NAD(+) hydrolase SARM1
Homo sapiens
当前结构中的状态
| Assembly | 聚集状态 | 构建体 | 突变与修饰 | 配体、离子与共同组分 | 实验方法与环境 | 结构质量 |
|---|---|---|---|---|---|---|
| 1 | 蛋白同源多聚体 同源多聚体 蛋白 × 8 PDB 声明:octameric(8) 与蛋白拷贝数一致 | 链 A; UniProt 49–724 链 B; UniProt 49–724 链 C; UniProt 49–724 链 D; UniProt 49–724 链 E; UniProt 49–724 链 F; UniProt 49–724 链 G; UniProt 49–724 链 H; UniProt 49–724 | 未记录 | 无其他共同聚合物 | ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液:pH 7.4 cryo-EM玻璃化条件:冷冻剂 ETHANE | 分辨率 3.30 Å |
数据库中的同蛋白其他状态
以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly, “相对当前条目”直接指出证据层面的不同;没有差异标签表示当前已读取字段一致。
| 其他 PDB | 相对当前条目 6WPK | Assembly / 聚集状态 | 构建体 | 突变与修饰 | 配体、离子与非聚合物 | 实验方法与环境 | 结构质量 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 10RA Human SARM1 TIR domain bound to compound 6 提交 2026-02-02 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体;蛋白 × 2 PDB 声明:dimeric |
链 A
560–700(141 aa)
片段:TIR domain
|
未记录 | A1C9A 1-[(2R,3R,4S,5R)-5-({[(S)-{[(R)-{[(2R,3S,4R,5R)-5-(6-amino-9H-purin-9-yl)-3,4-dihydroxyoxolan-2-yl]methoxy}(hydroxy)phosphoryl]oxy}(hydroxy)phosphoryl]oxy}methyl)-3,4-dihydroxyoxolan-2-yl]-4-[(4S,6P)-6-(5-fluoro-1H-indol-2-yl)imidazo[1,2-a]pyrazin-2-yl]pyridin-1-ium (non-preferred name) × 2 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP;pH 7.5;293 K;0.1 M Bis-Tris propane pH 7.5, 0.2 M potassium thiocyanate, 12% (w/v) PEG3350
|
分辨率 1.79 Å R-free 0.239 |
| 10RA Human SARM1 TIR domain bound to compound 6 提交 2026-02-02 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 2 蛋白同源多聚体 同源多聚体;蛋白 × 2 PDB 声明:dimeric |
链 B
560–700(141 aa)
片段:TIR domain
|
未记录 | A1C9A 1-[(2R,3R,4S,5R)-5-({[(S)-{[(R)-{[(2R,3S,4R,5R)-5-(6-amino-9H-purin-9-yl)-3,4-dihydroxyoxolan-2-yl]methoxy}(hydroxy)phosphoryl]oxy}(hydroxy)phosphoryl]oxy}methyl)-3,4-dihydroxyoxolan-2-yl]-4-[(4S,6P)-6-(5-fluoro-1H-indol-2-yl)imidazo[1,2-a]pyrazin-2-yl]pyridin-1-ium (non-preferred name) × 2 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP;pH 7.5;293 K;0.1 M Bis-Tris propane pH 7.5, 0.2 M potassium thiocyanate, 12% (w/v) PEG3350
|
分辨率 1.79 Å R-free 0.239 |
| 10RB Human SARM1 TIR domain bound to compound 14 提交 2026-02-02 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体;蛋白 × 2 PDB 声明:dimeric |
链 A
558–700(143 aa)
片段:TIR domain
|
未记录 | A1C9H 1-[(2R,3R,4S,5R)-5-({[(S)-{[(S)-{[(2R,3S,4R,5R)-5-(6-amino-9H-purin-9-yl)-3,4-dihydroxyoxolan-2-yl]methoxy}(hydroxy)phosphoryl]oxy}(hydroxy)phosphoryl]oxy}methyl)-3,4-dihydroxyoxolan-2-yl]-4-[(6P)-7-{[2-(dimethylamino)ethyl]amino}-6-(5-fluoro-1H-indol-2-yl)-1-methyl-1H-imidazo[4,5-c]pyridin-2-yl]pyridin-1-ium (non-preferred name) × 2 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP;pH 6.4;293 K;0.1 M Bis-Tris-Propane, pH 6.4, 0.2 M K-thiocyanate, 8% PEG 3350
|
分辨率 2.05 Å R-free 0.254 |
| 10RB Human SARM1 TIR domain bound to compound 14 提交 2026-02-02 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 2 蛋白同源多聚体 同源多聚体;蛋白 × 2 PDB 声明:dimeric |
链 B
558–700(143 aa)
片段:TIR domain
|
未记录 | A1C9H 1-[(2R,3R,4S,5R)-5-({[(S)-{[(S)-{[(2R,3S,4R,5R)-5-(6-amino-9H-purin-9-yl)-3,4-dihydroxyoxolan-2-yl]methoxy}(hydroxy)phosphoryl]oxy}(hydroxy)phosphoryl]oxy}methyl)-3,4-dihydroxyoxolan-2-yl]-4-[(6P)-7-{[2-(dimethylamino)ethyl]amino}-6-(5-fluoro-1H-indol-2-yl)-1-methyl-1H-imidazo[4,5-c]pyridin-2-yl]pyridin-1-ium (non-preferred name) × 2 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP;pH 6.4;293 K;0.1 M Bis-Tris-Propane, pH 6.4, 0.2 M K-thiocyanate, 8% PEG 3350
|
分辨率 2.05 Å R-free 0.254 |
| 10RC Human SARM1 TIR domain bound to compound 22 提交 2026-02-02 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体;蛋白 × 2 PDB 声明:dimeric |
链 A
558–700(143 aa)
片段:TIR domain
|
未记录 | GOL GLYCEROL × 2 A1C9I 1-[(2R,3R,4S,5R)-5-({[(S)-{[(S)-{[(2R,3S,4R,5R)-5-(6-amino-9H-purin-9-yl)-3,4-dihydroxyoxolan-2-yl]methoxy}(hydroxy)phosphoryl]oxy}(hydroxy)phosphoryl]oxy}methyl)-3,4-dihydroxyoxolan-2-yl]-4-{(6P)-7-{[2-(dimethylamino)ethyl]amino}-6-[6-fluoro-4-(pyrimidin-2-yl)-1H-indol-2-yl]-1-methyl-1H-imidazo[4,5-c]pyridin-2-yl}pyridin-1-ium (non-preferred name) × 2 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP;pH 6.5;293 K;0.1 M Bis-Tris-Propane, pH 6.5, 0.2 M K-thiocyanate, 7.5% PEG 3350
|
分辨率 1.90 Å R-free 0.245 |
| 10RC Human SARM1 TIR domain bound to compound 22 提交 2026-02-02 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 2 蛋白同源多聚体 同源多聚体;蛋白 × 2 PDB 声明:dimeric |
链 B
558–700(143 aa)
片段:TIR domain
|
未记录 | A1C9I 1-[(2R,3R,4S,5R)-5-({[(S)-{[(S)-{[(2R,3S,4R,5R)-5-(6-amino-9H-purin-9-yl)-3,4-dihydroxyoxolan-2-yl]methoxy}(hydroxy)phosphoryl]oxy}(hydroxy)phosphoryl]oxy}methyl)-3,4-dihydroxyoxolan-2-yl]-4-{(6P)-7-{[2-(dimethylamino)ethyl]amino}-6-[6-fluoro-4-(pyrimidin-2-yl)-1H-indol-2-yl]-1-methyl-1H-imidazo[4,5-c]pyridin-2-yl}pyridin-1-ium (non-preferred name) × 2 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP;pH 6.5;293 K;0.1 M Bis-Tris-Propane, pH 6.5, 0.2 M K-thiocyanate, 7.5% PEG 3350
|
分辨率 1.90 Å R-free 0.245 |
