7nad

State E2 nucleolar 60S ribosomal biogenesis intermediate - Spb4 local refinement model

Method: ELECTRON MICROSCOPY

▼

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

RRP17 isoform 1

物种未注明

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白–RNA	异源复合物	蛋白 24 RNA 2	25S rRNA × 1 5.8S rRNA × 1 NOC2 isoform 1 × 1 （A0A8H4BX61） 60S ribosomal protein L3 × 1 （P14126） RPL8A isoform 1 × 1 （A0A8H4C0K3） NOC3 isoform 1 × 1 （A0A8H4BYD1） 60S ribosomal protein L17-A × 1 （P05740） 60S ribosomal protein L19-A × 1 （P0CX82） 60S ribosomal protein L22-A × 1 （P05749） 60S ribosomal protein L23-A × 1 60S ribosomal protein L25 × 1 （P04456） 60S ribosomal protein L27-A × 1 （P0C2H6） Nucleolar GTP-binding protein 1 × 1 （Q02892） 60S ribosomal protein L30 × 1 （P14120） 60S ribosomal protein L31-A × 1 （P0C2H8） 60S ribosomal protein L34-A × 1 （P87262） RPL38 isoform 1 × 1 （A0A6A5PUL8） Ribosome biogenesis protein ERB1 × 1 Pescadillo homolog × 1 YTM1 isoform 1 × 1 （A0A8H4BV53） RLP7 isoform 1 × 1 （A0A8H4BY26） Ribosome biogenesis protein RLP24 × 1 （A0A6A5PUP3） SPB1 isoform 1 × 1 （A0A8H4BSI2） 60S ribosomal protein L37-A × 1 （P49166） SPB4 isoform 1 × 1 （A0A8H8UL81） ZINC ION × 1	与全部聚合物一致

数据库中的同蛋白其他状态

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UniProt名称	A0A6A5Q2X9_YEASX
Isoform	—
PDB实体	3
链与序列区间	作者链 5； PDB构建体 1–235； UniProt 1–235

NOC2 isoform 1

物种未注明

UniProt A0A8H4BX61

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白–RNA	异源复合物	蛋白 24 RNA 2	25S rRNA × 1 5.8S rRNA × 1 RRP17 isoform 1 × 1 （A0A6A5Q2X9） 60S ribosomal protein L3 × 1 （P14126） RPL8A isoform 1 × 1 （A0A8H4C0K3） NOC3 isoform 1 × 1 （A0A8H4BYD1） 60S ribosomal protein L17-A × 1 （P05740） 60S ribosomal protein L19-A × 1 （P0CX82） 60S ribosomal protein L22-A × 1 （P05749） 60S ribosomal protein L23-A × 1 60S ribosomal protein L25 × 1 （P04456） 60S ribosomal protein L27-A × 1 （P0C2H6） Nucleolar GTP-binding protein 1 × 1 （Q02892） 60S ribosomal protein L30 × 1 （P14120） 60S ribosomal protein L31-A × 1 （P0C2H8） 60S ribosomal protein L34-A × 1 （P87262） RPL38 isoform 1 × 1 （A0A6A5PUL8） Ribosome biogenesis protein ERB1 × 1 Pescadillo homolog × 1 YTM1 isoform 1 × 1 （A0A8H4BV53） RLP7 isoform 1 × 1 （A0A8H4BY26） Ribosome biogenesis protein RLP24 × 1 （A0A6A5PUP3） SPB1 isoform 1 × 1 （A0A8H4BSI2） 60S ribosomal protein L37-A × 1 （P49166） SPB4 isoform 1 × 1 （A0A8H8UL81） ZINC ION × 1	与全部聚合物一致

数据库中的同蛋白其他状态

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UniProt名称	A0A8H4BX61_YEASX
Isoform	—
PDB实体	4
链与序列区间	作者链 8； PDB构建体 1–710； UniProt 1–710

60S ribosomal protein L3

物种未注明

UniProt P14126

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白–RNA	异源复合物	蛋白 24 RNA 2	25S rRNA × 1 5.8S rRNA × 1 RRP17 isoform 1 × 1 （A0A6A5Q2X9） NOC2 isoform 1 × 1 （A0A8H4BX61） RPL8A isoform 1 × 1 （A0A8H4C0K3） NOC3 isoform 1 × 1 （A0A8H4BYD1） 60S ribosomal protein L17-A × 1 （P05740） 60S ribosomal protein L19-A × 1 （P0CX82） 60S ribosomal protein L22-A × 1 （P05749） 60S ribosomal protein L23-A × 1 60S ribosomal protein L25 × 1 （P04456） 60S ribosomal protein L27-A × 1 （P0C2H6） Nucleolar GTP-binding protein 1 × 1 （Q02892） 60S ribosomal protein L30 × 1 （P14120） 60S ribosomal protein L31-A × 1 （P0C2H8） 60S ribosomal protein L34-A × 1 （P87262） RPL38 isoform 1 × 1 （A0A6A5PUL8） Ribosome biogenesis protein ERB1 × 1 Pescadillo homolog × 1 YTM1 isoform 1 × 1 （A0A8H4BV53） RLP7 isoform 1 × 1 （A0A8H4BY26） Ribosome biogenesis protein RLP24 × 1 （A0A6A5PUP3） SPB1 isoform 1 × 1 （A0A8H4BSI2） 60S ribosomal protein L37-A × 1 （P49166） SPB4 isoform 1 × 1 （A0A8H8UL81） ZINC ION × 1	与全部聚合物一致

数据库中的同蛋白其他状态

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UniProt名称	RL3_YEAST
Isoform	—
PDB实体	5
链与序列区间	作者链 B； PDB构建体 1–387； UniProt 1–387

RPL8A isoform 1

物种未注明

UniProt A0A8H4C0K3

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白–RNA	异源复合物	蛋白 24 RNA 2	25S rRNA × 1 5.8S rRNA × 1 RRP17 isoform 1 × 1 （A0A6A5Q2X9） NOC2 isoform 1 × 1 （A0A8H4BX61） 60S ribosomal protein L3 × 1 （P14126） NOC3 isoform 1 × 1 （A0A8H4BYD1） 60S ribosomal protein L17-A × 1 （P05740） 60S ribosomal protein L19-A × 1 （P0CX82） 60S ribosomal protein L22-A × 1 （P05749） 60S ribosomal protein L23-A × 1 60S ribosomal protein L25 × 1 （P04456） 60S ribosomal protein L27-A × 1 （P0C2H6） Nucleolar GTP-binding protein 1 × 1 （Q02892） 60S ribosomal protein L30 × 1 （P14120） 60S ribosomal protein L31-A × 1 （P0C2H8） 60S ribosomal protein L34-A × 1 （P87262） RPL38 isoform 1 × 1 （A0A6A5PUL8） Ribosome biogenesis protein ERB1 × 1 Pescadillo homolog × 1 YTM1 isoform 1 × 1 （A0A8H4BV53） RLP7 isoform 1 × 1 （A0A8H4BY26） Ribosome biogenesis protein RLP24 × 1 （A0A6A5PUP3） SPB1 isoform 1 × 1 （A0A8H4BSI2） 60S ribosomal protein L37-A × 1 （P49166） SPB4 isoform 1 × 1 （A0A8H8UL81） ZINC ION × 1	与全部聚合物一致

数据库中的同蛋白其他状态

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UniProt名称	A0A8H4C0K3_YEASX
Isoform	—
PDB实体	6
链与序列区间	作者链 G； PDB构建体 1–256； UniProt 1–256

