7naf

State E2 nucleolar 60S ribosomal biogenesis intermediate - Spb1-MTD local model

Method: ELECTRON MICROSCOPY

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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Nucleolar complex protein 2

物种未注明

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白–RNA	异源复合物	蛋白 15 RNA 1	25S rRNA × 1 Ribosomal RNA-processing protein 17 × 1 60S ribosomal protein L23-A × 1 （P0CX41） Ribosome biogenesis protein RLP24 × 1 （Q07915） ;27S pre-rRNA (guanosine(2922)-2'-O)-methyltransferase ; × 1 （P25582） 60S ribosome biogenesis factor Nog1 × 1 60S ribosomal protein L31-A × 1 （P0C2H8） 60S ribosomal protein L22-A × 1 60S ribosome ribosomal protein L19A × 1 60S ribosomal protein L30 × 1 60S ribosomal protein L3 × 1 （P14126） UPF0642 protein YBL028C × 1 （P38202） Nuclear GTP-binding protein NUG1 × 1 （P40010） Eukaryotic translation initiation factor 6 × 1 （Q12522） 25S rRNA (cytosine(2870)-C(5))-methyltransferase × 1 （P40991） S-ADENOSYL-L-HOMOCYSTEINE × 1 water × 1	与全部聚合物一致

数据库中的同蛋白其他状态

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UniProt名称	NOC2_YEAST
Isoform	—
PDB实体	3
链与序列区间	作者链 8； PDB构建体 1–39； UniProt 3–41

60S ribosomal protein L23-A

物种未注明

UniProt P0CX41

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白–RNA	异源复合物	蛋白 15 RNA 1	25S rRNA × 1 Ribosomal RNA-processing protein 17 × 1 Nucleolar complex protein 2 × 1 （P39744） Ribosome biogenesis protein RLP24 × 1 （Q07915） ;27S pre-rRNA (guanosine(2922)-2'-O)-methyltransferase ; × 1 （P25582） 60S ribosome biogenesis factor Nog1 × 1 60S ribosomal protein L31-A × 1 （P0C2H8） 60S ribosomal protein L22-A × 1 60S ribosome ribosomal protein L19A × 1 60S ribosomal protein L30 × 1 60S ribosomal protein L3 × 1 （P14126） UPF0642 protein YBL028C × 1 （P38202） Nuclear GTP-binding protein NUG1 × 1 （P40010） Eukaryotic translation initiation factor 6 × 1 （Q12522） 25S rRNA (cytosine(2870)-C(5))-methyltransferase × 1 （P40991） S-ADENOSYL-L-HOMOCYSTEINE × 1 water × 1	与全部聚合物一致

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UniProt名称	RL23A_YEAST
Isoform	—
PDB实体	4
链与序列区间	作者链 V； PDB构建体 1–134； UniProt 4–137

Ribosome biogenesis protein RLP24

物种未注明

UniProt Q07915

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白–RNA	异源复合物	蛋白 15 RNA 1	25S rRNA × 1 Ribosomal RNA-processing protein 17 × 1 Nucleolar complex protein 2 × 1 （P39744） 60S ribosomal protein L23-A × 1 （P0CX41） ;27S pre-rRNA (guanosine(2922)-2'-O)-methyltransferase ; × 1 （P25582） 60S ribosome biogenesis factor Nog1 × 1 60S ribosomal protein L31-A × 1 （P0C2H8） 60S ribosomal protein L22-A × 1 60S ribosome ribosomal protein L19A × 1 60S ribosomal protein L30 × 1 60S ribosomal protein L3 × 1 （P14126） UPF0642 protein YBL028C × 1 （P38202） Nuclear GTP-binding protein NUG1 × 1 （P40010） Eukaryotic translation initiation factor 6 × 1 （Q12522） 25S rRNA (cytosine(2870)-C(5))-methyltransferase × 1 （P40991） S-ADENOSYL-L-HOMOCYSTEINE × 1 water × 1	与全部聚合物一致

