7x3w

Cryo-EM structure of ISW1-N1 nucleosome

Method: ELECTRON MICROSCOPY

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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Histone H3

Xenopus laevis

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白–DNA	异源复合物	蛋白 9 DNA 2	Histone H4 × 2 （P62799） Histone H2A × 2 （Q6AZJ8） Histone H2B 1.1 × 2 （P02281） DNA (146-MER) × 1 DNA (146-MER) × 1 ISWI chromatin-remodeling complex ATPase ISW1 × 1 （P38144） ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1 BERYLLIUM TRIFLUORIDE ION × 1 MAGNESIUM ION × 1	与全部聚合物一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	A0A310TTQ1_XENLA
Isoform	—
PDB实体	1
链与序列区间	作者链 A； PDB构建体 1–136； UniProt 1–136 作者链 E； PDB构建体 1–136； UniProt 1–136

Histone H4

Xenopus laevis

UniProt P62799

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白–DNA	异源复合物	蛋白 9 DNA 2	Histone H3 × 2 （A0A310TTQ1） Histone H2A × 2 （Q6AZJ8） Histone H2B 1.1 × 2 （P02281） DNA (146-MER) × 1 DNA (146-MER) × 1 ISWI chromatin-remodeling complex ATPase ISW1 × 1 （P38144） ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1 BERYLLIUM TRIFLUORIDE ION × 1 MAGNESIUM ION × 1	与全部聚合物一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	H4_XENLA
Isoform	—
PDB实体	2
链与序列区间	作者链 B； PDB构建体 1–103； UniProt 1–103 作者链 F； PDB构建体 1–103； UniProt 1–103

Histone H2A

Xenopus laevis

UniProt Q6AZJ8

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白–DNA	异源复合物	蛋白 9 DNA 2	Histone H3 × 2 （A0A310TTQ1） Histone H4 × 2 （P62799） Histone H2B 1.1 × 2 （P02281） DNA (146-MER) × 1 DNA (146-MER) × 1 ISWI chromatin-remodeling complex ATPase ISW1 × 1 （P38144） ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1 BERYLLIUM TRIFLUORIDE ION × 1 MAGNESIUM ION × 1	与全部聚合物一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	Q6AZJ8_XENLA
Isoform	—
PDB实体	3
链与序列区间	作者链 C； PDB构建体 1–130； UniProt 1–130 作者链 G； PDB构建体 1–130； UniProt 1–130

Histone H2B 1.1

Xenopus laevis

UniProt P02281

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白–DNA	异源复合物	蛋白 9 DNA 2	Histone H3 × 2 （A0A310TTQ1） Histone H4 × 2 （P62799） Histone H2A × 2 （Q6AZJ8） DNA (146-MER) × 1 DNA (146-MER) × 1 ISWI chromatin-remodeling complex ATPase ISW1 × 1 （P38144） ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1 BERYLLIUM TRIFLUORIDE ION × 1 MAGNESIUM ION × 1	与全部聚合物一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	H2B11_XENLA
Isoform	—
PDB实体	4
链与序列区间	作者链 D； PDB构建体 1–126； UniProt 1–126 作者链 H； PDB构建体 1–126； UniProt 1–126

ISWI chromatin-remodeling complex ATPase ISW1

Saccharomyces cerevisiae S288C

UniProt P38144

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白–DNA	异源复合物	蛋白 9 DNA 2	Histone H3 × 2 （A0A310TTQ1） Histone H4 × 2 （P62799） Histone H2A × 2 （Q6AZJ8） Histone H2B 1.1 × 2 （P02281） DNA (146-MER) × 1 DNA (146-MER) × 1 ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1 BERYLLIUM TRIFLUORIDE ION × 1 MAGNESIUM ION × 1	与全部聚合物一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	ISW1_YEAST
Isoform	—
PDB实体	7
链与序列区间	作者链 K； PDB构建体 2–1062； UniProt 69–1129

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	7x3w
沉积日期 deposition_date	2022-03-01
结构标题 title	Cryo-EM structure of ISW1-N1 nucleosome
关键词 keywords	PROTEIN BINDING; PROTEIN BINDING
实验方法 method	ELECTRON MICROSCOPY

