7r72

State E1 nucleolar 60S ribosome biogenesis intermediate - Spb4 local model

Method: ELECTRON MICROSCOPY

▼

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Nucleolar complex protein 2

物种未注明

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白–RNA	异源复合物	蛋白 22 RNA 2	25S rRNA × 1 5.8S rRNA × 1 60S ribosomal protein L3 × 1 （P14126） 60S ribosomal protein L8-A × 1 （P17076） Nucleolar complex-associated protein 3 × 1 （Q07896） 60S ribosomal protein L17-A × 1 （P05740） 60S ribosomal protein L19-A × 1 （P0CX82） 60S ribosomal protein L22-A × 1 （P05749） 60S ribosomal protein L25 × 1 （P04456） 60S ribosomal protein L27-A × 1 （P0C2H6） Nucleolar GTP-binding protein 1 × 1 （Q02892） 60S ribosomal protein L30 × 1 （P14120） 60S ribosomal protein L31-A × 1 （P0C2H8） 60S ribosomal protein L34-A × 1 （P87262） 60S ribosomal protein L37-A × 1 （P49166） 60S ribosomal protein L38 × 1 （P49167） Ribosome biogenesis protein ERB1 × 1 Pescadillo homolog × 1 Ribosome biogenesis protein YTM1 × 1 （A6ZPA9） Ribosome biogenesis protein RLP7 × 1 （P40693） Ribosome biogenesis protein RLP24 × 1 （Q07915） ;27S pre-rRNA (guanosine(2922)-2'-O)-methyltransferase ; × 1 （P25582） ATP-dependent rRNA helicase SPB4 × 1 （A7A237） ZINC ION × 1	与全部聚合物一致

数据库中的同蛋白其他状态

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UniProt名称	NOC2_YEAST
Isoform	—
PDB实体	3
链与序列区间	作者链 8； PDB构建体 1–710； UniProt 1–710

60S ribosomal protein L3

物种未注明

UniProt P14126

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白–RNA	异源复合物	蛋白 22 RNA 2	25S rRNA × 1 5.8S rRNA × 1 Nucleolar complex protein 2 × 1 （P39744） 60S ribosomal protein L8-A × 1 （P17076） Nucleolar complex-associated protein 3 × 1 （Q07896） 60S ribosomal protein L17-A × 1 （P05740） 60S ribosomal protein L19-A × 1 （P0CX82） 60S ribosomal protein L22-A × 1 （P05749） 60S ribosomal protein L25 × 1 （P04456） 60S ribosomal protein L27-A × 1 （P0C2H6） Nucleolar GTP-binding protein 1 × 1 （Q02892） 60S ribosomal protein L30 × 1 （P14120） 60S ribosomal protein L31-A × 1 （P0C2H8） 60S ribosomal protein L34-A × 1 （P87262） 60S ribosomal protein L37-A × 1 （P49166） 60S ribosomal protein L38 × 1 （P49167） Ribosome biogenesis protein ERB1 × 1 Pescadillo homolog × 1 Ribosome biogenesis protein YTM1 × 1 （A6ZPA9） Ribosome biogenesis protein RLP7 × 1 （P40693） Ribosome biogenesis protein RLP24 × 1 （Q07915） ;27S pre-rRNA (guanosine(2922)-2'-O)-methyltransferase ; × 1 （P25582） ATP-dependent rRNA helicase SPB4 × 1 （A7A237） ZINC ION × 1	与全部聚合物一致

数据库中的同蛋白其他状态

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UniProt名称	RL3_YEAST
Isoform	—
PDB实体	4
链与序列区间	作者链 B； PDB构建体 1–387； UniProt 1–387

60S ribosomal protein L8-A

物种未注明

UniProt P17076

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白–RNA	异源复合物	蛋白 22 RNA 2	25S rRNA × 1 5.8S rRNA × 1 Nucleolar complex protein 2 × 1 （P39744） 60S ribosomal protein L3 × 1 （P14126） Nucleolar complex-associated protein 3 × 1 （Q07896） 60S ribosomal protein L17-A × 1 （P05740） 60S ribosomal protein L19-A × 1 （P0CX82） 60S ribosomal protein L22-A × 1 （P05749） 60S ribosomal protein L25 × 1 （P04456） 60S ribosomal protein L27-A × 1 （P0C2H6） Nucleolar GTP-binding protein 1 × 1 （Q02892） 60S ribosomal protein L30 × 1 （P14120） 60S ribosomal protein L31-A × 1 （P0C2H8） 60S ribosomal protein L34-A × 1 （P87262） 60S ribosomal protein L37-A × 1 （P49166） 60S ribosomal protein L38 × 1 （P49167） Ribosome biogenesis protein ERB1 × 1 Pescadillo homolog × 1 Ribosome biogenesis protein YTM1 × 1 （A6ZPA9） Ribosome biogenesis protein RLP7 × 1 （P40693） Ribosome biogenesis protein RLP24 × 1 （Q07915） ;27S pre-rRNA (guanosine(2922)-2'-O)-methyltransferase ; × 1 （P25582） ATP-dependent rRNA helicase SPB4 × 1 （A7A237） ZINC ION × 1	与全部聚合物一致

数据库中的同蛋白其他状态

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UniProt名称	RL8A_YEAST
Isoform	—
PDB实体	5
链与序列区间	作者链 G； PDB构建体 1–256； UniProt 1–256

Nucleolar complex-associated protein 3

物种未注明

UniProt Q07896

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白–RNA	异源复合物	蛋白 22 RNA 2	25S rRNA × 1 5.8S rRNA × 1 Nucleolar complex protein 2 × 1 （P39744） 60S ribosomal protein L3 × 1 （P14126） 60S ribosomal protein L8-A × 1 （P17076） 60S ribosomal protein L17-A × 1 （P05740） 60S ribosomal protein L19-A × 1 （P0CX82） 60S ribosomal protein L22-A × 1 （P05749） 60S ribosomal protein L25 × 1 （P04456） 60S ribosomal protein L27-A × 1 （P0C2H6） Nucleolar GTP-binding protein 1 × 1 （Q02892） 60S ribosomal protein L30 × 1 （P14120） 60S ribosomal protein L31-A × 1 （P0C2H8） 60S ribosomal protein L34-A × 1 （P87262） 60S ribosomal protein L37-A × 1 （P49166） 60S ribosomal protein L38 × 1 （P49167） Ribosome biogenesis protein ERB1 × 1 Pescadillo homolog × 1 Ribosome biogenesis protein YTM1 × 1 （A6ZPA9） Ribosome biogenesis protein RLP7 × 1 （P40693） Ribosome biogenesis protein RLP24 × 1 （Q07915） ;27S pre-rRNA (guanosine(2922)-2'-O)-methyltransferase ; × 1 （P25582） ATP-dependent rRNA helicase SPB4 × 1 （A7A237） ZINC ION × 1	与全部聚合物一致

数据库中的同蛋白其他状态

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UniProt名称	NOC3_YEAST
Isoform	—
PDB实体	6
链与序列区间	作者链 I； PDB构建体 1–663； UniProt 1–663

