SAXSdb — 8fcc

▼

1. 结构基本信息 1. Structure Basics

条目编号 entry_id	8fcc
沉积日期 deposition_date	2022-12-01
结构标题 title	HIV-1 Reverse Transcriptase in complex with 5-membered bicyclic core NNRTI
关键词 keywords	HIV-1, reverse transcriptase, inhibitor, antiviral, VIRAL PROTEIN; VIRAL PROTEIN
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

▼

2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	35.19 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	34.41 Å
零角强度 I(0) i0	167789000.00
分子量 molecular_weight	109880.0 kDa
排除体积 excluded_volume	140030 Å³
包络体积 envelope_volume	185510 Å³
水化壳体积 shell_volume	44928 Å³
包络直径 envelope_diameter	114.5 Å
壳层 Rg shell_rg	41.18 Å
包络 Rg envelope_rg	33.74 Å
形状 Rg shape_rg	34.36 Å
总 Rg total_rg	35.12 Å
总原子数 total_atoms	7779
残基数 n_residues	943
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

▼

3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	114.4 Å
Rg (实空间) rg_real	35.11 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	0.80 Å
I(0) (实空间) i0_real	1.6780e+08
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	2.5940e+06
Rg (倒空间) rg_reciprocal	35.16 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	167800000.0000
解质量估计 total_estimate	0.9005
解质量评级 solution_quality	EXCELLENT a EXCELLENT solution
P(r) 峰数 n_peaks	1
主峰位置 r_peak_primary	45.8 Å
偏度 Skewness skewness	0.205
峰度 Kurtosis kurtosis	-0.507
角度范围 angular_range	— – 0.2250 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha	22450000.0000
实空间数据点数 n_real_points	46
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.925; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.999; Smooth: 0.929

▶

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

▶

5. 实体与聚合体信息 (5)

Entity 1 polymer

描述 description	p66 RT
分子量 formula_weight	64562.9 kDa
EC 编号 ec_number	2.7.7.49,2.7.7.7,3.1.26.13,3.1.13.2
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A
原子数 atom_count	7900

PISPIETVPVKLKPGMDGPKVKQWPLTEEKIKALVEICTEMEKEGKISKIGPENPYNTPVFAIKKKDSTKWRKLVDFRELNKRTQDFWEVQLGIPHPAGLKKKKSVTVLDVGDAYFSVPLDEDFRKYTAFTIPSINNETPGIRYQYNVLPQGWKGSPAIFQSSMTKILEPFRKQNPDIVIYQYMDDLYVGSDLEIGQHRTKIEELRQHLLRWGLTTPDKKHQKEPPFLWMGYELHPDKWTVQPIVLPEKDSWTVNDIQKLVGKLNWASQIYPGIKVRQLCKLLRGTKALTEVIPLTEEAELELAENREILKEPVHGVYYDPSKDLIAEIQKQGQGQWTYQIYQEPFKNLKTGKYARMRGAHTNDVKQLTEAVQKITTESIVIWGKTPKFKLPIQKETWETWWTEYWQATWIPEWEFVNTPPLVKLWYQLEKEPIVGAETFYVDGAANRETKLGKAGYVTNRGRQKVVTLTDTTNQKTELQAIYLALQDSGLEVNIVTDSQYALGIIQAQPDQSESELVNQIIEQLIKKEKVYLAWVPAHKGIGGNEQVDKLVSAGIRKVL

来源 Source

来源生物 organism	HIV whole-genome vector AA1305#18
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	672471
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

Entity 2 polymer

描述 description	p51 RT
分子量 formula_weight	51399.0 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	B

PISPIETVPVKLKPGMDGPKVKQWPLTEEKIKALVEICTEMEKEGKISKIGPENPYNTPVFAIKKKDSTKWRKLVDFRELNKRTQDFWEVQLGIPHPAGLKKKKSVTVLDVGDAYFSVPLDEDFRKYTAFTIPSINNETPGIRYQYNVLPQGWKGSPAIFQSSMTKILEPFRKQNPDIVIYQYMDDLYVGSDLEIGQHRTKIEELRQHLLRWGLTTPDKKHQKEPPFLWMGYELHPDKWTVQPIVLPEKDSWTVNDIQKLVGKLNWASQIYPGIKVRQLCKLLRGTKALTEVIPLTEEAELELAENREILKEPVHGVYYDPSKDLIAEIQKQGQGQWTYQIYQEPFKNLKTGKYARMRGAHTNDVKQLTEAVQKITTESIVIWGKTPKFKLPIQKETWETWWTEYWQATWIPEWEFVNTPPLVKLWYQLEKEPIVGAETF

来源 Source

来源生物 organism	HIV whole-genome vector AA1305#18
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	672471
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

Entity 3 non-polymer

描述 description	4-[(9-{4-[(E)-2-cyanoethenyl]-2,6-dimethylphenyl}-8-oxo-8,9-dihydro-7H-purin-2-yl)amino]benzonitrile
分子量 formula_weight	407.4 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

Entity 4 non-polymer

描述 description	L(+)-TARTARIC ACID
分子量 formula_weight	150.1 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

Entity 5 water

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	110

▼

6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 1 domains

CATH v4.4 (1 domains)

结构域编号 domain_id	8fccA01
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	30 — 2-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology	420 — Nucleotidyltransferase; domain 5
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Ribonuclease H-like superfamily/Ribonuclease H

▶

7. 引用文献 (1)

▶

晶胞边长 a length_a	120.103 Å
晶胞边长 b length_b	154.763 Å
晶胞边长 c length_c	154.669 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	8

空间群 space_group	C 2 2 21
空间群编号 int_tables_number	20
晶系 crystal_system	orthorhombic

分辨率 resolution	2.570 Å
最低分辨率 resolution_low	47.440 Å
R 因子 r_factor	0.2028
R_work r_work	0.2003
R_free r_free	0.2574

fit	/app/data/saxs_computation/fc/8fcc/8fcc.fit
pddf	/app/data/pr_computation/fc/8fcc/8fcc.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/fc/8fcc/8fcc.dat

HIV-1 Reverse Transcriptase in complex with 5-membered bicyclic core NNRTI

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

1. 结构基本信息 1. Structure Basics

2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

5. 实体与聚合体信息 (5)

Entity 1 polymer

聚合体 Polymer

来源 Source

Entity 2 polymer

聚合体 Polymer

来源 Source

Entity 3 non-polymer

Entity 4 non-polymer

Entity 5 water

6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 1 domains

CATH v4.4 (1 domains)

7. 引用文献 (1)

8. 文件与曲线 (10)

Files (7)

Curves (3)