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3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

页面只读取最新 assembly 计算结果。每一条曲线都对应明确的 PDB、official biological assembly 和 coordinate model。

7x3w__assembly_1__model_1

Assembly 1 · Model 1 · CRYSOL 4.1.3-1-20251215 (887e7ef)

下载该曲线 .dat

7x3w__assembly_1__model_1 | I(q)

100 个绘图点；横轴和纵轴均采用对数尺度。

7x3w__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

P(r) 将按相同 assembly/model 分别计算和展示。

Rg（Guinier）	45.29 Å
Rg（电子密度）	44.26 Å
总 Rg	44.59 Å
原子数	16134
残基数	1557
排除体积	268640 Å³
最大 q	0.500 Å⁻¹

Assembly	Model	结构单元	聚集说明	状态	CRYSOL	操作
1	1	`7x3w__assembly_1__model_1`	11-meric （11）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载

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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (10)

实体 1 Entity 1 polymer

描述 description	Histone H3
分子量 formula_weight	15435.1 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	2

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A,E
原子数 atom_count	16134

MARTKQTARKSTGGKAPRKQLATKAARKSAPATGGVKKPHRYRPGTVALREIRRYQKSTELLIRKLPFQRLVREIAQDFKTDLRFQSSAVMALQEASEAYLVALFEDTNLCAIHAKRVTIMPKDIQLARRIRGERA

来源 Source

来源生物 organism	Xenopus laevis
通用名 common_name	African clawed frog
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	8355
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

实体 2 Entity 2 polymer

描述 description	Histone H4
分子量 formula_weight	11394.4 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	2

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	B,F

MSGRGKGGKGLGKGGAKRHRKVLRDNIQGITKPAIRRLARRGGVKRISGLIYEETRGVLKVFLENVIRDAVTYTEHAKRKTVTAMDVVYALKRQGRTLYGFGG

来源 Source

来源生物 organism	Xenopus laevis
通用名 common_name	African clawed frog
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	8355
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

实体 3 Entity 3 polymer

描述 description	Histone H2A
分子量 formula_weight	14109.4 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	2

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	C,G

MSGRGKQGGKTRAKAKTRSSRAGLQFPVGRVHRLLRKGNYAERVGAGAPVYLAAVLEYLTAEILELAGNAARDNKKTRIIPRHLQLAVRNDEELNKLLGRVTIAQGGVLPNIQSVLLPKKTESSKSAKSK

来源 Source

来源生物 organism	Xenopus laevis
通用名 common_name	African clawed frog
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	8355
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

实体 4 Entity 4 polymer

描述 description	Histone H2B 1.1
分子量 formula_weight	13965.3 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	2

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	D,H

MPEPAKSAPAPKKGSKKAVTKTQKKDGKKRRKSRKESYAIYVYKVLKQVHPDTGISSKAMSIMNSFVNDVFERIAGEASRLAHYNKRSTITSREIQTAVRLLLPGELAKHAVSEGTKAVTKYTSAK

来源 Source

来源生物 organism	Xenopus laevis
通用名 common_name	African clawed frog
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	8355
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

实体 5 Entity 5 polymer

描述 description	DNA (146-MER)
分子量 formula_weight	45154.8 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polydeoxyribonucleotide
链编号 strand_id	I

CTGGAGAATCCCGGTGCCGAGGCCGCTCAATTGGTCGTAGACAGCTCTAGCACCGCTTAAACGCACGTACGCGCTGTCCCCCGCGTTTTAACCGCCAAGGGGATTACTCCCTAGTCTCCAGGCACGTGTCAGATATATACATCCTGA

实体 6 Entity 6 polymer

描述 description	DNA (146-MER)
分子量 formula_weight	45265.8 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polydeoxyribonucleotide
链编号 strand_id	J

TCAGGATGTATATATCTGACACGTGCCTGGAGACTAGGGAGTAATCCCCTTGGCGGTTAAAACGCGGGGGACAGCGCGTACGTGCGTTTAAGCGGTGCTAGAGCTGTCTACGACCAATTGAGCGGCCTCGGCACCGGGATTCTCCA