| 6O0Q Crystal structure of the TIR domain from human SARM1 in complex with ribose 提交 2019-02-17 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白单体 单体;蛋白 × 1 PDB 声明:monomeric |
链 A
560–700(141 aa)
|
未记录 | BDR beta-D-ribofuranose × 1 CL CHLORIDE ION × 1 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP;293 K;0.1 M Bis Tris propane pH 6.5, 0.2 M potassium thiocyanate, 11% PEG3350
|
分辨率 1.80 Å R-free 0.210 |
| 6O0Q Crystal structure of the TIR domain from human SARM1 in complex with ribose 提交 2019-02-17 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 2 蛋白单体 单体;蛋白 × 1 PDB 声明:monomeric |
链 B
560–700(141 aa)
|
未记录 | BDR beta-D-ribofuranose × 1 CL CHLORIDE ION × 1 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP;293 K;0.1 M Bis Tris propane pH 6.5, 0.2 M potassium thiocyanate, 11% PEG3350
|
分辨率 1.80 Å R-free 0.210 |
| 6O0R Crystal structure of the TIR domain from human SARM1 in complex with glycerol 提交 2019-02-17 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白单体 单体;蛋白 × 1 PDB 声明:monomeric |
链 A
560–700(141 aa)
|
未记录 | GOL GLYCEROL × 1 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP;293 K;0.1 M Bis Tris propane pH 6.5, 0.2 M potassium thiocyanate, 11% PEG3350
|
分辨率 1.80 Å R-free 0.232 |
| 6O0R Crystal structure of the TIR domain from human SARM1 in complex with glycerol 提交 2019-02-17 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 2 蛋白单体 单体;蛋白 × 1 PDB 声明:monomeric |
链 B
560–700(141 aa)
|
未记录 | GOL GLYCEROL × 1 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP;293 K;0.1 M Bis Tris propane pH 6.5, 0.2 M potassium thiocyanate, 11% PEG3350
|
分辨率 1.80 Å R-free 0.232 |
| 6O0S Crystal structure of the tandem SAM domains from human SARM1 提交 2019-02-17 | 构建体不同 突变/修饰不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体;蛋白 × 8 PDB 声明:octameric |
链 A
409–561(153 aa)
链 B
409–561(153 aa)
链 C
409–561(153 aa)
链 D
409–561(153 aa)
链 E
409–561(153 aa)
链 F
409–561(153 aa)
链 G
409–561(153 aa)
链 H
409–561(153 aa)
|
突变:L473F 突变:L473F 突变:L473F 突变:L473F 突变:L473F 突变:L473F 突变:L473F 突变:L473F | 未记录非水小分子 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP;293 K;10.7% w/v PEG 4000, 21.4% v/v glycerol, 30 mM MgCl2 and 0.1 M bicine/Trizma base pH 8.0
|
分辨率 2.70 Å R-free 0.226 |
| 6O0T Crystal structure of selenomethionine labelled tandem SAM domains (L446M:L505M:L523M mutant) from human SARM1 提交 2019-02-17 | 构建体不同 突变/修饰不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体;蛋白 × 8 PDB 声明:octameric |
链 A
409–561(153 aa)
链 B
409–561(153 aa)
链 C
409–561(153 aa)
链 D
409–561(153 aa)
链 E
409–561(153 aa)
链 F
409–561(153 aa)
链 G
409–561(153 aa)
链 H
409–561(153 aa)
|
突变:L446M, L505M, L523M 非标准单体:是(mmCIF未提供具体位点) 突变:L446M, L505M, L523M 非标准单体:是(mmCIF未提供具体位点) 突变:L446M, L505M, L523M 非标准单体:是(mmCIF未提供具体位点) 突变:L446M, L505M, L523M 非标准单体:是(mmCIF未提供具体位点) 突变:L446M, L505M, L523M 非标准单体:是(mmCIF未提供具体位点) 突变:L446M, L505M, L523M 非标准单体:是(mmCIF未提供具体位点) 突变:L446M, L505M, L523M 非标准单体:是(mmCIF未提供具体位点) 突变:L446M, L505M, L523M 非标准单体:是(mmCIF未提供具体位点) | 未记录非水小分子 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP;293 K;17% PEG 8000, 20% ethylene glycol, 0.2 M sodium formate, 0.2 M ammonium acetate, 0.2 M trisodium citrate, 0.2 M sodium potassium L-tartrate, 10 mM DTT and 0.1 M Tris pH 7.9
|
分辨率 2.80 Å R-free 0.238 |
| 6O0U Crystal structure of the TIR domain H685A mutant from human SARM1 提交 2019-02-17 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白单体 单体;蛋白 × 1 PDB 声明:monomeric |
链 A
560–700(141 aa)
|
突变:H685A | 未记录非水小分子 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP;293 K;0.1 M HEPES pH 7.5, 0.2 M MgCl2, 25% PEG3350
|
分辨率 3.03 Å R-free 0.234 |
| 6O0U Crystal structure of the TIR domain H685A mutant from human SARM1 提交 2019-02-17 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 2 蛋白单体 单体;蛋白 × 1 PDB 声明:monomeric |
链 B
560–700(141 aa)
|
突变:H685A | 未记录非水小分子 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP;293 K;0.1 M HEPES pH 7.5, 0.2 M MgCl2, 25% PEG3350
|
分辨率 3.03 Å R-free 0.234 |
| 6O0V Crystal structure of the TIR domain G601P mutant from human SARM1, crystal form 2 提交 2019-02-17 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白单体 单体;蛋白 × 1 PDB 声明:monomeric |
链 A
560–700(141 aa)
|
突变:G601P | CL CHLORIDE ION × 1 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP;293 K;0.1 MES pH 6.0, 0.2 M MgCl2, 20% PEG3350; or 0.1 MES pH 6.0, 1 M LiCl, 20% PEG6000
|
分辨率 2.07 Å R-free 0.233 |
| 6O0V Crystal structure of the TIR domain G601P mutant from human SARM1, crystal form 2 提交 2019-02-17 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 2 蛋白单体 单体;蛋白 × 1 PDB 声明:monomeric |
链 B
560–700(141 aa)
|
突变:G601P | CL CHLORIDE ION × 1 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP;293 K;0.1 MES pH 6.0, 0.2 M MgCl2, 20% PEG3350; or 0.1 MES pH 6.0, 1 M LiCl, 20% PEG6000
|
分辨率 2.07 Å R-free 0.233 |
| 6O0V Crystal structure of the TIR domain G601P mutant from human SARM1, crystal form 2 提交 2019-02-17 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 3 蛋白单体 单体;蛋白 × 1 PDB 声明:monomeric |
