7mo7

Cryo-EM structure of 2:2 c-MET/HGF holo-complex

Method: ELECTRON MICROSCOPY Dmax: 182.6 Å Quality: GOOD

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Hepatocyte growth factor

Homo sapiens

UniProt P14210

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 其他组合 异源复合物 蛋白 × 4 其他聚合物 1 PDB 声明:tetrameric(4) 与蛋白拷贝数一致 链 A; UniProt 1–728 链 D; UniProt 1–728 未记录 Hepatocyte growth factor receptor × 2 (P08581) ;2-O-sulfo-alpha-L-idopyranuronic acid-(1-4)-2-deoxy-6-O-sulfo-2-(sulfoamino)-alpha-D-glucopyranose-(1-4)-2-O-sulfo-alpha-L-idopyranuronic acid-(1-4)-2-deoxy-6-O-sulfo-2-(sulfoamino)-alpha-D-glucopyranose-(1-4)-2-O-sulfo-alpha-L-idopyranuronic acid-(1-4)-2-deoxy-6-O-sulfo-2-(sulfoamino)-alpha-D-glucopyranose ; × 1 ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液:pH 7.5 cryo-EM玻璃化条件:冷冻剂 ETHANE 分辨率 4.80 Å

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly, “相对当前条目”直接指出证据层面的不同;没有差异标签表示当前已读取字段一致。

共 35 个其他 PDB 条目、45 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 HGF_HUMAN
Isoform
PDB实体 1
链与序列区间 作者链 A; PDB构建体 1–728; UniProt 1–728 作者链 D; PDB构建体 1–728; UniProt 1–728

Hepatocyte growth factor receptor

Homo sapiens

UniProt P08581

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 其他组合 异源复合物 蛋白 × 4 其他聚合物 1 PDB 声明:tetrameric(4) 与蛋白拷贝数一致 链 B; UniProt 1–1390 链 E; UniProt 1–1390 未记录 Hepatocyte growth factor × 2 (P14210) ;2-O-sulfo-alpha-L-idopyranuronic acid-(1-4)-2-deoxy-6-O-sulfo-2-(sulfoamino)-alpha-D-glucopyranose-(1-4)-2-O-sulfo-alpha-L-idopyranuronic acid-(1-4)-2-deoxy-6-O-sulfo-2-(sulfoamino)-alpha-D-glucopyranose-(1-4)-2-O-sulfo-alpha-L-idopyranuronic acid-(1-4)-2-deoxy-6-O-sulfo-2-(sulfoamino)-alpha-D-glucopyranose ; × 1 ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液:pH 7.5 cryo-EM玻璃化条件:冷冻剂 ETHANE 分辨率 4.80 Å

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly, “相对当前条目”直接指出证据层面的不同;没有差异标签表示当前已读取字段一致。

共 128 个其他 PDB 条目、166 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 MET_HUMAN
Isoform
PDB实体 2
链与序列区间 作者链 B; PDB构建体 1–1390; UniProt 1–1390 作者链 E; PDB构建体 1–1390; UniProt 1–1390

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。 链映射与序列区间收在“数据证据”中;数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护,因此不在读者页面展示。

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

SAXS profile for 7mo7

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

P(r) distribution for 7mo7
下载 Download

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id7mo7
沉积日期 deposition_date2021-05-01
结构标题 titleCryo-EM structure of 2:2 c-MET/HGF holo-complex
关键词 keywordsc-MET, HGF, receptor tyrosine kinase, SIGNALING PROTEIN; SIGNALING PROTEIN
实验方法 methodELECTRON MICROSCOPY

3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier61.36
回转半径 Rg (电子) rg_electron62.01
零角强度 I(0) i0999708000.00
分子量 molecular_weight258600.0 kDa
排除体积 excluded_volume320650 ų
包络体积 envelope_volume527070 ų
水化壳体积 shell_volume74585 ų
包络直径 envelope_diameter191.7
壳层 Rg shell_rg57.69
包络 Rg envelope_rg59.68
形状 Rg shape_rg62.03
总 Rg total_rg61.82
总原子数 total_atoms18135
残基数 n_residues2329
球谐函数阶数 n_harmonics20
q 范围 q_range— – 0.5000 −1
数据点数 n_points101
壳层类型 shell_typedirectional
溶剂电子密度 solvent_density0.3340 e/ų
壳层衬度 contrast_shell0.0300 e/ų
CRYSOL 版本 crysol_version4.1.3

4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax182.6
Rg (实空间) rg_real61.66
Rg 误差 (实空间) rg_real_error1.79
I(0) (实空间) i0_real9.9970e+08
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error2.1470e+07
Rg (倒空间) rg_reciprocal61.03
I(0) (倒空间) i0_reciprocal998600000.0000
解质量估计 total_estimate0.8269
解质量评级 solution_quality GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks1
主峰位置 r_peak_primary49.2
偏度 Skewness skewness0.255
峰度 Kurtosis kurtosis-0.893
角度范围 angular_range— – 0.1300 −1
当前正则化参数 α current_alpha0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha45010000.0000
实空间数据点数 n_real_points27
GNOM 版本 gnom_version4.1.3
质量判据 quality_criteria AN1: 0.000; Oscil: 0.961; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.862; Smooth: 0.000

5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (3)

8. 引用文献 (1)

9. 文件与曲线 (10)