8i6j

The focused refinement of CCT3-PhLP2A from TRiC-PhLP2A complex in the open state

Method: ELECTRON MICROSCOPY Dmax: 109.5 Å Quality: GOOD

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Phosducin-like protein 3

Homo sapiens

UniProt Q9H2J4

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 蛋白异源复合物 异源复合物 蛋白 × 2 PDB 声明:dimeric(2) 与蛋白拷贝数一致 链 Q; UniProt 1–239 未记录 T-complex protein 1 subunit gamma × 1 (P49368) ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1 ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液:pH 7.4 cryo-EM玻璃化条件:冷冻剂 ETHANE 分辨率 3.82 Å

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly, “相对当前条目”直接指出证据层面的不同;没有差异标签表示当前已读取字段一致。

共 5 个其他 PDB 条目、5 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 PDCL3_HUMAN
Isoform
PDB实体 1
链与序列区间 作者链 Q; PDB构建体 1–239; UniProt 1–239

T-complex protein 1 subunit gamma

Homo sapiens

UniProt P49368

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 蛋白异源复合物 异源复合物 蛋白 × 2 PDB 声明:dimeric(2) 与蛋白拷贝数一致 链 C; UniProt 1–545 未记录 Phosducin-like protein 3 × 1 (Q9H2J4) ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1 ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液:pH 7.4 cryo-EM玻璃化条件:冷冻剂 ETHANE 分辨率 3.82 Å

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly, “相对当前条目”直接指出证据层面的不同;没有差异标签表示当前已读取字段一致。

共 65 个其他 PDB 条目、65 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 TCPG_HUMAN
Isoform
PDB实体 2
链与序列区间 作者链 C; PDB构建体 1–545; UniProt 1–545

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。 链映射与序列区间收在“数据证据”中;数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护,因此不在读者页面展示。

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

SAXS profile for 8i6j

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

P(r) distribution for 8i6j
下载 Download

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id8i6j
沉积日期 deposition_date2023-01-28
结构标题 titleThe focused refinement of CCT3-PhLP2A from TRiC-PhLP2A complex in the open state
关键词 keywordschaperonin complex, CHAPERONE, cochaperone; CHAPERONE
实验方法 methodELECTRON MICROSCOPY

3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier33.16
回转半径 Rg (电子) rg_electron32.54
零角强度 I(0) i092305600.00
分子量 molecular_weight75606.0 kDa
排除体积 excluded_volume94844 ų
包络体积 envelope_volume140700 ų
水化壳体积 shell_volume36743 ų
包络直径 envelope_diameter110.6
壳层 Rg shell_rg38.77
包络 Rg envelope_rg31.73
形状 Rg shape_rg32.57
总 Rg total_rg33.04
总原子数 total_atoms5287
残基数 n_residues670
球谐函数阶数 n_harmonics20
q 范围 q_range— – 0.5000 −1
数据点数 n_points101
壳层类型 shell_typedirectional
溶剂电子密度 solvent_density0.3340 e/ų
壳层衬度 contrast_shell0.0300 e/ų
CRYSOL 版本 crysol_version4.1.3

4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax109.5
Rg (实空间) rg_real33.16
Rg 误差 (实空间) rg_real_error0.77
I(0) (实空间) i0_real9.2310e+07
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error1.4900e+06
Rg (倒空间) rg_reciprocal33.17
I(0) (倒空间) i0_reciprocal92310000.0000
解质量估计 total_estimate0.8926
解质量评级 solution_quality GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks1
主峰位置 r_peak_primary41.1
偏度 Skewness skewness0.288
峰度 Kurtosis kurtosis-0.453
角度范围 angular_range— – 0.2400 −1
当前正则化参数 α current_alpha0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha21260000.0000
实空间数据点数 n_real_points49
GNOM 版本 gnom_version4.1.3
质量判据 quality_criteria AN1: 0.000; Oscil: 0.912; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.971; Smooth: 0.893

5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (3)

8. 引用文献 (1)

9. 文件与曲线 (10)