链 C
560–700(141 aa)
|
突变:G601P | MES 2-(N-MORPHOLINO)-ETHANESULFONIC ACID × 1 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP;293 K;0.1 MES pH 6.0, 0.2 M MgCl2, 20% PEG3350; or 0.1 MES pH 6.0, 1 M LiCl, 20% PEG6000
|
分辨率 2.07 Å R-free 0.233 |
| 6O0V Crystal structure of the TIR domain G601P mutant from human SARM1, crystal form 2 提交 2019-02-17 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 4 蛋白单体 单体;蛋白 × 1 PDB 声明:monomeric |
链 D
560–700(141 aa)
|
突变:G601P | CL CHLORIDE ION × 1 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP;293 K;0.1 MES pH 6.0, 0.2 M MgCl2, 20% PEG3350; or 0.1 MES pH 6.0, 1 M LiCl, 20% PEG6000
|
分辨率 2.07 Å R-free 0.233 |
| 6O1B Crystal structure of the TIR domain G601P mutant from human SARM1, crystal form 1 提交 2019-02-18 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白单体 单体;蛋白 × 1 PDB 声明:monomeric |
链 A
560–700(141 aa)
|
突变:G601P | MES 2-(N-MORPHOLINO)-ETHANESULFONIC ACID × 1 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP;293 K;0.1 MES pH 6.0, 0.2 M MgCl2, 20% PEG3350; or 0.1 MES pH 6.0, 1 M LiCl, 20% PEG6000
|
分辨率 1.67 Å R-free 0.231 |
| 6QWV SARM1 SAM1-2 domains 提交 2019-03-06 | 构建体不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体;蛋白 × 8 PDB 声明:octameric |
链 A
387–548(162 aa)
链 B
387–548(162 aa)
链 C
387–548(162 aa)
链 D
387–548(162 aa)
链 E
387–548(162 aa)
链 F
387–548(162 aa)
链 G
387–548(162 aa)
链 H
387–548(162 aa)
|
未记录 | EDO 1,2-ETHANEDIOL × 17 BME BETA-MERCAPTOETHANOL × 8 PEG DI(HYDROXYETHYL)ETHER × 2 PGE TRIETHYLENE GLYCOL × 1 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION;293 K;2% Tacsimate pH=7, 5% v/v 2-Propanol, 0.1 M Imidazole pH=7, 8% w/v polyethylene glycol 3350
|
分辨率 2.47 Å R-free 0.230 |
| 6QWV SARM1 SAM1-2 domains 提交 2019-03-06 | 构建体不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 2 蛋白同源多聚体 同源多聚体;蛋白 × 8 PDB 声明:octameric |
链 I
387–548(162 aa)
链 J
387–548(162 aa)
链 K
387–548(162 aa)
链 L
387–548(162 aa)
链 M
387–548(162 aa)
链 N
387–548(162 aa)
链 O
387–548(162 aa)
链 P
387–548(162 aa)
|
未记录 | EDO 1,2-ETHANEDIOL × 26 BME BETA-MERCAPTOETHANOL × 8 PEG DI(HYDROXYETHYL)ETHER × 3 PGE TRIETHYLENE GLYCOL × 1 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION;293 K;2% Tacsimate pH=7, 5% v/v 2-Propanol, 0.1 M Imidazole pH=7, 8% w/v polyethylene glycol 3350
|
分辨率 2.47 Å R-free 0.230 |
| 6ZFX hSARM1 GraFix-ed 提交 2020-06-18 | 构建体不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体;蛋白 × 8 PDB 声明:octameric |
链 A
26–724(699 aa)
链 B
26–724(699 aa)
链 C
26–724(699 aa)
链 D
26–724(699 aa)
链 E
26–724(699 aa)
链 F
26–724(699 aa)
链 G
26–724(699 aa)
链 H
26–724(699 aa)
|
未记录 | S1N (~{E})-4-methylnon-4-enedial × 16 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 8.8
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 2.88 Å |
| 6ZG0 SARM1 SAM1-2 domains 提交 2020-06-18 | 构建体不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体;蛋白 × 8 PDB 声明:octameric |
链 A
26–724(699 aa)
链 B
26–724(699 aa)
链 C
26–724(699 aa)
链 D
26–724(699 aa)
链 E
26–724(699 aa)
链 F
26–724(699 aa)
链 G
26–724(699 aa)
链 H
26–724(699 aa)
|
未记录 | EDO 1,2-ETHANEDIOL × 17 BME BETA-MERCAPTOETHANOL × 8 PEG DI(HYDROXYETHYL)ETHER × 2 PGE TRIETHYLENE GLYCOL × 1 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 8.8
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 7.70 Å |
| 6ZG1 SARM1 SAM1-2 domains 提交 2020-06-18 | 构建体不同 配体/离子不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体;蛋白 × 8 PDB 声明:octameric |
链 A
387–548(162 aa)
链 B
387–548(162 aa)
链 C
387–548(162 aa)
链 D
387–548(162 aa)
链 E
387–548(162 aa)
链 F
387–548(162 aa)
链 G
387–548(162 aa)
链 H
387–548(162 aa)
|
未记录 | EDO 1,2-ETHANEDIOL × 17 BME BETA-MERCAPTOETHANOL × 8 PEG DI(HYDROXYETHYL)ETHER × 2 PGE TRIETHYLENE GLYCOL × 1 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7.4
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 3.77 Å |
| 7ANW hSARM1 NAD+ complex 提交 2020-10-13 | 构建体不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体;蛋白 × 8 PDB 声明:octameric |
链 A
26–724(699 aa)
链 B
26–724(699 aa)
链 C
26–724(699 aa)
链 D
26–724(699 aa)
链 E
26–724(699 aa)
链 F
26–724(699 aa)
链 G
26–724(699 aa)
链 H
26–724(699 aa)
|
未记录 | NAD NICOTINAMIDE-ADENINE-DINUCLEOTIDE × 8 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 8.5
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 2.68 Å |
| 7CM5 Full-length Sarm1 in a self-inhibited state 提交 2020-07-24 | 构建体不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体;蛋白 × 8 PDB 声明:octameric |
链 A
1–724(724 aa)
链 B
1–724(724 aa)
链 C
1–724(724 aa)
链 D
1–724(724 aa)
链 E
1–724(724 aa)
链 F
1–724(724 aa)
链 G
1–724(724 aa)
链 H
1–724(724 aa)
|
未记录 | 未记录非水小分子 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 8
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 2.60 Å |
| 7CM6 NAD+-bound Sarm1 in the self-inhibited state 提交 2020-07-25 | 构建体不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体;蛋白 × 8 PDB 声明:octameric |
