8ffw

Cryo-EM structure of the GR-Hsp90-FKBP51 complex

Method: ELECTRON MICROSCOPY Dmax: 147.5 Å Quality: GOOD

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Heat shock protein HSP 90-alpha

Homo sapiens

UniProt P07900

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 蛋白异源复合物 异源复合物 蛋白 × 4 PDB 声明:tetrameric(4) 与蛋白拷贝数一致 链 A; UniProt 2–732 链 B; UniProt 2–732 未记录 Glucocorticoid receptor × 1 (P04150) Peptidyl-prolyl cis-trans isomerase FKBP5 × 1 (Q13451) ATP ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 2 MG MAGNESIUM ION × 2 DEX DEXAMETHASONE × 1 ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液:pH 7.5 cryo-EM玻璃化条件:冷冻剂 ETHANE 分辨率 3.23 Å

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly, “相对当前条目”直接指出证据层面的不同;没有差异标签表示当前已读取字段一致。

共 438 个其他 PDB 条目、530 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 HS90A_HUMAN
Isoform
PDB实体 1
链与序列区间 作者链 A; PDB构建体 1–731; UniProt 2–732 作者链 B; PDB构建体 1–731; UniProt 2–732

Glucocorticoid receptor

Homo sapiens

UniProt P04150

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 蛋白异源复合物 异源复合物 蛋白 × 4 PDB 声明:tetrameric(4) 与蛋白拷贝数一致 链 C; UniProt 418–777 突变:F602S Heat shock protein HSP 90-alpha × 2 (P07900) Peptidyl-prolyl cis-trans isomerase FKBP5 × 1 (Q13451) ATP ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 2 MG MAGNESIUM ION × 2 DEX DEXAMETHASONE × 1 ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液:pH 7.5 cryo-EM玻璃化条件:冷冻剂 ETHANE 分辨率 3.23 Å

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly, “相对当前条目”直接指出证据层面的不同;没有差异标签表示当前已读取字段一致。

共 54 个其他 PDB 条目、79 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 GCR_HUMAN
Isoform
PDB实体 2
链与序列区间 作者链 C; PDB构建体 1–360; UniProt 418–777

Peptidyl-prolyl cis-trans isomerase FKBP5

Homo sapiens

UniProt Q13451

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 蛋白异源复合物 异源复合物 蛋白 × 4 PDB 声明:tetrameric(4) 与蛋白拷贝数一致 链 D; UniProt 2–457 未记录 Heat shock protein HSP 90-alpha × 2 (P07900) Glucocorticoid receptor × 1 (P04150) ATP ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 2 MG MAGNESIUM ION × 2 DEX DEXAMETHASONE × 1 ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液:pH 7.5 cryo-EM玻璃化条件:冷冻剂 ETHANE 分辨率 3.23 Å

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly, “相对当前条目”直接指出证据层面的不同;没有差异标签表示当前已读取字段一致。

共 137 个其他 PDB 条目、203 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 FKBP5_HUMAN
Isoform
PDB实体 3
链与序列区间 作者链 D; PDB构建体 1–456; UniProt 2–457

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。 链映射与序列区间收在“数据证据”中;数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护,因此不在读者页面展示。

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

SAXS profile for 8ffw

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

P(r) distribution for 8ffw
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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id8ffw
沉积日期 deposition_date2022-12-10
结构标题 titleCryo-EM structure of the GR-Hsp90-FKBP51 complex
关键词 keywordschaperone, steroid hormone receptor, ligand binding, ATP binding, protein folding; CHAPERONE
实验方法 methodELECTRON MICROSCOPY

3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier44.65
回转半径 Rg (电子) rg_electron43.98
零角强度 I(0) i0731229000.00
分子量 molecular_weight224410.0 kDa
排除体积 excluded_volume281790 ų
包络体积 envelope_volume396440 ų
水化壳体积 shell_volume75221 ų
包络直径 envelope_diameter151.8
壳层 Rg shell_rg48.98
包络 Rg envelope_rg42.92
形状 Rg shape_rg43.98
总 Rg total_rg44.23
总原子数 total_atoms31522
残基数 n_residues1939
球谐函数阶数 n_harmonics20
q 范围 q_range— – 0.5000 −1
数据点数 n_points101
壳层类型 shell_typedirectional
溶剂电子密度 solvent_density0.3340 e/ų
壳层衬度 contrast_shell0.0300 e/ų
CRYSOL 版本 crysol_version4.1.3

4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax147.5
Rg (实空间) rg_real44.60
Rg 误差 (实空间) rg_real_error1.52
I(0) (实空间) i0_real7.3120e+08
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error1.4790e+07
Rg (倒空间) rg_reciprocal44.65
I(0) (倒空间) i0_reciprocal731300000.0000
解质量估计 total_estimate0.8813
解质量评级 solution_quality GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks1
主峰位置 r_peak_primary54.8
偏度 Skewness skewness0.309
峰度 Kurtosis kurtosis-0.363
角度范围 angular_range— – 0.1750 −1
当前正则化参数 α current_alpha0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha60270000.0000
实空间数据点数 n_real_points36
GNOM 版本 gnom_version4.1.3
质量判据 quality_criteria AN1: 0.000; Oscil: 0.872; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 1.000; Smooth: 0.836

5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (6)

8. 引用文献 (1)

9. 文件与曲线 (10)