60S ribosomal protein L17-A

物种未注明

UniProt P05740

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白–RNA	异源复合物	蛋白 22 RNA 2	25S rRNA × 1 5.8S rRNA × 1 Nucleolar complex protein 2 × 1 （P39744） 60S ribosomal protein L3 × 1 （P14126） 60S ribosomal protein L8-A × 1 （P17076） Nucleolar complex-associated protein 3 × 1 （Q07896） 60S ribosomal protein L19-A × 1 （P0CX82） 60S ribosomal protein L22-A × 1 （P05749） 60S ribosomal protein L25 × 1 （P04456） 60S ribosomal protein L27-A × 1 （P0C2H6） Nucleolar GTP-binding protein 1 × 1 （Q02892） 60S ribosomal protein L30 × 1 （P14120） 60S ribosomal protein L31-A × 1 （P0C2H8） 60S ribosomal protein L34-A × 1 （P87262） 60S ribosomal protein L37-A × 1 （P49166） 60S ribosomal protein L38 × 1 （P49167） Ribosome biogenesis protein ERB1 × 1 Pescadillo homolog × 1 Ribosome biogenesis protein YTM1 × 1 （A6ZPA9） Ribosome biogenesis protein RLP7 × 1 （P40693） Ribosome biogenesis protein RLP24 × 1 （Q07915） ;27S pre-rRNA (guanosine(2922)-2'-O)-methyltransferase ; × 1 （P25582） ATP-dependent rRNA helicase SPB4 × 1 （A7A237） ZINC ION × 1	与全部聚合物一致

数据库中的同蛋白其他状态

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UniProt名称	RL17A_YEAST
Isoform	—
PDB实体	7
链与序列区间	作者链 P； PDB构建体 1–184； UniProt 1–184

60S ribosomal protein L19-A

物种未注明

UniProt P0CX82

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白–RNA	异源复合物	蛋白 22 RNA 2	25S rRNA × 1 5.8S rRNA × 1 Nucleolar complex protein 2 × 1 （P39744） 60S ribosomal protein L3 × 1 （P14126） 60S ribosomal protein L8-A × 1 （P17076） Nucleolar complex-associated protein 3 × 1 （Q07896） 60S ribosomal protein L17-A × 1 （P05740） 60S ribosomal protein L22-A × 1 （P05749） 60S ribosomal protein L25 × 1 （P04456） 60S ribosomal protein L27-A × 1 （P0C2H6） Nucleolar GTP-binding protein 1 × 1 （Q02892） 60S ribosomal protein L30 × 1 （P14120） 60S ribosomal protein L31-A × 1 （P0C2H8） 60S ribosomal protein L34-A × 1 （P87262） 60S ribosomal protein L37-A × 1 （P49166） 60S ribosomal protein L38 × 1 （P49167） Ribosome biogenesis protein ERB1 × 1 Pescadillo homolog × 1 Ribosome biogenesis protein YTM1 × 1 （A6ZPA9） Ribosome biogenesis protein RLP7 × 1 （P40693） Ribosome biogenesis protein RLP24 × 1 （Q07915） ;27S pre-rRNA (guanosine(2922)-2'-O)-methyltransferase ; × 1 （P25582） ATP-dependent rRNA helicase SPB4 × 1 （A7A237） ZINC ION × 1	与全部聚合物一致

数据库中的同蛋白其他状态

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UniProt名称	RL19A_YEAST
Isoform	—
PDB实体	8
链与序列区间	作者链 R； PDB构建体 1–189； UniProt 1–189

60S ribosomal protein L22-A

物种未注明

UniProt P05749

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白–RNA	异源复合物	蛋白 22 RNA 2	25S rRNA × 1 5.8S rRNA × 1 Nucleolar complex protein 2 × 1 （P39744） 60S ribosomal protein L3 × 1 （P14126） 60S ribosomal protein L8-A × 1 （P17076） Nucleolar complex-associated protein 3 × 1 （Q07896） 60S ribosomal protein L17-A × 1 （P05740） 60S ribosomal protein L19-A × 1 （P0CX82） 60S ribosomal protein L25 × 1 （P04456） 60S ribosomal protein L27-A × 1 （P0C2H6） Nucleolar GTP-binding protein 1 × 1 （Q02892） 60S ribosomal protein L30 × 1 （P14120） 60S ribosomal protein L31-A × 1 （P0C2H8） 60S ribosomal protein L34-A × 1 （P87262） 60S ribosomal protein L37-A × 1 （P49166） 60S ribosomal protein L38 × 1 （P49167） Ribosome biogenesis protein ERB1 × 1 Pescadillo homolog × 1 Ribosome biogenesis protein YTM1 × 1 （A6ZPA9） Ribosome biogenesis protein RLP7 × 1 （P40693） Ribosome biogenesis protein RLP24 × 1 （Q07915） ;27S pre-rRNA (guanosine(2922)-2'-O)-methyltransferase ; × 1 （P25582） ATP-dependent rRNA helicase SPB4 × 1 （A7A237） ZINC ION × 1	与全部聚合物一致

数据库中的同蛋白其他状态

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UniProt名称	RL22A_YEAST
Isoform	—
PDB实体	9
链与序列区间	作者链 U； PDB构建体 1–121； UniProt 1–121

60S ribosomal protein L25

物种未注明

UniProt P04456

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白–RNA	异源复合物	蛋白 22 RNA 2	25S rRNA × 1 5.8S rRNA × 1 Nucleolar complex protein 2 × 1 （P39744） 60S ribosomal protein L3 × 1 （P14126） 60S ribosomal protein L8-A × 1 （P17076） Nucleolar complex-associated protein 3 × 1 （Q07896） 60S ribosomal protein L17-A × 1 （P05740） 60S ribosomal protein L19-A × 1 （P0CX82） 60S ribosomal protein L22-A × 1 （P05749） 60S ribosomal protein L27-A × 1 （P0C2H6） Nucleolar GTP-binding protein 1 × 1 （Q02892） 60S ribosomal protein L30 × 1 （P14120） 60S ribosomal protein L31-A × 1 （P0C2H8） 60S ribosomal protein L34-A × 1 （P87262） 60S ribosomal protein L37-A × 1 （P49166） 60S ribosomal protein L38 × 1 （P49167） Ribosome biogenesis protein ERB1 × 1 Pescadillo homolog × 1 Ribosome biogenesis protein YTM1 × 1 （A6ZPA9） Ribosome biogenesis protein RLP7 × 1 （P40693） Ribosome biogenesis protein RLP24 × 1 （Q07915） ;27S pre-rRNA (guanosine(2922)-2'-O)-methyltransferase ; × 1 （P25582） ATP-dependent rRNA helicase SPB4 × 1 （A7A237） ZINC ION × 1	与全部聚合物一致

数据库中的同蛋白其他状态

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UniProt名称	RL25_YEAST
Isoform	—
PDB实体	10
链与序列区间	作者链 X； PDB构建体 1–142； UniProt 1–142