NOC3 isoform 1

物种未注明

UniProt A0A8H4BYD1

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白–RNA	异源复合物	蛋白 24 RNA 2	25S rRNA × 1 5.8S rRNA × 1 RRP17 isoform 1 × 1 （A0A6A5Q2X9） NOC2 isoform 1 × 1 （A0A8H4BX61） 60S ribosomal protein L3 × 1 （P14126） RPL8A isoform 1 × 1 （A0A8H4C0K3） 60S ribosomal protein L17-A × 1 （P05740） 60S ribosomal protein L19-A × 1 （P0CX82） 60S ribosomal protein L22-A × 1 （P05749） 60S ribosomal protein L23-A × 1 60S ribosomal protein L25 × 1 （P04456） 60S ribosomal protein L27-A × 1 （P0C2H6） Nucleolar GTP-binding protein 1 × 1 （Q02892） 60S ribosomal protein L30 × 1 （P14120） 60S ribosomal protein L31-A × 1 （P0C2H8） 60S ribosomal protein L34-A × 1 （P87262） RPL38 isoform 1 × 1 （A0A6A5PUL8） Ribosome biogenesis protein ERB1 × 1 Pescadillo homolog × 1 YTM1 isoform 1 × 1 （A0A8H4BV53） RLP7 isoform 1 × 1 （A0A8H4BY26） Ribosome biogenesis protein RLP24 × 1 （A0A6A5PUP3） SPB1 isoform 1 × 1 （A0A8H4BSI2） 60S ribosomal protein L37-A × 1 （P49166） SPB4 isoform 1 × 1 （A0A8H8UL81） ZINC ION × 1	与全部聚合物一致

数据库中的同蛋白其他状态

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UniProt名称	A0A8H4BYD1_YEASX
Isoform	—
PDB实体	7
链与序列区间	作者链 I； PDB构建体 1–663； UniProt 1–663

60S ribosomal protein L17-A

物种未注明

UniProt P05740

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白–RNA	异源复合物	蛋白 24 RNA 2	25S rRNA × 1 5.8S rRNA × 1 RRP17 isoform 1 × 1 （A0A6A5Q2X9） NOC2 isoform 1 × 1 （A0A8H4BX61） 60S ribosomal protein L3 × 1 （P14126） RPL8A isoform 1 × 1 （A0A8H4C0K3） NOC3 isoform 1 × 1 （A0A8H4BYD1） 60S ribosomal protein L19-A × 1 （P0CX82） 60S ribosomal protein L22-A × 1 （P05749） 60S ribosomal protein L23-A × 1 60S ribosomal protein L25 × 1 （P04456） 60S ribosomal protein L27-A × 1 （P0C2H6） Nucleolar GTP-binding protein 1 × 1 （Q02892） 60S ribosomal protein L30 × 1 （P14120） 60S ribosomal protein L31-A × 1 （P0C2H8） 60S ribosomal protein L34-A × 1 （P87262） RPL38 isoform 1 × 1 （A0A6A5PUL8） Ribosome biogenesis protein ERB1 × 1 Pescadillo homolog × 1 YTM1 isoform 1 × 1 （A0A8H4BV53） RLP7 isoform 1 × 1 （A0A8H4BY26） Ribosome biogenesis protein RLP24 × 1 （A0A6A5PUP3） SPB1 isoform 1 × 1 （A0A8H4BSI2） 60S ribosomal protein L37-A × 1 （P49166） SPB4 isoform 1 × 1 （A0A8H8UL81） ZINC ION × 1	与全部聚合物一致

数据库中的同蛋白其他状态

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UniProt名称	RL17A_YEAST
Isoform	—
PDB实体	8
链与序列区间	作者链 P； PDB构建体 1–184； UniProt 1–184

60S ribosomal protein L19-A

物种未注明

UniProt P0CX82

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白–RNA	异源复合物	蛋白 24 RNA 2	25S rRNA × 1 5.8S rRNA × 1 RRP17 isoform 1 × 1 （A0A6A5Q2X9） NOC2 isoform 1 × 1 （A0A8H4BX61） 60S ribosomal protein L3 × 1 （P14126） RPL8A isoform 1 × 1 （A0A8H4C0K3） NOC3 isoform 1 × 1 （A0A8H4BYD1） 60S ribosomal protein L17-A × 1 （P05740） 60S ribosomal protein L22-A × 1 （P05749） 60S ribosomal protein L23-A × 1 60S ribosomal protein L25 × 1 （P04456） 60S ribosomal protein L27-A × 1 （P0C2H6） Nucleolar GTP-binding protein 1 × 1 （Q02892） 60S ribosomal protein L30 × 1 （P14120） 60S ribosomal protein L31-A × 1 （P0C2H8） 60S ribosomal protein L34-A × 1 （P87262） RPL38 isoform 1 × 1 （A0A6A5PUL8） Ribosome biogenesis protein ERB1 × 1 Pescadillo homolog × 1 YTM1 isoform 1 × 1 （A0A8H4BV53） RLP7 isoform 1 × 1 （A0A8H4BY26） Ribosome biogenesis protein RLP24 × 1 （A0A6A5PUP3） SPB1 isoform 1 × 1 （A0A8H4BSI2） 60S ribosomal protein L37-A × 1 （P49166） SPB4 isoform 1 × 1 （A0A8H8UL81） ZINC ION × 1	与全部聚合物一致

数据库中的同蛋白其他状态

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UniProt名称	RL19A_YEAST
Isoform	—
PDB实体	9
链与序列区间	作者链 R； PDB构建体 1–189； UniProt 1–189

60S ribosomal protein L22-A

物种未注明

UniProt P05749

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白–RNA	异源复合物	蛋白 24 RNA 2	25S rRNA × 1 5.8S rRNA × 1 RRP17 isoform 1 × 1 （A0A6A5Q2X9） NOC2 isoform 1 × 1 （A0A8H4BX61） 60S ribosomal protein L3 × 1 （P14126） RPL8A isoform 1 × 1 （A0A8H4C0K3） NOC3 isoform 1 × 1 （A0A8H4BYD1） 60S ribosomal protein L17-A × 1 （P05740） 60S ribosomal protein L19-A × 1 （P0CX82） 60S ribosomal protein L23-A × 1 60S ribosomal protein L25 × 1 （P04456） 60S ribosomal protein L27-A × 1 （P0C2H6） Nucleolar GTP-binding protein 1 × 1 （Q02892） 60S ribosomal protein L30 × 1 （P14120） 60S ribosomal protein L31-A × 1 （P0C2H8） 60S ribosomal protein L34-A × 1 （P87262） RPL38 isoform 1 × 1 （A0A6A5PUL8） Ribosome biogenesis protein ERB1 × 1 Pescadillo homolog × 1 YTM1 isoform 1 × 1 （A0A8H4BV53） RLP7 isoform 1 × 1 （A0A8H4BY26） Ribosome biogenesis protein RLP24 × 1 （A0A6A5PUP3） SPB1 isoform 1 × 1 （A0A8H4BSI2） 60S ribosomal protein L37-A × 1 （P49166） SPB4 isoform 1 × 1 （A0A8H8UL81） ZINC ION × 1	与全部聚合物一致

数据库中的同蛋白其他状态

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UniProt名称	RL22A_YEAST
Isoform	—
PDB实体	10
链与序列区间	作者链 U； PDB构建体 1–121； UniProt 1–121

60S ribosomal protein L25

物种未注明

UniProt P04456

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白–RNA	异源复合物	蛋白 24 RNA 2	25S rRNA × 1 5.8S rRNA × 1 RRP17 isoform 1 × 1 （A0A6A5Q2X9） NOC2 isoform 1 × 1 （A0A8H4BX61） 60S ribosomal protein L3 × 1 （P14126） RPL8A isoform 1 × 1 （A0A8H4C0K3） NOC3 isoform 1 × 1 （A0A8H4BYD1） 60S ribosomal protein L17-A × 1 （P05740） 60S ribosomal protein L19-A × 1 （P0CX82） 60S ribosomal protein L22-A × 1 （P05749） 60S ribosomal protein L23-A × 1 60S ribosomal protein L27-A × 1 （P0C2H6） Nucleolar GTP-binding protein 1 × 1 （Q02892） 60S ribosomal protein L30 × 1 （P14120） 60S ribosomal protein L31-A × 1 （P0C2H8） 60S ribosomal protein L34-A × 1 （P87262） RPL38 isoform 1 × 1 （A0A6A5PUL8） Ribosome biogenesis protein ERB1 × 1 Pescadillo homolog × 1 YTM1 isoform 1 × 1 （A0A8H4BV53） RLP7 isoform 1 × 1 （A0A8H4BY26） Ribosome biogenesis protein RLP24 × 1 （A0A6A5PUP3） SPB1 isoform 1 × 1 （A0A8H4BSI2） 60S ribosomal protein L37-A × 1 （P49166） SPB4 isoform 1 × 1 （A0A8H8UL81） ZINC ION × 1	与全部聚合物一致