数据库中的同蛋白其他状态

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UniProt名称	RLP24_YEAST
Isoform	—
PDB实体	5
链与序列区间	作者链 u； PDB构建体 1–65； UniProt 1–65

;27S pre-rRNA (guanosine(2922)-2'-O)-methyltransferase ;

物种未注明

UniProt P25582

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白–RNA	异源复合物	蛋白 15 RNA 1	25S rRNA × 1 Ribosomal RNA-processing protein 17 × 1 Nucleolar complex protein 2 × 1 （P39744） 60S ribosomal protein L23-A × 1 （P0CX41） Ribosome biogenesis protein RLP24 × 1 （Q07915） 60S ribosome biogenesis factor Nog1 × 1 60S ribosomal protein L31-A × 1 （P0C2H8） 60S ribosomal protein L22-A × 1 60S ribosome ribosomal protein L19A × 1 60S ribosomal protein L30 × 1 60S ribosomal protein L3 × 1 （P14126） UPF0642 protein YBL028C × 1 （P38202） Nuclear GTP-binding protein NUG1 × 1 （P40010） Eukaryotic translation initiation factor 6 × 1 （Q12522） 25S rRNA (cytosine(2870)-C(5))-methyltransferase × 1 （P40991） S-ADENOSYL-L-HOMOCYSTEINE × 1 water × 1	与全部聚合物一致

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UniProt名称	SPB1_YEAST
Isoform	—
PDB实体	6
链与序列区间	作者链 w； PDB构建体 1–389； UniProt 1–389

60S ribosomal protein L31-A

物种未注明

UniProt P0C2H8

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白–RNA	异源复合物	蛋白 15 RNA 1	25S rRNA × 1 Ribosomal RNA-processing protein 17 × 1 Nucleolar complex protein 2 × 1 （P39744） 60S ribosomal protein L23-A × 1 （P0CX41） Ribosome biogenesis protein RLP24 × 1 （Q07915） ;27S pre-rRNA (guanosine(2922)-2'-O)-methyltransferase ; × 1 （P25582） 60S ribosome biogenesis factor Nog1 × 1 60S ribosomal protein L22-A × 1 60S ribosome ribosomal protein L19A × 1 60S ribosomal protein L30 × 1 60S ribosomal protein L3 × 1 （P14126） UPF0642 protein YBL028C × 1 （P38202） Nuclear GTP-binding protein NUG1 × 1 （P40010） Eukaryotic translation initiation factor 6 × 1 （Q12522） 25S rRNA (cytosine(2870)-C(5))-methyltransferase × 1 （P40991） S-ADENOSYL-L-HOMOCYSTEINE × 1 water × 1	与全部聚合物一致

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UniProt名称	RL31A_YEAST
Isoform	—
PDB实体	8
链与序列区间	作者链 d； PDB构建体 1–60； UniProt 13–72

60S ribosomal protein L3

物种未注明

UniProt P14126

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白–RNA	异源复合物	蛋白 15 RNA 1	25S rRNA × 1 Ribosomal RNA-processing protein 17 × 1 Nucleolar complex protein 2 × 1 （P39744） 60S ribosomal protein L23-A × 1 （P0CX41） Ribosome biogenesis protein RLP24 × 1 （Q07915） ;27S pre-rRNA (guanosine(2922)-2'-O)-methyltransferase ; × 1 （P25582） 60S ribosome biogenesis factor Nog1 × 1 60S ribosomal protein L31-A × 1 （P0C2H8） 60S ribosomal protein L22-A × 1 60S ribosome ribosomal protein L19A × 1 60S ribosomal protein L30 × 1 UPF0642 protein YBL028C × 1 （P38202） Nuclear GTP-binding protein NUG1 × 1 （P40010） Eukaryotic translation initiation factor 6 × 1 （Q12522） 25S rRNA (cytosine(2870)-C(5))-methyltransferase × 1 （P40991） S-ADENOSYL-L-HOMOCYSTEINE × 1 water × 1	与全部聚合物一致