60S ribosomal protein L27-A

物种未注明

UniProt P0C2H6

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白–RNA	异源复合物	蛋白 22 RNA 2	25S rRNA × 1 5.8S rRNA × 1 Nucleolar complex protein 2 × 1 （P39744） 60S ribosomal protein L3 × 1 （P14126） 60S ribosomal protein L8-A × 1 （P17076） Nucleolar complex-associated protein 3 × 1 （Q07896） 60S ribosomal protein L17-A × 1 （P05740） 60S ribosomal protein L19-A × 1 （P0CX82） 60S ribosomal protein L22-A × 1 （P05749） 60S ribosomal protein L25 × 1 （P04456） Nucleolar GTP-binding protein 1 × 1 （Q02892） 60S ribosomal protein L30 × 1 （P14120） 60S ribosomal protein L31-A × 1 （P0C2H8） 60S ribosomal protein L34-A × 1 （P87262） 60S ribosomal protein L37-A × 1 （P49166） 60S ribosomal protein L38 × 1 （P49167） Ribosome biogenesis protein ERB1 × 1 Pescadillo homolog × 1 Ribosome biogenesis protein YTM1 × 1 （A6ZPA9） Ribosome biogenesis protein RLP7 × 1 （P40693） Ribosome biogenesis protein RLP24 × 1 （Q07915） ;27S pre-rRNA (guanosine(2922)-2'-O)-methyltransferase ; × 1 （P25582） ATP-dependent rRNA helicase SPB4 × 1 （A7A237） ZINC ION × 1	与全部聚合物一致

数据库中的同蛋白其他状态

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UniProt名称	RL27A_YEAST
Isoform	—
PDB实体	11
链与序列区间	作者链 Z； PDB构建体 1–136； UniProt 1–136

Nucleolar GTP-binding protein 1

物种未注明

UniProt Q02892

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白–RNA	异源复合物	蛋白 22 RNA 2	25S rRNA × 1 5.8S rRNA × 1 Nucleolar complex protein 2 × 1 （P39744） 60S ribosomal protein L3 × 1 （P14126） 60S ribosomal protein L8-A × 1 （P17076） Nucleolar complex-associated protein 3 × 1 （Q07896） 60S ribosomal protein L17-A × 1 （P05740） 60S ribosomal protein L19-A × 1 （P0CX82） 60S ribosomal protein L22-A × 1 （P05749） 60S ribosomal protein L25 × 1 （P04456） 60S ribosomal protein L27-A × 1 （P0C2H6） 60S ribosomal protein L30 × 1 （P14120） 60S ribosomal protein L31-A × 1 （P0C2H8） 60S ribosomal protein L34-A × 1 （P87262） 60S ribosomal protein L37-A × 1 （P49166） 60S ribosomal protein L38 × 1 （P49167） Ribosome biogenesis protein ERB1 × 1 Pescadillo homolog × 1 Ribosome biogenesis protein YTM1 × 1 （A6ZPA9） Ribosome biogenesis protein RLP7 × 1 （P40693） Ribosome biogenesis protein RLP24 × 1 （Q07915） ;27S pre-rRNA (guanosine(2922)-2'-O)-methyltransferase ; × 1 （P25582） ATP-dependent rRNA helicase SPB4 × 1 （A7A237） ZINC ION × 1	与全部聚合物一致

数据库中的同蛋白其他状态

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UniProt名称	NOG1_YEAST
Isoform	—
PDB实体	12
链与序列区间	作者链 b； PDB构建体 1–647； UniProt 1–647

60S ribosomal protein L30

物种未注明

UniProt P14120

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白–RNA	异源复合物	蛋白 22 RNA 2	25S rRNA × 1 5.8S rRNA × 1 Nucleolar complex protein 2 × 1 （P39744） 60S ribosomal protein L3 × 1 （P14126） 60S ribosomal protein L8-A × 1 （P17076） Nucleolar complex-associated protein 3 × 1 （Q07896） 60S ribosomal protein L17-A × 1 （P05740） 60S ribosomal protein L19-A × 1 （P0CX82） 60S ribosomal protein L22-A × 1 （P05749） 60S ribosomal protein L25 × 1 （P04456） 60S ribosomal protein L27-A × 1 （P0C2H6） Nucleolar GTP-binding protein 1 × 1 （Q02892） 60S ribosomal protein L31-A × 1 （P0C2H8） 60S ribosomal protein L34-A × 1 （P87262） 60S ribosomal protein L37-A × 1 （P49166） 60S ribosomal protein L38 × 1 （P49167） Ribosome biogenesis protein ERB1 × 1 Pescadillo homolog × 1 Ribosome biogenesis protein YTM1 × 1 （A6ZPA9） Ribosome biogenesis protein RLP7 × 1 （P40693） Ribosome biogenesis protein RLP24 × 1 （Q07915） ;27S pre-rRNA (guanosine(2922)-2'-O)-methyltransferase ; × 1 （P25582） ATP-dependent rRNA helicase SPB4 × 1 （A7A237） ZINC ION × 1	与全部聚合物一致

数据库中的同蛋白其他状态

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UniProt名称	RL30_YEAST
Isoform	—
PDB实体	13
链与序列区间	作者链 c； PDB构建体 1–105； UniProt 1–105

60S ribosomal protein L31-A

物种未注明

UniProt P0C2H8

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白–RNA	异源复合物	蛋白 22 RNA 2	25S rRNA × 1 5.8S rRNA × 1 Nucleolar complex protein 2 × 1 （P39744） 60S ribosomal protein L3 × 1 （P14126） 60S ribosomal protein L8-A × 1 （P17076） Nucleolar complex-associated protein 3 × 1 （Q07896） 60S ribosomal protein L17-A × 1 （P05740） 60S ribosomal protein L19-A × 1 （P0CX82） 60S ribosomal protein L22-A × 1 （P05749） 60S ribosomal protein L25 × 1 （P04456） 60S ribosomal protein L27-A × 1 （P0C2H6） Nucleolar GTP-binding protein 1 × 1 （Q02892） 60S ribosomal protein L30 × 1 （P14120） 60S ribosomal protein L34-A × 1 （P87262） 60S ribosomal protein L37-A × 1 （P49166） 60S ribosomal protein L38 × 1 （P49167） Ribosome biogenesis protein ERB1 × 1 Pescadillo homolog × 1 Ribosome biogenesis protein YTM1 × 1 （A6ZPA9） Ribosome biogenesis protein RLP7 × 1 （P40693） Ribosome biogenesis protein RLP24 × 1 （Q07915） ;27S pre-rRNA (guanosine(2922)-2'-O)-methyltransferase ; × 1 （P25582） ATP-dependent rRNA helicase SPB4 × 1 （A7A237） ZINC ION × 1	与全部聚合物一致

数据库中的同蛋白其他状态

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UniProt名称	RL31A_YEAST
Isoform	—
PDB实体	14
链与序列区间	作者链 d； PDB构建体 1–113； UniProt 1–113

60S ribosomal protein L34-A

物种未注明

UniProt P87262

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白–RNA	异源复合物	蛋白 22 RNA 2	25S rRNA × 1 5.8S rRNA × 1 Nucleolar complex protein 2 × 1 （P39744） 60S ribosomal protein L3 × 1 （P14126） 60S ribosomal protein L8-A × 1 （P17076） Nucleolar complex-associated protein 3 × 1 （Q07896） 60S ribosomal protein L17-A × 1 （P05740） 60S ribosomal protein L19-A × 1 （P0CX82） 60S ribosomal protein L22-A × 1 （P05749） 60S ribosomal protein L25 × 1 （P04456） 60S ribosomal protein L27-A × 1 （P0C2H6） Nucleolar GTP-binding protein 1 × 1 （Q02892） 60S ribosomal protein L30 × 1 （P14120） 60S ribosomal protein L31-A × 1 （P0C2H8） 60S ribosomal protein L37-A × 1 （P49166） 60S ribosomal protein L38 × 1 （P49167） Ribosome biogenesis protein ERB1 × 1 Pescadillo homolog × 1 Ribosome biogenesis protein YTM1 × 1 （A6ZPA9） Ribosome biogenesis protein RLP7 × 1 （P40693） Ribosome biogenesis protein RLP24 × 1 （Q07915） ;27S pre-rRNA (guanosine(2922)-2'-O)-methyltransferase ; × 1 （P25582） ATP-dependent rRNA helicase SPB4 × 1 （A7A237） ZINC ION × 1	与全部聚合物一致