数据库中的同蛋白其他状态

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UniProt名称	RL25_YEAST
Isoform	—
PDB实体	12
链与序列区间	作者链 X； PDB构建体 1–142； UniProt 1–142

60S ribosomal protein L27-A

物种未注明

UniProt P0C2H6

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白–RNA	异源复合物	蛋白 24 RNA 2	25S rRNA × 1 5.8S rRNA × 1 RRP17 isoform 1 × 1 （A0A6A5Q2X9） NOC2 isoform 1 × 1 （A0A8H4BX61） 60S ribosomal protein L3 × 1 （P14126） RPL8A isoform 1 × 1 （A0A8H4C0K3） NOC3 isoform 1 × 1 （A0A8H4BYD1） 60S ribosomal protein L17-A × 1 （P05740） 60S ribosomal protein L19-A × 1 （P0CX82） 60S ribosomal protein L22-A × 1 （P05749） 60S ribosomal protein L23-A × 1 60S ribosomal protein L25 × 1 （P04456） Nucleolar GTP-binding protein 1 × 1 （Q02892） 60S ribosomal protein L30 × 1 （P14120） 60S ribosomal protein L31-A × 1 （P0C2H8） 60S ribosomal protein L34-A × 1 （P87262） RPL38 isoform 1 × 1 （A0A6A5PUL8） Ribosome biogenesis protein ERB1 × 1 Pescadillo homolog × 1 YTM1 isoform 1 × 1 （A0A8H4BV53） RLP7 isoform 1 × 1 （A0A8H4BY26） Ribosome biogenesis protein RLP24 × 1 （A0A6A5PUP3） SPB1 isoform 1 × 1 （A0A8H4BSI2） 60S ribosomal protein L37-A × 1 （P49166） SPB4 isoform 1 × 1 （A0A8H8UL81） ZINC ION × 1	与全部聚合物一致

数据库中的同蛋白其他状态

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UniProt名称	RL27A_YEAST
Isoform	—
PDB实体	13
链与序列区间	作者链 Z； PDB构建体 1–136； UniProt 1–136

Nucleolar GTP-binding protein 1

物种未注明

UniProt Q02892

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白–RNA	异源复合物	蛋白 24 RNA 2	25S rRNA × 1 5.8S rRNA × 1 RRP17 isoform 1 × 1 （A0A6A5Q2X9） NOC2 isoform 1 × 1 （A0A8H4BX61） 60S ribosomal protein L3 × 1 （P14126） RPL8A isoform 1 × 1 （A0A8H4C0K3） NOC3 isoform 1 × 1 （A0A8H4BYD1） 60S ribosomal protein L17-A × 1 （P05740） 60S ribosomal protein L19-A × 1 （P0CX82） 60S ribosomal protein L22-A × 1 （P05749） 60S ribosomal protein L23-A × 1 60S ribosomal protein L25 × 1 （P04456） 60S ribosomal protein L27-A × 1 （P0C2H6） 60S ribosomal protein L30 × 1 （P14120） 60S ribosomal protein L31-A × 1 （P0C2H8） 60S ribosomal protein L34-A × 1 （P87262） RPL38 isoform 1 × 1 （A0A6A5PUL8） Ribosome biogenesis protein ERB1 × 1 Pescadillo homolog × 1 YTM1 isoform 1 × 1 （A0A8H4BV53） RLP7 isoform 1 × 1 （A0A8H4BY26） Ribosome biogenesis protein RLP24 × 1 （A0A6A5PUP3） SPB1 isoform 1 × 1 （A0A8H4BSI2） 60S ribosomal protein L37-A × 1 （P49166） SPB4 isoform 1 × 1 （A0A8H8UL81） ZINC ION × 1	与全部聚合物一致

数据库中的同蛋白其他状态

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UniProt名称	NOG1_YEAST
Isoform	—
PDB实体	14
链与序列区间	作者链 b； PDB构建体 1–647； UniProt 1–647

60S ribosomal protein L30

物种未注明

UniProt P14120

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白–RNA	异源复合物	蛋白 24 RNA 2	25S rRNA × 1 5.8S rRNA × 1 RRP17 isoform 1 × 1 （A0A6A5Q2X9） NOC2 isoform 1 × 1 （A0A8H4BX61） 60S ribosomal protein L3 × 1 （P14126） RPL8A isoform 1 × 1 （A0A8H4C0K3） NOC3 isoform 1 × 1 （A0A8H4BYD1） 60S ribosomal protein L17-A × 1 （P05740） 60S ribosomal protein L19-A × 1 （P0CX82） 60S ribosomal protein L22-A × 1 （P05749） 60S ribosomal protein L23-A × 1 60S ribosomal protein L25 × 1 （P04456） 60S ribosomal protein L27-A × 1 （P0C2H6） Nucleolar GTP-binding protein 1 × 1 （Q02892） 60S ribosomal protein L31-A × 1 （P0C2H8） 60S ribosomal protein L34-A × 1 （P87262） RPL38 isoform 1 × 1 （A0A6A5PUL8） Ribosome biogenesis protein ERB1 × 1 Pescadillo homolog × 1 YTM1 isoform 1 × 1 （A0A8H4BV53） RLP7 isoform 1 × 1 （A0A8H4BY26） Ribosome biogenesis protein RLP24 × 1 （A0A6A5PUP3） SPB1 isoform 1 × 1 （A0A8H4BSI2） 60S ribosomal protein L37-A × 1 （P49166） SPB4 isoform 1 × 1 （A0A8H8UL81） ZINC ION × 1	与全部聚合物一致

数据库中的同蛋白其他状态

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UniProt名称	RL30_YEAST
Isoform	—
PDB实体	15
链与序列区间	作者链 c； PDB构建体 1–105； UniProt 1–105

60S ribosomal protein L31-A

物种未注明

UniProt P0C2H8

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白–RNA	异源复合物	蛋白 24 RNA 2	25S rRNA × 1 5.8S rRNA × 1 RRP17 isoform 1 × 1 （A0A6A5Q2X9） NOC2 isoform 1 × 1 （A0A8H4BX61） 60S ribosomal protein L3 × 1 （P14126） RPL8A isoform 1 × 1 （A0A8H4C0K3） NOC3 isoform 1 × 1 （A0A8H4BYD1） 60S ribosomal protein L17-A × 1 （P05740） 60S ribosomal protein L19-A × 1 （P0CX82） 60S ribosomal protein L22-A × 1 （P05749） 60S ribosomal protein L23-A × 1 60S ribosomal protein L25 × 1 （P04456） 60S ribosomal protein L27-A × 1 （P0C2H6） Nucleolar GTP-binding protein 1 × 1 （Q02892） 60S ribosomal protein L30 × 1 （P14120） 60S ribosomal protein L34-A × 1 （P87262） RPL38 isoform 1 × 1 （A0A6A5PUL8） Ribosome biogenesis protein ERB1 × 1 Pescadillo homolog × 1 YTM1 isoform 1 × 1 （A0A8H4BV53） RLP7 isoform 1 × 1 （A0A8H4BY26） Ribosome biogenesis protein RLP24 × 1 （A0A6A5PUP3） SPB1 isoform 1 × 1 （A0A8H4BSI2） 60S ribosomal protein L37-A × 1 （P49166） SPB4 isoform 1 × 1 （A0A8H8UL81） ZINC ION × 1	与全部聚合物一致