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UniProt名称	RL3_YEAST
Isoform	—
PDB实体	12
链与序列区间	作者链 B； PDB构建体 1–376； UniProt 12–387

UPF0642 protein YBL028C

物种未注明

UniProt P38202

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白–RNA	异源复合物	蛋白 15 RNA 1	25S rRNA × 1 Ribosomal RNA-processing protein 17 × 1 Nucleolar complex protein 2 × 1 （P39744） 60S ribosomal protein L23-A × 1 （P0CX41） Ribosome biogenesis protein RLP24 × 1 （Q07915） ;27S pre-rRNA (guanosine(2922)-2'-O)-methyltransferase ; × 1 （P25582） 60S ribosome biogenesis factor Nog1 × 1 60S ribosomal protein L31-A × 1 （P0C2H8） 60S ribosomal protein L22-A × 1 60S ribosome ribosomal protein L19A × 1 60S ribosomal protein L30 × 1 60S ribosomal protein L3 × 1 （P14126） Nuclear GTP-binding protein NUG1 × 1 （P40010） Eukaryotic translation initiation factor 6 × 1 （Q12522） 25S rRNA (cytosine(2870)-C(5))-methyltransferase × 1 （P40991） S-ADENOSYL-L-HOMOCYSTEINE × 1 water × 1	与全部聚合物一致

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UniProt名称	YBC8_YEAST
Isoform	—
PDB实体	13
链与序列区间	作者链 z； PDB构建体 1–6； UniProt 2–7

Nuclear GTP-binding protein NUG1

物种未注明

UniProt P40010

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白–RNA	异源复合物	蛋白 15 RNA 1	25S rRNA × 1 Ribosomal RNA-processing protein 17 × 1 Nucleolar complex protein 2 × 1 （P39744） 60S ribosomal protein L23-A × 1 （P0CX41） Ribosome biogenesis protein RLP24 × 1 （Q07915） ;27S pre-rRNA (guanosine(2922)-2'-O)-methyltransferase ; × 1 （P25582） 60S ribosome biogenesis factor Nog1 × 1 60S ribosomal protein L31-A × 1 （P0C2H8） 60S ribosomal protein L22-A × 1 60S ribosome ribosomal protein L19A × 1 60S ribosomal protein L30 × 1 60S ribosomal protein L3 × 1 （P14126） UPF0642 protein YBL028C × 1 （P38202） Eukaryotic translation initiation factor 6 × 1 （Q12522） 25S rRNA (cytosine(2870)-C(5))-methyltransferase × 1 （P40991） S-ADENOSYL-L-HOMOCYSTEINE × 1 water × 1	与全部聚合物一致

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UniProt名称	NUG1_YEAST
Isoform	—
PDB实体	14
链与序列区间	作者链 s； PDB构建体 1–7； UniProt 1–7

Eukaryotic translation initiation factor 6

物种未注明

UniProt Q12522

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白–RNA	异源复合物	蛋白 15 RNA 1	25S rRNA × 1 Ribosomal RNA-processing protein 17 × 1 Nucleolar complex protein 2 × 1 （P39744） 60S ribosomal protein L23-A × 1 （P0CX41） Ribosome biogenesis protein RLP24 × 1 （Q07915） ;27S pre-rRNA (guanosine(2922)-2'-O)-methyltransferase ; × 1 （P25582） 60S ribosome biogenesis factor Nog1 × 1 60S ribosomal protein L31-A × 1 （P0C2H8） 60S ribosomal protein L22-A × 1 60S ribosome ribosomal protein L19A × 1 60S ribosomal protein L30 × 1 60S ribosomal protein L3 × 1 （P14126） UPF0642 protein YBL028C × 1 （P38202） Nuclear GTP-binding protein NUG1 × 1 （P40010） 25S rRNA (cytosine(2870)-C(5))-methyltransferase × 1 （P40991） S-ADENOSYL-L-HOMOCYSTEINE × 1 water × 1	与全部聚合物一致