数据库中的同蛋白其他状态

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UniProt名称	RL34A_YEAST
Isoform	—
PDB实体	15
链与序列区间	作者链 g； PDB构建体 1–121； UniProt 1–121

60S ribosomal protein L37-A

物种未注明

UniProt P49166

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白–RNA	异源复合物	蛋白 22 RNA 2	25S rRNA × 1 5.8S rRNA × 1 Nucleolar complex protein 2 × 1 （P39744） 60S ribosomal protein L3 × 1 （P14126） 60S ribosomal protein L8-A × 1 （P17076） Nucleolar complex-associated protein 3 × 1 （Q07896） 60S ribosomal protein L17-A × 1 （P05740） 60S ribosomal protein L19-A × 1 （P0CX82） 60S ribosomal protein L22-A × 1 （P05749） 60S ribosomal protein L25 × 1 （P04456） 60S ribosomal protein L27-A × 1 （P0C2H6） Nucleolar GTP-binding protein 1 × 1 （Q02892） 60S ribosomal protein L30 × 1 （P14120） 60S ribosomal protein L31-A × 1 （P0C2H8） 60S ribosomal protein L34-A × 1 （P87262） 60S ribosomal protein L38 × 1 （P49167） Ribosome biogenesis protein ERB1 × 1 Pescadillo homolog × 1 Ribosome biogenesis protein YTM1 × 1 （A6ZPA9） Ribosome biogenesis protein RLP7 × 1 （P40693） Ribosome biogenesis protein RLP24 × 1 （Q07915） ;27S pre-rRNA (guanosine(2922)-2'-O)-methyltransferase ; × 1 （P25582） ATP-dependent rRNA helicase SPB4 × 1 （A7A237） ZINC ION × 1	与全部聚合物一致

数据库中的同蛋白其他状态

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UniProt名称	RL37A_YEAST
Isoform	—
PDB实体	16
链与序列区间	作者链 j； PDB构建体 1–88； UniProt 1–88

60S ribosomal protein L38

物种未注明

UniProt P49167

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白–RNA	异源复合物	蛋白 22 RNA 2	25S rRNA × 1 5.8S rRNA × 1 Nucleolar complex protein 2 × 1 （P39744） 60S ribosomal protein L3 × 1 （P14126） 60S ribosomal protein L8-A × 1 （P17076） Nucleolar complex-associated protein 3 × 1 （Q07896） 60S ribosomal protein L17-A × 1 （P05740） 60S ribosomal protein L19-A × 1 （P0CX82） 60S ribosomal protein L22-A × 1 （P05749） 60S ribosomal protein L25 × 1 （P04456） 60S ribosomal protein L27-A × 1 （P0C2H6） Nucleolar GTP-binding protein 1 × 1 （Q02892） 60S ribosomal protein L30 × 1 （P14120） 60S ribosomal protein L31-A × 1 （P0C2H8） 60S ribosomal protein L34-A × 1 （P87262） 60S ribosomal protein L37-A × 1 （P49166） Ribosome biogenesis protein ERB1 × 1 Pescadillo homolog × 1 Ribosome biogenesis protein YTM1 × 1 （A6ZPA9） Ribosome biogenesis protein RLP7 × 1 （P40693） Ribosome biogenesis protein RLP24 × 1 （Q07915） ;27S pre-rRNA (guanosine(2922)-2'-O)-methyltransferase ; × 1 （P25582） ATP-dependent rRNA helicase SPB4 × 1 （A7A237） ZINC ION × 1	与全部聚合物一致

数据库中的同蛋白其他状态

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UniProt名称	RL38_YEAST
Isoform	—
PDB实体	17
链与序列区间	作者链 k； PDB构建体 1–78； UniProt 1–78

Ribosome biogenesis protein YTM1

物种未注明

UniProt A6ZPA9

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白–RNA	异源复合物	蛋白 22 RNA 2	25S rRNA × 1 5.8S rRNA × 1 Nucleolar complex protein 2 × 1 （P39744） 60S ribosomal protein L3 × 1 （P14126） 60S ribosomal protein L8-A × 1 （P17076） Nucleolar complex-associated protein 3 × 1 （Q07896） 60S ribosomal protein L17-A × 1 （P05740） 60S ribosomal protein L19-A × 1 （P0CX82） 60S ribosomal protein L22-A × 1 （P05749） 60S ribosomal protein L25 × 1 （P04456） 60S ribosomal protein L27-A × 1 （P0C2H6） Nucleolar GTP-binding protein 1 × 1 （Q02892） 60S ribosomal protein L30 × 1 （P14120） 60S ribosomal protein L31-A × 1 （P0C2H8） 60S ribosomal protein L34-A × 1 （P87262） 60S ribosomal protein L37-A × 1 （P49166） 60S ribosomal protein L38 × 1 （P49167） Ribosome biogenesis protein ERB1 × 1 Pescadillo homolog × 1 Ribosome biogenesis protein RLP7 × 1 （P40693） Ribosome biogenesis protein RLP24 × 1 （Q07915） ;27S pre-rRNA (guanosine(2922)-2'-O)-methyltransferase ; × 1 （P25582） ATP-dependent rRNA helicase SPB4 × 1 （A7A237） ZINC ION × 1	与全部聚合物一致

数据库中的同蛋白其他状态

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UniProt名称	YTM1_YEAS7
Isoform	—
PDB实体	20
链与序列区间	作者链 p； PDB构建体 1–460； UniProt 1–460

Ribosome biogenesis protein RLP7

物种未注明

UniProt P40693

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白–RNA	异源复合物	蛋白 22 RNA 2	25S rRNA × 1 5.8S rRNA × 1 Nucleolar complex protein 2 × 1 （P39744） 60S ribosomal protein L3 × 1 （P14126） 60S ribosomal protein L8-A × 1 （P17076） Nucleolar complex-associated protein 3 × 1 （Q07896） 60S ribosomal protein L17-A × 1 （P05740） 60S ribosomal protein L19-A × 1 （P0CX82） 60S ribosomal protein L22-A × 1 （P05749） 60S ribosomal protein L25 × 1 （P04456） 60S ribosomal protein L27-A × 1 （P0C2H6） Nucleolar GTP-binding protein 1 × 1 （Q02892） 60S ribosomal protein L30 × 1 （P14120） 60S ribosomal protein L31-A × 1 （P0C2H8） 60S ribosomal protein L34-A × 1 （P87262） 60S ribosomal protein L37-A × 1 （P49166） 60S ribosomal protein L38 × 1 （P49167） Ribosome biogenesis protein ERB1 × 1 Pescadillo homolog × 1 Ribosome biogenesis protein YTM1 × 1 （A6ZPA9） Ribosome biogenesis protein RLP24 × 1 （Q07915） ;27S pre-rRNA (guanosine(2922)-2'-O)-methyltransferase ; × 1 （P25582） ATP-dependent rRNA helicase SPB4 × 1 （A7A237） ZINC ION × 1	与全部聚合物一致

