SAXSdb — 7eaa

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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

RB1-inducible coiled-coil protein 1

Homo sapiens

当前结构中的状态

Assembly	聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与共同组分	实验方法与环境	结构质量
1	蛋白异源复合物异源复合物蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric（4）与蛋白拷贝数一致	链 C； UniProt 1286–1395 链 D； UniProt 1286–1395	未记录	Calcium-binding and coiled-coil domain-containing protein 2 × 2 （Q13137）	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；289 K；0.1 M MgCl2, 0.1 M MES pH 6.0, 8% PEG6000	分辨率 2.60 Å R-free 0.253

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

其他 PDB	相对当前条目 7EAA	Assembly / 聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与非聚合物	实验方法与环境	结构质量
6DCE X-ray structure of FIP200 claw domain 提交 2018-05-05	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 1494–1594（101 aa）	非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）	SO4 SULFATE ION × 3	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；292 K；0.1 M HEPES pH 7.4, 2 M Ammonium sulfate	分辨率 1.56 Å R-free 0.241
6GMA Crystal structure of the FIP200 C-terminal region 提交 2018-05-24	构建体不同聚集状态不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 1458–1594（137 aa）链 B 1458–1594（137 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；293 K；0.1 M MES pH 6.0, 1.0 M LiCl, 14% PEG 6000	分辨率 3.20 Å R-free 0.295
6GMA Crystal structure of the FIP200 C-terminal region 提交 2018-05-24	构建体不同聚集状态不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 C 1458–1594（137 aa）链 D 1458–1594（137 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；293 K；0.1 M MES pH 6.0, 1.0 M LiCl, 14% PEG 6000	分辨率 3.20 Å R-free 0.295
6GMA Crystal structure of the FIP200 C-terminal region 提交 2018-05-24	构建体不同聚集状态不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 3 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 E 1458–1594（137 aa）链 F 1458–1594（137 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；293 K；0.1 M MES pH 6.0, 1.0 M LiCl, 14% PEG 6000	分辨率 3.20 Å R-free 0.295
7CZG Crystal structure of FIP200 Claw domain apo form 提交 2020-09-08	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 1490–1594（105 aa）链 C 1490–1594（105 aa）	未记录	PEG DI(HYDROXYETHYL)ETHER × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；289 K；Sodium citrate tribasic dihydrate pH 5.0, Jeffamine ED-2001 pH 7.0	分辨率 1.80 Å R-free 0.230
7CZG Crystal structure of FIP200 Claw domain apo form 提交 2020-09-08	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 B 1490–1594（105 aa）链 D 1490–1594（105 aa）	未记录	PEG DI(HYDROXYETHYL)ETHER × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；289 K；Sodium citrate tribasic dihydrate pH 5.0, Jeffamine ED-2001 pH 7.0	分辨率 1.80 Å R-free 0.230
7CZM Crystal structure of FIP200 Claw/p-OPtineurin LIR complex 提交 2020-09-09	构建体不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 A 1490–1594（105 aa）链 B 1490–1594（105 aa）	未记录	GOL GLYCEROL × 2 CL CHLORIDE ION × 4	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；289 K；Potassium iodide, MES pH 6.5, PEG 4000	分辨率 2.00 Å R-free 0.223
7D0E Crystal structure of FIP200 Claw/p-CCPG1 FIR2 提交 2020-09-09	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 A 1490–1594（105 aa）	未记录	GO9 3-(2-hydroxyethyloxy)-2-[2-(2-hydroxyethyloxy)ethoxymethyl]-2-(2-hydroxyethyloxymethyl)propan-1-ol × 2 PEG DI(HYDROXYETHYL)ETHER × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；289 K；KCl, Pentaerythritol ethoxylate (15/4 EO/OH), MES	分辨率 1.40 Å R-free 0.207