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UniProt名称	IF6_YEAST
Isoform	—
PDB实体	15
链与序列区间	作者链 y； PDB构建体 1–245； UniProt 1–245

25S rRNA (cytosine(2870)-C(5))-methyltransferase

物种未注明

UniProt P40991

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白–RNA	异源复合物	蛋白 15 RNA 1	25S rRNA × 1 Ribosomal RNA-processing protein 17 × 1 Nucleolar complex protein 2 × 1 （P39744） 60S ribosomal protein L23-A × 1 （P0CX41） Ribosome biogenesis protein RLP24 × 1 （Q07915） ;27S pre-rRNA (guanosine(2922)-2'-O)-methyltransferase ; × 1 （P25582） 60S ribosome biogenesis factor Nog1 × 1 60S ribosomal protein L31-A × 1 （P0C2H8） 60S ribosomal protein L22-A × 1 60S ribosome ribosomal protein L19A × 1 60S ribosomal protein L30 × 1 60S ribosomal protein L3 × 1 （P14126） UPF0642 protein YBL028C × 1 （P38202） Nuclear GTP-binding protein NUG1 × 1 （P40010） Eukaryotic translation initiation factor 6 × 1 （Q12522） S-ADENOSYL-L-HOMOCYSTEINE × 1 water × 1	与全部聚合物一致

数据库中的同蛋白其他状态

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UniProt名称	NOP2_YEAST
Isoform	—
PDB实体	16
链与序列区间	作者链 q； PDB构建体 1–36； UniProt 285–320

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	7naf
沉积日期 deposition_date	2021-06-21
结构标题 title	State E2 nucleolar 60S ribosomal biogenesis intermediate - Spb1-MTD local model
关键词 keywords	ribosome biogenesis, DEAD-box ATPases, methyltransferase, nucleolus, RIBOSOME; RIBOSOME
实验方法 method	ELECTRON MICROSCOPY

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3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

页面只读取最新 assembly 计算结果。每一条曲线都对应明确的 PDB、official biological assembly 和 coordinate model。

7naf__assembly_1__model_1

Assembly 1 · Model 1 · CRYSOL 4.1.3-1-20251215 (887e7ef)

下载该曲线 .dat

7naf__assembly_1__model_1 | I(q)

100 个绘图点；横轴和纵轴均采用对数尺度。

7naf__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

P(r) 将按相同 assembly/model 分别计算和展示。

Rg（Guinier）	46.23 Å
Rg（电子密度）	46.91 Å
总 Rg	47.05 Å
原子数	18866
残基数	1715
排除体积	308180 Å³
最大 q	0.500 Å⁻¹

Assembly	Model	结构单元	聚集说明	状态	CRYSOL	操作
1	1	`7naf__assembly_1__model_1`	hexadecameric （16）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载

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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (18)

实体 1 Entity 1 polymer

描述 description	25S rRNA
分子量 formula_weight	121655.5 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polyribonucleotide
链编号 strand_id	1
原子数 atom_count	18868

AUAGGGUGAAGCCAGAGGAAACUCUGGUGGAGGCUCGAAAAUGGAAUUAGACUGAAGGUCGGCGCCCUGGAGUUAUCUUUUCUUGUUUAUCCCGCUUCGGCCCCAAGGUGAACAGCCUCUAAUGUAGAUAAGGGAAGUCGGGGGAAUCUGACUGUUAACGAGAUUCCCACUGUCCCUAUCUACUCGGGGAACUGGCUUGUCGGCUCUUCCUAUCAUACCAUUCGGUAAGCGUUGGAUUGUUCACCCACUAAUAGGGAACGUGAGCUGAAUUGAACUUAGGAACAGUUCAUUCGGAUAAUUGGUUUUUGCGGCUGUCUGAUCAGGCAUUGCCGCGAAGCUACCAUCCGAAUCUAUAUAUUGUAAGCUGAGAUUAAGCCU

