SAXSdb — 7q04

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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Terephthalate 1,2-dioxygenase, terminal oxygenase component subunit beta 1

Comamonas sp.

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 7	Terephthalate 1,2-dioxygenase, terminal oxygenase component subunit alpha 2 × 3 （Q3C1D5） Lysozyme × 1 （P00698） FE2/S2 (INORGANIC) CLUSTER × 3 FE (III) ION × 1 water × 7	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	TPDB1_COMSP
Isoform	—
PDB实体	1
链与序列区间	作者链 A； PDB构建体 1–154； UniProt 1–154 作者链 B； PDB构建体 1–154； UniProt 1–154 作者链 C； PDB构建体 1–154； UniProt 1–154

Terephthalate 1,2-dioxygenase, terminal oxygenase component subunit alpha 2

Comamonas sp.

UniProt Q3C1D5

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 7	Terephthalate 1,2-dioxygenase, terminal oxygenase component subunit beta 1 × 3 （Q3C1E2） Lysozyme × 1 （P00698） FE2/S2 (INORGANIC) CLUSTER × 3 FE (III) ION × 1 water × 7	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	TPDA2_COMSP
Isoform	—
PDB实体	2
链与序列区间	作者链 D； PDB构建体 3–415； UniProt 1–413 作者链 E； PDB构建体 3–415； UniProt 1–413 作者链 F； PDB构建体 3–415； UniProt 1–413

Lysozyme

物种未注明

UniProt P00698

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 7	Terephthalate 1,2-dioxygenase, terminal oxygenase component subunit beta 1 × 3 （Q3C1E2） Terephthalate 1,2-dioxygenase, terminal oxygenase component subunit alpha 2 × 3 （Q3C1D5） FE2/S2 (INORGANIC) CLUSTER × 3 FE (III) ION × 1 water × 7	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	LYSC_CHICK
Isoform	—
PDB实体	3
链与序列区间	作者链 H； PDB构建体 1–129； UniProt 19–147

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	7q04
沉积日期 deposition_date	2021-10-14
结构标题 title	Crystal structure of TPADO in a substrate-free state
关键词 keywords	terephthalic acid, TPA, OXIDOREDUCTASE; OXIDOREDUCTASE
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

页面只读取最新 assembly 计算结果。每一条曲线都对应明确的 PDB、official biological assembly 和 coordinate model。

7q04__assembly_1__model_1

Assembly 1 · Model 1 · CRYSOL 4.1.3-1-20251215 (887e7ef)

下载该曲线 .dat

7q04__assembly_1__model_1 | I(q)

100 个绘图点；横轴和纵轴均采用对数尺度。

7q04__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

P(r) 将按相同 assembly/model 分别计算和展示。

Rg（Guinier）	36.93 Å
Rg（电子密度）	35.81 Å
总 Rg	36.39 Å
原子数	26897
残基数	1741
排除体积	240740 Å³
最大 q	0.500 Å⁻¹

Assembly	Model	结构单元	聚集说明	状态	CRYSOL	操作
1	1	`7q04__assembly_1__model_1`	heptameric （7）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载

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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (6)

实体 1 Entity 1 polymer

描述 description	Terephthalate 1,2-dioxygenase, terminal oxygenase component subunit beta 1
分子量 formula_weight	17249.4 kDa
EC 编号 ec_number	1.14.12.15
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	3

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A,B,C
原子数 atom_count	27325

MINEIQIAAFNAAYAKTVDSDAMEQWPTFFTKDCHYRVTNVDNHAEGLAAGIVWADSQDMLTDRISALREANIYERHRYRHILGLPSIQSGDATQASASTPFMVLRIMHTGETEVFASGEYLDKFTTIDGKLRLQERIAVCDSTVTDTLMALPL

来源 Source

来源生物 organism	Comamonas sp.
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	34028
宿主生物 host_organism	Escherichia coli BL21(DE3)

实体 2 Entity 2 polymer

描述 description	Terephthalate 1,2-dioxygenase, terminal oxygenase component subunit alpha 2
分子量 formula_weight	48166.8 kDa
EC 编号 ec_number	1.14.12.15
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	3

