8cnj

HRas(1-166) in complex with GDP and BeF3-

Method: X-RAY DIFFRACTION Dmax: 76.9 Å Quality: GOOD

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

GTPase HRas

Homo sapiens

UniProt P01112

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 蛋白同源多聚体 同源多聚体 蛋白 × 2 PDB 声明:dimeric(2) 与蛋白拷贝数一致 链 A; UniProt 1–166 链 B; UniProt 1–166 片段:GTPase HRAS N-terminally processed GDP GUANOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 2 BEF BERYLLIUM TRIFLUORIDE ION × 2 MG MAGNESIUM ION × 2 MPD (4S)-2-METHYL-2,4-PENTANEDIOL × 1 X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件:VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP;277 K;BeF3- GSA complexes were obtained under vapour diffusion sitting drop conditions. Protein buffer (HRas pY64 or HRas 0.4 mM, Na-HEPES 20 mM pH = 8.0, MgCl2 5 mM, NaF 20 mM) were mixed with precipitant in a 1:1 ratio with a total drop size of 600 nL. The precipitant solution consited of: (30 % (v/v) MPD, 100 mM imidazole, pH = 7.0). Protein crystals were soaked in their respective precipitant solutions containing 50 mM BeCl2 and subsequently flash-frozen using 20% glycerol as cryoprotectant. 分辨率 1.35 Å R-free 0.179

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly, “相对当前条目”直接指出证据层面的不同;没有差异标签表示当前已读取字段一致。

共 242 个其他 PDB 条目、324 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 RASH_HUMAN
Isoform
PDB实体 1
链与序列区间 作者链 A; PDB构建体 1–166; UniProt 1–166 作者链 B; PDB构建体 1–166; UniProt 1–166

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。 链映射与序列区间收在“数据证据”中;数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护,因此不在读者页面展示。

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

SAXS profile for 8cnj

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

P(r) distribution for 8cnj
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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id8cnj
沉积日期 deposition_date2023-02-23
结构标题 titleHRas(1-166) in complex with GDP and BeF3-
关键词 keywordssmall G protein, cellular signalling, metal fluorides, Ras superfamily, HYDROLASE; HYDROLASE
实验方法 methodX-RAY DIFFRACTION

3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier22.30
回转半径 Rg (电子) rg_electron21.31
零角强度 I(0) i028129500.00
分子量 molecular_weight38842.0 kDa
排除体积 excluded_volume47761 ų
包络体积 envelope_volume54878 ų
水化壳体积 shell_volume21926 ų
包络直径 envelope_diameter77.6
壳层 Rg shell_rg27.67
包络 Rg envelope_rg21.46
形状 Rg shape_rg21.33
总 Rg total_rg22.00
总原子数 total_atoms2718
残基数 n_residues332
球谐函数阶数 n_harmonics20
q 范围 q_range— – 0.5000 −1
数据点数 n_points101
壳层类型 shell_typedirectional
溶剂电子密度 solvent_density0.3340 e/ų
壳层衬度 contrast_shell0.0300 e/ų
CRYSOL 版本 crysol_version4.1.3

4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax76.9
Rg (实空间) rg_real22.31
Rg 误差 (实空间) rg_real_error0.59
I(0) (实空间) i0_real2.8130e+07
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error4.0930e+05
Rg (倒空间) rg_reciprocal22.31
I(0) (倒空间) i0_reciprocal28130000.0000
解质量估计 total_estimate0.7893
解质量评级 solution_quality GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks2
主峰位置 r_peak_primary25.6
偏度 Skewness skewness0.403
峰度 Kurtosis kurtosis-0.262
角度范围 angular_range— – 0.3550 −1
当前正则化参数 α current_alpha0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha4932000.0000
实空间数据点数 n_real_points67
GNOM 版本 gnom_version4.1.3
质量判据 quality_criteria AN1: 0.000; Oscil: 0.760; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.977; Smooth: 0.000

5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (6)

8. 引用文献 (1)

9. 文件与曲线 (10)