7mfy

The Crystal Structure of Q108K:K40L:T51V:T53S:R58W:Y19W:A33W:L117E Mutant of HCRBPII Bound with LizFluor

Method: X-RAY DIFFRACTION Dmax: 49.2 Å Quality: GOOD

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Retinol-binding protein 2

Homo sapiens

UniProt P50120

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 蛋白单体 单体 蛋白 × 1 PDB 声明:monomeric(1) 与蛋白拷贝数一致 链 A; UniProt 2–134 突变:Y19W, A33W, K40L, T51V, T53S, R58W, Q108K, L117E ACT ACETATE ION × 1 ZFG 4-{5-[(2E)-but-2-en-2-yl]thiophen-2-yl}-N,N-dimethylaniline × 1 GOL GLYCEROL × 3 X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件:VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP;298 K;PEG 4000, sodium acetate, Ammonium acetate 分辨率 1.26 Å R-free 0.181

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly, “相对当前条目”直接指出证据层面的不同;没有差异标签表示当前已读取字段一致。

共 101 个其他 PDB 条目、200 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 RET2_HUMAN
Isoform
PDB实体 1
链与序列区间 作者链 A; PDB构建体 1–133; UniProt 2–134

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。 链映射与序列区间收在“数据证据”中;数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护,因此不在读者页面展示。

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

SAXS profile for 7mfy

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

P(r) distribution for 7mfy
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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id7mfy
沉积日期 deposition_date2021-04-12
结构标题 titleThe Crystal Structure of Q108K:K40L:T51V:T53S:R58W:Y19W:A33W:L117E Mutant of HCRBPII Bound with LizFluor
关键词 keywordsDomain Swapped Trimer, iLBP, LIPID BINDING PROTEIN; LIPID BINDING PROTEIN
实验方法 methodX-RAY DIFFRACTION

3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier15.48
回转半径 Rg (电子) rg_electron14.15
零角强度 I(0) i05201660.00
分子量 molecular_weight16299.0 kDa
排除体积 excluded_volume20352 ų
包络体积 envelope_volume22370 ų
水化壳体积 shell_volume13228 ų
包络直径 envelope_diameter48.8
壳层 Rg shell_rg20.19
包络 Rg envelope_rg14.46
形状 Rg shape_rg14.13
总 Rg total_rg15.41
总原子数 total_atoms1148
残基数 n_residues133
球谐函数阶数 n_harmonics20
q 范围 q_range— – 0.5000 −1
数据点数 n_points101
壳层类型 shell_typedirectional
溶剂电子密度 solvent_density0.3340 e/ų
壳层衬度 contrast_shell0.0300 e/ų
CRYSOL 版本 crysol_version4.1.3

4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax49.2
Rg (实空间) rg_real15.37
Rg 误差 (实空间) rg_real_error0.26
I(0) (实空间) i0_real5.2020e+06
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error5.4100e+04
Rg (倒空间) rg_reciprocal15.38
I(0) (倒空间) i0_reciprocal5202000.0000
解质量估计 total_estimate0.8894
解质量评级 solution_quality GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks2
主峰位置 r_peak_primary19.9
偏度 Skewness skewness0.101
峰度 Kurtosis kurtosis-0.399
角度范围 angular_range— – 0.5000 −1
当前正则化参数 α current_alpha0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha1177000.0000
实空间数据点数 n_real_points80
GNOM 版本 gnom_version4.1.3
质量判据 quality_criteria AN1: 0.000; Oscil: 0.858; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.992; Smooth: 0.993

5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (5)

8. 引用文献 (1)

9. 文件与曲线 (10)