数据库中的同蛋白其他状态

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UniProt名称	RL31A_YEAST
Isoform	—
PDB实体	16
链与序列区间	作者链 d； PDB构建体 1–113； UniProt 1–113

60S ribosomal protein L34-A

物种未注明

UniProt P87262

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白–RNA	异源复合物	蛋白 24 RNA 2	25S rRNA × 1 5.8S rRNA × 1 RRP17 isoform 1 × 1 （A0A6A5Q2X9） NOC2 isoform 1 × 1 （A0A8H4BX61） 60S ribosomal protein L3 × 1 （P14126） RPL8A isoform 1 × 1 （A0A8H4C0K3） NOC3 isoform 1 × 1 （A0A8H4BYD1） 60S ribosomal protein L17-A × 1 （P05740） 60S ribosomal protein L19-A × 1 （P0CX82） 60S ribosomal protein L22-A × 1 （P05749） 60S ribosomal protein L23-A × 1 60S ribosomal protein L25 × 1 （P04456） 60S ribosomal protein L27-A × 1 （P0C2H6） Nucleolar GTP-binding protein 1 × 1 （Q02892） 60S ribosomal protein L30 × 1 （P14120） 60S ribosomal protein L31-A × 1 （P0C2H8） RPL38 isoform 1 × 1 （A0A6A5PUL8） Ribosome biogenesis protein ERB1 × 1 Pescadillo homolog × 1 YTM1 isoform 1 × 1 （A0A8H4BV53） RLP7 isoform 1 × 1 （A0A8H4BY26） Ribosome biogenesis protein RLP24 × 1 （A0A6A5PUP3） SPB1 isoform 1 × 1 （A0A8H4BSI2） 60S ribosomal protein L37-A × 1 （P49166） SPB4 isoform 1 × 1 （A0A8H8UL81） ZINC ION × 1	与全部聚合物一致

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UniProt名称	RL34A_YEAST
Isoform	—
PDB实体	17
链与序列区间	作者链 g； PDB构建体 1–121； UniProt 1–121

RPL38 isoform 1

物种未注明

UniProt A0A6A5PUL8

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白–RNA	异源复合物	蛋白 24 RNA 2	25S rRNA × 1 5.8S rRNA × 1 RRP17 isoform 1 × 1 （A0A6A5Q2X9） NOC2 isoform 1 × 1 （A0A8H4BX61） 60S ribosomal protein L3 × 1 （P14126） RPL8A isoform 1 × 1 （A0A8H4C0K3） NOC3 isoform 1 × 1 （A0A8H4BYD1） 60S ribosomal protein L17-A × 1 （P05740） 60S ribosomal protein L19-A × 1 （P0CX82） 60S ribosomal protein L22-A × 1 （P05749） 60S ribosomal protein L23-A × 1 60S ribosomal protein L25 × 1 （P04456） 60S ribosomal protein L27-A × 1 （P0C2H6） Nucleolar GTP-binding protein 1 × 1 （Q02892） 60S ribosomal protein L30 × 1 （P14120） 60S ribosomal protein L31-A × 1 （P0C2H8） 60S ribosomal protein L34-A × 1 （P87262） Ribosome biogenesis protein ERB1 × 1 Pescadillo homolog × 1 YTM1 isoform 1 × 1 （A0A8H4BV53） RLP7 isoform 1 × 1 （A0A8H4BY26） Ribosome biogenesis protein RLP24 × 1 （A0A6A5PUP3） SPB1 isoform 1 × 1 （A0A8H4BSI2） 60S ribosomal protein L37-A × 1 （P49166） SPB4 isoform 1 × 1 （A0A8H8UL81） ZINC ION × 1	与全部聚合物一致

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UniProt名称	A0A6A5PUL8_YEASX
Isoform	—
PDB实体	18
链与序列区间	作者链 k； PDB构建体 1–78； UniProt 1–78

YTM1 isoform 1

物种未注明

UniProt A0A8H4BV53

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白–RNA	异源复合物	蛋白 24 RNA 2	25S rRNA × 1 5.8S rRNA × 1 RRP17 isoform 1 × 1 （A0A6A5Q2X9） NOC2 isoform 1 × 1 （A0A8H4BX61） 60S ribosomal protein L3 × 1 （P14126） RPL8A isoform 1 × 1 （A0A8H4C0K3） NOC3 isoform 1 × 1 （A0A8H4BYD1） 60S ribosomal protein L17-A × 1 （P05740） 60S ribosomal protein L19-A × 1 （P0CX82） 60S ribosomal protein L22-A × 1 （P05749） 60S ribosomal protein L23-A × 1 60S ribosomal protein L25 × 1 （P04456） 60S ribosomal protein L27-A × 1 （P0C2H6） Nucleolar GTP-binding protein 1 × 1 （Q02892） 60S ribosomal protein L30 × 1 （P14120） 60S ribosomal protein L31-A × 1 （P0C2H8） 60S ribosomal protein L34-A × 1 （P87262） RPL38 isoform 1 × 1 （A0A6A5PUL8） Ribosome biogenesis protein ERB1 × 1 Pescadillo homolog × 1 RLP7 isoform 1 × 1 （A0A8H4BY26） Ribosome biogenesis protein RLP24 × 1 （A0A6A5PUP3） SPB1 isoform 1 × 1 （A0A8H4BSI2） 60S ribosomal protein L37-A × 1 （P49166） SPB4 isoform 1 × 1 （A0A8H8UL81） ZINC ION × 1	与全部聚合物一致

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UniProt名称	A0A8H4BV53_YEASX
Isoform	—
PDB实体	21
链与序列区间	作者链 p； PDB构建体 1–460； UniProt 1–460

RLP7 isoform 1

物种未注明

UniProt A0A8H4BY26

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白–RNA	异源复合物	蛋白 24 RNA 2	25S rRNA × 1 5.8S rRNA × 1 RRP17 isoform 1 × 1 （A0A6A5Q2X9） NOC2 isoform 1 × 1 （A0A8H4BX61） 60S ribosomal protein L3 × 1 （P14126） RPL8A isoform 1 × 1 （A0A8H4C0K3） NOC3 isoform 1 × 1 （A0A8H4BYD1） 60S ribosomal protein L17-A × 1 （P05740） 60S ribosomal protein L19-A × 1 （P0CX82） 60S ribosomal protein L22-A × 1 （P05749） 60S ribosomal protein L23-A × 1 60S ribosomal protein L25 × 1 （P04456） 60S ribosomal protein L27-A × 1 （P0C2H6） Nucleolar GTP-binding protein 1 × 1 （Q02892） 60S ribosomal protein L30 × 1 （P14120） 60S ribosomal protein L31-A × 1 （P0C2H8） 60S ribosomal protein L34-A × 1 （P87262） RPL38 isoform 1 × 1 （A0A6A5PUL8） Ribosome biogenesis protein ERB1 × 1 Pescadillo homolog × 1 YTM1 isoform 1 × 1 （A0A8H4BV53） Ribosome biogenesis protein RLP24 × 1 （A0A6A5PUP3） SPB1 isoform 1 × 1 （A0A8H4BSI2） 60S ribosomal protein L37-A × 1 （P49166） SPB4 isoform 1 × 1 （A0A8H8UL81） ZINC ION × 1	与全部聚合物一致

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UniProt名称	A0A8H4BY26_YEASX
Isoform	—
PDB实体	22
链与序列区间	作者链 t； PDB构建体 1–322； UniProt 1–322

