7e9f

Cryo-EM structure of the 2:1 Orc1 BAH domain in complex with nucleosome

Method: ELECTRON MICROSCOPY

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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Histone H3

Saccharomyces cerevisiae (strain ATCC 204508 / S288c)

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白–DNA	异源复合物	蛋白 10 DNA 2	Histone H4 × 2 （P02309） Histone H2A.2 × 2 （P04912） Histone H2B.2 × 2 （P02294） DNA (147-mer) × 1 DNA (147-mer) × 1 Origin recognition complex subunit 1 × 2 （P54784）	与全部聚合物一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	H3_YEAST
Isoform	—
PDB实体	1
链与序列区间	作者链 A； PDB构建体 1–134； UniProt 1–134 作者链 E； PDB构建体 1–134； UniProt 1–134

Histone H4

Saccharomyces cerevisiae (strain ATCC 204508 / S288c)

UniProt P02309

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白–DNA	异源复合物	蛋白 10 DNA 2	Histone H3 × 2 （P61830） Histone H2A.2 × 2 （P04912） Histone H2B.2 × 2 （P02294） DNA (147-mer) × 1 DNA (147-mer) × 1 Origin recognition complex subunit 1 × 2 （P54784）	与全部聚合物一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	H4_YEAST
Isoform	—
PDB实体	2
链与序列区间	作者链 B； PDB构建体 1–103； UniProt 1–103 作者链 F； PDB构建体 1–103； UniProt 1–103

Histone H2A.2

Saccharomyces cerevisiae (strain ATCC 204508 / S288c)

UniProt P04912

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白–DNA	异源复合物	蛋白 10 DNA 2	Histone H3 × 2 （P61830） Histone H4 × 2 （P02309） Histone H2B.2 × 2 （P02294） DNA (147-mer) × 1 DNA (147-mer) × 1 Origin recognition complex subunit 1 × 2 （P54784）	与全部聚合物一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	H2A2_YEAST
Isoform	—
PDB实体	3
链与序列区间	作者链 C； PDB构建体 1–132； UniProt 1–132 作者链 G； PDB构建体 1–132； UniProt 1–132

Histone H2B.2

Saccharomyces cerevisiae (strain ATCC 204508 / S288c)

UniProt P02294

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白–DNA	异源复合物	蛋白 10 DNA 2	Histone H3 × 2 （P61830） Histone H4 × 2 （P02309） Histone H2A.2 × 2 （P04912） DNA (147-mer) × 1 DNA (147-mer) × 1 Origin recognition complex subunit 1 × 2 （P54784）	与全部聚合物一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	H2B2_YEAST
Isoform	—
PDB实体	4
链与序列区间	作者链 D； PDB构建体 1–131； UniProt 1–131 作者链 H； PDB构建体 1–131； UniProt 1–131

Origin recognition complex subunit 1

Saccharomyces cerevisiae (strain ATCC 204508 / S288c)

UniProt P54784

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白–DNA	异源复合物	蛋白 10 DNA 2	Histone H3 × 2 （P61830） Histone H4 × 2 （P02309） Histone H2A.2 × 2 （P04912） Histone H2B.2 × 2 （P02294） DNA (147-mer) × 1 DNA (147-mer) × 1	与全部聚合物一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	ORC1_YEAST
Isoform	—
PDB实体	7
链与序列区间	作者链 K； PDB构建体 2–219； UniProt 2–219 作者链 L； PDB构建体 2–219； UniProt 2–219

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	7e9f
沉积日期 deposition_date	2021-03-04
结构标题 title	Cryo-EM structure of the 2:1 Orc1 BAH domain in complex with nucleosome
关键词 keywords	nucleosome, transcriptional silencing, chromatin, STRUCTURAL PROTEIN; STRUCTURAL PROTEIN
实验方法 method	ELECTRON MICROSCOPY

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3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

页面只读取最新 assembly 计算结果。每一条曲线都对应明确的 PDB、official biological assembly 和 coordinate model。

7e9f__assembly_1__model_1

Assembly 1 · Model 1 · CRYSOL 4.1.3-1-20251215 (887e7ef)

下载该曲线 .dat

7e9f__assembly_1__model_1 | I(q)

100 个绘图点；横轴和纵轴均采用对数尺度。

7e9f__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

P(r) 将按相同 assembly/model 分别计算和展示。

Rg（Guinier）	39.20 Å
Rg（电子密度）	36.88 Å
总 Rg	37.56 Å
原子数	13279
残基数	1306
排除体积	220170 Å³
最大 q	0.500 Å⁻¹

Assembly	Model	结构单元	聚集说明	状态	CRYSOL	操作
1	1	`7e9f__assembly_1__model_1`	dodecameric （12）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载

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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (7)

实体 1 Entity 1 polymer

描述 description	Histone H3
分子量 formula_weight	15146.7 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	2