7EA2 crystal structure of NAP1 FIR in complex with RB1CC1 Claw domain 提交 2021-03-06	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 信息不足同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 1490–1594（105 aa）链 B 1490–1594（105 aa）	未记录	P6G HEXAETHYLENE GLYCOL × 1 PEG DI(HYDROXYETHYL)ETHER × 2 FLC CITRATE ANION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；289 K；0.1 M phosphate/citrate pH 4.2, 40% PEG300	分辨率 2.14 Å R-free 0.232
8SOI Structure of human ULK1 complex core (2:1:1 stoichiometry) 提交 2023-04-28	构建体不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 A 1–600（600 aa）链 B 1–600（600 aa）	未记录	未记录非水小分子	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.4 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 4.20 Å
8SQZ Structure of human ULK1 complex core (2:2:2 stoichiometry) in the PI3KC3-C1 mixture 提交 2023-05-04	构建体不同聚集状态不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 6 PDB 声明：hexameric	链 A 1–640（640 aa）链 B 1–640（640 aa）	未记录	未记录非水小分子	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.4 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 5.85 Å
8SRM Structure of human ULK1 complex core (2:2:2 stoichiometry) of the ATG13(450-517) mutant 提交 2023-05-05	构建体不同聚集状态不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 6 PDB 声明：hexameric	链 A 1–640（640 aa）链 B 1–640（640 aa）	未记录	未记录非水小分子	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.5 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 4.46 Å
8W6B crystal structure of TAX1BP1 SKICH domain in complex with RB1CC1 coiled-coil domain 提交 2023-08-28	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 8 PDB 声明：octameric	链 C 1343–1395（53 aa）链 D 1343–1395（53 aa）链 G 1343–1395（53 aa）链 H 1343–1395（53 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；289 K；5% (w/v) PEG 4000, 50 mM Magnesium chloride, 100 mM MES at pH 6.5, 10% 2-propanol	分辨率 2.39 Å R-free 0.234
8YFK Crystal structure of FIP200 claw/TNIP1_FIR_pS123 提交 2024-02-24	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 1490–1594（105 aa）片段：claw domain	未记录	MPD (4S)-2-METHYL-2,4-PENTANEDIOL × 1 MG MAGNESIUM ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；289 K；0.018M magnesium chloride hexahydrate, 0.018M calcium chloride dehydrate, 0.1M imidazole, 0.1M MES, 0.1M monohydrate, 10% v/v MPD, 10% PEG 1000, 10% v/v PEG 3350, pH 6.5	分辨率 2.00 Å R-free 0.220
8YFK Crystal structure of FIP200 claw/TNIP1_FIR_pS123 提交 2024-02-24	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 G 1490–1594（105 aa）片段：claw domain	未记录	MPD (4S)-2-METHYL-2,4-PENTANEDIOL × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；289 K；0.018M magnesium chloride hexahydrate, 0.018M calcium chloride dehydrate, 0.1M imidazole, 0.1M MES, 0.1M monohydrate, 10% v/v MPD, 10% PEG 1000, 10% v/v PEG 3350, pH 6.5	分辨率 2.00 Å R-free 0.220
8YFK Crystal structure of FIP200 claw/TNIP1_FIR_pS123 提交 2024-02-24	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 3 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 C 1490–1594（105 aa）片段：claw domain	未记录	MG MAGNESIUM ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；289 K；0.018M magnesium chloride hexahydrate, 0.018M calcium chloride dehydrate, 0.1M imidazole, 0.1M MES, 0.1M monohydrate, 10% v/v MPD, 10% PEG 1000, 10% v/v PEG 3350, pH 6.5	分辨率 2.00 Å R-free 0.220