链 A
1–724(724 aa)
链 B
1–724(724 aa)
链 C
1–724(724 aa)
链 D
1–724(724 aa)
链 E
1–724(724 aa)
链 F
1–724(724 aa)
链 G
1–724(724 aa)
链 H
1–724(724 aa)
|
未记录 | NAD NICOTINAMIDE-ADENINE-DINUCLEOTIDE × 8 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 8
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 3.00 Å |
| 7CM7 NAD+-bound Sarm1 E642A in the self-inhibited state 提交 2020-07-25 | 构建体不同 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体;蛋白 × 8 PDB 声明:octameric |
链 A
1–724(724 aa)
链 B
1–724(724 aa)
链 C
1–724(724 aa)
链 D
1–724(724 aa)
链 E
1–724(724 aa)
链 F
1–724(724 aa)
链 G
1–724(724 aa)
链 H
1–724(724 aa)
|
突变:E624A 突变:E624A 突变:E624A 突变:E624A 突变:E624A 突变:E624A 突变:E624A 突变:E624A | NAD NICOTINAMIDE-ADENINE-DINUCLEOTIDE × 8 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 8
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 2.60 Å |
| 7DJT Human SARM1 inhibitory state bounded with inhibitor dHNN 提交 2020-11-21 | 构建体不同 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体;蛋白 × 8 PDB 声明:octameric |
链 A
27–724(698 aa)
链 B
27–724(698 aa)
链 C
27–724(698 aa)
链 D
27–724(698 aa)
链 E
27–724(698 aa)
链 F
27–724(698 aa)
链 G
27–724(698 aa)
链 H
27–724(698 aa)
|
非标准单体:是(mmCIF未提供具体位点) 非标准单体:是(mmCIF未提供具体位点) 非标准单体:是(mmCIF未提供具体位点) 非标准单体:是(mmCIF未提供具体位点) 非标准单体:是(mmCIF未提供具体位点) 非标准单体:是(mmCIF未提供具体位点) 非标准单体:是(mmCIF未提供具体位点) 非标准单体:是(mmCIF未提供具体位点) | H8L O3-methyl O5-(2-methylpropyl) 2,6-dimethyl-4-[2-(oxidanylamino)phenyl]pyridine-3,5-dicarboxylate × 8 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 8
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE;BLOT TIME: 4S BLOT FORCE: -2
|
分辨率 2.80 Å |
| 7KNQ SARM1 Octamer 提交 2020-11-05 | 构建体不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体;蛋白 × 8 PDB 声明:octameric |
链 A
1–724(724 aa)
链 B
1–724(724 aa)
链 C
1–724(724 aa)
链 D
1–724(724 aa)
链 E
1–724(724 aa)
链 F
1–724(724 aa)
链 G
1–724(724 aa)
链 H
1–724(724 aa)
|
未记录 | 未记录非水小分子 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7.4
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 3.40 Å |
| 7LD0 Cryo-EM structure of ligand-free Human SARM1 提交 2021-01-12 | 构建体不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体;蛋白 × 8 PDB 声明:octameric |
链 A
28–724(697 aa)
链 B
28–724(697 aa)
链 C
28–724(697 aa)
链 D
28–724(697 aa)
链 E
28–724(697 aa)
链 F
28–724(697 aa)
链 G
28–724(697 aa)
链 H
28–724(697 aa)
|
未记录 | 未记录非水小分子 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7.4
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 3.10 Å |
| 7NAG Crystal structure of the TIR domain from human SARM1 in complex with 1AD 提交 2021-06-21 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白单体 单体;蛋白 × 1 PDB 声明:monomeric |
链 A
560–700(141 aa)
|
未记录 | 1QD [[(2~{R},3~{S},4~{R},5~{R})-5-(6-aminopurin-9-yl)-3,4-bis(oxidanyl)oxolan-2-yl]methoxy-oxidanyl-phosphoryl] [(2~{R},3~{S},4~{R},5~{R})-5-(5-iodanylisoquinolin-2-yl)-3,4-bis(oxidanyl)oxolan-2-yl]methyl hydrogen phosphate × 1 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP;293 K;0.1 M Bis-Tris propane pH 7.0, 0.2 M potassium thiocyanate, and 10% PEG3350
|
分辨率 1.72 Å R-free 0.175 |
| 7NAG Crystal structure of the TIR domain from human SARM1 in complex with 1AD 提交 2021-06-21 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 2 蛋白单体 单体;蛋白 × 1 PDB 声明:monomeric |
链 B
560–700(141 aa)
|
未记录 | 1QD [[(2~{R},3~{S},4~{R},5~{R})-5-(6-aminopurin-9-yl)-3,4-bis(oxidanyl)oxolan-2-yl]methoxy-oxidanyl-phosphoryl] [(2~{R},3~{S},4~{R},5~{R})-5-(5-iodanylisoquinolin-2-yl)-3,4-bis(oxidanyl)oxolan-2-yl]methyl hydrogen phosphate × 1 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP;293 K;0.1 M Bis-Tris propane pH 7.0, 0.2 M potassium thiocyanate, and 10% PEG3350
|
分辨率 1.72 Å R-free 0.175 |
| 7NAH Crystal structure of the TIR domain from human SARM1 in complex with 2AD 提交 2021-06-21 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白单体 单体;蛋白 × 1 PDB 声明:monomeric |
链 A
560–700(141 aa)
|
未记录 | 1OF [[(2~{R},3~{S},4~{R},5~{R})-5-(6-aminopurin-9-yl)-3,4-bis(oxidanyl)oxolan-2-yl]methoxy-oxidanyl-phosphoryl] [(2~{R},3~{S},4~{R},5~{R})-3,4-bis(oxidanyl)-5-(8-oxidanylidene-7~{H}-2,7-naphthyridin-2-yl)oxolan-2-yl]methyl hydrogen phosphate × 1 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP;293 K;0.1 M Bis-Tris propane pH 7.0, 0.2 M potassium thiocyanate, and 10% PEG3350
|
分辨率 1.79 Å R-free 0.199 |
| 7NAH Crystal structure of the TIR domain from human SARM1 in complex with 2AD 提交 2021-06-21 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 2 蛋白单体 单体;蛋白 × 1 PDB 声明:monomeric |
链 B
560–700(141 aa)
|
未记录 | 1OF [[(2~{R},3~{S},4~{R},5~{R})-5-(6-aminopurin-9-yl)-3,4-bis(oxidanyl)oxolan-2-yl]methoxy-oxidanyl-phosphoryl] [(2~{R},3~{S},4~{R},5~{R})-3,4-bis(oxidanyl)-5-(8-oxidanylidene-7~{H}-2,7-naphthyridin-2-yl)oxolan-2-yl]methyl hydrogen phosphate × 1 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP;293 K;0.1 M Bis-Tris propane pH 7.0, 0.2 M potassium thiocyanate, and 10% PEG3350