Ribosome biogenesis protein RLP24

物种未注明

UniProt A0A6A5PUP3

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白–RNA	异源复合物	蛋白 24 RNA 2	25S rRNA × 1 5.8S rRNA × 1 RRP17 isoform 1 × 1 （A0A6A5Q2X9） NOC2 isoform 1 × 1 （A0A8H4BX61） 60S ribosomal protein L3 × 1 （P14126） RPL8A isoform 1 × 1 （A0A8H4C0K3） NOC3 isoform 1 × 1 （A0A8H4BYD1） 60S ribosomal protein L17-A × 1 （P05740） 60S ribosomal protein L19-A × 1 （P0CX82） 60S ribosomal protein L22-A × 1 （P05749） 60S ribosomal protein L23-A × 1 60S ribosomal protein L25 × 1 （P04456） 60S ribosomal protein L27-A × 1 （P0C2H6） Nucleolar GTP-binding protein 1 × 1 （Q02892） 60S ribosomal protein L30 × 1 （P14120） 60S ribosomal protein L31-A × 1 （P0C2H8） 60S ribosomal protein L34-A × 1 （P87262） RPL38 isoform 1 × 1 （A0A6A5PUL8） Ribosome biogenesis protein ERB1 × 1 Pescadillo homolog × 1 YTM1 isoform 1 × 1 （A0A8H4BV53） RLP7 isoform 1 × 1 （A0A8H4BY26） SPB1 isoform 1 × 1 （A0A8H4BSI2） 60S ribosomal protein L37-A × 1 （P49166） SPB4 isoform 1 × 1 （A0A8H8UL81） ZINC ION × 1	与全部聚合物一致

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UniProt名称	A0A6A5PUP3_YEASX
Isoform	—
PDB实体	23
链与序列区间	作者链 u； PDB构建体 1–199； UniProt 1–199

SPB1 isoform 1

物种未注明

UniProt A0A8H4BSI2

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白–RNA	异源复合物	蛋白 24 RNA 2	25S rRNA × 1 5.8S rRNA × 1 RRP17 isoform 1 × 1 （A0A6A5Q2X9） NOC2 isoform 1 × 1 （A0A8H4BX61） 60S ribosomal protein L3 × 1 （P14126） RPL8A isoform 1 × 1 （A0A8H4C0K3） NOC3 isoform 1 × 1 （A0A8H4BYD1） 60S ribosomal protein L17-A × 1 （P05740） 60S ribosomal protein L19-A × 1 （P0CX82） 60S ribosomal protein L22-A × 1 （P05749） 60S ribosomal protein L23-A × 1 60S ribosomal protein L25 × 1 （P04456） 60S ribosomal protein L27-A × 1 （P0C2H6） Nucleolar GTP-binding protein 1 × 1 （Q02892） 60S ribosomal protein L30 × 1 （P14120） 60S ribosomal protein L31-A × 1 （P0C2H8） 60S ribosomal protein L34-A × 1 （P87262） RPL38 isoform 1 × 1 （A0A6A5PUL8） Ribosome biogenesis protein ERB1 × 1 Pescadillo homolog × 1 YTM1 isoform 1 × 1 （A0A8H4BV53） RLP7 isoform 1 × 1 （A0A8H4BY26） Ribosome biogenesis protein RLP24 × 1 （A0A6A5PUP3） 60S ribosomal protein L37-A × 1 （P49166） SPB4 isoform 1 × 1 （A0A8H8UL81） ZINC ION × 1	与全部聚合物一致

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UniProt名称	A0A8H4BSI2_YEASX
Isoform	—
PDB实体	24
链与序列区间	作者链 w； PDB构建体 1–841； UniProt 1–841

60S ribosomal protein L37-A

物种未注明

UniProt P49166

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白–RNA	异源复合物	蛋白 24 RNA 2	25S rRNA × 1 5.8S rRNA × 1 RRP17 isoform 1 × 1 （A0A6A5Q2X9） NOC2 isoform 1 × 1 （A0A8H4BX61） 60S ribosomal protein L3 × 1 （P14126） RPL8A isoform 1 × 1 （A0A8H4C0K3） NOC3 isoform 1 × 1 （A0A8H4BYD1） 60S ribosomal protein L17-A × 1 （P05740） 60S ribosomal protein L19-A × 1 （P0CX82） 60S ribosomal protein L22-A × 1 （P05749） 60S ribosomal protein L23-A × 1 60S ribosomal protein L25 × 1 （P04456） 60S ribosomal protein L27-A × 1 （P0C2H6） Nucleolar GTP-binding protein 1 × 1 （Q02892） 60S ribosomal protein L30 × 1 （P14120） 60S ribosomal protein L31-A × 1 （P0C2H8） 60S ribosomal protein L34-A × 1 （P87262） RPL38 isoform 1 × 1 （A0A6A5PUL8） Ribosome biogenesis protein ERB1 × 1 Pescadillo homolog × 1 YTM1 isoform 1 × 1 （A0A8H4BV53） RLP7 isoform 1 × 1 （A0A8H4BY26） Ribosome biogenesis protein RLP24 × 1 （A0A6A5PUP3） SPB1 isoform 1 × 1 （A0A8H4BSI2） SPB4 isoform 1 × 1 （A0A8H8UL81） ZINC ION × 1	与全部聚合物一致

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UniProt名称	RL37A_YEAST
Isoform	—
PDB实体	25
链与序列区间	作者链 j； PDB构建体 1–88； UniProt 1–88

SPB4 isoform 1

物种未注明

UniProt A0A8H8UL81

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白–RNA	异源复合物	蛋白 24 RNA 2	25S rRNA × 1 5.8S rRNA × 1 RRP17 isoform 1 × 1 （A0A6A5Q2X9） NOC2 isoform 1 × 1 （A0A8H4BX61） 60S ribosomal protein L3 × 1 （P14126） RPL8A isoform 1 × 1 （A0A8H4C0K3） NOC3 isoform 1 × 1 （A0A8H4BYD1） 60S ribosomal protein L17-A × 1 （P05740） 60S ribosomal protein L19-A × 1 （P0CX82） 60S ribosomal protein L22-A × 1 （P05749） 60S ribosomal protein L23-A × 1 60S ribosomal protein L25 × 1 （P04456） 60S ribosomal protein L27-A × 1 （P0C2H6） Nucleolar GTP-binding protein 1 × 1 （Q02892） 60S ribosomal protein L30 × 1 （P14120） 60S ribosomal protein L31-A × 1 （P0C2H8） 60S ribosomal protein L34-A × 1 （P87262） RPL38 isoform 1 × 1 （A0A6A5PUL8） Ribosome biogenesis protein ERB1 × 1 Pescadillo homolog × 1 YTM1 isoform 1 × 1 （A0A8H4BV53） RLP7 isoform 1 × 1 （A0A8H4BY26） Ribosome biogenesis protein RLP24 × 1 （A0A6A5PUP3） SPB1 isoform 1 × 1 （A0A8H4BSI2） 60S ribosomal protein L37-A × 1 （P49166） ZINC ION × 1	与全部聚合物一致

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UniProt名称	A0A8H8UL81_YEASX
Isoform	—
PDB实体	26
链与序列区间	作者链 x； PDB构建体 1–606； UniProt 1–606

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	7nad
沉积日期 deposition_date	2021-06-21
结构标题 title	State E2 nucleolar 60S ribosomal biogenesis intermediate - Spb4 local refinement model
关键词 keywords	ribosome biogenesis, DEAD-box ATPases, methyltransferase, nucleolus, RIBOSOME; RIBOSOME
实验方法 method	ELECTRON MICROSCOPY

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3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

页面只读取最新 assembly 计算结果。每一条曲线都对应明确的 PDB、official biological assembly 和 coordinate model。

7nad__assembly_1__model_1

Assembly 1 · Model 1 · CRYSOL 4.1.3-1-20251215 (887e7ef)

下载该曲线 .dat

7nad__assembly_1__model_1 | I(q)

100 个绘图点；横轴和纵轴均采用对数尺度。

7nad__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

P(r) 将按相同 assembly/model 分别计算和展示。

Rg（Guinier）	58.88 Å
Rg（电子密度）	60.06 Å
总 Rg	59.99 Å
原子数	43123
残基数	4094
排除体积	712100 Å³
最大 q	0.500 Å⁻¹