实体 2 Entity 2 polymer

描述 description	Ribosomal RNA-processing protein 17
分子量 formula_weight	13077.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	5

NRQILTRGKQSKKFGTDEVTFDKDSRLDYLTGFHKRKLQRQKKAQEFIKEQERLRKIEERQKIRQERKEVMEEQLKTFKESLNLKFRYLTKNERRINQRKANDNK

实体 3 Entity 3 polymer

描述 description	Nucleolar complex protein 2
分子量 formula_weight	4749.7 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	8

KVSKSTKKFQSKHLKHTLDQRRKEKIQKKRIQGRRGNKT

实体 4 Entity 4 polymer

描述 description	60S ribosomal protein L23-A
分子量 formula_weight	14218.6 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	V

NGAQGTKFRISLGLPVGAIMNCADNSGARNLYIIAVKGSGSRLNRLPAASLGDMVMATVKKGKPELRKKVMPAIVVRQAKSWRRRDGVFLYFEDNAGVIANPKGEMKGSAITGPVGKECADLWPRVASNSGVVV

实体 5 Entity 5 polymer

描述 description	Ribosome biogenesis protein RLP24
分子量 formula_weight	7786.3 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	u

MRIYQCHFCSSPCYPGHGIMFVRNDAKEFRFCRSKCHKAFKQRRNPRKLKWTKAFRKAAGKELAV

实体 6 Entity 6 polymer

描述 description	;27S pre-rRNA (guanosine(2922)-2'-O)-methyltransferase ;
分子量 formula_weight	45405.6 kDa
EC 编号 ec_number	2.1.1.167
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	w

MGKTQKKNSKGRLDRYYYLAKEKGYRARSSFKIIQINEKYGHFLEKSKVVIDLCAAPGSWCQVASKLCPVNSLIIGVDIVPMKPMPNVITFQSDITTEDCRSKLRGYMKTWKADTVLHDGAPNVGLGWVQDAFTQSQLTLQALKLAVENLVVNGTFVTKIFRSKDYNKLIWVFQQLFEKVEATKPPASRNVSAEIFVVCKGFKAPKRLDPRLLDPKEVFEELPDGQQNMESKIYNPEKKVRKRQGYEEGDNLLYHETSILDFVRTEDPISMLGEMNKFTIDENDHEWKILKKLKQTTDEFRSCIEDLKVLGKKDFKMILRWRKIAREILGIEVKDDAKTEIEVVPLTEEEQIEKDLQGLQEKQRLNVKRERRRKNEMKQKELQRMQMNM

实体 7 Entity 7 polymer

描述 description	60S ribosome biogenesis factor Nog1
分子量 formula_weight	8783.6 kDa
EC 编号 ec_number	2.1.1.167
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	b

IVLNRTQRKTPTVIRPGFKITRIRAFYMRKVKYTGEGMPEILDGKNVYIRNRQKTMIAEARNRKSLKNKAIMPR

实体 8 Entity 8 polymer

描述 description	60S ribosomal protein L31-A
分子量 formula_weight	7025.4 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	d

TINLHKRLHGVSFKKRAPRAVKEIKKFAKLHMGTDDVRLAPELNQAIWKRGVKGVEYRLR

实体 9 Entity 9 polymer

描述 description	60S ribosomal protein L22-A
分子量 formula_weight	2350.9 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	U

KYLKYLTKKYLKKNQLRD

实体 10 Entity 10 polymer

描述 description	60S ribosome ribosomal protein L19A
分子量 formula_weight	7490.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	R

KAVTVHSKRLPSQVVWIRRLRVLRRLLAKYRIDKHLYHVLYKESKGNAFKHKRALVEHIIQA

实体 11 Entity 11 polymer

描述 description	60S ribosomal protein L30
分子量 formula_weight	4390.1 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	c

LGYIIIAANTPVLRKSVYYFQGGNNELGTAVGKLFRVGVVS

实体 12 Entity 12 polymer

描述 description	60S ribosomal protein L3
分子量 formula_weight	42452.2 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	B