|
分辨率 1.79 Å R-free 0.199 |
| 7NAI Crystal structure of the TIR domain from human SARM1 in complex with 3AD 提交 2021-06-21 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白单体 单体;蛋白 × 1 PDB 声明:monomeric |
链 A
560–700(141 aa)
|
未记录 | 1O4 [[(2~{R},3~{S},4~{R},5~{R})-5-(6-aminopurin-9-yl)-3,4-bis(oxidanyl)oxolan-2-yl]methoxy-oxidanyl-phosphoryl] [(2~{R},3~{S},4~{R},5~{R})-5-(8-azanylisoquinolin-2-yl)-3,4-bis(oxidanyl)oxolan-2-yl]methyl hydrogen phosphate × 1 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP;293 K;0.1 M Bis-Tris propane pH 7.0, 0.2 M potassium thiocyanate, and 10% PEG3350
|
分辨率 1.74 Å R-free 0.197 |
| 7NAI Crystal structure of the TIR domain from human SARM1 in complex with 3AD 提交 2021-06-21 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 2 蛋白单体 单体;蛋白 × 1 PDB 声明:monomeric |
链 B
560–700(141 aa)
|
未记录 | 1O4 [[(2~{R},3~{S},4~{R},5~{R})-5-(6-aminopurin-9-yl)-3,4-bis(oxidanyl)oxolan-2-yl]methoxy-oxidanyl-phosphoryl] [(2~{R},3~{S},4~{R},5~{R})-5-(8-azanylisoquinolin-2-yl)-3,4-bis(oxidanyl)oxolan-2-yl]methyl hydrogen phosphate × 1 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP;293 K;0.1 M Bis-Tris propane pH 7.0, 0.2 M potassium thiocyanate, and 10% PEG3350
|
分辨率 1.74 Å R-free 0.197 |
| 7NAJ Crystal structure of the TIR domain from human SARM1 in complex with ara-2'F-ADPR 提交 2021-06-21 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白单体 单体;蛋白 × 1 PDB 声明:monomeric |
链 A
560–700(141 aa)
|
未记录 | 1LK 1,4-anhydro-2-deoxy-2-fluoro-5-O-[(S)-hydroxy(phosphonooxy)phosphoryl]-D-arabinitol × 1 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP;293 K;0.1 M Bis-Tris propane pH 7.0, 0.2 M potassium thiocyanate, and 10% PEG3350
|
分辨率 1.60 Å R-free 0.227 |
| 7NAJ Crystal structure of the TIR domain from human SARM1 in complex with ara-2'F-ADPR 提交 2021-06-21 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 2 蛋白单体 单体;蛋白 × 1 PDB 声明:monomeric |
链 B
560–700(141 aa)
|
未记录 | 1LK 1,4-anhydro-2-deoxy-2-fluoro-5-O-[(S)-hydroxy(phosphonooxy)phosphoryl]-D-arabinitol × 1 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP;293 K;0.1 M Bis-Tris propane pH 7.0, 0.2 M potassium thiocyanate, and 10% PEG3350
|
分辨率 1.60 Å R-free 0.227 |
| 7NAK Cryo-EM structure of activated human SARM1 in complex with NMN and 1AD (TIR:1AD) 提交 2021-06-21 | 构建体不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体;蛋白 × 8 PDB 声明:octameric |
链 A
28–724(697 aa)
链 B
28–724(697 aa)
链 C
28–724(697 aa)
链 D
28–724(697 aa)
链 E
28–724(697 aa)
链 F
28–724(697 aa)
链 G
28–724(697 aa)
链 H
28–724(697 aa)
|
未记录 | 1QD [[(2~{R},3~{S},4~{R},5~{R})-5-(6-aminopurin-9-yl)-3,4-bis(oxidanyl)oxolan-2-yl]methoxy-oxidanyl-phosphoryl] [(2~{R},3~{S},4~{R},5~{R})-5-(5-iodanylisoquinolin-2-yl)-3,4-bis(oxidanyl)oxolan-2-yl]methyl hydrogen phosphate × 8 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 2.90 Å |
| 7NAL Cryo-EM structure of activated human SARM1 in complex with NMN and 1AD (ARM and SAM domains) 提交 2021-06-21 | 构建体不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体;蛋白 × 8 PDB 声明:octameric |
链 A
28–724(697 aa)
链 B
28–724(697 aa)
链 C
28–724(697 aa)
链 D
28–724(697 aa)
链 E
28–724(697 aa)
链 F
28–724(697 aa)
链 G
28–724(697 aa)
链 H
28–724(697 aa)
|
未记录 | NMN BETA-NICOTINAMIDE RIBOSE MONOPHOSPHATE × 8 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 3.00 Å |
| 7QG0 Inhibitor-induced hSARM1 duplex 提交 2021-12-07 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体;蛋白 × 16 PDB 声明:hexadecameric |
链 A
26–724(699 aa)
链 B
26–724(699 aa)
链 C
26–724(699 aa)
链 D
26–724(699 aa)
链 E
26–724(699 aa)
链 F
26–724(699 aa)
链 G
26–724(699 aa)
链 H
26–724(699 aa)
链 I
26–724(699 aa)
链 J
26–724(699 aa)
链 K
26–724(699 aa)
链 L
26–724(699 aa)
链 M
26–724(699 aa)
链 N
26–724(699 aa)
链 O
26–724(699 aa)
链 P
26–724(699 aa)
|
突变:E642Q 突变:E642Q 突变:E642Q 突变:E642Q 突变:E642Q 突变:E642Q 突变:E642Q 突变:E642Q 突变:E642Q 突变:E642Q 突变:E642Q 突变:E642Q 突变:E642Q 突变:E642Q 突变:E642Q 突变:E642Q | 未记录非水小分子 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 8.5
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 4.02 Å |
| 8D0C Human SARM1 TIR domain bound to NB-3-ADPR 提交 2022-05-26 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体;蛋白 × 2 PDB 声明:dimeric |
链 A
558–700(143 aa)
片段:TIR domain
链 B
558–700(143 aa)
片段:TIR domain
|
未记录 | Q1F [[(2~{R},3~{S},4~{R},5~{R})-5-(6-aminopurin-9-yl)-3,4-bis(oxidanyl)oxolan-2-yl]methoxy-oxidanyl-phosphoryl] [(2~{R},3~{S},4~{R},5~{R})-5-[4-[(1~{S})-1-[methyl-[2,2,2-tris(fluoranyl)ethylcarbamoyl]amino]ethyl]pyridin-1-yl]-3,4-bis(oxidanyl)oxolan-2-yl]methyl hydrogen phosphate × 2 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP;291.15 K;100 mM Bis-Tris propane pH 6.5, 200 mM potassium thiocyanate, and 15% polyethylene glycol 3350
|
分辨率 2.09 Å R-free 0.223 |
| 8D0D Human SARM1 TIR domain bound to an NB-7-ADPR adduct 提交 2022-05-26 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体;蛋白 × 2 PDB 声明:dimeric |
链 A
558–700(143 aa)