8YFK Crystal structure of FIP200 claw/TNIP1_FIR_pS123 提交 2024-02-24	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 4 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 E 1490–1594（105 aa）片段：claw domain	未记录	MPD (4S)-2-METHYL-2,4-PENTANEDIOL × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；289 K；0.018M magnesium chloride hexahydrate, 0.018M calcium chloride dehydrate, 0.1M imidazole, 0.1M MES, 0.1M monohydrate, 10% v/v MPD, 10% PEG 1000, 10% v/v PEG 3350, pH 6.5	分辨率 2.00 Å R-free 0.220
8YFL crystal structure of FIP200 claw/TNIP1_FIR_pS122pS123 提交 2024-02-24	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 1490–1594（105 aa）片段：claw domain	未记录	GOL GLYCEROL × 2 MPD (4S)-2-METHYL-2,4-PENTANEDIOL × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；289 K；15% w/v PEG 6000, 0.1M MES, 5% v/v MPD, pH 6.5	分辨率 1.50 Å R-free 0.218
8YFL crystal structure of FIP200 claw/TNIP1_FIR_pS122pS123 提交 2024-02-24	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 C 1490–1594（105 aa）片段：claw domain	未记录	GOL GLYCEROL × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；289 K；15% w/v PEG 6000, 0.1M MES, 5% v/v MPD, pH 6.5	分辨率 1.50 Å R-free 0.218
8YFM Crystal structure of FIP200 claw/TNIP1_FIR_pS122 提交 2024-02-24	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 1490–1594（105 aa）片段：claw domain	未记录	SO4 SULFATE ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；289 K；25% v/v PEG smear medium, 0.1M sodium cacodylate, 0.2M ammonium sulfate, pH 5.5	分辨率 1.50 Å R-free 0.209
8YFM Crystal structure of FIP200 claw/TNIP1_FIR_pS122 提交 2024-02-24	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 D 1490–1594（105 aa）片段：claw domain	未记录	GOL GLYCEROL × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；289 K；25% v/v PEG smear medium, 0.1M sodium cacodylate, 0.2M ammonium sulfate, pH 5.5	分辨率 1.50 Å R-free 0.209
8YFN Crystal structure of FIP200 claw in complex with TNIP1_FIR_pS123 peptide with an elongated C terminus 提交 2024-02-24	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 1490–1594（105 aa）片段：claw domain	未记录	MG MAGNESIUM ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；289 K；0.2M imidazole malate, pH 5.5, 42% PEG 600	分辨率 2.30 Å R-free 0.236
8YFN Crystal structure of FIP200 claw in complex with TNIP1_FIR_pS123 peptide with an elongated C terminus 提交 2024-02-24	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 C 1490–1594（105 aa）片段：claw domain	未记录	MG MAGNESIUM ION × 1 GOL GLYCEROL × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；289 K；0.2M imidazole malate, pH 5.5, 42% PEG 600	分辨率 2.30 Å R-free 0.236
9C82 Structure of human ULK1C:PI3KC3-C1 supercomplex 提交 2024-06-11	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 5 PDB 声明：pentameric	链 F 1–640（640 aa）	未记录	未记录非水小分子	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.5 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE；added 0.05% (w/v) octylglucopyranoside as surfactant	分辨率 6.84 Å
9D34 FIP200 C-terminal CLAW domain (resid. 1490-1594) in complex with phosphorylated TNIP1 FIP200 interacting peptide 提交 2024-08-09	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 1490–1594（105 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 6.5；293 K；Morpheus E4 (12.5% w/v PEG 1000, 12.5% w/v PEG 3350, 12.5% v/v MPD, 0.03 M of each ethylene glycol, 0.1 M MES/imidazole pH 6.5)	分辨率 1.42 Å R-free 0.234
9J54 Crystal structure of FIP200 Claw in complex with ATG16L1 提交 2024-08-11	构建体不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 A 1490–1594（105 aa）链 C 1490–1594（105 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 8.5；289 K；10% v/v 2-Propanol, 0.1 M BICINE (pH 8.5), 30% w/v Polyethylene glycol 1500	分辨率 1.61 Å R-free 0.216

