — DNA polymerase; domain 1
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily50 — Transcription Factor, Ets-1
结构域编号 domain_id6wpkC01
类 Class class1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture10 — Orthogonal Bundle
拓扑 Topology topology150 — DNA polymerase; domain 1
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily50 — Transcription Factor, Ets-1
结构域编号 domain_id6wpkC02
类 Class class1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture10 — Orthogonal Bundle
拓扑 Topology topology150 — DNA polymerase; domain 1
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily50 — Transcription Factor, Ets-1
结构域编号 domain_id6wpkD01
类 Class class1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture10 — Orthogonal Bundle
拓扑 Topology topology150 — DNA polymerase; domain 1
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily50 — Transcription Factor, Ets-1
结构域编号 domain_id6wpkD02
类 Class class1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture10 — Orthogonal Bundle
拓扑 Topology topology150 — DNA polymerase; domain 1
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily50 — Transcription Factor, Ets-1
结构域编号 domain_id6wpkE01
类 Class class1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture10 — Orthogonal Bundle
拓扑 Topology topology150 — DNA polymerase; domain 1
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily50 — Transcription Factor, Ets-1
结构域编号 domain_id6wpkE02
类 Class class1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture10 — Orthogonal Bundle
拓扑 Topology topology150 — DNA polymerase; domain 1
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily50 — Transcription Factor, Ets-1
结构域编号 domain_id6wpkF01
类 Class class1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture10 — Orthogonal Bundle
拓扑 Topology topology150 — DNA polymerase; domain 1
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily50 — Transcription Factor, Ets-1
结构域编号 domain_id6wpkF02
类 Class class1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture10 — Orthogonal Bundle
拓扑 Topology topology150 — DNA polymerase; domain 1
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily50 — Transcription Factor, Ets-1
结构域编号 domain_id6wpkG01
类 Class class1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture10 — Orthogonal Bundle
拓扑 Topology topology150 — DNA polymerase; domain 1
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily50 — Transcription Factor, Ets-1
结构域编号 domain_id6wpkG02
类 Class class1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture10 — Orthogonal Bundle
拓扑 Topology topology150 — DNA polymerase; domain 1
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily50 — Transcription Factor, Ets-1
结构域编号 domain_id6wpkH01
类 Class class1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture10 — Orthogonal Bundle
拓扑 Topology topology150 — DNA polymerase; domain 1
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily50 — Transcription Factor, Ets-1
结构域编号 domain_id6wpkH02
类 Class class1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture10 — Orthogonal Bundle
拓扑 Topology topology150 — DNA polymerase; domain 1
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily50 — Transcription Factor, Ets-1

8. 引用文献 (1)

9. 文件与曲线 (10)