片段:TIR domain
链 B
558–700(143 aa)
片段:TIR domain
|
未记录 | Q0L [[(2~{R},3~{S},4~{R},5~{R})-5-(6-aminopurin-9-yl)-3,4-bis(oxidanyl)oxolan-2-yl]methoxy-oxidanyl-phosphoryl] [(2~{R},3~{S},4~{R})-5-[4-[3-[3-(4-chlorophenyl)propanoylamino]-4-methyl-1~{H}-pyrazol-5-yl]pyridin-1-yl]-3,4-bis(oxidanyl)oxolan-2-yl]methyl hydrogen phosphate × 2 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP;291.15 K;100 mM Bis-Tris propane pH 6.5, 200 mM potassium thiocyanate, and 15% polyethylene glycol 3350
|
分辨率 1.96 Å R-free 0.233 |
| 8D0E Human SARM1 TIR domain bound to NB-7 提交 2022-05-26 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体;蛋白 × 2 PDB 声明:dimeric |
链 A
558–700(143 aa)
片段:TIR domain
链 B
558–700(143 aa)
片段:TIR domain
|
未记录 | Q0C 3-(4-chlorophenyl)-N-[4-methyl-3-(pyridin-4-yl)-1H-pyrazol-5-yl]propanamide × 2 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP;291.15 K;100 mM Bis-Tris propane pH 6.5, 200 mM potassium thiocyanate, and 15% polyethylene glycol 3350
|
分辨率 1.88 Å R-free 0.228 |
| 8D0F Human SARM1 TIR domain bound to NB-2-ADPR 提交 2022-05-26 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体;蛋白 × 2 PDB 声明:dimeric |
链 A
558–700(143 aa)
片段:TIR domain
链 B
558–700(143 aa)
片段:TIR domain
|
未记录 | Q0U [[(3~{S},4~{R},5~{R})-5-(6-aminopurin-9-yl)-3,4-bis(oxidanyl)oxolan-2-yl]methoxy-oxidanyl-phosphoryl] [(2~{R},3~{S},4~{R},5~{R})-5-[4-[[methyl-[2,2,2-tris(fluoranyl)ethylcarbamoyl]amino]methyl]pyridin-1-yl]-3,4-bis(oxidanyl)oxolan-2-yl]methyl hydrogen phosphate × 2 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP;291.15 K;100 mM Bis-Tris propane pH 6.5, 200 mM potassium thiocyanate, and 15% polyethylene glycol 3350
|
分辨率 1.74 Å R-free 0.253 |
| 8D0G Human SARM1 TIR domain bound to NB-3-ADPRP 提交 2022-05-26 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体;蛋白 × 2 PDB 声明:dimeric |
链 A
558–700(143 aa)
片段:TIR domain
链 B
558–700(143 aa)
片段:TIR domain
|
未记录 | Q1X [[(2~{R},3~{R},4~{R},5~{R})-5-(6-aminopurin-9-yl)-3-oxidanyl-4-phosphonooxy-oxolan-2-yl]methoxy-oxidanyl-phosphoryl] [(2~{R},3~{S},4~{R},5~{R})-5-[4-[(1~{S})-1-[methyl-[2,2,2-tris(fluoranyl)ethylcarbamoyl]amino]ethyl]pyridin-1-yl]-3,4-bis(oxidanyl)oxolan-2-yl]methyl hydrogen phosphate × 2 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP;291.15 K;100 mM Bis-Tris propane pH 6.5, 200 mM potassium thiocyanate, and 15% polyethylene glycol 3350
|
分辨率 1.99 Å R-free 0.238 |
| 8D0H Human SARM1 TIR domain bound to NB-3-GDPR 提交 2022-05-26 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体;蛋白 × 2 PDB 声明:dimeric |
链 A
558–700(143 aa)
片段:TIR domain
链 B
558–700(143 aa)
片段:TIR domain
|
未记录 | Q1O [[(2~{R},3~{S},4~{R},5~{R})-5-(2-azanyl-6-oxidanylidene-3~{H}-purin-9-yl)-3,4-bis(oxidanyl)oxolan-2-yl]methoxy-oxidanyl-phosphoryl] [(2~{R},3~{S},4~{R},5~{R})-5-[4-[(1~{S})-1-[methyl-[2,2,2-tris(fluoranyl)ethylcarbamoyl]amino]ethyl]pyridin-1-yl]-3,4-bis(oxidanyl)oxolan-2-yl]methyl hydrogen phosphate × 2 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP;291.15 K;100 mM Bis-Tris propane pH 6.5, 200 mM potassium thiocyanate, and 15% polyethylene glycol 3350
|
分辨率 2.37 Å R-free 0.281 |
| 8D0I Human SARM1 bound to an NB-3 eADPR adduct 提交 2022-05-26 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体;蛋白 × 2 PDB 声明:dimeric |
链 A
558–700(143 aa)
链 B
558–700(143 aa)
|
未记录 | PZ7 [[(2~{R},3~{S},4~{R},5~{R})-5-imidazo[2,1-f]purin-3-yl-3,4-bis(oxidanyl)oxolan-2-yl]methoxy-oxidanyl-phosphoryl] [(2~{R},3~{S},4~{R},5~{R})-5-[4-[(1~{S})-1-[methyl-[2,2,2-tris(fluoranyl)ethylcarbamoyl]amino]ethyl]pyridin-1-yl]-3,4-bis(oxidanyl)oxolan-2-yl]methyl hydrogen phosphate × 2 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP;291.15 K;100 mM Bis-Tris propane pH 6.5, 200 mM potassium thiocyanate, and 15% polyethylene glycol 3350
|
分辨率 2.00 Å R-free 0.216 |
| 8D0J Apo Human SARM1 TIR domain 提交 2022-05-26 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体;蛋白 × 2 PDB 声明:dimeric |
链 A
558–700(143 aa)
片段:TIR domain
链 B
558–700(143 aa)
片段:TIR domain
|
未记录 | 未记录非水小分子 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP;298.15 K;100 mM Bis-Tris propane pH 6.5, 200 mM potassium thiocyanate, and 15% polyethylene glycol 3350
|
分辨率 1.94 Å R-free 0.227 |
| 8GNI Human SARM1 bounded with NMN and Nanobody-C6, Conformation 1 提交 2022-08-24 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物;蛋白 × 3 PDB 声明:trimeric |
链 A
1–724(724 aa)
链 B
1–724(724 aa)
|
未记录 | NMN BETA-NICOTINAMIDE RIBOSE MONOPHOSPHATE × 1 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 8
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE;Blot time: 4s
Blot force: -2
|
分辨率 3.74 Å |
| 8GNJ Human SARM1 bounded with NMN and Nanobody-C6, Conformation 2 提交 2022-08-24 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物;蛋白 × 3 PDB 声明:trimeric |
链 A
1–724(724 aa)
链 B
1–724(724 aa)
|
未记录 | NMN BETA-NICOTINAMIDE RIBOSE MONOPHOSPHATE × 1 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 8