数据库中的同蛋白其他状态

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UniProt名称	RLP7_YEAST
Isoform	—
PDB实体	21
链与序列区间	作者链 t； PDB构建体 1–322； UniProt 1–322

Ribosome biogenesis protein RLP24

物种未注明

UniProt Q07915

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白–RNA	异源复合物	蛋白 22 RNA 2	25S rRNA × 1 5.8S rRNA × 1 Nucleolar complex protein 2 × 1 （P39744） 60S ribosomal protein L3 × 1 （P14126） 60S ribosomal protein L8-A × 1 （P17076） Nucleolar complex-associated protein 3 × 1 （Q07896） 60S ribosomal protein L17-A × 1 （P05740） 60S ribosomal protein L19-A × 1 （P0CX82） 60S ribosomal protein L22-A × 1 （P05749） 60S ribosomal protein L25 × 1 （P04456） 60S ribosomal protein L27-A × 1 （P0C2H6） Nucleolar GTP-binding protein 1 × 1 （Q02892） 60S ribosomal protein L30 × 1 （P14120） 60S ribosomal protein L31-A × 1 （P0C2H8） 60S ribosomal protein L34-A × 1 （P87262） 60S ribosomal protein L37-A × 1 （P49166） 60S ribosomal protein L38 × 1 （P49167） Ribosome biogenesis protein ERB1 × 1 Pescadillo homolog × 1 Ribosome biogenesis protein YTM1 × 1 （A6ZPA9） Ribosome biogenesis protein RLP7 × 1 （P40693） ;27S pre-rRNA (guanosine(2922)-2'-O)-methyltransferase ; × 1 （P25582） ATP-dependent rRNA helicase SPB4 × 1 （A7A237） ZINC ION × 1	与全部聚合物一致

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UniProt名称	RLP24_YEAST
Isoform	—
PDB实体	22
链与序列区间	作者链 u； PDB构建体 1–199； UniProt 1–199

;27S pre-rRNA (guanosine(2922)-2'-O)-methyltransferase ;

物种未注明

UniProt P25582

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白–RNA	异源复合物	蛋白 22 RNA 2	25S rRNA × 1 5.8S rRNA × 1 Nucleolar complex protein 2 × 1 （P39744） 60S ribosomal protein L3 × 1 （P14126） 60S ribosomal protein L8-A × 1 （P17076） Nucleolar complex-associated protein 3 × 1 （Q07896） 60S ribosomal protein L17-A × 1 （P05740） 60S ribosomal protein L19-A × 1 （P0CX82） 60S ribosomal protein L22-A × 1 （P05749） 60S ribosomal protein L25 × 1 （P04456） 60S ribosomal protein L27-A × 1 （P0C2H6） Nucleolar GTP-binding protein 1 × 1 （Q02892） 60S ribosomal protein L30 × 1 （P14120） 60S ribosomal protein L31-A × 1 （P0C2H8） 60S ribosomal protein L34-A × 1 （P87262） 60S ribosomal protein L37-A × 1 （P49166） 60S ribosomal protein L38 × 1 （P49167） Ribosome biogenesis protein ERB1 × 1 Pescadillo homolog × 1 Ribosome biogenesis protein YTM1 × 1 （A6ZPA9） Ribosome biogenesis protein RLP7 × 1 （P40693） Ribosome biogenesis protein RLP24 × 1 （Q07915） ATP-dependent rRNA helicase SPB4 × 1 （A7A237） ZINC ION × 1	与全部聚合物一致

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UniProt名称	SPB1_YEAST
Isoform	—
PDB实体	23
链与序列区间	作者链 w； PDB构建体 1–841； UniProt 1–841

ATP-dependent rRNA helicase SPB4

物种未注明

UniProt A7A237

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白–RNA	异源复合物	蛋白 22 RNA 2	25S rRNA × 1 5.8S rRNA × 1 Nucleolar complex protein 2 × 1 （P39744） 60S ribosomal protein L3 × 1 （P14126） 60S ribosomal protein L8-A × 1 （P17076） Nucleolar complex-associated protein 3 × 1 （Q07896） 60S ribosomal protein L17-A × 1 （P05740） 60S ribosomal protein L19-A × 1 （P0CX82） 60S ribosomal protein L22-A × 1 （P05749） 60S ribosomal protein L25 × 1 （P04456） 60S ribosomal protein L27-A × 1 （P0C2H6） Nucleolar GTP-binding protein 1 × 1 （Q02892） 60S ribosomal protein L30 × 1 （P14120） 60S ribosomal protein L31-A × 1 （P0C2H8） 60S ribosomal protein L34-A × 1 （P87262） 60S ribosomal protein L37-A × 1 （P49166） 60S ribosomal protein L38 × 1 （P49167） Ribosome biogenesis protein ERB1 × 1 Pescadillo homolog × 1 Ribosome biogenesis protein YTM1 × 1 （A6ZPA9） Ribosome biogenesis protein RLP7 × 1 （P40693） Ribosome biogenesis protein RLP24 × 1 （Q07915） ;27S pre-rRNA (guanosine(2922)-2'-O)-methyltransferase ; × 1 （P25582） ZINC ION × 1	与全部聚合物一致

数据库中的同蛋白其他状态

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UniProt名称	SPB4_YEAS7
Isoform	—
PDB实体	24
链与序列区间	作者链 x； PDB构建体 1–606； UniProt 1–606

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	7r72
沉积日期 deposition_date	2021-06-24
结构标题 title	State E1 nucleolar 60S ribosome biogenesis intermediate - Spb4 local model
关键词 keywords	ribosome biogenesis, DEAD-box ATPases, methyltransferase, nucleolus, RIBOSOME; RIBOSOME
实验方法 method	ELECTRON MICROSCOPY

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3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

页面只读取最新 assembly 计算结果。每一条曲线都对应明确的 PDB、official biological assembly 和 coordinate model。

7r72__assembly_1__model_1

Assembly 1 · Model 1 · CRYSOL 4.1.3-1-20251215 (887e7ef)

下载该曲线 .dat

7r72__assembly_1__model_1 | I(q)

100 个绘图点；横轴和纵轴均采用对数尺度。

7r72__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

P(r) 将按相同 assembly/model 分别计算和展示。

Rg（Guinier）	57.39 Å
Rg（电子密度）	58.39 Å
总 Rg	58.35 Å
原子数	39443
残基数	3740
排除体积	650740 Å³
最大 q	0.500 Å⁻¹

Assembly	Model	结构单元	聚集说明	状态	CRYSOL	操作
1	1	`7r72__assembly_1__model_1`	24-meric （24）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载

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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (25)

实体 1 Entity 1 polymer

描述 description	25S rRNA
分子量 formula_weight	207253.6 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polyribonucleotide
链编号 strand_id	1
原子数 atom_count	39443