共 17 个其他 PDB 条目、26 个 assembly。打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	RBCC1_HUMAN
Isoform	—
PDB实体	1
链与序列区间	作者链 C； PDB构建体 5–114； UniProt 1286–1395 作者链 D； PDB构建体 5–114； UniProt 1286–1395

Calcium-binding and coiled-coil domain-containing protein 2

Homo sapiens

UniProt Q13137

当前结构中的状态

Assembly	聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与共同组分	实验方法与环境	结构质量
1	蛋白异源复合物异源复合物蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric（4）与蛋白拷贝数一致	链 A； UniProt 10–141 链 B； UniProt 10–141	未记录	RB1-inducible coiled-coil protein 1 × 2 （Q8TDY2）	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；289 K；0.1 M MgCl2, 0.1 M MES pH 6.0, 8% PEG6000	分辨率 2.60 Å R-free 0.253

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

其他 PDB	相对当前条目 7EAA	Assembly / 聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与非聚合物	实验方法与环境	结构质量
2MXP Solution structure of NDP52 ubiquitin-binding zinc finger 提交 2015-01-12	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 414–446（33 aa）片段：C-terminal, UNP residues 414-446	未记录	ZN ZINC ION × 1	SOLUTION NMR NMR测量条件 pH 6.5；298 K；离子强度（mmCIF原始值）0.1；压力 ambient NMR测量条件 pH 6.5；298 K；离子强度（mmCIF原始值）0.1；压力 ambient NMR样品组成 1 mM [U-100% 13C; U-100% 15N] entity_1-1, 1 mM [U-100% 15N] entity_1-2, 90% H2O/10% D2O \| 90% H2O/10% D2O NMR样品组成 1 mM [U-100% 13C; U-100% 15N] entity_1-3, 100% D2O \| 100% D2O NMR样品组成 1.2 mM entity_1-4, 100% D2O \| 100% D2O	分辨率未提供
3VVV Skich domain of NDP52 提交 2012-07-28	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 21–141（121 aa）片段：UNP residues 21-141	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION；pH 8.5；293 K；24% PEG4000, 0.1M Tris , pH 8.5, VAPOR DIFFUSION, temperature 293K	分辨率 1.35 Å R-free 0.189
3VVV Skich domain of NDP52 提交 2012-07-28	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 21–141（121 aa）片段：UNP residues 21-141	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION；pH 8.5；293 K；24% PEG4000, 0.1M Tris , pH 8.5, VAPOR DIFFUSION, temperature 293K	分辨率 1.35 Å R-free 0.189
3VVW NDP52 in complex with LC3C 提交 2012-07-28	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 21–141（121 aa）片段：UNP residues 21-141	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION；pH 7；293 K；16% PEG6000, 0.01M sodium citrate , pH 7.0, Vapor Diffusion, temperature 293K	分辨率 2.50 Å R-free 0.252
4GXL The crystal structure of Galectin-8 C-CRD in complex with NDP52 提交 2012-09-04	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 B 368–381（14 aa）片段：UNP residues 368-381	未记录	GOL GLYCEROL × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7.5；283 K；2% PEG 400, 0.1M HEPES sodium pH 7.5, 2.0M ammonium sulfate, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 283K	分辨率 2.02 Å R-free 0.216
4HAN Crystal structure of Galectin 8 with NDP52 peptide 提交 2012-09-27	构建体不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 C 372–385（14 aa）片段：UNP residues 372-385 链 D 372–385（14 aa）片段：UNP residues 372-385	未记录	NAD NICOTINAMIDE-ADENINE-DINUCLEOTIDE × 2 PEG DI(HYDROXYETHYL)ETHER × 3	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8.5；295 K；0.1M Tris-Hcl pH8.5, 30~34% (v/w) PEG400, 200mM LiSO4, and 10mM Nicotinamide adenine dinucleotide, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 295K	分辨率 2.55 Å R-free 0.214
4XKL Crystal structure of NDP52 ZF2 in complex with mono-ubiquitin 提交 2015-01-12	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 B 414–446（33 aa）片段：Zinc finger, UNP residues 414-446	未记录	GOL GLYCEROL × 1 ACT ACETATE ION × 2 ZN ZINC ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7.5；289 K；0.2 M magnesium acetate tetrahydrate, 20% w/v Polyethylene glycol 3350	分辨率 2.10 Å R-free 0.243
4XKL Crystal structure of NDP52 ZF2 in complex with mono-ubiquitin 提交 2015-01-12	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 D 414–446（33 aa）片段：Zinc finger, UNP residues 414-446	未记录	GOL GLYCEROL × 1 ACT ACETATE ION × 2 ZN ZINC ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7.5；289 K；0.2 M magnesium acetate tetrahydrate, 20% w/v Polyethylene glycol 3350	分辨率 2.10 Å R-free 0.243
5AAQ TBK1 recruitment to cytosol-invading Salmonella induces anti- bacterial autophagy 提交 2015-07-28	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 388–446（59 aa）片段：UNP RESIDUES 388-446	未记录	ZN ZINC ION × 1	SOLUTION NMR NMR测量条件 pH 6.5；298 K；离子强度（mmCIF原始值）100；压力 1.0 NMR样品组成 95% WATER/5% D2O	分辨率未提供
5Z7A Crystal structure of NDP52 SKICH region 提交 2018-01-27	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 1–126（126 aa）片段：UNP residues 1-126	未记录	SO4 SULFATE ION × 1 DTT 2,3-DIHYDROXY-1,4-DITHIOBUTANE × 1 GOL GLYCEROL × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 6.7；289 K；PEG 3350, 0.2 M potassium sulfate	分辨率 2.38 Å R-free 0.263
5Z7A Crystal structure of NDP52 SKICH region 提交 2018-01-27	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 B 1–126（126 aa）片段：UNP residues 1-126	未记录	SO4 SULFATE ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 6.7；289 K；PEG 3350, 0.2 M potassium sulfate	分辨率 2.38 Å R-free 0.263
5Z7L Crystal structure of NDP52 SKICH region in complex with NAP1 提交 2018-01-29	构建体不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 A 10–126（117 aa）片段：UNP residues 10-126 链 B 10–126（117 aa）片段：UNP residues 10-126	未记录	GOL GLYCEROL × 4	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；289 K；PEG3350,sodium malonate	分辨率 2.02 Å R-free 0.222