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE;Blot time: 4s
Blot force: -2
|
分辨率 3.78 Å |
| 8GQ5 Human SARM1 bounded with NMN and Nanobody-C6, double-layer structure 提交 2022-08-29 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物;蛋白 × 32 PDB 声明:32-meric |
链 A
1–724(724 aa)
链 B
1–724(724 aa)
链 C
1–724(724 aa)
链 D
1–724(724 aa)
链 E
1–724(724 aa)
链 F
1–724(724 aa)
链 G
1–724(724 aa)
链 H
1–724(724 aa)
链 I
1–724(724 aa)
链 J
1–724(724 aa)
链 K
1–724(724 aa)
链 L
1–724(724 aa)
链 M
1–724(724 aa)
链 N
1–724(724 aa)
链 O
1–724(724 aa)
链 P
1–724(724 aa)
|
未记录 | 未记录非水小分子 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 8
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE;Blot time: 4s
Blot force: -2
|
分辨率 2.70 Å |
| 8P2L A CHIMERA construct containing human SARM1 ARM and SAM domains and C. elegans TIR domain. 提交 2023-05-16 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 信息不足 同源多聚体;蛋白 × 16 PDB 声明:hexadecameric |
链 A
26–562(537 aa)
链 B
26–562(537 aa)
链 C
26–562(537 aa)
链 D
26–562(537 aa)
链 E
26–562(537 aa)
链 F
26–562(537 aa)
链 G
26–562(537 aa)
链 H
26–562(537 aa)
链 I
26–562(537 aa)
链 J
26–562(537 aa)
链 K
26–562(537 aa)
链 L
26–562(537 aa)
链 M
26–562(537 aa)
链 N
26–562(537 aa)
链 O
26–562(537 aa)
链 P
26–562(537 aa)
|
未记录 | NAD NICOTINAMIDE-ADENINE-DINUCLEOTIDE × 8 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 8.5
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 2.68 Å |
| 9HQ0 SARM1 TIR domain in complex with compound 7-ADPR 提交 2024-12-16 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体;蛋白 × 2 PDB 声明:dimeric |
链 A
558–700(143 aa)
链 B
558–700(143 aa)
|
未记录 | A1IW3 [[(2~{R},3~{S},4~{R},5~{R})-5-(6-aminopurin-9-yl)-3,4-bis(oxidanyl)oxolan-2-yl]methoxy-oxidanyl-phosphoryl] [(2~{R},3~{S},4~{R},5~{R})-5-[4-[(1~{S})-1-[[(3~{R})-4,4-bis(fluoranyl)oxolan-3-yl]carbamoyl-methyl-amino]ethyl]pyridin-1-yl]-3,4-bis(oxidanyl)oxolan-2-yl]methyl hydrogen phosphate × 2 EDO 1,2-ETHANEDIOL × 1 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP;293 K;of 0.1 M Bis-Tris propane pH 6.5, 14-18% (w/v) PEG 3350 and 0.30-0.45 M potassium thiocyanate
|
分辨率 2.13 Å R-free 0.241 |
| 9HQF SARM1 TIR domain in complex with compound 7-ADPR 提交 2024-12-16 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体;蛋白 × 2 PDB 声明:dimeric |
链 A
558–700(143 aa)
链 B
558–700(143 aa)
|
未记录 | A1IWL [[(2~{R},3~{S},4~{R},5~{R})-5-(6-aminopurin-9-yl)-3,4-bis(oxidanyl)oxolan-2-yl]methoxy-oxidanyl-phosphoryl] [(2~{R},3~{S},4~{R},5~{R})-5-[(5~{S})-5-[[(3~{R})-4,4-bis(fluoranyl)oxolan-3-yl]carbamoyl-methyl-amino]-2,3,4,5-tetrahydrooxepino[2,3-c]pyridin-8-yl]-3,4-bis(oxidanyl)oxolan-2-yl]methyl hydrogen phosphate × 2 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP;293 K;0.1 M Bis-Tris propane pH 6.5, 14-18% (w/v) PEG 3350 and 0.30-0.45 M potassium thiocyanate
|
分辨率 1.73 Å R-free 0.256 |
| 9HQH SARM1 TIR domain in complex with compound 28-ADPR 提交 2024-12-16 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体;蛋白 × 2 PDB 声明:dimeric |
链 A
558–700(143 aa)
链 B
558–700(143 aa)
|
未记录 | A1IWN [[(2~{S},3~{S},4~{R},5~{R})-5-(6-aminopurin-9-yl)-3,4-bis(oxidanyl)oxolan-2-yl]methoxy-oxidanyl-phosphoryl] [(2~{R},3~{S},4~{R},5~{R})-5-[4-[(1~{R})-1-[[(3~{R})-4,4-bis(fluoranyl)oxolan-3-yl]carbamoyl-methyl-amino]-2-phenoxy-ethyl]pyridin-1-ium-1-yl]-3,4-bis(oxidanyl)oxolan-2-yl]methyl hydrogen phosphate × 2 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP;293 K;0.1 M Bis-Tris propane pH 6.5, 14-18% (w/v) PEG 3350 and 0.30-0.45 M potassium thiocyanate
|
分辨率 1.99 Å R-free 0.241 |
| 9L2D Structure of SARM1 bound to M1 in the intermediate state 1 提交 2024-12-17 | 构建体不同 配体/离子不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体;蛋白 × 8 PDB 声明:octameric |
链 A
1–724(724 aa)
链 B
1–724(724 aa)
链 C
1–724(724 aa)
链 D
1–724(724 aa)
链 E
1–724(724 aa)
链 F
1–724(724 aa)
链 G
1–724(724 aa)
链 H
1–724(724 aa)
|
未记录 | A1EIV [(2~{R},3~{S},4~{R},5~{R})-3,4-bis(oxidanyl)-5-(3-sulfanylpyridin-1-yl)oxolan-2-yl]methyl dihydrogen phosphate × 8 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7.4
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 2.83 Å |
| 9L2E Structure of SARM1 bound to M1 in the intermediate state 2 提交 2024-12-17 | 构建体不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体;蛋白 × 8 PDB 声明:octameric |
链 A
1–724(724 aa)
链 B
1–724(724 aa)
链 C
1–724(724 aa)
链 D
1–724(724 aa)
链 E
1–724(724 aa)
链 F
1–724(724 aa)
链 G
1–724(724 aa)
链 H
1–724(724 aa)
|
未记录 | 未记录非水小分子 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7.4
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 2.46 Å |
| 9L2F Structure of SARM1 bound to M1 and 1AD in the active state 提交 2024-12-17 | 构建体不同 配体/离子不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体;蛋白 × 8 PDB 声明:octameric |
链 A
1–724(724 aa)
链 B
1–724(724 aa)
链 C
1–724(724 aa)
链 D
1–724(724 aa)
链 E
1–724(724 aa)
链 F
1–724(724 aa)
链 G
1–724(724 aa)
链 H
1–724(724 aa)
|