Assembly	Model	结构单元	聚集说明	状态	CRYSOL	操作
1	1	`7nad__assembly_1__model_1`	26-meric （26）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载

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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (27)

实体 1 Entity 1 polymer

描述 description	25S rRNA
分子量 formula_weight	225356.5 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polyribonucleotide
链编号 strand_id	1
原子数 atom_count	43123

AUGCCUGAAUAGGGUGAAGCCAGAGGAAACUCUGGUGGAGGCUCGCGAAUUUGGGUAUAGUAGCAAAUAUUCAAAUGAGAACUUUGAAGACUGAAGUGGGGAAAGGUUCCACGUCAACAGCAGUUGGACGUGGGUUAGUCGAUCCUAAGAGAUGGUUUCAAAGGCCUGACAGGCCACCAUCGAAAGGGAAUCCGGUUAAGAUUCCGGAACCUGGAUAUGGAUUCUUCACGGUAACGUAACUGAAUGUGGAGACGUCGGCGCGAGCCCUGGGAGGAGUUAUCUUUUCUUCUUAACAGCUUAUCACCCCGGAAUUGGUUUAUCCGGAGAUGGGGUCUUAUGGCUGGAAGAGGCCAGCACCUUUGCUGGCUCCGGUGCGCUUGUGACGGCCCGUGAAAAUCCACAGGAAGGAAUAGUUUUCAUGCCAGGUCGUACUGUCUCCAAGGUGAACAGCCUCUAGUUGAUAGAAGAUAAGGGAAGUCGGUCCGUAACUUCGGGAUAAGGAUUGGCUCUAAGGGUCGGGUAGUGAGGGCCUUGGUCACGGCCUUGGCUUGCUACAAUUAACGAUCAACUUAGAACUGGUACGGACAAGGGGAAUCUGACUGUUAACGAGAUUCCCACUGUCCCUAUCUACUAUCUAGCGAGGCUGUCUGAUCAGGCAUUGCGUAAGCAGUAGAGUAGCCGUUACGAUCUGCUGAGA

实体 2 Entity 2 polymer

描述 description	5.8S rRNA
分子量 formula_weight	23067.6 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polyribonucleotide
链编号 strand_id	2

GAACGCGCGAUACUCUUUGAACGCACAUUGCGCCCCUUGGUAUUCCAGGGGGCAUCUUUGAAAGCGUAUUGC

实体 3 Entity 3 polymer

描述 description	RRP17 isoform 1
分子量 formula_weight	28032.6 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	5

MAVHTNRQILTRGKNYATKQSKKFGTDEVTFDKDSRLDYLTGFHKRKLQRQKKAQEFIKEQERLRKIEERQKIRQERKEVMEEQLKTFKESLNLEAEIEDAKNDKTEDLQVESDESWHGFDSDKDDGDNDNNESSVKPILKKGAITEIYDDSTTVELETLEPNDNFEYLAQLNNVKLEKAEKVLKQSINRATKYAKFLGVDEKQKKKPRVKKFRYLTKNERRINQRKANDNKRRR

实体 4 Entity 4 polymer

描述 description	NOC2 isoform 1
分子量 formula_weight	81719.3 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	8

MGKVSKSTKKFQSKHLKHTLDQRRKEKIQKKRIQGRRGNKTDQEKADAAGTREQQQLKKSAKEEVFKDMSVETFFEKGIEIPKENKKLKKKTTKEQSDEDSSSSEEEEDMGQSMAKLAEKDPEFYKYLEENDKDLLDFAGTNPLDGIDSQDEGEDAERNSNIEEKSEQMELEKEKIELSLKLVRKWKKQLHDSPSLKLLRNIISAFKVAVNLNKEENIEDYKYAITDEKAFHELMFMVLKDVPQAIQKMAPYKIVKGARTLPNGGNVSRVSSIVKSHAGSLLILLNDITNTETAALVLHSVNELMPYLLSYRRILKELIKSIVGVWSTTRELETQIASFAFLINTTKEFKKSMLETTLKTTYSTFIKSCRKTNMRSMPLINFQKNSAAELFGIDEVLGYQVGFEYIRQLAIHLRNTMNATTKKSSKINSAEAYKIVYNWQFCHSLDFWSRVLSFACQPEKENGSESPLRQLIYPLVQVTLGVIRLIPTPQFFPLRFYLIKSLIRLSQNSGVFIPIYPLLSEILTSTAFTKAPKKSPNLAAFDFEHNIKCTQAYLNTKIYQEGLSEQFVDLLGDYFALYCKNIAFPELVTPVIISLRRYIKTSTNVKLNKRLSTVVEKLNQNSTFIQEKRSDVEFGPTNKSEVSRFLNDVAWNKTPLGSYVAVQREVKEEKARLMRESMEEQDKERETEEAKLLNSLESDDDNEDVEMSDA

实体 5 Entity 5 polymer

描述 description	60S ribosomal protein L3
分子量 formula_weight	43850.8 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	B

MSHRKYEAPRHGHLGFLPRKRAASIRARVKAFPKDDRSKPVALTSFLGYKAGMTTIVRDLDRPGSKFHKREVVEAVTVVDTPPVVVVGVVGYVETPRGLRSLTTVWAEHLSDEVKRRFYKNWYKSKKKAFTKYSAKYAQDGAGIERELARIKKYASVVRVLVHTQIRKTPLAQKKAHLAEIQLNGGSISEKVDWAREHFEKTVAVDSVFEQNEMIDAIAVTKGHGFEGVTHRWGTKKLPRKTHRGLRKVACIGAWHPAHVMWSVARAGQRGYHSRTSINHKIYRVGKGDDEANGATSFDRTKKTITPMGGFVHYGEIKNDFIMVKGCIPGNRKRIVTLRKSLYTNTSRKALEEVSLKWIDTASKFGKGRFQTPAEKHAFMGTLKKDL

实体 6 Entity 6 polymer

描述 description	RPL8A isoform 1
分子量 formula_weight	28175.8 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	G

MAPGKKVAPAPFGAKSTKSNKTRNPLTHSTPKNFGIGQAVQPKRNLSRYVKWPEYVRVQRQKKILSIRLKVPPTIAQFQYTLDRNTAAETFKLFNKYRPETAAEKKERLTKEAAAVAEGKSKQDASPKPYAVKYGLNHVVALIENKKAKLVLIANDVDPIELVVFLPALCKKMGVPYAIVKGKARLGTLVNQKTSAVAALTEVRAEDEAALAKLVSTIDANFADKYDEVKKHWGGGILGNKAQAKMDKRAKNSDSA

实体 7 Entity 7 polymer

描述 description	NOC3 isoform 1
分子量 formula_weight	75689.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	I

MAKRNRSQFRIQERTAKKRKHEDSLLEGNVFQNAPEDMDENTIYSAKGSSWDEEEQDYEMVPRKNRSDTSNLVEGLPIKVNGKVERKLHKAQEKPKDDDEEDEDSNDSSEDDEGPNEEQEAEAKEDEPDTEEKILQLKEDIADLVTKVMEEPEENTAALGRLCKMVESKNPNTCKFSMLALVPVFKSIIPGYRIRPLTETEKKEKVSKEVSKLRNFEQALVYNYKNYVGRLQSLSKTPSNAAPIQVSLGILATQAAKELISTASHFNFRTDIFTLLLRRICKPRISTDPTSIQIIQTFETLLNEDEEGSISFEILRIFNKILKTRNFNIEESVLNMLLSLDVLHDYDPNTKLKGNVSAPKLKKKDRVHLSKKQRKARKEMQQIEEEMRNAEQAVSAEERERNQSEILKIVFTIYLNILKNNAKTLIGSVLEGLTKFGNMANFDLLGDFLEVMKELISDTEFDNLSSAEVRKALLCIVSAFSLISNTQYMKVNVDLSKFVDGLYALLPYICLDADIELSYRSLRLADPLNNEIIKPSVNVSTKAELLLKALDHVFFRSKSGTKERATAFTKRLYMCISHTPEKTSIAILKFIDKLMNRYPEISGLYSSEDRIGNGHFIMEADNPSRSNPEAATLWDNALLEKHYCPVVTKGLRSLSSRSKECSK