AUGCCUGAAUAGGGUGAAGCCAGAGGAAACUCUGGUGGAGGCUCGCGAAUUUGGGUAUAGUAGCAAAUAUUCAAAUGAGAACUUUGAAGACUGAAGUGGGGAAAGGUUCCACGUCAACAGCAGUUGGACGUGGGUUAGUCGAUCCUAAGAGAUGGUUUCAAAGGCCUGAUUCAGGCCACCAUCGAAAGGGAAUCCGGUUAAGAUUCCGGAACCUGGAUAUGGAUUCUUCACGGUAACGUAACUGAAUGUGGAGACGUCGGCGCGAGCCCUGGGAGGAGUUAUCUUUUCUUCUUAACAGCUUAUCACCCCGGAAUUGGUUUAUCCGGAGAUGGGGUCUUAUGGCUGGAAGAGGCCAGCACCUUUGCUGGCUCCGGUGCGCUUGUGACGGCCCGUGAAAAUCCACAGGAAGGAAUAGUUUUCAUGCCAGGUCGUACUGUCUCCAAGGUGAACAGCCUCUAGUUGAUAGAAUCCGUAACUUCGGGAUAAGGAUUGGCUCUAAGGGUCGGGUAGUGAGGGCCUUGGUCACGGCCUUGGCUUGCUACAAUUAACGAUCAACUUAGAACUGGUACGGACAAUAUCUAGCGAGGCUGUCUGAUCAGGCAUUGCGUAAGCAGUAGAGUAGCCGUUACGAUCUGCUGAGA

实体 2 Entity 2 polymer

描述 description	5.8S rRNA
分子量 formula_weight	23067.6 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polyribonucleotide
链编号 strand_id	2

GAACGCGCGAUACUCUUUGAACGCACAUUGCGCCCCUUGGUAUUCCAGGGGGCAUCUUUGAAAGCGUAUUGC

实体 3 Entity 3 polymer

描述 description	Nucleolar complex protein 2
分子量 formula_weight	81719.3 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	8

MGKVSKSTKKFQSKHLKHTLDQRRKEKIQKKRIQGRRGNKTDQEKADAAGTREQQQLKKSAKEEVFKDMSVETFFEKGIEIPKENKKLKKKTTKEQSDEDSSSSEEEEDMGQSMAKLAEKDPEFYKYLEENDKDLLDFAGTNPLDGIDSQDEGEDAERNSNIEEKSEQMELEKEKIELSLKLVRKWKKQLHDSPSLKLLRNIISAFKVAVNLNKEENIEDYKYAITDEKAFHELMFMVLKDVPQAIQKMAPYKIVKGARTLPNGGNVSRVSSIVKSHAGSLLILLNDITNTETAALVLHSVNELMPYLLSYRRILKELIKSIVGVWSTTRELETQIASFAFLINTTKEFKKSMLETTLKTTYSTFIKSCRKTNMRSMPLINFQKNSAAELFGIDEVLGYQVGFEYIRQLAIHLRNTMNATTKKSSKINSAEAYKIVYNWQFCHSLDFWSRVLSFACQPEKENGSESPLRQLIYPLVQVTLGVIRLIPTPQFFPLRFYLIKSLIRLSQNSGVFIPIYPLLSEILTSTAFTKAPKKSPNLAAFDFEHNIKCTQAYLNTKIYQEGLSEQFVDLLGDYFALYCKNIAFPELVTPVIISLRRYIKTSTNVKLNKRLSTVVEKLNQNSTFIQEKRSDVEFGPTNKSEVSRFLNDVAWNKTPLGSYVAVQREVKEEKARLMRESMEEQDKERETEEAKLLNSLESDDDNEDVEMSDA

实体 4 Entity 4 polymer

描述 description	60S ribosomal protein L3
分子量 formula_weight	43850.8 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	B

MSHRKYEAPRHGHLGFLPRKRAASIRARVKAFPKDDRSKPVALTSFLGYKAGMTTIVRDLDRPGSKFHKREVVEAVTVVDTPPVVVVGVVGYVETPRGLRSLTTVWAEHLSDEVKRRFYKNWYKSKKKAFTKYSAKYAQDGAGIERELARIKKYASVVRVLVHTQIRKTPLAQKKAHLAEIQLNGGSISEKVDWAREHFEKTVAVDSVFEQNEMIDAIAVTKGHGFEGVTHRWGTKKLPRKTHRGLRKVACIGAWHPAHVMWSVARAGQRGYHSRTSINHKIYRVGKGDDEANGATSFDRTKKTITPMGGFVHYGEIKNDFIMVKGCIPGNRKRIVTLRKSLYTNTSRKALEEVSLKWIDTASKFGKGRFQTPAEKHAFMGTLKKDL

实体 5 Entity 5 polymer

描述 description	60S ribosomal protein L8-A
分子量 formula_weight	28175.8 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	G

MAPGKKVAPAPFGAKSTKSNKTRNPLTHSTPKNFGIGQAVQPKRNLSRYVKWPEYVRVQRQKKILSIRLKVPPTIAQFQYTLDRNTAAETFKLFNKYRPETAAEKKERLTKEAAAVAEGKSKQDASPKPYAVKYGLNHVVALIENKKAKLVLIANDVDPIELVVFLPALCKKMGVPYAIVKGKARLGTLVNQKTSAVAALTEVRAEDEAALAKLVSTIDANFADKYDEVKKHWGGGILGNKAQAKMDKRAKNSDSA

实体 6 Entity 6 polymer

描述 description	Nucleolar complex-associated protein 3
分子量 formula_weight	75689.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	I

MAKRNRSQFRIQERTAKKRKHEDSLLEGNVFQNAPEDMDENTIYSAKGSSWDEEEQDYEMVPRKNRSDTSNLVEGLPIKVNGKVERKLHKAQEKPKDDDEEDEDSNDSSEDDEGPNEEQEAEAKEDEPDTEEKILQLKEDIADLVTKVMEEPEENTAALGRLCKMVESKNPNTCKFSMLALVPVFKSIIPGYRIRPLTETEKKEKVSKEVSKLRNFEQALVYNYKNYVGRLQSLSKTPSNAAPIQVSLGILATQAAKELISTASHFNFRTDIFTLLLRRICKPRISTDPTSIQIIQTFETLLNEDEEGSISFEILRIFNKILKTRNFNIEESVLNMLLSLDVLHDYDPNTKLKGNVSAPKLKKKDRVHLSKKQRKARKEMQQIEEEMRNAEQAVSAEERERNQSEILKIVFTIYLNILKNNAKTLIGSVLEGLTKFGNMANFDLLGDFLEVMKELISDTEFDNLSSAEVRKALLCIVSAFSLISNTQYMKVNVDLSKFVDGLYALLPYICLDADIELSYRSLRLADPLNNEIIKPSVNVSTKAELLLKALDHVFFRSKSGTKERATAFTKRLYMCISHTPEKTSIAILKFIDKLMNRYPEISGLYSSEDRIGNGHFIMEADNPSRSNPEAATLWDNALLEKHYCPVVTKGLRSLSSRSKECSK

实体 7 Entity 7 polymer

描述 description	60S ribosomal protein L17-A
分子量 formula_weight	20589.5 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	P

MARYGATSTNPAKSASARGSYLRVSFKNTRETAQAINGWELTKAQKYLEQVLDHQRAIPFRRFNSSIGRTAQGKEFGVTKARWPAKSVKFVQGLLQNAAANAEAKGLDATKLYVSHIQVNQAPKQRRRTYRAHGRINKYESSPSHIELVVTEKEEAVAKAAEKKVVRLTSRQRGRIAAQKRIAA

实体 8 Entity 8 polymer

描述 description	60S ribosomal protein L19-A
分子量 formula_weight	21762.3 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	R