未记录 | A1EIV [(2~{R},3~{S},4~{R},5~{R})-3,4-bis(oxidanyl)-5-(3-sulfanylpyridin-1-yl)oxolan-2-yl]methyl dihydrogen phosphate × 8 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7.4
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 3.55 Å |
| 9L2G Structure of SARM1 2C-mutant bound to M1 提交 2024-12-17 | 构建体不同 配体/离子不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体;蛋白 × 8 PDB 声明:octameric |
链 A
1–724(724 aa)
链 B
1–724(724 aa)
链 C
1–724(724 aa)
链 D
1–724(724 aa)
链 E
1–724(724 aa)
链 F
1–724(724 aa)
链 G
1–724(724 aa)
链 H
1–724(724 aa)
|
未记录 | A1EIV [(2~{R},3~{S},4~{R},5~{R})-3,4-bis(oxidanyl)-5-(3-sulfanylpyridin-1-yl)oxolan-2-yl]methyl dihydrogen phosphate × 8 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7.4
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 3.27 Å |
| 9MW1 Structure of SARM1 TIR domain bound to G8758 提交 2025-01-16 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体;蛋白 × 2 PDB 声明:dimeric |
链 A
560–700(141 aa)
链 B
560–700(141 aa)
|
未记录 | A1BTS [(2~{R},3~{S},4~{R},5~{R})-5-[4-[5-[(6~{R})-6-(4-chloranyl-3-fluoranyl-phenyl)-2-oxidanylidene-1,3-oxazinan-3-yl]-1~{H}-pyrazol-3-yl]pyridin-1-yl]-3,4-bis(oxidanyl)oxolan-2-yl]methyl phosphono hydrogen phosphate × 2 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP;298 K;100mM bis-tris propane pH 6.5-7.5, 0.2-0.6M potassium thiocyanate, and 12-20% PEG3350
|
分辨率 2.10 Å R-free 0.297 |
| 9MW2 Structure of SARM1 TIR domain bound to G6831 提交 2025-01-16 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体;蛋白 × 2 PDB 声明:dimeric |
链 A
560–700(141 aa)
链 B
560–700(141 aa)
|
未记录 | A1BU7 [[(2~{R},3~{S},4~{R},5~{R})-5-(6-aminopurin-9-yl)-3,4-bis(oxidanyl)oxolan-2-yl]methoxy-oxidanyl-phosphoryl] [(2~{R},3~{S},4~{R},5~{R})-5-[4-[3-[(4~{S})-4-(4-chloranyl-3-fluoranyl-phenyl)-2-oxidanylidene-piperidin-1-yl]-1-bicyclo[1.1.1]pentanyl]pyridin-1-yl]-3,4-bis(oxidanyl)oxolan-2-yl]methyl hydrogen phosphate × 2 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP;298 K;100mM bis-tris propane pH 6.5-7.5, 0.2-0.6M potassium thiocyanate, and 12-20% PEG3350
|
分辨率 1.75 Å R-free 0.222 |
| 9MW3 Structure of SARM1 TIR domain bound to G2756 提交 2025-01-16 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体;蛋白 × 2 PDB 声明:dimeric |
链 A
560–700(141 aa)
链 B
560–700(141 aa)
|
未记录 | A1BTR [[(2~{R},3~{S},4~{R},5~{R})-5-(6-aminopurin-9-yl)-3,4-bis(oxidanyl)oxolan-2-yl]methoxy-oxidanyl-phosphoryl] [(2~{R},3~{S},4~{R},5~{R})-5-[4-[5-[(4~{S})-4-(4-fluorophenyl)-2-oxidanylidene-piperidin-1-yl]pyridin-2-yl]pyridin-1-yl]-3,4-bis(oxidanyl)oxolan-2-yl]methyl hydrogen phosphate × 2 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP;298 K;100mM bis-tris propane pH 6.5-7.5, 0.2-0.6M potassium thiocyanate, and 12-20% PEG3350
|
分辨率 1.93 Å R-free 0.200 |
| 9TZW SARM1 TIR with BEXi adduct 6 提交 2026-01-24 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 实验环境不同 | Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体;蛋白 × 4 PDB 声明:tetrameric |
链 A
560–700(141 aa)
链 B
560–700(141 aa)
链 C
560–700(141 aa)
链 D
560–700(141 aa)
|
未记录 | 未记录非水小分子 | ELECTRON MICROSCOPY mmCIF 未提供已读取条件 | 分辨率 3.30 Å |
| 9TZY SARM1 TIR with BEXi adduct 17 提交 2026-01-25 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体;蛋白 × 4 PDB 声明:tetrameric |
链 A
560–700(141 aa)
链 B
560–700(141 aa)
链 C
560–700(141 aa)
链 D
560–700(141 aa)
|
未记录 | 未记录非水小分子 | ELECTRON MICROSCOPY mmCIF 未提供已读取条件 | 分辨率 2.94 Å |
| 9UGA SARM1 senses DNA to promote NAD degradation 提交 2025-04-11 | 构建体不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体;蛋白 × 8 PDB 声明:octameric |
链 A
28–724(697 aa)
链 B
28–724(697 aa)
链 C
28–724(697 aa)
链 D
28–724(697 aa)
链 E
28–724(697 aa)
链 F
28–724(697 aa)
链 G
28–724(697 aa)
链 H
28–724(697 aa)
|
未记录 | 未记录非水小分子 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 8
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 3.06 Å |
| 9UGJ Structure of SARM1 bound to SIR3-ADPR 提交 2025-04-12 | 构建体不同 配体/离子不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体;蛋白 × 8 PDB 声明:octameric |
链 A
1–724(724 aa)
链 B
1–724(724 aa)
链 C
1–724(724 aa)
链 D
1–724(724 aa)
链 E
1–724(724 aa)
链 F
1–724(724 aa)
链 G
1–724(724 aa)
链 H
1–724(724 aa)
|
未记录 | A1EO4 [[(2~{S},3~{R},4~{S},5~{S})-5-(4-azanylimidazo[4,5-d]pyridazin-1-yl)-3,4-bis(oxidanyl)oxolan-2-yl]methoxy-oxidanyl-phosphoryl] [(2~{R},3~{S},4~{R},5~{R})-5-[4-methyl-3-(2-oxidanylidene-3~{H}-1,3-benzoxazol-6-yl)pyridin-1-ium-1-yl]-3,4-bis(oxidanyl)oxolan-2-yl]methyl hydrogen phosphate × 8 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7.4
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 3.85 Å |
共 54 个其他 PDB 条目、68 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态
查看构建体与数据证据
| UniProt名称 | SARM1_HUMAN |
| Isoform | — |
| PDB实体 | 1 |
| 链与序列区间 | 作者链 A; PDB构建体 2–677; UniProt 49–724 作者链 B; PDB构建体 2–677; UniProt 49–724 作者链 C; PDB构建体 2–677; UniProt 49–724 作者链 D; PDB构建体 2–677; UniProt 49–724 作者链 E; PDB构建体 2–677; UniProt 49–724 作者链 F; PDB构建体 2–677; UniProt 49–724 作者链 G; PDB构建体 2–677; UniProt 49–724 作者链 H; PDB构建体 2–677; UniProt 49–724 |