8fnj

Structure of E138K/G140A HIV-1 intasome with Dolutegravir bound

Method: ELECTRON MICROSCOPY D_max: 123.6 Å Quality: GOOD

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

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1. 结构基本信息 1. Structure Basics

条目编号 entry_id	8fnj
沉积日期 deposition_date	2022-12-27
结构标题 title	Structure of E138K/G140A HIV-1 intasome with Dolutegravir bound
关键词 keywords	Integrase, Nucleoprotein complex, Inhibitor, Drug resistance, VIRAL PROTEIN-DNA-INHIBITOR complex; VIRAL PROTEIN/DNA/INHIBITOR
实验方法 method	ELECTRON MICROSCOPY

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2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	37.22 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	37.82 Å
零角强度 I(0) i0	438939000.00
分子量 molecular_weight	160390.0 kDa
排除体积 excluded_volume	196560 Å³
包络体积 envelope_volume	268900 Å³
水化壳体积 shell_volume	58205 Å³
包络直径 envelope_diameter	126.0 Å
壳层 Rg shell_rg	44.61 Å
包络 Rg envelope_rg	37.61 Å
形状 Rg shape_rg	37.86 Å
总 Rg total_rg	38.08 Å
总原子数 total_atoms	11216
残基数 n_residues	1294
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

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3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	123.6 Å
Rg (实空间) rg_real	37.21 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	1.35 Å
I(0) (实空间) i0_real	4.3890e+08
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	8.5360e+06
Rg (倒空间) rg_reciprocal	37.22 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	438900000.0000
解质量估计 total_estimate	0.8770
解质量评级 solution_quality	GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks	1
主峰位置 r_peak_primary	41.2 Å
偏度 Skewness skewness	0.376
峰度 Kurtosis kurtosis	-0.293
角度范围 angular_range	— – 0.2100 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha	57210000.0000
实空间数据点数 n_real_points	43
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.843; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.999; Smooth: 0.870

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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合体信息 (7)

Entity 1 polymer

描述 description	Lamina-associated polypeptide 2, isoforms beta/gamma,Integrase
分子量 formula_weight	39912.4 kDa
EC 编号 ec_number	2.7.7.-,3.1.-.-
突变 mutation	E138K,G140A
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	8

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A,B,C,D,G,H,I,J
原子数 atom_count	11930

GSHMPKRGRPAATEVKIPKPRGRPPLPAGTNSKGPPDFSSDEEREPTPVLGSGAAAAGQSRAAVGRKATKKTDGGGFLDGIDKAQEEHEKYHSNWRAMASDFNLPPVVAKEIVASCDKCQLKGEAMHGQVDCSPGIWQLDCTHLEGKVILVAVHVASGYIEAEVIPAETGQETAYFLLKLAGRWPVKTVHTDNGSNFTSTTVKAACWWAGIKQKFAIPYNPQSQGVIESMNKELKKIIGQVRDQAEHLKTAVQMAVFIHNFKRKGGIGGYSAGERIVDIIATDIQTKELQKQITKIQNFRVYYRDSRDPVWKGPAKLLWKGEGAVVIQDNSDIKVVPRRKAKIIRDYGKQMAGDDCVASRQDED

来源 Source

来源生物 organism	Human immunodeficiency virus 1
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	11676
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

Entity 2 polymer

描述 description	DNA (27-MER)
分子量 formula_weight	8188.3 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	2

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polydeoxyribonucleotide
链编号 strand_id	E,K

ACTGCTAGAGATTTTCCCGCCCACGCT

Entity 3 polymer

描述 description	DNA (25-MER)
分子量 formula_weight	7773.0 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	2

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polydeoxyribonucleotide
链编号 strand_id	F,L

AGCGTGGGCGGGAAAATCTCTAGCA

Entity 4 non-polymer

描述 description	MAGNESIUM ION
分子量 formula_weight	24.3 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	4

Entity 5 non-polymer

描述 description	ZINC ION
分子量 formula_weight	65.4 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	2

Entity 6 non-polymer

描述 description	;(4R,12aS)-N-(2,4-difluorobenzyl)-7-hydroxy-4-methyl-6,8-dioxo-3,4,6,8,12,12a-hexahydro-2H-pyrido[1',2':4,5]pyrazino[2,1-b][1,3]oxazine-9-carboxamide ;
分子量 formula_weight	419.4 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	2

Entity 7 water

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	672

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7. 引用文献 (1)

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分辨率 resolution	2.400 Å
最低分辨率 resolution_low	— Å
R 因子 r_factor	—
R_work r_work	—
R_free r_free	—

fit	/app/data/saxs_computation/fn/8fnj/8fnj.fit
pddf	/app/data/pr_computation/fn/8fnj/8fnj.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/fn/8fnj/8fnj.dat

Structure of E138K/G140A HIV-1 intasome with Dolutegravir bound

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

1. 结构基本信息 1. Structure Basics

2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

精修参数 Refinement

5. 实体与聚合体信息 (7)

Entity 1 polymer

聚合体 Polymer

来源 Source

Entity 2 polymer

聚合体 Polymer

Entity 3 polymer

聚合体 Polymer

Entity 4 non-polymer

Entity 5 non-polymer

Entity 6 non-polymer

Entity 7 water

7. 引用文献 (1)

8. 文件与曲线 (10)

Files (7)

Curves (3)