实体 8 Entity 8 polymer

描述 description	60S ribosomal protein L17-A
分子量 formula_weight	20589.5 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	P

MARYGATSTNPAKSASARGSYLRVSFKNTRETAQAINGWELTKAQKYLEQVLDHQRAIPFRRFNSSIGRTAQGKEFGVTKARWPAKSVKFVQGLLQNAAANAEAKGLDATKLYVSHIQVNQAPKQRRRTYRAHGRINKYESSPSHIELVVTEKEEAVAKAAEKKVVRLTSRQRGRIAAQKRIAA

实体 9 Entity 9 polymer

描述 description	60S ribosomal protein L19-A
分子量 formula_weight	21762.3 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	R

MANLRTQKRLAASVVGVGKRKVWLDPNETSEIAQANSRNAIRKLVKNGTIVKKAVTVHSKSRTRAHAQSKREGRHSGYGKRKGTREARLPSQVVWIRRLRVLRRLLAKYRDAGKIDKHLYHVLYKESKGNAFKHKRALVEHIIQAKADAQREKALNEEAEARRLKNRAARDRRAQRVAEKRDALLKEDA

实体 10 Entity 10 polymer

描述 description	60S ribosomal protein L22-A
分子量 formula_weight	13711.4 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	U

MAPNTSRKQKIAKTFTVDVSSPTENGVFDPASYAKYLIDHIKVEGAVGNLGNAVTVTEDGTVVTVVSTAKFSGKYLKYLTKKYLKKNQLRDWIRFVSTKTNEYRLAFYQVTPEEDEEEDEE

实体 11 Entity 11 polymer

描述 description	60S ribosomal protein L23-A
分子量 formula_weight	4023.9 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	V

LPVGAIMNCARNLYIIMATVKKGKPELRKKVMEDNA

实体 12 Entity 12 polymer

描述 description	60S ribosomal protein L25
分子量 formula_weight	15787.6 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	X

MAPSAKATAAKKAVVKGTNGKKALKVRTSATFRLPKTLKLARAPKYASKAVPHYNRLDSYKVIEQPITSETAMKKVEDGNILVFQVSMKANKYQIKKAVKELYEVDVLKVNTLVRPNGTKKAYVRLTADYDALDIANRIGYI

实体 13 Entity 13 polymer

描述 description	60S ribosomal protein L27-A
分子量 formula_weight	15568.4 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	Z

MAKFLKAGKVAVVVRGRYAGKKVVIVKPHDEGSKSHPFGHALVAGIERYPLKVTKKHGAKKVAKRTKIKPFIKVVNYNHLLPTRYTLDVEAFKSVVSTETFEQPSQREEAKKVVKKAFEERHQAGKNQWFFSKLRF

实体 14 Entity 14 polymer

描述 description	Nucleolar GTP-binding protein 1
分子量 formula_weight	74531.2 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	b

MQLSWKDIPTVAPANDLLDIVLNRTQRKTPTVIRPGFKITRIRAFYMRKVKYTGEGFVEKFEDILKGFPNINDVHPFHRDLMDTLYEKNHYKISLAAISRAKSLVEQVARDYVRLLKFGQSLFQCKQLKRAALGRMATIVKKLRDPLAYLEQVRQHIGRLPSIDPNTRTLLICGYPNVGKSSFLRCITKSDVDVQPYAFTTKSLYVGHFDYKYLRFQAIDTPGILDRPTEEMNNIEMQSIYAIAHLRSCVLYFMDLSEQCGFTIEAQVKLFHSIKPLFANKSVMVVINKTDIIRPEDLDEERAQLLESVKEVPGVEIMTSSCQLEENVMEVRNKACEKLLASRIENKLKSQSRINNVLNKIHVAQPQARDDVKRTPFIPESVKNLKKYDPEDPNRRKLARDIEAENGGAGVFNVNLKDKYLLEDDEWKNDIMPEILDGKNVYDFLDPEIAAKLQALEEEEEKLENEGFYNSDDEEEIYDGFEASEVDDIKEKAAWIRNRQKTMIAEARNRKSLKNKAIMPRSKLTKSFGKMEEHMSTLGHDMSALQDKQNRAARKNRYVERGSDVVFGDQDALTASTENGVKLRQTDRLLDGVADGSMRSKADRMAKMERRERNRHAKQGESDRHNAVSLSKHLFSGKRGVGKTDFR

实体 15 Entity 15 polymer

描述 description	60S ribosomal protein L30
分子量 formula_weight	11430.4 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	c

MAPVKSQESINQKLALVIKSGKYTLGYKSTVKSLRQGKSKLIIIAANTPVLRKSELEYYAMLSKTKVYYFQGGNNELGTAVGKLFRVGVVSILEAGDSDILTTLA

实体 16 Entity 16 polymer

描述 description	60S ribosomal protein L31-A
分子量 formula_weight	12980.2 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	d

MAGLKDVVTREYTINLHKRLHGVSFKKRAPRAVKEIKKFAKLHMGTDDVRLAPELNQAIWKRGVKGVEYRLRLRISRKRNEEEDAKNPLFSYVEPVLVASAKGLQTVVVEEDA

实体 17 Entity 17 polymer

描述 description	60S ribosomal protein L34-A
分子量 formula_weight	13673.2 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	g

MAQRVTFRRRNPYNTRSNKIKVVKTPGGILRAQHVKKLATRPKCGDCGSALQGISTLRPRQYATVSKTHKTVSRAYGGSRCANCVKERIIRAFLIEEQKIVKKVVKEQTEAAKKSEKKAKK

实体 18 Entity 18 polymer

描述 description	RPL38 isoform 1
分子量 formula_weight	8845.6 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	k

MAREITDIKQFLELTRRADVKTATVKINKKLNKAGKPFRQTKFKVRGSSSLYTLVINDAGKAKKLIQSLPPTLKVNRL

实体 19 Entity 19 polymer

描述 description	Ribosome biogenesis protein ERB1
分子量 formula_weight	48685.1 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	m

DHVMHLRAPKLPLDLYLAPRVRKNKLNIDPNSLIPELPSPKDLRPFPIRCSTIYAGHKGKVRTLSIDPSGLWLATGSDDGTVRVWEILTGREVYRTTLIDPKDNPDYHIECIEWNPDANNGILAVAVGENIHLIVPPIFGYDIENNGKTKIEDGFGYDTFGTVKKSNLEVNAIEWNPDANNGILAKNAVKKQVAQWNKPSQKQLEKDICITISCKKTVKKLSWHRKGDYFVTVQPDSGNTSVLIHQVSKHLTQSPFKKSKGIIMDAKFHPFKPQLFVCSQRYVRIYDLSQQILVKKLLPGARWLSKIDIHPRGDNLIASSFDKRVLWHDLDLASTPYKTLRYHEKAVRSVNFHKKLPLFSSAADDGTIHVFHATVYDDMMKNPMIVPLKKLTGHKVINSLGVLDAIWHPREAWLFSAGADNTARLWTTI

实体 20 Entity 20 polymer

描述 description	Pescadillo homolog
分子量 formula_weight	12445.7 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	n

MRIKKKNTRGNARNFITRSQAVRKLQVSLADFRRLCIFKGIYPREPRNKKKANKGSTAPTTFYYAKDIQYEEKKLKMIMMSNKQKKLYKKMKYSNAKKEEQAEN

实体 21 Entity 21 polymer

描述 description	YTM1 isoform 1
分子量 formula_weight	51426.6 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	p

