8euq

Crystal structure of HLA-DRA*01:01/HLA-DRB1*04:01 in complex with c44H10 Fab

Method: X-RAY DIFFRACTION Dmax: 123.2 Å Quality: EXCELLENT

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

HLA class II histocompatibility antigen, DR alpha chain

Homo sapiens

UniProt P01903

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 信息不足 异源复合物 蛋白 × 4 其他聚合物 1 PDB 声明:tetrameric(4) 与蛋白拷贝数一致 链 A; UniProt 28–206 未记录 c44H10 Fab light chain × 1 Hemagglutinin HA1 chain,HLA class II histocompatibility antigen DR beta chain × 1 (P04664,A0A1V1IGJ9) c44H10 Fab heavy chain × 1 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 1 SO4 SULFATE ION × 10 NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 1 X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件:VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP;293.15 K;1.7 M ammonium sulfate, 15% glycerol, 0.085 M HEPES, 1.7% PEG400, with crystal seeds previously grown in 2 M ammonium sulfate, 0.1 M bis-tris pH 5.5 分辨率 3.09 Å R-free 0.244
2 信息不足 异源复合物 蛋白 × 4 其他聚合物 1 PDB 声明:tetrameric(4) 与蛋白拷贝数一致 链 F; UniProt 28–206 未记录 c44H10 Fab light chain × 1 Hemagglutinin HA1 chain,HLA class II histocompatibility antigen DR beta chain × 1 (P04664,A0A1V1IGJ9) c44H10 Fab heavy chain × 1 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 1 SO4 SULFATE ION × 6 NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 1 X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件:VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP;293.15 K;1.7 M ammonium sulfate, 15% glycerol, 0.085 M HEPES, 1.7% PEG400, with crystal seeds previously grown in 2 M ammonium sulfate, 0.1 M bis-tris pH 5.5 分辨率 3.09 Å R-free 0.244

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly, “相对当前条目”直接指出证据层面的不同;没有差异标签表示当前已读取字段一致。

共 139 个其他 PDB 条目、218 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 DRA_HUMAN
Isoform
PDB实体 1
链与序列区间 作者链 A; PDB构建体 1–179; UniProt 28–206 作者链 F; PDB构建体 1–179; UniProt 28–206

Hemagglutinin HA1 chain,HLA class II histocompatibility antigen DR beta chain

Homo sapiens

UniProt A0A1V1IGJ9

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 信息不足 异源复合物 蛋白 × 4 其他聚合物 1 PDB 声明:tetrameric(4) 与蛋白拷贝数一致 链 B; UniProt 30–219 突变:A3G, C4A in the hemagglutinin peptide that was used HLA class II histocompatibility antigen, DR alpha chain × 1 (P01903) c44H10 Fab light chain × 1 c44H10 Fab heavy chain × 1 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 1 SO4 SULFATE ION × 10 NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 1 X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件:VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP;293.15 K;1.7 M ammonium sulfate, 15% glycerol, 0.085 M HEPES, 1.7% PEG400, with crystal seeds previously grown in 2 M ammonium sulfate, 0.1 M bis-tris pH 5.5 分辨率 3.09 Å R-free 0.244
2 信息不足 异源复合物 蛋白 × 4 其他聚合物 1 PDB 声明:tetrameric(4) 与蛋白拷贝数一致 链 G; UniProt 30–219 突变:A3G, C4A in the hemagglutinin peptide that was used HLA class II histocompatibility antigen, DR alpha chain × 1 (P01903) c44H10 Fab light chain × 1 c44H10 Fab heavy chain × 1 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 1 SO4 SULFATE ION × 6 NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 1 X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件:VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP;293.15 K;1.7 M ammonium sulfate, 15% glycerol, 0.085 M HEPES, 1.7% PEG400, with crystal seeds previously grown in 2 M ammonium sulfate, 0.1 M bis-tris pH 5.5 分辨率 3.09 Å R-free 0.244

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly, “相对当前条目”直接指出证据层面的不同;没有差异标签表示当前已读取字段一致。

共 4 个其他 PDB 条目、7 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 A0A1V1IGJ9_HUMAN
Isoform
PDB实体 3
链与序列区间 作者链 B; PDB构建体 28–217; UniProt 30–219 作者链 G; PDB构建体 28–217; UniProt 30–219