实体 7 Entity 7 polymer

描述 description	ISWI chromatin-remodeling complex ATPase ISW1
分子量 formula_weight	123301.7 kDa
EC 编号 ec_number	3.6.4.-
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	K

MENLKPFQVGLPPHDPESNKKRYLLKDANGKKFDLEGTTKRFEHLLSLSGLFKHFIESKAAKDPKFRQVLDVLEENKANGKGKGKHQDVRRRKTEHEEDAELLKEEDSDDDESIEFQFRESPAYVNGQLRPYQIQGVNWLVSLHKNKIAGILADEMGLGKTLQTISFLGYLRYIEKIPGPFLVIAPKSTLNNWLREINRWTPDVNAFILQGDKEERAELIQKKLLGCDFDVVIASYEIIIREKSPLKKINWEYIIIDEAHRIKNEESMLSQVLREFTSRNRLLITGTPLQNNLHELWALLNFLLPDIFSDAQDFDDWFSSESTEEDQDKIVKQLHTVLQPFLLRRIKSDVETSLLPKKELNLYVGMSSMQKKWYKKILEKDLDAVNGSNGSKESKTRLLNIMMQLRKCCNHPYLFDGAEPGPPYTTDEHLVYNAAKLQVLDKLLKKLKEEGSRVLIFSQMSRLLDILEDYCYFRNYEYCRIDGSTAHEDRIQAIDDYNAPDSKKFVFLLTTRAGGLGINLTSADVVVLYDSDWNPQADLQAMDRAHRIGQKKQVKVFRLVTDNSVEEKILERATQKLRLDQLVIQQNRTSLKKKENKADSKDALLSMIQHGAADVFKSGTSTGSAGTPEPGSGEKGDDIDLDELLLKSENKTKSLNAKYETLGLDDLQKFNQDSAYEWNGQDFKKKIQRDIISPLLLNPTKRERKENYSIDNYYKDVLNTGRSSTPSHPRMPKPHVFHSHQLQPPQLKVLYEKERMWTAKKTGYVPTMDDVKAAYGDISDEEEKKQKLELLKLSVNNSQPLTEEEEKMKADWESEGFTNWNKLEFRKFITVSGKYGRNSIQAIARELAPGKTLEEVRAYAKAFWSNIERIEDYEKYLKIIENEEEKIKRVKMQQEALRRKLSEYKNPFFDLKLKHPPSSNNKRTYSEEEDRFILLMLFKYGLDRDDVYELVRDEIRDCPLFELDFYFRSRTPVELARRGNTLLQCLEKEFNAGIVLDDATKDRMKKEDENGKRIREEFADQTANEKENVDGVESKKAKIEDTSNVGTEQLVAEKIPENETTH

来源 Source

来源生物 organism	Saccharomyces cerevisiae S288C
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	559292
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

实体 8 Entity 8 non-polymer

描述 description	ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE
分子量 formula_weight	427.2 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

实体 9 Entity 9 non-polymer

描述 description	BERYLLIUM TRIFLUORIDE ION
分子量 formula_weight	66.0 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

实体 10 Entity 10 non-polymer

描述 description	MAGNESIUM ION
分子量 formula_weight	24.3 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

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晶胞边长 a length_a	1.000 Å
晶胞边长 b length_b	1.000 Å
晶胞边长 c length_c	1.000 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	—

空间群 space_group	P 1
空间群编号 int_tables_number	1
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	3.10 Å
分辨率测定方法 resolution_method	—
颗粒数 num_particles	69755

Cryo-EM structure of ISW1-N1 nucleosome

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Histone H3

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

Histone H4

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

Histone H2A

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

Histone H2B 1.1

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

ISWI chromatin-remodeling complex ATPase ISW1

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

7x3w__assembly_1__model_1

7x3w__assembly_1__model_1 | I(q)

7x3w__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

冷冻电镜 EM 3D

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (10)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 3 Entity 3 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 4 Entity 4 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 5 Entity 5 polymer

聚合物 Polymer

实体 6 Entity 6 polymer

聚合物 Polymer

实体 7 Entity 7 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 8 Entity 8 non-polymer

实体 9 Entity 9 non-polymer

实体 10 Entity 10 non-polymer

7. 引用文献 (1)