GHLGFLPRKRAASIRARVKAFPKDDRSKPVALTSFLGYKAGMTTIVRDLDRPGSKFHKREVVEAVTVVDTPPVVVVGVVGYVETPRGLRSLTTVWAEHLSDEVKRRFYKNWYKSKKKAFTKYSAKYAQDGAGIERELARIKKYASVVRVLVHTQIRKTPLAQKKAHLAEIQLNGGSISEKVDWAREHFEKTVAVDSVFEQNEMIDAIAVTKGHGFEGVTHRWGTKKLPRKTHRGLRKVACIGAWHPAHVMWSVARAGQRGYHSRTSINHKIYRVGKGDDEANGATSFDRTKKTITPMGGFVHYGEIKNDFIMVKGCIPGNRKRIVTLRKSLYTNTSRKALEEVSLKWIDTASKFGKGRFQTPAEKHAFMGTLKKDL

实体 13 Entity 13 polymer

描述 description	UPF0642 protein YBL028C
分子量 formula_weight	646.8 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	z

AKSLRA

实体 14 Entity 14 polymer

描述 description	Nuclear GTP-binding protein NUG1
分子量 formula_weight	977.2 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	s

MRVRKRQ

实体 15 Entity 15 polymer

描述 description	Eukaryotic translation initiation factor 6
分子量 formula_weight	26476.6 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	y

MATRTQFENSNEIGVFSKLTNTYCLVAVGGSENFYSAFEAELGDAIPIVHTTIAGTRIIGRMTAGNRRGLLVPTQTTDQELQHLRNSLPDSVKIQRVEERLSALGNVICCNDYVALVHPDIDRETEELISDVLGVEVFRQTISGNILVGSYCSLSNQGGLVHPQTSVQDQEELSSLLQVPLVAGTVNRGSSVVGAGMVVNDYLAVTGLDTTAPELSVIESIFRLQDAQPESISGNLRDTLIETYS

实体 16 Entity 16 polymer

描述 description	25S rRNA (cytosine(2870)-C(5))-methyltransferase
分子量 formula_weight	3821.4 kDa
EC 编号 ec_number	2.1.1.310
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	q

LAQTLVNRGVNLQPIGSWTKVGLQIFDSQVPIGATP

实体 17 Entity 17 non-polymer

描述 description	S-ADENOSYL-L-HOMOCYSTEINE
分子量 formula_weight	384.4 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

实体 18 Entity 18 water

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	2

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6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 2 domains

CATH v4.4 (2 domains)

结构域编号 domain_id	7nafR01
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	10 — Orthogonal Bundle
拓扑 Topology topology	1200 — Non-ribosomal Peptide Synthetase Peptidyl Carrier Protein; Chain A
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	240 —

结构域编号 domain_id	7nafd01
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	10 — Roll
拓扑 Topology topology	440 — Ribosomal Protein L31e; Chain: W;
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Ribosomal protein L31

▶

晶胞边长 a length_a	1.000 Å
晶胞边长 b length_b	1.000 Å
晶胞边长 c length_c	1.000 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	—

空间群 space_group	P 1
空间群编号 int_tables_number	1
晶系 crystal_system	triclinic

分辨率 resolution	3.13 Å
分辨率测定方法 resolution_method	—
颗粒数 num_particles	198000

State E2 nucleolar 60S ribosomal biogenesis intermediate - Spb1-MTD local model

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Nucleolar complex protein 2

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

60S ribosomal protein L23-A

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

Ribosome biogenesis protein RLP24

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

;27S pre-rRNA (guanosine(2922)-2'-O)-methyltransferase ;

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

60S ribosomal protein L31-A

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

60S ribosomal protein L3

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

UPF0642 protein YBL028C

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

Nuclear GTP-binding protein NUG1

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

Eukaryotic translation initiation factor 6

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

25S rRNA (cytosine(2870)-C(5))-methyltransferase

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体