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A,E
原子数 atom_count	13279

MARTKQTARKSTGGKAPRKQLASKAARKSAPSTGGVKKPHRYKPGTVALREIRRFQKSTELLIRKLPFQRLVREIAQDFKTDLRFQSSAIGALQESVEAYLVSLFEDTNLAAIHAKRVTIQKKDIKLARRLRGE

来源 Source

来源生物 organism	Saccharomyces cerevisiae (strain ATCC 204508 / S288c)
通用名 common_name	;Baker's yeast ;
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	559292
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

实体 2 Entity 2 polymer

描述 description	Histone H4
分子量 formula_weight	11395.4 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	2

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	B,F

MSGRGKGGKGLGKGGAKRHRKILRDNIQGITKPAIRRLARRGGVKRISGLIYEEVRAVLKSFLESVIRDSVTYTEHAKRKTVTSLDVVYALKRQGRTLYGFGG

来源 Source

来源生物 organism	Saccharomyces cerevisiae (strain ATCC 204508 / S288c)
通用名 common_name	;Baker's yeast ;
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	559292
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

实体 3 Entity 3 polymer

描述 description	Histone H2A.2
分子量 formula_weight	14013.2 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	2

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	C,G

MSGGKGGKAGSAAKASQSRSAKAGLTFPVGRVHRLLRRGNYAQRIGSGAPVYLTAVLEYLAAEILELAGNAARDNKKTRIIPRHLQLAIRNDDELNKLLGNVTIAQGGVLPNIHQNLLPKKSAKTAKASQEL

来源 Source

来源生物 organism	Saccharomyces cerevisiae (strain ATCC 204508 / S288c)
通用名 common_name	;Baker's yeast ;
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	559292
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

实体 4 Entity 4 polymer

描述 description	Histone H2B.2
分子量 formula_weight	14264.3 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	2

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	D,H

MSSAAEKKPASKAPAEKKPAAKKTSTSVDGKKRSKVRKETYSSYIYKVLKQTHPDTGISQKSMSILNSFVNDIFERIATEASKLAAYNKKSTISAREIQTAVRLILPGELAKHAVSEGTRAVTKYSSSTQA

来源 Source

来源生物 organism	Saccharomyces cerevisiae (strain ATCC 204508 / S288c)
通用名 common_name	;Baker's yeast ;
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	559292
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

实体 5 Entity 5 polymer

描述 description	DNA (147-mer)
分子量 formula_weight	45145.8 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polydeoxyribonucleotide
链编号 strand_id	I

CTGGAGAATCCCGGTGCCGAGGCCGCTCAATTGGTCGTAGACAGCTCTAGCACCGCTTAAACGCACGTACGCGCTGTCCCCCGCGTTTTAACCGCCAAGGGGATTACTCCCTAGTCTCCAGGCACGTGTCAGATATATACATCCTGT

实体 6 Entity 6 polymer

描述 description	DNA (147-mer)
分子量 formula_weight	45604.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polydeoxyribonucleotide
链编号 strand_id	J

ACAGGATGTATATATCTGACACGTGCCTGGAGACTAGGGAGTAATCCCCTTGGCGGTTAAAACGCGGGGGACAGCGCGTACGTGCGTTTAAGCGGTGCTAGAGCTGTCTACGACCAATTGAGCGGCCTCGGCACCGGGATTCTCCAG

实体 7 Entity 7 polymer

描述 description	Origin recognition complex subunit 1
分子量 formula_weight	25423.9 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	2

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	K,L

XAKTLKDLQGWEIITTDEQGNIIDGGQKRLRRRGAKTEHYLKRSSDGIKLGRGDSVVMHNEAAGTYSVYMIQELRLNTLNNVVELWALTYLRWFEVNPLAHYRQFNPDANILNRPLNYYNKLFSETANKNELYLTAELAELQLFNFIRVANVMDGSKWEVLKGNVDPERDFTVRYICEPTGEKFVDINIEDVKAYIKKVEPREAQEYLKDLTLPSKKKE

来源 Source

来源生物 organism	Saccharomyces cerevisiae (strain ATCC 204508 / S288c)
通用名 common_name	;Baker's yeast ;
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	559292
宿主生物 host_organism	Spodoptera frugiperda

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晶胞边长 a length_a	1.000 Å
晶胞边长 b length_b	1.000 Å
晶胞边长 c length_c	1.000 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	—

空间群 space_group	P 1
空间群编号 int_tables_number	1
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	4.00 Å
分辨率测定方法 resolution_method	—
颗粒数 num_particles	119206

Cryo-EM structure of the 2:1 Orc1 BAH domain in complex with nucleosome

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Histone H3

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

Histone H4

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

Histone H2A.2

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

Histone H2B.2

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

Origin recognition complex subunit 1

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

7e9f__assembly_1__model_1

7e9f__assembly_1__model_1 | I(q)

7e9f__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

冷冻电镜 EM 3D

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (7)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 3 Entity 3 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 4 Entity 4 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 5 Entity 5 polymer

聚合物 Polymer

实体 6 Entity 6 polymer

聚合物 Polymer

实体 7 Entity 7 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

7. 引用文献 (1)