MANLRTQKRLAASVVGVGKRKVWLDPNETSEIAQANSRNAIRKLVKNGTIVKKAVTVHSKSRTRAHAQSKREGRHSGYGKRKGTREARLPSQVVWIRRLRVLRRLLAKYRDAGKIDKHLYHVLYKESKGNAFKHKRALVEHIIQAKADAQREKALNEEAEARRLKNRAARDRRAQRVAEKRDALLKEDA

实体 9 Entity 9 polymer

描述 description	60S ribosomal protein L22-A
分子量 formula_weight	13711.4 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	U

MAPNTSRKQKIAKTFTVDVSSPTENGVFDPASYAKYLIDHIKVEGAVGNLGNAVTVTEDGTVVTVVSTAKFSGKYLKYLTKKYLKKNQLRDWIRFVSTKTNEYRLAFYQVTPEEDEEEDEE

实体 10 Entity 10 polymer

描述 description	60S ribosomal protein L25
分子量 formula_weight	15787.6 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	X

MAPSAKATAAKKAVVKGTNGKKALKVRTSATFRLPKTLKLARAPKYASKAVPHYNRLDSYKVIEQPITSETAMKKVEDGNILVFQVSMKANKYQIKKAVKELYEVDVLKVNTLVRPNGTKKAYVRLTADYDALDIANRIGYI

实体 11 Entity 11 polymer

描述 description	60S ribosomal protein L27-A
分子量 formula_weight	15568.4 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	Z

MAKFLKAGKVAVVVRGRYAGKKVVIVKPHDEGSKSHPFGHALVAGIERYPLKVTKKHGAKKVAKRTKIKPFIKVVNYNHLLPTRYTLDVEAFKSVVSTETFEQPSQREEAKKVVKKAFEERHQAGKNQWFFSKLRF

实体 12 Entity 12 polymer

描述 description	Nucleolar GTP-binding protein 1
分子量 formula_weight	74531.2 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	b

MQLSWKDIPTVAPANDLLDIVLNRTQRKTPTVIRPGFKITRIRAFYMRKVKYTGEGFVEKFEDILKGFPNINDVHPFHRDLMDTLYEKNHYKISLAAISRAKSLVEQVARDYVRLLKFGQSLFQCKQLKRAALGRMATIVKKLRDPLAYLEQVRQHIGRLPSIDPNTRTLLICGYPNVGKSSFLRCITKSDVDVQPYAFTTKSLYVGHFDYKYLRFQAIDTPGILDRPTEEMNNIEMQSIYAIAHLRSCVLYFMDLSEQCGFTIEAQVKLFHSIKPLFANKSVMVVINKTDIIRPEDLDEERAQLLESVKEVPGVEIMTSSCQLEENVMEVRNKACEKLLASRIENKLKSQSRINNVLNKIHVAQPQARDDVKRTPFIPESVKNLKKYDPEDPNRRKLARDIEAENGGAGVFNVNLKDKYLLEDDEWKNDIMPEILDGKNVYDFLDPEIAAKLQALEEEEEKLENEGFYNSDDEEEIYDGFEASEVDDIKEKAAWIRNRQKTMIAEARNRKSLKNKAIMPRSKLTKSFGKMEEHMSTLGHDMSALQDKQNRAARKNRYVERGSDVVFGDQDALTASTENGVKLRQTDRLLDGVADGSMRSKADRMAKMERRERNRHAKQGESDRHNAVSLSKHLFSGKRGVGKTDFR

实体 13 Entity 13 polymer

描述 description	60S ribosomal protein L30
分子量 formula_weight	11430.4 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	c

MAPVKSQESINQKLALVIKSGKYTLGYKSTVKSLRQGKSKLIIIAANTPVLRKSELEYYAMLSKTKVYYFQGGNNELGTAVGKLFRVGVVSILEAGDSDILTTLA

实体 14 Entity 14 polymer

描述 description	60S ribosomal protein L31-A
分子量 formula_weight	12980.2 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	d

MAGLKDVVTREYTINLHKRLHGVSFKKRAPRAVKEIKKFAKLHMGTDDVRLAPELNQAIWKRGVKGVEYRLRLRISRKRNEEEDAKNPLFSYVEPVLVASAKGLQTVVVEEDA

实体 15 Entity 15 polymer

描述 description	60S ribosomal protein L34-A
分子量 formula_weight	13673.2 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	g

MAQRVTFRRRNPYNTRSNKIKVVKTPGGILRAQHVKKLATRPKCGDCGSALQGISTLRPRQYATVSKTHKTVSRAYGGSRCANCVKERIIRAFLIEEQKIVKKVVKEQTEAAKKSEKKAKK

实体 16 Entity 16 polymer

描述 description	60S ribosomal protein L37-A
分子量 formula_weight	9877.4 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	j

MGKGTPSFGKRHNKSHTLCNRCGRRSFHVQKKTCSSCGYPAAKTRSYNWGAKAKRRHTTGTGRMRYLKHVSRRFKNGFQTGSASKASA

实体 17 Entity 17 polymer

描述 description	60S ribosomal protein L38
分子量 formula_weight	8845.6 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	k

MAREITDIKQFLELTRRADVKTATVKINKKLNKAGKPFRQTKFKVRGSSSLYTLVINDAGKAKKLIQSLPPTLKVNRL

实体 18 Entity 18 polymer

描述 description	Ribosome biogenesis protein ERB1
分子量 formula_weight	48685.1 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	m

DHVMHLRAPKLPLDLYLAPRVRKNKLNIDPNSLIPELPSPKDLRPFPIRCSTIYAGHKGKVRTLSIDPSGLWLATGSDDGTVRVWEILTGREVYRTTLIDPKDNPDYHIECIEWNPDANNGILAVAVGENIHLIVPPIFGYDIENNGKTKIEDGFGYDTFGTVKKSNLEVNAIEWNPDANNGILAKNAVKKQVAQWNKPSQKQLEKDICITISCKKTVKKLSWHRKGDYFVTVQPDSGNTSVLIHQVSKHLTQSPFKKSKGIIMDAKFHPFKPQLFVCSQRYVRIYDLSQQILVKKLLPGARWLSKIDIHPRGDNLIASSFDKRVLWHDLDLASTPYKTLRYHEKAVRSVNFHKKLPLFSSAADDGTIHVFHATVYDDMMKNPMIVPLKKLTGHKVINSLGVLDAIWHPREAWLFSAGADNTARLWTTI

实体 19 Entity 19 polymer

描述 description	Pescadillo homolog
分子量 formula_weight	12445.7 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	n

MRIKKKNTRGNARNFITRSQAVRKLQVSLADFRRLCIFKGIYPREPRNKKKANKGSTAPTTFYYAKDIQYEEKKLKMIMMSNKQKKLYKKMKYSNAKKEEQAEN

实体 20 Entity 20 polymer

描述 description	Ribosome biogenesis protein YTM1
分子量 formula_weight	51440.7 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	p

