7bwr

Mycobacterium smegmatis arabinosyltransferase complex EmbB2-AcpM2 in substrate DPA bound asymmetric "active state"

Method: ELECTRON MICROSCOPY Dmax: 138.2 Å Quality: GOOD

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Integral membrane indolylacetylinositol arabinosyltransferase EmbB

Mycolicibacterium smegmatis MC2 155

UniProt I7GAQ2

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 蛋白异源复合物 异源复合物 蛋白 × 4 PDB 声明:tetrameric(4) 与蛋白拷贝数一致 链 A; UniProt 1–1082 链 B; UniProt 1–1082 未记录 Meromycolate extension acyl carrier protein × 2 (A0R0B3) CA CALCIUM ION × 1 F8L [(2Z,6E,10E,14Z,18E,22Z,26Z)-3,7,11,15,19,23,27,31,35,39-decamethyltetraconta-2,6,10,14,18,22,26,30,34,38-decaenyl] [(2S,3S,4S,5R)-5-(hydroxymethyl)-3,4-bis(oxidanyl)oxolan-2-yl] hydrogen phosphate × 1 ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液:pH 7.4 cryo-EM玻璃化条件:冷冻剂 ETHANE 分辨率 3.50 Å

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly, “相对当前条目”直接指出证据层面的不同;没有差异标签表示当前已读取字段一致。

共 4 个其他 PDB 条目、4 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 I7GAQ2_MYCS2
Isoform
PDB实体 1
链与序列区间 作者链 A; PDB构建体 1–1082; UniProt 1–1082 作者链 B; PDB构建体 1–1082; UniProt 1–1082

Meromycolate extension acyl carrier protein

Mycolicibacterium smegmatis MC2 155

UniProt A0R0B3

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 蛋白异源复合物 异源复合物 蛋白 × 4 PDB 声明:tetrameric(4) 与蛋白拷贝数一致 链 C; UniProt 1–99 链 D; UniProt 1–99 未记录 Integral membrane indolylacetylinositol arabinosyltransferase EmbB × 2 (I7GAQ2) CA CALCIUM ION × 1 F8L [(2Z,6E,10E,14Z,18E,22Z,26Z)-3,7,11,15,19,23,27,31,35,39-decamethyltetraconta-2,6,10,14,18,22,26,30,34,38-decaenyl] [(2S,3S,4S,5R)-5-(hydroxymethyl)-3,4-bis(oxidanyl)oxolan-2-yl] hydrogen phosphate × 1 ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液:pH 7.4 cryo-EM玻璃化条件:冷冻剂 ETHANE 分辨率 3.50 Å

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly, “相对当前条目”直接指出证据层面的不同;没有差异标签表示当前已读取字段一致。

共 18 个其他 PDB 条目、18 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 ACPM_MYCS2
Isoform
PDB实体 2
链与序列区间 作者链 C; PDB构建体 1–99; UniProt 1–99 作者链 D; PDB构建体 1–99; UniProt 1–99

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。 链映射与序列区间收在“数据证据”中;数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护,因此不在读者页面展示。

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

SAXS profile for 7bwr

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

P(r) distribution for 7bwr
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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id7bwr
沉积日期 deposition_date2020-04-15
结构标题 titleMycobacterium smegmatis arabinosyltransferase complex EmbB2-AcpM2 in substrate DPA bound asymmetric "active state"
关键词 keywords;Mycobacterium tuberculosis, EmbB, cryo-EM, ethambutol, cell wall synthesis, arabinoglacatan, arabinosyltransferase, acyl-carrier-protein, TRANSFERASE ;; TRANSFERASE
实验方法 methodELECTRON MICROSCOPY

3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier42.83
回转半径 Rg (电子) rg_electron41.98
零角强度 I(0) i0602550000.00
分子量 molecular_weight204590.0 kDa
排除体积 excluded_volume257530 ų
包络体积 envelope_volume381120 ų
水化壳体积 shell_volume73872 ų
包络直径 envelope_diameter140.0
壳层 Rg shell_rg48.52
包络 Rg envelope_rg41.37
形状 Rg shape_rg42.00
总 Rg total_rg42.27
总原子数 total_atoms14450
残基数 n_residues2064
球谐函数阶数 n_harmonics20
q 范围 q_range— – 0.5000 −1
数据点数 n_points101
壳层类型 shell_typedirectional
溶剂电子密度 solvent_density0.3340 e/ų
壳层衬度 contrast_shell0.0300 e/ų
CRYSOL 版本 crysol_version4.1.3

4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax138.2
Rg (实空间) rg_real42.66
Rg 误差 (实空间) rg_real_error1.00
I(0) (实空间) i0_real6.0250e+08
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error1.0860e+07
Rg (倒空间) rg_reciprocal42.83
I(0) (倒空间) i0_reciprocal602700000.0000
解质量估计 total_estimate0.8230
解质量评级 solution_quality GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks1
主峰位置 r_peak_primary56.0
偏度 Skewness skewness0.171
峰度 Kurtosis kurtosis-0.459
角度范围 angular_range— – 0.1850 −1
当前正则化参数 α current_alpha0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha56340000.0000
实空间数据点数 n_real_points38
GNOM 版本 gnom_version4.1.3
质量判据 quality_criteria AN1: 0.000; Oscil: 0.902; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.987; Smooth: 0.000

5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (4)

8. 引用文献 (1)

9. 文件与曲线 (10)