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	D,E,F

MGMQESIIQWHGATNTRVPFGIYTDTANADQEQQRIYRGEVWNYLCLESEIPGAGDFRTTFAGETPIVVVRDADQEIYAFENRCAHRGALIALEKSGRTDSFQCVYHAWSYNRQGDLTGVAFEKGVKGQGGMPASFCKEEHGPRKLRVAVFCGLVFGSFSEDVPSIEDYLGPEICERIERVLHKPVEVIGRFTQKLPNNWKLYFENVKDSYHASLLHMFFTTFELNRLSQKGGVIVDESGGHHVSYSMIDRGAKDDSYKDQAIRSDNERYRLKDPSLLEGFEEFEDGVTLQILSVFPGFVLQQIQNSIAVRQLLPKSISSSELNWTYLGYADDSAEQRKVRLKQANLIGPAGFISMEDGAVGGFVQRGIAGAANLDAVIEMGGDHEGSSEGRATETSVRGFWKAYRKHMGQEMQAENLYFQGHHHHHH

来源 Source

来源生物 organism	Comamonas sp.
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	34028
宿主生物 host_organism	Escherichia coli BL21(DE3)

实体 3 Entity 3 polymer

描述 description	Lysozyme
分子量 formula_weight	14331.2 kDa
EC 编号 ec_number	3.2.1.17
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	H

KVFGRCELAAAMKRHGLDNYRGYSLGNWVCAAKFESNFNTQATNRNTDGSTDYGILQINSRWWCNDGRTPGSRNLCNIPCSALLSSDITASVNCAKKIVSDGNGMNAWVAWRNRCKGTDVQAWIRGCRL

实体 4 Entity 4 non-polymer

描述 description	FE2/S2 (INORGANIC) CLUSTER
分子量 formula_weight	175.8 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	3

实体 5 Entity 5 non-polymer

描述 description	FE (III) ION
分子量 formula_weight	55.8 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

实体 6 Entity 6 water

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	408

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6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 4 domains

CATH v4.4 (4 domains)

结构域编号 domain_id	7q04D01
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	102 — 3-layer Sandwich
拓扑 Topology topology	10 — Rieske Iron-sulfur Protein
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Rieske [2Fe-2S] iron-sulphur domain

结构域编号 domain_id	7q04E01
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	102 — 3-layer Sandwich
拓扑 Topology topology	10 — Rieske Iron-sulfur Protein
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Rieske [2Fe-2S] iron-sulphur domain

结构域编号 domain_id	7q04F01
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	102 — 3-layer Sandwich
拓扑 Topology topology	10 — Rieske Iron-sulfur Protein
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Rieske [2Fe-2S] iron-sulphur domain

结构域编号 domain_id	7q04H01
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	10 — Orthogonal Bundle
拓扑 Topology topology	530 — Lysozyme
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 —

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晶胞边长 a length_a	220.807 Å
晶胞边长 b length_b	220.807 Å
晶胞边长 c length_c	84.093 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	120.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	18

空间群 space_group	P 61
空间群编号 int_tables_number	169
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	2.281 Å
最低分辨率 resolution_low	191.224 Å
R 因子 r_factor	—
R_work r_work	0.1788
R_free r_free	0.2249

Crystal structure of TPADO in a substrate-free state

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Terephthalate 1,2-dioxygenase, terminal oxygenase component subunit beta 1

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

Terephthalate 1,2-dioxygenase, terminal oxygenase component subunit alpha 2

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

Lysozyme

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

7q04__assembly_1__model_1

7q04__assembly_1__model_1 | I(q)

7q04__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (6)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 3 Entity 3 polymer

聚合物 Polymer

实体 4 Entity 4 non-polymer

实体 5 Entity 5 non-polymer

实体 6 Entity 6 water

6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 4 domains

CATH v4.4 (4 domains)

7. 引用文献 (1)

Crystal structure of TPADO in a substrate-free state

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Terephthalate 1,2-dioxygenase, terminal oxygenase component subunit beta 1

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

Terephthalate 1,2-dioxygenase, terminal oxygenase component subunit alpha 2

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

Lysozyme

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

7q04__assembly_1__model_1

7q04__assembly_1__model_1 | I(q)

7q04__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (6)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 3 Entity 3 polymer

聚合物 Polymer

实体 4 Entity 4 non-polymer

实体 5 Entity 5 non-polymer

实体 6 Entity 6 water

6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 4 domains

CATH v4.4 (4 domains)

7. 引用文献 (1)