共 9 个其他 PDB 条目、12 个 assembly。打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	CACO2_HUMAN
Isoform	—
PDB实体	2
链与序列区间	作者链 A； PDB构建体 5–136； UniProt 10–141 作者链 B； PDB构建体 5–136； UniProt 10–141

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	7eaa
沉积日期 deposition_date	2021-03-06
结构标题 title	crystal structure of NDP52 SKICH domain in complex with RB1CC1 coiled-coil domain
关键词 keywords	NDP52 SKICH, complex, RB1CC1 coiled-coil, PROTEIN BINDING; PROTEIN BINDING
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	41.19 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	42.84 Å
零角强度 I(0) i0	43695800.00
分子量 molecular_weight	52339.0 kDa
排除体积 excluded_volume	65409 Å³
包络体积 envelope_volume	91950 Å³
水化壳体积 shell_volume	22396 Å³
包络直径 envelope_diameter	165.7 Å
壳层 Rg shell_rg	37.91 Å
包络 Rg envelope_rg	43.02 Å
形状 Rg shape_rg	42.78 Å
总 Rg total_rg	42.68 Å
总原子数 total_atoms	3690
残基数 n_residues	441
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

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4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	161.2 Å
Rg (实空间) rg_real	42.42 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	2.82 Å
I(0) (实空间) i0_real	4.3700e+07
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	9.0460e+05
Rg (倒空间) rg_reciprocal	41.20 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	43640000.0000
解质量估计 total_estimate	0.6226
解质量评级 solution_quality	REASONABLE a REASONABLE solution
P(r) 峰数 n_peaks	2
主峰位置 r_peak_primary	25.4 Å
偏度 Skewness skewness	0.845
峰度 Kurtosis kurtosis	-0.201
角度范围 angular_range	— – 0.1900 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha	2369000.0000
实空间数据点数 n_real_points	39
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.055; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.015; Smooth: 0.909

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5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

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6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (3)

实体 1 Entity 1 polymer

描述 description	RB1-inducible coiled-coil protein 1
分子量 formula_weight	13565.2 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	2

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	C,D
原子数 atom_count	3757

GSEFSLVAELQEKLQEEKAKFLEQLEEQEKRKNEEMQNVRTSLIAEQQTNFNTVLTREKMRKENIINDLSDKLKSTMQQQERDKDLIESLSEDRARLLEEKKKLEEEVSKLRSS

来源 Source

来源生物 organism	Homo sapiens
通用名 common_name	Human
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9606
宿主生物 host_organism	Escherichia coli BL21(DE3)

实体 2 Entity 2 polymer

描述 description	Calcium-binding and coiled-coil domain-containing protein 2
分子量 formula_weight	15968.9 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	2

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	B,A

GPGSTSAVLLDHCHFSQVIFNSVEKFYIPGGDVTCHYTFTQHFIPRRKDWIGIFRVGWKTTREYYTFMWVTLPIDLNNKSAKQQEVQFKAYYLPKDDEYYQFCYVDEDGVVRGASIPFQFRPENEEDILVVTTQGE

来源 Source

来源生物 organism	Homo sapiens
通用名 common_name	Human
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9606
宿主生物 host_organism	Escherichia coli BL21(DE3)

实体 3 Entity 3 water

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	67

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8. 引用文献 (1)

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晶胞边长 a length_a	69.439 Å
晶胞边长 b length_b	69.439 Å
晶胞边长 c length_c	246.095 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	16

空间群 space_group	P 41 21 2
空间群编号 int_tables_number	92
晶系 crystal_system	tetragonal

分辨率 resolution	2.600 Å
最低分辨率 resolution_low	46.050 Å
R 因子 r_factor	0.2017
R_work r_work	0.1990
R_free r_free	0.2534

fit	/app/data/saxs_computation/ea/7eaa/7eaa.fit
pddf	/app/data/pr_computation/ea/7eaa/7eaa.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/ea/7eaa/7eaa.dat

crystal structure of NDP52 SKICH domain in complex with RB1CC1 coiled-coil domain

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

RB1-inducible coiled-coil protein 1

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

Calcium-binding and coiled-coil domain-containing protein 2

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (3)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 3 Entity 3 water

8. 引用文献 (1)

9. 文件与曲线 (10)

Files (7)

Curves (3)