Hemagglutinin HA1 chain,HLA class II histocompatibility antigen DR beta chain

Homo sapiens

UniProt P04664

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 信息不足 异源复合物 蛋白 × 4 其他聚合物 1 PDB 声明:tetrameric(4) 与蛋白拷贝数一致 链 B; UniProt 304–318 突变:A3G, C4A in the hemagglutinin peptide that was used HLA class II histocompatibility antigen, DR alpha chain × 1 (P01903) c44H10 Fab light chain × 1 c44H10 Fab heavy chain × 1 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 1 SO4 SULFATE ION × 10 NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 1 X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件:VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP;293.15 K;1.7 M ammonium sulfate, 15% glycerol, 0.085 M HEPES, 1.7% PEG400, with crystal seeds previously grown in 2 M ammonium sulfate, 0.1 M bis-tris pH 5.5 分辨率 3.09 Å R-free 0.244
2 信息不足 异源复合物 蛋白 × 4 其他聚合物 1 PDB 声明:tetrameric(4) 与蛋白拷贝数一致 链 G; UniProt 304–318 突变:A3G, C4A in the hemagglutinin peptide that was used HLA class II histocompatibility antigen, DR alpha chain × 1 (P01903) c44H10 Fab light chain × 1 c44H10 Fab heavy chain × 1 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 1 SO4 SULFATE ION × 6 NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 1 X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件:VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP;293.15 K;1.7 M ammonium sulfate, 15% glycerol, 0.085 M HEPES, 1.7% PEG400, with crystal seeds previously grown in 2 M ammonium sulfate, 0.1 M bis-tris pH 5.5 分辨率 3.09 Å R-free 0.244

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly, “相对当前条目”直接指出证据层面的不同;没有差异标签表示当前已读取字段一致。

共 1 个其他 PDB 条目、1 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 HEMA_I69A0
Isoform
PDB实体 3
链与序列区间 作者链 B; PDB构建体 1–15; UniProt 304–318 作者链 G; PDB构建体 1–15; UniProt 304–318

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。 链映射与序列区间收在“数据证据”中;数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护,因此不在读者页面展示。

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

SAXS profile for 8euq

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

P(r) distribution for 8euq
下载 Download

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id8euq
沉积日期 deposition_date2022-10-19
结构标题 titleCrystal structure of HLA-DRA*01:01/HLA-DRB1*04:01 in complex with c44H10 Fab
关键词 keywordsMHC class II, HLA-DR, Antibody, IMMUNE SYSTEM; IMMUNE SYSTEM
实验方法 methodX-RAY DIFFRACTION

3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier41.08
回转半径 Rg (电子) rg_electron40.40
零角强度 I(0) i0532436000.00
分子量 molecular_weight185400.0 kDa
排除体积 excluded_volume230290 ų
包络体积 envelope_volume329130 ų
水化壳体积 shell_volume66334 ų
包络直径 envelope_diameter122.1
壳层 Rg shell_rg48.30
包络 Rg envelope_rg38.34
形状 Rg shape_rg40.40
总 Rg total_rg40.85
总原子数 total_atoms13053
残基数 n_residues1631
球谐函数阶数 n_harmonics20
q 范围 q_range— – 0.5000 −1
数据点数 n_points101
壳层类型 shell_typedirectional
溶剂电子密度 solvent_density0.3340 e/ų
壳层衬度 contrast_shell0.0300 e/ų
CRYSOL 版本 crysol_version4.1.3

4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax123.2
Rg (实空间) rg_real40.83
Rg 误差 (实空间) rg_real_error0.84
I(0) (实空间) i0_real5.3240e+08
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error8.5680e+06
Rg (倒空间) rg_reciprocal41.08
I(0) (倒空间) i0_reciprocal532600000.0000
解质量估计 total_estimate0.9033
解质量评级 solution_quality EXCELLENT a EXCELLENT solution
P(r) 峰数 n_peaks1
主峰位置 r_peak_primary61.6
偏度 Skewness skewness-0.056
峰度 Kurtosis kurtosis-0.704
角度范围 angular_range— – 0.1900 −1
当前正则化参数 α current_alpha0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha66220000.0000
实空间数据点数 n_real_points39
GNOM 版本 gnom_version4.1.3
质量判据 quality_criteria AN1: 0.000; Oscil: 0.940; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.985; Smooth: 0.932

5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (7)

7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 8 domains

CATH v4.4 (8 domains)

结构域编号 domain_id8euqC01
类 Class class2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture60 — Sandwich
拓扑 Topology topology40 — Immunoglobulin-like
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10 — Immunoglobulins
结构域编号 domain_id8euqC02
类 Class class2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture60 — Sandwich
拓扑 Topology topology40 — Immunoglobulin-like
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10 — Immunoglobulins
结构域编号 domain_id8euqD01
类 Class class2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture60 — Sandwich
拓扑 Topology topology40 — Immunoglobulin-like
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10 — Immunoglobulins
结构域编号 domain_id8euqD02
类 Class class2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture60 — Sandwich
拓扑 Topology topology40 — Immunoglobulin-like
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10 — Immunoglobulins
结构域编号 domain_id8euqH01
类 Class class2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture60 — Sandwich
拓扑 Topology topology40 — Immunoglobulin-like
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10 — Immunoglobulins
结构域编号 domain_id8euqH02
类 Class class2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture60 — Sandwich
拓扑 Topology topology40 — Immunoglobulin-like
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10 — Immunoglobulins
结构域编号 domain_id8euqI01
类 Class class2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture60 — Sandwich
拓扑 Topology topology40 — Immunoglobulin-like
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10 — Immunoglobulins
结构域编号 domain_id8euqI02
类 Class class2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture60 — Sandwich
拓扑 Topology topology40 — Immunoglobulin-like
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10 — Immunoglobulins

8. 引用文献 (1)

9. 文件与曲线 (10)