MTEDKSQVKIRFFTREKDELLHVQDTPMYAPISLKRYGLSEIVNHLLGSEKPVPFDFLIEGELLRTSLHDYLTKKGLSSEASLNVEYTRAILPPSYLNSFSNEDWVSSLDVGDGSKHIISGSYDGIVRTWDLSGNVQKQYSGHSGPIRAVKYISNTRLVSAGNDRTLRLWKTKNDDLKLTSQQQAQEDDDDEVNIEDGKTLAILEGHKAPVVSIDVSDNSRILSASYDNSIGFWSTIYKEMTVVDPLEDINNPNNKISTAARKRRKLTMKDGTIRRRAPLSLLESHTAPVEQVIFDSTDNTVGYSVSQDHTIKTWDLVTARCIDTRTTSYSLLSIAQLSTLNLLACGSSARHITLHDPRVGASSKVTQQQLIGHKNFVSSLDTCPENEYILCSGSHDGTVKVWDVRSTSPMYTITREDKSVQKGVNDKVFAVKWAEKVGIISAGQDKKIQINKADNIFKN

实体 21 Entity 21 polymer

描述 description	Ribosome biogenesis protein RLP7
分子量 formula_weight	36621.1 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	t

MSSTQDSKAQTLNSNPEILLRKRRNADRTRIERQELAKKKREEQIKKKRSNKNKFVRAESIVAKTLATSREKERIKRVSILEDKKAKNETQHIASGKDFILKITEKANGAEENSVDLEETEEEEDDGLIREKTTYDGKPALLFIVRVRGPLAVNIPNKAFKILSLLRLVETNTGVFVKLTKNVYPLLKVIAPYVVIGKPSLSSIRSLIQKRGRIIYKGENEAEPHEIVLNDNNIVEEQLGDHGIICVEDIIHEIATMGESFSVCNFFLQPFKLNREVSGFGSLNRLRKIKQREAESRTRQFSNAATAPVIEVDIDSLLAKLN

实体 22 Entity 22 polymer

描述 description	Ribosome biogenesis protein RLP24
分子量 formula_weight	24027.7 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	u

MRIYQCHFCSSPCYPGHGIMFVRNDAKEFRFCRSKCHKAFKQRRNPRKLKWTKAFRKAAGKELAVDSTLTFAQRRNVPVRYNRELVATTLKAMARIEEIRQKRERAFYKNRMRGNKEKDFLRDKKLVESNPELLRIREVEIARKLAKEQERAESVSEQEESEEEEEDMEIDSDEEEEEQLEKQKILLKNRRRNTKKIAF

实体 23 Entity 23 polymer

描述 description	;27S pre-rRNA (guanosine(2922)-2'-O)-methyltransferase ;
分子量 formula_weight	96656.2 kDa
EC 编号 ec_number	2.1.1.167
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	w

MGKTQKKNSKGRLDRYYYLAKEKGYRARSSFKIIQINEKYGHFLEKSKVVIDLCAAPGSWCQVASKLCPVNSLIIGVDIVPMKPMPNVITFQSDITTEDCRSKLRGYMKTWKADTVLHDGAPNVGLGWVQDAFTQSQLTLQALKLAVENLVVNGTFVTKIFRSKDYNKLIWVFQQLFEKVEATKPPASRNVSAEIFVVCKGFKAPKRLDPRLLDPKEVFEELPDGQQNMESKIYNPEKKVRKRQGYEEGDNLLYHETSILDFVRTEDPISMLGEMNKFTIDENDHEWKILKKLKQTTDEFRSCIEDLKVLGKKDFKMILRWRKIAREILGIEVKDDAKTEIEVVPLTEEEQIEKDLQGLQEKQRLNVKRERRRKNEMKQKELQRMQMNMITPTDIGIEAASLGKESLFNLKTAEKTGILNDLAKGKKRMIFTDDELAKDNDIYIDENIMIKDKDSAADADDLESELNAMYSDYKTRRSERDAKFRAKQARGGDNEEEWTGFNEGSLEKKEEEGKDYIEDNDDEGVEGDSDDDEAITNLISKLKGQEGDHKLSSKARMIFNDPIFNNVEPDLPVNTVNDGIMSSESVGDISKLNKKRKHEEMHQKQDEADSSDESSSDDSDFEIVANDNASEEFDSDYDSEEEKNQTKKEKHSRDIDIATVEAMTLAHQLALGQKNKHDLVDEGFNRYTFRDTENLPDWFLEDEKEHSKINKPITKEAAMAIKEKIKAMNARPIKKVAEAKARKRMRAVARLEKIKKKAGLINDDSDKTEKDKAEEISRLMRKVTKKPKTKPKVTLVVASGRNKGLAGRPKGVKGKYKMVDGVMKNEQRALRRIAKKHHKKK

实体 24 Entity 24 polymer

描述 description	ATP-dependent rRNA helicase SPB4
分子量 formula_weight	69492.2 kDa
EC 编号 ec_number	3.6.4.13
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	x

MSKSLEWDNLGFSLLPWIRTGLDVMGFETMTPVQASTIPMLAGNKDVVVDSVTGSGKTAAFVIPVLEKVVKEEANTSKFKKAHFHSLIIAPTRELSRQIESVVLSFLEHYPSDLFPIKCQLLVGTNEATVRDDVSNFLRNRPQILIGTPGRVLDFLQMPAVKTSACSMVVMDEADRLLDMSFIKDTEKILRLLPKQRRTGLFSATMRSAGSDIFKTGLRNPVRITVNSKNQAPSSLKLNYCVVNPAEKLQLLVSILNNYKFKKCIVYFPTCVSVSYFYSFIQYLGKRNILVNEVEIFSLHGKLQTSARTKTLTAFTDSLSNSVLFTTDVAARGIDIPDVDLVIQLDPPTNTDMFMHRCGRTGRANRVGKAITFLNEGREEDFIPFMQVKNVELEELDLEVKGITANFYEDFRNWILEDRDRFDKGVKAYVAFIKYYSNHSATSIFRLQSLDYVGIAKLYGLFRLPRMPEITKYLATEKQEGIFPGNWLVDPPVNMDEYKYKDKKREKERQETLKNISLINDKKKLKSELKKKNLAWSDKTLTKERKLERKEKMSLKRKAIEEELKAEELDENAEEERIKEDWKEIVLQNKRKKVSSKAIQGNFDDL

实体 25 Entity 25 non-polymer

描述 description	ZINC ION
分子量 formula_weight	65.4 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

▼

6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 3 domains

CATH v4.4 (3 domains)

结构域编号 domain_id	7r72R01
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	10 — Orthogonal Bundle
拓扑 Topology topology	1650 — 50s Ribosomal Protein L19e, Chain O, domain 1
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 —

结构域编号 domain_id	7r72x01
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology	50 — Rossmann fold
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	300 — P-loop containing nucleotide triphosphate hydrolases

结构域编号 domain_id	7r72x02
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology	50 — Rossmann fold
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	300 — P-loop containing nucleotide triphosphate hydrolases

▶

晶胞边长 a length_a	1.000 Å
晶胞边长 b length_b	1.000 Å
晶胞边长 c length_c	1.000 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	—

空间群 space_group	P 1
空间群编号 int_tables_number	1
晶系 crystal_system	triclinic

分辨率 resolution	3.07 Å
分辨率测定方法 resolution_method	—
颗粒数 num_particles	211000

State E1 nucleolar 60S ribosome biogenesis intermediate - Spb4 local model

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Nucleolar complex protein 2

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

60S ribosomal protein L3

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

60S ribosomal protein L8-A

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

Nucleolar complex-associated protein 3

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

60S ribosomal protein L17-A

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

60S ribosomal protein L19-A

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

60S ribosomal protein L22-A

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

60S ribosomal protein L25

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

60S ribosomal protein L27-A

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

Nucleolar GTP-binding protein 1

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体