MTEDKSQVKIRFFTREKDELLHVQDTPMYAPISLKRYGLSEIVNHLLGSEKPVPFDFLIEGELLRTSLHDYLTKKGLSSEASLNVEYTRAILPPSYLNSFSNEDWVSSLDVGDGSKHIISGSYDGIVRTWDLSGNVQKQYSGHSGPIRAVKYISNTRLVSAGNDRTLRLWKTKNDDLKLTSQQQAQEDDDDEVNIEDGKTLAILEGHKAPVVSIDVSDNSRILSASYDNSIGFWSTIYKEMTVVDPLEDINNPNNKISTAARKRRKLTMKDGTIRRRAPLSLLESHTAPVEQVIFDSTDNTVGYSVSQDHTIKTWDLVTARCIDTRTTSYSLLSIAQLSTLNLLACGSSARHITLHDPRVGASSKVTQQQLIGHKNFVSSLDTCPENEYILCSGSHDGTVKVWDVRSTSPMYTITREDKSVQKGVNDKVFAVKWAEKVGIISAGQDKKIQINKGDNIFKN

实体 22 Entity 22 polymer

描述 description	RLP7 isoform 1
分子量 formula_weight	36621.1 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	t

MSSTQDSKAQTLNSNPEILLRKRRNADRTRIERQELAKKKREEQIKKKRSNKNKFVRAESIVAKTLATSREKERIKRVSILEDKKAKNETQHIASGKDFILKITEKANGAEENSVDLEETEEEEDDGLIREKTTYDGKPALLFIVRVRGPLAVNIPNKAFKILSLLRLVETNTGVFVKLTKNVYPLLKVIAPYVVIGKPSLSSIRSLIQKRGRIIYKGENEAEPHEIVLNDNNIVEEQLGDHGIICVEDIIHEIATMGESFSVCNFFLQPFKLNREVSGFGSLNRLRKIKQREAESRTRQFSNAATAPVIEVDIDSLLAKLN

实体 23 Entity 23 polymer

描述 description	Ribosome biogenesis protein RLP24
分子量 formula_weight	24027.7 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	u

MRIYQCHFCSSPCYPGHGIMFVRNDAKEFRFCRSKCHKAFKQRRNPRKLKWTKAFRKAAGKELAVDSTLTFAQRRNVPVRYNRELVATTLKAMARIEEIRQKRERAFYKNRMRGNKEKDFLRDKKLVESNPELLRIREVEIARKLAKEQERAESVSEQEESEEEEEDMEIDSDEEEEEQLEKQKILLKNRRRNTKKIAF

实体 24 Entity 24 polymer

描述 description	SPB1 isoform 1
分子量 formula_weight	96656.2 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	w

MGKTQKKNSKGRLDRYYYLAKEKGYRARSSFKIIQINEKYGHFLEKSKVVIDLCAAPGSWCQVASKLCPVNSLIIGVDIVPMKPMPNVITFQSDITTEDCRSKLRGYMKTWKADTVLHDGAPNVGLGWVQDAFTQSQLTLQALKLAVENLVVNGTFVTKIFRSKDYNKLIWVFQQLFEKVEATKPPASRNVSAEIFVVCKGFKAPKRLDPRLLDPKEVFEELPDGQQNMESKIYNPEKKVRKRQGYEEGDNLLYHETSILDFVRTEDPISMLGEMNKFTIDENDHEWKILKKLKQTTDEFRSCIEDLKVLGKKDFKMILRWRKIAREILGIEVKDDAKTEIEVVPLTEEEQIEKDLQGLQEKQRLNVKRERRRKNEMKQKELQRMQMNMITPTDIGIEAASLGKESLFNLKTAEKTGILNDLAKGKKRMIFTDDELAKDNDIYIDENIMIKDKDSAADADDLESELNAMYSDYKTRRSERDAKFRAKQARGGDNEEEWTGFNEGSLEKKEEEGKDYIEDNDDEGVEGDSDDDEAITNLISKLKGQEGDHKLSSKARMIFNDPIFNNVEPDLPVNTVNDGIMSSESVGDISKLNKKRKHEEMHQKQDEADSSDESSSDDSDFEIVANDNASEEFDSDYDSEEEKNQTKKEKHSRDIDIATVEAMTLAHQLALGQKNKHDLVDEGFNRYTFRDTENLPDWFLEDEKEHSKINKPITKEAAMAIKEKIKAMNARPIKKVAEAKARKRMRAVARLEKIKKKAGLINDDSDKTEKDKAEEISRLMRKVTKKPKTKPKVTLVVASGRNKGLAGRPKGVKGKYKMVDGVMKNEQRALRRIAKKHHKKK

实体 25 Entity 25 polymer

描述 description	60S ribosomal protein L37-A
分子量 formula_weight	9877.4 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	j

MGKGTPSFGKRHNKSHTLCNRCGRRSFHVQKKTCSSCGYPAAKTRSYNWGAKAKRRHTTGTGRMRYLKHVSRRFKNGFQTGSASKASA

实体 26 Entity 26 polymer

描述 description	SPB4 isoform 1
分子量 formula_weight	69492.2 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	x

MSKSLEWDNLGFSLLPWIRTGLDVMGFETMTPVQASTIPMLAGNKDVVVDSVTGSGKTAAFVIPVLEKVVKEEANTSKFKKAHFHSLIIAPTRELSRQIESVVLSFLEHYPSDLFPIKCQLLVGTNEATVRDDVSNFLRNRPQILIGTPGRVLDFLQMPAVKTSACSMVVMDEADRLLDMSFIKDTEKILRLLPKQRRTGLFSATMRSAGSDIFKTGLRNPVRITVNSKNQAPSSLKLNYCVVNPAEKLQLLVSILNNYKFKKCIVYFPTCVSVSYFYSFIQYLGKRNILVNEVEIFSLHGKLQTSARTKTLTAFTDSLSNSVLFTTDVAARGIDIPDVDLVIQLDPPTNTDMFMHRCGRTGRANRVGKAITFLNEGREEDFIPFMQVKNVELEELDLEVKGITANFYEDFRNWILEDRDRFDKGVKAYVAFIKYYSNHSATSIFRLQSLDYVGIAKLYGLFRLPRMPEITKYLATEKQEGIFPGNWLVDPPVNMDEYKYKDKKREKERQETLKNISLINDKKKLKSELKKKNLAWSDKTLTKERKLERKEKMSLKRKAIEEELKAEELDENAEEERIKEDWKEIVLQNKRKKVSSKAIQGNFDDL

实体 27 Entity 27 non-polymer

描述 description	ZINC ION
分子量 formula_weight	65.4 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

▼

6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 4 domains

CATH v4.4 (4 domains)

结构域编号 domain_id	7nadR01
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	10 — Orthogonal Bundle
拓扑 Topology topology	1650 — 50s Ribosomal Protein L19e, Chain O, domain 1
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 —

结构域编号 domain_id	7nadw01
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology	50 — Rossmann fold
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	12760 —

结构域编号 domain_id	7nadx01
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology	50 — Rossmann fold
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	300 — P-loop containing nucleotide triphosphate hydrolases

结构域编号 domain_id	7nadx02
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology	50 — Rossmann fold
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	300 — P-loop containing nucleotide triphosphate hydrolases

▶

晶胞边长 a length_a	1.000 Å
晶胞边长 b length_b	1.000 Å
晶胞边长 c length_c	1.000 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	—

空间群 space_group	P 1
空间群编号 int_tables_number	1
晶系 crystal_system	triclinic

分辨率 resolution	3.04 Å
分辨率测定方法 resolution_method	—
颗粒数 num_particles	198000

State E2 nucleolar 60S ribosomal biogenesis intermediate - Spb4 local refinement model

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

RRP17 isoform 1

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

NOC2 isoform 1

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

60S ribosomal protein L3

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

RPL8A isoform 1

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

NOC3 isoform 1

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

60S ribosomal protein L17-A

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

60S ribosomal protein L19-A

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

60S ribosomal protein L22-A

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

60S ribosomal protein L25

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

60S ribosomal protein L27-A

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体